2ZIKA

Crystal structure of human lysozyme from pichia pastoris
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Preparation and characterization of methyonyl-lysine attached human lysozyme expressed in Escherichia coli and its effective conversion to the authentic-like protein
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zikA00
4WM4A 1BB4A 3B0OA 1DXJA 1QTKA 3P4ZA 1EQ4A 3HBHA 4J7VA 1IP5A 1LZNA 1UIAA 5I54A 3OK0A 3A94A 1GB3A 3A8ZA 1UUZC 1GFGA 1JSEA 1JUGA 1LHJA 4GCDA 3W6FA 2FYDA 1F0WA 1XEIA 1G7LC 1WQPA 1YKXX 4KPMA 1FLQA 2DBTA 5J7CA 4LZTA 4PGJB 4AGAA 1GBZA 1B7SA 1IP2A 1T6VL 3W6CA 4ETBA 1TAYA 4R6CA 3TMUA 4EOFA 1GEZA 2D4JA 4O34A 5HMVA 4H8XA 1LZBA 1VDSA 4DD7A 4UWNA 5C6LA 1B5XA 3W3EA 2YBMA 1GFEA 1ZVHL 3QY4A 5D5CA 4GN4A 3N9AA 4YOPA 5B59A 4YM8A 5JENB 1UIEA 1GE3A 1VATA 1XGTC 1GFKA 1N4FA 4NIJA 1I20A 4BS7A 1GB0A 2LZ2A 2MECA 1CJ8A 4HSFA 1GBOA 1B5ZA 1XSFA 4NGLA 1UIDA 1BWHA 1IO5A 4XJDA 4TSBA 1LMAA 2BQLA 4DDAA 133LA 1LJIA 1IWZA 1LSBA 2CDSA 4GCEA 7LYZA 4Z98A 2HTXA 4H9FA 4Z46A 1GB2A 1IOSA 5DN5A 1LSYA 1WTMA 1HMLA 2XJWA 1GF9A 1GHLA 2C8OA 3LYZA 4N0JA 1IWTA 1LJNA 1D6QA 1QSAA 5LAGA 4GN5C 1IP3A 3EO5A 2MEAA 4LYOA 1KXYA 1LSAA 3T6UA 1LMPA 2YBNA 1LTMA 3AZ6A 5LA8A 1G7JC 208LA 3ATOA 4OOTA 1LMOA 4DT3A 2XTHA 5F14A 4HTQA 1Z55A 1C10A 4B0DA 4H94A 1GF5A 2HU3A 1QTEA 1GE0A 4LYBA 1VDPA 2Z12A 5LVIA 1IWUA 1C43A 2F30A 3CSQA 1T3PA 4FJRA 1WQRA 2G4QA 4H9IA 4DD1A 4ETAA 1REYA 1LSPA 5LYZA 5KXMA 2BQFA 1AT5A 5F16A 3E3DA 1DKJA 4WM3A 4NGYA 1OUFA 1GEVA 4HTKA 1GFTA 1HEOA 1UC0A 3WW5A 2DQAA 2F4GA 4ZIXA 4KXIA 1LZ6A 2BQAA 5E9RA 1P2CC 1LJ4A 5KXRA 5I4XA 4Z41A 1LZAA 1JITA 1RFPA 3AJNA 3EXDA 4XJBA 1QDTA 5IDDA 4M6DA 3TMXA 1YQVY 1CKHA 1IP7A 2VB1A 3HBDA 3LYOA 4HTNA 4LT0A 1LCNA 4NHQA 4WM5A 1NWGA 2G4PA 1IP1A 2A7FA 4HV1A 4NSIA 2BQDA 4PPOA 2Z18A 4TSCA 3W6DA 3EMSA 4H93A 1E8LA 2LZTA 4CHXA 5HLLA 1QUSA 1GF4A 1G7IC 2HECA 3GXKA 3OJPA 2BPUA 1ZMYL 5APFA 4RW2A 5FDJA 1HEPA 5F9UA 5B06A 4B4EA 1B5VA 4ET8A 2FBBA 4LYCA 4NY5A 2Z39A 3ATNA 4YEMA 1YL1X 4XADA 1W6ZA 4X3BA 2YBHA 1GE2A 1IOTA 5LVHA 1J1XY 1FKQA 4XENA 3WU7A 5LVJA 2MEBA 4UWVA 1PS5A 1KIQC 3CSZA 4QGZA 4XJGA 2F2NA 2HEEA 3B0IA 4ML7A 3AGHA 1LHKA 4DDBA 2BQOA 4ZFPA 4TUNA 5EBHA 5FEKA 1DI4A 1G7MC 1GXV2 1MLCE 1LMCA 3A3QA 3A95A 5KY1A 2YBIA 3CQLA 1BVKC 2HEDA 3A6BY 1QSWA 4XJHA 1HNLA 3A92A 2ZNWY 2HEFA 1UBZA 1HEQA 3QE8A 4YEOA 1XEKA 1AKIA 3WW6A 3TMWA 3G3AB 5HNLA 6LYZA 1LZSA 1HELA 2X0AA 1TDYA 3F6ZA 4CFPA 1LHIA 2F4AA 1LZ4A 3CT5A 1GF3A 1F6RA 2AUBA 3B0KA 1FDLY 3BKVA 1HEMA 4XJFA 3WUNA 4DD3A 4DD9A 5KXXA 1JKDA 1GE1A 4B49A 1F10A 2BQNA 5F81A 5B05A 1YROA 3P68A 3LYTA 1IOQA 2Z2FA 1GBXA 3W6EA 4A7DA 5ILFA 4EMNA 1GF6A 193LA 1LPIA 3TXKA 1EQEA 1RE2A 1HFXA 2WARA 4GCFA 4OWCA 4WMGA 2D4KA 1LZCA 1BB5A 1REMA 2ZNXY 4CFOA 1FKVA 2ZIJA 4H9HA 2BAAA 4NG8A 1AT6A 3ZVQB 4NGIA 3QNGA 3WPKA 5KXYA 1GAZA 1I1ZA 3HBEX 1NF5A 2N5ZA 4ANRA 1PZYA 3VWOA 2Y8PA 1REXA 3SP3A 1FLWA 1YAQA 2H9JA 1BQLY 2DQHY 4TWSA 4NSGA 1XGPC 4G4HA 1LJGA 5FHWA 3G3BB 1LSGA 1B7RA 3LYMA 1I56A 5LYMA 1C45A 9LYZA 1GDWA 1GAYA 1B7LA 1YKYX 3GXRA 4I8SA 3AW6A 4N8ZA 1BGIA 1OUJA 3W6BA 4OW1A 3IJVA 4H92A 4RDSA 5B1FA 4YF2A 4N9RA 1LSMA 1NDMC 5KKJA 3WL2A 2HEBA 1XGRC 4XYYA 2DQCY 134LA 1GPQC 1YAPA 3AB6A 4GN3A 1IOCA 1B7QA 1OUDA 4TTDA 4WO9A 1WQMA 1FLUA 2ZYCA 3BKHA 2RSCA 1LZEA 4OWBA 4WLDA 4WM6A 4WO6A 4QY9A 4TX7A 2MEEA 4WG7A 1UIGA 1IWXA 1NMMA 1VFBC 3WPLA 4LT3A 1C08C 4NHTA 5A3ZA 1JWRA 1B7MA 2IFFY 1IWWA 1LZGA 4OOOA 1IC5Y 4PRQA 1KIPC 1GWDA 1WQOA 4WLXA 4LYZA 2DQDY 1BVXA 1JEFA 1LJJA 1NDGC 4WLYA 2LHMA 3J4GA 4G49A 5KXSA 1LKSA 1HMKA 1TCYA 5DN4A 1G7HC 1RJCB 1LJHA 4HJYA 153LA 4YENA 1LJEA 154LA 3WMKA 1B9OA 1LYZA 4NSJA 1FLYA 2BQGA 1EL1A 1OUIA 2W1YA 5LIOA 2D6BA 1OUAA 4NGWA 3TXIA 4C3WA 4HPEA 1LZYA 3LZ2A 1LZ9A 3P64A 4H9EA 4OWHA 1GE4A 4RLMA 1GB5A 1DQJC 4ET9A 1XGUC 4DWXA 1XFPL 1NQIA 2GV0A 1IY3A 3J6KA 4BAPA 2EKSC 1WQNA 4NGZA 1QDRA 1AZFA 3M3UA 4NHIA 1CKGA 1GB6A 2Z37A 5DM9A 4BADA 1HC0A 2ZYPA 4WLTA 1J1OY 4HJVA 1LHHA 1UIFA 1INUA 4IASA 2BQEA 2PC2A 2YSSC 4H1PA 1UACY 1B5YA 1GFHA 1LZRA 4CJ2A 3A91A 1JKAA 1KXXA 4NGVA 1VDTA 3WVXA 4L41A 4WG1A 5E4PA 4HP0A 2G4NA 1HEWA 4WL6A 5HNCA 1IVMA 1HHLA 1LMNA 2W1LA 2BQIA 4H90A 2EQLA 2CJLA 1ZV5L 3WXUA 1JTPL 1AM7A 2ZQ3A 1GXXA 1YKZX 5FCPA 3K3TA 2HU1A 1GB7A 4LYMA 4GLVA 1LMTA 4IATA 5AMYA 2MEHA 2DQEY 135LA 3TXJA 3WPJA 3WU9A 1YAOA 1C46A 5A3EA 1VEDA 4DDCA 3TXGA 1JTOL 1D6PA 3A93A 1WQQA 1IP4A 1CKFA 2DQGY 1SLYA 2I26L 1OP9B 4R0FA 3WUAA 5LAFA 1CKDA 4DC4A 1IR9A 1GFJA 2BLXA 1OUHA 3A3RX 2NWDX 8LYZA 1JKCA 4II8A 1SQ2L 5I5QA 3WUMA 6LYTA 3A6CY 2ZIKA 1IR8A 4CGEA 1JJ0A 2W1XA 4WM1A 1OQMA 2MEIA 3A96A 5IELA 1EQ5A 3A67Y 3ZEKA 2XBSA 3A90A 4NHSA 1B7OA 3RNXA 3TMVA 1LSZA 1B2KA 1O23A 1ALCA 1OUEA 1YANA 4LFXA 2BQJA 3FE0A 1D0MA 4C5FA 3A34A 4OWEA 4NFVA 3WULA 5IHGA 1LYOA 4WOAA 4N5RA 5L3IA 1B5UA 1LZ8A 4ZEEA 4XN6A 1LHLA 3CB7A 4M4OA 1TEWA 5KXPA 194LA 5LA5A 1LSCA 2W1MA 1LSDA 2YVBA 1YL0X 2H5ZA 1GD6A 4H9AA 1HENA 1OUCA 1D0KA 1JSFA 1LAAA 3IJUA 1DPWA 1RCMA 5KXTA 2EIZC 3N9EA 5KXNA 3B6LA 1HFYA 1V7TA 3CSRA 1B5WA 2B5ZA 1DKKA 2HEAA 1BHZA 4QEQA 1UIBA 4H9CA 2BLYA 2LYZA 1W08A 3EBAB 4HJZA 4WM2A 5LXWA 1CKCA 1MELL 5LYTA 2FYCA 1YIKA 1IP6A 4KL7A 1ZVYB 2MEDA 1LKRA 1H6MA 4MSTA 2YDGA 2ZWBA 1LSEA 1LJFA 4N1CC 4OWAA 2ZQ4A 4W96A 4D9ZA 2YBLA 1V7SA 3B72A 5I53A 5T3FA 132LA 1XGQC 1NKHA 3WVYA 3WH1A 3IWRA 1VDQA 1A2YC 1BWIA 2CWIA 4LFPA 1NBZC 2A7DA 3CT0A 4H91A 4NGJA 2LYMA 5KXZA 4DD2A 3TXFA 1REZA 5HQ1A 1GF8A 2HUBA 1CJ7A 2MEFA 2YBJA 4UWUA 1HERA 1DI5A 4H9BA 1GDXA 4RLNA 2BQBA 3RZ4A 1BWJA 4WL7A 1GBYA 3AZ5A 3RT5X 1GB9A 4LGKA 1JJ3A 5M1YA 1LZDA 1IC4Y 1WTNA 3MGWA 1GBWA 4N1EI 5LINA 5B1GA 1JHLA 2Z38A 5I4WA 4G9SA 5K7OA 3RU5A 2DQIY 3AYQA 1IY4A 1IWYA 1UICA 1BB6A 2DQFC 3LZTA 1F6SA 4B1AA 1LYYA 5I4YA 2BQKA 1LJ3A 5ILCA 5LVGA 1IC7Y 5APDA 4DD0A 1WVVA 2DQJY 3TXHA 2ZILA 4KT3A 3AW7A 3ZVQA 4FDYA 1JTTL 2BQMA 1JIYA 4XJIA 4G4BA 3TXDA 3TXBA 4P2EA 1GFVA 5KXOA 1IX0A 2DKVA 1GFAA 3WYHA 1VAUA 1YILA 207LA 5C6JA 4NWHA 4LYTA 1IWVA 5C6IA 4NG1A 4PHIA 1B7NA 1CJ9A 1GB8A 1IEEA 2EPEA 4MCKA 1NBYC 4LT2A 4B4IA 5KXKA 3HFMY 4B4JA 1KIRC 3AGIA 4H8YA 1LZ1A 4NGKA 4HPIA 5LVKA 4GCCA 4U3XB 1OUGA 3N9CA 4AXTA 3M18B 4LT1A 3TXEA 1UA6Y 1WVUA 4J0LA 1OUBA 5KJ9A 3D3DA 1BB3A 2I6ZA 1J1PY 5FELA 2BQCA 1GFRA 4NGOA 2D91A 1UIHA 3CT1A 1LMQA 1B0DA 2Z19A 4QDNA 4GCBA 1GBSA 1GF7A 1KXWA 1XEJA 5II3A 1JPOA 1HSXA 5FSTA 3AZ4A 4IJ4A 1JISA 1DI3A 1YAMA 1GF0A 1QUTA 2BQHA 1LSFA 4RW1A 4ETEA 1D0LA 1QIOA 4PJ2C 1IR7A 3RW8A 1HFZA 1NHEA 5APCA 1LYSA 5KXWA 3FI7A 3P65A 2Q0MX 4W94A 3WXTA 2C8PA 2H9KA 4HV2A 4I0CA 4E3UA 1DZBX 3LHMA 1BB7A 1D9UA 2D4IA 1RI8B 2Z2EA 4NEBA 1LOZA 4J1AA 4BAFA 2IHLA 5L9JA 1LJKA 1LZ5A 4ETDA 3KAMA 1QQYA 3D9AC 4J1BA 4NSHA 1HF4A 4NWEA 4PRUA 1TBYA 2I25L 4DYGA 3W6AA 1DPXA 1FBIX 4Z3MA 5HMJA 1IORA 1IIZA 1H87A 3AZ7A 5KKIA 1LZTA 5DL9A 3T36A 1A4VA 5L3HA 1LHMA 2MEGA 1B7PA 4H8ZA 5KXLA 3LN2A 1LSNA 4ETCA 1FN5A 5DLAA 4NHPA 2CGIA 2XBRA 3P66A 2FBDA 1JJ1A 1CJ6A 3ULRA 3WU8A 5B07A 1GFUA 3AGGG 4GLAA 5APEA 1HSWA 4MR1A 1C7PA 4G4CA 1UCOA 5F9XA 1CNSA 5D5FA 2LYOA 1JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 1QTKA 3DMXA 3OK0A 3A94A 1GB3A 1L18A 1UUZC 234LA 1GFGA 3A8ZA 1JSEA 4GCDA 4KPMA 4PGJB 1GBZA 1LYIA 2NTHA 4EOFA 1LZBA 1VDSA 3CDOA 1L17A 1ZVHL 1L01A 4GN4A 5B59A 3HUQA 1UIEA 1GE3A 1VATA 1GFKA 1LGWA 1GB0A 2LZ2A 1CJ8A 2B70A 1GBOA 1L90A 1P6YA 1LMAA 1LJIA 7LYZA 4Z98A 3WU7A 3LYZA 1WTMA 1L86A 1IWTA 182LA 1IP3A 3T6UA 1C67A 2OTZX 1G7JC 170LA 2RBQA 4OOTA 1LMOA 1L95A 4YX7C 1L97A 4B0DA 1PQMA 237LA 1QTEA 4LYBA 155LA 1L46A 1IWUA 1C43A 2F30A 4FJRA 1REYA 2B6YA 3QAKA 5KXMA 1CU0A 1P2RA 2BQFA 1G1VA 3HU8A 3E3DA 1DKJA 3FI5A 1OUFA 1C6JA 1UC0A 2F4GA 1L02A 3NYAA 1LJ4A 1L03A 4XJBA 3AJNA 1RFPA 4M6DA 3HH5A 1CKHA 1L76A 2VB1A 4HTNA 1LCNA 1NWGA 2A7FA 1L91A 2Z18A 4TSCA 1SX7A 1E8LA 2LZTA 148LE 1QUSA 1G7IC 5APFA 5KY1A 1L71A 2BPUA 3OE6A 219LA 1B5VA 1L37A 2FBBA 1G0QA 1IOTA 1PS5A 1KIQC 3DN6A 4QGZA 2F2NA 2HEEA 3B0IA 3AGHA 1LHKA 5FEKA 1BVKC 1C6DA 4EKQA 241LA 1LWGA 1C60A 3G3AB 4CFPA 2F4AA 1QUHA 2AUBA 3B0KA 3BKVA 5F81A 2RBSA 1L29A 1L58A 1GBXA 2Z2FA 1L52A 1GF6A 206LA 1RE2A 3HWLA 4OWCA 2B6WA 4CFOA 4H9HA 184LA 5KXYA 3HBEX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WM4 A;  1BB4 A;  3B0O A;  1DXJ A;  1QTK A;  3P4Z A;  1EQ4 A;  3HBH A;  4J7V A;  1IP5 A;  1LZN A;  1UIA A;  5I54 A;  3OK0 A;  3A94 A;  1GB3 A;  3A8Z A;  1UUZ C;  1GFG A;  1JSE A;  1JUG A;  1LHJ A;  4GCD A;  3W6F A;  2FYD A;  1F0W A;  1XEI A;  1G7L C;  1WQP A;  1YKX X;  4KPM A;  1FLQ A;  2DBT A;  5J7C A;  4LZT A;  4PGJ B;  4AGA A;  1GBZ A;  1B7S A;  1IP2 A;  1T6V L;  3W6C A;  4ETB A;  1TAY A;  4R6C A;  3TMU A;  4EOF A;  1GEZ A;  2D4J A;  4O34 A;  5HMV A;  4H8X A;  1LZB A;  1VDS A;  4DD7 A;  4UWN A;  5C6L A;  1B5X A;  3W3E A;  2YBM A;  1GFE A;  1ZVH L;  3QY4 A;  5D5C A;  4GN4 A;  3N9A A;  4YOP A;  5B59 A;  4YM8 A;  5JEN B;  1UIE A;  1GE3 A;  1VAT A;  1XGT C;  1GFK A;  1N4F A;  4NIJ A;  1I20 A;  4BS7 A;  1GB0 A;  2LZ2 A;  2MEC A;  1CJ8 A;  4HSF A;  1GBO A;  1B5Z A;  1XSF A;  4NGL A;  1UID A;  1BWH A;  1IO5 A;  4XJD A;  4TSB A;  1LMA A;  2BQL A;  4DDA A;  133L A;  1LJI A;  1IWZ A;  1LSB A;  2CDS A;  4GCE A;  7LYZ A;  4Z98 A;  2HTX A;  4H9F A;  4Z46 A;  1GB2 A;  1IOS A;  5DN5 A;  1LSY A;  1WTM A; 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 1LZ1 A;  4NGK A;  4HPI A;  5LVK A;  4GCC A;  4U3X B;  1OUG A;  3N9C A;  4AXT A;  3M18 B;  4LT1 A;  3TXE A;  1UA6 Y;  1WVU A;  4J0L A;  1OUB A;  5KJ9 A;  3D3D A;  1BB3 A;  2I6Z A;  1J1P Y;  5FEL A;  2BQC A;  1GFR A;  4NGO A;  2D91 A;  1UIH A;  3CT1 A;  1LMQ A;  1B0D A;  2Z19 A;  4QDN A;  4GCB A;  1GBS A;  1GF7 A;  1KXW A;  1XEJ A;  5II3 A;  1JPO A;  1HSX A;  5FST A;  3AZ4 A;  4IJ4 A;  1JIS A;  1DI3 A;  1YAM A;  1GF0 A;  1QUT A;  2BQH A;  1LSF A;  4RW1 A;  4ETE A;  1D0L A;  1QIO A;  4PJ2 C;  1IR7 A;  3RW8 A;  1HFZ A;  1NHE A;  5APC A;  1LYS A;  5KXW A;  3FI7 A;  3P65 A;  2Q0M X;  4W94 A;  3WXT A;  2C8P A;  2H9K A;  4HV2 A;  4I0C A;  4E3U A;  1DZB X;  3LHM A;  1BB7 A;  1D9U A;  2D4I A;  1RI8 B;  2Z2E A;  4NEB A;  1LOZ A;  4J1A A;  4BAF A;  2IHL A;  5L9J A;  1LJK A;  1LZ5 A;  4ETD A;  3KAM A;  1QQY A;  3D9A C;  4J1B A;  4NSH A;  1HF4 A;  4NWE A;  4PRU A;  1TBY A;  2I25 L;  4DYG A;  3W6A A;  1DPX A;  1FBI X;  4Z3M A;  5HMJ A;  1IOR A;  1IIZ A;  1H87 A;  3AZ7 A;  5KKI A;  1LZT A;  5DL9 A;  3T36 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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