3A96A

Crystal structure of hen egg white lysozyme soaked with 100mm rhcl3 at ph2.2
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H3 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)O2 (6-127)AH3 (88-100)AH2 (25-36)TII1 (17-20)3H1 (20-22)TII'1 (103-106)AH4 (109-115)TI3 (54-57)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)TI4 (59-62)S3 (58-59)TIV4 (105-108)TIV1 (60-63)TI5 (74-77)TII2 (69-72)TIV2 (66-69)3H2 (80-83)TIV3 (101-104)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Elucidation of Metal-Ion Accumulation Induced by Hydrogen Bonds on Protein Surfaces by Using Porous Lysozyme Crystals Containing Rh(III) Ions as the Model Surfaces
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a96A00
1KIRC 2AUBA 193LA 2YBLA 2VB1A 4NGJA 4YENA 3W3EA 3WU9A 4NGIA 4NG1A 4GLAA 4HJZA 1JTTL 2PC2A 1WQRA 1C10A 3A90A 1OUJA 5ILFA 1TCYA 1GBZA 1LZ1A 2LZTA 3LYOA 2HU1A 1GFRA 2BQBA 1LKSA 4GCFA 3TXKA 4RW2A 1LSMA 4LYMA 134LA 1LJHA 2NWDX 3TMVA 1QUTA 1ALCA 4NSGA 1G7IC 4A7DA 4HTNA 4GN4A 4G49A 4EMNA 1LKRA 1UUZC 4AGAA 2BQFA 1RJCB 1VEDA 4LT2A 1ZMYL 1IP7A 3D3DA 3LHMA 1XEJA 5KXTA 1H6MA 3AYQA 1NDMC 3LZTA 2D4JA 2XBSA 2MECA 4I0CA 4YF2A 1GAZA 4U3XB 2EQLA 5F14A 3G3AB 2HEEA 1FBIX 1CNSA 1JEFA 1O23A 1QSAA 4NGLA 4ZFPA 1V7TA 1XGUC 3FE0A 1LHKA 1INUA 4H1PA 2Z19A 4N5RA 1LMPA 1LZ8A 1UIBA 4B4EA 1LSGA 132LA 1GFJA 3CB7A 4PGJB 5APFA 1AT5A 1YKZX 2G4QA 4WM2A 1LZRA 4DDCA 2DQAA 3WU8A 2CJLA 4AXTA 1GFTA 1YAQA 4I8SA 4HJVA 3A92A 2Q0MX 4ZEEA 2I26L 1KIPC 4G4BA 5B59A 2BQNA 5KXXA 5KXLA 1QTKA 2HEDA 2G4PA 3A96A 1DI3A 1LPIA 1RI8B 4M6DA 5KXNA 1IIZA 1LZGA 1DXJA 2BQGA 1IWWA 4ZIXA 3CT0A 1DI5A 1OUCA 4FJRA 4ETAA 1VDTA 3A6BY 1NBZC 1LZYA 2C8PA 4NSHA 1BHZA 4GCCA 4CFPA 8LYZA 4NFVA 1GBOA 3VWOA 2ZNWY 4OWCA 4EOFA 1C08C 3RU5A 5ILCA 1GB7A 1PS5A 3E3DA 3WPKA 3QE8A 5FSTA 5I4WA 4KXIA 4NHSA 4HTKA 4DC4A 4DDBA 3A3QA 3A93A 4R0FA 1B5ZA 1KXWA 3QY4A 4GLVA 1G7JC 1TAYA 1GE1A 4J0LA 1IO5A 3ZVQA 5KXMA 3P66A 1CJ9A 5DN4A 3M18B 1JTOL 5IELA 1IOCA 1LJGA 2MEEA 4NGKA 4NEBA 5L3IA 4HV1A 1GF9A 1GF6A 2CGIA 2HU3A 1CKGA 3WULA 5JENB 5LIOA 208LA 6LYZA 3ZEKA 1IOTA 1UIDA 1QUSA 2H5ZA 1GFHA 3AJNA 2BLXA 3TMUA 4ETEA 1LHIA 1OUBA 1YL0X 2YBHA 4PRQA 1KXYA 1NWGA 2A7DA 1JITA 3F6ZA 1LAAA 1GEVA 1LYYA 4LT1A 3A95A 3ZVQB 1B7NA 1WTMA 4N1EI 1GE3A 5I4XA 3RNXA 1GXXA 1UA6Y 1BWIA 2WARA 4NSIA 4OWBA 4HSFA 1J1PY 1SLYA 2X0AA 4O34A 4UWNA 5KXSA 1UIAA 5FELA 4NWEA 4TX7A 1WQPA 2EIZC 1AM7A 2YBIA 4UWVA 5HMJA 1GF0A 1B5YA 3T36A 1ZVHL 4DD1A 5HLLA 3RW8A 4Z3MA 3ATOA 1GD6A 1CKDA 3WW5A 3WUNA 1UC0A 4YM8A 1LMNA 4H8XA 1HFXA 2LYMA 1I20A 1LZNA 1LJJA 4NGYA 1GF5A 1B7QA 2HEAA 1YAMA 1NMMA 5LAGA 3WH1A 4NGOA 4XJHA 2BQOA 3IJUA 4H8ZA 4KPMA 2ZQ4A 4YOPA 3WUMA 1XGPC 1WQMA 1IP4A 1HEOA 1LSBA 4IASA 1BB7A 1GFUA 1GFKA 2BPUA 2LHMA 4LYBA 4QEQA 4H9EA 4WM5A 1DI4A 1LMAA 1IC7Y 2Z39A 1DPXA 3AZ7A 1FN5A 1B9OA 1BVXA 4TWSA 3LN2A 3A94A 4XJBA 5KKIA 1GB9A 2B5ZA 4H8YA 4Z46A 1DKJA 1D6QA 4KL7A 3B72A 1IWXA 2W1YA 1LMQA 1YIKA 3CT1A 4NIJA 3N9EA 3B6LA 1GBWA 1REZA 2BQIA 2F4AA 4WL7A 1YKYX 5KY1A 1IOSA 4QGZA 5HMVA 2YBMA 1C45A 1F10A 1FLUA 4Z98A 3LYZA 4DWXA 5F9UA 3CT5A 4W96A 5DL9A 7LYZA 1GBSA 1OUHA 4OW1A 1D0MA 4TSCA 4WM4A 2MEBA 3MGWA 5T3FA 4FDYA 4RLMA 2BQHA 4WG7A 4B4IA 1ZVYB 1IY3A 1HEWA 2MEIA 4N0JA 4NHIA 4H9IA 5KXKA 1GB2A 1J1OY 3CSZA 5I54A 3W6BA 3TXGA 1UACY 2DQFC 4D9ZA 1FLWA 1LZCA 2C8OA 2FYCA 2HEBA 2G4NA 5AMYA 2DQJY 4B49A 4BS7A 1QSWA 2BQJA 2ZYCA 1P2CC 1UCOA 1YILA 4DT3A 5C6IA 1H87A 1MELL 4CFOA 3HFMY 5J7CA 4WM3A 135LA 5LVKA 1DZBX 1IC5Y 5FEKA 2DKVA 4BAPA 5KXZA 4WLYA 5C6JA 1YL1X 3AZ6A 4J7VA 5KXOA 1TEWA 3A6CY 2XJWA 4WMGA 4WLDA 1LJNA 1IWYA 9LYZA 3W6AA 6LYTA 1IC4Y 4NHQA 1HELA 3WXTA 1GBYA 1GF3A 1WQOA 2BQLA 1WVUA 1XGQC 1XEIA 4B0DA 3IJVA 2LYZA 5FCPA 4NSJA 2ZNXY 1OP9B 2LZ2A 2CWIA 1YROA 3D9AC 3EMSA 4GCEA 4WL6A 1GB5A 1VDPA 4UWUA 1OUDA 4QDNA 5B1FA 3OK0A 5DLAA 5C6LA 4H92A 5KXRA 4HPEA 3BKVA 4OWAA 4MCKA 2MEGA 1JISA 2Z18A 2Z37A 1JJ0A 1GWDA 1D6PA 1VATA 5K7OA 4GCBA 2BQMA 3B0IA 1LSDA 4CHXA 194LA 5APEA 1HEQA 5II3A 2Z2FA 3G3BB 5LVHA 1WVVA 2W1MA 1RFPA 4OWHA 1JPOA 3EO5A 1QIOA 4PHIA 1IP5A 1HERA 2DQEY 1GFVA 2RSCA 1W08A 2DQDY 3B0OA 3TXHA 4DD9A 2Y8PA 5LXWA 3P64A 1G7LC 4HPIA 1BWHA 1GF8A 1GFGA 1LSCA 3EBAB 1LSPA 1HMLA 1JKBA 4H9CA 3AGGG 1HMKA 1DPWA 3J4GA 5LVIA 1W6ZA 4XJFA 1PZYA 1TDYA 2DQHY 4ETBA 4CGEA 2DQIY 1I56A 4LYZA 1QDTA 2Z2EA 2MEDA 3KAMA 2FYDA 4B4JA 4NGZA 1IP2A 1GE2A 1YQVY 1WTNA 2H9KA 5FDJA 1FDLY 1JJ3A 4H9FA 4XJGA 5I4YA 2YDGA 1LJ4A 1GE4A 3A67Y 4WO9A 4BAFA 1OUIA 3TXFA 1ZV5L 4DD7A 2CDSA 3CSRA 3AGHA 1QTEA 4C5FA 1GEZA 1KXXA 4HTQA 5LYZA 1LZEA 5LINA 2BQKA 5HQ1A 3TXBA 4NHTA 2D91A 1LHMA 1NKHA 2MEFA 1HHLA 5B05A 1LJEA 2ZIJA 4YEMA 5M1YA 4KT3A 2ZYPA 1Z55A 3ULRA 4N9RA 5A3EA 4LYCA 1LSNA 4HV2A 1JKAA 1C7PA 1AT6A 1VDQA 3RZ4A 1IY4A 4LZTA 3TXJA 4LFXA 2W1XA 1JKCA 3J6KA 4J1AA 1GFEA 3W6DA 1BVKC 3ATNA 3OJPA 154LA 3AB6A 1YAOA 5HNLA 5KKJA 3HBDA 4H94A 4H9HA 1RCMA 2DQGY 4P2EA 4LGKA 4WG1A 5DM9A 3AW6A 1IORA 4GN5C 1LZ5A 1CKFA 3TMXA 2YVBA 3HBHA 1GF7A 2HUBA 1OUFA 1IR7A 2DQCY 2FBBA 4LT0A 4NHPA 4E3UA 1REMA 4H93A 1BB3A 1LTMA 3WVXA 5E4PA 2N5ZA 3AW7A 1HEMA 4MR1A 1D9UA 4HP0A 1JSEA 1IR8A 4PRUA 2BLYA 1FLQA 1REXA 4N8ZA 3TXDA 1LYOA 5LYTA 3TXEA 1B0DA 3P4ZA 1A4VA 1EQ5A 5B07A 3A8ZA 4NGVA 1CKCA 3M3UA 1GHLA 4OOTA 3WVYA 2ZQ3A 3WPLA 2IHLA 1IWVA 3B0KA 5F9XA 4BADA 2YBNA 1SQ2L 3T6UA 1T3PA 1NDGC 5LA8A 4CJ2A 4J1BA 3LYTA 1LOZA 4HJYA 1OUGA 2MEAA 4ET8A 5HNCA 5LVGA 4H90A 5L9JA 1HNLA 1OUEA 1B5XA 1UIHA 4G9SA 5KXWA 5E9RA 4W94A 1HSWA 2BQCA 1QDRA 1WQNA 1GDXA 4RW1A 5B1GA 4LT3A 4GN3A 1LYZA 1F6RA 1JKDA 1HSXA 4ETDA 2FBDA 1KIQC 5D5CA 4RDSA 4WOAA 5FHWA 1A2YC 5A3ZA 1BB5A 3WYHA 4WM1A 1LSFA 1QQYA 1LHHA 4XENA 1HFZA 3AZ5A 3CSQA 1UIEA 1FKQA 2D6BA 4LYOA 1LZ9A 3W6FA 4DDAA 1LHLA 3AGIA 4ML7A 1LZBA 1LJKA 4NY5A 1T6VL 5F81A 3WXUA 2GV0A 2BQAA 5LA5A 2XTHA 2DBTA 3WL2A 4WLTA 5B06A 4ET9A 1E8LA 4TTDA 4NGWA 3QNGA 2ZIKA 2EPEA 1D0KA 4DYGA 4X3BA 1EQEA 1OQMA 1F0WA 1BGIA 1FKVA 3CQLA 5F16A 1LJ3A 1IEEA 4DD3A 1UBZA 5APDA 1LZ6A 4NWHA 4WO6A 1JIYA 1HF4A 3WW6A 1XSFA 3A34A 5IHGA 1YKXX 3N9CA 4PPOA 5APCA 3WMKA 1LZ4A 1GFAA 1CJ8A 3RT5X 1LMTA 3FI7A 1B7LA 3GXKA 1TBYA 3W6CA 1HENA 2BQDA 2H9JA 4OOOA 4XYYA 5L3HA 3BKHA 1EL1A 1IP1A 1NBYC 1V7SA 1LSYA 1IWZA 1LZDA 3N9AA 2ZILA 1C46A 4R6CA 5D5FA 1G7HC 1DKKA 1C43A 1BWJA 133LA 4RLNA 1GDWA 5KXPA 5I5QA 5LVJA 1I1ZA 2YSSC 3IWRA 3WUAA 4B1AA 4H91A 4LYTA 2BAAA 3GXRA 1GB3A 1FLYA 1B7PA 1DQJC 1JWRA 1LZAA 207LA 4H9BA 1HC0A 3TXIA 2BQEA 2A7FA 3AZ4A 3HBEX 4L41A 4DD0A 1GB6A 1BB6A 1VFBC 4II8A 2I25L 4IATA 1B7MA 3WPJA 4ANRA 4NG8A 2YBJA 1JJ1A 1F6SA 1XFPL 4LFPA 1JSFA 2EKSC 1B5VA 1CJ6A 1IWUA 1UIGA 4TSBA 1LZSA 1NF5A 1LSAA 4WM6A 1XGRC 1LMOA 1IWTA 1LSEA 1GB0A 1JTPL 1IOQA 1REYA 2I6ZA 4N1CC 1JHLA 1LHJA 1LZTA 1J1XY 1B7OA 1LCNA 5IDDA 1GBXA 1IVMA 4C3WA 4IJ4A 4Z41A 1UIFA 4WLXA 1OUAA 1B5WA 2D4IA 2F2NA 4OWEA 1YAPA 1GF4A 1GPQC 1N4FA 3K3TA 3EXDA 1EQ4A 4H9AA 1VAUA 3A91A 1B2KA 1IX0A 1G7MC 2HTXA 2ZWBA 3LYMA 5KXYA 4G4CA 1VDSA 1GE0A 3WU7A 153LA 2D4KA 1XEKA 2HEFA 2W1LA 4TUNA 3TMWA 3LZ2A 4YEOA 5I53A 1B7RA 4MSTA 1GB8A 4XN6A 1AKIA 4XJDA 4M4OA 1B5UA 2F4GA 1LSZA 1CJ7A 2LYOA 3P65A 1HFYA 1BQLY 1AZFA 2HECA 1LJIA 5LAFA 5KJ9A 1LJFA 4ETCA 4GCDA 1GAYA 4G4HA 2XBRA 1XGTC 4DD2A 1MLCE 1GXV2 1LYSA 2Z38A 2MEHA 1D0LA 3SP3A 1RE2A 2F30A 1NHEA 4QY9A 5EBHA 1HEPA 1IR9A 1NQIA 2IFFY 2Z12A 4XADA 4XJIA 5LYMA 5DN5A 1JUGA 1CKHA 1UICA 1LMCA 4PJ2C 1YANA 3A3RX 1IP6A 1IP3A 3P68A 1BB4A 1WQQA 1B7SA 3W6EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L54A 4NGJA 4DAJA 3W3EA 4GLAA 1WQRA 140LA 1TCYA 1LZ1A 2LZTA 2HU1A 1GFRA 2BQBA 1LKSA 155LA 1LJHA 1QUTA 1ALCA 201LA 4AGAA 1QUOA 1ZMYL 5KXTA 2A4TA 4YF2A 2D4JA 3C7YA 2EQLA 237LA 3CDVA 1L76A 2HEEA 224LA 252LA 1XGUC 3FE0A 4N5RA 1JQUA 1LZ8A 4PGJB 1GFJA 5APFA 1AT5A 1LZRA 1L94A 2DQAA 3WU8A 1L0JA 1YAQA 1L75A 3C8QA 4EKRA 3A92A 198LA 1QTKA 3A96A 4M6DA 1LZGA 3OE0A 1DI5A 1LZYA 4GCCA 1CU2A 141LA 4OWCA 4EOFA 4DJHA 1C08C 1LYIA 3RU5A 4EKSA 1PS5A 4HTKA 4ARQA 2RB2X 3QY4A 4J0LA 1G7JC 1IO5A 1C62A 115LA 1IOCA 2MEEA 1QTZA 4HV1A 1C68A 1GF6A 190LA 1L57A 2CGIA 3DN8A 4I7QA 1L00A 1KW5A 2H5ZA 3AJNA 1OUBA 1YL0X 3A95A 1B7NA 2RBQA 3RNXA 2WARA 4NSIA 5KXSA 5FELA 2EIZC 1AM7A 5HLLA 4DD1A 1L32A 3T36A 1L51A 1L02A 4W54A 1L26A 3GUPA 3ATOA 1GD6A 1UC0A 1LMNA 1L19A 2LYMA 4EKPA 2HEAA 4ARMB 3GUJA 126LA 4H8ZA 1L43A 2ZQ4A 4ARPA 1IP4A 4WM5A 1GFKA 1L42A 1L95A 1BVXA 3LN2A 1QSBA 4H8YA 1DKJA 1D6QA 182LA 2W1YA 158LA 1IOSA 4QGZA 3SB6A 5F9UA 3C8SA 1JTMA 1OUHA 3MGWA 2BQHA 4EPFA 1UACY 2DQFC 1T8AA 1L64A 2HEBA 1CU3A 1I6SA 5AMYA 2DQJY 4BS7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KIR C;  2AUB A;  193L A;  2YBL A;  2VB1 A;  4NGJ A;  4YEN A;  3W3E A;  3WU9 A;  4NGI A;  4NG1 A;  4GLA A;  4HJZ A;  1JTT L;  2PC2 A;  1WQR A;  1C10 A;  3A90 A;  1OUJ A;  5ILF A;  1TCY A;  1GBZ A;  1LZ1 A;  2LZT A;  3LYO A;  2HU1 A;  1GFR A;  2BQB A;  1LKS A;  4GCF A;  3TXK A;  4RW2 A;  1LSM A;  4LYM A;  134L A;  1LJH A;  2NWD X;  3TMV A;  1QUT A;  1ALC A;  4NSG A;  1G7I C;  4A7D A;  4HTN A;  4GN4 A;  4G49 A;  4EMN A;  1LKR A;  1UUZ C;  4AGA A;  2BQF A;  1RJC B;  1VED A;  4LT2 A;  1ZMY L;  1IP7 A;  3D3D A;  3LHM A;  1XEJ A;  5KXT A;  1H6M A;  3AYQ A;  1NDM C;  3LZT A;  2D4J A;  2XBS A;  2MEC A;  4I0C A;  4YF2 A;  1GAZ A;  4U3X B;  2EQL A;  5F14 A;  3G3A B;  2HEE A;  1FBI X;  1CNS A;  1JEF A;  1O23 A;  1QSA A;  4NGL A;  4ZFP A;  1V7T A;  1XGU C;  3FE0 A;  1LHK A;  1INU A;  4H1P A;  2Z19 A;  4N5R A;  1LMP A;  1LZ8 A;  1UIB A;  4B4E A;  1LSG A;  132L A;  1GFJ A;  3CB7 A;  4PGJ B;  5APF A;  1AT5 A;  1YKZ X;  2G4Q A;  4WM2 A;  1LZR A;  4DDC A;  2DQA A;  3WU8 A;  2CJL A;  4AXT A;  1GFT A;  1YAQ A; 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 1BB6 A;  1VFB C;  4II8 A;  2I25 L;  4IAT A;  1B7M A;  3WPJ A;  4ANR A;  4NG8 A;  2YBJ A;  1JJ1 A;  1F6S A;  1XFP L;  4LFP A;  1JSF A;  2EKS C;  1B5V A;  1CJ6 A;  1IWU A;  1UIG A;  4TSB A;  1LZS A;  1NF5 A;  1LSA A;  4WM6 A;  1XGR C;  1LMO A;  1IWT A;  1LSE A;  1GB0 A;  1JTP L;  1IOQ A;  1REY A;  2I6Z A;  4N1C C;  1JHL A;  1LHJ A;  1LZT A;  1J1X Y;  1B7O A;  1LCN A;  5IDD A;  1GBX A;  1IVM A;  4C3W A;  4IJ4 A;  4Z41 A;  1UIF A;  4WLX A;  1OUA A;  1B5W A;  2D4I A;  2F2N A;  4OWE A;  1YAP A;  1GF4 A;  1GPQ C;  1N4F A;  3K3T A;  3EXD A;  1EQ4 A;  4H9A A;  1VAU A;  3A91 A;  1B2K A;  1IX0 A;  1G7M C;  2HTX A;  2ZWB A;  3LYM A;  5KXY A;  4G4C A;  1VDS A;  1GE0 A;  3WU7 A;  153L A;  2D4K A;  1XEK A;  2HEF A;  2W1L A;  4TUN A;  3TMW A;  3LZ2 A;  4YEO A;  5I53 A;  1B7R A;  4MST A;  1GB8 A;  4XN6 A;  1AKI A;  4XJD A;  4M4O A;  1B5U A;  2F4G A;  1LSZ A;  1CJ7 A;  2LYO A;  3P65 A;  1HFY A;  1BQL Y;  1AZF A;  2HEC A;  1LJI A;  5LAF A;  5KJ9 A;  1LJF A;  4ETC A;  4GCD A;  1GAY A;  4G4H A;  2XBR A;  1XGT C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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