2XBRA

Raman crystallography of hen white egg lysozyme - low x-ray dose (0.2 mgy)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Raman Assisted Crystallography Reveals a Mechanism of X-Ray Induced Reversible Disulfide Radical Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2xbrA00
1HMKA 1OUEA 1B2KA 1C10A 1LZ1A 4NSHA 1RFPA 1LHMA 1GBXA 2BQBA 5KXYA 1D0KA 2YBJA 3WUAA 1LZGA 1TEWA 1IR7A 3A90A 1JPOA 3TXFA 1AM7A 4CJ2A 2HU3A 4NWHA 3BKVA 4H91A 2LYMA 1VATA 1TAYA 1CKFA 3W6FA 5KKIA 2D4KA 1UICA 4G9SA 1A4VA 2ZQ3A 1F6SA 1GBSA 1VAUA 3B0IA 5B05A 4H9HA 2YBLA 2Z19A 2IHLA 2X0AA 1XGQC 4B0DA 4H9EA 1B0DA 4WLDA 3LYZA 4LFPA 4NGLA 3VWOA 5II3A 1LZCA 5KXXA 1GB2A 1LJJA 4E3UA 4NGOA 4NWEA 5APEA 1UIGA 4PGJB 1IWXA 1GB5A 1YQVY 3HBEX 4NGYA 1HEOA 2XBSA 4TWSA 4WO6A 4XJHA 2MEGA 3W6EA 5LXWA 2MEIA 4LYZA 1NMMA 1XEJA 1GFEA 154LA 1BHZA 1LOZA 2Z38A 1TCYA 207LA 2H9KA 4GN5C 6LYTA 1GXXA 1T6VL 4LYCA 2MEEA 5LINA 4W94A 4DT3A 4Z3MA 2A7DA 1GEVA 5KXMA 4WL7A 4LT0A 2F30A 1GFVA 3WXTA 1GAYA 4BADA 1B7OA 1CJ8A 2BQEA 3SP3A 2W1LA 3WPJA 1B5WA 1P2CC 1IOSA 4LGKA 4MR1A 1YANA 3HBHA 2D6BA 2ZNXY 1XEIA 3A95A 5C6LA 3BKHA 1SQ2L 5HNCA 1KIPC 1LSCA 1PZYA 5HMJA 4CGEA 1GBYA 1GFAA 5EBHA 1BB3A 1GFGA 3EMSA 1JKCA 2B5ZA 4EOFA 1LJIA 1HFYA 2AUBA 2BQLA 2YVBA 3A92A 2BQNA 4LT2A 3G3BB 1J1PY 1QTKA 3CSQA 1GB3A 2YDGA 4DD2A 1OUDA 1LZYA 2MEAA 3B72A 4GLAA 1LZ4A 1INUA 3W6DA 3WYHA 4BAPA 3CT1A 2DQJY 4NGWA 3WXUA 134LA 8LYZA 2BQKA 1IP1A 1IP2A 1H6MA 1J1XY 1IP5A 1KIRC 2FBDA 1V7SA 4M4OA 1XGTC 1DQJC 1LSMA 5KXWA 1FN5A 1LHJA 2Z2EA 1WTNA 3ATNA 2WARA 4N9RA 1LJFA 3RNXA 1GF6A 1N4FA 1YKYX 2ZQ4A 3A67Y 4G4HA 4QDNA 3B0OA 2H5ZA 4B4EA 4DD7A 3WL2A 1C46A 1OP9B 1E8LA 2D91A 5ILFA 2G4NA 5L9JA 1LMQA 1CJ9A 1IOCA 2LYZA 2XTHA 4HJVA 1IVMA 3E3DA 2C8OA 1LZ9A 1UACY 1VFBC 1LSAA 2DQEY 1GD6A 4II8A 2XBRA 3ULRA 4KPMA 5LVHA 2MECA 4DD3A 1GF0A 2DQAA 1QUTA 5I4WA 1DI4A 1WQRA 4XJDA 4NGIA 1HEMA 1GB9A 1QDTA 3ZEKA 3N9AA 4NHPA 1CJ6A 4FDYA 4OOOA 5D5CA 3QE8A 4GCDA 4NIJA 4UWUA 1DI5A 1W6ZA 1I56A 1NF5A 1XGRC 3QNGA 5I54A 5KXTA 4DC4A 3TXBA 1UA6Y 1ZVYB 1WQOA 3TMWA 2Q0MX 3TXDA 1JSFA 1HF4A 5DL9A 1JWRA 1LYYA 1OUGA 3LZTA 1QUSA 4AXTA 1IWZA 1HHLA 1QDRA 2YBIA 1LHKA 4ETCA 4ETBA 1F0WA 3LYMA 4LYTA 4XENA 3AZ6A 1UIEA 4NGVA 4NGJA 4D9ZA 1UIAA 1XGUC 1YAOA 1NWGA 4RLNA 5IHGA 1CKDA 3AGHA 3EO5A 1JIYA 1LJ3A 1QIOA 4LYOA 3TMVA 5I4XA 4PHIA 1IIZA 2FYCA 1GPQC 1UIHA 1BB6A 4NHTA 4UWVA 1LYOA 1G7JC 1VDSA 4OWCA 3CSRA 5APCA 1JJ1A 1IY3A 4CHXA 1HEWA 1B7RA 1KXXA 1B7SA 1LMPA 4WM4A 5B07A 5KXZA 5LVKA 4TTDA 3AGIA 3M3UA 1RJCB 1O23A 2G4PA 3IJVA 2BPUA 5I53A 4UWNA 4CFOA 4PRQA 1LZ8A 1GFUA 1BWHA 1LMAA 2W1YA 2DQHY 2MEHA 3J4GA 3WH1A 4Z41A 3A3RX 4QEQA 4LT3A 5APDA 4IATA 5LVGA 4B1AA 4WM6A 1LZAA 1G7MC 1REYA 2Y8PA 2MEBA 4DDCA 3P65A 4R6CA 1UIDA 1GF9A 1GB7A 5APFA 1C43A 4Z46A 2BQCA 3AZ4A 5E4PA 1UBZA 5LVJA 1LSZA 1LSDA 1WQPA 1G7LC 1LSEA 3HBDA 5F9UA 1IP6A 1XGPC 3CT0A 1JHLA 1IWTA 1LAAA 1FLUA 3W6AA 3EBAB 3MGWA 4H9FA 4TX7A 5FHWA 4YEOA 3N9CA 4R0FA 1MLCE 2CDSA 5IELA 1YL0X 1GDWA 3WMKA 1LZTA 6LYZA 1GFTA 2VB1A 3KAMA 2D4JA 1C45A 1JKAA 2FYDA 1CKGA 3CB7A 1YAQA 1LJEA 2YBNA 2ZYPA 3AZ5A 1B5YA 5T3FA 3P66A 1IWYA 1IC4Y 1LSNA 1DXJA 4HSFA 1GF3A 2F4GA 5FCPA 1GAZA 4TSCA 4DYGA 2LHMA 9LYZA 193LA 3G3AB 4RW1A 2W1MA 5DN5A 1KXWA 1B9OA 3A93A 4AGAA 2ZIKA 4PJ2C 1LMCA 2XJWA 1IC5Y 1D6PA 5D5FA 4DDBA 1LZ5A 4NHQA 4NGKA 1VDTA 2Z39A 1RCMA 1JSEA 1XEKA 4N1CC 3TXGA 4J0LA 2EQLA 3IWRA 4HPEA 2BQJA 3RW8A 1DKJA 5HMVA 1D9UA 1JTTL 2DKVA 4IJ4A 1OUAA 1BGIA 2ZIJA 1BVXA 1LSYA 1IOQA 2BLXA 1LYSA 3AW6A 1B7LA 2FBBA 3B6LA 4OOTA 5B59A 4H8YA 1YAMA 1JITA 2N5ZA 3LYOA 1V7TA 2CJLA 5JENB 2YBMA 3AYQA 4XN6A 1TDYA 5B1FA 3TXIA 1B7PA 1VDQA 3LYTA 4OW1A 4N0JA 4ZIXA 4H1PA 4XYYA 4HJYA 1UUZC 3TXJA 4ETEA 3FE0A 2W1XA 1FDLY 2BQGA 3WW5A 1BWIA 4PPOA 1LJ4A 1LTMA 5HNLA 4LYMA 4XJGA 4HTNA 4MCKA 4I8SA 1B5XA 3D3DA 4IASA 5L3HA 1RI8B 1JJ3A 1LHHA 2HECA 4W96A 1ZVHL 7LYZA 1LKRA 4WM5A 1IO5A 1YILA 3HFMY 3RZ4A 1UIFA 1LZNA 2CGIA 2D4IA 3WPKA 3WU9A 1QSWA 2HUBA 1HSXA 2DBTA 3A96A 2ZYCA 1GFHA 4CFPA 2HEDA 4WLXA 1ZMYL 4KXIA 1LMNA 4GLVA 5LIOA 153LA 1HFXA 2HEFA 1LZSA 1IP3A 4WM1A 2BQIA 5KKJA 2HU1A 1BWJA 4H8XA 1GHLA 4QGZA 1WQQA 1CJ7A 4DD0A 1CKCA 4HTQA 4I0CA 5KXNA 1DPWA 1PS5A 4GCCA 1LSGA 1OUHA 3WU7A 3OK0A 1JEFA 5I4YA 1HFZA 2LYOA 5A3ZA 5J7CA 1I1ZA 4ETAA 1IR9A 1OUCA 2LZ2A 1NDGC 2PC2A 4XADA 5LYZA 1B7NA 4H9IA 4OWEA 3TXEA 3A6CY 4X3BA 3CSZA 4NSIA 1GE1A 1B5VA 1LHIA 1SLYA 5F81A 4C3WA 1VEDA 3B0KA 2YBHA 3F6ZA 3WW6A 1BB4A 3TMXA 4HTKA 3A34A 2I6ZA 3EXDA 4WOAA 1GFJA 5LAGA 2BQFA 4HPIA 1G7HC 1YKZX 2I26L 1UIBA 2BQHA 1HSWA 1CNSA 4NGZA 1IWUA 4BAFA 1YL1X 1IP7A 1KIQC 1H87A 1NHEA 1GB0A 1LZEA 2NWDX 3A91A 1HC0A 4NSGA 1FLQA 1AT5A 2EKSC 1REXA 4U3XB 1BVKC 132LA 3CT5A 5B06A 3WUNA 1LSFA 4PRUA 1DI3A 1OUFA 1HELA 4J7VA 4OWAA 4H8ZA 1FBIX 4G4BA 1GE3A 3K3TA 1LJNA 1GXV2 1QSAA 4KT3A 1IY4A 1LJHA 4YF2A 5C6JA 3M18B 1B5ZA 1IX0A 2DQDY 3TXHA 4H94A 1GF8A 3WULA 1HENA 4NSJA 3W6BA 1LJKA 1AKIA 1A2YC 1HNLA 1GBWA 1D0MA 1HERA 2HEAA 4B49A 4TSBA 5E9RA 1YIKA 3CQLA 3AB6A 5DM9A 3AZ7A 1B7MA 4M6DA 1REZA 4LFXA 3TXKA 4NG1A 1NQIA 1LMOA 1HEPA 1LZRA 4MSTA 4G49A 1J1OY 1B5UA 1UCOA 1NBZC 5KY1A 3T6UA 1IWVA 1NBYC 1T3PA 2BQAA 1JTOL 4RW2A 5K7OA 3AW7A 1EQ5A 2YSSC 4GCEA 1GE2A 194LA 1JJ0A 1OUJA 4QY9A 4DD9A 1GF4A 1D6QA 1OUIA 3A8ZA 3LZ2A 4G4CA 1KXYA 4RDSA 4EMNA 1IORA 4GN4A 5LYMA 4P2EA 1QTEA 1REMA 2LZTA 2BQOA 2HEEA 2I25L 3GXRA 5HQ1A 1TBYA 4ANRA 4DD1A 2BAAA 4YENA 1C7PA 5KJ9A 5KXOA 2CWIA 4GCBA 4NEBA 3WPLA 4DWXA 1HEQA 3WVXA 4BS7A 1YROA 1GE4A 1IWWA 1GB6A 4TUNA 3AGGG 4WG1A 3LHMA 1YKXX 1B7QA 1WQMA 4H90A 1OUBA 4NG8A 4O34A 1F10A 1QQYA 1W08A 1LSPA 4Z98A 1FLYA 5KXLA 4HJZA 1JISA 4XJBA 1D0LA 1JKBA 1FKVA 2BLYA 4GN3A 5F9XA 5A3EA 3WVYA 1GF7A 5HLLA 1BB7A 1ZV5L 4WO9A 3T36A 3ZVQB 3ZVQA 1LKSA 1YAPA 3W3EA 3N9EA 1AZFA 4HV1A 3AJNA 2C8PA 3A94A 1LJGA 1IOTA 3FI7A 5LA8A 5L3IA 4NHSA 4NY5A 5IDDA 5ILCA 1GEZA 3LN2A 2MEDA 3OJPA 4WG7A 1WVVA 5FEKA 4ZFPA 4LZTA 2BQMA 1F6RA 1WQNA 4GCFA 1GBZA 1NDMC 4A7DA 4WLTA 3ATOA 1FKQA 2DQIY 3A3QA 2RSCA 1G7IC 2Z12A 1DKKA 5DLAA 1LMTA 1XSFA 1GFRA 1IEEA 4ETDA 4HV2A 1RE2A 1JKDA 1GBOA 1IC7Y 3J6KA 4N8ZA 5FSTA 2EPEA 1AT6A 1JUGA 4H9BA 1LYZA 1LCNA 208LA 4H93A 2HEBA 4DDAA 3WUMA 5KXRA 5FDJA 4LYBA 4WLYA 3W6CA 2F2NA 1NKHA 3P68A 3P64A 4B4JA 4HP0A 5KXPA 4ET9A 1C08C 1GWDA 1IR8A 1GDXA 1EQ4A 2MEFA 5LAFA 3RU5A 4C5FA 4RLMA 4LT1A 3RT5X 1EL1A 4KL7A 5KXSA 4WM3A 1GFKA 1I20A 1LZBA 5C6IA 4ML7A 4WL6A 3D9AC 3WU8A 5M1YA 1DZBX 4H9CA 4YOPA 5FELA 1LSBA 4XJIA 3A6BY 4N1EI 1HMLA 1Z55A 1GE0A 1WVUA 1JTPL 2EIZC 4J1AA 4OWBA 3TMUA 2ZILA 4XJFA 4YM8A 3IJUA 2ZWBA 5AMYA 4B4IA 4NHIA 4OWHA 5I5QA 4ET8A 2ZNWY 2F4AA 1UC0A 2DQFC 2DQCY 5F16A 4WM2A 4ZEEA 1BB5A 5DN4A 1ALCA 2DQGY 2BQDA 3P4ZA 2IFFY 5LYTA 5F14A 2H9JA 4L41A 5LA5A 1GB8A 1MELL 2G4QA 3GXKA 1CKHA 1BQLY 133LA 1LZDA 1VDPA 1LHLA 4N5RA 5LVIA 1EQEA 4J1BA 4FJRA 4YEMA 1IP4A 1DPXA 1GF5A 1WTMA 4NFVA 4WMGA 135LA 2Z18A 2HTXA 4H9AA 1LPIA 1LZ6A 2Z2FA 1FLWA 3QY4A 4H92A 1OQMA 1XFPL 2A7FA 2Z37A 5KXKA 2GV0A 5B1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUEA 4GBRB 3DN4A 4NSHA 1LHMA 1GBXA 5KXYA 1L38A 156LA 1IR7A 1JPOA 3TXFA 4CJ2A 252LA 5I14A 5KKIA 1G0JA 1F6SA 1PQMA 1XEPA 1CU6A 2OE9X 5B05A 2X0AA 4B0DA 115LA 4NGLA 5II3A 5KXXA 147LA 1GB5A 4NGYA 4WO6A 3CDVA 4LYZA 1XEJA 2B75A 2Z38A 129LA 1XJTA 2NTHA 2MEEA 4W94A 4Z3MA 1QSBA 213LA 141LA 1GAYA 2BQEA 2W1LA 1P2CC 1IOSA 4LGKA 4MR1A 1YANA 2ZNXY 3A95A 1LSCA 4S0WA 1GBYA 2RB1X 2B5ZA 2YVBA 1DYGA 2BQLA 4LT2A 110LA 2MEAA 1C6QA 4GLAA 4BAPA 1L62A 262LA 1IP2A 1SWZA 1V7SA 1XGTC 1WTNA 3ATNA 2F2QA 2WARA 1LJFA 1L18A 1GF6A 3A67Y 2H5ZA 1C46A 3SB8A 1E8LA 2D91A 3VW7A 2C8OA 1UACY 4II8A 2XBRA 3ULRA 5LVHA 1GF0A 1WQRA 4NHPA 5D5CA 4GCDA 5KXTA 1QT6A 1W6ZA 1XGRC 5LZMA 1OYUA 1JWRA 3L2XA 1C69A 4AXTA 3C82A 1L79A 3AZ6A 1UIEA 4NGVA 145LA 1XGUC 1YAOA 3AGHA 3EO5A 1JIYA 1LJ3A 4PHIA 1GPQC 1UIHA 1CTWA 1C6PA 4UWVA 125LA 1JTMA 4AQNA 138LA 3G3WA 1HEWA 1B7RA 1LMPA 127LA 3QAKA 130LA 1PQJA 5KXZA 2G4PA 4CFOA 1LZ8A 1OWZA 4I7SA 1BWHA 1P36A 1KNIA 4Z41A 3A3RX 5LVGA 5APDA 4B1AA 1G7MC 3DNAA 1GF9A 5APFA 1C43A 3AZ4A 191LA 4DKLA 1L20A 1G7LC 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HMK A;  1OUE A;  1B2K A;  1C10 A;  1LZ1 A;  4NSH A;  1RFP A;  1LHM A;  1GBX A;  2BQB A;  5KXY A;  1D0K A;  2YBJ A;  3WUA A;  1LZG A;  1TEW A;  1IR7 A;  3A90 A;  1JPO A;  3TXF A;  1AM7 A;  4CJ2 A;  2HU3 A;  4NWH A;  3BKV A;  4H91 A;  2LYM A;  1VAT A;  1TAY A;  1CKF A;  3W6F A;  5KKI A;  2D4K A;  1UIC A;  4G9S A;  1A4V A;  2ZQ3 A;  1F6S A;  1GBS A;  1VAU A;  3B0I A;  5B05 A;  4H9H A;  2YBL A;  2Z19 A;  2IHL A;  2X0A A;  1XGQ C;  4B0D A;  4H9E A;  1B0D A;  4WLD A;  3LYZ A;  4LFP A;  4NGL A;  3VWO A;  5II3 A;  1LZC A;  5KXX A;  1GB2 A;  1LJJ A;  4E3U A;  4NGO A;  4NWE A;  5APE A;  1UIG A;  4PGJ B;  1IWX A;  1GB5 A;  1YQV Y;  3HBE X;  4NGY A;  1HEO A;  2XBS A;  4TWS A;  4WO6 A;  4XJH A;  2MEG A;  3W6E A;  5LXW A;  2MEI A;  4LYZ A;  1NMM A;  1XEJ A;  1GFE A;  154L A;  1BHZ A;  1LOZ A;  2Z38 A;  1TCY A;  207L A;  2H9K A;  4GN5 C;  6LYT A;  1GXX A;  1T6V L;  4LYC A;  2MEE A;  5LIN A;  4W94 A;  4DT3 A;  4Z3M A;  2A7D A;  1GEV A;  5KXM A;  4WL7 A;  4LT0 A;  2F30 A;  1GFV A;  3WXT A;  1GAY A;  4BAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LWG A;  4YEN A;  4I7Q A;  5KJ9 A;  3WPL A;  1HEQ A;  3AGG G;  1YKX X;  1C6K A;  241L A;  4O34 A;  1F10 A;  1LSP A;  222L A;  1L07 A;  4DQJ A;  1PQK A;  4HJZ A;  5KXL A;  1JIS A;  4WO9 A;  3T36 A;  143L A;  3SBA A;  1IOT A;  1TLA A;  5ILC A;  3LN2 A;  5FEK A;  1D9W A;  3HDF A;  3ATO A;  1PQO A;  2RSC A;  5DLA A;  3DN6 A;  1XSF A;  1CX6 A;  4HV2 A;  2OE7 X;  1IC7 Y;  2OTZ X;  3C8Q A;  3SBB C;  208L A;  4H93 A;  229L A;  5KXR A;  5FDJ A;  1LGX A;  3P64 A;  1QUD A;  3RU5 A;  1L10 A;  1L93 A;  1EL1 A;  2B6W A;  1LZB A;  1L76 A;  5C6I A;  3D9A C;  1P64 A;  1G0L A;  5FEL A;  4EJ4 A;  3ODU A;  1G0M A;  1QUG A;  4XJF A;  5AMY A;  1C6H A;  1UC0 A;  2DQC Y;  5F16 A;  1BB5 A;  184L A;  1LYE A;  1ALC A;  2IFF Y;  1L17 A;  1GB8 A;  2G4Q A;  1LZD A;  133L A;  1VDP A;  5LVI A;  3V2W A;  1L14 A;  1DPX A;  4LDE A;  4H9A A;  245L A;  4DJH A;  1LZ6 A;  5KXK A;  1XFP L;  2Z37 A;  3TXE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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