2XBSA

Raman crystallography of hen white egg lysozyme - high x-ray dose (16 mgy)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Raman Assisted Crystallography Reveals a Mechanism of X-Ray Induced Reversible Disulfide Radical Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2xbsA00
4N5RA 3RW8A 2XJWA 1CJ7A 3WU8A 1A2YC 4B0DA 1BWJA 4WL7A 4DDCA 7LYZA 5L9JA 1IOCA 3G3BB 2XBRA 3ZVQB 1N4FA 4IJ4A 4DD0A 4H8XA 2LZTA 4NHTA 4LYMA 5K7OA 2Z39A 3ULRA 1J1OY 1UIDA 1LMTA 1WQRA 2F2NA 2HEDA 3A94A 1B5ZA 4NSIA 4YM8A 1LMQA 1GB2A 208LA 5LXWA 1GFJA 2MEDA 5B06A 4KXIA 3TMVA 2WARA 1BHZA 3OJPA 1B7QA 1UIGA 4G9SA 1GE3A 1LJ3A 1FBIX 3P66A 1D9UA 4B4IA 4FDYA 1SQ2L 2YBJA 1IY4A 4NY5A 2LZ2A 4Z41A 3T36A 2FYCA 3EMSA 5I4XA 3A95A 1B7RA 1QQYA 4HV2A 2CDSA 6LYZA 4YEOA 1IOSA 1QUTA 4RDSA 1LJGA 3P68A 1IWVA 1MELL 1RJCB 4OOTA 1JKDA 2BQKA 5DL9A 3TXIA 1JSFA 4DD3A 4PGJB 1DZBX 1LSYA 4WOAA 4I8SA 4RW2A 5I5QA 3WUAA 5FCPA 1LSFA 2DQEY 1B7MA 1WQMA 1G7HC 1H87A 2BQAA 2IFFY 4WM1A 2F30A 1JKCA 2H9JA 5APDA 2LHMA 1NBYC 1TAYA 4H9BA 4WM4A 1JJ3A 2DQJY 1GAYA 1GXV2 2ZYCA 2MEEA 1LZGA 4GCEA 1IP6A 3CSRA 1DI5A 5LAFA 3BKHA 1D0MA 4WLTA 8LYZA 1LSAA 1CKHA 2N5ZA 3D9AC 4KL7A 5D5FA 1LOZA 1FKVA 4B1AA 2I6ZA 4DD7A 1GE1A 3ZVQA 4AXTA 1TEWA 4L41A 1KIQC 2BQGA 1GF3A 1REMA 3CSQA 1VDQA 2Z2EA 4IATA 4H8YA 1XEJA 2BQMA 1J1XY 1GE4A 1ZVHL 2AUBA 4Z46A 5ILCA 1G7LC 1WTNA 2BQLA 1W6ZA 4NGJA 1GBSA 3A93A 3RNXA 4NWEA 4M6DA 2W1YA 1GFAA 4ET8A 1EQ5A 2BQJA 1LSNA 1GBYA 4UWUA 3VWOA 2HTXA 2YBNA 1OUAA 1D6PA 2HEBA 5KXRA 1FKQA 1WQNA 1UACY 1B5VA 3WYHA 4DDAA 4YENA 2C8PA 1JUGA 4KPMA 1GF8A 1LZBA 1LHJA 5HMJA 4OWEA 2YBHA 5IHGA 1YAQA 4OOOA 1G7JC 1LJFA 1UA6Y 4GCBA 2XTHA 4NHIA 1YANA 1OUHA 4G49A 1YILA 4QGZA 3MGWA 1LZ1A 4BADA 1LSPA 4U3XB 4YF2A 1FLQA 3LZTA 1IIZA 3D3DA 3WUNA 1DKKA 5DN5A 4OWHA 2BQOA 1XFPL 1FN5A 1YKZX 4H9CA 4NWHA 154LA 1LKSA 4B4JA 4OWBA 2MEFA 5KXKA 1OUDA 5LVIA 3AGHA 6LYTA 3AGIA 1BB7A 4H92A 1IR9A 153LA 2CGIA 1HEWA 1NHEA 3A6BY 4NGIA 5KXOA 3GXKA 3LHMA 4YOPA 3A91A 2DQHY 4BAFA 5LA5A 1QSAA 3M3UA 3W6EA 1RI8B 4DC4A 5LVJA 5FHWA 2BQNA 3CT0A 4LYCA 3G3AB 1EQ4A 1CNSA 1BWIA 1V7SA 1IEEA 1OUIA 1ZVYB 4H1PA 4W96A 1LZAA 1T6VL 1ZV5L 4G4CA 4ET9A 4WM6A 1AKIA 1OUBA 5APCA 1UICA 2EIZC 1QIOA 2ZIKA 1IWWA 3HBHA 1TCYA 3ATOA 2D4IA 4NGVA 5KXNA 2D91A 3ZEKA 4D9ZA 1DQJC 1WQOA 4Z3MA 2FYDA 2HUBA 5LYTA 1VDTA 2YDGA 5I54A 1QDRA 5KXSA 5HLLA 3B72A 5LAGA 5E4PA 1B9OA 1B2KA 1GBZA 4HPIA 1YKXX 4WO9A 1LMAA 1QUSA 3N9EA 1LHIA 1F0WA 1IO5A 1HHLA 4QDNA 1JSEA 4NG8A 1IC5Y 3GXRA 1KIPC 4C3WA 4AGAA 1LZYA 3A3RX 4HJVA 2F4AA 2ZYPA 4H91A 1OUGA 2D4KA 4CGEA 3P64A 2B5ZA 3WL2A 2CWIA 4HTKA 1EL1A 2F4GA 4H9AA 1CKGA 4I0CA 3WW5A 1FLWA 4WG1A 1IR8A 1DXJA 3A3QA 3W3EA 1I1ZA 3WXTA 5APEA 1AT6A 2DQGY 1REZA 1HEQA 1LHMA 1XGQC 2YBIA 4NIJA 3AYQA 1UCOA 2FBDA 4X3BA 1OQMA 2FBBA 2RSCA 1INUA 1LJKA 1G7IC 3AW6A 1T3PA 1RE2A 1XGUC 1UBZA 5DLAA 3TXJA 4NGWA 5JENB 5KXWA 1LZ5A 2YBLA 1QSWA 1YAPA 1NDGC 5B1FA 1D0KA 1VDPA 5F9UA 1GHLA 4Z98A 1BB3A 5APFA 1I20A 1QTKA 4NGKA 3LYMA 1UUZC 3B0KA 3P4ZA 4HP0A 1GFKA 1HMLA 2I25L 2BQDA 4XJDA 1JJ0A 5LIOA 4WL6A 4HTNA 3TXBA 1BQLY 2BLYA 1B5UA 2GV0A 3AGGG 1LMCA 1LTMA 1XGPC 4LYZA 5J7CA 1JKBA 1GBOA 2BLXA 2Q0MX 4WM2A 2Y8PA 4XYYA 1IP4A 1GB0A 3AB6A 3F6ZA 1AT5A 3EXDA 5KY1A 5KXZA 5LYZA 1LSZA 4H9EA 4ML7A 4W94A 4NHSA 1HFYA 4LGKA 1A4VA 4UWVA 4CJ2A 1B5YA 1BGIA 4GCDA 4PPOA 5FSTA 4XJFA 4NHQA 5I53A 1LMNA 1O23A 1UIEA 1C10A 1YL0X 2BAAA 5E9RA 1LZ6A 4MSTA 2H9KA 4CFPA 132LA 2C8OA 9LYZA 1LZTA 1IY3A 1GBWA 1JTPL 1CKFA 3EO5A 1IOTA 1GDXA 1HEPA 2LYZA 5KXYA 3AZ4A 4HJYA 4P2EA 1VDSA 5LVHA 2DQAA 1G7MC 1LZSA 3WH1A 4N1EI 4DWXA 5HNLA 193LA 1KXYA 1LJJA 3LZ2A 2ZILA 2HECA 2X0AA 2DKVA 2MEIA 4J7VA 2G4NA 3HBEX 1LMOA 1JTOL 5AMYA 4J1BA 4WM5A 2D4JA 4XJIA 3BKVA 2BPUA 1IP3A 1FLUA 1GF6A 4GN5C 3TMUA 2ZQ4A 4GN3A 1Z55A 1CKCA 1GB7A 4BS7A 1C46A 3A8ZA 2YSSC 4IASA 5HNCA 1XSFA 1IP7A 1GB9A 1BVKC 1GWDA 4NSJA 4H93A 4ETAA 2ZIJA 1HC0A 1LZCA 1JITA 1UC0A 1LJNA 3TXDA 3A96A 1DPWA 4XN6A 3WPJA 1V7TA 2W1XA 4QY9A 3RT5X 1XGTC 1GFVA 4LT2A 3CT5A 4N9RA 1OUFA 1REYA 4PJ2C 4XENA 1LPIA 1LYOA 3ATNA 1LSDA 4XJBA 1BB5A 1CJ9A 3A92A 4H9IA 4TSCA 4E3UA 2MEAA 4OWAA 1NDMC 3WULA 2H5ZA 4HSFA 4BAPA 1LHHA 2HU1A 1ALCA 1XGRC 3WMKA 1YL1X 1LYZA 2ZNWY 4NGLA 1IWXA 1CJ6A 1HEMA 4ETDA 3J6KA 3IJVA 1BB6A 1QDTA 4EMNA 4R6CA 5LINA 1HEOA 3WVYA 1YROA 4ANRA 5IELA 3T6UA 1B7OA 1VAUA 5F14A 4II8A 5LVGA 5L3HA 1IWZA 5F9XA 4ETBA 2HEFA 4A7DA 1IP5A 133LA 4NGOA 4RLMA 2W1LA 2W1MA 1B0DA 4GCFA 3W6CA 1GPQC 4NSHA 3A34A 1WQPA 3B0OA 4B49A 4GN4A 1HENA 4TX7A 1H6MA 2EPEA 3TMWA 2G4PA 4DD2A 1GFHA 1GEZA 2LYMA 1JTTL 4UWNA 2HU3A 4R0FA 1KXWA 1DI3A 2DQIY 1LJ4A 3IWRA 1OUEA 3M18B 4GLVA 4EOFA 4XADA 3W6BA 2CJLA 5KKIA 3B6LA 1IWYA 5KXXA 1J1PY 4MCKA 3RZ4A 1IC4Y 1JPOA 3AZ7A 1GB3A 4H90A 1LAAA 3A67Y 1JKAA 1VEDA 1GFEA 1LZEA 4CFOA 1IX0A 5KJ9A 1WTMA 1RFPA 1GB6A 1GBXA 2PC2A 4NGZA 5EBHA 1GF7A 1LJIA 3EBAB 1IOQA 3FI7A 4ZFPA 5HQ1A 1C43A 1LSMA 2Z38A 2BQHA 1HFZA 5KXTA 1P2CC 1PZYA 5I4WA 3N9CA 2A7DA 4N8ZA 3WPKA 1TBYA 2A7FA 3K3TA 5D5CA 4B4EA 5A3EA 5II3A 1CKDA 3W6AA 4DD1A 4LYBA 4HTQA 4PHIA 1YKYX 4GCCA 3TXEA 1GAZA 2ZQ3A 4NSGA 3OK0A 4CHXA 5FEKA 1LMPA 4FJRA 4ZEEA 1GF4A 2BQCA 4OWCA 3WU9A 5IDDA 2LYOA 5F16A 4NGYA 3WXUA 4WLDA 4WM3A 1KXXA 2Z12A 4HV1A 1NBZC 1YQVY 3TXHA 1HNLA 4J0LA 4TTDA 1LHLA 1JWRA 1SLYA 3QY4A 3J4GA 1OP9B 1D6QA 1UIHA 3LYTA 5B05A 1GB8A 1HSWA 1NKHA 4NEBA 5B1GA 1B7PA 1WVVA 2IHLA 1JIYA 1C7PA 4LZTA 1B5WA 4WLXA 1C45A 1LJEA 1LZ9A 1ZMYL 4OW1A 1IVMA 4LYOA 1NF5A 2DQDY 1IORA 4QEQA 1GB5A 3AZ6A 5C6JA 3HFMY 4TWSA 2DQCY 3LYOA 5LA8A 3TXFA 4J1AA 1F6SA 1IWTA 2VB1A 1GE2A 1LHKA 5KXLA 1WVUA 4RW1A 5DM9A 5KXMA 1LSBA 2DQFC 2HEEA 2DBTA 3WVXA 1B7LA 1KIRC 4LT1A 3TXKA 2HEAA 1IR7A 1REXA 3CQLA 1GF0A 4XJGA 4O34A 4DD9A 3CSZA 3RU5A 2YVBA 4H94A 4XJHA 4LFXA 1LCNA 1DPXA 4LYTA 1GD6A 3E3DA 4ZIXA 194LA 1GF5A 3AZ5A 1YAOA 1LYYA 1D0LA 3AJNA 4H8ZA 4WMGA 1JISA 1GEVA 3CT1A 4NFVA 3W6DA 1NQIA 1QTEA 1HERA 1TDYA 1GFRA 1B5XA 1LZ8A 1W08A 4TUNA 3WPLA 1GF9A 3WW6A 4KT3A 3WU7A 5KXPA 4PRQA 4PRUA 5B07A 3FE0A 2ZNXY 3P65A 1IP2A 4MR1A 4NHPA 4LFPA 5L3IA 3CB7A 2XBSA 2BQIA 3AW7A 3QE8A 1UIAA 2I26L 3N9AA 1OUJA 3B0IA 5C6LA 1JHLA 3QNGA 2G4QA 1UIFA 2EQLA 1MLCE 5LVKA 5C6IA 5A3ZA 5LYMA 2MECA 3TXGA 1DKJA 1BWHA 1BB4A 3KAMA 1WQQA 3SP3A 1B7SA 4G4HA 1FDLY 1HELA 1NWGA 4NG1A 1AM7A 1LYSA 4WO6A 4ETEA 1GE0A 1VFBC 1NMMA 2Z37A 3TMXA 4GLAA 1IP1A 2D6BA 2EKSC 3LN2A 1F10A 5B59A 1BVXA 4H9FA 1LSGA 135LA 3IJUA 5T3FA 3W6FA 3LYZA 134LA 1HSXA 2Z2FA 1GFGA 2YBMA 2MEHA 1F6RA 4ETCA 2BQEA 2MEBA 4TSBA 4DYGA 1LZNA 2Z18A 4G4BA 1XEIA 4RLNA 4WLYA 2ZWBA 5DN4A 1EQEA 1GXXA 2NWDX 5ILFA 1B7NA 5M1YA 5KKJA 5HMVA 4C5FA 1JEFA 1HMKA 3A90A 1LZ4A 1PS5A 207LA 1UIBA 2BQBA 4DT3A 1DI4A 1GDWA 5F81A 4M4OA 3A6CY 2BQFA 4YEMA 3WUMA 1CJ8A 4LT0A 1OUCA 2Z19A 4N1CC 1LJHA 1FLYA 4HJZA 1VATA 1E8LA 4N0JA 1LKRA 1AZFA 1YIKA 1C08C 4H9HA 1LSEA 1IWUA 1HF4A 5FELA 1XEKA 1HFXA 4WG7A 3HBDA 5FDJA 1LZDA 1GFUA 2MEGA 4LT3A 1YAMA 1RCMA 4DDBA 5I4YA 1I56A 1LSCA 1IC7Y 4HPEA 1JJ1A 1LZRA 1GFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 3RW8A 1A2YC 1P2RA 1BWJA 7LYZA 1CU3A 3HUAA 213LA 4DD0A 3L64A 4LYMA 3ULRA 1P37A 5LXWA 1GFJA 1LYIA 3TMVA 1BHZA 1UIGA 4G9SA 1FBIX 4YX7C 248LA 3A95A 148LE 167LA 1QQYA 4YEOA 225LA 1QUTA 197LA 1C6EA 1MELL 1JKDA 1L51A 1L01A 1D2YA 4PGJB 1LSYA 5I5QA 4RW2A 1KS3A 2BQAA 2LC9A 1JKCA 2LHMA 191LA 1NBYC 1TAYA 1OVJA 1LZGA 1IP6A 4WLTA 8LYZA 1CKHA 2Q9DA 5D5FA 209LA 1LOZA 1FKVA 4DD7A 1KNIA 1LPYA 1KIQC 1GF3A 2IGCA 3V2YA 1L12A 1SX2A 1L20A 1VDQA 108LA 1GBSA 1LSNA 1QUDA 3VWOA 2HTXA 2YBNA 1FKQA 233LA 1UACY 3GUMA 4ARPA 4DDAA 200LA 2Z6BA 2C8PA 1L0KA 1QSBA 1GF8A 171LA 1LHJA 1L08A 2YBHA 1G7JC 2XTHA 1L27A 4NHIA 3SB7A 1FLQA 1L90A 1DKKA 154LA 4H9CA 1DYBA 1LKSA 2MEFA 1ZWNA 1BB7A 1IR9A 2RAZX 1L44A 3GXKA 2DQHY 1RI8B 5LVJA 3CT0A 3G3AB 2QB0B 1ZVYB 2OU0X 1L0JA 173LA 1ZV5L 4ET9A 2B6WA 1IWWA 5KXNA 2D91A 3ZEKA 2LCBA 1C6TA 4Z3MA 1DYDA 169LA 1L46A 3B72A 3HT7A 1GBZA 4I7OA 3C83A 4WO9A 1LMAA 1QUSA 1F0WA 1IC5Y 1CU6A 1LZYA 2RAYX 3FADA 4H91A 1CUQA 4HTKA 1G1VA 1IR8A 5APEA 1REZA 1XGQC 4X3BA 3GUPA 221LA 1L24A 1G7IC 3AW6A 1XGUC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N5R A;  3RW8 A;  2XJW A;  1CJ7 A;  3WU8 A;  1A2Y C;  4B0D A;  1BWJ A;  4WL7 A;  4DDC A;  7LYZ A;  5L9J A;  1IOC A;  3G3B B;  2XBR A;  3ZVQ B;  1N4F A;  4IJ4 A;  4DD0 A;  4H8X A;  2LZT A;  4NHT A;  4LYM A;  5K7O A;  2Z39 A;  3ULR A;  1J1O Y;  1UID A;  1LMT A;  1WQR A;  2F2N A;  2HED A;  3A94 A;  1B5Z A;  4NSI A;  4YM8 A;  1LMQ A;  1GB2 A;  208L A;  5LXW A;  1GFJ A;  2MED A;  5B06 A;  4KXI A;  3TMV A;  2WAR A;  1BHZ A;  3OJP A;  1B7Q A;  1UIG A;  4G9S A;  1GE3 A;  1LJ3 A;  1FBI X;  3P66 A;  1D9U A;  4B4I A;  4FDY A;  1SQ2 L;  2YBJ A;  1IY4 A;  4NY5 A;  2LZ2 A;  4Z41 A;  3T36 A;  2FYC A;  3EMS A;  5I4X A;  3A95 A;  1B7R A;  1QQY A;  4HV2 A;  2CDS A;  6LYZ A;  4YEO A;  1IOS A;  1QUT A;  4RDS A;  1LJG A;  3P68 A;  1IWV A;  1MEL L;  1RJC B;  4OOT A;  1JKD A;  2BQK A;  5DL9 A;  3TXI A;  1JSF A;  4DD3 A;  4PGJ B;  1DZB X;  1LSY A;  4WOA A;  4I8S A;  4RW2 A;  5I5Q A;  3WUA A;  5FCP A;  1LSF A;  2DQE Y;  1B7M A;  1WQM A;  1G7H C;  1H87 A;  2BQA A;  2IFF Y;  4WM1 A;  2F30 A;  1JKC A;  2H9J A;  5APD A; 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 4NHP A;  4LFP A;  5L3I A;  3CB7 A;  2XBS A;  2BQI A;  3AW7 A;  3QE8 A;  1UIA A;  2I26 L;  3N9A A;  1OUJ A;  3B0I A;  5C6L A;  1JHL A;  3QNG A;  2G4Q A;  1UIF A;  2EQL A;  1MLC E;  5LVK A;  5C6I A;  5A3Z A;  5LYM A;  2MEC A;  3TXG A;  1DKJ A;  1BWH A;  1BB4 A;  3KAM A;  1WQQ A;  3SP3 A;  1B7S A;  4G4H A;  1FDL Y;  1HEL A;  1NWG A;  4NG1 A;  1AM7 A;  1LYS A;  4WO6 A;  4ETE A;  1GE0 A;  1VFB C;  1NMM A;  2Z37 A;  3TMX A;  4GLA A;  1IP1 A;  2D6B A;  2EKS C;  3LN2 A;  1F10 A;  5B59 A;  1BVX A;  4H9F A;  1LSG A;  135L A;  3IJU A;  5T3F A;  3W6F A;  3LYZ A;  134L A;  1HSX A;  2Z2F A;  1GFG A;  2YBM A;  2MEH A;  1F6R A;  4ETC A;  2BQE A;  2MEB A;  4TSB A;  4DYG A;  1LZN A;  2Z18 A;  4G4B A;  1XEI A;  4RLN A;  4WLY A;  2ZWB A;  5DN4 A;  1EQE A;  1GXX A;  2NWD X;  5ILF A;  1B7N A;  5M1Y A;  5KKJ A;  5HMV A;  4C5F A;  1JEF A;  1HMK A;  3A90 A;  1LZ4 A;  1PS5 A;  207L A;  1UIB A;  2BQB A;  4DT3 A;  1DI4 A;  1GDW A;  5F81 A;  4M4O A;  3A6C Y;  2BQF A;  4YEM A;  3WUM A;  1CJ8 A;  4LT0 A;  1OUC A;  2Z19 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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