2XBSA

Raman crystallography of hen white egg lysozyme - high x-ray dose (16 mgy)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Raman Assisted Crystallography Reveals a Mechanism of X-Ray Induced Reversible Disulfide Radical Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2xbsA00
4GN3A 1DXJA 1SQ2L 4OOOA 1IP1A 3WUAA 1VFBC 4I0CA 1KXYA 3N9EA 1A4VA 2Z18A 3WL2A 5FCPA 1VDPA 1SLYA 1F6RA 1HF4A 2EPEA 2YDGA 1B5UA 1IWWA 1QDRA 2F2NA 2W1YA 3AJNA 1GBXA 3LHMA 5F16A 1JJ0A 1YQVY 3RU5A 1D0MA 1GAZA 2XTHA 3GXKA 4HV1A 1B5ZA 3TMVA 1JJ3A 1PS5A 1BB7A 208LA 4NY5A 2LZTA 3AYQA 3A90A 1GFKA 5LVGA 3A6BY 1B5WA 1GF7A 1LMQA 5DLAA 1GBWA 1KXWA 2D6BA 1GE0A 1G7MC 5B1FA 1C46A 1GB9A 4W96A 2EQLA 4KT3A 4R0FA 1LHMA 1F6SA 3WXTA 1OUIA 4TX7A 1GBSA 1W6ZA 1IP3A 1J1XY 2BLYA 2X0AA 3IWRA 3CT5A 1IORA 1FKVA 4UWVA 4WG7A 2W1MA 4HSFA 4XJDA 1C43A 3TXBA 1LSDA 1JWRA 1OUBA 1UIGA 4MSTA 2I6ZA 5FDJA 1DI5A 3J4GA 4G4BA 4H8YA 5B1GA 4ETDA 4OWCA 2MEDA 3AB6A 1D9UA 1IWYA 4EMNA 3W6EA 4NGKA 4WM3A 1LSFA 2BQMA 1B7QA 1TBYA 4OWAA 1OUDA 4LYCA 3A3QA 1LJEA 4ETBA 2ZIKA 5F14A 5E9RA 3RZ4A 2BQOA 2YBLA 5DN4A 1HMLA 2D4JA 4DD7A 1QUSA 1ZV5L 3BKVA 1LSNA 4H94A 4PPOA 3AGIA 1XFPL 4PRQA 4CHXA 3VWOA 3A3RX 1RCMA 4HV2A 2N5ZA 4XJGA 4DD1A 1OUGA 3J6KA 4AGAA 1LSAA 1MLCE 2Z38A 4GN5C 1GFJA 2HEEA 1BWJA 3CQLA 4WL6A 3MGWA 2YBHA 4H90A 4PHIA 4U3XB 1CKCA 1LZ6A 1LYZA 1IP2A 1JPOA 1D6QA 2CGIA 132LA 153LA 4HJVA 3A96A 1IC7Y 1DZBX 2DQHY 1WQNA 1IO5A 1DQJC 5B06A 1LHLA 1HFXA 2BQIA 4NGOA 1INUA 5E4PA 4KXIA 1GB0A 1EL1A 2ZNWY 3WYHA 4GLVA 5FELA 7LYZA 4IJ4A 1IWXA 4CJ2A 1TCYA 5LYZA 1CJ8A 4H8XA 1UACY 4PGJB 1CJ7A 2F4GA 5HNLA 3A93A 1LSBA 1TEWA 1GF0A 1XGQC 3ZEKA 1FKQA 4FDYA 1LZ1A 2DQDY 1LJ3A 1GFRA 1HEOA 1LZ8A 1EQEA 1Z55A 3AZ6A 4LT3A 4A7DA 5LYMA 1GF8A 2DQIY 4HPEA 1LZYA 2Z19A 1C08C 1GF6A 3P64A 1J1PY 4H9HA 2HU1A 3WUNA 3A34A 2GV0A 1QIOA 4WL7A 193LA 1AT5A 5IDDA 3A91A 4GCCA 1LZAA 3W6FA 5KXKA 1UIDA 1G7HC 1NWGA 1WVUA 4H93A 4LFXA 1IR8A 3B72A 1LMOA 2YBNA 3P66A 1JEFA 1JTTL 1UBZA 3LYOA 5I4WA 1NKHA 1LJ4A 4WO9A 2G4QA 3W6CA 1GB7A 1IOCA 1ZVYB 4N1CC 1LZGA 4EOFA 5APFA 2I26L 3WU7A 1JJ1A 194LA 4XADA 4DC4A 1OUFA 4H9IA 5DN5A 5KXMA 1YILA 1REXA 1GFAA 4DDCA 1IX0A 1FBIX 2YBMA 1RI8B 4NGLA 1JTOL 1GFTA 2A7FA 3CB7A 4UWUA 5B59A 4J1AA 2DQEY 3M3UA 1HC0A 4H92A 4FJRA 1NBZC 1A2YC 1GF3A 5C6LA 1BHZA 4NHSA 2Y8PA 4NSJA 3CSZA 5LAGA 5II3A 4HTQA 2MEIA 2BQAA 1QDTA 1IP5A 1XSFA 3RW8A 3B0OA 5ILCA 5M1YA 3WPJA 4H8ZA 3P65A 1T3PA 4NGWA 133LA 4ZIXA 1H87A 1LTMA 1DPXA 3WPLA 5A3EA 1WVVA 3T36A 1LJJA 5F9XA 1B7OA 1DKKA 3LN2A 1LHHA 5HQ1A 1B7RA 5F81A 4ETEA 1HSXA 2FYCA 4RLNA 1D6PA 1IP6A 1GB8A 1WQQA 2G4PA 3QE8A 1B2KA 1JSEA 1EQ4A 2LYOA 3LYTA 4NHIA 4NWHA 1XEJA 5FSTA 1IVMA 1AT6A 4YEOA 1FLQA 1HHLA 1N4FA 1B7PA 4TWSA 5KXRA 2BQBA 6LYTA 1LSZA 1JITA 1OP9B 2DQJY 4NGZA 1H6MA 1GE4A 1LZ5A 3KAMA 4WLYA 2MECA 4H9CA 5LVHA 1B7NA 4C3WA 2RSCA 1D0KA 4B4EA 5L9JA 3HBEX 4D9ZA 1HMKA 1LZNA 4ETCA 1OUHA 5I5QA 4YEMA 1LMNA 3D3DA 1LZCA 1AKIA 1YL0X 2ZQ3A 4B4IA 2BAAA 1MELL 3EXDA 2XBSA 2Z39A 5KKJA 1NBYC 1GHLA 2F30A 1HFZA 2EKSC 8LYZA 1OUCA 3OJPA 4XJIA 3WVXA 1GPQC 4WM5A 1JISA 1XGTC 1LZ4A 4O34A 2ZQ4A 2ZNXY 1REMA 2BQLA 2DKVA 1GBYA 3N9CA 1JTPL 4WLXA 1BWHA 2B5ZA 3G3AB 2BQEA 1UIBA 4XYYA 5A3ZA 1B7LA 1LJKA 4WOAA 3WUMA 5JENB 4R6CA 5B05A 1B9OA 1QQYA 1XGPC 1LYSA 1IEEA 1JKCA 1HEWA 4N9RA 5AMYA 4XJHA 4IASA 1JSFA 2ZIJA 1YKZX 4NWEA 1XGRC 5KXOA 4NSIA 2HEAA 4C5FA 4ET8A 3A6CY 1C7PA 1DPWA 1OUAA 4OWEA 2XBRA 3M18B 1HELA 1GFHA 2LYZA 2NWDX 4G9SA 4CGEA 1OUJA 5LA8A 1BVXA 4GCDA 1IR7A 1GE2A 3P4ZA 4RLMA 3G3BB 2CWIA 3AGGG 1C10A 1LZBA 1HEQA 2LYMA 1BQLY 1GDWA 2BQHA 2PC2A 4LYTA 4BAFA 4OOTA 5LVIA 1IP4A 3LZ2A 4NHTA 1BGIA 1TDYA 2YVBA 3CT1A 3WW5A 3TXIA 4B0DA 2IHLA 4KPMA 4ETAA 4GCFA 4Z46A 4NEBA 4OWHA 3WU8A 1G7LC 1GE3A 1D0LA 1LHIA 2BQCA 2DQGY 4M6DA 4E3UA 4LYBA 4LT0A 4LYZA 4QDNA 5KXPA 5HNCA 1ZMYL 1HEPA 3HFMY 1WQPA 4P2EA 4QEQA 3LYZA 1GXXA 3CT0A 3RT5X 2YBJA 5DL9A 1BB6A 1O23A 1QTKA 4HTNA 4N5RA 4GLAA 134LA 1GB6A 4WM1A 4DYGA 1B5VA 4XJBA 1OUEA 2BQKA 1LJHA 2ZYPA 4H9BA 1VATA 3W6BA 1YL1X 1GFGA 1NHEA 4QGZA 3W3EA 5C6IA 4DDAA 1AM7A 2ZYCA 1GF5A 1XEIA 1JIYA 1DKJA 1GDXA 4H9FA 4XENA 3TXEA 3EMSA 1NQIA 154LA 3HBHA 1I1ZA 3IJUA 4MCKA 2BQGA 2HEFA 1OQMA 1VDQA 2C8PA 1UIHA 1LJFA 5L3HA 4WLTA 2H9JA 5APEA 1LZTA 4N1EI 4Z98A 1LZRA 5IHGA 4WM6A 3W6AA 4Z41A 1LSCA 1LZEA 2F4AA 2HTXA 4NG1A 5LAFA 5LIOA 3T6UA 1BB5A 2EIZC 4HJZA 4WM2A 1LSYA 2DQCY 1B0DA 4NSGA 2DQFC 1F10A 2YBIA 2DBTA 4ZEEA 5KKIA 3E3DA 2YSSC 1RFPA 2D4IA 4KL7A 1IP7A 4NGIA 4L41A 2MEGA 1LHJA 4CFOA 3N9AA 5LVJA 1LCNA 3AZ5A 4G4HA 4H1PA 2Q0MX 1KIRC 1PZYA 1HFYA 3ZVQB 1RE2A 3QY4A 1LMCA 3P68A 1WQMA 2AUBA 1YKYX 3LZTA 4BADA 3A67Y 5HMVA 1IY4A 1LAAA 1VAUA 4LYOA 3TXHA 2H5ZA 4G49A 4X3BA 4I8SA 4ANRA 2WARA 4IATA 4B1AA 5LVKA 1LMPA 6LYZA 5KY1A 4CFPA 4G4CA 4DD0A 1LSEA 5APDA 1KIQC 1RJCB 1V7SA 4NFVA 1NDGC 1UCOA 1C45A 2VB1A 3B0KA 4AXTA 1HNLA 5D5CA 4B49A 2BPUA 5LYTA 1IWVA 3WH1A 2LZ2A 4WO6A 5KXTA 3D9AC 3GXRA 4TUNA 5LA5A 1ZVHL 3SP3A 1GB3A 2MEAA 1B5XA 207LA 1B7SA 3TXFA 5LINA 1ALCA 1YAPA 1GFUA 2BQDA 2W1LA 3A94A 3AZ4A 4WLDA 2BLXA 4DD9A 5D5FA 1GB5A 2HEBA 1J1OY 4DT3A 4NGJA 3WW6A 4XJFA 1VDTA 1LZ9A 1QUTA 3FE0A 4UWNA 1IOQA 1JKBA 1JKAA 5I53A 3WVYA 3WMKA 5L3IA 4HJYA 3OK0A 4HP0A 2G4NA 3FI7A 1QSWA 2MEHA 1P2CC 1V7TA 4NSHA 5APCA 5FEKA 2D4KA 1IY3A 4ZFPA 1CKHA 1UC0A 1GF4A 3A95A 1NF5A 3CSRA 3AW6A 1UIAA 1LSGA 4NGYA 5EBHA 1W08A 1HEMA 3A8ZA 3ATNA 1YROA 2CDSA 4HTKA 5J7CA 4OW1A 4WG1A 1WQRA 3TMXA 1XEKA 4LGKA 5ILFA 1CKFA 2BQNA 2FBBA 1VEDA 1BVKC 3ATOA 4NIJA 3WXUA 9LYZA 5KJ9A 1UIFA 1REZA 1LYYA 1GE1A 4WM4A 5T3FA 2BQJA 4WMGA 4YM8A 1YANA 3K3TA 4LT2A 2MEFA 4W94A 2HEDA 3TXDA 4BS7A 1I20A 1GF9A 1LJIA 2XJWA 4YF2A 5I54A 1LKSA 4GCEA 2LHMA 5KXYA 1GXV2 1XGUC 1TAYA 2MEBA 3RNXA 5I4XA 4M4OA 1YKXX 2IFFY 4N8ZA 1LOZA 4LZTA 3WU9A 1GBOA 2FBDA 5HMJA 1GEVA 5IELA 4NG8A 1F0WA 3WULA 135LA 3BKHA 2ZWBA 1IIZA 2C8OA 4DDBA 2H9KA 1LSPA 1REYA 1KIPC 4YOPA 5KXLA 2W1XA 5B07A 4PJ2C 1IR9A 1AZFA 2ZILA 1GD6A 4J1BA 4ML7A 3TXGA 4GCBA 1LJNA 1YAOA 1G7JC 1LYOA 1GFEA 2A7DA 2MEEA 4DD3A 1DI4A 5KXSA 3WPKA 2I25L 1NMMA 2HECA 1LKRA 1LMTA 4N0JA 3ZVQA 2Z12A 1LPIA 1FN5A 1IWTA 1JUGA 1CKDA 1I56A 1FLWA 2Z2FA 4RDSA 3IJVA 4BAPA 1LZSA 3B0IA 1KXXA 4YENA 1LSMA 3EBAB 1B7MA 1LMAA 5I4YA 1E8LA 2Z2EA 1IC5Y 1UA6Y 1WTMA 4LYMA 1IWUA 1JHLA 1QSAA 3HBDA 5F9UA 1UUZC 1BWIA 4GN4A 4RW2A 4H91A 4TSBA 5KXNA 1IC4Y 1VDSA 5FHWA 3TMWA 4B4JA 1HERA 1BB4A 1FDLY 4PRUA 3F6ZA 1YAMA 1NDMC 5KXZA 3TXKA 4RW1A 4HPIA 1EQ5A 1WQOA 2Z37A 4TSCA 4QY9A 4Z3MA 3A92A 1B5YA 4J7VA 1JKDA 1GAYA 1T6VL 1DI3A 2FYDA 1GWDA 4TTDA 4LFPA 3QNGA 1BB3A 4H9EA 1FLUA 3TMUA 4ET9A 1IWZA 1CNSA 1YAQA 1QTEA 2CJLA 5DM9A 3TXJA 4H9AA 4XN6A 1WTNA 2DQAA 1LZDA 1GFVA 1G7IC 1IOSA 3AGHA 1LHKA 3EO5A 1UIEA 4OWBA 1FLYA 1IOTA 4LT1A 3LYMA 4NHPA 1HSWA 4DD2A 1CJ9A 4DWXA 3W6DA 3AZ7A 4II8A 4NGVA 5KXXA 1YIKA 5C6JA 3CSQA 1GB2A 1UICA 3AW7A 5HLLA 5LXWA 5K7OA 5KXWA 1CKGA 1HENA 1GBZA 2HU3A 1LJGA 2BQFA 2D91A 3ULRA 1GEZA 3B6LA 4MR1A 4NHQA 1CJ6A 2HUBA 4J0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
259LA 1DXJA 1KY1A 1D9WA 4I0CA 4DQ5A 1KXYA 1D3NA 1VDPA 1C6EA 4HV2A 5KXMA 199LA 1YQVY 3RU5A 1D0MA 1L57A 1B5ZA 1L87A 1QSQA 1BB7A 3AYQA 5LVGA 1B5WA 2EQLA 1F6SA 3WXTA 1OUIA 1W6ZA 3IWRA 1G0JA 4UWVA 4WG7A 4XJDA 1C6JA 1XJUA 3TXBA 256LA 1JWRA 1QTCA 2I6ZA 3J4GA 4ETDA 4H8YA 5B1GA 2B6WA 4OWCA 173LA 3W6EA 4LZMA 1B7QA 1OUDA 1LJEA 4I7MA 5E9RA 4DD7A 1C66A 1QUSA 211LA 4I7JA 3HT9A 230LA 4PPOA 3AGIA 4PRQA 1RCMA 1LSAA 1MLCE 4GN5C 2IGCA 2YBHA 1LZ6A 3D4SA 4HJVA 1DZBX 1IO5A 2ZNWY 4GLVA 5FELA 3K2RA 4EJ4A 1L29A 4DQ7A 1LSBA 1TEWA 2OEAX 1XGQC 213LA 1FKQA 1LZ1A 2DQDY 1LJ3A 118LA 1GFRA 1LZ8A 4LT3A 1Z55A 3NY8A 1L93A 1LZYA 1GF6A 4H9HA 3A34A 1QIOA 193LA 1AT5A 4GCCA 1LZAA 1NWGA 172LA 1JTTL 3LYOA 2B73A 4EOFA 2I26L 3WU7A 1L31A 141LA 4DC4A 1YILA 4DDCA 1FBIX 1RI8B 2A7FA 4LDOA 1L61A 2Q9DA 2Y8PA 5II3A 1L44A 3RW8A 3B0OA 3WPJA 3P65A 133LA 4ZIXA 1WVVA 1QTHA 5F9XA 232LA 1LHHA 5HQ1A 1HSXA 4RLNA 1D6PA 1IP6A 160LA 1WQQA 2G4PA 4NHIA 1EQ4A 1L27A 6LZMA 4YXCA 4YEOA 1FLQA 1HHLA 4TWSA 1KW7A 1LSZA 1L10A 1OP9B 1H6MA 1SWYA 1GE4A 1LZ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN3 A;  1DXJ A;  1SQ2 L;  4OOO A;  1IP1 A;  3WUA A;  1VFB C;  4I0C A;  1KXY A;  3N9E A;  1A4V A;  2Z18 A;  3WL2 A;  5FCP A;  1VDP A;  1SLY A;  1F6R A;  1HF4 A;  2EPE A;  2YDG A;  1B5U A;  1IWW A;  1QDR A;  2F2N A;  2W1Y A;  3AJN A;  1GBX A;  3LHM A;  5F16 A;  1JJ0 A;  1YQV Y;  3RU5 A;  1D0M A;  1GAZ A;  2XTH A;  3GXK A;  4HV1 A;  1B5Z A;  3TMV A;  1JJ3 A;  1PS5 A;  1BB7 A;  208L A;  4NY5 A;  2LZT A;  3AYQ A;  3A90 A;  1GFK A;  5LVG A;  3A6B Y;  1B5W A;  1GF7 A;  1LMQ A;  5DLA A;  1GBW A;  1KXW A;  2D6B A;  1GE0 A;  1G7M C;  5B1F A;  1C46 A;  1GB9 A;  4W96 A;  2EQL A;  4KT3 A;  4R0F A;  1LHM A;  1F6S A;  3WXT A;  1OUI A;  4TX7 A;  1GBS A;  1W6Z A;  1IP3 A;  1J1X Y;  2BLY A;  2X0A A;  3IWR A;  3CT5 A;  1IOR A;  1FKV A;  4UWV A;  4WG7 A;  2W1M A;  4HSF A;  4XJD A;  1C43 A;  3TXB A;  1LSD A;  1JWR A;  1OUB A;  1UIG A;  4MST A;  2I6Z A;  5FDJ A;  1DI5 A;  3J4G A;  4G4B A;  4H8Y A;  5B1G A;  4ETD A;  4OWC A;  2MED A;  3AB6 A;  1D9U A;  1IWY A;  4EMN A;  3W6E A;  4NGK A;  4WM3 A;  1LSF A;  2BQM A; 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 4DD3 A;  1DI4 A;  5KXS A;  3WPK A;  2I25 L;  1NMM A;  2HEC A;  1LKR A;  1LMT A;  4N0J A;  3ZVQ A;  2Z12 A;  1LPI A;  1FN5 A;  1IWT A;  1JUG A;  1CKD A;  1I56 A;  1FLW A;  2Z2F A;  4RDS A;  3IJV A;  4BAP A;  1LZS A;  3B0I A;  1KXX A;  4YEN A;  1LSM A;  3EBA B;  1B7M A;  1LMA A;  5I4Y A;  1E8L A;  2Z2E A;  1IC5 Y;  1UA6 Y;  1WTM A;  4LYM A;  1IWU A;  1JHL A;  1QSA A;  3HBD A;  5F9U A;  1UUZ C;  1BWI A;  4GN4 A;  4RW2 A;  4H91 A;  4TSB A;  5KXN A;  1IC4 Y;  1VDS A;  5FHW A;  3TMW A;  4B4J A;  1HER A;  1BB4 A;  1FDL Y;  4PRU A;  3F6Z A;  1YAM A;  1NDM C;  5KXZ A;  3TXK A;  4RW1 A;  4HPI A;  1EQ5 A;  1WQO A;  2Z37 A;  4TSC A;  4QY9 A;  4Z3M A;  3A92 A;  1B5Y A;  4J7V A;  1JKD A;  1GAY A;  1T6V L;  1DI3 A;  2FYD A;  1GWD A;  4TTD A;  4LFP A;  3QNG A;  1BB3 A;  4H9E A;  1FLU A;  3TMU A;  4ET9 A;  1IWZ A;  1CNS A;  1YAQ A;  1QTE A;  2CJL A;  5DM9 A;  3TXJ A;  4H9A A;  4XN6 A;  1WTN A;  2DQA A;  1LZD A;  1GFV A;  1G7I C;  1IOS A;  3AGH A;  1LHK A;  3EO5 A;  1UIE A;  4OWB A;  1FLY A;  1IOT A;  4LT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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