2DQGY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (hy53f) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqgY00
5F81A 4B4IA 2LZTA 4FDYA 3T36A 1LZSA 4CJ2A 1GB7A 1YAQA 4LT2A 4CHXA 1IWVA 1AZFA 5HNLA 3QE8A 1ZVYB 1LJ4A 4NGWA 2IFFY 1N4FA 2Z2EA 1A4VA 1IP4A 3CQLA 4H94A 3W3EA 5L9JA 2BQBA 1JJ0A 3ZEKA 1LHIA 1KIPC 2RSCA 2F2NA 4DDAA 1GFKA 2MEBA 5KXMA 3RNXA 2FYCA 4NSHA 5EBHA 2H5ZA 4OWHA 1CKCA 4PRQA 4NWHA 1AKIA 1LKSA 4NWEA 1UA6Y 3WXUA 1JPOA 4B4EA 1LMQA 5B1GA 1YAPA 4KL7A 4N0JA 4NG8A 1BWIA 4NGYA 1TDYA 4L41A 2ZYCA 5DN4A 4WO9A 1LJFA 2CDSA 1D0KA 3G3BB 1OUAA 4NGZA 5DM9A 3TXIA 3TMUA 5FDJA 5K7OA 5F14A 1CKDA 4HP0A 4NHIA 1HENA 3LZ2A 1B7QA 1Z55A 3RU5A 1RI8B 4DC4A 1IP3A 4ET9A 5APDA 1GB0A 1IWYA 2B5ZA 4YOPA 4BADA 1C10A 3HBHA 1HEMA 1MELL 2BPUA 2BQMA 1QUTA 1RFPA 1IX0A 1FLYA 4YEOA 4NFVA 2BQCA 5KXOA 2ZNXY 3AW6A 1OUCA 2MEDA 1B5ZA 1GBZA 1RCMA 3AB6A 4GCFA 4EOFA 4H9EA 5AMYA 5HQ1A 2EPEA 3AYQA 5F9UA 2I25L 5ILFA 2BQOA 3A93A 4OWEA 1CKGA 1DZBX 4NGKA 4OWBA 4TTDA 3WMKA 1BB7A 2D4JA 1LJNA 1LZTA 1B0DA 1LZ9A 1UIBA 3AZ5A 1B7NA 4ANRA 3CT1A 1UIHA 2HEBA 4NSJA 1ZMYL 3B6LA 4WM3A 3WU9A 3J4GA 4W94A 2YBIA 5B59A 1DI4A 1HFZA 1REZA 4OWCA 4NGLA 3AZ7A 5LAFA 3WULA 5C6LA 1UUZC 3QY4A 2F30A 3WPJA 3T6UA 3D3DA 1GF9A 2DQEY 2MEAA 4XJBA 4CFPA 4DD3A 1GWDA 5L3HA 1B7MA 1F6RA 1UIEA 3WYHA 1GAYA 2X0AA 4RW1A 1KIRC 5FHWA 3B0IA 3A95A 5FELA 2LYOA 1LJGA 4WO6A 4RW2A 5APFA 3A6CY 1GE0A 1IP2A 2HTXA 1IWTA 1HNLA 4UWVA 1RJCB 2BQGA 7LYZA 1HERA 4ET8A 3A6BY 5KXWA 4NHTA 1GB2A 1LJ3A 1HSXA 3P64A 3ZVQA 2DQGY 1NWGA 1LSYA 1XGRC 4HSFA 1UIAA 1LZCA 3CSRA 5IDDA 3TXEA 3CSQA 1V7SA 4E3UA 1WQQA 3WU8A 1CJ8A 4B49A 1LZGA 1UICA 2DQDY 2ZQ3A 4GLVA 2DBTA 1LZNA 4H9AA 3TXBA 3AGHA 3TXDA 1LSCA 3J6KA 1I1ZA 2YBLA 4II8A 1FN5A 2BQDA 1GXV2 1LYSA 1XEJA 2W1MA 4NGVA 1LAAA 1YILA 4WM1A 3ATNA 3P65A 1CKFA 4H8XA 1IORA 1F6SA 5LVKA 1LMOA 1OUBA 3N9AA 4TUNA 3A94A 4O34A 4NEBA 1LSBA 1UC0A 4GN5C 1GBSA 3HFMY 2YBNA 4DD7A 1C08C 4XYYA 1BWHA 3SP3A 1UIFA 4GN3A 1ZV5L 1EQ4A 4DYGA 1AT5A 4PGJB 4RLNA 1WQPA 4Z46A 1JIYA 1LSNA 1VDQA 2WARA 5F9XA 4AXTA 3P4ZA 2HEDA 1XGPC 1WVUA 5APCA 3TXHA 4BAPA 2W1LA 4XJFA 3W6FA 1LZRA 4NSIA 5LYMA 4Z3MA 1NQIA 1OUGA 2C8OA 2G4NA 2EIZC 2I26L 1GDWA 193LA 1C46A 4R0FA 1HMLA 4DD9A 1DKKA 1IOSA 6LYTA 5LINA 1GFUA 1LOZA 3RT5X 5KXRA 1VDPA 2Z19A 4B0DA 1CJ9A 4GCDA 1BB4A 2Z12A 3A3RX 5II3A 4LYZA 3FI7A 4WLYA 1D0MA 4IATA 4ETAA 5I4WA 2IHLA 1SQ2L 1WQMA 1KXXA 3IWRA 154LA 4A7DA 1F0WA 1J1XY 1G7MC 5I4XA 2ZIJA 4B4JA 1JEFA 1LYOA 3CSZA 1JJ3A 5ILCA 194LA 8LYZA 3N9CA 4G4HA 1VATA 4CGEA 2LYMA 1KXYA 2F4AA 2BQEA 1HELA 132LA 1H87A 2Z37A 4QDNA 5KXLA 4H8ZA 1LMPA 4H8YA 2HEAA 4J1AA 135LA 1IOTA 2H9JA 1GFGA 4I0CA 2MEGA 4ZFPA 2BLXA 3P68A 5KXXA 1GB8A 1G7IC 1B7OA 1VEDA 2DQAA 4G9SA 1OUEA 3ULRA 4QY9A 5D5FA 1B5WA 3WL2A 1YKZX 4YF2A 5KKIA 5HMVA 5I53A 1I56A 3IJVA 1IC7Y 1FLUA 2HEFA 4QEQA 3LN2A 3RZ4A 1GE2A 1GD6A 4LYTA 1JSFA 4ETCA 1QSWA 1J1PY 1I20A 2LYZA 3WPLA 1OUHA 1GFVA 4UWNA 2XBRA 4DT3A 5FSTA 1JUGA 2FBDA 5KY1A 153LA 1C45A 1FKVA 4NIJA 2DQFC 4C3WA 4H9IA 5A3ZA 1INUA 1HFYA 4HPIA 3QNGA 4PJ2C 1LHMA 1XFPL 1HEOA 5I4YA 3W6EA 1GE1A 5KXYA 1RE2A 1UCOA 3B0KA 1XSFA 1G7LC 3EMSA 2AUBA 1B7RA 5E4PA 1GFJA 4WG7A 4QGZA 1YKYX 1IWUA 1EL1A 1IC5Y 1LZ5A 1DXJA 1NMMA 2F4GA 1YAOA 4H1PA 4N1CC 4TSBA 1HC0A 2YSSC 1GF3A 1B7PA 2MEFA 4YM8A 4DDBA 5FCPA 1GHLA 1JTPL 1ZVHL 1LSGA 4BAFA 2ZILA 3WVXA 4WM5A 1YROA 4DD0A 2N5ZA 1AT6A 5JENB 4Z41A 5I5QA 5LA8A 1GFTA 4H93A 1GB5A 4LYOA 4WOAA 1GFHA 2BQAA 2DQIY 2YBHA 4WL6A 6LYZA 2BQNA 5M1YA 1GDXA 1LSFA 3A67Y 1B5UA 3AZ4A 5KXPA 2EKSC 5LVGA 2D6BA 4H9HA 2BAAA 4WLXA 4ZIXA 2VB1A 3MGWA 1IVMA 4H9CA 1H6MA 2YDGA 1LPIA 1JKCA 1LZ8A 5KJ9A 4H90A 4LT0A 4U3XB 4TSCA 4ETEA 1CNSA 2Z39A 4RLMA 4BS7A 1LZEA 1LKRA 1IO5A 1JTOL 1OUJA 3WW5A 3K3TA 1NBYC 3A90A 4NGIA 4LYMA 1T6VL 1WVVA 1IR8A 1QIOA 1LJEA 1B5XA 1XEIA 1FLWA 1FLQA 1LJKA 1LHLA 3OK0A 2LHMA 1IP1A 4HJVA 1C7PA 4WLDA 1O23A 3TXFA 4IJ4A 4NHPA 1IR9A 1IEEA 1IOCA 3A96A 4KPMA 4WG1A 5LXWA 1WQOA 1IWWA 3LYMA 4M6DA 2CJLA 4NGOA 4XJDA 3WUNA 2W1YA 2Z38A 4IASA 3A3QA 2HEEA 1G7HC 4XJHA 3WVYA 1HF4A 1GXXA 1SLYA 1LMAA 1PZYA 3P66A 1LJJA 2D4IA 5D5CA 4J0LA 4H91A 5B07A 1XGUC 1GAZA 1GEZA 1LHJA 3A8ZA 1GFRA 1ALCA 1NKHA 3CB7A 5KXZA 1YIKA 5B1FA 1IP6A 4HJZA 1JTTL 1LZ1A 2DQHY 1XEKA 1B9OA 1LSEA 1OP9B 3N9EA 1IWXA 1HFXA 1LZ4A 1LZYA 3EXDA 2I6ZA 4WLTA 1GBYA 4G4CA 5L3IA 1P2CC 3F6ZA 4P2EA 1LYZA 1WTNA 5FEKA 3ATOA 4M4OA 2CWIA 1NF5A 3G3AB 1NHEA 4HJYA 2MEEA 1DI3A 1D0LA 1F10A 1GBWA 1GB9A 1JSEA 2HU1A 3KAMA 1D6QA 4Z98A 2Q0MX 4RDSA 1DQJC 5C6IA 3WXTA 1OUIA 1W6ZA 1DI5A 4X3BA 4LZTA 1GBOA 3WUMA 1JWRA 1KIQC 4GCEA 5B06A 1TEWA 1LZ6A 1A2YC 1DKJA 4H9BA 2EQLA 3WPKA 9LYZA 1LSMA 1IWZA 3LYOA 1LMNA 4NY5A 3TXKA 5I54A 1BQLY 5LYTA 4NHQA 2XJWA 1QUSA 4LYBA 1GPQC 4HPEA 1LMCA 4PPOA 1VDSA 3EBAB 1HMKA 4DD2A 5KXTA 2H9KA 4NSGA 1LHKA 3M3UA 2FYDA 3BKVA 4HV2A 3WU7A 1JJ1A 3AGGG 5A3EA 4OOTA 1B7SA 3TMXA 4AGAA 2FBBA 3LHMA 4WM6A 4G4BA 1YKXX 2D4KA 5LVJA 1BB5A 2HECA 1AM7A 3D9AC 4OW1A 1IP7A 4HTKA 3AW7A 4WMGA 1GB6A 4XN6A 4MR1A 1GB3A 1KXWA 2XBSA 1BB3A 1YQVY 1IR7A 1QTKA 5HLLA 1GF4A 1YAMA 4YENA 1REYA 1GFAA 2MEIA 4LFPA 1D6PA 1B5VA 2DQJY 3AZ6A 1LYYA 3TMVA 5KKJA 2BLYA 1UBZA 1IIZA 1HHLA 1JKDA 1GF6A 3AGIA 2BQIA 3OJPA 4TX7A 4ML7A 1B5YA 4GCBA 4DWXA 4N8ZA 2C8PA 4CFOA 5B05A 4XADA 2ZYPA 5LIOA 1UIGA 1QQYA 1JHLA 3A92A 1NBZC 3VWOA 2BQFA 4GN4A 1BWJA 1OUDA 1HEWA 1LZBA 1TAYA 2G4QA 2ZWBA 2BQKA 4ZEEA 5LVHA 1LJIA 3LYZA 4N9RA 1EQEA 1LHHA 4NGJA 4PRUA 1TBYA 5HNCA 4G49A 2LZ2A 5KXKA 2Z2FA 2ZNWY 1GF0A 4DDCA 2CGIA 2XTHA 3ZVQB 3B72A 1IY4A 4XENA 1QTEA 3EO5A 4XJGA 4ETBA 1C43A 1CJ7A 2HU3A 1BGIA 1XGTC 1IOQA 1NDGC 5LYZA 2A7FA 207LA 3FE0A 4KT3A 3RW8A 1JKBA 1T3PA 4HTQA 4WM2A 1E8LA 3B0OA 5KXNA 5IHGA 3GXKA 4NHSA 2Y8PA 4R6CA 1VFBC 1BVKC 1YL1X 3WUAA 2NWDX 1QSAA 2MECA 3BKHA 1LSAA 3GXRA 3W6BA 4EMNA 3W6CA 3HBDA 1FBIX 3M18B 4LGKA 4MSTA 1B2KA 4OOOA 4GLAA 2G4PA 3CT5A 4LFXA 2ZQ4A 1V7TA 1UIDA 1YL0X 3W6AA 1FDLY 5APEA 5J7CA 4WL7A 1G7JC 1IP5A 1LZAA 1PS5A 4GCCA 1DPXA 1BHZA 4H9FA 1TCYA 5DN5A 1J1OY 2YBJA 3HBEX 134LA 1LSZA 1OUFA 1WTMA 3AJNA 3IJUA 4DD1A 1NDMC 4PHIA 1GEVA 2HUBA 2Z18A 5DLAA 2BQJA 4J1BA 3E3DA 5IELA 2PC2A 133LA 1GBXA 1LMTA 4LYCA 1UACY 2A7DA 4MCKA 4XJIA 3W6DA 5LAGA 1YANA 4H92A 4J7VA 3A91A 4N5RA 1B7LA 2BQLA 4LT3A 5DL9A 1QDRA 3WH1A 4ETDA 5LA5A 1JISA 1JKAA 2BQHA 1GF5A 1CJ6A 1LCNA 1VAUA 2DQCY 3TMWA 4B1AA 2ZIKA 1WQNA 3LYTA 4C5FA 1HEQA 1HSWA 1JITA 1GE3A 3CT0A 1GF7A 1MLCE 1XGQC 208LA 2YVBA 5T3FA 2YBMA 4HTNA 1LSDA 1REXA 1LSPA 1LZDA 1GF8A 4D9ZA 1VDTA 2MEHA 1EQ5A 4TWSA 1QDTA 1GE4A 1W08A 1BVXA 1HEPA 1IY3A 3LZTA 5HMJA 1LTMA 4HV1A 1GFEA 1OQMA 3A34A 1LJHA 4I8SA 5C6JA 4FJRA 1IC4Y 1REMA 2GV0A 3TXGA 4W96A 3WW6A 2DKVA 4YEMA 3TXJA 4UWUA 2W1XA 1D9UA 4NG1A 1CKHA 1WQRA 4OWAA 1FKQA 4N1EI 5KXSA 5LVIA 4KXIA 1BB6A 1DPWA 4WM4A 4LT1A 5F16A 5E9RA 2D91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B4IA 2LZTA 4CJ2A 1XJTA 1YAQA 1ZVYB 2IFFY 1N4FA 2BQBA 1C63A 1JJ0A 1L58A 3ZEKA 4PK0A 187LA 246LA 4NSHA 1C6KA 4OWHA 2RB2X 1CKCA 1JPOA 4B4EA 1L33A 1LMQA 1L95A 1BWIA 4NGYA 5DN4A 2ZYCA 4W52A 4WO9A 2OU8A 1D0KA 3G3BB 199LA 151LA 1CKDA 1L19A 3LZ2A 1B7QA 3DN8A 3RU5A 1RI8B 4DC4A 2RBNA 242LA 2B5ZA 3CDRA 4EXMA 3HBHA 1RFPA 2MEDA 1RCMA 3HWLA 5AMYA 5HQ1A 234LA 3DN0A 5F9UA 2NTHA 5ILFA 2BQOA 1DZBX 4TTDA 2D4JA 4ARJA 1ZYTA 3WU9A 1ZMYL 4EKQA 1DI4A 1C6MA 1L90A 1PQOA 3AZ7A 1UUZC 2F30A 1L71A 1GF9A 1KW5A 4DD3A 1GWDA 1F6RA 1L77A 1KIRC 4WO6A 5APFA 1QUOA 4EJ4A 1C6EA 7LYZA 107LA 4I7RA 3A6BY 118LA 4NHTA 3P64A 1HSXA 167LA 1XGRC 130LA 3TXEA 1UIAA 3CSQA 1WQQA 3HDFA 2DQDY 4GLVA 1PQMA 3HTGA 1XEJA 1NHBA 3P65A 160LA 1OUBA 255LA 1QSQA 1LSBA 1CU3A 1KY1A 3HTBA 1C66A 2YBNA 1C08C 4XYYA 1UIFA 1ZV5L 1DYDA 1AT5A 4PGJB 1WQPA 186LA 3GUNA 3HU8A 2HEDA 5APCA 1L99A 2W1LA 1L36A 1LZRA 4NSIA 5LYMA 1LYDA 2EIZC 2HULA 4DD9A 1IOSA 3SB7A 3RT5X 4W56A 4B0DA 2Z12A 3A3RX 4EKPA 3FI7A 5I4WA 1L31A 1WQMA 1KXXA 2ZIJA 1L01A 230LA 3SB8A 4I7OA 119LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F81 A;  4B4I A;  2LZT A;  4FDY A;  3T36 A;  1LZS A;  4CJ2 A;  1GB7 A;  1YAQ A;  4LT2 A;  4CHX A;  1IWV A;  1AZF A;  5HNL A;  3QE8 A;  1ZVY B;  1LJ4 A;  4NGW A;  2IFF Y;  1N4F A;  2Z2E A;  1A4V A;  1IP4 A;  3CQL A;  4H94 A;  3W3E A;  5L9J A;  2BQB A;  1JJ0 A;  3ZEK A;  1LHI A;  1KIP C;  2RSC A;  2F2N A;  4DDA A;  1GFK A;  2MEB A;  5KXM A;  3RNX A;  2FYC A;  4NSH A;  5EBH A;  2H5Z A;  4OWH A;  1CKC A;  4PRQ A;  4NWH A;  1AKI A;  1LKS A;  4NWE A;  1UA6 Y;  3WXU A;  1JPO A;  4B4E A;  1LMQ A;  5B1G A;  1YAP A;  4KL7 A;  4N0J A;  4NG8 A;  1BWI A;  4NGY A;  1TDY A;  4L41 A;  2ZYC A;  5DN4 A;  4WO9 A;  1LJF A;  2CDS A;  1D0K A;  3G3B B;  1OUA A;  4NGZ A;  5DM9 A;  3TXI A;  3TMU A;  5FDJ A;  5K7O A;  5F14 A;  1CKD A;  4HP0 A;  4NHI A;  1HEN A;  3LZ2 A;  1B7Q A;  1Z55 A;  3RU5 A;  1RI8 B;  4DC4 A;  1IP3 A;  4ET9 A;  5APD A;  1GB0 A;  1IWY A;  2B5Z A;  4YOP A;  4BAD A;  1C10 A;  3HBH A;  1HEM A;  1MEL L;  2BPU A;  2BQM A;  1QUT A;  1RFP A;  1IX0 A;  1FLY A;  4YEO A;  4NFV A;  2BQC A;  5KXO A;  2ZNX Y; 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 2G4P A;  3CT5 A;  4LFX A;  2ZQ4 A;  1V7T A;  1UID A;  1YL0 X;  3W6A A;  1FDL Y;  5APE A;  5J7C A;  4WL7 A;  1G7J C;  1IP5 A;  1LZA A;  1PS5 A;  4GCC A;  1DPX A;  1BHZ A;  4H9F A;  1TCY A;  5DN5 A;  1J1O Y;  2YBJ A;  3HBE X;  134L A;  1LSZ A;  1OUF A;  1WTM A;  3AJN A;  3IJU A;  4DD1 A;  1NDM C;  4PHI A;  1GEV A;  2HUB A;  2Z18 A;  5DLA A;  2BQJ A;  4J1B A;  3E3D A;  5IEL A;  2PC2 A;  133L A;  1GBX A;  1LMT A;  4LYC A;  1UAC Y;  2A7D A;  4MCK A;  4XJI A;  3W6D A;  5LAG A;  1YAN A;  4H92 A;  4J7V A;  3A91 A;  4N5R A;  1B7L A;  2BQL A;  4LT3 A;  5DL9 A;  1QDR A;  3WH1 A;  4ETD A;  5LA5 A;  1JIS A;  1JKA A;  2BQH A;  1GF5 A;  1CJ6 A;  1LCN A;  1VAU A;  2DQC Y;  3TMW A;  4B1A A;  2ZIK A;  1WQN A;  3LYT A;  4C5F A;  1HEQ A;  1HSW A;  1JIT A;  1GE3 A;  3CT0 A;  1GF7 A;  1MLC E;  1XGQ C;  208L A;  2YVB A;  5T3F A;  2YBM A;  4HTN A;  1LSD A;  1REX A;  1LSP A;  1LZD A;  1GF8 A;  4D9Z A;  1VDT A;  2MEH A;  1EQ5 A;  4TWS A;  1QDT A;  1GE4 A;  1W08 A;  1BVX A;  1HEP A;  1IY3 A;  3LZT A;  5HMJ A;  1LTM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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