2YBJA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (12.31 mgy)
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybjA00
3AB6A 3ATNA 2D4JA 5LYTA 5IHGA 1LZCA 4HJZA 2WARA 1JPOA 1LSGA 2HEAA 1WQQA 1IIZA 1HENA 1IC5Y 3WUNA 4ETDA 1IWVA 3A6CY 3LHMA 4O34A 5DN5A 1YROA 1CJ9A 2DQFC 2F4AA 1LSDA 5E9RA 3TXIA 1C43A 3WW5A 4CFOA 3AJNA 3W6CA 1XGUC 1B7RA 1YAPA 1YL1X 3B0IA 1LYZA 3WPJA 3W6DA 1GDWA 1UIDA 3WW6A 4H90A 4B49A 1LJ3A 1IOQA 1RE2A 2A7FA 4RW1A 4WLDA 3WU8A 4N5RA 4WL6A 3ZVQB 1LHKA 1G7MC 1YAOA 5M1YA 3LYMA 3A95A 2W1MA 7LYZA 3J6KA 1IWTA 3IWRA 4ANRA 5FELA 4DD7A 4U3XB 1WQRA 5DN4A 1J1OY 4EOFA 3AGIA 3TXKA 1B5UA 5HNCA 5C6JA 4IASA 4ET8A 2Z18A 5LA5A 4H9FA 1LHHA 2RSCA 8LYZA 1LMTA 1LHJA 1UIAA 2LZ2A 1FKQA 1G7JC 1YKYX 3TXEA 2D6BA 4YENA 1YAMA 3CSQA 1KIQC 2HUBA 4B4JA 4YF2A 5HMVA 2D91A 1XFPL 5B59A 153LA 1LZBA 2BQEA 3QNGA 1OUGA 2W1YA 1IR8A 1IP7A 1N4FA 4WL7A 1GF9A 4J7VA 1JSEA 4CHXA 2BQGA 1GXV2 4N9RA 3RU5A 2EQLA 5ILCA 1T3PA 3P4ZA 1GFUA 4NEBA 4DWXA 1RFPA 1JJ3A 1GDXA 1GE1A 1YIKA 1BGIA 3G3BB 4J1BA 1LSPA 2DKVA 1XEJA 3EXDA 5APDA 2BPUA 1I20A 4TUNA 5KKIA 4ET9A 1I56A 5I5QA 3J4GA 2G4NA 4UWNA 2ZNWY 4H1PA 5FSTA 1NQIA 4W94A 1BWJA 2DBTA 5C6LA 1DPXA 4WLYA 1IC7Y 4YOPA 5FCPA 4QY9A 1YKZX 4HJYA 4NHTA 5KXNA 1C46A 1OUFA 1IC4Y 1GFHA 1HEPA 2DQGY 1FLWA 1UIFA 2HU1A 4GLAA 2HEBA 3CSZA 4EMNA 1SQ2L 1GFKA 2XTHA 5A3ZA 1I1ZA 1WTMA 1AZFA 4LFXA 2HU3A 5J7CA 4OWBA 5I53A 1LZGA 1HSWA 1WVUA 1JKBA 1HHLA 3HBEX 4NGJA 3RNXA 3WL2A 5LVHA 1OUIA 4HJVA 2LYMA 1GB0A 4PRQA 1ZV5L 2ZQ3A 2ZWBA 3ULRA 1B7PA 4LT1A 2YSSC 4NHSA 1TCYA 1H87A 1LTMA 2BQCA 134LA 1GFVA 4G4CA 2GV0A 1UCOA 3P66A 5KXLA 1NDMC 3AW6A 1BVXA 1HF4A 4ETCA 1DI5A 2YBLA 4NWEA 4PGJB 4DYGA 1LMCA 5DL9A 1NDGC 3B0OA 1LKRA 1OUCA 1JTPL 1OUEA 2YBJA 1TAYA 1UIEA 2BQMA 2MEIA 3WULA 3A90A 2BQFA 1D6QA 1E8LA 1NBYC 1HFZA 1B5YA 1GB3A 5APEA 5KXSA 1VATA 4HV1A 2YBHA 4WG1A 4WLTA 1GFTA 1QSWA 2EPEA 3WPLA 1GD6A 2G4QA 5L3HA 1VDTA 4QDNA 4G4HA 1GF3A 5I4WA 5LXWA 1INUA 1OUJA 3AZ5A 2DQHY 1UIHA 4W96A 1HELA 3CT1A 1CJ8A 4NIJA 1UIGA 1UBZA 2XJWA 3ATOA 4NSJA 1IY3A 3ZEKA 5B1GA 4DDBA 4UWUA 4GN3A 1EQ5A 5FEKA 1KIPC 3E3DA 4XJBA 1LMOA 2BQIA 1LPIA 3CT5A 4NGLA 5LVKA 3A92A 1BVKC 5JENB 3D9AC 1B5ZA 4DC4A 2Z37A 1GHLA 3AZ4A 4WO9A 1GB6A 2AUBA 5IDDA 1IR7A 5IELA 4WOAA 4XENA 1HSXA 5I4YA 1LYYA 1IWWA 2ZNXY 3A34A 1WQMA 1GF8A 1LJGA 1C45A 1WQOA 1OQMA 2YBIA 4NSGA 4HTQA 4NGZA 2F30A 1QUTA 4OWCA 194LA 1CKHA 1JIYA 1GBOA 1JHLA 1GE0A 4TTDA 2MEHA 1LCNA 3A91A 4KL7A 3P68A 5DM9A 4LT0A 1BB7A 1GFGA 1UICA 2ZQ4A 1IOCA 3IJVA 4UWVA 2BQKA 1YILA 4DDAA 4NFVA 5ILFA 3RZ4A 1HFXA 3TXHA 3WU7A 133LA 1BB4A 1MLCE 2Y8PA 1B7QA 4C3WA 1B9OA 3A3QA 1REXA 1BQLY 1LYOA 2Z38A 1OP9B 3WH1A 4RW2A 1LZ1A 3P64A 1LZYA 4TX7A 5KXZA 5APFA 1J1PY 1HEMA 5KJ9A 2YBMA 1OUDA 3P65A 4DDCA 1LMPA 1JITA 4ETEA 2BLYA 1XGQC 1NF5A 5KXMA 4NHPA 4TSBA 2VB1A 2H5ZA 1GPQC 1JJ0A 1LJIA 3AYQA 1BWIA 1HMLA 3QY4A 1B5VA 2I26L 1GAYA 4ML7A 4AGAA 5C6IA 3AW7A 3TXFA 1XSFA 1IORA 1AT5A 1HEOA 1LHMA 2BQDA 4FJRA 1IOTA 1VAUA 4KPMA 4Z3MA 1JSFA 1GE3A 4WM1A 3TXDA 132LA 4ZEEA 1GE2A 5LVJA 1XEIA 1IWXA 1EQ4A 1LMAA 3FE0A 4OW1A 5LA8A 2BLXA 3HBHA 1GB5A 3LN2A 4LYMA 4LGKA 4A7DA 5D5FA 1DZBX 2CJLA 4NSHA 4PHIA 5HQ1A 3TXGA 2ZIJA 2YBNA 1IWUA 3CSRA 2D4IA 4Z98A 4NGYA 1EL1A 1LSBA 1ZVHL 4G4BA 1UA6Y 4GCDA 4LYBA 4B0DA 5KXTA 5APCA 1JKAA 1XGRC 3A93A 4X3BA 4G9SA 4II8A 2XBSA 2BAAA 3W3EA 4NG1A 1UIBA 2DQIY 5KXRA 4I8SA 5B07A 5LVGA 2CWIA 1GBWA 3HFMY 1BHZA 1OUHA 1IP4A 2D4KA 4H93A 1GB2A 2XBRA 4B4EA 5KXOA 6LYTA 1NWGA 3A8ZA 5B06A 1YKXX 2DQEY 3EBAB 4HPEA 1DQJC 3TMUA 1V7SA 207LA 4TWSA 5A3EA 2ZILA 5L3IA 208LA 1KXXA 1OUAA 4LYTA 1GBYA 1HNLA 2BQOA 2FBDA 4XJFA 4AXTA 5K7OA 3B6LA 3T36A 5I54A 5HMJA 3F6ZA 1LSYA 1F10A 3A67Y 4WMGA 4N1EI 1GFJA 4CGEA 4DD3A 4GN5C 4OOOA 1DI4A 4HTKA 4HTNA 3WU9A 4LYZA 5II3A 1D9UA 2LZTA 3AZ6A 2I6ZA 4BAFA 4H8XA 1V7TA 2ZYPA 4KT3A 5I4XA 2LYOA 4WM5A 4B1AA 1PZYA 1F0WA 5EBHA 4IATA 2BQBA 2N5ZA 2MEFA 1DKKA 1GEVA 3LYOA 4ETBA 1NHEA 1YQVY 2LHMA 4PJ2C 5LINA 3A6BY 4DT3A 3EO5A 2PC2A 1QUSA 4H8ZA 1IWYA 1VFBC 1REMA 1F6SA 4NGKA 4WG7A 3IJUA 5B1FA 4R0FA 3N9AA 1FBIX 4PRUA 3FI7A 4N8ZA 1ALCA 1GF6A 3QE8A 4FDYA 4CFPA 1GFRA 4NGIA 2CDSA 1GFAA 1IP3A 1C7PA 4E3UA 1C10A 1LKSA 1LSCA 4B4IA 5LYMA 1IOSA 1LSEA 3GXRA 4H9HA 1LSAA 1GE4A 4OWHA 3MGWA 1FDLY 3SP3A 1LZDA 1D0MA 4OWAA 5KY1A 1CJ6A 1DKJA 1TBYA 2BQHA 1SLYA 4WM4A 5F81A 4N1CC 1LMQA 1B7NA 1IP5A 3WXUA 5KXPA 4ZFPA 5KKJA 1LZSA 3N9EA 2ZIKA 1LHLA 1NMMA 3BKHA 4WM6A 4YEMA 4M4OA 1LZ8A 2NWDX 4H9EA 3WPKA 1LJ4A 2EIZC 5DLAA 1RJCB 3WVYA 3BKVA 4P2EA 1ZMYL 3A96A 1REYA 1BB3A 4MCKA 1CNSA 4WLXA 1QQYA 4DD1A 4GCEA 4XJHA 2FBBA 5HNLA 1XEKA 1D0LA 3W6FA 1LJHA 1LYSA 4BAPA 4XJIA 1JTTL 5KXKA 1BWHA 1WQNA 4GLVA 4XJGA 5F9UA 2LYZA 4YM8A 1LZ6A 1ZVYB 1DI3A 5LIOA 1QDTA 1GB9A 1Z55A 1HERA 5FHWA 2BQAA 1JISA 1O23A 5LYZA 1NBZC 1F6RA 1PS5A 1LOZA 4H9IA 5KXYA 5LAFA 4DD9A 1AM7A 1GXXA 1RI8B 1C08C 4MSTA 1A4VA 3WXTA 4XADA 4H9BA 3B72A 4LFPA 1LZRA 4H8YA 4L41A 1UC0A 1LSZA 1H6MA 2G4PA 4GCFA 4H94A 5KXWA 2EKSC 4HV2A 1IP6A 4KXIA 6LYZA 1DPWA 3GXKA 2Z39A 4H9CA 3K3TA 1LZAA 1B7SA 1D0KA 1GBSA 3KAMA 9LYZA 1AKIA 1QTEA 2MEEA 193LA 1FN5A 1VEDA 4MR1A 4ETAA 1G7IC 4CJ2A 1LZ4A 2DQDY 1GB7A 1GF0A 3WUAA 3B0KA 1FKVA 4ZIXA 2BQNA 1B7MA 1BB5A 1W08A 4LYCA 2H9KA 3WVXA 3AGGG 3HBDA 3TMVA 2I25L 4H92A 3T6UA 1B7LA 2DQAA 1GEZA 4HP0A 2HECA 1YL0X 1HEWA 1LAAA 4J0LA 3RT5X 4NHIA 1FLQA 5E4PA 4NHQA 1BB6A 1IEEA 1GF5A 2BQJA 1VDPA 1GF7A 1CKFA 2CGIA 1P2CC 4NWHA 1GF4A 1IO5A 1J1XY 2X0AA 1G7HC 4C5FA 2MEDA 3CQLA 1B0DA 2MEAA 1JJ1A 4DD0A 1HFYA 1FLUA 2F4GA 1XGTC 3ZVQA 1LJKA 1G7LC 1KXYA 1LMNA 4M6DA 3A3RX 2Z12A 1KIRC 4LYOA 1GB8A 5B05A 1IP2A 1LZTA 154LA 1IWZA 1NKHA 1LSNA 4RLNA 5AMYA 3TXBA 1LHIA 3W6AA 1QTKA 2FYCA 2H9JA 1IVMA 1CKGA 2DQCY 3EMSA 2C8PA 1WVVA 2MECA 1JKCA 4LT2A 4HPIA 1LJEA 4TSCA 2DQJY 1A2YC 3OJPA 4N0JA 1LJFA 3CT0A 2BQLA 2W1XA 1JKDA 4GN4A 4LT3A 2MEBA 1JTOL 5F16A 5D5CA 1VDSA 1LJJA 5FDJA 2Z19A 2YVBA 4R6CA 1GBXA 2A7DA 1B7OA 3D3DA 3AZ7A 3OK0A 1OUBA 3LYZA 4D9ZA 1D6PA 4HSFA 1TDYA 3WYHA 4I0CA 4NY5A 1B5WA 4NGVA 3M18B 2W1LA 3TMWA 4RDSA 1VDQA 4DD2A 3WMKA 4WM3A 1LZ5A 1B2KA 1TEWA 1WTNA 1WQPA 2C8OA 2IHLA 4IJ4A 3G3AB 1GBZA 4NG8A 4LZTA 4NGOA 2MEGA 5LAGA 4G49A 1DXJA 4YEOA 4NSIA 1KXWA 3WUMA 1GWDA 4Z41A 4J1AA 2HEDA 4BS7A 1IP1A 5LVIA 3LZ2A 1IY4A 1QSAA 2Z2FA 3AGHA 4XJDA 1HC0A 4GCCA 4QGZA 3W6BA 1JUGA 1B5XA 4H9AA 135LA 3TMXA 2ZYCA 1HEQA 4OOTA 1UUZC 2HEEA 1IX0A 4H91A 5KXXA 5L9JA 2Z2EA 3VWOA 2IFFY 1LZNA 2FYDA 1LJNA 4NGWA 3CB7A 1QIOA 1YANA 1T6VL 1HMKA 2HTXA 3W6EA 4Z46A 4XN6A 1YAQA 2F2NA 5F9XA 2YDGA 3LYTA 1W6ZA 3M3UA 1QDRA 4GCBA 1REZA 1UACY 1LZ9A 1CJ7A 3A94A 2B5ZA 4WO6A 2Q0MX 1FLYA 4PPOA 4OWEA 1RCMA 1LSMA 3N9CA 1AT6A 4XYYA 1MELL 1CKDA 1JWRA 1JEFA 5T3FA 1GAZA 1LZEA 4WM2A 1CKCA 3RW8A 1EQEA 4RLMA 5F14A 3TXJA 1LSFA 4QEQA 1XGPC 4BADA 5HLLA 1IR9A 2HEFA 3LZTA 1GFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P46A 3AB6A 3ATNA 5LYTA 1LZCA 4HJZA 245LA 1L57A 3WUNA 1IWVA 4O34A 5DN5A 2F4AA 131LA 1LSDA 1L97A 4CFOA 223LA 3AJNA 4I7PA 3W6CA 1YL1X 206LA 183LA 3W6DA 1L30A 1IOQA 4E97A 2A7FA 3F8VA 1G7MC 7LYZA 4ANRA 1L93A 1B5UA 3GUKA 5HNCA 4ET8A 2Z18A 159LA 1LHHA 1LHJA 1UIAA 1OV5A 1G7JC 1KIQC 2HUBA 4YF2A 5HMVA 1C6KA 1ZWNA 5B59A 2F2QA 2W1YA 3DMVA 4WL7A 1JSEA 1L65A 2EQLA 4DWXA 1GDXA 1BGIA 3G3BB 3PDSA 2ZNWY 5C6LA 143LA 4WLYA 5FCPA 3HUKA 5KXNA 1C46A 3DN3A 1IC4Y 1HEPA 1D3FA 1WTMA 4OO9A 4LFXA 1L71A 1L84A 1HHLA 2Q9DA 1OUIA 1CV1A 2ZWBA 4LT1A 4W53A 2BQCA 4G4CA 4EPIA 1UCOA 1DI5A 1LMCA 1CV5A 256LA 2MEIA 3WULA 1L53A 1D6QA 1QSBA 1E8LA 1KY1A 1L35A 1OWZA 3G3WA 1L89A 5KXSA 3F9LA 4QDNA 1OUJA 2DQHY 1QTHA 1UIHA 4W96A 3SB8A 1UIGA 4DDBA 1L83A 4UWUA 3HUQA 220LA 2BQIA 2HULA 1BVKC 1B5ZA 224LA 1LI6A 5I4YA 4DJHA 3A34A 1L62A 1C45A 226LA 1L22A 1QUTA 1CKHA 1GE0A 1JHLA 3QAKA 5DM9A 222LA 1BB7A 1UICA 1CUQA 1IOCA 1YILA 1D2WA 1CV0A 1QT6A 3WU7A 1BB4A 4C3WA 1BQLY 167LA 4RW2A 122LA 177LA 5APFA 1J1PY 1HEMA 2YBMA 1OUDA 170LA 4ETEA 2BLYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AB6 A;  3ATN A;  2D4J A;  5LYT A;  5IHG A;  1LZC A;  4HJZ A;  2WAR A;  1JPO A;  1LSG A;  2HEA A;  1WQQ A;  1IIZ A;  1HEN A;  1IC5 Y;  3WUN A;  4ETD A;  1IWV A;  3A6C Y;  3LHM A;  4O34 A;  5DN5 A;  1YRO A;  1CJ9 A;  2DQF C;  2F4A A;  1LSD A;  5E9R A;  3TXI A;  1C43 A;  3WW5 A;  4CFO A;  3AJN A;  3W6C A;  1XGU C;  1B7R A;  1YAP A;  1YL1 X;  3B0I A;  1LYZ A;  3WPJ A;  3W6D A;  1GDW A;  1UID A;  3WW6 A;  4H90 A;  4B49 A;  1LJ3 A;  1IOQ A;  1RE2 A;  2A7F A;  4RW1 A;  4WLD A;  3WU8 A;  4N5R A;  4WL6 A;  3ZVQ B;  1LHK A;  1G7M C;  1YAO A;  5M1Y A;  3LYM A;  3A95 A;  2W1M A;  7LYZ A;  3J6K A;  1IWT A;  3IWR A;  4ANR A;  5FEL A;  4DD7 A;  4U3X B;  1WQR A;  5DN4 A;  1J1O Y;  4EOF A;  3AGI A;  3TXK A;  1B5U A;  5HNC A;  5C6J A;  4IAS A;  4ET8 A;  2Z18 A;  5LA5 A;  4H9F A;  1LHH A;  2RSC A;  8LYZ A;  1LMT A;  1LHJ A;  1UIA A;  2LZ2 A;  1FKQ A;  1G7J C;  1YKY X;  3TXE A;  2D6B A;  4YEN A;  1YAM A;  3CSQ A;  1KIQ C;  2HUB A;  4B4J A;  4YF2 A;  5HMV A;  2D91 A;  1XFP L;  5B59 A;  153L A;  1LZB A;  2BQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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