3A6CY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant ln92d complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of asparagine residues to the stabilization of a proteinaceous antigen-antibody complex, HyHEL-10-hen egg white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme binding ig kappa chain V23-J2 region
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a6cY00
3WXTA 1UACY 3WVXA 5LXWA 1IIZA 2C8PA 1TBYA 1INUA 4TSBA 4GN4A 4WOAA 3W3EA 1UIHA 4ZEEA 1YQVY 5L3IA 1UC0A 2YBIA 1GD6A 3K3TA 4MCKA 4B4EA 2YSSC 1OUGA 1QTKA 2BQKA 4B1AA 6LYZA 1B5UA 2MEHA 5C6LA 3E3DA 5ILFA 4LYOA 4XYYA 4PHIA 3W6BA 1XEIA 1XFPL 2ZNWY 3RU5A 5T3FA 4H93A 9LYZA 2LHMA 1DPWA 4KL7A 2WARA 1NDMC 1YKZX 1VDTA 2A7FA 4NWHA 2DQGY 5LVJA 1GBZA 3W6FA 3A6BY 4OOOA 1LCNA 4NGKA 1HMLA 4DYGA 2I6ZA 1GB5A 4OWHA 1GBSA 5D5FA 5FSTA 3A8ZA 1LJHA 4G4HA 2H9JA 2IHLA 3TXHA 4LGKA 1FDLY 1LSPA 2F4GA 4CGEA 1IWYA 4NFVA 1BVKC 5KXRA 2C8OA 4Z3MA 2XTHA 1B7NA 2HEFA 4HPEA 2I26L 5DLAA 1F6RA 1IP6A 4BAPA 1H87A 1LMPA 1YKXX 1CJ6A 5LYMA 1BB3A 4NGVA 5APFA 5F16A 5KXYA 2RSCA 2YBMA 1LMTA 2HEAA 1HEWA 1LZEA 1B7OA 4NSIA 1HF4A 1LMOA 4C5FA 1GBXA 1JTPL 4HTKA 3ATOA 1GBWA 2FYCA 2BQOA 3QE8A 4ETBA 4GN5C 4HJVA 1YROA 1LSYA 3J6KA 4H9HA 1JKDA 3TXGA 5I4YA 5C6JA 1W08A 1PS5A 1LOZA 1JKBA 1GEVA 1JJ0A 2Z39A 1UUZC 2Q0MX 1LSMA 1QSAA 4WLYA 1B7MA 2D91A 4LYZA 2DBTA 5DM9A 3WUMA 4EOFA 1JKAA 4XJHA 1D9UA 1IWVA 1KIPC 2ZQ4A 4GCBA 1JIYA 1UA6Y 4WM4A 4WM5A 4R0FA 2W1YA 1GE0A 3J4GA 3G3BB 2DKVA 3MGWA 4Z98A 1LZGA 1YANA 5LIOA 2H9KA 1LJ4A 1RCMA 1BB6A 2Z2FA 3LZTA 1JJ3A 5APDA 1XGRC 1YAMA 4NGYA 1JTOL 1FLUA 2EKSC 4PGJB 5II3A 1WQOA 4B0DA 2GV0A 2DQCY 4IASA 4X3BA 1RI8B 1Z55A 4DD1A 2CWIA 1IWUA 1C7PA 4NSGA 1LKSA 2BQDA 1ZVHL 1LJ3A 3KAMA 4UWVA 4CHXA 5KJ9A 1BB7A 2ZYPA 4RLMA 3ZEKA 4DD2A 4WL6A 2ZYCA 4H9BA 5K7OA 4UWNA 1XGPC 4R6CA 1REYA 2FYDA 3WYHA 1G7HC 5KXLA 1GB9A 1J1PY 4H8YA 4YOPA 1GFKA 2LYMA 4GCEA 4LT3A 1ZV5L 3A34A 1I56A 4DD7A 1P2CC 4H9FA 1F6SA 4CFOA 1GFEA 1UICA 3W6DA 1DI5A 1ZMYL 5I54A 208LA 5LAFA 1HEPA 2HEDA 1QTEA 2XJWA 1AT6A 3W6CA 1RJCB 3CT5A 4B4JA 1YAOA 2DQJY 4NGIA 1GF5A 1V7SA 5FHWA 3SP3A 2ZIKA 4YF2A 1IY4A 3VWOA 3IJVA 4WM1A 1B7PA 2BQFA 5DN4A 5L3HA 4ML7A 1IC5Y 1LPIA 1TCYA 4DD3A 1GXV2 3WW6A 1IR7A 5D5CA 3EXDA 1QDTA 4HTQA 1BGIA 2F30A 2BQAA 2XBRA 4WM3A 2BLXA 1HFXA 1YL1X 4NHIA 4NGWA 1LZRA 1GE2A 3IJUA 1DPXA 4I8SA 1FLYA 1IOQA 4ET8A 3A90A 1LSEA 5B1GA 5IDDA 2BQHA 3TMXA 3A92A 3AZ6A 4TTDA 1GFJA 4H8XA 3AGGG 4XADA 1JKCA 5KXNA 3LYTA 1WTNA 1IWTA 1OUAA 1GB7A 3LHMA 4H9AA 4W94A 4WG1A 4LYBA 2MECA 4H94A 1IP1A 1IP4A 1GB8A 2Z18A 1AKIA 1B0DA 1BWIA 2BQGA 2BQIA 4YEMA 1FKQA 2EPEA 135LA 3CT0A 1IORA 1B5YA 4H91A 1GBYA 3TMVA 3AZ5A 1OUBA 2BQMA 5AMYA 1WQRA 2G4QA 1GB2A 1KIRC 1IX0A 2Z12A 3LYMA 1LKRA 4NGLA 1LMQA 3BKVA 1VDPA 2CDSA 2BQLA 4N8ZA 1IOTA 3WL2A 1LZAA 1OUDA 2YBNA 3ZVQB 1TDYA 1C45A 1D0MA 1YIKA 1VFBC 4WO6A 1HSXA 1GFUA 1AT5A 4OW1A 3WULA 1GB6A 1WTMA 1CKCA 1XEKA 4RW2A 133LA 1OP9B 4NHPA 4RLNA 1AZFA 3AZ4A 1EQ5A 4EMNA 4H9IA 5APEA 1LZSA 2BQJA 1CJ7A 1LJGA 153LA 1LZ1A 3M18B 1HFZA 207LA 4G4BA 1HELA 3N9AA 1IOCA 1BQLY 2MEFA 1B7LA 1UIGA 4BAFA 1LZDA 2IFFY 154LA 1NDGC 1IWWA 5KXSA 3AW7A 4QDNA 2F4AA 2LZTA 5KKJA 5KXKA 1ZVYB 5KY1A 1LSFA 4XJGA 1GFGA 5IELA 5HMJA 4HV2A 1IVMA 1JPOA 5FDJA 1LMAA 1BB4A 5KXPA 1LSNA 1CNSA 2H5ZA 3W6EA 1LMNA 1GFTA 4N5RA 2FBBA 1GFAA 1BWHA 4NGOA 3TXDA 5B59A 5LA5A 1J1XY 4NG1A 1JEFA 3A94A 4GCCA 2ZILA 1UIAA 2A7DA 1JSFA 3P66A 1HMKA 4HTNA 2D6BA 2F2NA 4QGZA 4WO9A 3WU9A 4M4OA 2YBLA 1DZBX 2ZIJA 2B5ZA 4QY9A 1VAUA 4FDYA 1WQQA 2DQIY 2N5ZA 1LAAA 1UIFA 3WUNA 4KT3A 1GF7A 3GXKA 3LYOA 3TXKA 4LFPA 4QEQA 3TXEA 3ULRA 1VDQA 3A67Y 2Z38A 4WMGA 1HC0A 2W1MA 3W6AA 1GXXA 3TXBA 5B07A 4ETAA 1GE1A 2D4KA 1GB0A 5DL9A 2YVBA 1LSDA 134LA 2ZQ3A 4H1PA 1CKDA 4NEBA 4BADA 3OK0A 1VDSA 3A3QA 2LYZA 1LYZA 4N9RA 4L41A 4RDSA 4H9CA 4PRQA 1CJ9A 4U3XB 3AYQA 2LYOA 1HSWA 3N9EA 4LYTA 4W96A 1I20A 1VEDA 1NQIA 4P2EA 1GF9A 5LYZA 3WPJA 3G3AB 4XENA 4CJ2A 5ILCA 2YBJA 1LYYA 2MEGA 3A95A 3FI7A 1CKGA 1GF3A 2BQCA 5KXWA 1GAZA 4GCFA 4LT2A 2MEIA 5LYTA 3TMWA 1CKFA 3A93A 4J1BA 1FKVA 4J1AA 2BQBA 1LZCA 3AGIA 3EBAB 4HV1A 1C08C 4TX7A 4Z41A 4D9ZA 5KXMA 1GBOA 1IC4Y 5HLLA 1DQJC 3P65A 4N0JA 1SLYA 2W1LA 3ATNA 4DDBA 1IP7A 1LZ6A 2MEDA 3WPLA 1IC7Y 1HHLA 1LZ5A 5LVKA 5HMVA 1WQPA 3B0KA 1IP5A 2YBHA 1JUGA 1TEWA 3QY4A 1G7LC 3AW6A 2BLYA 1NWGA 2PC2A 1LZYA 1B5ZA 1V7TA 4MSTA 3WU7A 1C10A 2XBSA 5B05A 1GE4A 1GFRA 1ALCA 2ZNXY 1LSBA 4LYCA 3HBEX 4XN6A 1C46A 3CB7A 3RZ4A 1LHJA 1CJ8A 1NMMA 1NF5A 3A3RX 5KXOA 4ET9A 3HFMY 5IHGA 1EL1A 1LMCA 5C6IA 1H6MA 1YL0X 1JITA 1YAQA 2D4JA 1O23A 194LA 1HFYA 1XGQC 5HNLA 1OUHA 3TXIA 4NGZA 4B4IA 4NSJA 3HBDA 4NHSA 4WL7A 4ZFPA 1JTTL 1KXWA 1UCOA 3TMUA 1LHLA 1FN5A 1GAYA 1QUTA 1D6QA 1T3PA 1IOSA 1LJEA 1AM7A 2I25L 2LZ2A 3IWRA 4LFXA 4NSHA 1LJFA 3WW5A 3QNGA 2FBDA 4WLTA 1MLCE 1QQYA 5I53A 3CT1A 1LTMA 1KXYA 3TXJA 4WM2A 2HEBA 1IWXA 1A2YC 1D0LA 1OUEA 2Z2EA 1FBIX 1MELL 4HJZA 4YEOA 4TUNA 1B7QA 2VB1A 4ANRA 4AXTA 3AGHA 3WXUA 1WQMA 4HSFA 1UBZA 3B72A 2HEEA 4UWUA 4O34A 1XSFA 5A3ZA 1B5XA 1WVVA 4WM6A 1G7JC 1NBYC 5LA8A 4CFPA 1I1ZA 4AGAA 1IP2A 3A91A 4PRUA 5LAGA 2EQLA 5LVIA 1LJIA 4B49A 3WU8A 4GN3A 4NIJA 3B0IA 1LJJA 1IR8A 1G7MC 1IWZA 1LHIA 1TAYA 4YM8A 5B1FA 1JISA 1B2KA 1B5VA 2ZWBA 1OUCA 4DT3A 1IR9A 1W6ZA 4FJRA 1D0KA 4NY5A 5LINA 2HUBA 5KXTA 3FE0A 4M6DA 2Z37A 5I4XA 5L9JA 1JSEA 3CSQA 1GWDA 3HBHA 4OWEA 4XJFA 5KXZA 2NWDX 3P4ZA 4DWXA 5KXXA 5EBHA 1IO5A 2Z19A 4GLAA 5KKIA 2CGIA 1B7SA 3RNXA 1B7RA 5DN5A 1REMA 1N4FA 3ZVQA 1SQ2L 1UIDA 5APCA 1LZNA 4IJ4A 4XJBA 5I5QA 1XGUC 4H8ZA 5JENB 4NHQA 1BB5A 4I0CA 5E9RA 3TXFA 4NWEA 1HEMA 3AZ7A 5F9UA 3T6UA 1KXXA 1XEJA 4OOTA 4H9EA 2BQEA 3CQLA 4DD0A 4ETCA 3GXRA 3B6LA 3T36A 1JJ1A 3WH1A 1LZ4A 1GB3A 1PZYA 1HENA 3D3DA 4G9SA 1LZ8A 1WVUA 5F81A 1LHMA 4ETEA 1HEQA 2AUBA 4XJDA 1GDWA 4ETDA 1BHZA 1B5WA 1FLQA 4J7VA 4NGJA 1LSAA 1REZA 1FLWA 1RE2A 1OUJA 3LYZA 1EQEA 1LSGA 3A96A 4DC4A 1OUFA 4DDCA 4GCDA 1G7IC 1KIQC 1LZTA 4G4CA 4IATA 4C3WA 1LZBA 4MR1A 3D9AC 1UIEA 3N9CA 3P68A 4PJ2C 1RFPA 1GHLA 4NG8A 1QIOA 5HQ1A 193LA 1GDXA 2MEEA 5A3EA 4RW1A 1IEEA 1LSZA 1HEOA 2HTXA 4OWCA 1DI3A 5LVGA 4KPMA 5E4PA 4HPIA 2Y8PA 5J7CA 1DI4A 1F0WA 3CSZA 1B9OA 2BAAA 3B0OA 1XGTC 4H90A 3BKHA 2X0AA 5B06A 1GPQC 4GLVA 1QUSA 4ZIXA 2DQEY 5F14A 1DXJA 1GF4A 1LYOA 4A7DA 4BS7A 8LYZA 2DQAA 4YENA 4NHTA 1LJKA 3WUAA 1JHLA 1IY3A 1GFVA 1A4VA 2MEAA 1D6PA 3WVYA 1YKYX 2YDGA 5FCPA 1NBZC 5FELA 1F10A 4HJYA 4TSCA 1OUIA 3EMSA 2BQNA 5M1YA 4WG7A 2MEBA 1LHKA 1C43A 1WQNA 4HP0A 4LYMA 2G4NA 4Z46A 5LVHA 1DKKA 2HU3A 1EQ4A 4OWBA 1BWJA 1GF6A 1LSCA 4H92A 4WLDA 1HERA 1GFHA 3WPKA 3AJNA 1IP3A 1E8LA 1QSWA 3CSRA 1GEZA 4LZTA 1CKHA 1NKHA 4G49A 1BVXA 4XJIA 3RW8A 1LZ9A 2CJLA 2W1XA 2HECA 4N1EI 2EIZC 1GF0A 1LYSA 4KXIA 5I4WA 4LT1A 2D4IA 4PPOA 1UIBA 3F6ZA 3M3UA 2DQFC 1GF8A 3LN2A 3AB6A 132LA 1DKJA 3EO5A 5F9XA 1NHEA 4DD9A 5HNCA 1REXA 2DQHY 4II8A 3WMKA 3P64A 1J1OY 4N1CC 4TWSA 4J0LA 5FEKA 1LJNA 3A6CY 3RT5X 4DDAA 1OQMA 1YAPA 7LYZA 4LT0A 1T6VL 1YILA 3LZ2A 3OJPA 2DQDY 1VATA 4E3UA 1LHHA 1QDRA 6LYTA 1HNLA 2G4PA 2HU1A 4WLXA 2BPUA 1GE3A 4OWAA 1JWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E97A 1CU0A 3C82A 1TBYA 4GN4A 1YQVY 1UC0A 3K3TA 1D2WA 1OUGA 1B5UA 188LA 1KY0A 3W6BA 5I14A 2LHMA 4KL7A 2A7FA 1VDTA 4K5YA 4YXAC 1GBZA 4ARJA 4NGKA 4DYGA 186LA 246LA 5FSTA 4G4HA 1LJHA 2H9JA 1L12A 3DN1A 145LA 4CGEA 1BVKC 2XTHA 2I26L 2QARC 1KS3A 4BAPA 1H87A 176LA 1C6LA 3OE0A 5LYMA 1C6QA 3C7YA 233LA 1HF4A 2BQOA 4GN5C 1YROA 3J6KA 1JKDA 1JKBA 2Z39A 4I7QA 1KW7A 1KW5A 4I7OA 178LA 3WUMA 1ZYTA 4XJHA 1D9UA 1IWVA 1KIPC 1JIYA 1UA6Y 5LZMA 3SN6R 1GE0A 1DYCA 4Z98A 1L75A 4NGYA 2EKSC 1WQOA 5IHGA 2GV0A 2DQCY 4X3BA 1Z55A 4DD1A 1C7PA 4NSGA 5KJ9A 3ZEKA 4DD2A 1C6AA 4H9BA 141LA 5K7OA 4H8YA 4YOPA 1GFKA 3DKEX 1ZV5L 2OU9A 1P2CC 1L10A 1UICA 166LA 1C6EA 208LA 5LAFA 191LA 253LA 1AT6A 1PQIA 2DQJY 3C81A 3SP3A 4YF2A 119LA 1SX2A 4WM1A 1L07A 4ML7A 1G1WA 1IR7A 1BGIA 3C7ZA 1L02A 1YL1X 3IJUA 5IDDA 3TMXA 2BQHA 3AZ6A 5KXNA 1L98A 1WTNA 1IP1A 4YEMA 1ZWNA 2BQGA 1XEPA 3AZ5A 1QT4A 1LYIA 2Z12A 3LYMA 2F47A 4NGLA 1LMQA 3BKVA 1L66A 2BQLA 1C6MA 1I6SA 3ZVQB 1D0MA 3PBLA 4WO6A 3JR6A 133LA 1L29A 3M18B 4G4BA 1IOCA 1B7LA 1L62A 2IFFY 3CDRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WXT A;  1UAC Y;  3WVX A;  5LXW A;  1IIZ A;  2C8P A;  1TBY A;  1INU A;  4TSB A;  4GN4 A;  4WOA A;  3W3E A;  1UIH A;  4ZEE A;  1YQV Y;  5L3I A;  1UC0 A;  2YBI A;  1GD6 A;  3K3T A;  4MCK A;  4B4E A;  2YSS C;  1OUG A;  1QTK A;  2BQK A;  4B1A A;  6LYZ A;  1B5U A;  2MEH A;  5C6L A;  3E3D A;  5ILF A;  4LYO A;  4XYY A;  4PHI A;  3W6B A;  1XEI A;  1XFP L;  2ZNW Y;  3RU5 A;  5T3F A;  4H93 A;  9LYZ A;  2LHM A;  1DPW A;  4KL7 A;  2WAR A;  1NDM C;  1YKZ X;  1VDT A;  2A7F A;  4NWH A;  2DQG Y;  5LVJ A;  1GBZ A;  3W6F A;  3A6B Y;  4OOO A;  1LCN A;  4NGK A;  1HML A;  4DYG A;  2I6Z A;  1GB5 A;  4OWH A;  1GBS A;  5D5F A;  5FST A;  3A8Z A;  1LJH A;  4G4H A;  2H9J A;  2IHL A;  3TXH A;  4LGK A;  1FDL Y;  1LSP A;  2F4G A;  4CGE A;  1IWY A;  4NFV A;  1BVK C;  5KXR A;  2C8O A;  4Z3M A;  2XTH A;  1B7N A;  2HEF A;  4HPE A;  2I26 L;  5DLA A;  1F6R A;  1IP6 A;  4BAP A;  1H87 A;  1LMP A;  1YKX X;  1CJ6 A;  5LYM A;  1BB3 A;  4NGV A;  5APF A;  5F16 A;  5KXY A;  2RSC A;  2YBM A;  1LMT A;  2HEA A;  1HEW A;  1LZE A;  1B7O A; 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 4HPI A;  2Y8P A;  5J7C A;  1DI4 A;  1F0W A;  3CSZ A;  1B9O A;  2BAA A;  3B0O A;  1XGT C;  4H90 A;  3BKH A;  2X0A A;  5B06 A;  1GPQ C;  4GLV A;  1QUS A;  4ZIX A;  2DQE Y;  5F14 A;  1DXJ A;  1GF4 A;  1LYO A;  4A7D A;  4BS7 A;  8LYZ A;  2DQA A;  4YEN A;  4NHT A;  1LJK A;  3WUA A;  1JHL A;  1IY3 A;  1GFV A;  1A4V A;  2MEA A;  1D6P A;  3WVY A;  1YKY X;  2YDG A;  5FCP A;  1NBZ C;  5FEL A;  1F10 A;  4HJY A;  4TSC A;  1OUI A;  3EMS A;  2BQN A;  5M1Y A;  4WG7 A;  2MEB A;  1LHK A;  1C43 A;  1WQN A;  4HP0 A;  4LYM A;  2G4N A;  4Z46 A;  5LVH A;  1DKK A;  2HU3 A;  1EQ4 A;  4OWB A;  1BWJ A;  1GF6 A;  1LSC A;  4H92 A;  4WLD A;  1HER A;  1GFH A;  3WPK A;  3AJN A;  1IP3 A;  1E8L A;  1QSW A;  3CSR A;  1GEZ A;  4LZT A;  1CKH A;  1NKH A;  4G49 A;  1BVX A;  4XJI A;  3RW8 A;  1LZ9 A;  2CJL A;  2W1X A;  2HEC A;  4N1E I;  2EIZ C;  1GF0 A;  1LYS A;  4KXI A;  5I4W A;  4LT1 A;  2D4I A;  4PPO A;  1UIB A;  3F6Z A;  3M3U A;  2DQF C;  1GF8 A;  3LN2 A;  3AB6 A;  132L A;  1DKJ A;  3EO5 A;  5F9X A;  1NHE A;  4DD9 A;  5HNC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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