2LZMA

Structure of bacteriophage t4 lysozyme refined at 1.7 angstroms resolution
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
3H1 (159-161)AH1 (3-11)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH5 (93-106)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structure of bacteriophage T4 lysozyme refined at 1.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1986-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lzmA00
104LA 151LA 1L32A 1L38A 1XEPA 1L99A 3V2YA 167LA 4ZPUA 119LA 149LA 1L10A 1L52A 1G07A 215LA 1C61A 3RZEA 1L07A 2RBSA 1P5CA 1QTDA 3C7YA 1XJTA 1OVKA 3DMXA 1G0MA 224LA 4EPIA 2CUUA 4ARLA 188LA 3GULA 3HUQA 1L74A 1QT4A 1KY1A 1L42A 222LA 1D3NA 178LA 1L35A 1KS3A 145LA 3UONA 1L56A 168LA 1C6NA 200LA 2B75A 4I7NA 2RAZX 1LPYA 1L26A 238LA 2OTZX 185LA 209LA 1L04A 2ANVA 103LA 4EXMA 216LA 2RAYX 3HH6A 1L51A 249LA 1P56A 3C8QA 3RUNA 2OE9X 2OEAX 3JR6A 1LI2A 231LA 1L80A 1G0KA 3HT8A 2LCBA 1G0JA 1LYDA 1C6AA 1G0GA 164LA 1L02A 156LA 182LA 1L98A 3CDTA 3SB6A 3LZMA 1DYGA 3SBAA 1LI3A 3HTDA 126LA 2B73A 1L79A 1P2RA 1D2YA 3C83A 2B6YA 4W58A 1CX6A 3GUJA 4K5YA 1QS5A 1L15A 1C6KA 4GBRB 1C6EA 3G3XA 1L09A 4YXAC 1G1VA 1L06A 1QUGA 255LA 2A4TA 4I7LA 1C6PA 1L23A 1T97A 1C69A 1KW5A 2O79A 180LA 2RB0X 175LA 3C8SA 4ARQB 1JTNA 2HUMA 2B72A 210LA 4W57A 1L05A 1OWZA 1L87A 4I7TA 4AQNA 3HUAA 1T8FA 1QT8A 1L90A 1L64A 1WTHA 2QB0B 234LA 2B74A 3HDFA 2OU9A 2HULA 108LA 3C7ZA 3HH5A 2RBNA 2OE7X 111LA 1L19A 170LA 127LA 1OV5A 1JTMA 1L17A 1L20A 257LA 3L64A 1DYCA 1CUPA 1C6BA 1OWYA 114LA 230LA 1L43A 2RBPA 4EKRA 198LA 1L40A 3OE8A 3HT6A 1L77A 191LA 1LYJA 246LA 1SSYA 3DMVA 2F2QA 1L39A 3SN6R 4ARMA 3C7WA 1L18A 186LA 1SX2A 3GUIA 147LA 1OYUA 2RBQA 4IAPA 2LC9A 1C6GA 1QSBA 1QT7A 1L45A 139LA 4EKPA 1L03A 259LA 3HH3A 1DYEA 1L55A 240LA 1L66A 3SB8A 141LA 1L21A 1G06A 252LA 3QAKA 3DMZA 1SWZA 1DYBA 1L41A 158LA 1L00A 4PK0A 3OE6A 3CDRA 1SWYA 1L76A 1QUOA 1QT5A 4W53A 1LYGA 165LA 192LA 1CUQA 1CU2A 4EPFA 163LA 1CV0A 3GUKA 2IGCA 142LA 5LZMA 1L62A 1D3MA 1K28A 1L88A 4W55A 4EKSA 160LA 212LA 1OVHA 3F9LA 1L48A 1NHBA 3PBLA 174LA 3VW7A 1L25A 1C6IA 3OE0A 1L69A 4DKLA 1EPYA 172LA 233LA 236LA 1PQOA 171LA 1L44A 1G0PA 1PQJA 183LA 1PQKA 1T6HA 1ZWNA 1CV1A 125LA 1L83A 1L33A 1P46A 109LA 1C6TA 2B70A 4YXCA 1C63A 261LA 1C6CA 1CV5A 223LA 1XJUA 4S0WA 146LA 1CV3A 1LYFA 1C67A 1QTBA 1L01A 4I7PA 2B6WA 169LA 4EKQA 2ANXA 4GRVA 1CVKA 1L84A 1PQIA 181LA 3SB9A 155LA 1DYDA 2RH1A 2Q9DA 1SSWA 1P2LA 1QTVA 2RB1X 6LZMA 3SB7A 254LA 1QT6A 221LA 1KNIA 1C68A 1LWKA 1C6QA 1C64A 1L13A 1LYHA 112LA 1L85A 1QS9A 1DYFA 1L81A 2OTYX 199LA 4W56A 3HH4A 3DN0A 3DN8A 1L70A 1LWGA 1DYAA 1LGUA 2OU0X 3OE9A 247LA 245LA 3HTGA 3HDEA 1L92A 235LA 1L91A 1ZYTA 1OV7A 228LA 1I6SA 1L63A 2RBOA 4E97A 118LA 1L96A 197LA 232LA 4LDLA 1C65A 150LA 4I7SA 1KW7A 1C62A 2Q9EA 3CDVA 138LA 1L54A 1CX7A 1TLAA 3DN6A 1QUHA 1L08A 1CU6A 128LA 201LA 2OU8A 219LA 2Z6BA 3DN1A 3DN3A 1L86A 120LA 3G3WA 3HT9A 1C6DA 253LA 1QSQA 3C8RA 4I7QA 3NY9A 248LA 143LA 4DAJA 1CTWA 1L58A 1L12A 211LA 250LA 123LA 220LA 2RBRA 3GUOA 2B6TA 107LA 2B7XA 1OVJA 1C6HA 1L11A 1L46A 2RB2X 1L30A 1L57A 1L22A 1L16A 1T8AA 2NTGA 4YX7C 1L31A 1L95A 4PJZA 1L29A 187LA 1CV4A 137LA 1L61A 262LA 3DN4A 4ARJA 3NYAA 3HUKA 1P3NA 1LYIA 113LA 1L24A 173LA 1LI6A 157LA 3HT7A 3HU9A 144LA 176LA 1ZURA 4EJ4A 3FADA 1L97A 1C6JA 1L71A 241LA 190LA 1C6LA 161LA 1C66A 2HUKA 3GUPA 3GUMA 217LA 1L28A 4ARQA 4I7RA 1D3JA 4W52A 1L50A 1QT3A 3PDSA 1G1WA 1L82A 3L2XA 1CU5A 1L14A 3G3VA 131LA 4I7JA 3C82A 177LA 4W59A 4ARMB 3ODUA 2NTHA 1L72A 1L47A 206LA 1L49A 1L93A 2B6XA 4LDOA 152LA 4DJHA 218LA 1LLHA 258LA 1G0LA 1L59A 3SB5A 226LA 4W54A 3DKEX 4I7MA 1P64A 243LA 3F8VA 227LA 195LA 1QUDA 205LA 1L67A 110LA 1D9WA 2QARC 1D2WA 1LYEA 256LA 130LA 140LA 1LW9A 2L78A 2O4WA 251LA 237LA 1B6IA 162LA 242LA 1L37A 214LA 1L65A 1C6FA 1P36A 225LA 1L0KA 1L27A 3FI5A 4OO9A 148LE 4W51A 3NY8A 159LA 2F32A 2OE4X 3CDOA 1G0QA 1PQDA 1L0JA 2LZMA 1C60A 3HTFA 1L68A 4I7OA 1L94A 196LA 1CV6A 3C80A 166LA 1L73A 5I14A 1P37A 1LGWA 1LGXA 1L75A 3SBBC 1JQUA 2F47A 3EMLA 3DNAA 1L53A 244LA 7LZMA 2O7AA 3HU8A 1KY0A 1PQMA 2B6ZA 3GUNA 1T8GA 3FA0A 129LA 3DN2A 229LA 1L89A 213LA 189LA 1QTZA 4LDEA 1D3FA 122LA 3K2RA 260LA 3CDQA 1L34A 4LZMA 3D4SA 3V2WA 4I7KA 239LA 1SX7A 115LA 1L36A 1L60A 1QTCA 1P7SA 3C81A 4ARPA 102LA 1CU0A 3HTBA 1QTHA 184LA 1CU3A 1C6MA 3HWLA 1P6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
104LA 1RI8B 1GAZA 1L99A 1G07A 3ZEKA 3K3TA 215LA 1QTDA 1REXA 4N0JA 3RW8A 1LZTA 1G0MA 224LA 2CUUA 3HUQA 1L74A 1QT4A 2BQLA 222LA 2W1MA 2DQEY 3WXUA 178LA 1KXWA 1GB6A 1LSYA 1KS3A 3UONA 3M3UA 168LA 1XEJA 1LSPA 2B75A 1VDPA 1JTPL 2RAZX 1LYYA 238LA 1YKZX 103LA 5FSTA 4ZIXA 1EQ5A 1VDSA 4H9BA 1IVMA 1OUIA 1G7JC 3HT8A 2LCBA 1LZ1A 3RZ4A 1LZDA 3TXJA 5AMYA 1FLYA 2FYDA 4GCCA 3GUJA 1BB6A 4NGLA 3AGHA 1C6KA 3CSQA 1LJ3A 2BLXA 4I7LA 4TX7A 4X3BA 1C6PA 1FLWA 4NHSA 2HEFA 2RB0X 3OK0A 2HUMA 4NGVA 3AGGG 1AZFA 4LYCA 4I7TA 1QDTA 4H93A 3WW5A 3HH5A 1L19A 127LA 4DQJA 2DQHY 1L20A 4YM8A 3W6DA 2RBPA 1BWHA 3OE8A 1O23A 3HT6A 1B9OA 5B07A 1LYJA 2BQOA 2F2QA 4ARMA 1IP3A 1BB3A 1IP2A 1LZEA 2H9KA 3WPKA 3CB7A 2EIZC 1L03A 5KXWA 1DYEA 3LN2A 1GB3A 2DQGY 1L55A 5F9XA 1BGIA 2ZYPA 4NEBA 4LYOA 2VB1A 1UIEA 3DMZA 1SWZA 1DYBA 5APEA 1L00A 3CDRA 1IWXA 4LFXA 1RJCB 4YENA 4NGWA 3B6LA 165LA 192LA 1CJ6A 5IELA 1CU2A 2YBJA 1IEEA 4KXIA 4EOFA 2RSCA 2CGIA 3AYQA 2IGCA 4NSGA 1YAMA 1D3MA 2C8PA 3B0KA 4W55A 1B7NA 1LSFA 1H87A 3F9LA 1NBZC 4WM3A 3PBLA 4FJRA 1N4FA 233LA 3A6BY 1FLUA 3A94A 1G0PA 4HJYA 2ZILA 4UWVA 125LA 5E4PA 1XJUA 4HJZA 1LYFA 2ZQ3A 4EKQA 1D0KA 181LA 1B7MA 1G7HC 2RH1A 4TUNA 1ZVHL 2Q9DA 4XJFA 4OWCA 1QT6A 221LA 1C68A 2FBBA 1IP6A 1C6QA 5C6IA 4J1BA 1QS9A 1DYFA 4J7VA 2OTYX 1VDTA 1GFAA 4LYBA 1YKYX 4OWEA 3DN8A 4DD9A 1LJKA 1DYAA 1B5ZA 2ZWBA 3OE9A 3CT5A 247LA 4YEMA 4NGZA 1JITA 1OUDA 1KIPC 4NG1A 4E97A 5F81A 118LA 1YIKA 4NGKA 4W94A 5F9UA 4I7SA 1KW7A 1C62A 1J1XY 1B5WA 138LA 1L54A 2HEDA 1QUHA 3A91A 201LA 3DN3A 4H8YA 3ATOA 4HPIA 5LAFA 120LA 1HF4A 1C6DA 1JKDA 1YROA 253LA 4NHPA 3T6UA 3NY9A 143LA 1L12A 1NF5A 211LA 1XGQC 4DD2A 2I6ZA 3LYZA 4HPEA 1T3PA 3WH1A 1GFVA 1L57A 1L16A 4ETDA 4LT2A 4YX7C 1L31A 4CFPA 3ZVQA 4LZTA 1F6RA 187LA 1A2YC 1L61A 1IWZA 262LA 4GLAA 173LA 1LI6A 3HT7A 1D0MA 3HU9A 1XGPC 176LA 3FADA 1L71A 2A7FA 1NMMA 1C6LA 161LA 3GUMA 4WG7A 3AZ4A 2NWDX 4H90A 1B7PA 5EBHA 3G3VA 3C82A 4W59A 1GWDA 1CJ9A 2BPUA 1L47A 1LZYA 4NIJA 3SB5A 1IP1A 2MEBA 1P64A 5K7OA 3IJUA 1HFZA 205LA 1D9WA 5M1YA 256LA 1IX0A 1DXJA 130LA 2O4WA 1QTEA 4B4IA 2D4IA 4B0DA 3AZ6A 225LA 3A96A 1V7SA 1L0KA 4U3XB 1GB5A 4XJGA 1DPXA 1REMA 3GXKA 2OE4X 4MR1A 1G0QA 1SQ2L 2YVBA 4PJ2C 4Z98A 1IR9A 3QNGA 1L94A 1IC4Y 1LCNA 1LJFA 1UC0A 4TTDA 3W6FA 1B2KA 1JQUA 1WQOA 3EMLA 1L53A 244LA 2HTXA 7LZMA 1XEIA 1PQMA 3FA0A 3DN2A 1FKQA 1LHIA 2LYMA 3TXGA 2H5ZA 3CSRA 1SLYA 3IJVA 1C43A 1UA6Y 1D3FA 9LYZA 1L34A 4LZMA 4DYGA 239LA 4KT3A 1MLCE 1L60A 3P65A 5HLLA 2HECA 1GFGA 102LA 3HTBA 1QTHA 3A93A 1AT5A 2AUBA 5KY1A 3HWLA 4DD0A 3A95A 3W6CA 3V2YA 1L38A 1XEPA 4B4EA 4ZPUA 119LA 149LA 1C61A 4OW1A 1L07A 2RBSA 5LA8A 1XJTA 3TXFA 1OVKA 3DMXA 4N1CC 1LSAA 4EPIA 4G49A 188LA 4ETBA 1WQPA 3D3DA 1L42A 4HJVA 1IOSA 1LAAA 5KJ9A 1L35A 4MCKA 5F16A 5LYTA 145LA 2EKSC 1YAQA 2DQIY 1XGUC 4DDBA 5LXWA 1LMCA 3KAMA 3WW6A 4OWHA 3RNXA 4H9CA 1LPYA 1L26A 1QUSA 2OTZX 4H9IA 5T3FA 4QEQA 216LA 3HH6A 249LA 1P56A 1UICA 3TXIA 2OEAX 3LZTA 3LHMA 4TSCA 1G0KA 4LYZA 5L3IA 1G0GA 4G9SA 164LA 3SB6A 1TEWA 3LZMA 1DYGA 3SBAA 1JKAA 3HTDA 2XQOA 133LA 4WL7A 126LA 194LA 3LYOA 1L79A 2ZIKA 4WM5A 4UWNA 3WVXA 4XJHA 2BQNA 4K5YA 5APFA 1B0DA 4XENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 104L A;  1RI8 B;  1GAZ A;  1L99 A;  1G07 A;  3ZEK A;  3K3T A;  215L A;  1QTD A;  1REX A;  4N0J A;  3RW8 A;  1LZT A;  1G0M A;  224L A;  2CUU A;  3HUQ A;  1L74 A;  1QT4 A;  2BQL A;  222L A;  2W1M A;  2DQE Y;  3WXU A;  178L A;  1KXW A;  1GB6 A;  1LSY A;  1KS3 A;  3UON A;  3M3U A;  168L A;  1XEJ A;  1LSP A;  2B75 A;  1VDP A;  1JTP L;  2RAZ X;  1LYY A;  238L A;  1YKZ X;  103L A;  5FST A;  4ZIX A;  1EQ5 A;  1VDS A;  4H9B A;  1IVM A;  1OUI A;  1G7J C;  3HT8 A;  2LCB A;  1LZ1 A;  3RZ4 A;  1LZD A;  3TXJ A;  5AMY A;  1FLY A;  2FYD A;  4GCC A;  3GUJ A;  1BB6 A;  4NGL A;  3AGH A;  1C6K A;  3CSQ A;  1LJ3 A;  2BLX A;  4I7L A;  4TX7 A;  4X3B A;  1C6P A;  1FLW A;  4NHS A;  2HEF A;  2RB0 X;  3OK0 A;  2HUM A;  4NGV A;  3AGG G;  1AZF A;  4LYC A;  4I7T A;  1QDT A;  4H93 A;  3WW5 A;  3HH5 A;  1L19 A;  127L A;  4DQJ A;  2DQH Y;  1L20 A;  4YM8 A;  3W6D A;  2RBP A;  1BWH A;  3OE8 A;  1O23 A;  3HT6 A;  1B9O A;  5B07 A;  1LYJ A;  2BQO A;  2F2Q A;  4ARM A;  1IP3 A;  1BB3 A;  1IP2 A;  1LZE A;  2H9K A;  3WPK A;  3CB7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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