2ZQ4A

The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 2.0 angstroms resolution
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.5 angstroms resolution
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zq4A00
3EBAB 1TEWA 3WL2A 1GE1A 4H93A 2ZIJA 1IWZA 2DQCY 1JTPL 4M6DA 1IY3A 1GFTA 1LJEA 4TTDA 4BAPA 1GPQC 1HMLA 1AKIA 3QE8A 4I0CA 4WG1A 1HC0A 4MSTA 1HNLA 4CGEA 1GB6A 1LJKA 4GN3A 1GAYA 3WUAA 6LYTA 1LMCA 1E8LA 5L3IA 2AUBA 2C8PA 1WTNA 1NDMC 1NWGA 194LA 1REYA 2HEBA 2ZYCA 1LYSA 4KL7A 4RDSA 1DI5A 4GCBA 4PPOA 5HMVA 4NFVA 4QEQA 1B5UA 1CKDA 1TCYA 4EOFA 5IELA 1FLUA 4NIJA 4OOOA 1JKCA 3LYZA 1LSPA 4NGVA 1GAZA 3TMUA 1XEIA 4U3XB 6LYZA 1GF8A 1GFGA 2EIZC 4GLAA 3WPKA 4WLXA 3BKVA 3FE0A 4UWVA 1LHKA 2XTHA 3W6DA 1WQNA 4RLNA 5KXYA 4RW2A 1BB5A 5KKJA 1B2KA 4GCCA 4KT3A 4GN5C 4ET8A 4XN6A 1GXXA 4Z46A 3VWOA 193LA 2F30A 2W1MA 2MEIA 1H6MA 3A3QA 4X3BA 5KY1A 1QDRA 1YL1X 4WMGA 4B0DA 1GFHA 1GF9A 4C3WA 2DQEY 5IHGA 1WQRA 5B1FA 1G7MC 5KXKA 5D5FA 1UIGA 1SQ2L 4H8ZA 1NF5A 5F81A 3TXIA 5F14A 2ZYPA 3F6ZA 4HP0A 4GCDA 5E9RA 4ETDA 3LZ2A 1B0DA 2I26L 1PS5A 3WUNA 5KXRA 1ZV5L 2ZWBA 1LMNA 4HPEA 1JKAA 1T3PA 4EMNA 2EQLA 1JTTL 4Z98A 1LMPA 4ETBA 1GB9A 1UBZA 5II3A 1JJ1A 1B7SA 1F6SA 2BQNA 2MEFA 135LA 1HEMA 1XGTC 3AYQA 3N9AA 4II8A 1JWRA 2Z2EA 1FLWA 1KIQC 4H9IA 1GE2A 2YBNA 1DI3A 4NSJA 4DD2A 2NWDX 1CNSA 1UIAA 1LZ4A 2BQDA 4NHIA 4W94A 1LMQA 3CQLA 1IC4Y 4E3UA 2LHMA 1YAPA 2ZQ3A 4CFOA 4NWEA 5B05A 1HF4A 1UUZC 3WW6A 1DPXA 4HPIA 1IWTA 2Z38A 5IDDA 1JSEA 3T6UA 1LAAA 2YBIA 1LTMA 3A90A 4Z41A 4XJBA 208LA 1NBYC 4YOPA 2BPUA 4H9HA 1XGRC 2CGIA 4CFPA 1YL0X 1XGPC 1QQYA 3J4GA 4NGIA 4QDNA 4KPMA 3AZ5A 4GCFA 4N5RA 1JKBA 1LJFA 3WVXA 1B7NA 4NSIA 3WMKA 4ET9A 1IR9A 2FBBA 1BB4A 2HEAA 3G3AB 3CSQA 4NGLA 1GB5A 3CT1A 132LA 1LZ5A 4LFPA 4DDBA 1RI8B 1AT6A 1HEWA 3N9CA 2DQDY 4ZIXA 3A3RX 3BKHA 3TMXA 3KAMA 3MGWA 3AGHA 4WG7A 1F6RA 4LYCA 4PRQA 1BVXA 3B0KA 4H90A 1WQPA 3SP3A 3W6AA 5A3ZA 4H8YA 1BB6A 4B1AA 1KIRC 3WVYA 5DM9A 1FKQA 3CB7A 3OJPA 2HU3A 4CJ2A 1D9UA 1LPIA 5LINA 2F4AA 1J1PY 1KXYA 1IO5A 3CSRA 3AB6A 4XJDA 2LYMA 3P64A 4N8ZA 2D6BA 3WPLA 1LSDA 1LCNA 3EO5A 5A3EA 4N9RA 2Y8PA 2Z19A 1GB2A 1LHJA 3ATOA 1UC0A 4TUNA 5HNCA 2DQFC 4QY9A 3WH1A 3ZVQB 1JUGA 1LZNA 4TSCA 1LSBA 4LYTA 1LZ6A 1GB3A 1C10A 4H9AA 1OUGA 4FJRA 3HBDA 4G4HA 1LJ3A 4R6CA 1HEPA 4IATA 3WW5A 5LYTA 1LYZA 1IP7A 1UICA 2MEDA 4G49A 4PRUA 1C45A 5B07A 5ILCA 2LYZA 4H91A 1TAYA 3E3DA 5APCA 3A6BY 1IWWA 1G7LC 1ALCA 4DYGA 5KXMA 1I20A 1B5ZA 1TDYA 4R0FA 1RFPA 2D4JA 1LHLA 4LZTA 5C6IA 1LHMA 3T36A 3WUMA 1INUA 1GBZA 5K7OA 1GFAA 1B7RA 5KXXA 2BQLA 1BWIA 1F10A 5APDA 2W1YA 2ZILA 5B06A 3W6FA 1A4VA 5F16A 1OUEA 2DQAA 2VB1A 3A93A 2FYCA 4HTQA 4AGAA 1QTEA 5LA8A 3B0OA 1QUTA 1HENA 5I4WA 1YROA 2YBHA 2EPEA 1OUJA 4LT0A 3WPJA 1YANA 1VFBC 4YF2A 1GB8A 2F4GA 4XJFA 1LHHA 1V7SA 4YEOA 2MEBA 4BS7A 1BVKC 1D0LA 3AGIA 2MEAA 1T6VL 1KXXA 2LZTA 4OW1A 2DQIY 4DD0A 1GF6A 5DN4A 4HV2A 4J1BA 1FBIX 4N0JA 1GF5A 4DDAA 1LSYA 4KXIA 1OP9B 1DI4A 2HECA 4WL6A 2BQMA 4O34A 2PC2A 1IP1A 1JHLA 1DKKA 1LZDA 1VDQA 2HEDA 4ETEA 4LGKA 1GEZA 4DT3A 1IY4A 1YAOA 1B9OA 1B5WA 4DD3A 1YKZX 2XJWA 1YILA 4NGKA 4YENA 4GCEA 2YBLA 1IEEA 1HELA 4WM2A 5FCPA 1IOTA 1LSMA 5LVHA 4H92A 4ETCA 3RW8A 1GWDA 3TXBA 1GBSA 4OWCA 1GFEA 1C43A 2BQOA 2BQBA 3IJVA 5T3FA 1W6ZA 1EQ4A 5LYMA 5LVIA 3IWRA 5C6LA 1LHIA 2EKSC 3AW6A 4LYMA 4ZEEA 1HFXA 1FLQA 2MEHA 4MR1A 3WU9A 4OOTA 1LKSA 1LJ4A 2YSSC 1IR8A 2I25L 4NGWA 1LJIA 1I1ZA 1HEQA 1LJGA 1V7TA 1GHLA 2H9KA 1AM7A 1JISA 3AJNA 1VATA 5KXPA 3RT5X 2Z2FA 4ML7A 3B6LA 1JITA 4NHSA 4PGJB 1GF3A 1LZSA 1LJJA 1WQOA 1WVVA 1WQMA 2Q0MX 3AGGG 5FHWA 5FSTA 4M4OA 2W1XA 1IP2A 1BWHA 4N1CC 3ZEKA 1A2YC 1IWYA 1XFPL 3LYTA 1GE4A 4WM5A 5LA5A 3GXKA 1J1OY 3WYHA 5KXTA 5I53A 2BLXA 4LT2A 9LYZA 1YAMA 1B5VA 5KXNA 1EQ5A 1WQQA 1LSZA 4NSGA 4PJ2C 1B7OA 1GFVA 4UWNA 1AT5A 4C5FA 3A96A 5I5QA 4NSHA 4TX7A 5APEA 4YEMA 207LA 2BQGA 3IJUA 4QGZA 4H94A 4WOAA 2BQJA 5I54A 1D6PA 1WVUA 1GF4A 5LVKA 4IASA 1UIDA 2I6ZA 1GFJA 1LMAA 5LYZA 4NG1A 1HEOA 1LZGA 3EXDA 1GFRA 3LN2A 4G4BA 1DXJA 1JSFA 1IP5A 1SLYA 4H9BA 5F9UA 5LAFA 5LXWA 3D3DA 1LZCA 2D4KA 4RLMA 4XJHA 1GXV2 1AZFA 1GDXA 2XBRA 1XEKA 1NHEA 1NKHA 2N5ZA 5HLLA 1KXWA 4YM8A 3HBHA 1B5YA 2YDGA 3W6BA 3A92A 4UWUA 2H5ZA 4A7DA 3WU8A 1D0KA 4PHIA 3CT0A 2XBSA 1OUBA 1BQLY 5KKIA 1IWVA 1GBYA 5DLAA 5F9XA 5I4YA 1NQIA 2G4PA 1IR7A 1IOQA 3J6KA 1C08C 1OQMA 1FDLY 1RJCB 1LZEA 1ZVYB 3K3TA 4HTNA 1DQJC 1B7PA 3CT5A 1GE3A 2YBMA 4B49A 1LOZA 1CKGA 1VDSA 4HV1A 3WXTA 1LZ8A 2CJLA 2HU1A 1DPWA 4WM4A 4HTKA 1CJ6A 3D9AC 4NEBA 3CSZA 5EBHA 5HNLA 1RE2A 2BQAA 4WL7A 1BHZA 1MELL 1XSFA 1REMA 5AMYA 1LKRA 1LSGA 1LZYA 2BQFA 3TMWA 1HSWA 1I56A 3A67Y 2DKVA 3ATNA 1LZRA 4HJYA 3A91A 1NMMA 2HTXA 2GV0A 2MEEA 3W6CA 4BAFA 4DD7A 2MECA 4N1EI 1IORA 1JIYA 3A94A 1NDGC 2ZNWY 4LT1A 4DD1A 1YAQA 3AZ4A 1WTMA 3HBEX 3TXKA 4BADA 4Z3MA 5LAGA 1QDTA 2ZNXY 1P2CC 5KJ9A 1G7IC 1LJNA 1VDPA 1BB3A 2ZIKA 3B72A 1CJ7A 4TWSA 1YKYX 3ULRA 1IP3A 1FN5A 1IC5Y 1KIPC 2HEFA 4XJGA 1GB0A 1GF0A 4I8SA 1GD6A 1IC7Y 3A8ZA 5HMJA 4WM3A 1HFZA 4NGYA 3TXEA 4WO6A 3LYOA 5APFA 1LMTA 1UCOA 4LYBA 1C7PA 1EQEA 4NG8A 4NY5A 1QSAA 5KXLA 3G3BB 5L9JA 2D4IA 1CJ9A 3RZ4A 1IOSA 2A7DA 2RSCA 4H8XA 3A95A 2DQHY 1GF7A 1UIEA 3AZ6A 5LVGA 153LA 4OWHA 2H9JA 4B4IA 1XEJA 4XJIA 1JPOA 4L41A 1REZA 3LYMA 4HJVA 4OWEA 4OWAA 1IP4A 1HMKA 2YVBA 2Z39A 5LVJA 2YBJA 4RW1A 5I4XA 1IIZA 1GDWA 1YIKA 1GFUA 4DWXA 4B4EA 1PZYA 1OUAA 4ETAA 1D6QA 1FKVA 2BQHA 3B0IA 2B5ZA 4XADA 1LZAA 1QUSA 2BQCA 3LHMA 1CJ8A 1LSAA 1BWJA 5HQ1A 4NHQA 1LSCA 1UIHA 4WM6A 1CKHA 1B7QA 3W3EA 1IVMA 4NGOA 1N4FA 1GBXA 2DBTA 4GN4A 2BQKA 2D91A 1B7LA 4D9ZA 1DZBX 2CDSA 5KXWA 3TXHA 2ZQ4A 1G7HC 4DDCA 4MCKA 1DKJA 3AW7A 4WLTA 5JENB 2DQGY 1J1XY 4H9EA 2BQEA 3M3UA 1LSFA 1H87A 4NGZA 3EMSA 4XYYA 1LMOA 3HFMY 4NWHA 5KXOA 1UIBA 5B59A 1GB7A 1C46A 1HFYA 1B5XA 2FYDA 1LZBA 1GBWA 1TBYA 4HJZA 4J7VA 1RCMA 4H1PA 1NBZC 1XGUC 1B7MA 2G4NA 1W08A 3FI7A 4IJ4A 2BLYA 4WM1A 4G4CA 7LYZA 5M1YA 3AZ7A 4TSBA 5D5CA 1CKCA 3TXGA 3WULA 1LZ1A 1YKXX 3P4ZA 3WXUA 1HERA 1VDTA 2Z37A 5E4PA 1QIOA 2FBDA 4LT3A 2C8OA 4DD9A 154LA 1GE0A 1IWXA 1EL1A 3M18B 5KXZA 2LZ2A 1LYYA 4HSFA 1GEVA 2LYOA 3LZTA 2DQJY 2HUBA 1FLYA 3TXDA 4H9CA 5LIOA 4ANRA 1MLCE 1ZVHL 1HHLA 4G9SA 1HSXA 2X0AA 5DL9A 3P66A 5C6JA 2IFFY 4ZFPA 3RU5A 1G7JC 1UA6Y 4NHPA 4CHXA 4J1AA 1REXA 133LA 1OUHA 2F2NA 1JEFA 3QY4A 2BAAA 4WO9A 2MEGA 1Z55A 3TMVA 5L3HA 3A34A 1LSNA 3OK0A 2IHLA 2W1LA 2Z18A 3P68A 1JJ3A 1VEDA 2A7FA 1LZ9A 3W6EA 1QSWA 4AXTA 1ZMYL 1LSEA 4B4JA 1JJ0A 1OUIA 1VAUA 1IWUA 1JTOL 1IOCA 2WARA 5KXSA 1QTKA 1O23A 1BGIA 4GLVA 3WU7A 5J7CA 2Z12A 3TXFA 1UACY 1UIFA 1OUFA 3N9EA 4WLDA 134LA 4J0LA 1D0MA 5ILFA 2BQIA 2HEEA 4LYZA 1YQVY 5FDJA 4FDYA 1JKDA 3RNXA 1F0WA 1LYOA 1OUDA 1LJHA 4H9FA 4OWBA 5B1GA 1GBOA 4NGJA 1BB7A 8LYZA 3QNGA 1CKFA 3GXRA 1IP6A 5FELA 1LZTA 3TXJA 5FEKA 3A6CY 4DC4A 2CWIA 1XGQC 3P65A 4NHTA 5DN5A 2G4QA 4W96A 4LFXA 4LYOA 3ZVQA 4XENA 4P2EA 4WLYA 1OUCA 1IX0A 1GFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EBAB 1GE1A 4H93A 1LYHA 2DQCY 1LJEA 141LA 3HDFA 4DKLA 4WG1A 4GN3A 3WUAA 1PQIA 2AUBA 194LA 3C82A 2ZYCA 1LYSA 1L54A 4RDSA 1DI5A 4GCBA 3RUNA 1L51A 4QEQA 1B5UA 4EOFA 1DYEA 1FLUA 1KW5A 1LGUA 1C67A 3TMUA 1T8GA 3GUNA 6LYZA 1LHKA 1WQNA 4RLNA 5KXYA 3FI5A 5KKJA 217LA 129LA 2MEIA 2F30A 2W1MA 2RBPA 1YL1X 1GFHA 1GF9A 1L15A 2DQEY 1G7MC 4DJHA 4H8ZA 4YXCA 3F6ZA 2B70A 2OTYX 3HH5A 1D2WA 210LA 4II8A 4IAPA 1DI3A 1UIAA 1LMQA 1YAPA 2ZQ3A 1DPXA 1JSEA 4CFPA 1XGPC 3AZ5A 4N5RA 1L40A 1B7NA 1CV4A 1P46A 2HULA 1L34A 4W51A 3CSQA 4NGLA 3CT1A 4LFPA 1LYDA 2RBNA 4DDBA 1AT6A 1HEWA 2DQDY 1L66A 3A3RX 3KAMA 107LA 4PRQA 3B0KA 115LA 2RBOA 1FKQA 2HU3A 1LPIA 1PQKA 113LA 3P64A 3CDRA 4PK0A 3EO5A 1GB2A 112LA 1C62A 1SSWA 1LSBA 4LYTA 1C10A 1LJ3A 3WW5A 5LYTA 1LYZA 5ILCA 1L68A 1T97A 3A6BY 3HTFA 4DYGA 1B5ZA 4LZTA 3WUMA 3T36A 1INUA 5KXXA 1C65A 1BWIA 5APDA 2W1YA 1A4VA 4HTQA 1D9WA 3A93A 5LA8A 3B0OA 5I4WA 173LA 4LT0A 2EPEA 3WPJA 1G0QA 1YANA 1LYFA 1GB8A 1V7SA 4YEOA 5LZMA 2MEBA 1C66A 236LA 1KXXA 4ARJA 1GF6A 4J1BA 4N0JA 4DDAA 4KXIA 1OP9B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EBA B;  1TEW A;  3WL2 A;  1GE1 A;  4H93 A;  2ZIJ A;  1IWZ A;  2DQC Y;  1JTP L;  4M6D A;  1IY3 A;  1GFT A;  1LJE A;  4TTD A;  4BAP A;  1GPQ C;  1HML A;  1AKI A;  3QE8 A;  4I0C A;  4WG1 A;  1HC0 A;  4MST A;  1HNL A;  4CGE A;  1GB6 A;  1LJK A;  4GN3 A;  1GAY A;  3WUA A;  6LYT A;  1LMC A;  1E8L A;  5L3I A;  2AUB A;  2C8P A;  1WTN A;  1NDM C;  1NWG A;  194L A;  1REY A;  2HEB A;  2ZYC A;  1LYS A;  4KL7 A;  4RDS A;  1DI5 A;  4GCB A;  4PPO A;  5HMV A;  4NFV A;  4QEQ A;  1B5U A;  1CKD A;  1TCY A;  4EOF A;  5IEL A;  1FLU A;  4NIJ A;  4OOO A;  1JKC A;  3LYZ A;  1LSP A;  4NGV A;  1GAZ A;  3TMU A;  1XEI A;  4U3X B;  6LYZ A;  1GF8 A;  1GFG A;  2EIZ C;  4GLA A;  3WPK A;  4WLX A;  3BKV A;  3FE0 A;  4UWV A;  1LHK A;  2XTH A;  3W6D A;  1WQN A;  4RLN A;  5KXY A;  4RW2 A;  1BB5 A;  5KKJ A;  1B2K A;  4GCC A;  4KT3 A;  4GN5 C;  4ET8 A;  4XN6 A;  1GXX A;  4Z46 A;  3VWO A;  193L A;  2F30 A;  2W1M A;  2MEI A;  1H6M A;  3A3Q A;  4X3B A;  5KY1 A;  1QDR A;  1YL1 X;  4WMG A;  4B0D A;  1GFH A;  1GF9 A;  4C3W A;  2DQE Y; 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 1LZ1 A;  1YKX X;  3P4Z A;  3WXU A;  1HER A;  1VDT A;  2Z37 A;  5E4P A;  1QIO A;  2FBD A;  4LT3 A;  2C8O A;  4DD9 A;  154L A;  1GE0 A;  1IWX A;  1EL1 A;  3M18 B;  5KXZ A;  2LZ2 A;  1LYY A;  4HSF A;  1GEV A;  2LYO A;  3LZT A;  2DQJ Y;  2HUB A;  1FLY A;  3TXD A;  4H9C A;  5LIO A;  4ANR A;  1MLC E;  1ZVH L;  1HHL A;  4G9S A;  1HSX A;  2X0A A;  5DL9 A;  3P66 A;  5C6J A;  2IFF Y;  4ZFP A;  3RU5 A;  1G7J C;  1UA6 Y;  4NHP A;  4CHX A;  4J1A A;  1REX A;  133L A;  1OUH A;  2F2N A;  1JEF A;  3QY4 A;  2BAA A;  4WO9 A;  2MEG A;  1Z55 A;  3TMV A;  5L3H A;  3A34 A;  1LSN A;  3OK0 A;  2IHL A;  2W1L A;  2Z18 A;  3P68 A;  1JJ3 A;  1VED A;  2A7F A;  1LZ9 A;  3W6E A;  1QSW A;  4AXT A;  1ZMY L;  1LSE A;  4B4J A;  1JJ0 A;  1OUI A;  1VAU A;  1IWU A;  1JTO L;  1IOC A;  2WAR A;  5KXS A;  1QTK A;  1O23 A;  1BGI A;  4GLV A;  3WU7 A;  5J7C A;  2Z12 A;  3TXF A;  1UAC Y;  1UIF A;  1OUF A;  3N9E A;  4WLD A;  134L A;  4J0L A;  1D0M A;  5ILF A;  2BQI A;  2HEE A;  4LYZ A;  1YQV Y;  5FDJ A;  4FDY A;  1JKD A;  3RNX A;  1F0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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