2YBMA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (23.3 mgy)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybmA00
2BLYA 5KXZA 1QDRA 5C6LA 5FHWA 4G4HA 1LTMA 1GE4A 4W94A 4YENA 3WPLA 1J1PY 1ZMYL 3A3RX 1BVKC 2NWDX 2ZIKA 4H93A 5IDDA 4DD1A 5LYMA 5I5QA 5LVJA 3WW5A 5LXWA 5KXOA 3N9CA 1QSAA 2DQDY 5FSTA 1QTKA 4NGOA 5LA8A 1NBZC 1GBXA 4HTNA 5F81A 4ETCA 5APFA 5K7OA 5F9XA 2RSCA 1LSGA 1GF0A 1LHKA 2BQDA 4FJRA 1LPIA 5KKIA 1OUGA 2W1MA 1B7MA 1TCYA 1T3PA 1WTMA 1LJ4A 4GCBA 4I0CA 1HFXA 3GXKA 2X0AA 4ANRA 1AZFA 1HMKA 2D4JA 2YBLA 1GB8A 1DXJA 4J1BA 4NGVA 3W6CA 3WYHA 3J4GA 4GCDA 1F6SA 4RW2A 1YKXX 1H87A 2Q0MX 1IWWA 1JISA 1UIGA 4WO9A 3WVYA 3A95A 3WXTA 1IVMA 1IWVA 1GPQC 4WG7A 1AM7A 154LA 4LFXA 3A94A 1JTOL 5KXKA 3ZEKA 4G4BA 1IIZA 2DBTA 4B1AA 1LSFA 1B7PA 4YF2A 5KJ9A 3W6DA 1EQEA 3B72A 3EMSA 5LYZA 1JTTL 2BQIA 2FYDA 3W6FA 1LZ9A 5LVKA 2ZYCA 4ZIXA 5D5CA 4BAPA 1TBYA 132LA 1JSFA 2D4KA 2YSSC 134LA 1LHLA 1HSWA 5IELA 2F30A 2LZTA 2ZQ4A 1GBYA 1ZVYB 4OWHA 3A8ZA 1NKHA 1YIKA 1EL1A 4PRUA 5APDA 1CKHA 3EBAB 1GFKA 3WMKA 4N9RA 1OQMA 5B59A 3WUNA 1KXXA 3LYTA 1DZBX 2YDGA 4IJ4A 4WLDA 5II3A 5FDJA 1HEPA 1LJGA 4WM2A 8LYZA 3TXFA 3LZTA 4LYTA 1TDYA 3A34A 1WQPA 1NWGA 1PZYA 4XYYA 2BAAA 1IP5A 1GF7A 1JSEA 4HTQA 4LFPA 1IOQA 5KXPA 2LYOA 1CJ8A 4TWSA 2Z2FA 2XBSA 3TXIA 5C6JA 1DPWA 1YAMA 4NSGA 1CKCA 1GFHA 4QY9A 1HEMA 3CB7A 4NG8A 2VB1A 5E4PA 1GAYA 1J1XY 1UICA 1F0WA 2MEEA 1QDTA 4OOTA 4TUNA 9LYZA 1LZ4A 2HECA 3A6CY 1YL1X 2DQFC 2W1YA 1D6PA 4WMGA 3QNGA 1OUJA 5ILCA 1VAUA 3EO5A 4J1AA 1XGUC 7LYZA 1NDGC 1GFTA 1A2YC 133LA 4WLTA 3WPJA 5A3EA 3KAMA 1B5ZA 2HTXA 4MSTA 4E3UA 4BADA 3RU5A 1IWXA 1UIEA 1D0KA 3WW6A 4DT3A 3A6BY 4NWHA 1JTPL 1JJ3A 1MLCE 1OUIA 3AB6A 5HMVA 1VDPA 4NY5A 1C45A 3TXJA 2Z18A 4DD2A 2DQAA 5FEKA 4HPIA 5FCPA 4QGZA 3A3QA 1LMCA 2BQJA 4Z98A 1INUA 208LA 4PPOA 4TSCA 4UWUA 1REYA 4LYOA 4LT0A 4N1EI 1B9OA 1GXV2 1GE2A 1IP1A 4OWCA 3P64A 5F14A 4NGLA 4B4IA 3VWOA 1IP4A 3BKVA 6LYZA 5EBHA 3WULA 5LYTA 1IX0A 1NDMC 1IY3A 2FBDA 5F9UA 1GE3A 1O23A 3FI7A 1OP9B 2HU3A 4W96A 4OWBA 5LVGA 4DD3A 4Z41A 1B0DA 1LCNA 1LMTA 2W1XA 1KIPC 1GXXA 4XENA 1XEJA 1WQRA 4CFOA 3CT1A 1CJ9A 4ML7A 5HQ1A 3TXEA 1BB3A 2LYMA 2MEDA 4FDYA 1LMPA 1BB4A 1C43A 3WU7A 4G49A 3WU8A 5I4WA 3CT5A 4UWVA 3AZ5A 1LZ5A 3CQLA 3WU9A 3LYOA 5B1FA 3TXHA 2DQHY 4H9EA 4XJDA 1H6MA 1F10A 1UIBA 1UC0A 1IOSA 2G4NA 1WQOA 1YAQA 3ATNA 1JKBA 1FLWA 1B7OA 4N1CC 4P2EA 3T36A 4NGJA 1IOCA 1KIRC 4XJHA 4H8YA 1ALCA 1LYOA 3A92A 4WG1A 2MEFA 1LZ1A 2DQEY 2A7FA 4WO6A 2HEDA 4WM6A 2GV0A 4J0LA 1RFPA 1XGRC 4TX7A 1IC5Y 2HU1A 1FBIX 5I53A 1CJ6A 1KXWA 3G3AB 1DQJC 1UACY 1IOTA 4ET8A 2C8PA 3AZ7A 3SP3A 1YQVY 2LZ2A 4CJ2A 1LZEA 1DKJA 5L3IA 1BWHA 3AJNA 1B7SA 1XGQC 3B6LA 1LJ3A 4GLAA 1ZV5L 1VDQA 4N0JA 3N9AA 3GXRA 1JWRA 4ET9A 2DQIY 1F6RA 1AKIA 3N9EA 3A90A 2XTHA 4DC4A 3WUMA 1JKCA 4OOOA 3P4ZA 1GB5A 1LJIA 3IJUA 1NHEA 1BHZA 4H94A 1BGIA 1LMOA 3A96A 3ULRA 1HMLA 3QE8A 4KT3A 1EQ5A 1LMAA 5LAFA 4NGIA 5LVIA 4HSFA 1LJJA 4WM1A 2D4IA 1IP3A 2HUBA 3P66A 1G7JC 1G7LC 4ZFPA 1I56A 1EQ4A 5AMYA 1YILA 4RDSA 4WL7A 3AW7A 4RW1A 1GB7A 1B5XA 4EMNA 1NQIA 2W1LA 2IHLA 3E3DA 4DDBA 4DDAA 5HLLA 1UUZC 4H9BA 4RLNA 3RZ4A 3D3DA 4ZEEA 2BQOA 4LYBA 1D9UA 4QEQA 1DI4A 1CKDA 1W08A 3AYQA 4WM5A 4XJGA 1T6VL 1QUTA 4J7VA 4KL7A 5DN4A 4H9IA 4DDCA 3CSQA 4H1PA 4G9SA 4MCKA 5T3FA 1HNLA 2ZYPA 1HERA 1B5VA 2ZQ3A 3TXKA 5A3ZA 194LA 1IWYA 1LMQA 2BQAA 4LT3A 1XFPL 4AXTA 1LSMA 4Z3MA 2BQMA 4IASA 5E9RA 4LT2A 3T6UA 4LZTA 1BVXA 1LKRA 4YEMA 1YROA 3AGIA 4GN3A 4TTDA 1BWIA 1LKSA 2LHMA 4AGAA 1KXYA 4H8ZA 2BPUA 1BQLY 3J6KA 1HENA 3CT0A 5I54A 2EQLA 4DWXA 3IWRA 4QDNA 3OK0A 1DPXA 1JKDA 4A7DA 4DYGA 1UIHA 3RT5X 1VDSA 1D0MA 1B2KA 3B0OA 1N4FA 1KIQC 4LYCA 5KXXA 1GBWA 2MECA 1BWJA 2G4QA 2IFFY 4CFPA 5LAGA 1JIYA 4GLVA 1IWUA 1LMNA 1V7TA 2ZILA 5HMJA 1LZNA 4LT1A 3OJPA 4NHTA 5KXWA 2HEBA 2HEEA 5F16A 1CJ7A 2MEBA 2WARA 4I8SA 1BB6A 1B5YA 2FYCA 1GE1A 4N8ZA 3HBEX 4DD7A 1LHMA 1V7SA 4GN4A 3AW6A 4ETDA 2DQJY 2H9KA 1XGPC 1JPOA 1RCMA 3F6ZA 5D5FA 1B5WA 1I20A 3TXGA 153LA 1HHLA 4II8A 4XJBA 5C6IA 4NGZA 1FDLY 4ETBA 1LZ8A 3AGGG 2BQFA 5APCA 2BQCA 4H9CA 1C46A 1NMMA 3CSRA 1LZAA 1IC7Y 1G7HC 4GCEA 4HP0A 1JEFA 3D9AC 1GB6A 1LAAA 1UBZA 1TEWA 1QQYA 2ZNXY 3FE0A 1IP7A 5LA5A 1LSZA 5JENB 3IJVA 1HEOA 4GN5C 5B1GA 5I4YA 4DD0A 5KXMA 1Z55A 2Z38A 4TSBA 1REMA 2Z12A 1GB0A 1LSBA 2AUBA 3A67Y 4L41A 1FLQA 4HJVA 4G4CA 1GFGA 1HEWA 1RE2A 1VATA 1BB7A 4BAFA 5ILFA 3LHMA 1LSCA 4XN6A 1SQ2L 1VEDA 1W6ZA 207LA 1LZBA 4NGKA 3ATOA 1LYZA 5KXTA 1LOZA 2ZNWY 1OUFA 2EKSC 1IR7A 4O34A 1XSFA 1IR9A 1GB9A 4WM3A 5HNCA 2BQLA 2H9JA 1LZ6A 2DKVA 4PGJB 2YBIA 5KXSA 1A4VA 1LSEA 1HELA 1GE0A 1LSPA 4CGEA 1GEZA 1LZGA 1GB3A 1OUEA 4R0FA 1QIOA 2I6ZA 1JITA 2A7DA 4R6CA 4M4OA 1CKGA 1YKZX 4OW1A 2D91A 1C10A 1LSDA 2HEFA 1WQNA 1GHLA 1UIDA 1WVUA 2DQCY 4LYZA 3W6AA 5M1YA 1B7NA 1XGTC 1GFVA 2YVBA 2Z39A 1CKFA 1OUDA 1OUAA 2MEGA 3EXDA 4HPEA 1XEIA 1FN5A 3HFMY 1LHIA 3RNXA 2D6BA 1GBOA 1IWTA 1HC0A 3WPKA 5LVHA 3TMVA 1GFAA 1ZVHL 1JHLA 4H9HA 1LYSA 1OUHA 1LJHA 4HJZA 3P68A 1LZYA 5LIOA 5KY1A 1C7PA 3LN2A 5KXLA 4NEBA 1BB5A 2CJLA 1MELL 5KKJA 3AGHA 4H9FA 4N5RA 4WLYA 1LJFA 4KXIA 2YBMA 1D6QA 1UCOA 2F4AA 1GBZA 1GFEA 1B7QA 193LA 1GFJA 1IP2A 1REXA 2BQGA 4H90A 5DLAA 1LHHA 5HNLA 4NIJA 4NWEA 4XJIA 1IO5A 3ZVQB 4PRQA 2DQGY 2F2NA 4B0DA 4X3BA 2MEHA 4WM4A 1HEQA 4YEOA 1CNSA 1G7MC 1LSNA 2LYZA 1TAYA 5DM9A 2YBHA 3MGWA 1WQMA 3QY4A 5L9JA 4HV2A 1IC4Y 1GF4A 1FLYA 1LJKA 1WQQA 4PJ2C 1P2CC 2B5ZA 4LYMA 4XJFA 4NHPA 4B4JA 6LYTA 2F4GA 1LJEA 3P65A 1PS5A 1UA6Y 4NFVA 1LSYA 3LZ2A 1YKYX 1IORA 135LA 1IY4A 2HEAA 2XBRA 3G3BB 4LGKA 1G7IC 5KXYA 2MEIA 1GFUA 2Z19A 2YBNA 1YAOA 3WXUA 2PC2A 3M18B 1AT6A 4HTKA 4RLMA 5DN5A 1HSXA 1GF6A 1LZCA 1LZTA 3TMWA 1JUGA 1LSAA 2CGIA 2BLXA 1QTEA 2I26L 4NG1A 1B7LA 3WH1A 1LZDA 1LJNA 1GEVA 2MEAA 4WLXA 5B07A 2ZWBA 1QUSA 3B0KA 1FKVA 3A93A 4WOAA 4NSJA 1JJ0A 2BQNA 2YBJA 4B49A 4D9ZA 2Y8PA 1LHJA 2FBBA 1GD6A 3HBDA 1GF8A 2C8OA 3LYZA 4NGWA 5APEA 3TXBA 1LYYA 4CHXA 4KPMA 3B0IA 3TMUA 4H91A 4C5FA 4Z46A 4NSHA 4IATA 1LZSA 1E8LA 2I25L 3W6BA 2BQKA 1GDWA 2CDSA 1DKKA 1XEKA 4OWEA 3TXDA 3W3EA 3BKHA 4YM8A 2ZIJA 4ETEA 1GFRA 4PHIA 1RI8B 5L3HA 2Z2EA 1JJ1A 1FLUA 1I1ZA 1IP6A 4GCCA 3WUAA 1HFZA 3A91A 5B06A 1NF5A 3AZ6A 1WTNA 1SLYA 2BQEA 1GWDA 1GDXA 4H92A 4NHIA 1D0LA 1GAZA 4NHSA 1B7RA 1HFYA 2BQHA 1VFBC 1OUCA 1NBYC 1UIAA 4B4EA 1JKAA 3M3UA 4HJYA 1J1OY 2Z37A 4H8XA 1GB2A 4U3XB 1DI5A 4EOFA 2H5ZA 4HV1A 2N5ZA 3ZVQA 5J7CA 4NGYA 1IWZA 5KXNA 4NHQA 5KXRA 4WL6A 1IR8A 1GF9A 1C08C 4XADA 1WVVA 4BS7A 1GF5A 3W6EA 5IHGA 1HF4A 3AZ4A 1YANA 2BQBA 4MR1A 2XJWA 1DI3A 3TMXA 5B05A 2G4PA 4UWNA 3LYMA 1QSWA 1RJCB 2CWIA 1VDTA 1GBSA 1YAPA 3HBHA 1AT5A 1OUBA 1B5UA 3K3TA 4H9AA 3WVXA 3WL2A 2EIZC 4OWAA 1IEEA 4C3WA 4DD9A 4YOPA 1FKQA 4NSIA 5I4XA 1UIFA 1GF3A 1REZA 5FELA 3CSZA 1YL0X 4ETAA 2EPEA 5DL9A 4GCFA 1LZRA 3RW8A 4M6DA 5LINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L06A 5KXZA 115LA 1LTMA 137LA 1J1PY 3A3RX 1BVKC 2NWDX 5LYMA 5LVJA 1QUDA 1L79A 2DQDY 3HDFA 5F81A 1C66A 4DQ7A 1T3PA 1WTMA 4I0CA 3GXKA 2D4JA 4NGVA 4RW2A 1YKXX 2Q0MX 1IWWA 1UIGA 4W56A 4WO9A 1AM7A 4LDOA 3ZEKA 4G4BA 1C62A 248LA 167LA 1LSFA 3W6DA 2B75A 227LA 1L10A 132LA 1DYAA 1HSWA 4I7TA 1L90A 3A8ZA 1QT3A 1EL1A 3C82A 4PRUA 5APDA 4I7QA 4IJ4A 1L49A 1LJGA 2RH1A 4WM2A 1TDYA 3F8VA 206LA 1OVHA 1LYHA 5KXPA 2B6ZA 4TWSA 3TXIA 1DPWA 1L27A 1HEMA 5E4PA 1J1XY 1L34A 1UICA 1K28A 2W1YA 1OUJA 1I6SA 3EO5A 4YXAC 3WPJA 3GUPA 1B5ZA 1IWXA 3WW6A 3A6BY 1JJ3A 1MLCE 1L15A 1VDPA 4NY5A 3C7WA 4DD2A 3HH3A 1CV6A 5FEKA 5FCPA 4HPIA 4PPOA 1REYA 1CVKA 1IP1A 2IGCA 1IP4A 210LA 166LA 5LYTA 1QTBA 1OVJA 3CDQA 1PQDA 1SSWA 4OWBA 5LVGA 1LWGA 1LMTA 1KIPC 4XENA 262LA 4CFOA 3CT1A 1CU0A 5HQ1A 1L30A 3TXEA 2MEDA 4FDYA 3ODUA 1L13A 259LA 2RBPA 3AZ5A 2O7AA 3LYOA 249LA 3TXHA 2RBOA 4XJDA 1OVKA 1IOSA 1C6DA 2HEDA 3C8SA 2GV0A 1XGRC 190LA 1DQJC 1UACY 1IOTA 2C8PA 2LZ2A 161LA 1BWHA 245LA 3AJNA 4GLAA 1L62A 3P4ZA 3IJUA 1NHEA 4H94A 1C60A 1C65A 2L78A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BLY A;  5KXZ A;  1QDR A;  5C6L A;  5FHW A;  4G4H A;  1LTM A;  1GE4 A;  4W94 A;  4YEN A;  3WPL A;  1J1P Y;  1ZMY L;  3A3R X;  1BVK C;  2NWD X;  2ZIK A;  4H93 A;  5IDD A;  4DD1 A;  5LYM A;  5I5Q A;  5LVJ A;  3WW5 A;  5LXW A;  5KXO A;  3N9C A;  1QSA A;  2DQD Y;  5FST A;  1QTK A;  4NGO A;  5LA8 A;  1NBZ C;  1GBX A;  4HTN A;  5F81 A;  4ETC A;  5APF A;  5K7O A;  5F9X A;  2RSC A;  1LSG A;  1GF0 A;  1LHK A;  2BQD A;  4FJR A;  1LPI A;  5KKI A;  1OUG A;  2W1M A;  1B7M A;  1TCY A;  1T3P A;  1WTM A;  1LJ4 A;  4GCB A;  4I0C A;  1HFX A;  3GXK A;  2X0A A;  4ANR A;  1AZF A;  1HMK A;  2D4J A;  2YBL A;  1GB8 A;  1DXJ A;  4J1B A;  4NGV A;  3W6C A;  3WYH A;  3J4G A;  4GCD A;  1F6S A;  4RW2 A;  1YKX X;  1H87 A;  2Q0M X;  1IWW A;  1JIS A;  1UIG A;  4WO9 A;  3WVY A;  3A95 A;  3WXT A;  1IVM A;  1IWV A;  1GPQ C;  4WG7 A;  1AM7 A;  154L A;  4LFX A;  3A94 A;  1JTO L;  5KXK A;  3ZEK A;  4G4B A;  1IIZ A;  2DBT A;  4B1A A;  1LSF A;  1B7P A;  4YF2 A;  5KJ9 A;  3W6D A;  1EQE A;  3B72 A;  3EMS A;  5LYZ A;  1JTT L;  2BQI A; 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 2FBB A;  1GD6 A;  3HBD A;  1GF8 A;  2C8O A;  3LYZ A;  4NGW A;  5APE A;  3TXB A;  1LYY A;  4CHX A;  4KPM A;  3B0I A;  3TMU A;  4H91 A;  4C5F A;  4Z46 A;  4NSH A;  4IAT A;  1LZS A;  1E8L A;  2I25 L;  3W6B A;  2BQK A;  1GDW A;  2CDS A;  1DKK A;  1XEK A;  4OWE A;  3TXD A;  3W3E A;  3BKH A;  4YM8 A;  2ZIJ A;  4ETE A;  1GFR A;  4PHI A;  1RI8 B;  5L3H A;  2Z2E A;  1JJ1 A;  1FLU A;  1I1Z A;  1IP6 A;  4GCC A;  3WUA A;  1HFZ A;  3A91 A;  5B06 A;  1NF5 A;  3AZ6 A;  1WTN A;  1SLY A;  2BQE A;  1GWD A;  1GDX A;  4H92 A;  4NHI A;  1D0L A;  1GAZ A;  4NHS A;  1B7R A;  1HFY A;  2BQH A;  1VFB C;  1OUC A;  1NBY C;  1UIA A;  4B4E A;  1JKA A;  3M3U A;  4HJY A;  1J1O Y;  2Z37 A;  4H8X A;  1GB2 A;  4U3X B;  1DI5 A;  4EOF A;  2H5Z A;  4HV1 A;  2N5Z A;  3ZVQ A;  5J7C A;  4NGY A;  1IWZ A;  5KXN A;  4NHQ A;  5KXR A;  4WL6 A;  1IR8 A;  1GF9 A;  1C08 C;  4XAD A;  1WVV A;  4BS7 A;  1GF5 A;  3W6E A;  5IHG A;  1HF4 A;  3AZ4 A;  1YAN A;  2BQB A;  4MR1 A;  2XJW A;  1DI3 A;  3TMX A;  5B05 A;  2G4P A;  4UWN A;  3LYM A;  1QSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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