2YBMA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (23.3 mgy)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybmA00
4LFPA 1E8LA 2EKSC 132LA 1I1ZA 3AB6A 4NGWA 4H8ZA 4XENA 2BQLA 2C8OA 1GFKA 1JTTL 1GDWA 2CDSA 4ETCA 3J6KA 1UA6Y 1YANA 1KIRC 1D6QA 1EL1A 3HBEX 1D9UA 1IC7Y 1RE2A 4M6DA 1UIAA 1GF3A 1XGQC 3AGIA 4J0LA 4LYZA 4AXTA 3IWRA 4RW1A 4U3XB 4NWEA 1BHZA 1LZ6A 1B7MA 2H5ZA 4PRQA 4H9EA 4N9RA 3AW6A 1YAQA 3W6CA 1AT6A 3RNXA 1HF4A 1C45A 1QDTA 1NMMA 4MR1A 2F4GA 1LZYA 1LZ5A 4G49A 4LT1A 4WM3A 3ULRA 1HSXA 1OUHA 4DD0A 8LYZA 3CB7A 2DQGY 3KAMA 1B7QA 5KXSA 2IFFY 3WYHA 1AM7A 1IWYA 1B7NA 1IP3A 1UUZC 1XEIA 3P64A 1HSWA 1HFYA 1HFZA 1KIQC 1LSAA 4H90A 1JJ1A 2YBIA 4B49A 6LYTA 1IWVA 2BAAA 2HEAA 4WMGA 4WLYA 2W1XA 2F4AA 1JTOL 4H92A 4KT3A 5F9XA 1GBSA 4DYGA 1A4VA 3A8ZA 1JUGA 5FEKA 1RI8B 1GE2A 1GF9A 2F30A 3BKHA 1B5ZA 1JWRA 1LZDA 1D6PA 1V7SA 3MGWA 1GD6A 4NG8A 1EQ4A 4KPMA 2ZIJA 4NSGA 5LXWA 4L41A 1BWJA 1VATA 2A7FA 2YBLA 1IWXA 4ZEEA 1F6SA 1UC0A 3E3DA 2DQAA 7LYZA 4CJ2A 1EQ5A 1LKRA 4WLDA 4Z3MA 1CJ9A 2DQFC 5DLAA 1LMCA 1FLQA 2H9JA 1CNSA 1GEZA 5HNLA 5LVKA 1XGRC 4G4HA 4WL7A 4LZTA 1IP2A 1YROA 2D91A 2G4NA 2ZQ4A 4XJBA 5KJ9A 1DKKA 1QTKA 4ET9A 5LVGA 1BB7A 2H9KA 1LOZA 2LYOA 4PJ2C 4UWUA 4ETEA 2Z39A 3IJVA 4YM8A 5E9RA 1DKJA 1NBZC 1LAAA 3AGGG 1IY3A 5LVJA 1LJIA 1PS5A 4G9SA 3TXIA 1B5YA 4BS7A 4GN4A 1MLCE 3N9CA 4EOFA 3WPKA 1WQMA 1LJKA 3TXHA 1IEEA 4ETAA 1HEOA 2DQCY 2EPEA 2ZNXY 2YBNA 1OQMA 2W1YA 5I5QA 2YSSC 4TSBA 1OUEA 4AGAA 4NGKA 4PHIA 4DD3A 4WM4A 4H8YA 5EBHA 3D9AC 4DC4A 3LYOA 4H9HA 4B4EA 2XTHA 1G7LC 1OP9B 6LYZA 1A2YC 3LYZA 1B5XA 4B0DA 1B7OA 4H94A 4WOAA 1LMNA 1N4FA 1CJ8A 3B6LA 1JSFA 193LA 133LA 1J1PY 5B06A 1B7LA 5HQ1A 1LTMA 4YEMA 4H91A 1GXV2 3TXFA 4HTQA 3WVYA 3WVXA 1VDTA 3M3UA 1JKAA 2D4IA 1BWHA 3TXEA 1WTMA 4WG1A 2Z12A 1B7PA 5I54A 4TSCA 5C6JA 1RJCB 2D4KA 4NSHA 3A93A 5APDA 1DI3A 2AUBA 2WARA 4WM5A 1GEVA 1UIHA 4NIJA 1DI5A 1JPOA 4PRUA 2YBJA 1GFEA 4H9AA 3WPJA 3N9EA 1GB8A 1GFHA 3EXDA 3W3EA 1IR9A 4WM1A 4O34A 4I8SA 4II8A 4WM2A 3RU5A 1LZSA 2FBBA 1KXXA 2HEFA 2MEAA 1GB3A 4OWEA 5LA8A 2BQCA 1LSDA 4QY9A 4FJRA 1OUIA 1YILA 4TX7A 1BB4A 1F10A 1T3PA 1YKXX 1HFXA 4YEOA 2HU1A 1PZYA 4XN6A 4C5FA 3CQLA 4D9ZA 2HEEA 1DZBX 2DKVA 1XGTC 3WW6A 1OUAA 5KXXA 3A96A 5F14A 5KXWA 1LJGA 3WMKA 4EMNA 1GDXA 4WG7A 1SLYA 3TMWA 4H9CA 4HTNA 1GB2A 134LA 1GBXA 1HMKA 1IP7A 2LYZA 3ATNA 5I4XA 1LJJA 4A7DA 2VB1A 1JISA 1FN5A 1WQPA 3LHMA 4WM6A 2MEBA 3F6ZA 1J1OY 1UCOA 4HP0A 5LAFA 1GE1A 4WLTA 3WXTA 1LJEA 1B5WA 1BB3A 3AYQA 4NG1A 3P66A 3B72A 4NSIA 1ZV5L 1LZGA 1CKHA 1B2KA 1LJHA 1NWGA 1LSNA 2LHMA 2Q0MX 4OOOA 2CJLA 5B1FA 2FYCA 1LMQA 3CSZA 2YBHA 3RZ4A 1BVXA 1G7HC 2MEEA 2N5ZA 5A3EA 3QE8A 1GBOA 4DDAA 1BWIA 1JITA 4QEQA 4HJVA 1JKDA 1JKBA 1GPQC 1NQIA 2Z38A 1LSZA 4HJZA 4DD1A 1GFTA 3B0IA 5APCA 1LHKA 1LMTA 4LYOA 4OOTA 1YIKA 1NHEA 1KXYA 1TAYA 5KKIA 4ZFPA 5LVIA 3AZ5A 1FBIX 1RCMA 3WUMA 1IP5A 1TEWA 2BLXA 3FE0A 1SQ2L 4UWVA 1LZEA 5I4WA 4XJDA 1BB6A 3A3QA 1TDYA 4YOPA 3TMUA 1UBZA 1HEMA 1VFBC 4HPIA 1GB0A 2BQJA 2ZYCA 5L3HA 1QUSA 207LA 1HERA 2BPUA 1HNLA 3EBAB 1C7PA 1IOTA 4Z98A 2XBRA 2ZQ3A 2F2NA 4OWAA 1WQQA 3P68A 1G7MC 2HTXA 1YKYX 1VEDA 1FKVA 1CJ7A 2LZTA 4Z46A 4H9IA 2LZ2A 1YKZX 5FCPA 3HFMY 1ZVYB 5KXTA 2Y8PA 135LA 4C3WA 1GF5A 2IHLA 5KXNA 4YENA 1LKSA 1IY4A 1T6VL 1LSMA 2FBDA 3AGHA 3P65A 4OWCA 1LSEA 5DM9A 1GB6A 3ZVQB 3WULA 1LSFA 1LZNA 2D4JA 3BKVA 4GN5C 4HTKA 4XJGA 1HENA 1TBYA 3FI7A 3A67Y 5AMYA 5HMJA 1LMOA 2PC2A 4CFOA 3EMSA 1HEQA 5L3IA 4N5RA 1GWDA 4QGZA 4ML7A 4J1BA 2B5ZA 1CKFA 3TXJA 1GF0A 4P2EA 5JENB 1LJFA 1REXA 1YAOA 2Z2FA 1HELA 1LZCA 154LA 4IATA 4FDYA 1G7JC 1KXWA 5KXKA 1UICA 1QTEA 3A90A 4HV1A 3WXUA 1IP1A 1B0DA 2G4PA 1IVMA 3WU7A 1LZ9A 1NDGC 1HMLA 4LYMA 5KXRA 3LZ2A 1W6ZA 3QY4A 5IELA 3AW7A 4ETBA 3A6BY 1JIYA 1DXJA 5B05A 2BQFA 4TTDA 2C8PA 1C10A 4LYBA 1YL1X 2BQGA 1YAMA 1B9OA 1B7SA 3RW8A 4CGEA 1C08C 2EIZC 4DWXA 4HV2A 4OWBA 194LA 4DT3A 4B4IA 3GXKA 1GE3A 1Z55A 4LT3A 5DN5A 5LINA 3CT1A 1UIFA 1GFAA 3G3AB 4BADA 1D0KA 4H1PA 5HLLA 1JEFA 2W1MA 1D0LA 1HEPA 1XFPL 2YDGA 1AZFA 1IR7A 4GN3A 4HPEA 4MSTA 4B4JA 2I6ZA 4WO6A 3ATOA 1AT5A 4R6CA 5KXOA 2CGIA 4RDSA 1C43A 1VAUA 1LZAA 1WQOA 4LFXA 4RLNA 2Z37A 1FDLY 1QSWA 3HBHA 3W6DA 5ILFA 1YQVY 5T3FA 1CKGA 2HEBA 1MELL 1I20A 1OUJA 1QIOA 2BQNA 1LSYA 3CT0A 1OUDA 2ZILA 3CSRA 4GCBA 4NGJA 3QNGA 2ZNWY 1GFVA 1GB5A 4LT0A 2D6BA 5LAGA 2ZYPA 4LYCA 1LHLA 2BQDA 1W08A 3M18B 1REYA 5L9JA 4N1CC 4NGYA 3CT5A 1AKIA 4MCKA 1IC4Y 4RLMA 1LHMA 1WVUA 4HJYA 1HHLA 3WU9A 3ZEKA 1DI4A 5APFA 1GAYA 3B0KA 1DPXA 3WPLA 5FSTA 3WW5A 4CHXA 1YL0X 1CKCA 5FDJA 2FYDA 1QUTA 1VDPA 2DQDY 4G4BA 4H9FA 4I0CA 1IP6A 4W96A 5DL9A 5F81A 5B1GA 5KXPA 1IC5Y 3D3DA 1WQRA 4XYYA 2BQHA 4XADA 1OUBA 1LZRA 4NGVA 4XJHA 3B0OA 5LIOA 5II3A 1CJ6A 1GBZA 1QQYA 4NGZA 3TXKA 3W6EA 4ET8A 4BAFA 5I4YA 2Z2EA 1H6MA 1IWTA 3ZVQA 1O23A 3EO5A 5LYMA 4W94A 2I26L 4WL6A 1LZ4A 2XBSA 1LYZA 4DD7A 1LSPA 3G3BB 4J1AA 4KXIA 2XJWA 1J1XY 2X0AA 2BQMA 3N9AA 4UWNA 5I53A 3LYMA 4ZIXA 4NWHA 1LZBA 1XEJA 1UIGA 4GLAA 1LZ1A 4DD2A 9LYZA 208LA 1KIPC 4J7VA 5APEA 1FLWA 3K3TA 4Z41A 4NHTA 1CKDA 4XJFA 4M4OA 1NBYC 1UIDA 4ETDA 1IWWA 1FKQA 1B7RA 1G7IC 2BQIA 5F9UA 2LYMA 4ANRA 4B1AA 4RW2A 4NSJA 1GF7A 1JHLA 4OWHA 1GF8A 3TMVA 2HUBA 5ILCA 1B5UA 1DQJC 1GF6A 1REMA 5LYTA 4TWSA 1LYOA 1GE0A 1JJ3A 1LHHA 3T36A 4BAPA 1XGPC 3LN2A 1LHIA 1UACY 2GV0A 1UIEA 3W6BA 1V7TA 1GFUA 2A7DA 1IWUA 4E3UA 1YAPA 4DDBA 1REZA 4NGIA 1IWZA 1FLYA 4OW1A 3A94A 1VDSA 1XEKA 2W1LA 3OK0A 1LJNA 1EQEA 2DQEY 2MEFA 1GHLA 4NHIA 4DDCA 1LYYA 1P2CC 3WU8A 1JKCA 5K7OA 1LMAA 1VDQA 1GB9A 2MEGA 3OJPA 4NY5A 3WUNA 5D5FA 2BQEA 3A34A 1BGIA 4HSFA 4XJIA 1GFRA 3A95A 2NWDX 4LT2A 1LYSA 1WQNA 4WLXA 1GBYA 5FHWA 1IOCA 1GF4A 1NKHA 2BQKA 2BQBA 1BB5A 1RFPA 4LYTA 1LSBA 5IHGA 3AZ6A 2MEDA 4H8XA 4H9BA 5A3ZA 4WO9A 1JJ0A 1TCYA 3P4ZA 4GLVA 4DD9A 3GXRA 4GCFA 4IASA 3TXDA 1GFGA 3LZTA 2G4QA 5KXYA 3AZ4A 3WH1A 1XSFA 1LSCA 5C6LA 1F6RA 1XGUC 1BQLY 1GBWA 1GFJA 1NDMC 3HBDA 2BLYA 5IDDA 5KXLA 1ALCA 1C46A 5F16A 5D5CA 153LA 1WVVA 4IJ4A 1D0MA 2Z18A 1LPIA 5LYZA 1F0WA 4X3BA 4G4CA 1QDRA 1LSGA 2YBMA 1WTNA 3A92A 3IJUA 5KXZA 3TXBA 3W6AA 1LZ8A 5J7CA 2DBTA 4QDNA 1QSAA 2MECA 3A3RX 4CFPA 3A6CY 4N0JA 2DQJY 4KL7A 4NHPA 4GCDA 1I56A 1NF5A 2HECA 5M1YA 1DPWA 2EQLA 1LJ4A 1ZVHL 2YVBA 1HC0A 4PPOA 3WUAA 3A91A 5LA5A 2HEDA 2BQAA 5HNCA 3TXGA 5KY1A 3WL2A 5E4PA 2MEIA 2DQIY 1OUCA 4LGKA 5HMVA 1IOQA 1FLUA 1B5VA 4PGJB 1JSEA 3SP3A 1BVKC 2HU3A 5KXMA 1IX0A 5B59A 1OUGA 4NHQA 2ZIKA 2MEHA 4GCCA 1IO5A 1LJ3A 2CWIA 2DQHY 5LVHA 3AZ7A 4GCEA 1ZMYL 1OUFA 2Z19A 5FELA 1IIZA 3J4GA 4NHSA 1HEWA 1UIBA 1IOSA 4N1EI 1INUA 4R0FA 3VWOA 5KKJA 4YF2A 5C6IA 2I25L 3CSQA 1IP4A 3RT5X 5B07A 1GB7A 4TUNA 1H87A 1LMPA 3T6UA 1LHJA 1GE4A 3W6FA 2RSCA 4H93A 4NGOA 1JTPL 4NGLA 4NEBA 5DN4A 2ZWBA 1IORA 1LZTA 4N8ZA 3AJNA 1IR8A 3TMXA 1GAZA 2BQOA 4NFVA 1GXXA 3LYTA 1LCNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFPA 132LA 1I1ZA 1CU3A 1JTTL 2CDSA 1GDWA 123LA 1D6QA 3HBEX 1UIAA 4J0LA 3IWRA 1BHZA 4N9RA 1YAQA 1AT6A 3RNXA 1HF4A 4MR1A 1G0GA 4WM3A 1C69A 2HULA 4DD0A 3CB7A 2DQGY 3KAMA 1C6JA 157LA 1IWYA 1XEIA 1HSWA 1L58A 4B49A 1IWVA 4WMGA 2F4AA 4H92A 5F9XA 4DYGA 3G3WA 1A4VA 1JUGA 1L49A 1B5ZA 1D6PA 2F2QA 3GUIA 1GD6A 4NG8A 2HUMA 2ZIJA 4KPMA 1ZYTA 211LA 1BWJA 2A7FA 1F6SA 4DQ5A 1P7SA 2RBNA 4K5YA 4Z3MA 2DQFC 170LA 1FLQA 2H9JA 1CNSA 1XGRC 4WL7A 2CUUA 1IP2A 1L15A 2ZQ4A 3DMVA 4ET9A 5LVGA 2H9KA 2Z39A 2RB1X 259LA 3AGGG 4W58A 1LJIA 3SB7A 1LGUA 1MLCE 3N9CA 4EOFA 1LJKA 1IEEA 2DQCY 2ZNXY 2W1YA 5I5QA 2NTHA 2Z6BA 1LGXA 4DD3A 5EBHA 1JQUA 4B4EA 3RUNA 1OP9B 1A2YC 1P46A 3HUQA 1B7OA 1LMNA 1CJ8A 3B6LA 112LA 133LA 1L61A 3L2XA 201LA 1GXV2 199LA 5APDA 1DI3A 144LA 3SB5A 1QSQA 4H9AA 3N9EA 3EXDA 3HTGA 4WM1A 4WM2A 3RU5A 1CTWA 1KXXA 104LA 4QY9A 4FJRA 1SSYA 1HFXA 2HU1A 1PZYA 249LA 2DKVA 1XGTC 1L33A 5KXXA 1LJGA 3WMKA 4EMNA 1GDXA 4WG7A 1SLYA 3TMWA 145LA 1GB2A 1HMKA 1L17A 5I4XA 1LJJA 4A7DA 2VB1A 165LA 2MEBA 3WXTA 1LJEA 1L50A 1L30A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LFP A;  1E8L A;  2EKS C;  132L A;  1I1Z A;  3AB6 A;  4NGW A;  4H8Z A;  4XEN A;  2BQL A;  2C8O A;  1GFK A;  1JTT L;  1GDW A;  2CDS A;  4ETC A;  3J6K A;  1UA6 Y;  1YAN A;  1KIR C;  1D6Q A;  1EL1 A;  3HBE X;  1D9U A;  1IC7 Y;  1RE2 A;  4M6D A;  1UIA A;  1GF3 A;  1XGQ C;  3AGI A;  4J0L A;  4LYZ A;  4AXT A;  3IWR A;  4RW1 A;  4U3X B;  4NWE A;  1BHZ A;  1LZ6 A;  1B7M A;  2H5Z A;  4PRQ A;  4H9E A;  4N9R A;  3AW6 A;  1YAQ A;  3W6C A;  1AT6 A;  3RNX A;  1HF4 A;  1C45 A;  1QDT A;  1NMM A;  4MR1 A;  2F4G A;  1LZY A;  1LZ5 A;  4G49 A;  4LT1 A;  4WM3 A;  3ULR A;  1HSX A;  1OUH A;  4DD0 A;  8LYZ A;  3CB7 A;  2DQG Y;  3KAM A;  1B7Q A;  5KXS A;  2IFF Y;  3WYH A;  1AM7 A;  1IWY A;  1B7N A;  1IP3 A;  1UUZ C;  1XEI A;  3P64 A;  1HSW A;  1HFY A;  1HFZ A;  1KIQ C;  1LSA A;  4H90 A;  1JJ1 A;  2YBI A;  4B49 A;  6LYT A;  1IWV A;  2BAA A;  2HEA A;  4WMG A;  4WLY A;  2W1X A;  2F4A A;  1JTO L;  4H92 A;  4KT3 A;  5F9X A;  1GBS A;  4DYG A;  1A4V A;  3A8Z A;  1JUG A;  5FEK A;  1RI8 B;  1GE2 A;  1GF9 A;  2F30 A;  3BKH A; 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 1LSC A;  5C6L A;  1F6R A;  1XGU C;  1BQL Y;  1GBW A;  1GFJ A;  1NDM C;  3HBD A;  2BLY A;  5IDD A;  5KXL A;  1ALC A;  1C46 A;  5F16 A;  5D5C A;  153L A;  1WVV A;  4IJ4 A;  1D0M A;  2Z18 A;  1LPI A;  5LYZ A;  1F0W A;  4X3B A;  4G4C A;  1QDR A;  1LSG A;  2YBM A;  1WTN A;  3A92 A;  3IJU A;  5KXZ A;  3TXB A;  3W6A A;  1LZ8 A;  5J7C A;  2DBT A;  4QDN A;  1QSA A;  2MEC A;  3A3R X;  4CFP A;  3A6C Y;  4N0J A;  2DQJ Y;  4KL7 A;  4NHP A;  4GCD A;  1I56 A;  1NF5 A;  2HEC A;  5M1Y A;  1DPW A;  2EQL A;  1LJ4 A;  1ZVH L;  2YVB A;  1HC0 A;  4PPO A;  3WUA A;  3A91 A;  5LA5 A;  2HED A;  2BQA A;  5HNC A;  3TXG A;  5KY1 A;  3WL2 A;  5E4P A;  2MEI A;  2DQI Y;  1OUC A;  4LGK A;  5HMV A;  1IOQ A;  1FLU A;  1B5V A;  4PGJ B;  1JSE A;  3SP3 A;  1BVK C;  2HU3 A;  5KXM A;  1IX0 A;  5B59 A;  1OUG A;  4NHQ A;  2ZIK A;  2MEH A;  4GCC A;  1IO5 A;  1LJ3 A;  2CWI A;  2DQH Y;  5LVH A;  3AZ7 A;  4GCE A;  1ZMY L;  1OUF A;  2Z19 A;  5FEL A;  1IIZ A;  3J4G A;  4NHS A;  1HEW A;  1UIB A;  1IOS A;  4N1E I;  1INU A;  4R0F A;  3VWO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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