2XBSA

Raman crystallography of hen white egg lysozyme - high x-ray dose (16 mgy)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Raman Assisted Crystallography Reveals a Mechanism of X-Ray Induced Reversible Disulfide Radical Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2xbsA00
1JWRA 5KXKA 1MLCE 1OUEA 4YOPA 2F2NA 2MEFA 3B72A 4MR1A 3WUMA 4KL7A 5HMVA 2MEHA 3T36A 1GBOA 1QUSA 1CKDA 1QIOA 1NF5A 2ZIKA 3VWOA 4KPMA 2BQDA 3FE0A 3WVXA 1DI5A 1JIYA 3BKHA 1LOZA 1IP6A 1B7RA 1W6ZA 1FKVA 2DQIY 3LYOA 4DD1A 1XEJA 1GF9A 4NHTA 4O34A 2WARA 1CKCA 1F0WA 5FEKA 1GB5A 3A6CY 1LKRA 1REMA 5E4PA 4CFOA 1WVUA 1LZ5A 3M3UA 4HSFA 3F6ZA 1V7TA 1ZVHL 2XTHA 3BKVA 4TX7A 5LINA 2D4IA 5APCA 5KKJA 4BADA 4XJHA 4N8ZA 2XBRA 2YDGA 3D3DA 3IJUA 4G9SA 1GHLA 3WXTA 1LYYA 1UIHA 3W6DA 1LSYA 1J1PY 1OUCA 1IR7A 4M6DA 4NWHA 5APDA 1LSMA 4DDCA 1NKHA 4Z3MA 1IP4A 1DQJC 1J1XY 1OP9B 3CSQA 1GXXA 4RW2A 1OUBA 4TWSA 5HLLA 1HC0A 1GF5A 1KIRC 207LA 2HEEA 1G7LC 5KXPA 1GB8A 1XFPL 1AT5A 2BQNA 1GBSA 1D6PA 4H9EA 4HV1A 1UICA 1FLUA 1IC7Y 3A91A 1LZDA 3AZ7A 1HFZA 4ETBA 2F4GA 4NG8A 4PJ2C 2BQMA 1B7NA 1IO5A 2Z2FA 2DQAA 5LYTA 1UCOA 5LVIA 1GF4A 1I20A 1EQ5A 5LAGA 1LJIA 2FBDA 1LZNA 5KXMA 4UWNA 2FYDA 5DN4A 4B4EA 1LMPA 2MEAA 4NY5A 1UIBA 132LA 2BQFA 4NHIA 2LYMA 3N9AA 1NDMC 3CSZA 3AGHA 4NEBA 1IOQA 1CJ8A 5LYMA 4NGJA 4GCBA 6LYTA 3KAMA 1HFXA 2BQHA 4IATA 5KXWA 3RW8A 4OWBA 4C3WA 3IWRA 1GDXA 1NBYC 1GBZA 4H94A 4PRUA 1IWYA 4HPIA 9LYZA 2HECA 4XENA 2EQLA 1CJ9A 1GD6A 4GLVA 4NGZA 1PS5A 4J0LA 3HBEX 4WM5A 4WLYA 4AGAA 1I56A 1UIAA 4GN4A 4W96A 4XJBA 3OK0A 1BB6A 4XJIA 3CT5A 4GN3A 4N9RA 1OUIA 1YQVY 3A67Y 2IHLA 5II3A 3M18B 1G7JC 4ETCA 1GE4A 3WH1A 208LA 4E3UA 3W6BA 4NHQA 4LYZA 3WW6A 1TBYA 3TMVA 2DQDY 1B7LA 1JUGA 1LJKA 3LHMA 1LMCA 3A92A 1CKHA 1QTKA 2HEFA 4DD3A 2G4NA 1SQ2L 1XEKA 1YAOA 1B5VA 3GXKA 4B0DA 1XEIA 3CT1A 4NWEA 5LXWA 2H9JA 1LTMA 1JISA 5K7OA 4NGWA 3TXEA 4ET9A 1BB4A 1IORA 1CJ6A 1HELA 1BWHA 2BQIA 2YBHA 2ZWBA 3AW6A 1LJEA 3A95A 4TTDA 1VFBC 3LZ2A 1JJ0A 1LZ8A 1LMTA 1MELL 2Z12A 1XGUC 4WM2A 1HERA 3LYMA 3B6LA 153LA 1C08C 5B59A 1YIKA 4WM6A 1IVMA 1IIZA 1C7PA 1LHIA 2BAAA 1GB7A 2Z18A 1KXXA 2LZTA 2DQHY 1VDPA 3E3DA 1KIPC 4N5RA 1ZV5L 4WLTA 2BQOA 5IHGA 1IP7A 4J1AA 2D4JA 1YAQA 4LYTA 4CGEA 5D5CA 135LA 1XGRC 1DI4A 4FDYA 1CKGA 4IASA 5B1FA 1IR9A 4NSGA 5I4WA 3TMUA 4H90A 4I0CA 3T6UA 4CJ2A 1YKXX 3G3AB 4HP0A 4J7VA 1GFEA 3TXJA 1LHJA 1ALCA 1T3PA 1REZA 2BQAA 5HNCA 3AGIA 1UACY 3LYZA 2MEDA 1JTTL 1BVKC 5KXZA 3W6EA 1LMOA 1DZBX 2BQJA 4ANRA 5M1YA 2BQCA 5KXNA 4M4OA 1INUA 1WQMA 1GB3A 3B0IA 1GFTA 4XN6A 5ILCA 1GAYA 1W08A 5IDDA 5IELA 1B9OA 1LJ4A 4OWAA 5F9XA 3TXHA 4BAPA 5KKIA 3WUNA 1GE0A 3WPLA 1EL1A 1IC4Y 2F30A 2ZIJA 1HF4A 4ETEA 1LZCA 5DL9A 1UIGA 1SLYA 1IP1A 1QDRA 4WL6A 3A90A 5EBHA 4NSJA 4WM4A 5KJ9A 1C10A 1IEEA 2DQJY 1H87A 1EQEA 5FSTA 1OUHA 4OOOA 4CFPA 4WO6A 5KXRA 1ZMYL 2DQFC 4HTQA 3WUAA 5L3HA 5A3ZA 4LZTA 1XGPC 1GFGA 1LSZA 1O23A 4WO9A 3RZ4A 5KXXA 1GFKA 2LZ2A 1DPWA 5LA5A 3W3EA 4DC4A 1YL0X 2H5ZA 4ML7A 1GFUA 1B7OA 1J1OY 1FDLY 1LSDA 1WQNA 1BB5A 1LHLA 2ZYPA 3AZ6A 4LFXA 1B5ZA 3QY4A 2I26L 4ZFPA 1UIFA 1B5YA 1AZFA 2YVBA 4DDAA 1P2CC 1B5WA 3LYTA 3ZVQA 1C46A 2CDSA 4H8XA 3A3RX 2DQCY 4QGZA 5APEA 1RFPA 1JPOA 1I1ZA 1IOCA 1VAUA 4H93A 4BAFA 2C8PA 1LPIA 1HEOA 1LSFA 4ZEEA 1NWGA 2VB1A 1JTPL 1LJNA 3EO5A 4TSBA 3P65A 1LJFA 4I8SA 1WVVA 4XYYA 5C6IA 2B5ZA 1JJ1A 4LT0A 4OOTA 4EOFA 2MEEA 2XJWA 2IFFY 4DD0A 1NMMA 2HU1A 3RU5A 4NGIA 1QSAA 1VDTA 5FHWA 1JITA 1GEZA 2W1YA 1GFRA 3ATOA 4H9FA 193LA 4WL7A 194LA 3WU9A 4H9CA 4C5FA 1JKAA 3MGWA 1XGTC 1GF0A 2YBJA 1FLQA 4RDSA 1LYSA 4YF2A 1BB7A 1LJJA 4Z41A 3P64A 1B7QA 4ETDA 2I6ZA 1B7MA 1QTEA 1FLWA 1TEWA 2HEDA 3LZTA 1CKFA 4N1EI 1LHKA 4HPEA 1JKBA 1B0DA 1QSWA 1LZ4A 1A4VA 3W6FA 1LZGA 4G4BA 3ATNA 2MEGA 7LYZA 133LA 1HMLA 1C45A 3QE8A 4NGYA 1TCYA 1HSXA 2H9KA 5KXSA 3ULRA 4RLMA 5LIOA 2ZNXY 4RLNA 1YAMA 1YAPA 1IWZA 2ZQ3A 1WQRA 1REXA 4G49A 3IJVA 1DPXA 2RSCA 1GBWA 4YEMA 1GB6A 4DT3A 3J4GA 1PZYA 4NG1A 1GDWA 4PRQA 1IOSA 1EQ4A 1LJHA 4H9IA 3WPKA 1WTMA 4LYCA 1VEDA 4R0FA 4Z98A 2BQKA 4FJRA 134LA 1GEVA 1IOTA 1WQOA 3CT0A 2YBIA 2EIZC 3A8ZA 3SP3A 5L3IA 4NGOA 1DI3A 1IWTA 1WQQA 4L41A 2BQLA 2FBBA 4IJ4A 4TUNA 4B4IA 2C8OA 4DD7A 5HQ1A 5A3EA 1LJGA 1C43A 4LT3A 5B1GA 4LYBA 2FYCA 5APFA 1LSGA 2MEIA 3LN2A 3WL2A 3TXDA 5I4XA 4P2EA 5F14A 1CNSA 1GE3A 2LHMA 4OWHA 5F9UA 1LSEA 4AXTA 1DKKA 2HUBA 5FDJA 1BB3A 3RT5X 1XGQC 1LHHA 1Z55A 2Z19A 1LZTA 1QDTA 3AYQA 2W1XA 2LYZA 3A34A 5B06A 2ZYCA 1LSCA 3AB6A 3TXFA 4RW1A 1AKIA 1IP5A 1RE2A 2AUBA 5F16A 3WU8A 5KXTA 1ZVYB 2EKSC 4PGJB 1HSWA 2Z39A 4EMNA 5JENB 2BPUA 4ET8A 3B0KA 2LYOA 2W1MA 1YROA 3A96A 4H9AA 1IY3A 1FBIX 1VDQA 4LYOA 4OWEA 4D9ZA 4GCDA 3WPJA 1LAAA 3TMWA 2HEBA 1YKZX 4J1BA 1OQMA 4H92A 4WMGA 2Z2EA 3HBDA 4NSIA 1G7IC 1GPQC 1NHEA 2Z38A 1REYA 1DKJA 4LT2A 5D5FA 4WOAA 4G4HA 1RCMA 1LKSA 3P4ZA 1GBXA 5FCPA 4YM8A 2BQGA 1GF7A 3G3BB 3WVYA 4Z46A 1BHZA 4DDBA 3EBAB 3W6AA 4XJGA 3A3QA 5HMJA 1FKQA 1UUZC 4HJYA 1IWUA 1QQYA 5F81A 1T6VL 4GCEA 1HNLA 2DQGY 1LZ1A 4TSCA 1RI8B 1GF8A 4H91A 1GB2A 1GB9A 1F10A 4WG7A 5DM9A 3RNXA 4GN5C 2Q0MX 5LVHA 5AMYA 1VATA 1HMKA 1LCNA 1HEQA 1LJ3A 5I4YA 3GXRA 2EPEA 4UWVA 4YENA 1FN5A 1LZAA 1LSPA 1KIQC 4OW1A 2HTXA 3P68A 4LT1A 2G4PA 4PPOA 3WXUA 1F6RA 1GAZA 1JJ3A 4NIJA 1D0LA 1BGIA 1HEWA 1JHLA 1B5XA 1LZ9A 4KXIA 2D6BA 5LAFA 3TXGA 2CWIA 2MECA 3QNGA 2Y8PA 1IY4A 1WQPA 2F4AA 2YBMA 5DLAA 3FI7A 3AJNA 5J7CA 4LFPA 4H8YA 1B7PA 1OUGA 1GE2A 1GBYA 1LMNA 2D4KA 2Z37A 5KXLA 5KY1A 5LVKA 1LHMA 4BS7A 5LYZA 4ZIXA 5I54A 4QEQA 1UBZA 5DN5A 4A7DA 3A93A 4G4CA 1A2YC 5E9RA 5LVGA 1LSAA 1D6QA 4WG1A 1AT6A 1BVXA 2ZQ4A 2DQEY 2XBSA 4B1AA 4UWUA 3WMKA 1GE1A 2HEAA 1NQIA 4DYGA 1B2KA 1GB0A 1LZBA 2YSSC 4NGVA 3B0OA 1LMAA 4DWXA 3AZ4A 3EXDA 1D0MA 4HTKA 3TXKA 1B5UA 1KXWA 3WULA 2D91A 4U3XB 5KXYA 3OJPA 4HTNA 1GFHA 1LZSA 2NWDX 3TXIA 3CQLA 4PHIA 1YKYX 3AGGG 5I5QA 1NBZC 4LYMA 2BLYA 1JEFA 4YEOA 1D9UA 1RJCB 1TDYA 4B49A 1AM7A 1JTOL 4LGKA 1CJ7A 4MSTA 5B07A 3A6BY 3A94A 4WM1A 2BQBA 4ETAA 4HJZA 2ZILA 4NGLA 4QY9A 1IWXA 3K3TA 4DD9A 3WU7A 1B7SA 1BWJA 1YILA 2G4QA 2HU3A 3N9CA 4H9BA 5ILFA 1E8LA 2YBLA 1IX0A 4H8ZA 3ZEKA 3HBHA 1OUFA 1HEMA 4HJVA 4II8A 1LMQA 4MCKA 3WW5A 4H9HA 1LYOA 5L9JA 2A7DA 1G7HC 4HV2A 1JKDA 8LYZA 1UA6Y 1VDSA 4KT3A 5KXOA 3D9AC 4WM3A 1GFAA 1TAYA 4DD2A 3TXBA 1BWIA 1IC5Y 3ZVQB 1OUAA 1HENA 2A7FA 3J6KA 1HEPA 4WLDA 3EMSA 2MEBA 1KXYA 1GFJA 3CSRA 1H6MA 1GWDA 1FLYA 2CJLA 2N5ZA 4GLAA 1OUDA 4N1CC 4W94A 3W6CA 1HHLA 5I53A 4OWCA 3TMXA 1YANA 1QUTA 1N4FA 3P66A 2X0AA 4NSHA 3N9EA 3AZ5A 5C6LA 1JSEA 5B05A 1NDGC 2PC2A 2BLXA 1V7SA 1HFYA 4NGKA 5LVJA 4WLXA 3AW7A 1GFVA 4NHPA 1LZRA 4GCCA 1JKCA 1LZYA 4B4JA 4H1PA 1JSFA 3HFMY 4QDNA 5FELA 4NFVA 4N0JA 4XJFA 3CB7A 1IWWA 5LA8A 1DXJA 1LYZA 4R6CA 4XADA 2YBNA 2BQEA 1GF6A 1IP3A 1IP2A 5HNLA 4CHXA 1GF3A 1WTNA 1YL1X 2DBTA 1UC0A 1G7MC 1LZEA 4NHSA 1UIDA 2GV0A 1BQLY 4GCFA 5T3FA 1LSBA 1LSNA 4X3BA 2ZNWY 2W1LA 3WYHA 1IR8A 1D0KA 2CGIA 1IWVA 1GXV2 1XSFA 1UIEA 1LZ6A 2DKVA 154LA 6LYZA 1F6SA 5C6JA 2I25L 1OUJA 4XJDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXKA 4DJHA 3B72A 1QUSA 1NF5A 1L67A 3VWOA 2BQDA 3FE0A 3WVXA 1C63A 201LA 1JIYA 1W6ZA 4O34A 1REMA 1L48A 4CFOA 1WVUA 145LA 3F6ZA 1PQOA 221LA 4XJHA 2YDGA 1L60A 4G9SA 3W6DA 1LSYA 1J1PY 1OUCA 1IR7A 4M6DA 4DDCA 4Z3MA 1NKHA 1OP9B 1JTMA 207LA 2HEEA 4ARLA 3F9LA 1PQDA 2IGCA 1UICA 2F47A 1L52A 4ETBA 1HFZA 256LA 1L21A 1CVKA 2Z6BA 1P64A 4UWNA 2FYDA 155LA 1T97A 2BQFA 2LYMA 3N9AA 3NY9A 1NDMC 4S0WA 3AGHA 4NEBA 1LYDA 4YXCA 4GCBA 1HFXA 2RBOA 187LA 4OWBA 3IWRA 4H94A 1GBZA 9LYZA 4XENA 4J0LA 1UIAA 1G0JA 2B75A 4XJIA 3CT5A 2L78A 4N9RA 1YQVY 2IHLA 1CV1A 3W6BA 3SB5A 3WW6A 4ARJA 4DD3A 1C6IA 4W51A 1XEKA 218LA 2LZMA 3CT1A 3TXEA 1BWHA 233LA 1JJ0A 1L77A 4EKSA 1L84A 3LYMA 1L04A 1CV5A 1IIZA 1K28A 5IHGA 1IP7A 1L91A 1QS5A 1DI4A 4FDYA 1L96A 4H90A 4HP0A 4J7VA 1L37A 200LA 2BQAA 3AGIA 2MEDA 1BVKC 1LMOA 1QS9A 5ILCA 5IELA 3DN8A 3WPLA 2F30A 2ZIJA 5DL9A 3DKEX 1C6LA 1L74A 5FSTA 4CFPA 1DYBA 4WO6A 2DQFC 1L55A 5L3HA 5A3ZA 1GFGA 1LSZA 3RZ4A 2LZ2A 1DPWA 2RB2X 4DC4A 2H5ZA 4ML7A 1GFUA 1J1OY 1FDLY 1LSDA 216LA 3NYAA 1G06A 113LA 4LFXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JWR A;  5KXK A;  1MLC E;  1OUE A;  4YOP A;  2F2N A;  2MEF A;  3B72 A;  4MR1 A;  3WUM A;  4KL7 A;  5HMV A;  2MEH A;  3T36 A;  1GBO A;  1QUS A;  1CKD A;  1QIO A;  1NF5 A;  2ZIK A;  3VWO A;  4KPM A;  2BQD A;  3FE0 A;  3WVX A;  1DI5 A;  1JIY A;  3BKH A;  1LOZ A;  1IP6 A;  1B7R A;  1W6Z A;  1FKV A;  2DQI Y;  3LYO A;  4DD1 A;  1XEJ A;  1GF9 A;  4NHT A;  4O34 A;  2WAR A;  1CKC A;  1F0W A;  5FEK A;  1GB5 A;  3A6C Y;  1LKR A;  1REM A;  5E4P A;  4CFO A;  1WVU A;  1LZ5 A;  3M3U A;  4HSF A;  3F6Z A;  1V7T A;  1ZVH L;  2XTH A;  3BKV A;  4TX7 A;  5LIN A;  2D4I A;  5APC A;  5KKJ A;  4BAD A;  4XJH A;  4N8Z A;  2XBR A;  2YDG A;  3D3D A;  3IJU A;  4G9S A;  1GHL A;  3WXT A;  1LYY A;  1UIH A;  3W6D A;  1LSY A;  1J1P Y;  1OUC A;  1IR7 A;  4M6D A;  4NWH A;  5APD A;  1LSM A;  4DDC A;  1NKH A;  4Z3M A;  1IP4 A;  1DQJ C;  1J1X Y;  1OP9 B;  3CSQ A;  1GXX A;  4RW2 A;  1OUB A;  4TWS A;  5HLL A;  1HC0 A;  1GF5 A;  1KIR C;  207L A;  2HEE A;  1G7L C;  5KXP A;  1GB8 A;  1XFP L;  1AT5 A;  2BQN A;  1GBS A;  1D6P A;  4H9E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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