3A3RX

Structure of n59d hen egg-white lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQIDSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Importance of the hydrogen bonding network including Asp52 for catalysis, as revealed by Asn59 mutant hen egg-white lysozymes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a3rX00
2BQBA 2FYDA 3N9CA 4NFVA 1WQOA 3T6UA 2DQEY 3N9EA 4WL6A 4BS7A 4PHIA 1B5UA 2LYMA 1JKAA 1DZBX 4HJYA 1QSAA 1RFPA 4HTKA 2Z12A 1B5YA 4LT1A 1GFUA 1VEDA 2VB1A 1QDRA 1NHEA 3AGIA 1GHLA 4LYBA 4YF2A 4G4BA 4MCKA 3CSZA 1EL1A 3WVXA 4DD1A 1LYZA 2B5ZA 4LYTA 4C3WA 1BB7A 1DI5A 1OUDA 4BADA 1SQ2L 2HEDA 4NY5A 1D9UA 4BAPA 2HEFA 1LOZA 6LYTA 5KXWA 3ZVQA 2IHLA 1LJFA 1HELA 4GCBA 4DD0A 1LKSA 1QUTA 1LPIA 5F16A 1GB8A 3HBHA 1QDTA 4NSGA 1IY4A 1UIEA 1GBYA 5APCA 1KIRC 4B4IA 3WXTA 1OQMA 2ZWBA 1LZTA 1WQMA 2YBLA 1MLCE 1RE2A 1YROA 4WM1A 4Z46A 1G7LC 1GFKA 4FDYA 5HLLA 1KXWA 5LYMA 5I4WA 1B9OA 2ZNWY 2MEAA 1GBOA 4NWHA 4PRQA 5IHGA 5A3ZA 5APFA 5FEKA 2MECA 1OP9B 1HEQA 3P4ZA 5ILCA 1WVVA 3WYHA 1LJEA 1PS5A 4R6CA 4NGVA 2MEBA 4WM5A 1LZDA 2LHMA 2W1LA 3CQLA 4CHXA 4EMNA 2RSCA 1B7QA 1GE2A 2I25L 3HFMY 1B2KA 3A34A 1VDPA 2HTXA 3RT5X 153LA 4ML7A 5B06A 3BKVA 1I56A 1ZMYL 4E3UA 1ZVYB 1HMKA 1WVUA 3WXUA 4NGOA 3P65A 2EKSC 1HC0A 2X0AA 5LA5A 3AGHA 4H93A 5M1YA 1B5WA 4WG7A 1G7JC 4RW1A 1GEVA 4N1CC 3WPLA 1IP7A 4N8ZA 4DD7A 4ZIXA 1LJHA 1REMA 1GFRA 3WULA 5KXTA 4A7DA 1LZ9A 1LZ4A 1OUBA 1P2CC 1T6VL 3AW7A 1NBZC 1LZ1A 1OUEA 4XJBA 2MEGA 1GF4A 4TX7A 5F14A 2NWDX 1UACY 1LJIA 1DPXA 4N0JA 2XTHA 4IJ4A 4HV2A 5HMJA 2Z18A 3ZVQB 1D6PA 1VDTA 1IWYA 3W6AA 8LYZA 2Z2FA 4R0FA 2BQOA 1JKBA 1GXXA 1HFZA 1YL0X 1GF3A 1OUAA 3IJVA 2ZQ3A 1LZBA 4W94A 2HU1A 1LZRA 1GD6A 4LZTA 5LVJA 1NKHA 5APDA 1IO5A 1YKXX 5FSTA 1YILA 4J1AA 4WOAA 1JSEA 4OOTA 5HNCA 3W6CA 3WL2A 1LSFA 4H9AA 3D9AC 3KAMA 3WW6A 1VAUA 1GB6A 3EO5A 1BB6A 4WLTA 4FJRA 5K7OA 2Z2EA 2DQCY 5HQ1A 1NBYC 2DKVA 4I0CA 4ETEA 4IATA 4NEBA 4H92A 3QY4A 2YBMA 5D5FA 2MEFA 1LJKA 1JITA 1HMLA 1BWJA 4L41A 1BWIA 4LFXA 1CJ8A 1GE3A 3E3DA 3TMUA 4NSIA 1E8LA 3ZEKA 1CJ7A 1XGTC 4H9IA 1HFYA 4QDNA 4WM6A 1DXJA 1J1XY 4G4HA 1LZ6A 4OWHA 3WU8A 1JJ1A 1GB9A 3J4GA 4C5FA 5KXLA 1LSAA 1GAYA 1H87A 5KXYA 1DPWA 5HNLA 4HSFA 1IP6A 3AGGG 4DWXA 3RZ4A 2D4IA 3TMVA 2I6ZA 1YL1X 1IY3A 4HPEA 4LT3A 3WU9A 4DDAA 1B0DA 1GDWA 1I1ZA 1T3PA 4PPOA 1EQ5A 5F9UA 5LYTA 4G49A 4YENA 2BQKA 3G3BB 3LYTA 4GCEA 1IC4Y 1F10A 1HSXA 1LYSA 4NG1A 1JEFA 4H91A 4TUNA 2DQFC 1OUJA 1SLYA 4TTDA 4Z98A 1UICA 1REZA 1QTKA 5L3IA 1HSWA 1LYOA 3TXEA 1CKFA 4WM2A 1NQIA 1OUHA 2LZTA 4H9BA 1LMQA 3IWRA 3A91A 1TDYA 4NGKA 4ET8A 1CKDA 1TBYA 4J1BA 1JWRA 2F2NA 4GLVA 1LMAA 5KXZA 1YKYX 1IEEA 2PC2A 3A90A 2BPUA 2BQEA 5FCPA 1LZ8A 2BLYA 3B0IA 2A7DA 3RW8A 5I54A 1XEIA 4WO6A 4H8YA 4GCDA 1AM7A 5ILFA 1GFGA 3TXFA 1IORA 4QY9A 1GFEA 4DD9A 3A3RX 4H9CA 1ZVHL 1FLUA 2BQNA 1GB7A 1LSBA 4DD3A 5KJ9A 1IOTA 4H8XA 4H8ZA 3HBDA 1LHKA 1YIKA 1B5ZA 2Z37A 3A6CY 1IWWA 1LSMA 1CKGA 1B7LA 4PGJB 2CDSA 1IOSA 2H5ZA 1XGQC 5LIOA 3CT0A 2EIZC 3AZ6A 4UWUA 2YBJA 1XEJA 4WO9A 3W6EA 4DC4A 1UIHA 1JPOA 5KXNA 3LZ2A 1LHJA 1WTMA 3F6ZA 5I4XA 1XGRC 1LHLA 4ET9A 1LMOA 1IWXA 2YDGA 4LT2A 4H9HA 4NGLA 3K3TA 7LYZA 2LYOA 2DQJY 1JHLA 3OJPA 3RU5A 1KXYA 2EPEA 2G4NA 1YANA 2GV0A 2HUBA 4HP0A 2ZYCA 1GBXA 4XJGA 2HECA 3WUAA 133LA 1INUA 1G7HC 2DQAA 1F6SA 1W6ZA 4ETCA 1G7IC 1REYA 2ZYPA 2HU3A 2YBIA 4WM4A 2MEIA 5LVHA 1W08A 1GDXA 3EMSA 4TSBA 1LHIA 5KXOA 4WMGA 1TCYA 1IWVA 5L3HA 4J0LA 3W6BA 1VDQA 1CKHA 3WU7A 1BB3A 5F81A 5FELA 1BQLY 1JISA 1J1OY 3CSQA 4MR1A 4N9RA 2Q0MX 1A4VA 1QTEA 1EQ4A 1HENA 4NSHA 2XJWA 208LA 3LYZA 4NHQA 2EQLA 4CJ2A 1O23A 3AZ7A 1RJCB 1IX0A 4H9FA 1IWZA 1FDLY 3EXDA 1IVMA 2CJLA 1TAYA 5E4PA 1CJ9A 2MEDA 3TMXA 1IWTA 3CT1A 4HTQA 2W1MA 3WVYA 1IR7A 1LTMA 2BQIA 2BQFA 4H90A 2DQHY 2D4JA 5JENB 5LINA 4WL7A 1JKCA 2Z38A 1LJGA 1KIPC 1LSZA 4XENA 1LSYA 4D9ZA 1FKQA 2FBBA 4Z41A 3AW6A 5LVKA 1LSPA 2LYZA 1D0KA 2AUBA 1IP2A 4XJHA 5B05A 1GF8A 132LA 2N5ZA 4Z3MA 2IFFY 3W3EA 1BHZA 4UWVA 3ULRA 1LMCA 4YEMA 5KKIA 1DI4A 1IOQA 2BQAA 4NHSA 1XSFA 1DI3A 154LA 1YAOA 3P64A 5AMYA 1LSDA 3A8ZA 1UIDA 1D6QA 2BQJA 2LZ2A 2WARA 5D5CA 3TMWA 1KIQC 1V7TA 1Z55A 5C6JA 1LZCA 1UIGA 5B07A 1GAZA 3IJUA 2C8PA 3OK0A 5LVIA 1IC7Y 1LZGA 1LZEA 9LYZA 5LYZA 1BB4A 4B49A 1GFHA 1DKKA 2G4QA 2D6BA 1YAPA 3LZTA 1RI8B 3B72A 4XYYA 5KXKA 1N4FA 1CJ6A 3LHMA 4OWAA 2A7FA 1C10A 1LSEA 1LZNA 4HJZA 4B1AA 1DQJC 1LJ3A 1D0LA 5E9RA 4XADA 1LKRA 3AB6A 1AKIA 2DQIY 1UUZC 1KXXA 5EBHA 1LZ5A 3G3AB 4M6DA 5II3A 5LAFA 3TXDA 1B7SA 3TXKA 1QIOA 4DD2A 4GLAA 4NGYA 1WQPA 1C46A 3WH1A 5FHWA 3CB7A 3WUNA 4B4EA 4NGWA 4LYZA 2Z39A 1GF5A 2BQLA 3B0OA 4NHTA 1BVXA 2ZIJA 1FN5A 1GPQC 1TEWA 207LA 3D3DA 1GB5A 4RW2A 1GBZA 1WQNA 1LSNA 1YAMA 4XJDA 4II8A 1BVKC 193LA 1BGIA 4KXIA 1C45A 4AGAA 5I4YA 3A3QA 3W6DA 4DDBA 1LSGA 2HEEA 4RDSA 3A96A 5LAGA 1YQVY 4LGKA 5DLAA 2DQDY 1LSCA 2D91A 3P68A 1GBWA 1IP4A 4GN4A 3ATOA 1A2YC 4EOFA 4AXTA 1GWDA 4PRUA 1IWUA 2F4AA 1UIAA 4RLMA 4NGJA 2YBHA 1RCMA 1FLYA 5APEA 3M18B 1NWGA 1OUCA 5B1FA 4WLYA 2YSSC 3CSRA 1LJJA 4GCCA 1AT6A 1FLQA 1IP3A 2Z19A 3AZ5A 3WUMA 1BWHA 1XGUC 3BKHA 4I8SA 1GF9A 5B1GA 4KPMA 1GB3A 2DQGY 1B7MA 1XEKA 2CWIA 2YVBA 4OWEA 1OUGA 1C08C 3AYQA 4YM8A 1NDMC 1F6RA 3WPJA 1GF0A 2G4PA 4J7VA 3TXIA 1JKDA 4QEQA 2FBDA 4LT0A 4PJ2C 3TXJA 5DN4A 4X3BA 3QE8A 1LZSA 4KL7A 1IC5Y 1JIYA 1GEZA 3TXBA 1H6MA 2ZNXY 3GXKA 4P2EA 4WG1A 4DT3A 4MSTA 1HHLA 1GF7A 1UA6Y 4UWNA 5F9XA 5L9JA 4H1PA 1CNSA 5LXWA 1GE0A 5DM9A 1LCNA 4G4CA 2BQMA 1WTNA 5KXPA 5KXSA 5J7CA 4OWBA 5KXRA 2MEEA 1MELL 1REXA 2BQGA 4TWSA 1VDSA 3B6LA 4N1EI 5IDDA 4HTNA 1JSFA 5I53A 4ZFPA 4O34A 1QUSA 1LAAA 1YAQA 4OW1A 1EQEA 1OUFA 1HERA 1C43A 1IP5A 4CFOA 2D4KA 1GXV2 4LFPA 3A95A 6LYZA 4LYMA 1YKZX 3HBEX 1NF5A 1HEWA 1LYYA 5C6IA 3QNGA 3A93A 3W6FA 1GE4A 1GF6A 4HJVA 3VWOA 1NDGC 2BLXA 3AJNA 1QQYA 4NHIA 1GFJA 5KKJA 1IP1A 5IELA 1ALCA 1PZYA 1VFBC 1IR9A 2XBSA 2CGIA 5KY1A 1LHMA 1B7RA 1QSWA 1C7PA 2F30A 3WPKA 1FKVA 4ZEEA 3TXGA 1HEMA 4DDCA 3RNXA 1LMPA 3B0KA 1D0MA 4GCFA 1JTTL 3A94A 4TSCA 2W1XA 1IR8A 1JTOL 2HEBA 1LZAA 4HPIA 5C6LA 4BAFA 1LJNA 1LMTA 2DBTA 2HEAA 1B7PA 4G9SA 3AZ4A 1VATA 3LYMA 4ETDA 1GBSA 4XN6A 4WLDA 1GB2A 5DL9A 1IOCA 5KXXA 1I20A 4OWCA 1B7OA 4NIJA 5KXMA 1JUGA 1OUIA 4OOOA 2MEHA 1ZV5L 1LJ4A 3WW5A 1GB0A 1HEOA 4GN5C 4DYGA 4YOPA 1F0WA 1UIBA 1IIZA 1JJ3A 3CT5A 4IASA 4ETBA 1UC0A 3GXRA 1UCOA 1LZYA 4GN3A 2H9KA 3N9AA 4KT3A 4XJIA 2I26L 194LA 1HFXA 4XJFA 1WQRA 4CFPA 1V7SA 1FLWA 2C8OA 3A6BY 4CGEA 1UBZA 5DN5A 5LVGA 1XFPL 1HF4A 2W1YA 4NHPA 4LYOA 3J6KA 4LYCA 3FE0A 2BQCA 4WLXA 5B59A 3A67Y 4WM3A 4B4JA 1GFVA 3FI7A 4RLNA 134LA 1UIFA 5T3FA 1BB5A 1WQQA 1DKJA 2BQDA 3WMKA 4H94A 5FDJA 2ZILA 4HV1A 2Y8PA 2FYCA 4U3XB 2H9JA 1JJ0A 1NMMA 2F4GA 1AT5A 1FBIX 1J1PY 4NGIA 2YBNA 3M3UA 4M4OA 1B5XA 3P66A 4ANRA 3ATNA 3EBAB 1GFAA 4NG8A 3LYOA 1LHHA 3TXHA 5A3EA 2BAAA 5HMVA 1B5VA 1JTPL 5I5QA 1GE1A 2XBRA 1B7NA 4NGZA 3MGWA 1HEPA 3T36A 1CKCA 1LMNA 1GFTA 5LA8A 3A92A 3SP3A 1XGPC 2BQHA 4QGZA 2ZIKA 4ETAA 4H9EA 135LA 1G7MC 4NSJA 4NWEA 4B0DA 4N5RA 4YEOA 3LN2A 2ZQ4A 1HNLA 4W96A 1AZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUHA 2DQEY 3N9EA 4BS7A 4GRVA 1B5UA 1DZBX 110LA 1LPYA 1CU6A 1GFUA 3HUKA 4LYBA 3DMVA 1G1VA 1EL1A 1LI6A 4DD1A 4LYTA 1L47A 1QS5A 1LOZA 2HEFA 114LA 2IHLA 4DD0A 1LKSA 1LPIA 2B70A 4NSGA 4B4IA 1KIRC 1LZTA 2YBLA 1RE2A 1YROA 5HLLA 5LYMA 1KXWA 1B9OA 4NWHA 5FEKA 1HEQA 1DYGA 1LJEA 3HH4A 2F47A 190LA 2LHMA 2W1LA 3CQLA 4W58A 188LA 1L99A 3A34A 3RT5X 4NGOA 1HC0A 1OV7A 1KY1A 1G7JC 1D9WA 1GEVA 3RUNA 2O79A 1GFRA 3CDRA 4A7DA 1L19A 1T6VL 2MEGA 1GF4A 4TX7A 2NWDX 195LA 1DPXA 4N0JA 1L40A 1D3MA 5HMJA 2Z18A 176LA 3W6AA 2Z2FA 2BQOA 1YL0X 1GF3A 3DKEX 1SX7A 1IO5A 4EPIA 1YILA 5HNCA 228LA 4H9AA 3KAMA 3WW6A 1BB6A 4FJRA 2Z2EA 2DQCY 1NBYC 2DKVA 2YBMA 5D5FA 1BWJA 1CJ7A 1DYFA 4WM6A 1DXJA 1J1XY 4G4HA 3WU8A 1JJ1A 1PQDA 1DYAA 1GAYA 1H87A 1IP6A 4DWXA 250LA 3WU9A 4HPEA 1G0MA 5LYTA 2BQKA 3LYTA 1HSXA 4NG1A 1C6JA 4DKLA 3CDQA 3L64A 1QTKA 5L3IA 1WTHA 2LZTA 1LMQA 3IWRA 1TDYA 4NGKA 4ET8A 1DYCA 1KS3A 5KXZA 2BPUA 1C6MA 2BQEA 215LA 2A7DA 3RW8A 149LA 3SB9A 2B72A 4GCDA 1GFGA 1ZVHL 1LSBA 3HBDA 1LHKA 1CKGA 2CDSA 1IOSA 233LA 5LIOA 3CT0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQB A;  2FYD A;  3N9C A;  4NFV A;  1WQO A;  3T6U A;  2DQE Y;  3N9E A;  4WL6 A;  4BS7 A;  4PHI A;  1B5U A;  2LYM A;  1JKA A;  1DZB X;  4HJY A;  1QSA A;  1RFP A;  4HTK A;  2Z12 A;  1B5Y A;  4LT1 A;  1GFU A;  1VED A;  2VB1 A;  1QDR A;  1NHE A;  3AGI A;  1GHL A;  4LYB A;  4YF2 A;  4G4B A;  4MCK A;  3CSZ A;  1EL1 A;  3WVX A;  4DD1 A;  1LYZ A;  2B5Z A;  4LYT A;  4C3W A;  1BB7 A;  1DI5 A;  1OUD A;  4BAD A;  1SQ2 L;  2HED A;  4NY5 A;  1D9U A;  4BAP A;  2HEF A;  1LOZ A;  6LYT A;  5KXW A;  3ZVQ A;  2IHL A;  1LJF A;  1HEL A;  4GCB A;  4DD0 A;  1LKS A;  1QUT A;  1LPI A;  5F16 A;  1GB8 A;  3HBH A;  1QDT A;  4NSG A;  1IY4 A;  1UIE A;  1GBY A;  5APC A;  1KIR C;  4B4I A;  3WXT A;  1OQM A;  2ZWB A;  1LZT A;  1WQM A;  2YBL A;  1MLC E;  1RE2 A;  1YRO A;  4WM1 A;  4Z46 A;  1G7L C;  1GFK A;  4FDY A;  5HLL A;  1KXW A;  5LYM A;  5I4W A;  1B9O A;  2ZNW Y;  2MEA A;  1GBO A;  4NWH A;  4PRQ A;  5IHG A;  5A3Z A;  5APF A;  5FEK A;  2MEC A;  1OP9 B;  1HEQ A;  3P4Z A;  5ILC A;  1WVV A;  3WYH A;  1LJE A;  1PS5 A;  4R6C A; 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 3AZ4 A;  1VAT A;  3LYM A;  4ETD A;  1GBS A;  4XN6 A;  4WLD A;  1GB2 A;  5DL9 A;  1IOC A;  5KXX A;  1I20 A;  4OWC A;  1B7O A;  4NIJ A;  5KXM A;  1JUG A;  1OUI A;  4OOO A;  2MEH A;  1ZV5 L;  1LJ4 A;  3WW5 A;  1GB0 A;  1HEO A;  4GN5 C;  4DYG A;  4YOP A;  1F0W A;  1UIB A;  1IIZ A;  1JJ3 A;  3CT5 A;  4IAS A;  4ETB A;  1UC0 A;  3GXR A;  1UCO A;  1LZY A;  4GN3 A;  2H9K A;  3N9A A;  4KT3 A;  4XJI A;  2I26 L;  194L A;  1HFX A;  4XJF A;  1WQR A;  4CFP A;  1V7S A;  1FLW A;  2C8O A;  3A6B Y;  4CGE A;  1UBZ A;  5DN5 A;  5LVG A;  1XFP L;  1HF4 A;  2W1Y A;  4NHP A;  4LYO A;  3J6K A;  4LYC A;  3FE0 A;  2BQC A;  4WLX A;  5B59 A;  3A67 Y;  4WM3 A;  4B4J A;  1GFV A;  3FI7 A;  4RLN A;  134L A;  1UIF A;  5T3F A;  1BB5 A;  1WQQ A;  1DKJ A;  2BQD A;  3WMK A;  4H94 A;  5FDJ A;  2ZIL A;  4HV1 A;  2Y8P A;  2FYC A;  4U3X B;  2H9J A;  1JJ0 A;  1NMM A;  2F4G A;  1AT5 A;  1FBI X;  1J1P Y;  4NGI A;  2YBN A;  3M3U A;  4M4O A;  1B5X A;  3P66 A;  4ANR A;  3ATN A;  3EBA B;  1GFA A;  4NG8 A;  3LYO A;  1LHH A;  3TXH A;  5A3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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