2Z12A

Structure of the transformed monoclinic lysozyme by controlled dehydration
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of a sodium ion on the dehydration-induced phase transition of monoclinic lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2z12A00
2Z2EA 2ZQ4A 5E9RA 5KXSA 1B5XA 4M4OA 2ZILA 1IP5A 5KKIA 1OQMA 134LA 1GAZA 3AW7A 3CT1A 3W6FA 1YQVY 1WVVA 1XGPC 1IWVA 5DLAA 3IJVA 3WMKA 5FCPA 4OWAA 1CKFA 1NWGA 2BPUA 1LZ6A 4XJBA 5LAFA 2MEHA 5KXOA 1GB7A 3A92A 4MR1A 1JKCA 1OUGA 3D3DA 4IJ4A 4XJFA 5F16A 3WPJA 3WULA 1GE1A 1W08A 1TCYA 3KAMA 4H9BA 4NHQA 1GWDA 2PC2A 4QGZA 1JITA 4XJHA 6LYZA 1LMTA 1LZDA 4NIJA 5LYTA 1J1XY 4H9HA 5DN5A 1TEWA 4ETBA 1GEZA 3TMUA 3RU5A 1GB5A 5LIOA 1NDMC 3M18B 1J1OY 2I6ZA 4NGZA 2C8OA 2HUBA 3WXTA 2H5ZA 5LAGA 5FSTA 4IASA 208LA 4RDSA 3TXFA 1GFJA 1HEPA 4WG7A 2EPEA 1D0LA 4A7DA 1AT5A 3LYMA 5HNLA 4P2EA 1IVMA 1LZCA 1B5VA 2ZWBA 4H93A 4NHIA 3ZEKA 3WUAA 7LYZA 4HTKA 2G4PA 1IWZA 2MEGA 1CKDA 1LYYA 1ZVHL 5L3IA 1IEEA 4GCDA 1IR9A 1BWHA 1GF3A 2Z37A 3WYHA 1NHEA 2RSCA 5I53A 3MGWA 3W6DA 1EQ4A 2YDGA 4ZFPA 3TMVA 1VAUA 4DYGA 1XFPL 1QTEA 1B7PA 1BB4A 4HJZA 4XJDA 3D9AC 1GBOA 4HJVA 4NG8A 1QUSA 3A94A 1G7HC 2I25L 3RT5X 4BAPA 3AJNA 2DQHY 4N1EI 4OWCA 1GBSA 1B5ZA 1CJ6A 1XSFA 5HQ1A 5KKJA 2Z12A 3GXRA 2CJLA 4H92A 1GF9A 2DQIY 4DD7A 1LJ4A 1GF6A 1PZYA 3WVXA 3EO5A 4LT2A 1HF4A 2HEFA 3A67Y 4XADA 1GFHA 2MEDA 4CFOA 5LA5A 2FBBA 4DD3A 3W3EA 4C5FA 3A8ZA 1IP6A 5FELA 1CJ8A 4Z3MA 1JJ1A 1IIZA 3LYOA 4KT3A 1CJ7A 5I5QA 4TTDA 2XTHA 4NEBA 2WARA 1KXYA 1LJKA 1WTMA 2EKSC 1NDGC 2FYDA 1GF5A 5LVIA 1JTTL 4ETEA 5KXTA 4PHIA 5C6LA 1UIEA 4OWBA 3WUMA 1JKDA 3A6CY 1IX0A 2DQEY 4XN6A 5I4WA 9LYZA 1WQNA 4PRQA 2F30A 5K7OA 1GE0A 1JUGA 1J1PY 1B5YA 2ZIJA 1OUCA 4LT1A 4NGKA 3TXDA 4GN4A 1YAMA 1LZ9A 4H8YA 4XENA 5HMVA 5M1YA 5ILCA 1REXA 2DBTA 3EBAB 1CKHA 1GD6A 1T3PA 1WQRA 4YM8A 1E8LA 1LJIA 4HTNA 1GBZA 1LHKA 1DKKA 4LYZA 5B05A 2GV0A 2D4IA 2X0AA 1LZ1A 4G4CA 4WM4A 5D5FA 1IP3A 4DDBA 1C45A 3HFMY 1GEVA 1C46A 1BB6A 2LZ2A 1HEQA 2BQLA 1GB9A 1I20A 1D9UA 4TUNA 3AB6A 1XGRC 1RE2A 4R0FA 1IR8A 4DDAA 4NSGA 1LSPA 3QY4A 3WVYA 4ETAA 154LA 1HC0A 1IWTA 1GBWA 3OK0A 5B07A 4ANRA 4DC4A 4GCFA 4WLDA 1GE3A 4FJRA 4NG1A 4NHPA 4X3BA 3AGHA 2IFFY 1NF5A 4NGJA 5F14A 5F9XA 1LYZA 1B7RA 1QTKA 3B6LA 1LMPA 4NWEA 2G4QA 1D0KA 1TAYA 1JSFA 2HECA 4B4IA 1BGIA 1HERA 1JJ0A 3LHMA 1CNSA 4R6CA 5F81A 1LHHA 1HFXA 1LKSA 4N9RA 2HU1A 4J1BA 4NGOA 2DQJY 1IWXA 1H87A 4H9IA 1V7TA 1UCOA 1LZEA 4J0LA 3BKVA 3CSQA 1FKVA 2A7FA 4FDYA 1GB8A 2CGIA 4YEMA 5KY1A 2XBRA 1B7OA 2F4GA 4GN5C 4OOOA 1REMA 2F2NA 1QQYA 2W1MA 1IP4A 4LYBA 1IWWA 1EL1A 4YEOA 1DKJA 4Z98A 3A90A 3RW8A 3TXHA 3VWOA 4WM5A 1GFEA 3ZVQB 1LZTA 1NQIA 3CQLA 2MECA 3LZ2A 5EBHA 1OUIA 1B0DA 1D0MA 1UIFA 1DQJC 4QY9A 1UIHA 2D6BA 1WQQA 4LFPA 8LYZA 4UWVA 1LJ3A 1F6RA 1JWRA 1LAAA 1YAQA 2BQBA 1B5UA 2BQKA 4J7VA 1GB2A 3TXJA 3W6CA 1SLYA 1GPQC 4NHSA 3TMWA 2LYZA 4O34A 1VEDA 3A93A 1YIKA 2ZQ3A 3A3RX 4ML7A 5HNCA 4J1AA 4UWUA 3ULRA 1LYSA 3FE0A 1NBYC 3M3UA 2F4AA 2CDSA 2LYOA 2G4NA 2YBNA 4GCBA 5DM9A 3N9CA 2ZNXY 4DDCA 1HNLA 1UIDA 5A3ZA 3WW6A 1GFAA 4B4JA 1LJHA 1KIPC 4ZEEA 3TXIA 1HEWA 1RJCB 1LJNA 2DQDY 2MEFA 1G7IC 2YBMA 4HJYA 4WLXA 1LSDA 1GF4A 1W6ZA 3IWRA 3P65A 4HPEA 4ETDA 4CJ2A 1YROA 5I4XA 4N8ZA 1LZRA 1LJGA 1BB7A 1AM7A 4LZTA 1GHLA 3HBDA 1D6QA 4I0CA 2YBHA 4WO6A 1WTNA 2BAAA 4UWNA 1UBZA 5C6JA 5LINA 1CKCA 1B7NA 5LVGA 4N5RA 4H8XA 1HSWA 3GXKA 4RLNA 4WM3A 5B1GA 1HFZA 1YKYX 4OWHA 3F6ZA 4WMGA 3ZVQA 153LA 3WPLA 2IHLA 5LYZA 3T36A 4OOTA 1LZNA 1SQ2L 1CKGA 1GE4A 5J7CA 1OUBA 3WH1A 1B9OA 5APEA 1IOCA 2EIZC 1OUEA 1GB0A 1ZVYB 3SP3A 3RNXA 4LT3A 4DD9A 4WOAA 1YKZX 1JIYA 3EXDA 2BQAA 1LKRA 5IHGA 2BQCA 1LTMA 2Z18A 5KXKA 4CHXA 3P64A 1VDPA 1DXJA 1LZ4A 2BQHA 1GFRA 4NY5A 1ZMYL 4GCCA 5L3HA 4Z46A 1FDLY 2HEDA 1YILA 2Z39A 1UA6Y 5ILFA 4HSFA 133LA 5KXLA 4RW2A 1B7LA 5T3FA 3WXUA 3WU8A 1IP2A 2HEEA 1I1ZA 2MEEA 1LMCA 3B0OA 3N9EA 4ZIXA 4NGVA 1CJ9A 4D9ZA 2AUBA 4LYTA 3B0IA 1WQOA 2B5ZA 2BQMA 3A96A 4GCEA 4NSJA 4RW1A 5C6IA 4DD2A 1LMNA 1LZSA 1IOQA 2Z19A 4ETCA 2LYMA 1HHLA 3CT5A 1INUA 3CB7A 3P66A 2HEAA 5I54A 1JHLA 4LYMA 1BB5A 3AYQA 3G3BB 1OUFA 4H9AA 5LVJA 1EQ5A 1HEOA 1MELL 3ATNA 1LSFA 2YBIA 3P68A 1LSCA 1G7JC 1IY3A 1OUJA 4C3WA 5HLLA 2Z2FA 4GN3A 4NSHA 4H8ZA 1VDQA 1AT6A 1A4VA 4DD0A 1WQMA 4HV2A 3AZ7A 1I56A 2HTXA 2NWDX 1KIRC 2C8PA 2Y8PA 1LZGA 3A3QA 4OWEA 2YBJA 1UIBA 1OUHA 4EOFA 1QDRA 1KIQC 3J6KA 4DD1A 1XGQC 4W94A 1GXV2 1LZ5A 4LYOA 1UICA 4WL7A 3WUNA 4G9SA 1JTOL 2EQLA 3WU9A 1HFYA 1DI3A 4G4BA 5II3A 1NKHA 4EMNA 4NSIA 1F6SA 4H91A 4WL6A 1IC4Y 1T6VL 1GB6A 1LSEA 2W1XA 4WM6A 4YOPA 1UUZC 2DQAA 4B0DA 1O23A 3ATOA 4HV1A 1VATA 1HEMA 4H1PA 1IO5A 5APCA 5LYMA 1DZBX 4PRUA 5DN4A 1NBZC 4BADA 1LHLA 2BQJA 5HMJA 1TBYA 3B72A 5B59A 3G3AB 4CGEA 5KXXA 3B0KA 4Z41A 5L9JA 1BHZA 4MSTA 1JPOA 1BVXA 3A34A 4II8A 1GFTA 1GXXA 1LJEA 1MLCE 1LPIA 3WL2A 4PPOA 1IORA 1NMMA 1P2CC 1LZBA 1LMQA 2BLXA 1G7MC 1IC7Y 5FEKA 4CFPA 1IC5Y 2H9JA 4NHTA 1HMLA 2ZIKA 5JENB 1VDSA 1UIAA 4G4HA 5KXPA 2CWIA 1REZA 1IOTA 1UIGA 6LYTA 5IDDA 1ALCA 1LSZA 4OW1A 4W96A 1LSGA 3TXEA 4AGAA 5KJ9A 4PJ2C 5DL9A 5LXWA 1YKXX 1OUDA 1IR7A 1KXXA 1BWIA 3LYTA 3TXBA 1OP9B 3LN2A 5KXRA 1F0WA 1XEIA 3P4ZA 4KPMA 194LA 3WW5A 1AZFA 4QEQA 2HEBA 3J4GA 4KXIA 1LSMA 4NFVA 5FHWA 4DT3A 1B7SA 4B1AA 4ET8A 1KXWA 1JJ3A 1GFGA 5F9UA 2Q0MX 4N1CC 5B1FA 3W6AA 4AXTA 3LZTA 4H90A 3LYZA 1GAYA 3BKHA 4WG1A 1EQEA 2MEIA 1GFVA 1BQLY 2XBSA 1GDWA 4MCKA 207LA 1LSBA 1G7LC 3RZ4A 4B4EA 1PS5A 4XJIA 2YBLA 1LZ8A 5E4PA 1HMKA 4IATA 2DQFC 4LGKA 1LZYA 1LHIA 3QNGA 4LFXA 4YENA 5AMYA 4WLYA 3W6BA 1FN5A 4BS7A 3K3TA 1ZV5L 5LA8A 1DPXA 1FBIX 2BQDA 3EMSA 3A6BY 4WLTA 1XEJA 1IOSA 4RLMA 1A2YC 2I26L 4I8SA 3AZ4A 1YL1X 1JTPL 3CSRA 3E3DA 3HBEX 4NGIA 2ZYCA 5LVHA 2D4KA 4E3UA 1GB3A 3CT0A 1JKBA 2LZTA 1B7MA 1JEFA 5APFA 2XJWA 2BQIA 2D4JA 1YANA 5KXWA 2ZYPA 1DPWA 1FLUA 2DQCY 2LHMA 3N9AA 2YSSC 3W6EA 3TXGA 1GE2A 1GF8A 3IJUA 4H9CA 4GLAA 4GLVA 4NWHA 1BWJA 132LA 4NGYA 1N4FA 2N5ZA 1RFPA 2ZNWY 4KL7A 1YL0X 5APDA 193LA 5FDJA 5B06A 1Z55A 1LCNA 1FLYA 1LYOA 1B2KA 4XYYA 1XGTC 1GFUA 1LOZA 4WM1A 2HU3A 4TX7A 4DWXA 1DI5A 1LJJA 3CSZA 1YAOA 2DKVA 2BQEA 1GFKA 1WVUA 1IWYA 3WPKA 1OUAA 2D91A 1REYA 1HSXA 3AGIA 1QIOA 1LHJA 4TSBA 2BQGA 2H9KA 1VDTA 1GDXA 2VB1A 1V7SA 1VFBC 3AGGG 1AKIA 5A3EA 3T6UA 1YAPA 1IP1A 1FLWA 4WM2A 3OJPA 2BQOA 1GF0A 135LA 1GF7A 1JISA 1IY4A 1QUTA 2MEAA 4M6DA 5KXYA 1DI4A 4QDNA 3AW6A 1QDTA 1JSEA 2BQFA 1LZAA 5KXMA 4TSCA 3A91A 2DQGY 4YF2A 2W1YA 1LHMA 3AZ5A 2MEBA 3FI7A 1UC0A 3QE8A 4NGWA 1FKQA 4H94A 4HTQA 1TDYA 1RCMA 4HPIA 1LMAA 1C43A 1GBXA 2Z38A 4PGJB 4TWSA 5KXNA 2YVBA 5KXZA 1LJFA 1LSAA 1HENA 1XEKA 2BLYA 5LVKA 1C08C 3AZ6A 4H9EA 1B5WA 4WO9A 3HBHA 1F10A 1LSYA 1LMOA 1JKAA 4B49A 4LYCA 1C7PA 1GBYA 4ET9A 4H9FA 1QSAA 1FLQA 1QSWA 3TMXA 5I4YA 1BVKC 1IP7A 3WU7A 4NGLA 1WQPA 1XGUC 4LT0A 5D5CA 1B7QA 1IWUA 1D6PA 4XJGA 2A7DA 1C10A 1HELA 1RI8B 1UACY 3A95A 4N0JA 4BAFA 2W1LA 5IELA 4U3XB 4HP0A 4L41A 1H6MA 2FBDA 2FYCA 4G49A 2BQNA 3TXKA 1LSNA 1BB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z2EA 5KXSA 2ZILA 1L95A 1IP5A 2F32A 1OQMA 1GAZA 3RZEA 3W6FA 1YQVY 1IWVA 4OWAA 1CKFA 1LZ6A 4XJBA 2MEHA 1QSQA 4I7TA 1GE1A 4H9BA 4QGZA 1JITA 4NIJA 4PK0A 5LIOA 3DN1A 2I6ZA 2C8OA 3WXTA 5FSTA 4IASA 208LA 4I7LA 2EPEA 1D0LA 171LA 1L13A 7LYZA 1ZVHL 5L3IA 1BWHA 249LA 3ODUA 183LA 1L53A 3HT9A 149LA 220LA 4XJDA 3AJNA 1C67A 4N1EI 1GBSA 1B5ZA 5HQ1A 2Z12A 2CJLA 195LA 4H92A 3WVXA 3EO5A 1HF4A 2HEFA 4C5FA 1JJ1A 1L43A 1T6HA 256LA 4TTDA 1CV0A 2EKSC 1NDGC 2FYDA 3HT8A 1GF5A 1G0PA 1P37A 1JKDA 3A6CY 2DQEY 9LYZA 4PRQA 1JUGA 1L85A 218LA 2O7AA 4LT1A 3TXDA 1JTNA 191LA 3G3XA 4XENA 5M1YA 5ILCA 1T3PA 1WQRA 107LA 1E8LA 2X0AA 4G4CA 1IP3A 1D9UA 3FA0A 4YXAC 154LA 211LA 4DC4A 1GE3A 2NTHA 4NGJA 5F9XA 2NTGA 3B6LA 1L60A 1TAYA 4B4IA 1C6GA 1BGIA 1CNSA 1HFXA 1C6KA 1V7TA 1L64A 254LA 223LA 1T8AA 4GN5C 3SB7A 2F2NA 1IWWA 1G0LA 1L05A 1D9WA 4Z98A 1OVJA 1GFEA 1NQIA 1L41A 3LZ2A 172LA 4QY9A 1UIHA 8LYZA 4UWVA 1L04A 1LAAA 4J7VA 4LDOA 1B5UA 1GB2A 1SLYA 1GPQC 2Q9EA 3TMWA 2QB0B 4J1AA 2F4AA 3PBLA 114LA 257LA 1LJHA 1L98A 4I7RA 3HH5A 2MEFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z2E A;  2ZQ4 A;  5E9R A;  5KXS A;  1B5X A;  4M4O A;  2ZIL A;  1IP5 A;  5KKI A;  1OQM A;  134L A;  1GAZ A;  3AW7 A;  3CT1 A;  3W6F A;  1YQV Y;  1WVV A;  1XGP C;  1IWV A;  5DLA A;  3IJV A;  3WMK A;  5FCP A;  4OWA A;  1CKF A;  1NWG A;  2BPU A;  1LZ6 A;  4XJB A;  5LAF A;  2MEH A;  5KXO A;  1GB7 A;  3A92 A;  4MR1 A;  1JKC A;  1OUG A;  3D3D A;  4IJ4 A;  4XJF A;  5F16 A;  3WPJ A;  3WUL A;  1GE1 A;  1W08 A;  1TCY A;  3KAM A;  4H9B A;  4NHQ A;  1GWD A;  2PC2 A;  4QGZ A;  1JIT A;  4XJH A;  6LYZ A;  1LMT A;  1LZD A;  4NIJ A;  5LYT A;  1J1X Y;  4H9H A;  5DN5 A;  1TEW A;  4ETB A;  1GEZ A;  3TMU A;  3RU5 A;  1GB5 A;  5LIO A;  1NDM C;  3M18 B;  1J1O Y;  2I6Z A;  4NGZ A;  2C8O A;  2HUB A;  3WXT A;  2H5Z A;  5LAG A;  5FST A;  4IAS A;  208L A;  4RDS A;  3TXF A;  1GFJ A;  1HEP A;  4WG7 A;  2EPE A;  1D0L A;  4A7D A;  1AT5 A;  3LYM A;  5HNL A;  4P2E A;  1IVM A;  1LZC A;  1B5V A;  2ZWB A;  4H93 A;  4NHI A;  3ZEK A;  3WUA A;  7LYZ A;  4HTK A;  2G4P A;  1IWZ A;  2MEG A;  1CKD A;  1LYY A;  1ZVH L;  5L3I A;  1IEE A; 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 1B2K A;  4XYY A;  1XGT C;  1GFU A;  1LOZ A;  4WM1 A;  2HU3 A;  4TX7 A;  4DWX A;  1DI5 A;  1LJJ A;  3CSZ A;  1YAO A;  2DKV A;  2BQE A;  1GFK A;  1WVU A;  1IWY A;  3WPK A;  1OUA A;  2D91 A;  1REY A;  1HSX A;  3AGI A;  1QIO A;  1LHJ A;  4TSB A;  2BQG A;  2H9K A;  1VDT A;  1GDX A;  2VB1 A;  1V7S A;  1VFB C;  3AGG G;  1AKI A;  5A3E A;  3T6U A;  1YAP A;  1IP1 A;  1FLW A;  4WM2 A;  3OJP A;  2BQO A;  1GF0 A;  135L A;  1GF7 A;  1JIS A;  1IY4 A;  1QUT A;  2MEA A;  4M6D A;  5KXY A;  1DI4 A;  4QDN A;  3AW6 A;  1QDT A;  1JSE A;  2BQF A;  1LZA A;  5KXM A;  4TSC A;  3A91 A;  2DQG Y;  4YF2 A;  2W1Y A;  1LHM A;  3AZ5 A;  2MEB A;  3FI7 A;  1UC0 A;  3QE8 A;  4NGW A;  1FKQ A;  4H94 A;  4HTQ A;  1TDY A;  1RCM A;  4HPI A;  1LMA A;  1C43 A;  1GBX A;  2Z38 A;  4PGJ B;  4TWS A;  5KXN A;  2YVB A;  5KXZ A;  1LJF A;  1LSA A;  1HEN A;  1XEK A;  2BLY A;  5LVK A;  1C08 C;  3AZ6 A;  4H9E A;  1B5W A;  4WO9 A;  3HBH A;  1F10 A;  1LSY A;  1LMO A;  1JKA A;  4B49 A;  4LYC A;  1C7P A;  1GBY A;  4ET9 A;  4H9F A;  1QSA A;  1FLQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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