2L78A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2l78A00
3C83A 142LA 120LA 1EPYA 1P2LA 1CV3A 3QAKA 2B6TA 4I7SA 3FI5A 3HU9A 1L69A 2B75A 4DAJA 1L02A 1JTNA 1L47A 237LA 4S0WA 3L64A 1LGUA 1P6YA 125LA 230LA 3SB5A 1L80A 262LA 1CV1A 251LA 199LA 1LYFA 234LA 141LA 1G0KA 1ZURA 3G3XA 4ARPA 1C6CA 111LA 2NTHA 2RBRA 4I7KA 2F2QA 1DYGA 248LA 3HH3A 3CDOA 2ANXA 2ANVA 1L43A 1LWKA 166LA 4EKRA 1L29A 2OE7X 3HTDA 1L32A 1L0KA 110LA 2OU8A 1KNIA 1P2RA 186LA 147LA 2B72A 1L00A 2CUUA 3HH4A 1G0QA 173LA 112LA 118LA 1L27A 1LLHA 2B6YA 1C65A 4I7NA 3DN3A 3SBAA 245LA 107LA 1CTWA 163LA 1L34A 1PQKA 2IGCA 102LA 1L15A 226LA 3C7ZA 176LA 122LA 160LA 218LA 2RAZX 3HTGA 182LA 1L38A 2L78A 1L28A 1L92A 1QS5A 3GUJA 169LA 1C6KA 4ZPUA 1C6EA 1L82A 1L57A 244LA 3OE6A 3SB6A 4LDEA 3C7YA 228LA 1L30A 1L63A 1QTVA 1QSBA 2HUMA 2RB1X 119LA 3C82A 1L35A 140LA 1C6AA 130LA 3LZMA 1C6JA 1L72A 2Q9EA 4YXAC 3RUNA 150LA 1L25A 4EJ4A 1L33A 3HU8A 254LA 1L68A 131LA 1DYBA 1L11A 4I7MA 1OWZA 4W53A 1QUOA 1I6SA 1L61A 1NHBA 168LA 2HULA 1L96A 243LA 1CU0A 1L09A 4DKLA 181LA 1L79A 3HTFA 1CU6A 1DYAA 180LA 2HUKA 3HWLA 1C6NA 2B6ZA 187LA 1KY1A 172LA 3CDVA 242LA 177LA 1L55A 235LA 1L91A 1QSQA 103LA 1L77A 1KW5A 1LYJA 219LA 1PQJA 138LA 1ZYTA 210LA 257LA 3HT8A 1PQDA 1QT8A 1CUQA 3C8QA 220LA 1LGXA 1C6HA 256LA 232LA 1CV6A 3GUNA 3V2YA 151LA 1L58A 1L76A 3K2RA 1LI6A 139LA 3HUKA 185LA 3HH5A 3CDQA 3HUAA 1L66A 159LA 4LDOA 2F47A 205LA 3SB7A 3SB8A 3GUKA 3DKEX 1L0JA 1L88A 1CV4A 4I7RA 1P56A 4I7TA 1L84A 1L75A 3EMLA 4W51A 1L31A 1OWYA 1C6IA 1D3FA 3HT7A 1L16A 1L60A 1OV7A 4ARJA 1T8GA 3DN1A 4ARMB 1G1WA 1SSWA 1SWYA 1QUDA 1QTDA 3C8RA 258LA 240LA 145LA 2OU9A 2Q9DA 1L50A 1DYFA 4W54A 1LW9A 1L48A 224LA 3DN4A 1L01A 2B70A 212LA 189LA 1L08A 3PBLA 4ARLA 3DN2A 1P64A 4ARQB 3NY8A 104LA 1T8FA 1C6MA 1P5CA 171LA 1QT6A 1QT4A 1QTHA 4I7LA 1P46A 1L10A 1KS3A 252LA 216LA 4EKPA 152LA 1OVHA 108LA 253LA 2OTYX 1L67A 4PJZA 1D3MA 1D9WA 2LZMA 4I7OA 3DN6A 1K28A 1SX7A 201LA 3DMZA 1JQUA 1L59A 2O4WA 2RB2X 200LA 1QUGA 1L90A 156LA 1L65A 1L97A 249LA 1QTZA 1D3NA 184LA 2B6WA 3OE8A 2RBPA 1L52A 3D4SA 3C8SA 1C6GA 3UONA 1LYIA 2RAYX 192LA 2RBOA 164LA 1XJTA 1C6FA 1LPYA 1DYDA 198LA 146LA 1L94A 1L03A 1LYHA 3FADA 197LA 1OYUA 1SX2A 2LCBA 4IAPA 3HT6A 4I7PA 1L64A 162LA 4I7JA 227LA 4K5YA 1OV5A 3GUIA 1L18A 250LA 1LI2A 1C6LA 233LA 4YXCA 1G1VA 4I7QA 4LZMA 1WTHA 1L53A 247LA 1L20A 1L83A 123LA 3NY9A 4YX7C 143LA 1C6QA 1LGWA 1LI3A 1DYCA 1L99A 3JR6A 1PQMA 259LA 1C60A 1L05A 1JTMA 1L86A 3L2XA 175LA 1G0JA 1L54A 114LA 3F8VA 1L17A 3CDRA 149LA 1QT5A 1L37A 222LA 4W59A 3HDEA 239LA 2QARC 2RBSA 165LA 3RZEA 191LA 1QUHA 1OVKA 1L12A 1D2YA 137LA 236LA 4EXMA 1L36A 2B73A 3GUPA 1KY0A 1QS9A 2OTZX 109LA 1ZWNA 2F32A 223LA 4DJHA 4PK0A 3F9LA 1T8AA 4E97A 128LA 2NTGA 3V2WA 1C69A 1C62A 3G3VA 4EKQA 3DNAA 1SWZA 1OVJA 206LA 3HTBA 6LZMA 1L74A 1D3JA 213LA 1C61A 7LZMA 3GULA 1L98A 1L07A 241LA 2B74A 1G0GA 2B7XA 3SB9A 1L13A 1C6TA 3OE9A 1QT7A 5I14A 1CV5A 1LYDA 3C7WA 1L23A 215LA 144LA 1L04A 1L73A 1C63A 1L51A 167LA 3DMVA 1L93A 1CU3A 260LA 1CUPA 1P3NA 1C6BA 3CDTA 3DN0A 3OE0A 1QT3A 2A4TA 1L40A 1P36A 1P37A 1L49A 217LA 209LA 1PQIA 183LA 1L41A 2RH1A 2QB0B 3NYAA 1C6DA 1CU2A 1QTCA 161LA 2Z6BA 1T97A 178LA 229LA 3SBBC 1TLAA 2RBNA 3PDSA 3DMXA 4LDLA 1L95A 1C68A 1QTBA 4EKSA 1T6HA 1DYEA 3C80A 221LA 1G0PA 174LA 1C64A 4W57A 1P7SA 157LA 3FA0A 1D2WA 1PQOA 1C67A 3C81A 1L46A 1L81A 231LA 1G06A 2O7AA 225LA 1L21A 170LA 2O79A 4GRVA 188LA 4EPFA 3SN6R 4ARMA 1B6IA 1CX7A 1L22A 2OU0X 126LA 129LA 1L87A 1L44A 214LA 2B6XA 127LA 1KW7A 5LZMA 2OE9X 1G0LA 1L62A 155LA 3VW7A 1L14A 255LA 3GUOA 113LA 1LYEA 1LYGA 4W55A 1L06A 1L85A 261LA 1L42A 1L89A 2OEAX 1L56A 3HT9A 1L45A 4ARQA 2OE4X 1L24A 211LA 158LA 1XJUA 4W58A 196LA 1C6PA 2RB0X 4OO9A 3HDFA 1LWGA 1XEPA 246LA 3G3WA 3GUMA 1CX6A 1G0MA 1L70A 238LA 3HUQA 1L26A 115LA 2LC9A 4GBRB 4W52A 4EPIA 4AQNA 4W56A 1L71A 1G07A 2RBQA 1C66A 1CVKA 1L39A 1CU5A 3HH6A 3ODUA 148LE 195LA 1CV0A 190LA 1L19A 1SSYA 3DN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IC5Y 1JWRA 1WQNA 1P2LA 1GB3A 1HMLA 4HSFA 2YBHA 5APFA 1GBWA 3B6LA 5LXWA 1LSMA 3WUMA 3L64A 1GF6A 1LGUA 1UCOA 1LZ9A 2A7DA 262LA 251LA 199LA 1LYFA 1G0KA 2Z12A 1RJCB 4ARPA 1C6CA 1G7MC 1LMOA 1OUGA 2NTHA 4I7KA 1BB7A 4GN4A 1UBZA 4DD7A 1QQYA 3BKVA 4GCCA 2ANXA 3TMUA 5ILFA 1L43A 1JIYA 2ZQ4A 4ETAA 1GAZA 1ZV5L 1IWYA 1BB5A 3AJNA 1KXXA 1KNIA 1L00A 173LA 1GFTA 4XADA 5F81A 5APCA 2B6YA 2D91A 1CTWA 3EMSA 1L34A 3WW6A 160LA 218LA 3AW6A 4H90A 4DD9A 1WQOA 1QS5A 3GUJA 169LA 1C6KA 1IP7A 244LA 1LOZA 4HTKA 3GXKA 1GB8A 3SB6A 1DPWA 1L63A 2VB1A 1HC0A 2RB1X 1GBZA 1L35A 1LJFA 2MECA 4WLYA 1VDTA 4GLAA 3LZMA 1FLYA 1C6JA 1L72A 5LVKA 3TXDA 4LFPA 1CJ8A 4J0LA 4ANRA 1IC4Y 1NHBA 168LA 1OUEA 2HULA 1L09A 1F6SA 1JSFA 2XJWA 1CU6A 2HUKA 3A34A 4WL7A 3WXTA 187LA 1LHJA 4ETCA 4LT0A 1OUJA 4IJ4A 2BQNA 1QTKA 1QSQA 2W1LA 3TMVA 1LYJA 219LA 1XEIA 1KXWA 1IY4A 1FDLY 1ZYTA 257LA 5LAGA 2F30A 1TDYA 1GE4A 1IR7A 4LT1A 1IVMA 5KJ9A 1VATA 220LA 256LA 1CV6A 3WU7A 4R6CA 1L76A 4H1PA 2DKVA 4Z98A 185LA 1EQ4A 2HEAA 2F47A 205LA 3SB7A 2G4NA 1MLCE 1L88A 1LSBA 4I7RA 4QGZA 4W51A 1L16A 5I4XA 1YAQA 4B4EA 1SSWA 2EQLA 5LVIA 5LA8A 2N5ZA 3W6DA 240LA 1VDQA 1L01A 1OUCA 5E9RA 4ARLA 3DN2A 4ARQB 171LA 4YEOA 2DQEY 4LYTA 1LMCA 2X0AA 4H9HA 1K28A 3DMZA 1GF4A 200LA 156LA 3M18B 1LZBA 1QTZA 1D3NA 1L52A 3D4SA 3CT5A 1C6GA 1C7PA 2RAYX 1XJTA 1GFJA 146LA 194LA 1L94A 2LCBA 4GN3A 4HTNA 1IP3A 4I7PA 1L64A 1HSWA 3P4ZA 5I54A 1HFZA 3FE0A 1GEZA 1B7PA 4H92A 2HEBA 4NGYA 5KXWA 2DQHY 3JR6A 3EXDA 1L86A 3L2XA 1JTMA 5B06A 175LA 3LYMA 1IWUA 222LA 4RLNA 1VEDA 3B0IA 3FI7A 2DBTA 137LA 236LA 1XGUC 1GD6A 1L36A 1GE2A 3G3AB 4G4BA 4WG1A 1QUTA 4ET9A 1IR8A 4NG8A 1LSYA 5KXXA 1ZWNA 2FBDA 4PHIA 4DJHA 2XBSA 4PK0A 2NTGA 3WU8A 206LA 1JISA 1WQQA 1D3JA 213LA 4RW1A 7LZMA 1CNSA 1LJKA 3EBAB 1L98A 5FELA 4H9EA 3SB9A 3KAMA 4PPOA 1GFRA 1LYDA 3CSRA 3C7WA 2LHMA 4XJBA 4WLTA 3LYZA 3AW7A 1RI8B 3AZ6A 1C43A 3DMVA 5D5FA 1GFGA 3CDTA 5I4WA 1P36A 1BB3A 5KXSA 1JTTL 5LVJA 1PQIA 4P2EA 1YROA 2RH1A 2QB0B 6LYTA 1QTCA 1AKIA 1NF5A 4H94A 1GWDA 1CJ9A 1EQEA 3LZTA 2BQGA 3SBBC 5II3A 1TLAA 3WUNA 2ZWBA 1LJJA 5LVHA 1T6HA 5LAFA 7LYZA 4NSIA 1C64A 2BQEA 2F4AA 1PQOA 4NGZA 4OOTA 2Z38A 2O7AA 4NGIA 1GBSA 4WM2A 2Z18A 1LZ1A 3VWOA 127LA 1BWIA 1GFEA 1L62A 1GF9A 1LZCA 4H9CA 3A94A 4XJDA 2MEGA 4GCDA 5LIOA 4GCBA 1L45A 1LHIA 4QDNA 1B7OA 1P2CC 3W6FA 2HU3A 196LA 2RB0X 3OK0A 1CX6A 1G0MA 1L70A 3HUQA 2LC9A 5F9XA 1G07A 2RBQA 1OUIA 3A3QA 1GFAA 1YKYX 1F6RA 195LA 4DQ7A 190LA 1LHHA 4DD2A 1IORA 3DN8A 2IFFY 1HENA 2ZILA 4YF2A 1LYOA 1CV3A 1IY3A 2MEEA 4TWSA 5E4PA 1GAYA 2Y8PA 3FI5A 1QIOA 1L02A 237LA 1LSFA 1PZYA 1DKKA 3P68A 1LZNA 1P6YA 125LA 3SB5A 1L80A 5KXOA 5F16A 1CV1A 1JTOL 1XGQC 1UIFA 4O34A 141LA 3G3XA 1OUAA 2RBRA 3J6KA 2F2QA 5M1YA 2MEDA 248LA 1IWXA 2HUBA 2MEAA 166LA 1L29A 1JEFA 2OU8A 1HERA 1P2RA 147LA 1I56A 2CUUA 3P66A 118LA 3A3RX 2BAAA 1FBIX 1WQPA 1C65A 2YBNA 4I7NA 1JKCA 2BQJA 1IOSA 5IHGA 5A3EA 2IGCA 1IWWA 3AZ4A 2RAZX 4B49A 1L92A 2YBJA 1C6EA 1ALCA 1XGTC 4QEQA 4H9FA 1B7RA 1L30A 1YAMA 2HUMA 1UIHA 3C82A 1LZ6A 4LYOA 3RNXA 1WTMA 4XJIA 5KXLA 1IP1A 4NSJA 2Q9EA 1TBYA 4EJ4A 3HU8A 1QDRA 1LMPA 1OWZA 3W6BA 4W53A 1OP9B 1QUOA 4HV2A 1HELA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IC5 Y;  1JWR A;  1WQN A;  1P2L A;  1GB3 A;  1HML A;  4HSF A;  2YBH A;  5APF A;  1GBW A;  3B6L A;  5LXW A;  1LSM A;  3WUM A;  3L64 A;  1GF6 A;  1LGU A;  1UCO A;  1LZ9 A;  2A7D A;  262L A;  251L A;  199L A;  1LYF A;  1G0K A;  2Z12 A;  1RJC B;  4ARP A;  1C6C A;  1G7M C;  1LMO A;  1OUG A;  2NTH A;  4I7K A;  1BB7 A;  4GN4 A;  1UBZ A;  4DD7 A;  1QQY A;  3BKV A;  4GCC A;  2ANX A;  3TMU A;  5ILF A;  1L43 A;  1JIY A;  2ZQ4 A;  4ETA A;  1GAZ A;  1ZV5 L;  1IWY A;  1BB5 A;  3AJN A;  1KXX A;  1KNI A;  1L00 A;  173L A;  1GFT A;  4XAD A;  5F81 A;  5APC A;  2B6Y A;  2D91 A;  1CTW A;  3EMS A;  1L34 A;  3WW6 A;  160L A;  218L A;  3AW6 A;  4H90 A;  4DD9 A;  1WQO A;  1QS5 A;  3GUJ A;  169L A;  1C6K A;  1IP7 A;  244L A;  1LOZ A;  4HTK A;  3GXK A;  1GB8 A;  3SB6 A;  1DPW A;  1L63 A;  2VB1 A;  1HC0 A;  2RB1 X;  1GBZ A;  1L35 A;  1LJF A;  2MEC A;  4WLY A;  1VDT A;  4GLA A;  3LZM A;  1FLY A;  1C6J A;  1L72 A;  5LVK A;  3TXD A;  4LFP A;  1CJ8 A;  4J0L A;  4ANR A;  1IC4 Y;  1NHB A;  168L A;  1OUE A;  2HUL A;  1L09 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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