2LYM | Genus

Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	45
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__269515949455685__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__269515949455685__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2lym/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__269515949455685__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"269515949455685","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2lym/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__269515949455685__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd50b790fea93bf241b736/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd50b790fea93bf241b736/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd50b790fea93bf241b736/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd50b790fea93bf241b736/pdb.gz): 182 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (o-glycosyl)
source organism	Gallus gallus
publication title	Crystal structure of hen egg-white lysozyme at a hydrostatic pressure of 1000 atmospheres. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus	45
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1987-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	2lymA00

1GF6A 1WQRA 4HJVA 5LVKA 5II3A 1FN5A 3A95A 1GE1A 3LYOA 1OUFA 4WM1A 1CJ6A 1LZ9A 4WLDA 4TWSA 1G7MC 1YKYX 5E9RA 2LZ2A 4H90A 4H91A 1NDGC 3BKHA 4QGZA 4ET9A 4NGZA 1D0KA 2YBIA 3TMWA 3N9AA 1IP4A 3QY4A 1REYA 4XJFA 1W08A 1G7IC 1IP1A 2A7FA 1EL1A 4GCEA 4GCFA 1LMCA 4E3UA 4HTKA 3LZ2A 1CKGA 2CWIA 6LYZA 1J1PY 5KXTA 1T3PA 1DZBX 1B5YA 4H93A 1D6PA 2MEDA 3G3AB 2BQIA 2CJLA 2C8OA 3CSQA 1GBXA 4LZTA 1C46A 1LHHA 1GF9A 1IP3A 1LKSA 1QTKA 2ZQ3A 4J1AA 1UICA 3P66A 4WLXA 4ZFPA 4WLYA 3AZ6A 4J1BA 2D6BA 2RSCA 1NBYC 3WVXA 3T6UA 1HMLA 1YL1X 1GB7A 2BQDA 5I5QA 4TX7A 1JTOL 4G4HA 1XGRC 1J1XY 1JTTL 1HENA 4IATA 1OUJA 5APEA 3ZVQA 1JJ0A 1LKRA 4OWAA 3F6ZA 1LZ4A 4AXTA 2DQCY 4HJYA 1GB5A 1UBZA 1WQOA 1KXXA 1BWHA 1GB8A 1BGIA 2FYCA 1YAPA 3FI7A 1B7PA 3J4GA 4YEOA 5APFA 1LZYA 4G9SA 2X0AA 4TSBA 5ILFA 5J7CA 4PGJB 5DM9A 1WQMA 1B5WA 4YF2A 2NWDX 3HFMY 1CKFA 1GF3A 2FBDA 4WL6A 4DD3A 5KY1A 5F9UA 1LJJA 135LA 1AKIA 2BLYA 5FCPA 4H92A 208LA 1LSBA 3OK0A 1GFJA 1B5UA 5LAGA 4N5RA 1GD6A 1YKZX 3TXIA 1LCNA 3B0OA 3CB7A 4B1AA 1HEPA 4RLMA 1LZRA 1GFTA 3B6LA 194LA 2CGIA 2D4JA 2EKSC 1HELA 3W6BA 9LYZA 3A93A 1GB0A 1VDQA 4WM3A 4EOFA 2ZILA 1GE3A 4NGJA 4OWEA 2DQDY 1G7HC 1LZ8A 1IWVA 1WVVA 2BAAA 4ETAA 1GXXA 4NGOA 3WUNA 2BQMA 4KL7A 4GLVA 1XSFA 3TXBA 1LZTA 1IOTA 2PC2A 1A4VA 1OUGA 1W6ZA 4WL7A 1DXJA 1QDRA 3ATOA 1JIYA 1RFPA 1REZA 1LAAA 2EQLA 3EO5A 3P65A 4LYZA 4BS7A 1GF0A 3A92A 1BVXA 1JKBA 3P64A 4H8ZA 3MGWA 4B0DA 4OOTA 4KXIA 1D0LA 1NKHA 1VDTA 1XGUC 2Z18A 1LPIA 2Z2EA 1LMPA 4WM2A 2XJWA 1FLUA 1DKKA 3BKVA 3E3DA 2BQBA 2LYMA 5IELA 1GFVA 153LA 5FELA 1F6RA 2W1YA 2Z12A 2YDGA 4NFVA 5LVHA 2LHMA 1GBOA 4LFPA 4RLNA 5KXYA 4B49A 1LZEA 5KXPA 3AJNA 1C08C 1KIPC 2ZWBA 4H9FA 4CFPA 5JENB 4G4CA 2HEEA 5B06A 5T3FA 4B4JA 1EQEA 1GE4A 4P2EA 4XJGA 3P68A 4HTQA 1B7QA 5LA8A 1BB3A 1JJ3A 1C45A 1JHLA 5A3EA 5KXWA 1BB6A 1UCOA 1GFKA 3M18B 1LSAA 5L3IA 4PRQA 4WMGA 4TUNA 4O34A 4WG1A 3TXFA 1N4FA 5D5CA 2HU1A 1ALCA 3FE0A 4GCBA 1XFPL 1FBIX 1REXA 4DD9A 2F4GA 2Z39A 3WU9A 1CKDA 1EQ4A 1PS5A 3W6EA 4DD0A 4OW1A 2FBBA 4HPEA 1WTNA 1TCYA 2ZQ4A 1GFEA 3A8ZA 1GEVA 1B9OA 4H9CA 1QUSA 1F10A 3CQLA 4II8A 1RJCB 4NHPA 4ETEA 5A3ZA 3AZ5A 1HEMA 4N1CC 4UWNA 1FLQA 1GE2A 1CJ9A 1IC7Y 2N5ZA 1IP7A 4DDAA 1BQLY 1KXWA 1TAYA 1YAMA 3TXGA 4EMNA 1LYZA 4N9RA 1HNLA 5E4PA 5APCA 3LZTA 4U3XB 1B5VA 1GXV2 1WQPA 2DQEY 1HEQA 1AT5A 2F4AA 2W1XA 3LYZA 1YAOA 2BQEA 1LMOA 3GXRA 2DQJY 4WO9A 4GLAA 1INUA 1LZNA 1GFRA 1LMQA 1IWTA 3A3QA 5KXRA 1MELL 5HMJA 134LA 4MSTA 1GF8A 5LVIA 3WU7A 2ZIKA 3AYQA 1UA6Y 5B05A 1B5XA 2MEFA 2BQKA 1CKCA 1LZSA 1NQIA 5LAFA 1IORA 4TSCA 3D9AC 1TDYA 1UIDA 2G4QA 5ILCA 1NHEA 132LA 1LMAA 1NDMC 2XTHA 3IJUA 4XADA 4B4IA 3ULRA 1LSGA 3LHMA 4WM4A 2BQNA 5APDA 4D9ZA 4ETDA 4QY9A 4H9BA 5DN5A 1LZAA 3KAMA 1JKAA 3GXKA 1I20A 4J7VA 5B1GA 4ANRA 4RW1A 4WM6A 3WU8A 1LZBA 1CKHA 1VEDA 4YOPA 3WXTA 3W6DA 2I26L 1LSFA 1NWGA 1DKJA 3A3RX 3AGHA 2YBMA 4H9AA 1FKVA 1JKDA 4N1EI 3TXDA 1LZ6A 1LZGA 1LZ1A 3A90A 4NWEA 3IJVA 4OWHA 1GHLA 1GEZA 1GBWA 2XBRA 5F16A 3WPLA 4ETBA 1GBSA 1IR9A 1QIOA 4FDYA 2HTXA 3RT5X 4C5FA 1JUGA 1LJGA 1YL0X 1LHJA 4OOOA 1HF4A 1UIBA 1HMKA 4DYGA 5LVGA 1IEEA 5IHGA 5K7OA 2DQFC 4UWUA 3K3TA 1VFBC 4B4EA 3AZ7A 4DD7A 1IY3A 2IFFY 3AW7A 1FKQA 1EQ5A 1G7LC 1LZCA 1BWIA 4HP0A 2YSSC 1H87A 2BQGA 3CT0A 4HV2A 4NEBA 1D9UA 4N8ZA 2FYDA 1KIQC 1D6QA 1IWWA 1QUTA 5HNLA 1B5ZA 133LA 2C8PA 1QDTA 2Z19A 4HJZA 2ZYCA 4NSGA 4OWBA 5L3HA 1RI8B 4Z41A 1OUAA 5DN4A 1BWJA 1T6VL 1C7PA 4XJIA 1DI3A 3TXJA 2XBSA 5KKIA 1JITA 1B7SA 5LINA 3D3DA 2H5ZA 4HV1A 1B7LA 4M6DA 4YM8A 1GB3A 1BB5A 4R0FA 3N9EA 1GAZA 3AB6A 5FEKA 5LYZA 1YQVY 4DWXA 4LT0A 1JEFA 2I25L 2MEGA 3QNGA 1PZYA 4NGIA 5C6JA 1OQMA 4CFOA 1DPXA 1JJ1A 1BB7A 2F2NA 207LA 4YENA 1OP9B 4HSFA 1O23A 2Z2FA 1GWDA 1UACY 4NSIA 3WW6A 3A91A 3A6BY 4DT3A 1C43A 3WL2A 4NY5A 4QDNA 3WYHA 2HEFA 1OUCA 1XEIA 2EPEA 4XJDA 1OUDA 1YIKA 2LYOA 4W96A 1ZMYL 3P4ZA 4LYCA 1DI5A 2MEIA 3WVYA 1GFHA 1LTMA 5I54A 1OUHA 1IVMA 4WM5A 4MR1A 4NHSA 5KXOA 2ZIJA 1B0DA 1KIRC 3B0IA 4LYMA 4NG8A 5F81A 5I4YA 5I4XA 2MEHA 3CSRA 5C6IA 1BHZA 2G4NA 2YBNA 1YROA 3EMSA 1LSEA 4GCDA 4PRUA 1JISA 1I1ZA 1NBZC 3EXDA 1DPWA 4HPIA 5HNCA 4FJRA 4LYOA 2D4IA 4H94A 4I0CA 4KPMA 2GV0A 1LHMA 4X3BA 1LMNA 2W1LA 5DLAA 3W6AA 5KXZA 1LJFA 5F9XA 1IP2A 1UUZC 1F6SA 1JTPL 1ZVHL 3CT5A 5L9JA 4ET8A 8LYZA 1LYSA 1IC5Y 2LYZA 1KXYA 1JSEA 2D4KA 4NHIA 1WVUA 1CJ8A 1LSYA 4GN3A 1HSWA 1HFXA 1IO5A 3WUAA 4Z46A 2BPUA 1LHKA 2VB1A 4PJ2C 1JPOA 4NG1A 3WPJA 1B7RA 3WH1A 1XGPC 4G49A 1E8LA 4OWCA 3J6KA 4GN4A 2DQGY 4BAPA 4BAFA 2AUBA 3W6FA 2HU3A 1LOZA 1G7JC 3OJPA 1LHIA 5HQ1A 1IOSA 4NHQA 5HMVA 5C6LA 4G4BA 4WOAA 2G4PA 1GF5A 1CNSA 1XGQC 2IHLA 3IWRA 5LYMA 3W3EA 1Z55A 1LJNA 3TXEA 3LYTA 1QQYA 1GE0A 2Y8PA 3A94A 4NSHA 3WUMA 1GAYA 3EBAB 4BADA 4RDSA 4ZIXA 4PPOA 4DDCA 1GDWA 1YKXX 4L41A 3WULA 2ZYPA 1IOCA 1FLWA 4NGYA 3W6CA 1UIHA 5LYTA 2BQLA 4IASA 2H9JA 1DI4A 1XGTC 4XN6A 1B7MA 1GF7A 1QSWA 1YILA 2YBHA 4J0LA 4I8SA 3WXUA 1FLYA 5KKJA 1RCMA 4H9EA 2MECA 4WLTA 3RZ4A 4RW2A 1JKCA 1LSPA 5I4WA 4H9IA 3CSZA 5DL9A 5AMYA 1LZ5A 1VAUA 1GB2A 5LXWA 4GCCA 2HUBA 4WO6A 1LJHA 2H9KA 1GPQC 4ZEEA 2BQHA 1GB9A 5LVJA 1GFGA 1QSAA 1IX0A 2BLXA 2Z38A 1P2CC 1SLYA 1ZV5L 2A7DA 1IWXA 2ZNXY 1OUIA 2WARA 1AM7A 1C10A 2BQAA 4QEQA 3B72A 4DC4A 1B7OA 2BQOA 2YBJA 154LA 5FSTA 4C3WA 4LYBA 5B59A 1GB6A 193LA 1VDSA 1DQJC 1LJIA 4YEMA 4CHXA 1HC0A 5FDJA 4M4OA 3RU5A 2DQHY 4NSJA 1JWRA 5M1YA 5B07A 3B0KA 4LT3A 5LIOA 2ZNWY 1WQNA 3A34A 3QE8A 4CGEA 4PHIA 4LYTA 4NGKA 3WMKA 1TBYA 2HEDA 3AZ4A 3SP3A 1CJ7A 2I6ZA 3WPKA 1LHLA 5KJ9A 5B1FA 3A6CY 3HBDA 3RNXA 1HSXA 2Z37A 4AGAA 1LSDA 5EBHA 1HEWA 4XYYA 5KXNA 5KXLA 2EIZC 1IOQA 4XJBA 2F30A 2Q0MX 1IWUA 1UIEA 1RE2A 2DKVA 1HFZA 4H9HA 4LT2A 4NIJA 1IC4Y 1GFUA 3ZVQB 2YVBA 4WG7A 4XJHA 4MCKA 4NWHA 1OUEA 1SQ2L 3T36A 1IIZA 4DDBA 4GN5C 4H1PA 1LSMA 3CT1A 3LYMA 1IP6A 1LYYA 1J1OY 1LSCA 1XEJA 4HTNA 2BQCA 4W94A 4DD1A 1MLCE 4DD2A 1BB4A 1JSFA 3AW6A 4NGVA 1B7NA 1V7SA 1WQQA 3TMUA 5FHWA 5D5FA 2DQIY 1VATA 7LYZA 4CJ2A 1UIAA 1WTMA 1GF4A 1LJ3A 4TTDA 1LJ4A 1B2KA 1H6MA 1LYOA 3A96A 3HBHA 4NGLA 1IWZA 3VWOA 5F14A 1UIGA 2MEEA 4KT3A 5HLLA 3WW5A 5KXMA 1HFYA 2YBLA 4H8YA 2CDSA 1GFAA 1ZVYB 1GDXA 1YAQA 1UC0A 4LFXA 3TXHA 3G3BB 1BVKC 3M3UA 1GBYA 1LSZA 1HERA 1OUBA 2LZTA 1QTEA 4IJ4A 5LA5A 4Z3MA 1GBZA 1LJKA 3TMXA 3HBEX 1V7TA 3N9CA 4ML7A 1D0MA 3RW8A 1LZDA 1LMTA 2B5ZA 1REMA 3ATNA 1AZFA 1UIFA 3ZEKA 1LSNA 1HHLA 4H8XA 4LGKA 4UWVA 6LYTA 3AGIA 2HEBA 3LN2A 4N0JA 2BQFA 1LJEA 3TMVA 1NMMA 4NHTA 5KXXA 2MEBA 2MEAA 4LT1A 4ETCA 1IWYA 2DBTA 4NGWA 5I53A 1NF5A 1XEKA 1A2YC 5KXSA 2DQAA 1IP5A 1YANA 4R6CA 5KXKA 1F0WA 2D91A 2W1MA 2HECA 1VDPA 4Z98A 3AGGG 1IR7A 1TEWA 3TXKA 5IDDA 4A7DA 1AT6A 1HEOA 3A67Y 2HEAA 1FDLY 2BQJA 4XENA 1IY4A 1I56A 1IR8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF6 A;  1WQR A;  4HJV A;  5LVK A;  5II3 A;  1FN5 A;  3A95 A;  1GE1 A;  3LYO A;  1OUF A;  4WM1 A;  1CJ6 A;  1LZ9 A;  4WLD A;  4TWS A;  1G7M C;  1YKY X;  5E9R A;  2LZ2 A;  4H90 A;  4H91 A;  1NDG C;  3BKH A;  4QGZ A;  4ET9 A;  4NGZ A;  1D0K A;  2YBI A;  3TMW A;  3N9A A;  1IP4 A;  3QY4 A;  1REY A;  4XJF A;  1W08 A;  1G7I C;  1IP1 A;  2A7F A;  1EL1 A;  4GCE A;  4GCF A;  1LMC A;  4E3U A;  4HTK A;  3LZ2 A;  1CKG A;  2CWI A;  6LYZ A;  1J1P Y;  5KXT A;  1T3P A;  1DZB X;  1B5Y A;  4H93 A;  1D6P A;  2MED A;  3G3A B;  2BQI A;  2CJL A;  2C8O A;  3CSQ A;  1GBX A;  4LZT A;  1C46 A;  1LHH A;  1GF9 A;  1IP3 A;  1LKS A;  1QTK A;  2ZQ3 A;  4J1A A;  1UIC A;  3P66 A;  4WLX A;  4ZFP A;  4WLY A;  3AZ6 A;  4J1B A;  2D6B A;  2RSC A;  1NBY C;  3WVX A;  3T6U A;  1HML A;  1YL1 X;  1GB7 A;  2BQD A;  5I5Q A;  4TX7 A;  1JTO L;  4G4H A;  1XGR C;  1J1X Y;  1JTT L;  1HEN A;  4IAT A;  1OUJ A;  5APE A;  3ZVQ A;  1JJ0 A;  1LKR A;  4OWA A;  3F6Z A;  1LZ4 A;  4AXT A;  2DQC Y;  4HJY A;  1GB5 A;  1UBZ A;  1WQO A;  1KXX A;  1BWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2LYMA

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Chain Sequence

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