2DQFC

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (y33ay53a) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'2 (36-39)3H3 (120-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O4 (6-127)AH3 (88-99)TI'1 (20-23)TI6 (99-102)3H2 (104-107)AH2 (25-36)O2 (23-88)TI3 (54-57)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)TI4 (59-62)S3 (58-59)TIV3 (66-69)TIV2 (60-63)TI5 (74-77)S4 (64-65)TII2 (69-72)S5 (78-79)3H1 (80-83)AH4 (109-115)TIV4 (115-118)O1 (118-120)TII3 (124-127)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqfC00
5F16A 4RLMA 5A3EA 1GBZA 4NGOA 1OUHA 2XTHA 4LYZA 4W96A 1C08C 1OUFA 3A94A 1EQ5A 2CWIA 5D5CA 5LXWA 4LFXA 2W1LA 4IASA 2Z18A 4R0FA 1LZDA 1BB5A 1LPIA 4PJ2C 2MEFA 1G7JC 2ZIJA 5B06A 4EOFA 1WVUA 5HMVA 2DQEY 1IWTA 5F81A 3A34A 1LJJA 1LJNA 2CDSA 4OWEA 1DI5A 1B7MA 2BLYA 1SLYA 2BQGA 2MEDA 1GFGA 134LA 4DDCA 5ILFA 2MEAA 3TXGA 1OUIA 1HF4A 2LZ2A 1LZRA 1B7SA 1XEKA 3J4GA 1C45A 1OUBA 4ANRA 2MEEA 3QY4A 4ETEA 1LZ6A 4B4IA 2YBNA 1LSPA 5KXMA 4II8A 5F9XA 2DQGY 3TXEA 4L41A 1IP1A 4M6DA 5B59A 4N8ZA 5LINA 4YOPA 1LZ1A 3AW7A 2DQJY 1D0MA 1CJ9A 1V7TA 4U3XB 1GEZA 1KIQC 1WVVA 1UIDA 5KXOA 3WU7A 3A3RX 1DKJA 1XEJA 3CQLA 4XJHA 2BQEA 1FKQA 3TXJA 1GFTA 3HBDA 4WL6A 1BB7A 1D6PA 5LYMA 3A96A 2DQCY 1BVXA 1ZV5L 4WG1A 2BPUA 1IWWA 194LA 1GF7A 1HHLA 2Z19A 4KL7A 3W6AA 4QY9A 1J1OY 4XJGA 1IC7Y 1BGIA 1LZTA 2ZILA 4H94A 4WOAA 1IP4A 4NSGA 5KJ9A 3AZ5A 1D6QA 2LHMA 2HEEA 2CJLA 3IWRA 4XJBA 3OJPA 4ZIXA 5L9JA 1QTKA 1PZYA 4H9HA 1RE2A 2W1MA 2D91A 4G4CA 4LT0A 4WG7A 1LMOA 3B0OA 3T6UA 5KY1A 4DD9A 5I4XA 4PRQA 3FE0A 1JKAA 5C6JA 1B7OA 2YDGA 2FYCA 4WM5A 3WVXA 5I4WA 5KXWA 4NGLA 5DM9A 3AGGG 4H9CA 4NWEA 4NFVA 1YROA 1REMA 1LSCA 1QDTA 4NGZA 1LHMA 1QSAA 1BWJA 2XBSA 1F10A 5APDA 1WQMA 3F6ZA 1GB6A 3AGHA 3AJNA 1HELA 1LSZA 2YBHA 4GCCA 4H8XA 2HU3A 8LYZA 1B5ZA 2HEAA 1HENA 1VDTA 1HFZA 2FBDA 2N5ZA 2ZIKA 3WULA 5I54A 2HUBA 1H87A 4H8YA 4BADA 1OUJA 1BQLY 1JUGA 1IP7A 5HNLA 2Z37A 4IATA 1NBYC 4WMGA 4ETAA 4OW1A 3W3EA 5LVJA 5C6IA 1GF6A 1GWDA 1IR9A 1DQJC 2WARA 1CJ8A 5L3HA 1YIKA 1HFYA 4RW1A 4WM6A 4LYTA 4HJYA 3A8ZA 5APCA 3P64A 4RDSA 4EMNA 1G7IC 4H90A 207LA 3FI7A 4UWVA 2ZWBA 2EPEA 3W6BA 2G4QA 2CGIA 3WL2A 1J1PY 3WUNA 1BB4A 5M1YA 1HEOA 4WM4A 4LZTA 1LJGA 3RW8A 1SQ2L 2PC2A 1WQOA 1IP5A 1D0LA 4DT3A 4J1BA 5KXRA 2DBTA 2DQDY 5DN4A 4HTNA 1QSWA 4DWXA 4N0JA 1XGPC 1LZ9A 1JKDA 1WTNA 2HEBA 1G7HC 1GFRA 5B1FA 1WQQA 1IC4Y 1MELL 1RCMA 2HU1A 3P4ZA 135LA 2YSSC 4NGKA 3A91A 2HECA 4XJIA 3SP3A 2Z2EA 1LMAA 3ZEKA 1GFJA 3GXKA 5D5FA 1DI3A 4NIJA 3B72A 1B7QA 4TSBA 1HEPA 5FEKA 1HEQA 1UA6Y 5J7CA 4Z46A 5LA5A 3WH1A 3G3AB 1C46A 1NQIA 1YAQA 1BHZA 2ZQ4A 1IP3A 1IY3A 4XN6A 3TXBA 1GF8A 1TBYA 1CJ7A 1GFUA 1LSAA 4LFPA 2BQFA 1G7LC 1P2CC 1AM7A 1LZ8A 1YILA 2W1XA 5A3ZA 3P65A 3TXHA 1GE3A 1JTPL 1AKIA 3HFMY 1HNLA 3CT1A 2IFFY 3TXFA 4P2EA 2C8PA 2YBMA 1A2YC 3VWOA 4HTKA 2Z39A 1GF3A 2GV0A 1UIBA 3CB7A 4NHQA 1YAOA 2LZTA 1IWXA 1REYA 4LYMA 5C6LA 1BB3A 1HERA 4QGZA 2DQHY 5K7OA 4HPIA 1GF0A 1LSDA 2AUBA 4H93A 3AYQA 1GE4A 4DYGA 1LZCA 1UIGA 5KXXA 1HSWA 4ZFPA 1ZMYL 1LMNA 2F30A 4NGJA 1O23A 3EO5A 4Z41A 2DQIY 2BAAA 4DDAA 4NHSA 1IR7A 1Z55A 1YL1X 3TMVA 1LHJA 4KPMA 1W08A 4LT3A 5KXSA 1C43A 1IWVA 1LJKA 4GLAA 4WO6A 1B7PA 2IHLA 4GN5C 4WO9A 2G4NA 1LJ3A 5FHWA 4A7DA 1LZEA 1NMMA 5FDJA 1DPWA 4N1CC 2FYDA 4LT1A 4OOTA 2BQBA 3WU9A 4DD7A 4ETBA 4CGEA 1VDQA 1QQYA 1DPXA 1JJ3A 1OUAA 4B1AA 154LA 1IC5Y 3ZVQB 4G4BA 1UIAA 4H9AA 4J1AA 3IJUA 3TXDA 1HEMA 2BQHA 5KXLA 1B5YA 6LYZA 4I0CA 2I26L 1BWIA 2HEFA 5DLAA 1FLQA 3WW5A 1GFVA 4MR1A 1UICA 2BQCA 1EQ4A 3AZ7A 4TX7A 1XFPL 1NWGA 2XJWA 1D0KA 4HV1A 1QUTA 1NF5A 1IP2A 1LSBA 4NGYA 1JTOL 4QDNA 4UWNA 1BVKC 5APEA 1B0DA 1HMKA 1LZGA 1YAPA 1IWZA 2C8OA 4NHIA 5I5QA 4ETDA 5APFA 1XGTC 1GDXA 1GAYA 1VDPA 3A95A 3N9EA 2LYZA 1C10A 1CKCA 1GB8A 1LMTA 2MECA 1JWRA 1GF5A 1GB7A 1UIHA 3CSZA 4H92A 4H9FA 1DZBX 1IEEA 3WPJA 1KXXA 1GF4A 2DQAA 2XBRA 1F6RA 3D9AC 3P68A 1CNSA 4OWHA 2D4IA 1NDGC 1LKSA 4WM1A 1HEWA 4WLTA 2DQFC 4CJ2A 1BB6A 2Z2FA 3RT5X 3P66A 3TXIA 3N9CA 5IELA 4HJVA 3AGIA 2Q0MX 1FLWA 1QIOA 3B0KA 4YENA 3QNGA 1LHKA 1GBSA 2YVBA 1GAZA 2I6ZA 4YF2A 5FELA 2EQLA 3LYZA 4TSCA 5DN5A 4C5FA 1REZA 1LSYA 4RLNA 5KKIA 3WXTA 1JEFA 1HMLA 1NBZC 1GXXA 1V7SA 5HLLA 3B6LA 1LSMA 3AZ6A 4NG8A 1IP6A 1JISA 2X0AA 1QTEA 4WM3A 1FLYA 4E3UA 5KXKA 4HPEA 3OK0A 4IJ4A 1FKVA 5F9UA 1GB2A 2BQIA 4ETCA 1I1ZA 1LZAA 1YL0X 4WLDA 2BQKA 4OOOA 5I4YA 3KAMA 1LHHA 4J0LA 5E9RA 4LYBA 5B1GA 1GB3A 1DXJA 1B7NA 3A6CY 2H9JA 1REXA 2A7FA 4XYYA 4HTQA 1OP9B 1LZ4A 1FBIX 1LZBA 4R6CA 3WPLA 4MSTA 3CT5A 1XSFA 3WU8A 1LSNA 2MEBA 3E3DA 1JHLA 1RI8B 1XEIA 1IR8A 3EMSA 1UBZA 3LYTA 1LYYA 3B0IA 2F4GA 133LA 2MEIA 1G7MC 1TDYA 1CKDA 4WLYA 1UIEA 1LJEA 1VATA 5LIOA 5E4PA 4N5RA 3LHMA 4KT3A 4LYCA 4DDBA 1NKHA 4XJFA 1YANA 1ALCA 1IOSA 1B5UA 1GDWA 2Y8PA 1JJ0A 1MLCE 2BQLA 4PHIA 1UIFA 3RU5A 1JTTL 1LZYA 1LZSA 1LOZA 1FN5A 1F6SA 5KXYA 3TMUA 1IORA 1LSFA 1GPQC 1BWHA 2DKVA 208LA 5HMJA 3W6FA 1E8LA 2I25L 3ULRA 4CFPA 2ZYPA 4H9EA 1W6ZA 1OUEA 1TEWA 1XGRC 4DD3A 1YKXX 4W94A 3AZ4A 132LA 4BS7A 3WUAA 1LMPA 4PRUA 2A7DA 1ZVHL 4ET9A 3EBAB 1GE1A 3WPKA 1LJIA 4NSIA 2H9KA 4OWBA 2HEDA 4G9SA 1JJ1A 9LYZA 5FCPA 1WQNA 1I20A 1IVMA 1YQVY 1J1XY 4AXTA 1C7PA 4HJZA 5LA8A 1CKFA 1GFAA 1B9OA 1B7RA 4I8SA 4B4EA 1CJ6A 1NDMC 1UACY 1VEDA 5AMYA 4D9ZA 4OWCA 2MEGA 3WMKA 4DC4A 4DD2A 1YKZX 1T3PA 1I56A 1T6VL 1LSGA 1CKGA 1GEVA 1GBYA 3AB6A 1LMQA 1GBXA 1KIPC 1JSEA 1GD6A 2ZNWY 4TUNA 4M4OA 5T3FA 4O34A 4BAPA 4H91A 5EBHA 2YBJA 3ATNA 4H8ZA 4B49A 193LA 4ML7A 1B2KA 4NHTA 1DKKA 2YBIA 3A6BY 1IWUA 1UC0A 4N1EI 1OUCA 3A67Y 4GCFA 4H1PA 4H9BA 3J6KA 1GFHA 1HFXA 1GFEA 1EL1A 2Z12A 2ZYCA 1UUZC 5LVIA 1B5WA 4C3WA 5LVHA 1OQMA 2BQMA 1GBWA 4HP0A 1AT5A 3EXDA 3WW6A 1H6MA 1HC0A 1CKHA 4QEQA 5LVGA 2MEHA 5LVKA 3CSRA 4B0DA 4OWAA 4Z3MA 4NHPA 1GHLA 1LKRA 2H5ZA 2LYOA 4DD1A 3G3BB 4GCDA 4BAFA 2W1YA 3D3DA 4XENA 1LYSA 1VFBC 1JKBA 2D4KA 1A4VA 2F4AA 1IOQA 4KXIA 1JITA 3TMWA 4HV2A 2BQNA 3CSQA 1LTMA 1B7LA 1LJ4A 1OUDA 3ATOA 4GCEA 3LN2A 4HSFA 4NGIA 4PPOA 1LJHA 1GFKA 2F2NA 3RZ4A 4ET8A 2BQOA 4NEBA 1GXV2 1QUSA 3A90A 3TXKA 4N9RA 1GE2A 1D9UA 1EQEA 3HBHA 3WVYA 2YBLA 4YEMA 3CT0A 3AW6A 1AT6A 2BQDA 3BKVA 3LZ2A 1RFPA 3WUMA 3WYHA 5LYTA 4PGJB 5II3A 1AZFA 4GCBA 3HBEX 4DD0A 2NWDX 4G49A 5F14A 4FJRA 1IOTA 1LCNA 3W6EA 153LA 4WLXA 2BQJA 3ZVQA 3N9AA 1B5XA 1VDSA 5L3IA 1LHLA 2BLXA 1TCYA 4WL7A 4YEOA 1GB0A 4H9IA 2D4JA 3M18B 4Z98A 5HQ1A 6LYTA 2HTXA 4NSHA 1UCOA 4LT2A 1GB5A 2D6BA 1IY4A 5IHGA 1LJFA 3W6CA 2FBBA 1LYZA 5KXNA 4FDYA 3WXUA 1JSFA 1GF9A 3A93A 1N4FA 1XGUC 5KXZA 5HNCA 1B5VA 4NG1A 4GN3A 3IJVA 4MCKA 4NSJA 4B4JA 3A3QA 1KXWA 5LAFA 1LZ5A 1WQRA 1OUGA 4TTDA 2ZQ3A 1HSXA 1KXYA 3TMXA 5B05A 3K3TA 3LYOA 1PS5A 1QDRA 4CFOA 1JIYA 1IIZA 1RJCB 1YKYX 4G4HA 1LZNA 4X3BA 1IO5A 1FDLY 5B07A 4YM8A 1GB9A 3RNXA 1IX0A 1IWYA 3MGWA 1IOCA 2EIZC 3M3UA 3T36A 4AGAA 1XGQC 5FSTA 1INUA 1GE0A 1GBOA 4NGWA 4TWSA 1LAAA 3GXRA 4UWUA 3BKHA 1LHIA 1NHEA 3QE8A 4RW2A 2VB1A 1YAMA 4LYOA 2EKSC 4J7VA 4LGKA 5LAGA 1LSEA 3LZTA 2G4PA 5KXTA 1ZVYB 4ZEEA 2Z38A 4GLVA 3A92A 4NGVA 4XADA 1F0WA 2LYMA 1WTMA 1WQPA 2RSCA 5DL9A 2BQAA 2ZNXY 4NY5A 5IDDA 5LYZA 7LYZA 5KXPA 4XJDA 2B5ZA 4CHXA 1LYOA 1VAUA 5KKJA 4WM2A 1LMCA 3LYMA 4GN4A 1FLUA 1DI4A 1TAYA 3W6DA 5JENB 1JPOA 5ILCA 1KIRC 4NWHA 5I53A 1JKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGOA 1OUHA 4W96A 1L67A 5LXWA 4IASA 2Z18A 1L83A 1LPIA 241LA 4PJ2C 2ZIJA 1C69A 2RB1X 1IWTA 2LCBA 5F81A 1DI5A 4DQJA 2BLYA 1SLYA 1GFGA 134LA 1HF4A 1B7SA 1C45A 4ETEA 1LZ6A 4B4IA 1CU5A 5F9XA 2DQGY 1IP1A 5B59A 5LINA 1CVKA 3AW7A 221LA 1V7TA 1GEZA 1JQUA 1WVVA 3WU7A 3A3RX 3CQLA 1G0GA 3TXJA 4WL6A 2Z6BA 3A96A 2Z19A 4KL7A 4QY9A 162LA 1HHLA 1ZWNA 1BGIA 1LZTA 4H94A 4NSGA 1OWYA 4XJBA 1L16A 3SN6R 1RE2A 4DD9A 1LYEA 1C67A 1C6LA 1EPYA 222LA 2FYCA 1QTDA 4WM5A 243LA 4NGLA 4H9CA 4NGZA 1BWJA 5APDA 3F6ZA 5I4WA 3AJNA 1HELA 2YBHA 8LYZA 2HEAA 199LA 4EKQA 3V2WA 1H87A 4H8YA 4BADA 4I7QA 3C8SA 4ETAA 1IR9A 1DQJC 1L42A 3A8ZA 192LA 2HUMA 3FI7A 1QSBA 113LA 1BB4A 4LZTA 1SQ2L 2PC2A 4J1BA 3DNAA 1JKDA 2HEBA 1L26A 1IC4Y 1L36A 4NGKA 1L30A 1T97A 4NIJA 3HTDA 4TSBA 5LZMA 1HEQA 5J7CA 3WH1A 1L56A 3G3AB 1C46A 1NQIA 172LA 1G7LC 2ANVA 1GE3A 1AKIA 3HFMY 3TXFA 2IFFY 1A2YC 3CB7A 1L89A 1CX7A 2LZTA 3CDOA 1GF0A 1LSDA 1GE4A 1DYGA 4W54A 1O23A 2DQIY 1YL1X 4LT3A 1C43A 1QT5A 4GLAA 165LA 1KW7A 1LZEA 5FDJA 4ETBA 1L50A 1DPXA 1QQYA 3ZVQB 4ARPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F16 A;  4RLM A;  5A3E A;  1GBZ A;  4NGO A;  1OUH A;  2XTH A;  4LYZ A;  4W96 A;  1C08 C;  1OUF A;  3A94 A;  1EQ5 A;  2CWI A;  5D5C A;  5LXW A;  4LFX A;  2W1L A;  4IAS A;  2Z18 A;  4R0F A;  1LZD A;  1BB5 A;  1LPI A;  4PJ2 C;  2MEF A;  1G7J C;  2ZIJ A;  5B06 A;  4EOF A;  1WVU A;  5HMV A;  2DQE Y;  1IWT A;  5F81 A;  3A34 A;  1LJJ A;  1LJN A;  2CDS A;  4OWE A;  1DI5 A;  1B7M A;  2BLY A;  1SLY A;  2BQG A;  2MED A;  1GFG A;  134L A;  4DDC A;  5ILF A;  2MEA A;  3TXG A;  1OUI A;  1HF4 A;  2LZ2 A;  1LZR A;  1B7S A;  1XEK A;  3J4G A;  1C45 A;  1OUB A;  4ANR A;  2MEE A;  3QY4 A;  4ETE A;  1LZ6 A;  4B4I A;  2YBN A;  1LSP A;  5KXM A;  4II8 A;  5F9X A;  2DQG Y;  3TXE A;  4L41 A;  1IP1 A;  4M6D A;  5B59 A;  4N8Z A;  5LIN A;  4YOP A;  1LZ1 A;  3AW7 A;  2DQJ Y;  1D0M A;  1CJ9 A;  1V7T A;  4U3X B;  1GEZ A;  1KIQ C;  1WVV A;  1UID A;  5KXO A;  3WU7 A;  3A3R X;  1DKJ A;  1XEJ A;  3CQL A;  4XJH A;  2BQE A;  1FKQ A;  3TXJ A;  1GFT A;  3HBD A;  4WL6 A;  1BB7 A;  1D6P A;  5LYM A;  3A96 A;  2DQC Y;  1BVX A;  1ZV5 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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