2XBRA

Raman crystallography of hen white egg lysozyme - low x-ray dose (0.2 mgy)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Raman Assisted Crystallography Reveals a Mechanism of X-Ray Induced Reversible Disulfide Radical Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2xbrA00
3A6CY 1GEZA 4N8ZA 5C6JA 1I1ZA 1IORA 1GBSA 2BLXA 4PGJB 4WM2A 1GFUA 5FELA 1HEQA 3W6DA 4XENA 1IY4A 4TSBA 2N5ZA 2W1LA 4XJGA 3CQLA 1SLYA 4HJZA 4LT1A 2HTXA 1HNLA 2BQCA 1TAYA 1LHMA 1LSYA 1B2KA 1UA6Y 1A2YC 1HFXA 1LSMA 1QTKA 1LZBA 1VATA 4TWSA 5APFA 4NHQA 1LJFA 1LJ4A 2FBDA 4YEMA 1JITA 2LYZA 3WUMA 2BAAA 1DI3A 1JKDA 1G7LC 5JENB 2Z39A 1GBXA 4NGVA 4ETCA 3N9EA 5B59A 2GV0A 2XTHA 3A8ZA 4NG8A 5LVGA 1C10A 1IWTA 5HLLA 1IWVA 4LZTA 1JKCA 1BB3A 1NHEA 2AUBA 2YDGA 1CKCA 1LSFA 4P2EA 2Z18A 3WXUA 1FLYA 2Z37A 5B1GA 1LZ6A 4ETDA 3KAMA 4HJVA 6LYZA 1B5UA 2BQHA 3WUNA 4AGAA 1GFRA 1J1OY 5T3FA 4H93A 4OWCA 1REZA 5ILCA 4PJ2C 4NFVA 1BQLY 1YKXX 1IOQA 1GB9A 2YBMA 1WQQA 4WM1A 1XEIA 4J0LA 1HSWA 1VEDA 5F9UA 3AGGG 1QIOA 4HJYA 3ZVQA 5ILFA 3RNXA 1HEOA 1G7HC 3WU9A 4HV1A 4WG1A 1GF6A 2LZ2A 1FBIX 1HSXA 3LZTA 1NF5A 3TXBA 9LYZA 4G4BA 4ZIXA 3A96A 3QY4A 5KKIA 194LA 2EKSC 1JSFA 2MEFA 2W1XA 1IWZA 5APDA 3B6LA 1TEWA 2BQAA 3TXFA 5KJ9A 2IFFY 1YIKA 1IWXA 5KXXA 1LZGA 4KPMA 4WM3A 1JSEA 2Q0MX 3N9CA 1IIZA 1CJ9A 2ZNXY 3A67Y 1QTEA 1LZ4A 208LA 3CB7A 4II8A 4YEOA 3A93A 3M3UA 4OWAA 5L3HA 2IHLA 5APCA 1GFKA 1EQ4A 1XGRC 3EO5A 4DDBA 1LMQA 2D6BA 1O23A 1GF4A 6LYTA 4ZEEA 1B5VA 5F81A 135LA 1IWWA 3HBEX 4UWVA 1FDLY 4NHTA 2MEIA 3WMKA 2BQGA 5IDDA 4CFPA 3RU5A 2HEBA 1FKVA 1NKHA 1B5YA 4HP0A 1IOSA 3WPJA 2HUBA 5I4YA 8LYZA 1AT5A 3ATNA 1LPIA 1LZRA 1XEJA 1FKQA 2HECA 2D4JA 3AJNA 2MEGA 2I6ZA 3P66A 4B0DA 4OWEA 3J4GA 1KIPC 1NQIA 1KIRC 4N9RA 3TXDA 1FLWA 3A3RX 1TBYA 1LMAA 132LA 1IR7A 5B06A 5I54A 4WM4A 1LHJA 1C43A 2FBBA 5B1FA 5L3IA 1HHLA 1FLQA 1NWGA 3P65A 4FJRA 3AGHA 4NHPA 4DD0A 4GCCA 1B7LA 3W6CA 2CGIA 4H9IA 3AZ5A 1UIAA 1GB5A 1JEFA 1GFVA 1JWRA 1LMTA 1F6RA 2D91A 3LZ2A 5E9RA 1LSCA 4NGOA 4H94A 193LA 4WOAA 2YBIA 3FI7A 4HTKA 2BPUA 3J6KA 1YANA 4LYCA 4WLDA 1FLUA 2HEDA 2YBJA 2BQJA 3EBAB 1SQ2L 1GAZA 2C8OA 3A3QA 3OJPA 2ZQ3A 1WQOA 1LJJA 1HFZA 1LZTA 4GN3A 5HNLA 5B07A 4OWHA 4M4OA 1LYYA 1D6PA 4NGJA 1TCYA 5I4XA 3P4ZA 2BQDA 5IHGA 4HPEA 1P2CC 4R6CA 1GB7A 4NWEA 4ETAA 1LHKA 4LT2A 1OUEA 1UC0A 1YILA 2LYMA 4H9AA 2YBLA 2LZTA 1ALCA 4H90A 3EXDA 4KL7A 1HEMA 3A91A 1GFJA 3WU8A 3CT1A 1B7OA 1GBYA 2DQHY 3WYHA 1XGTC 1WQMA 4NGWA 1LSZA 4XJFA 4B4IA 2EIZC 154LA 3A92A 4TSCA 1IR8A 2DQEY 4LYOA 4RLMA 1IOCA 3LYZA 1NDMC 3LHMA 3A6BY 3WU7A 1B5XA 4OW1A 2DQAA 1B5ZA 4G49A 3CT5A 4DWXA 4L41A 3BKVA 1WTNA 2DQGY 1YAOA 1LZYA 1GF3A 2A7DA 1GB6A 3LYMA 3G3BB 4GCDA 1J1XY 1GXV2 5LA5A 3D3DA 4GCBA 3GXKA 1F0WA 4ML7A 4XADA 2G4PA 1IEEA 1LZ5A 2Z2FA 3CSRA 1NDGC 4WM6A 1IO5A 2YSSC 5KY1A 1RI8B 1LSAA 1LZCA 1YKZX 2BQLA 4LT0A 4XN6A 5HMJA 3WXTA 1EL1A 2RSCA 1REYA 1GFTA 4LYBA 4NEBA 4WMGA 3D9AC 1MELL 4B49A 3ZEKA 4H9EA 1GB2A 1INUA 4C3WA 5LYMA 5I5QA 1HERA 1YAQA 4ET9A 5FCPA 4Z46A 4GCFA 4N5RA 1LMNA 1GF9A 4TX7A 2DQJY 5KXSA 1HFYA 1GFHA 2F2NA 4H9FA 1H6MA 3WUAA 1IWUA 5KXNA 2ZYPA 4DC4A 4PRUA 1BHZA 1Z55A 1JPOA 1VDPA 4W94A 4WL7A 4B1AA 4M6DA 1HC0A 1GD6A 1LZDA 4OWBA 2Z38A 5LAGA 207LA 5KXKA 1D6QA 1D9UA 1LZAA 2WARA 4H9BA 3RW8A 1PS5A 1UIFA 1UICA 1XGPC 3AW6A 4ANRA 1BWIA 1F6SA 1HEWA 4BADA 4DDAA 2D4IA 1OP9B 4MR1A 1AT6A 2Z12A 2DBTA 1B9OA 1OQMA 1IP1A 1BWJA 1RJCB 2XBRA 4PRQA 4Z98A 4TTDA 1IP7A 1LSNA 2NWDX 3T36A 1HMKA 1B0DA 1T6VL 4IASA 5KXLA 5IELA 5II3A 4HTNA 4QY9A 3RT5X 4ZFPA 1IP6A 3TMVA 1CJ6A 5AMYA 4NGYA 4NSJA 1OUJA 1JTTL 4QEQA 2MEBA 1B7NA 1B7RA 1JKAA 2ZIJA 1LSGA 4HV2A 3BKHA 3AZ4A 3W6AA 1GFEA 1I20A 2FYDA 3AYQA 3EMSA 4YM8A 5LINA 4YENA 1GHLA 3AZ6A 3P68A 4H9HA 5E4PA 3AZ7A 1GBZA 5D5FA 1LJEA 4J7VA 4X3BA 4G9SA 5DM9A 1LZ1A 1AM7A 1DI4A 5LVKA 1LMCA 4E3UA 4GLAA 1JTOL 2CWIA 2W1MA 4EOFA 2MEDA 1EQ5A 5LVJA 1JJ3A 3A95A 1IOTA 1CJ7A 1LSPA 1IC5Y 1LZNA 1BGIA 3TXIA 1WQPA 1GF0A 1G7MC 1FN5A 1HENA 2HEFA 5KXYA 1YL1X 2VB1A 3TXJA 2H9JA 4YOPA 4B4JA 4XJDA 4Z41A 4WLYA 1WQRA 1D0KA 3FE0A 4GN5C 4BAFA 2PC2A 4MSTA 1REXA 1H87A 2ZWBA 5LXWA 1EQEA 2DKVA 1KXWA 4G4CA 1ZVHL 1OUCA 4IATA 1IVMA 3QNGA 4QDNA 1GXXA 1LOZA 4FDYA 1OUGA 4WO6A 2FYCA 1IP2A 2LYOA 4DYGA 1AKIA 1LJNA 1LAAA 1BVXA 2LHMA 1BB6A 1D0MA 1LTMA 1LHIA 4NIJA 2BQIA 4PPOA 1NMMA 3T6UA 5KXRA 3ZVQB 2Z2EA 1UIHA 3LYTA 1JJ0A 2XJWA 5EBHA 153LA 5A3ZA 1B7PA 1YROA 3M18B 3HBDA 4NWHA 1UIEA 4RW1A 2D4KA 2ZILA 1NBYC 1QSWA 1IX0A 1HF4A 2DQDY 4B4EA 2Y8PA 1ZMYL 4RDSA 5FEKA 3W3EA 4KT3A 4BAPA 1B7SA 3B0OA 4DD7A 3TXKA 5I4WA 1LHHA 4H8XA 1LJHA 1GE3A 1BB5A 1TDYA 1VAUA 3A90A 4C5FA 2BQFA 3A34A 5D5CA 1DPXA 3W6EA 4HTQA 1JHLA 4NGIA 1C7PA 1OUDA 2BQMA 2ZQ4A 5DLAA 1RFPA 4R0FA 4PHIA 2I25L 1ZVYB 1JIYA 2DQIY 3G3AB 4LT3A 2HEEA 4NSHA 5FSTA 1LJ3A 1BVKC 4HSFA 1YAPA 2BQKA 1LZEA 3LYOA 1LMOA 3P64A 1GB3A 1LJKA 1N4FA 1T3PA 1UIDA 4XJIA 1GE2A 4XJHA 1C46A 4QGZA 1DKKA 1UUZC 1XEKA 3WVXA 1LKRA 2C8PA 1YKYX 1KXYA 3LN2A 1LHLA 3WPLA 1MLCE 1RE2A 3IJVA 1LCNA 2HU3A 4LFPA 4A7DA 5APEA 1LZ9A 1QDTA 1IP5A 1CJ8A 4N0JA 1KXXA 1UCOA 2F30A 4DD9A 1GFGA 4RW2A 2ZNWY 1DZBX 1GBOA 1GBWA 4NGZA 4ET8A 4NY5A 1IP3A 4H9CA 4J1BA 4ETBA 2MEAA 3WW5A 3CT0A 4YF2A 5KXMA 1UIBA 1QQYA 4O34A 1QDRA 4ETEA 1OUHA 1VFBC 4AXTA 4EMNA 1OUIA 1LZSA 4CJ2A 2F4AA 5I53A 1GDWA 1GF7A 1E8LA 1GB0A 5LYZA 3W6FA 1JISA 1GB8A 1DKJA 1I56A 1CKDA 4XYYA 1XFPL 3WPKA 1OUAA 5F14A 1WVUA 4NGKA 3TXHA 5LVIA 1OUBA 4RLNA 3WL2A 4CHXA 3MGWA 2EQLA 1NBZC 2B5ZA 4WLTA 5KKJA 1GF8A 3TMWA 4UWUA 3AB6A 1LSEA 1LZ8A 1WVVA 2YVBA 3B0IA 3CSQA 4IJ4A 3WVYA 1IR9A 4DD2A 1G7IC 4OOTA 7LYZA 3SP3A 4NHSA 4DDCA 5FDJA 3CSZA 5A3EA 4U3XB 1QUTA 5C6LA 1YL0X 2XBSA 4N1CC 4LFXA 1JUGA 1REMA 5L9JA 1VDTA 4NGLA 3B72A 4WO9A 5KXOA 1WTMA 3B0KA 3TXEA 1JJ1A 1G7JC 1RCMA 2BQEA 3AW7A 3OK0A 2X0AA 1LKSA 1DQJC 4HPIA 4WG7A 4CFOA 4LYZA 1QUSA 1CNSA 2G4NA 1AZFA 1BB7A 2H5ZA 1IWYA 1LYSA 5C6IA 1CKFA 2ZIKA 1XSFA 4WLXA 1GEVA 4H1PA 4D9ZA 1UACY 5DL9A 1IC4Y 2BQOA 2W1YA 1D0LA 134LA 4NSGA 1CKHA 1W6ZA 2BQBA 2H9KA 1C45A 4GCEA 1LJIA 4DD1A 2Z19A 1GWDA 1QSAA 1XGQC 4GN4A 4I8SA 4LYTA 2CDSA 4WM5A 5DN4A 5HMVA 5LAFA 3QE8A 1W08A 1CKGA 1DI5A 1WQNA 2ZYCA 2MECA 4Z3MA 5K7OA 3TMUA 5HNCA 2A7FA 1GAYA 1VDQA 4NSIA 4TUNA 3WULA 3GXRA 4DD3A 4NG1A 4OOOA 4WL6A 1DPWA 3ULRA 1A4VA 4BS7A 1YQVY 3A94A 4W96A 4H92A 133LA 3TMXA 1HEPA 3WW6A 1OUFA 3AGIA 1B7QA 2CJLA 3ATOA 1UBZA 1V7TA 1B7MA 2G4QA 3WH1A 1LJGA 2DQCY 4KXIA 1BWHA 5M1YA 1GE4A 1JTPL 1J1PY 3E3DA 5KXPA 5LIOA 4DT3A 5HQ1A 3TXGA 5FHWA 3VWOA 5LVHA 2EPEA 2I26L 2DQFC 2BQNA 1BB4A 1LSBA 5DN5A 5F9XA 3IWRA 1LYOA 1V7SA 1GDXA 1C08C 4UWNA 1JKBA 4CGEA 5KXZA 1YAMA 3W6BA 1LMPA 2MEHA 1B5WA 1XGUC 5KXWA 3RZ4A 3HBHA 1GF5A 4J1AA 1F10A 2BLYA 4H91A 4LYMA 4N1EI 5F16A 1LSDA 2HU1A 4LGKA 4G4HA 1GE0A 1ZV5L 1DXJA 1VDSA 2YBHA 4H8YA 5KXTA 2F4GA 2YBNA 5LA8A 3IJUA 1IC7Y 1GFAA 1LYZA 3N9AA 5LYTA 1UIGA 4XJBA 3HFMY 4NHIA 1GPQC 3K3TA 1PZYA 4MCKA 1IY3A 1GE1A 1HMLA 1KIQC 2HEAA 5B05A 3F6ZA 4H8ZA 5J7CA 2MEEA 4GLVA 4I0CA 1IP4A 1HELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C7YA 1GEZA 4N8ZA 1I1ZA 2BLXA 4WM2A 151LA 1GFUA 4XENA 1JTNA 1IY4A 1L20A 2N5ZA 2W1LA 3CQLA 1LSYA 1B2KA 112LA 1VATA 4YEMA 1JITA 1L07A 1GBXA 4NG8A 108LA 5LVGA 1ZYTA 4AQNA 3DMVA 3WXUA 1XJUA 1L69A 1PQDA 1L54A 2BQHA 1P3NA 3WUNA 1J1OY 1OVHA 1CV0A 1L22A 1LI6A 1HSWA 4DJHA 4PJZA 3AGGG 4HJYA 1GF6A 9LYZA 5KKIA 1JSFA 2BQAA 1YIKA 4WM3A 2Q0MX 2B72A 2ZNXY 4I7KA 3GUJA 244LA 3GUIA 1L67A 220LA 3A93A 3DMZA 2IHLA 1O23A 6LYTA 3OE0A 4CFPA 2HEBA 1NKHA 5I4YA 8LYZA 3ATNA 1LZRA 247LA 1L68A 1L16A 3AJNA 1QT3A 4OWEA 1LGXA 1NQIA 3J4GA 1G0JA 1FLWA 254LA 3OE8A 3GUKA 1C6BA 2FBBA 5L3IA 1FLQA 4FJRA 4NHPA 1B7LA 1C6CA 4EKQA 4H9IA 259LA 3AZ5A 1GB5A 1QT4A 1L18A 4HTKA 2BPUA 3J6KA 1YANA 2RBQA 3CDOA 1SQ2L 4E97A 1GAZA 1LJJA 5HNLA 5LZMA 5B07A 4M4OA 1L44A 1C6NA 1KY0A 4R6CA 1GB7A 1LHKA 1L25A 2LYMA 4KL7A 3A91A 1GBYA 3WYHA 4B4IA 4TSCA 1IR8A 186LA 1IOCA 3LHMA 1B5XA 4L41A 3V2WA 1SWZA 1GF3A 2A7DA 1L81A 3LYMA 3G3BB 1J1XY 5LA5A 4GCBA 253LA 2G4PA 1LZ5A 1IO5A 2YSSC 3GUNA 1LSAA 4LT0A 1GFTA 3D9AC 5I5QA 1HERA 1YAQA 4IAPA 5KXSA 1GF9A 2DQJY 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A6C Y;  1GEZ A;  4N8Z A;  5C6J A;  1I1Z A;  1IOR A;  1GBS A;  2BLX A;  4PGJ B;  4WM2 A;  1GFU A;  5FEL A;  1HEQ A;  3W6D A;  4XEN A;  1IY4 A;  4TSB A;  2N5Z A;  2W1L A;  4XJG A;  3CQL A;  1SLY A;  4HJZ A;  4LT1 A;  2HTX A;  1HNL A;  2BQC A;  1TAY A;  1LHM A;  1LSY A;  1B2K A;  1UA6 Y;  1A2Y C;  1HFX A;  1LSM A;  1QTK A;  1LZB A;  1VAT A;  4TWS A;  5APF A;  4NHQ A;  1LJF A;  1LJ4 A;  2FBD A;  4YEM A;  1JIT A;  2LYZ A;  3WUM A;  2BAA A;  1DI3 A;  1JKD A;  1G7L C;  5JEN B;  2Z39 A;  1GBX A;  4NGV A;  4ETC A;  3N9E A;  5B59 A;  2GV0 A;  2XTH A;  3A8Z A;  4NG8 A;  5LVG A;  1C10 A;  1IWT A;  5HLL A;  1IWV A;  4LZT A;  1JKC A;  1BB3 A;  1NHE A;  2AUB A;  2YDG A;  1CKC A;  1LSF A;  4P2E A;  2Z18 A;  3WXU A;  1FLY A;  2Z37 A;  5B1G A;  1LZ6 A;  4ETD A;  3KAM A;  4HJV A;  6LYZ A;  1B5U A;  2BQH A;  3WUN A;  4AGA A;  1GFR A;  1J1O Y;  5T3F A;  4H93 A;  4OWC A;  1REZ A;  5ILC A;  4PJ2 C;  4NFV A;  1BQL Y;  1YKX X;  1IOQ A;  1GB9 A;  2YBM A;  1WQQ A;  4WM1 A;  1XEI A;  4J0L A;  1HSW A;  1VED A;  5F9U A; 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 1GWD A;  1QSA A;  1XGQ C;  4GN4 A;  4I8S A;  4LYT A;  2CDS A;  4WM5 A;  5DN4 A;  5HMV A;  5LAF A;  3QE8 A;  1W08 A;  1CKG A;  1DI5 A;  1WQN A;  2ZYC A;  2MEC A;  4Z3M A;  5K7O A;  3TMU A;  5HNC A;  2A7F A;  1GAY A;  1VDQ A;  4NSI A;  4TUN A;  3WUL A;  3GXR A;  4DD3 A;  4NG1 A;  4OOO A;  4WL6 A;  1DPW A;  3ULR A;  1A4V A;  4BS7 A;  1YQV Y;  3A94 A;  4W96 A;  4H92 A;  133L A;  3TMX A;  1HEP A;  3WW6 A;  1OUF A;  3AGI A;  1B7Q A;  2CJL A;  3ATO A;  1UBZ A;  1V7T A;  1B7M A;  2G4Q A;  3WH1 A;  1LJG A;  2DQC Y;  4KXI A;  1BWH A;  5M1Y A;  1GE4 A;  1JTP L;  1J1P Y;  3E3D A;  5KXP A;  5LIO A;  4DT3 A;  5HQ1 A;  3TXG A;  5FHW A;  3VWO A;  5LVH A;  2EPE A;  2I26 L;  2DQF C;  2BQN A;  1BB4 A;  1LSB A;  5DN5 A;  5F9X A;  3IWR A;  1LYO A;  1V7S A;  1GDX A;  1C08 C;  4UWN A;  1JKB A;  4CGE A;  5KXZ A;  1YAM A;  3W6B A;  1LMP A;  2MEH A;  1B5W A;  1XGU C;  5KXW A;  3RZ4 A;  3HBH A;  1GF5 A;  4J1A A;  1F10 A;  2BLY A;  4H91 A;  4LYM A;  4N1E I;  5F16 A;  1LSD A;  2HU1 A;  4LGK A;  4G4H A;  1GE0 A;  1ZV5 L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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