2DQJY

Crystal structure of hyhel-10 fv (wild-type) complexed with hen egg lysozyme at 1.8a resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqjY00
1C43A 1NWGA 1P2CC 3N9CA 4N5RA 1BB5A 4NHIA 4NSJA 4RLMA 3T6UA 5B59A 1BB3A 4OWHA 4NGLA 1OUIA 1B7NA 4L41A 4NSGA 1IWUA 1DKKA 4XJGA 1YQVY 2Z19A 5HMVA 3TMVA 1LMAA 1CNSA 1UUZC 1B5WA 4FJRA 1IP7A 3AW7A 4ETBA 1TBYA 5LAFA 1LSNA 1UACY 4WLDA 1GBSA 1VDTA 1A4VA 1BB6A 1C46A 3WYHA 1RCMA 1J1PY 4NGJA 4C5FA 1V7TA 2D4IA 1LSPA 4WLXA 3ZVQA 1SQ2L 4H9AA 4ML7A 4YF2A 3A6CY 4C3WA 1ZMYL 3LN2A 4WM6A 3RNXA 1YIKA 2MEGA 4DDCA 1B5ZA 2CWIA 3WUNA 4ETEA 2LZ2A 1LSMA 4IJ4A 1LJKA 193LA 2XJWA 1VATA 2DQHY 1NDGC 1LSBA 1LSCA 1VEDA 1UIDA 2BQFA 4GN4A 4HPIA 3FI7A 5A3ZA 1CKDA 4H1PA 3RZ4A 3WXUA 4DD3A 5LXWA 1LZGA 5I53A 3W6CA 5FCPA 1IP1A 2X0AA 4P2EA 1OUHA 1B7RA 5FDJA 2I25L 3KAMA 1AM7A 3TMWA 2G4NA 2W1LA 3ULRA 1TEWA 2ZNWY 5B1GA 194LA 4G49A 1JJ3A 3A8ZA 3OK0A 4LFXA 2RSCA 4OOTA 4DD1A 2B5ZA 1DPWA 3ATNA 1BGIA 1IY3A 1WTNA 1TCYA 4TWSA 3EMSA 2C8OA 4ZEEA 4WO6A 4EOFA 4QY9A 1B0DA 2ZYPA 3P64A 5APCA 1I1ZA 1LMQA 4OOOA 2MEFA 5IHGA 5HNCA 4WM4A 4LYCA 1B7LA 1Z55A 3WPKA 4HV1A 1KXWA 5KY1A 5B05A 1GE4A 4PRQA 2YBNA 3A3QA 4NHTA 1D0LA 1GFTA 4R0FA 3ATOA 3G3AB 1GFKA 1HEMA 5C6LA 5IELA 5LYTA 3D9AC 2WARA 1LYYA 1ZVHL 4G4CA 1CJ7A 1GFGA 1YROA 1LHLA 1KXXA 4LGKA 1UC0A 4XJBA 4YEOA 1IY4A 1F6RA 1HC0A 5E4PA 4H94A 2DQCY 5KKJA 2DBTA 4XJHA 2ZWBA 1NHEA 4WM1A 5KXLA 1H6MA 3W3EA 4RW2A 4B4IA 3B0OA 1RJCB 5L3HA 1G7JC 1QDTA 2HECA 2BQAA 2HEAA 2LYZA 1GPQC 3HBHA 4MSTA 3W6BA 1REYA 5KXKA 1IOTA 2Z2EA 1HSWA 3A93A 3W6EA 3AGHA 4NEBA 1LZSA 5F16A 3EO5A 1QTKA 3BKHA 4J1AA 3QE8A 3QY4A 3FE0A 4NGOA 5D5CA 5I4WA 1HHLA 1WQRA 2BQNA 2EQLA 3IWRA 4LYBA 4RLNA 5LIOA 3QNGA 1UIGA 1LKRA 3IJUA 5KXMA 1F6SA 4BAFA 4H91A 2LHMA 2BQDA 4O34A 3M3UA 1JITA 1HFZA 1UICA 5B06A 4H9FA 3B72A 1G7LC 3HBEX 2MEIA 4Z3MA 1FLUA 4NIJA 1MELL 3RT5X 4DC4A 1RI8B 1D9UA 2Z37A 5LVJA 1JSFA 4LZTA 5E9RA 1IX0A 1GDXA 1NMMA 4IASA 1GBWA 5C6JA 4OWCA 3WVXA 1FKVA 4GN3A 3A94A 1LTMA 5JENB 4KXIA 3ZVQB 4B1AA 4UWUA 4I8SA 4XJIA 4PJ2C 1IC5Y 1KXYA 1AKIA 1JEFA 4AGAA 1EQEA 3LZ2A 4XJDA 1IR8A 1DI4A 3ZEKA 154LA 4HJYA 5APDA 1XEJA 1IP6A 2BQOA 2FBDA 4WLTA 1CJ9A 1LSAA 2D6BA 4WM2A 5DM9A 1LSFA 3B0IA 1EQ5A 4CFOA 5KXOA 1OUGA 5II3A 1VDQA 1BVXA 4YENA 4I0CA 1O23A 4HPEA 2DQGY 1GF9A 3T36A 1GF6A 1WQPA 2W1XA 4B49A 3WW5A 3RW8A 1LKSA 1XGUC 1UIEA 1PZYA 4EMNA 1GXV2 1IWVA 1RFPA 3AYQA 3WPLA 2F30A 1CKFA 5DN4A 1DPXA 1LHIA 3CSRA 3TXGA 133LA 4NGVA 1XFPL 1GBOA 5B1FA 2YBIA 4XJFA 3WXTA 3P66A 5C6IA 4E3UA 1H87A 3A67Y 1GE1A 1LJHA 4H8YA 1BVKC 3J4GA 1DQJC 4DD2A 4GCCA 4WG7A 4TTDA 3CQLA 8LYZA 135LA 1IOSA 1C45A 1HF4A 1HMLA 1JUGA 208LA 4J1BA 2HEDA 2LYOA 1GWDA 3A95A 4Z46A 1JISA 2Q0MX 4KT3A 3TXKA 3D3DA 1F0WA 4GN5C 1NBZC 4WM5A 4XENA 3WU8A 1LZDA 1LYSA 2BPUA 4UWVA 1B5YA 1UIFA 1UIHA 1B7PA 1VAUA 5T3FA 1UA6Y 3A91A 3HFMY 1LSZA 1W08A 2ZNXY 2D91A 1JKCA 2XBSA 4QEQA 1LSEA 1JHLA 5LYZA 2HTXA 4DT3A 4M4OA 3GXKA 4Z41A 3SP3A 2MEHA 1IR7A 2BQCA 1SLYA 4TX7A 4CGEA 5I4YA 1FLYA 1FLWA 2F4GA 4G4BA 4PRUA 5KXWA 3AJNA 1OUJA 3AGIA 4LT0A 2FYDA 4H92A 4H8XA 4PHIA 3J6KA 1OUDA 4KPMA 5DLAA 1LJNA 1BWJA 4OWAA 5LVIA 1D6QA 1LHMA 4ET9A 4BADA 3WULA 2BQEA 1NDMC 2EPEA 1JSEA 1GFEA 1VFBC 2A7DA 4NHQA 5DN5A 5HNLA 1LHHA 4AXTA 3A92A 2F2NA 5EBHA 3CSZA 1GB0A 5KXZA 1BWHA 1FLQA 1IWZA 4BAPA 1GB5A 4Z98A 5F81A 4R6CA 3BKVA 5ILCA 4NG1A 4HTQA 4QGZA 4B4EA 1VDPA 1EQ4A 5F9XA 1KIPC 1MLCE 4D9ZA 2BQMA 1EL1A 1BWIA 2H9JA 1LOZA 4NFVA 1GF0A 4NGZA 4ANRA 3LYTA 4U3XB 4GCDA 1CKGA 6LYZA 2MEAA 3AZ7A 1ALCA 2G4QA 3TXIA 1CKHA 3W6DA 1JKAA 3A34A 1GBYA 1LJEA 4H9EA 5AMYA 1LJFA 4PGJB 1HEQA 2I6ZA 4WO9A 1UIAA 5LVGA 1AT5A 1DZBX 1IR9A 1FDLY 1VDSA 1CJ8A 2YSSC 3F6ZA 4BS7A 4GCEA 1YKYX 1HEPA 4IATA 1HSXA 3TXEA 3W6AA 1IEEA 4ZIXA 5LYMA 4CFPA 1GB6A 1LZAA 2W1YA 2ZQ4A 6LYTA 4ETAA 1IC7Y 3HBDA 4DDAA 5APFA 1YILA 2EIZC 3EXDA 1LJ4A 4W96A 1LZ5A 1T6VL 2IHLA 2W1MA 4LYTA 2Y8PA 3CT5A 3TXFA 2FYCA 4NHSA 1WQQA 4WM3A 4N1EI 1C7PA 1GHLA 5KXXA 1GB7A 2YVBA 1GFJA 1CJ6A 3WH1A 4OW1A 3WPJA 1GAYA 4FDYA 4WG1A 1NF5A 1YAQA 2BQBA 1HERA 2LZTA 1GF8A 1GEVA 1WTMA 3B6LA 4LYOA 1GXXA 4NGYA 1IVMA 1XGTC 1GF5A 207LA 3K3TA 3WW6A 1LSGA 1OUCA 1IORA 4H93A 2YBHA 2ZILA 4ETDA 1JJ1A 1OQMA 2MEEA 4H9CA 4TUNA 153LA 5HMJA 2HEBA 1JTPL 1LYZA 1F10A 5KXYA 3TMXA 1J1XY 1QTEA 4GLAA 1D6PA 4DD9A 1B9OA 1BHZA 4G4HA 1JPOA 2DQIY 3LHMA 3WU7A 1GFHA 4NY5A 1T3PA 1OUFA 2BLXA 2N5ZA 4N0JA 1LYOA 2CGIA 3MGWA 5F9UA 5DL9A 1OUBA 5ILFA 1WQOA 1NKHA 1XGPC 1A2YC 1HELA 1IP4A 2YBLA 1GF3A 3LYOA 3G3BB 1INUA 1B2KA 4QDNA 1XGQC 1I56A 1JJ0A 2G4PA 2AUBA 5HLLA 1WVVA 1RE2A 1W6ZA 2H5ZA 2NWDX 2Z12A 3A90A 3CSQA 4HTKA 1GD6A 3CB7A 1DI5A 1HFYA 4PPOA 4X3BA 5I4XA 3AW6A 2F4AA 1GE0A 2DQEY 2BAAA 3A96A 2ZYCA 1C08C 2CDSA 4H9BA 5I5QA 3WMKA 4M6DA 2GV0A 3OJPA 1B7SA 5KKIA 4GLVA 5KXNA 1JTOL 1IWYA 3AB6A 4H8ZA 4NHPA 1LSYA 1GE2A 1WVUA 1G7MC 1LZRA 3TXBA 2BQGA 1B5VA 1JIYA 1QQYA 3B0KA 4ZFPA 5F14A 1AZFA 1J1OY 1B7OA 4WOAA 4LYZA 4GCBA 4HTNA 2EKSC 5D5FA 1KIQC 3TXHA 1QUSA 1ZV5L 5KXPA 4RDSA 3TXJA 1GEZA 3WVYA 4HJVA 1KIRC 1GB8A 2MEBA 4YOPA 3TXDA 5KXSA 2HEFA 2ZIKA 4G9SA 1TDYA 1BQLY 4TSCA 2C8PA 2YBJA 2Z39A 2MEDA 1LZ8A 1LHKA 1YANA 1REXA 4NGIA 1GB9A 5LA8A 3N9EA 1LJ3A 4DD7A 1B5XA 3WUAA 1YKZX 4HP0A 4OWBA 4WL7A 1B5UA 1LPIA 1GFUA 1JTTL 5LINA 4MR1A 1YKXX 1LZTA 4TSBA 4DD0A 4ETCA 1HMKA 4WL6A 5K7OA 1N4FA 1HFXA 3AZ6A 1JKBA 2FBBA 4CJ2A 9LYZA 1LZYA 1LAAA 1GF4A 4B0DA 5I54A 1QDRA 132LA 1LHJA 1YAPA 1UCOA 2BQIA 4J0LA 2ZQ3A 3TMUA 1CKCA 2DKVA 4N8ZA 4OWEA 1GFRA 2IFFY 4XN6A 4N9RA 1HEOA 1OUAA 3LYMA 2CJLA 2Z18A 2HU1A 1LJIA 1XEIA 1XGRC 2XBRA 1LMCA 4NWEA 1IO5A 134LA 1IC4Y 3P4ZA 3LZTA 2YDGA 1FKQA 1OP9B 5IDDA 5L9JA 4W94A 1GDWA 1ZVYB 1REZA 5L3IA 1I20A 1IWTA 1LZ1A 1NQIA 1G7IC 1HENA 2H9KA 3RU5A 1B7MA 2Z2FA 4NWHA 5APEA 2BQHA 1REMA 4WMGA 1LZCA 1IP2A 4LT2A 1AT6A 1QSAA 1LMPA 1DXJA 1PS5A 2MECA 7LYZA 4NGWA 1C10A 1UBZA 4YEMA 2XTHA 1BB7A 3WL2A 3LYZA 4NG8A 1LMTA 1WQNA 4LYMA 1LSDA 2DQJY 4NGKA 4B4JA 1YAMA 3IJVA 4LT3A 1GF7A 3VWOA 4A7DA 1E8LA 2D4KA 1IOCA 3E3DA 1LZ4A 1IP3A 4XYYA 4YM8A 1DI3A 5HQ1A 5FSTA 1QUTA 2YBMA 4II8A 2BLYA 1LZEA 5LVKA 1BB4A 1LZ9A 3GXRA 4GCFA 1GB3A 1OUEA 4HV2A 4MCKA 3N9AA 1GFAA 3AZ5A 5KJ9A 5J7CA 2HEEA 1DKJA 4KL7A 4UWNA 5B07A 1IIZA 1GB2A 1YL0X 2HUBA 1IP5A 2I26L 5A3EA 4H9IA 1LZ6A 4DDBA 3CT0A 3AGGG 1LZBA 1JWRA 1TAYA 1GAZA 4XADA 4LFPA 4ET8A 1GBZA 1XSFA 1D0KA 5KXRA 1QIOA 1B7QA 1V7SA 3CT1A 1GBXA 2PC2A 5LAGA 3A6BY 4H9HA 3WUMA 1UIBA 4DYGA 1D0MA 1G7HC 1YAOA 2BQKA 2D4JA 4NSIA 4RW1A 5FEKA 3W6FA 2DQAA 2LYMA 1IWXA 4HJZA 4N1CC 4NSHA 2DQFC 2ZIJA 1WQMA 4H90A 4HSFA 1FN5A 5LA5A 3WU9A 4DWXA 3AZ4A 1LJGA 3EBAB 5FELA 2BQLA 4J7VA 4WLYA 2Z38A 1IWWA 1HNLA 5KXTA 1NBYC 1LJJA 2A7FA 3M18B 1LMOA 1JKDA 2BQJA 1HEWA 4LT1A 5LVHA 3P65A 1FBIX 1LMNA 1GE3A 2DQDY 5FHWA 1XEKA 4CHXA 1LZNA 5M1YA 1IOQA 3P68A 1YL1X 1GFVA 2VB1A 1QSWA 1LCNA 3A3RX 2HU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN1A 1NWGA 3N9CA 1CU3A 1C6PA 1OUIA 138LA 3TMVA 3F8VA 3SB6A 1CNSA 6LZMA 4WLDA 2RAZX 1VDTA 1BB6A 1C46A 1J1PY 1DYDA 191LA 2F2QA 4H9AA 1L90A 3HU8A 1ZMYL 2CWIA 4ETEA 143LA 2LZ2A 1LJKA 1VATA 1NDGC 1LSCA 1UIDA 2BQFA 2F32A 4ARPA 3DN6A 4DD3A 3HT9A 1OUHA 1QTVA 5FDJA 229LA 2W1LA 3ULRA 5B1GA 4OOTA 3GUNA 1ZWNA 1BGIA 1L63A 1WTNA 1TCYA 4TWSA 4ZEEA 4WO6A 3HT6A 2RBQA 5APCA 2ZYPA 1I1ZA 4OOOA 183LA 4LYCA 1Z55A 5KY1A 1L61A 4DQJA 1GFTA 1GFKA 1HEMA 5C6LA 3D9AC 1CJ7A 1GFGA 4EJ4A 1KXXA 1L72A 2DQCY 4PK0A 5KKJA 1NHEA 3W3EA 4B4IA 1G7JC 3CDQA 3HBHA 1LGWA 3AGHA 1LZSA 1LYIA 1QTKA 157LA 5D5CA 3QE8A 5I4WA 1L58A 3IWRA 1L34A 4H91A 2LHMA 236LA 5B06A 1DYEA 3RT5X 2Z37A 5LVJA 4LZTA 5E9RA 4OWCA 1FKVA 4KXIA 1CV6A 4I8SA 1L11A 4DAJA 1JEFA 3UONA 4WM2A 2FBDA 111LA 1L35A 4CFOA 1OUGA 249LA 5II3A 1P36A 1BVXA 1P64A 1GF6A 1WQPA 1XGUC 1L80A 224LA 1L56A 2F30A 1CKFA 1DPXA 1LHIA 1GBOA 2YBIA 4XJFA 1H87A 4DD2A 1GE1A 3J4GA 1L25A 1L52A 2L78A 242LA 4TTDA 142LA 2HEDA 3A95A 4LZMA 3TXKA 1NBZC 4XENA 3HH6A 7LZMA 3HFMY 1T8GA 2ZNXY 2D91A 4DT3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C43 A;  1NWG A;  1P2C C;  3N9C A;  4N5R A;  1BB5 A;  4NHI A;  4NSJ A;  4RLM A;  3T6U A;  5B59 A;  1BB3 A;  4OWH A;  4NGL A;  1OUI A;  1B7N A;  4L41 A;  4NSG A;  1IWU A;  1DKK A;  4XJG A;  1YQV Y;  2Z19 A;  5HMV A;  3TMV A;  1LMA A;  1CNS A;  1UUZ C;  1B5W A;  4FJR A;  1IP7 A;  3AW7 A;  4ETB A;  1TBY A;  5LAF A;  1LSN A;  1UAC Y;  4WLD A;  1GBS A;  1VDT A;  1A4V A;  1BB6 A;  1C46 A;  3WYH A;  1RCM A;  1J1P Y;  4NGJ A;  4C5F A;  1V7T A;  2D4I A;  1LSP A;  4WLX A;  3ZVQ A;  1SQ2 L;  4H9A A;  4ML7 A;  4YF2 A;  3A6C Y;  4C3W A;  1ZMY L;  3LN2 A;  4WM6 A;  3RNX A;  1YIK A;  2MEG A;  4DDC A;  1B5Z A;  2CWI A;  3WUN A;  4ETE A;  2LZ2 A;  1LSM A;  4IJ4 A;  1LJK A;  193L A;  2XJW A;  1VAT A;  2DQH Y;  1NDG C;  1LSB A;  1LSC A;  1VED A;  1UID A;  2BQF A;  4GN4 A;  4HPI A;  3FI7 A;  5A3Z A;  1CKD A;  4H1P A;  3RZ4 A;  3WXU A;  4DD3 A;  5LXW A;  1LZG A;  5I53 A;  3W6C A;  5FCP A;  1IP1 A;  2X0A A;  4P2E A;  1OUH A;  1B7R A;  5FDJ A;  2I25 L;  3KAM A;  1AM7 A;  3TMW A;  2G4N A;  2W1L A;  3ULR A;  1TEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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