3A91A

Crystal structure of hen egg white lysozyme soaked with 5mm rhcl3
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of Metal-Ion Accumulation Induced by Hydrogen Bonds on Protein Surfaces by Using Porous Lysozyme Crystals Containing Rh(III) Ions as the Model Surfaces
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a91A00
2CWIA 1O23A 3M18B 4NGIA 8LYZA 5FEKA 1BB6A 5KXTA 1REXA 4WM3A 3W6CA 4Z3MA 3QE8A 3M3UA 1WQMA 2DQDY 1GB6A 1WQOA 2BQOA 4X3BA 5IDDA 5DM9A 1UIBA 1LMQA 1DPXA 4TTDA 1IC7Y 1AM7A 1IR7A 1FDLY 3A3QA 4N1EI 4QEQA 1AT6A 3TMUA 1QUTA 5L9JA 1QTEA 1YKYX 3WMKA 3WW6A 3SP3A 4PPOA 2IHLA 1C7PA 3TXEA 2BQFA 4DDBA 4E3UA 1WTNA 3A96A 3WYHA 1GHLA 1LSDA 1G7IC 1GE1A 1GFAA 1LKSA 2BQCA 4HTQA 4PGJB 3N9CA 1MLCE 4BS7A 5I4WA 1JKAA 3A94A 5LVJA 1FKQA 1GF7A 4C5FA 3RU5A 1W08A 1B9OA 1RCMA 4GCBA 4G4HA 4GCFA 4KL7A 4L41A 4AGAA 1SQ2L 5HLLA 1GFEA 1VDSA 2BAAA 2VB1A 1VFBC 3QNGA 1B7MA 1IWYA 1B5XA 4CJ2A 4G49A 4DD3A 5F14A 2X0AA 3LZ2A 2F2NA 1GE4A 5KXYA 1QIOA 2ZQ3A 2Z18A 5KXWA 1IP1A 3G3AB 132LA 2HTXA 1JJ1A 194LA 5F81A 4H8ZA 1ZVHL 2BQDA 2I26L 2W1YA 4HP0A 4YM8A 1REMA 1IR9A 4UWUA 3WPLA 5HMVA 4XJDA 1NDMC 2FYCA 4J7VA 4NGLA 5LVKA 1GF4A 4RDSA 2ZYCA 3P4ZA 4W94A 1IY3A 5C6IA 1UIHA 1GF3A 1HFZA 1HERA 1UCOA 4G4CA 1GF8A 3HBDA 1F10A 3LYZA 5F9XA 2XBRA 3B0OA 5KXPA 4DDAA 5LVHA 1LZYA 7LYZA 5KXNA 5KKIA 4M4OA 5L3HA 4NHTA 3A95A 4OWEA 4B4EA 4NGWA 1J1OY 1CKGA 1LJHA 4XN6A 1LJNA 4WO6A 1PZYA 5LIOA 1GEVA 154LA 1EL1A 3T36A 1OUFA 1UIGA 2Z19A 4HJVA 2HEAA 2G4PA 1LHHA 3WU8A 1LZDA 3TXJA 2C8OA 1HSWA 5DLAA 1GF9A 1H6MA 4PRQA 1B0DA 4H90A 1CJ8A 2BLYA 3AYQA 3EMSA 1NMMA 2BQKA 1LMTA 5B07A 2YBMA 3N9AA 3AZ4A 4NG1A 4ETBA 2MEBA 1D9UA 1LJIA 207LA 1LYSA 4YOPA 1D0LA 1JWRA 4HTKA 4C3WA 1GFGA 5ILFA 2DQFC 2HU1A 1B7OA 1BWIA 4DD7A 2BQJA 1F6SA 3IJUA 3A90A 5FCPA 3WW5A 3GXRA 4HSFA 2YDGA 3B0IA 5LA8A 4QDNA 2DQAA 3TMWA 1IWWA 4LYMA 1IC5Y 1LJFA 1LMOA 1LZ9A 2BQEA 4LYCA 4NGOA 1JKDA 1UIEA 5DN5A 1LTMA 4H9IA 1XFPL 2DQGY 1IWZA 4OWBA 5FDJA 3B72A 1LMCA 5KXSA 1OUBA 4NHPA 3T6UA 4XJBA 5T3FA 4NGKA 1LMNA 1LOZA 2BQGA 1IX0A 2YBNA 3LYMA 5B05A 5F16A 2D4JA 4IASA 4EMNA 4GN3A 5LVGA 4OOOA 4YEOA 4CHXA 1BB4A 3W3EA 3IJVA 3WPKA 2XBSA 1DZBX 1GBOA 1YQVY 3RT5X 4I8SA 1JJ0A 1NWGA 1GB9A 1GBWA 2DQHY 1CKFA 4NGVA 1DPWA 4HTNA 4WLDA 3OJPA 1LJKA 1LPIA 1DI5A 4DYGA 1HEWA 1JPOA 4J1AA 1GB2A 1DXJA 4LYOA 1D0MA 1N4FA 1Z55A 1INUA 1GF5A 4WG1A 2G4QA 4FDYA 3J4GA 4H9HA 3WUNA 5KXZA 1WQQA 4NGJA 2H9JA 1A4VA 1LZNA 2YBJA 3ZEKA 1WQRA 4CFPA 1OUEA 3LHMA 3LYOA 1JKBA 3AGIA 4QGZA 1GB5A 3ZVQB 3TXHA 1V7SA 4ET8A 4WMGA 2WARA 1JKCA 1RFPA 1P2CC 1I20A 2Z2EA 1WTMA 3BKHA 2DQEY 4LZTA 1AZFA 1IWTA 1VEDA 5LAGA 1QSAA 4LYBA 1JTOL 4ETEA 4Z98A 5I54A 1JITA 3A92A 3BKVA 1GBSA 4P2EA 1NKHA 1EQEA 2HEEA 4WM1A 5I5QA 1WQPA 4J0LA 1F6RA 2YBHA 1GFRA 1TCYA 3A8ZA 3A3RX 4WL6A 3RZ4A 2D6BA 1G7JC 4GLAA 3HFMY 3WU9A 1C43A 1B2KA 1D6QA 1GDWA 2EPEA 3LYTA 1IP4A 5DN4A 2ZILA 4J1BA 3W6EA 4YF2A 5I4XA 4ANRA 3WULA 1GWDA 1NDGC 2XTHA 4H9CA 4TSBA 5LYMA 1LZ8A 1XEJA 2DBTA 5LVIA 4YENA 1OUGA 2MEAA 3B0KA 4Z41A 1GFHA 1UC0A 2GV0A 2MEGA 3CT5A 3TMVA 3W6BA 5KXMA 1IP5A 3W6FA 1G7HC 1GPQC 4O34A 4HPEA 1B7SA 4D9ZA 5HNCA 1GB8A 3EBAB 3LN2A 1J1PY 4H9AA 134LA 1HFYA 4PJ2C 1YKXX 2EIZC 2EQLA 9LYZA 5KJ9A 4UWNA 1RI8B 2HU3A 2F30A 1LHMA 1XGUC 2Q0MX 3HBHA 4H8XA 5JENB 1GFUA 1KIPC 1HEOA 1OUCA 3CSZA 4NFVA 1HMKA 208LA 1GD6A 4LFXA 4WM5A 1LZAA 4N0JA 4FJRA 1GB3A 1VDPA 1CNSA 2BQNA 4PRUA 1JIYA 1LSZA 2D4KA 4N5RA 4GN5C 5DL9A 4ZFPA 5KXXA 1UICA 1QTKA 4GCEA 1OUHA 4H9FA 4XADA 1YAMA 1HF4A 4DD9A 3EXDA 4TSCA 5J7CA 2ZQ4A 1LJGA 4OWHA 1HEQA 2HUBA 1KIRC 1WVVA 3WPJA 3KAMA 2H9KA 1QDTA 2BQMA 2F4GA 3AW6A 1D0KA 5B06A 5LINA 1C45A 2ZNWY 1B5YA 4W96A 193LA 1LMPA 3RW8A 1JEFA 4NHQA 2PC2A 5HNLA 5I4YA 4KT3A 1B5UA 3WH1A 2CGIA 1LSGA 1LZRA 5APEA 1FLUA 5KXOA 153LA 1CKDA 2BLXA 4NSJA 4OOTA 4OWCA 1LZBA 1VATA 4OW1A 4WM4A 1GBZA 1GAZA 1VDTA 3ATOA 1CKCA 1GAYA 4H1PA 5A3EA 3CB7A 4KPMA 4N8ZA 1BQLY 1XEKA 4B0DA 1EQ5A 1DKJA 1KXWA 1IIZA 1CJ9A 1HFXA 1UIAA 4BAPA 1NHEA 1JSFA 4R0FA 2D4IA 3HBEX 1QSWA 1HELA 4HV2A 3RNXA 5L3IA 1JHLA 1V7TA 3A93A 1IORA 3TXIA 3ULRA 1YAPA 1GF0A 1YAQA 2W1XA 3AJNA 1LZ4A 4MR1A 1GFTA 3P66A 3E3DA 4G9SA 2RSCA 4XENA 1IWXA 1GE0A 1LSAA 4NY5A 1OQMA 5FELA 3WUAA 4CGEA 6LYTA 3TMXA 2BQLA 1JTPL 1LHKA 4N1CC 5I53A 1IOTA 2XJWA 4H92A 4B1AA 2LYZA 1XGPC 1BB3A 2BPUA 5HMJA 2CJLA 5ILCA 1B7QA 1YILA 5K7OA 1B5VA 2ZNXY 1LSFA 1IC4Y 3W6AA 1XSFA 4LT1A 2FBDA 4GN4A 3MGWA 1NBYC 4TUNA 1B7RA 4NHSA 2BQAA 2CDSA 1LSPA 1LMAA 3G3BB 1LYYA 1GBXA 1ZV5L 1I1ZA 3CSRA 2W1LA 4ETAA 3EO5A 1QQYA 3N9EA 4R6CA 1QDRA 3IWRA 1DKKA 4A7DA 4HV1A 1IOCA 1UACY 1TBYA 1OUDA 1IOQA 1LZTA 2DQCY 2MECA 4TWSA 2YSSC 1CJ7A 1RE2A 2D91A 5E4PA 1JTTL 1LSEA 3A6BY 2MEFA 3TXBA 4HJZA 1GDXA 1TDYA 3AZ6A 1YKZX 1ZVYB 4LT0A 4QY9A 3B6LA 1LZ6A 3CQLA 2Z2FA 1LJ3A 4WO9A 3WVYA 1NF5A 4DD2A 4EOFA 1C46A 2ZIJA 3AW7A 1YAOA 1YROA 1F0WA 2DQIY 5LAFA 2HEDA 4WL7A 3WL2A 1VAUA 3ZVQA 4DD1A 4B4JA 1DI4A 1I56A 1GFKA 3WUMA 4NSGA 1HSXA 5F9UA 4BADA 1LYZA 5LA5A 1LJEA 1REZA 3P68A 4TX7A 1LSMA 5APCA 3WVXA 1JJ3A 2MEIA 1C10A 1YANA 1XGQC 2MEHA 1REYA 1YIKA 4NWEA 4XJIA 1IWUA 3GXKA 1BVKC 2ZYPA 3D3DA 4DT3A 1KIQC 1FKVA 4NIJA 4RW1A 1LZCA 2HEFA 2BQHA 4I0CA 2H5ZA 1B5WA 1C08C 5APDA 5A3ZA 2IFFY 3CT1A 1LJJA 2BQIA 3TXKA 5C6JA 1BGIA 1IY4A 1G7LC 1LSBA 1UIFA 1LKRA 1IP7A 3AGGG 1T3PA 4BAFA 1LYOA 4LT2A 3TXDA 1B7PA 1YL1X 4KXIA 2FBBA 1KXYA 3A91A 1B5ZA 3ATNA 2Z12A 4YEMA 4XJFA 5IHGA 1OP9B 1LSYA 4UWVA 5B1FA 2LZTA 1HHLA 5APFA 4HPIA 4NSIA 4XYYA 4ETDA 3FI7A 5B59A 3J6KA 1BWHA 1IP2A 2C8PA 133LA 2LYOA 1LZ1A 2LZ2A 1XEIA 2LHMA 4NEBA 4WM6A 4B4IA 4Z46A 1HC0A 1HMLA 1AKIA 1ALCA 1NQIA 1OUIA 3A34A 2N5ZA 2BQBA 1MELL 1T6VL 4RLNA 2A7DA 4WG7A 1SLYA 1CJ6A 4LGKA 1BHZA 1D6PA 2YBIA 4XJGA 1GE3A 4GLVA 1A2YC 1TEWA 2Z39A 3TXGA 4LYTA 5KXKA 3K3TA 1GFVA 2HECA 1BB7A 1GEZA 1W6ZA 1HEPA 2F4AA 1IR8A 2HEBA 5LYTA 3WU7A 1HENA 1XGTC 1GFJA 1GXXA 1FBIX 2DQJY 2YVBA 3CT0A 4WOAA 2W1MA 4PHIA 5C6LA 1IVMA 1LSNA 3QY4A 1FN5A 1B7NA 1FLYA 4ZEEA 1BWJA 5D5FA 3CSQA 2ZWBA 5EBHA 4XJHA 4DDCA 4NSHA 5D5CA 2Z37A 2LYMA 3P64A 4DD0A 1IP6A 1GB0A 5E9RA 1JISA 4ML7A 4NGZA 1ZMYL 1OUJA 4H91A 2I25L 5B1GA 1JUGA 1NBZC 4AXTA 3F6ZA 4NWHA 1DI3A 4LT3A 5IELA 4IJ4A 135LA 1GBYA 4H93A 4H9EA 4ET9A 1JSEA 1LJ4A 2B5ZA 4HJYA 1H87A 1B7LA 1EQ4A 4H94A 4LYZA 4WLYA 5LXWA 1HNLA 2AUBA 5KXRA 1LSCA 4H9BA 3AZ7A 4LFPA 2EKSC 1LCNA 1LHLA 5II3A 1GXV2 1IO5A 1HEMA 5AMYA 5HQ1A 4II8A 4RW2A 2FYDA 2YBLA 1LAAA 1LZ5A 1VDQA 1OUAA 1G7MC 2G4NA 3FE0A 2ZIKA 2NWDX 1GE2A 4GCDA 4GCCA 4H8YA 1UUZC 4WLTA 6LYZA 3OK0A 1BB5A 1LZEA 1YL0X 4ZIXA 1GF6A 4DC4A 1IEEA 4OWAA 1IWVA 4DWXA 5FHWA 1KXXA 4NGYA 4B49A 1UBZA 3WXUA 4N9RA 1XGRC 1LHJA 4G4BA 3AB6A 1FLWA 1FLQA 4NHIA 4NG8A 5KXLA 1PS5A 1BVXA 1UIDA 2MEEA 1UA6Y 1LHIA 3VWOA 1AT5A 1QUSA 1E8LA 3LZTA 2MEDA 4IATA 4U3XB 2A7FA 4WLXA 4ETCA 1LZSA 3TXFA 3WXTA 5M1YA 3A6CY 1CKHA 1J1XY 3AZ5A 5KY1A 1WVUA 3W6DA 1IOSA 3AGHA 1TAYA 4CFOA 1DQJC 3P65A 1LZGA 3A67Y 4RLMA 2I6ZA 3D9AC 4MSTA 4WM2A 1GB7A 2DKVA 1IP3A 4M6DA 5KKJA 4MCKA 5LYZA 2Y8PA 1WQNA 1RJCB 5FSTA 2Z38A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M18B 8LYZA 3HDFA 5KXTA 1REXA 2F32A 2B6ZA 1L96A 4I7OA 2DQDY 2BQOA 1UIBA 3A3QA 1FDLY 4N1EI 1L43A 1YKYX 3TXEA 4E3UA 4DDBA 1LSDA 4W54A 2BQCA 4HTQA 4PGJB 3N9CA 3A94A 4C5FA 3DKEX 140LA 3QNGA 1L87A 1B5XA 2HUKA 1GE4A 5KXYA 3OE0A 2Z18A 3SB7A 1C6AA 107LA 5F81A 4S0WA 1ZVHL 2BQDA 187LA 171LA 4UWUA 1D9WA 5HMVA 4XJDA 3G3XA 1NDMC 3F9LA 4J7VA 4RDSA 5C6IA 1UCOA 4G4CA 2O4WA 3B0OA 5KXPA 4EPFA 7LYZA 5KKIA 4M4OA 1L85A 4NGWA 1CKGA 1L58A 1PZYA 5LIOA 1GEVA 1EL1A 1CV0A 1OUFA 1UIGA 1LHHA 1HSWA 4ARQB 4PRQA 4H90A 3V2YA 1NMMA 2YBMA 4ETBA 1L35A 1QUOA 4YOPA 1JWRA 4HTKA 5ILFA 1B7OA 1BWIA 248LA 1F6SA 167LA 170LA 1L59A 2YDGA 1IWWA 1LJFA 2BQEA 1JKDA 1UIEA 190LA 1XFPL 5FDJA 4NHPA 259LA 1LOZA 5B05A 3LYMA 5F16A 4GN3A 2NTGA 1LYHA 230LA 4OO9A 1DPWA 1LPIA 1JPOA 1GB2A 4LYOA 1C6QA 1INUA 3J4GA 2O7AA 1OUEA 130LA 3AGIA 2LCBA 3TXHA 4WMGA 188LA 4LZTA 3BKHA 1IWTA 1QSAA 4ARJA 4Z98A 3DN0A 2OE4X 4P2EA 1P64A 178LA 2HEEA 5I5QA 2YBHA 3SBBC 1C6FA 1OV5A 3HT8A 160LA 2EPEA 5I4XA 1L19A 2ZILA 3V2WA 1C6LA 3WULA 3HUKA 1NDGC 4W51A 2F47A 4Z41A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CWI A;  1O23 A;  3M18 B;  4NGI A;  8LYZ A;  5FEK A;  1BB6 A;  5KXT A;  1REX A;  4WM3 A;  3W6C A;  4Z3M A;  3QE8 A;  3M3U A;  1WQM A;  2DQD Y;  1GB6 A;  1WQO A;  2BQO A;  4X3B A;  5IDD A;  5DM9 A;  1UIB A;  1LMQ A;  1DPX A;  4TTD A;  1IC7 Y;  1AM7 A;  1IR7 A;  1FDL Y;  3A3Q A;  4N1E I;  4QEQ A;  1AT6 A;  3TMU A;  1QUT A;  5L9J A;  1QTE A;  1YKY X;  3WMK A;  3WW6 A;  3SP3 A;  4PPO A;  2IHL A;  1C7P A;  3TXE A;  2BQF A;  4DDB A;  4E3U A;  1WTN A;  3A96 A;  3WYH A;  1GHL A;  1LSD A;  1G7I C;  1GE1 A;  1GFA A;  1LKS A;  2BQC A;  4HTQ A;  4PGJ B;  3N9C A;  1MLC E;  4BS7 A;  5I4W A;  1JKA A;  3A94 A;  5LVJ A;  1FKQ A;  1GF7 A;  4C5F A;  3RU5 A;  1W08 A;  1B9O A;  1RCM A;  4GCB A;  4G4H A;  4GCF A;  4KL7 A;  4L41 A;  4AGA A;  1SQ2 L;  5HLL A;  1GFE A;  1VDS A;  2BAA A;  2VB1 A;  1VFB C;  3QNG A;  1B7M A;  1IWY A;  1B5X A;  4CJ2 A;  4G49 A;  4DD3 A;  5F14 A;  2X0A A;  3LZ2 A;  2F2N A;  1GE4 A;  5KXY A;  1QIO A;  2ZQ3 A;  2Z18 A;  5KXW A;  1IP1 A;  3G3A B;  132L A;  2HTX A;  1JJ1 A;  194L A;  5F81 A; 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 1KXY A;  3A91 A;  1B5Z A;  3ATN A;  2Z12 A;  4YEM A;  4XJF A;  5IHG A;  1OP9 B;  1LSY A;  4UWV A;  5B1F A;  2LZT A;  1HHL A;  5APF A;  4HPI A;  4NSI A;  4XYY A;  4ETD A;  3FI7 A;  5B59 A;  3J6K A;  1BWH A;  1IP2 A;  2C8P A;  133L A;  2LYO A;  1LZ1 A;  2LZ2 A;  1XEI A;  2LHM A;  4NEB A;  4WM6 A;  4B4I A;  4Z46 A;  1HC0 A;  1HML A;  1AKI A;  1ALC A;  1NQI A;  1OUI A;  3A34 A;  2N5Z A;  2BQB A;  1MEL L;  1T6V L;  4RLN A;  2A7D A;  4WG7 A;  1SLY A;  1CJ6 A;  4LGK A;  1BHZ A;  1D6P A;  2YBI A;  4XJG A;  1GE3 A;  4GLV A;  1A2Y C;  1TEW A;  2Z39 A;  3TXG A;  4LYT A;  5KXK A;  3K3T A;  1GFV A;  2HEC A;  1BB7 A;  1GEZ A;  1W6Z A;  1HEP A;  2F4A A;  1IR8 A;  2HEB A;  5LYT A;  3WU7 A;  1HEN A;  1XGT C;  1GFJ A;  1GXX A;  1FBI X;  2DQJ Y;  2YVB A;  3CT0 A;  4WOA A;  2W1M A;  4PHI A;  5C6L A;  1IVM A;  1LSN A;  3QY4 A;  1FN5 A;  1B7N A;  1FLY A;  4ZEE A;  1BWJ A;  5D5F A;  3CSQ A;  2ZWB A;  5EBH A;  4XJH A;  4DDC A;  4NSH A;  5D5C A;  2Z37 A;  2LYM A;  3P64 A;  4DD0 A;  1IP6 A;  1GB0 A;  5E9R A;  1JIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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