3AB6 | Genus

Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	46
sequence length	122
structure length	122
Chain Sequence	FAGGTVSQRCLSCICKMESGCRNVGCKMDMGSLSCGYFQIKEAYWIDCGRPGSSWKSCAASSYCASLCVQNYMKRYAKWAGCPLRCEGFAREHNGGPRGCKKGSTIGYWNRLQKISGCHGVQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0544838613463186__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0544838613463186__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3AB6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0544838613463186__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0544838613463186","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3AB6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0544838613463186__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe328ee7fddb47e9625a08/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe328ee7fddb47e9625a08/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe328ee7fddb47e9625a08/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe328ee7fddb47e9625a08/pdb.gz): 646 ms

reading 122 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

122 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:121});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	The tertiary structure of an i-type lysozyme isolated from the common orient clam (Meretrix lusoria) pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme
total genus	46
structure length	122
sequence length	122
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2009-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF05497	Destabilase	Destabilase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3ab6A00

2F30A 4HV2A 2BAAA 1IWVA 2Z38A 1XFPL 2W1YA 3CT1A 1TDYA 5LAFA 4DDBA 4GLVA 2MEBA 4LYMA 1IP7A 1BB3A 4LFPA 1BWJA 4R6CA 4NWEA 1IWYA 1UBZA 4WLDA 5L3HA 5LVJA 2YDGA 3LYZA 2Z37A 3WXUA 1AKIA 1UC0A 4H9EA 1UIBA 3EO5A 4LZTA 1GFEA 1LHHA 5DN5A 1JTPL 5LXWA 1P2CC 3AGIA 4LT3A 1JEFA 5DN4A 1GF5A 4MSTA 2MEEA 4G4BA 5M1YA 2NWDX 5FDJA 2CGIA 1XGRC 1LSDA 3ZVQA 3A92A 4H9HA 1OUIA 1NKHA 3B6LA 2XBRA 2DQIY 1KXWA 3B0KA 2XTHA 3RU5A 1IEEA 4ETBA 1GF8A 1QDTA 2DQJY 4ETAA 1CKCA 1GB0A 1CKFA 1SQ2L 1GWDA 1NF5A 1V7SA 1LYYA 1VAUA 1GE3A 3OJPA 2YBIA 1IORA 4HTNA 5I5QA 4ETDA 2W1LA 1GB9A 3LYTA 4EOFA 5KKJA 1BVKC 1FLYA 2HEFA 1IC7Y 1C45A 3B0IA 5J7CA 1IR7A 1Z55A 2G4PA 1NDMC 4UWNA 1C08C 2CDSA 1LZRA 4GN4A 4H9BA 2DQGY 1CKHA 4OOTA 4M6DA 5KXOA 1LMCA 1DPWA 1IOQA 3HBDA 4RLNA 4I8SA 1PZYA 3G3AB 4AXTA 1GFUA 4NHIA 3TMVA 1ZVHL 1HFXA 1AM7A 1GPQC 1WQMA 4G4HA 4H94A 2LZTA 4TSCA 1GB6A 1PS5A 2DQHY 2YBNA 3W6CA 3WUMA 5FCPA 5B1FA 3WPJA 1GFAA 5A3ZA 1B7PA 4NGLA 5HQ1A 1FLUA 3TXJA 3A95A 5KY1A 1GBOA 2MEGA 1V7TA 1G7LC 2ZIJA 1B5XA 4WM1A 1QTKA 5LVGA 1I20A 1O23A 4GCCA 5FSTA 5LVKA 1GB5A 1IR8A 1YL1X 2DQAA 1GF0A 1KIQC 1OP9B 5ILFA 4QY9A 1GE0A 3A6CY 3ULRA 1FLWA 1GFRA 4U3XB 3AGGG 1IOTA 4L41A 5DL9A 1JTOL 1JWRA 1VFBC 3WUAA 2BQFA 2CWIA 2F4GA 1TAYA 4QDNA 2Q0MX 2ZIKA 2ZILA 1GFHA 1JITA 5E4PA 5LVIA 2Z2FA 1JKAA 1LJIA 3W6FA 1IVMA 4X3BA 3IJVA 1D0KA 1JSEA 3IWRA 3TMUA 1RJCB 1HEWA 1LSYA 1HNLA 3A94A 1GF7A 1UIAA 2YVBA 5KXLA 3LHMA 3WVXA 4DD1A 1QDRA 1FDLY 1T6VL 2ZNXY 4ETCA 2BQKA 1OUHA 2I26L 5KXKA 1REZA 2FYCA 1DQJC 4ANRA 5ILCA 1HSWA 5DM9A 4CHXA 4G49A 1F6RA 1G7HC 3BKHA 4W96A 1G7JC 1LYZA 4LT1A 3QNGA 1RCMA 2Y8PA 5APDA 1DI5A 4DD2A 4NG8A 5FHWA 4J1BA 3A93A 3LZTA 4BADA 1HSXA 1LJNA 1LSAA 1IO5A 4FJRA 2XJWA 2YBJA 2BQBA 3WU9A 1NDGC 2DQCY 2F4AA 1B5WA 2EQLA 5I54A 1HERA 1J1PY 3AZ4A 3TXBA 1VEDA 1B5VA 1NMMA 1LMQA 4XJIA 3WH1A 5IDDA 1QQYA 3QY4A 5D5CA 1GE1A 2ZQ4A 1LJKA 2H9JA 4IASA 4XJBA 4WM3A 1BQLY 2HUBA 4WM5A 4J1AA 2G4NA 4CJ2A 1OUFA 4TUNA 1IP6A 1BHZA 2ZWBA 3A3RX 1YANA 1HFZA 4NIJA 1C7PA 1VDQA 4I0CA 1QUSA 1LZGA 4NHTA 1LHJA 1SLYA 1IC5Y 2A7DA 3TXFA 1IIZA 4N1CC 3J4GA 4RW1A 1XGQC 2EPEA 2G4QA 2LYOA 1HC0A 1C10A 4OWBA 2YBMA 2MECA 1LZ8A 2Z12A 3P64A 1YQVY 1A2YC 1B0DA 1YKXX 1LSNA 5APCA 1GBXA 2FYDA 3TXGA 5KXRA 1F10A 5II3A 3HFMY 1GF4A 4IATA 4R0FA 3W6AA 4E3UA 4H1PA 153LA 4QEQA 2I6ZA 1B7SA 4N8ZA 1W6ZA 3WMKA 1LMOA 2DKVA 1YILA 5I53A 5KXSA 2ZYPA 1HEPA 1REYA 5LA5A 4NG1A 2LHMA 4OOOA 4YEOA 4BS7A 2BQNA 1LMTA 1BGIA 2AUBA 3WUNA 3G3BB 4XYYA 4NFVA 1ALCA 4H9IA 3HBHA 3CB7A 3AW7A 4NEBA 4Z46A 5L3IA 1HELA 2A7FA 4WL7A 2MEIA 1MLCE 4WO6A 3WW5A 4NSIA 1HMLA 3N9EA 4WG1A 1UACY 2BQAA 5HLLA 1OUCA 1HHLA 2DQDY 4GN5C 5KKIA 4ET8A 3A96A 1GEVA 1LZSA 1GFVA 1B2KA 1WTNA 1LSEA 4NHQA 5IHGA 4DD9A 4G9SA 1MELL 4NSGA 3SP3A 4HPIA 5FELA 2EKSC 3CSRA 4XJFA 1HF4A 2DQFC 4NGKA 5KXMA 5B06A 1LSGA 4DT3A 1IOCA 4N0JA 4XN6A 5C6LA 1D9UA 4NHPA 4HSFA 4HV1A 4IJ4A 4FDYA 3WU7A 5KXXA 1IWWA 1J1XY 1LZAA 1LYOA 1TEWA 4WLYA 3P68A 1XGPC 1IWXA 4OW1A 3AYQA 1XGUC 1F6SA 2PC2A 1UIHA 2I25L 3TMXA 1LSMA 5C6JA 4NGVA 3W6EA 3ATNA 5LINA 1GDWA 3RT5X 194LA 1AT6A 3WXTA 4WLTA 4LGKA 1YIKA 1D6PA 4ETEA 1LSZA 1LPIA 1LZ4A 3EMSA 4NSHA 2LZ2A 4H91A 3P65A 4HP0A 1YROA 5LIOA 1CKGA 4B4IA 1QSWA 1JHLA 3TXHA 5LVHA 1LKSA 2BQOA 2BQGA 2FBDA 3AGHA 1LJHA 4DDCA 4YEMA 1IP1A 1LJFA 4XJGA 4CGEA 5E9RA 1XSFA 4PHIA 5I4XA 4LYCA 1QUTA 1WQQA 1CNSA 1CJ8A 5I4WA 3B72A 3VWOA 1B7RA 1GD6A 1LMAA 2HTXA 3LYOA 3RNXA 1DKJA 2BQHA 4HJYA 1UA6Y 4O34A 4YENA 1IR9A 3CSQA 4WM6A 4HJZA 4B4EA 5F9UA 2WARA 4B0DA 1BVXA 7LYZA 1GB8A 1OUJA 4H92A 4LYOA 4Z98A 4C3WA 2YBHA 3WPKA 1E8LA 1XEKA 5LYZA 2D6BA 4GCBA 4KXIA 1DKKA 1DI3A 1GEZA 1VATA 1BB6A 1WTMA 2BQJA 4ET9A 5KXYA 1B9OA 1LHMA 1AZFA 2LYMA 3CT0A 1GBYA 1LJ3A 1D0MA 5HMJA 3LN2A 2MEAA 5KXNA 5B05A 132LA 1NQIA 1LMPA 4B49A 5HNCA 1NBYC 1B5YA 1GXXA 1LZ9A 1LZYA 1OUGA 2BQMA 4W94A 2ZQ3A 1BB7A 4QGZA 2CJLA 1B7QA 4KT3A 4TSBA 1FKVA 2H9KA 2HEDA 2XBSA 1F0WA 5KXPA 4AGAA 2LYZA 1JKCA 1OUBA 3P4ZA 4XENA 1GXV2 4ML7A 2BQIA 1RE2A 4YOPA 1DI4A 2C8PA 3A91A 1RI8B 5LYTA 2X0AA 1KIPC 2F2NA 3W3EA 4LT2A 1UICA 1JPOA 1LCNA 4HJVA 1LJGA 5LA8A 1NBZC 2VB1A 1LHLA 1LSPA 1T3PA 1JJ3A 4M4OA 1FKQA 4XJDA 1CJ7A 3WU8A 1UIGA 3WPLA 4C5FA 5I4YA 4GCDA 2ZNWY 3AZ6A 1GF3A 2BQDA 1EQEA 2HEEA 4LFXA 5KJ9A 1KXYA 1LYSA 1YAPA 4KPMA 4NGWA 3FI7A 1GFJA 4CFOA 4H8YA 4YM8A 1HMKA 1C46A 1OUAA 2H5ZA 2Z19A 4DD7A 1GB7A 1LJ4A 4H8ZA 1EQ5A 134LA 2C8OA 5APFA 4NGJA 4J0LA 3P66A 4B4JA 4PJ2C 4GLAA 2IFFY 1UIFA 1B7NA 1OUDA 1GFGA 3AZ5A 4DYGA 4HPEA 5KXTA 1DXJA 2D4KA 1B7MA 3AJNA 4PRUA 1GB2A 3ZVQB 3D3DA 3WW6A 1WQNA 1IWZA 4OWCA 1IX0A 1LJEA 4PPOA 4H9CA 1D6QA 1WVVA 2BQCA 2MEHA 3K3TA 1A4VA 1GBSA 1B7OA 1BWIA 3J6KA 4NHSA 4OWEA 4PRQA 5T3FA 5AMYA 3IJUA 1REMA 4MCKA 5B07A 4NWHA 4NY5A 1TCYA 3FE0A 3EBAB 1BWHA 4WM2A 3OK0A 1IP3A 3ZEKA 1LZEA 2BQEA 3WL2A 1UIEA 1NWGA 2HU3A 208LA 2MEFA 1YKYX 1GE4A 5F81A 4YF2A 1LZCA 3M18B 3D9AC 1LOZA 1IP2A 4XADA 1TBYA 1KXXA 3AZ7A 4G4CA 4BAFA 2BPUA 1B7LA 1REXA 5LYMA 1IP5A 1IY4A 1VDPA 2BLXA 3CSZA 2BLYA 3ATOA 4Z3MA 1B5UA 5L9JA 3GXRA 2FBBA 5EBHA 1YKZX 1UUZC 5JENB 5KXWA 3LYMA 154LA 2Z39A 1C43A 1JTTL 1FBIX 4UWUA 3T6UA 4PGJB 3M3UA 6LYZA 3WVYA 1JSFA 4CFPA 3W6BA 5B1GA 1YAMA 4Z41A 3WULA 1QIOA 1FLQA 4H9FA 1N4FA 4N5RA 4GN3A 2N5ZA 2YBLA 1QSAA 1UCOA 2GV0A 1GHLA 2DBTA 4KL7A 1GF9A 3A6BY 133LA 1JKDA 1GB3A 1LHKA 1VDTA 4N9RA 4OWHA 1XGTC 5F16A 5APEA 3A3QA 1JISA 2HU1A 2W1MA 3E3DA 3RW8A 3CT5A 5B59A 1GF6A 1IWTA 1I1ZA 2MEDA 1IP4A 3AB6A 4NGZA 4HTKA 2D4IA 1LZTA 1YL0X 2B5ZA 4DWXA 1VDSA 1GBWA 4LT0A 4DD0A 4ZEEA 5A3EA 1JJ1A 1LKRA 4D9ZA 1DZBX 2Z18A 1WVUA 4DDAA 1BB5A 4TX7A 3TMWA 2HEBA 3CQLA 1D0LA 1LZ6A 4N1EI 6LYTA 5DLAA 1HFYA 4EMNA 1CKDA 9LYZA 3A90A 3WYHA 1QTEA 1G7MC 1HENA 4RLMA 5F14A 4UWVA 1LHIA 1LZBA 1LSCA 3BKVA 1HEQA 4MR1A 1BB4A 3GXKA 4LYTA 4NGIA 1OUEA 1GFKA 4BAPA 4WOAA 1JKBA 8LYZA 3QE8A 2HECA 1FN5A 3A8ZA 3AW6A 1INUA 4RDSA 3RZ4A 3KAMA 1IOSA 1I56A 1HEOA 4H9AA 3A34A 4WL6A 207LA 1B5ZA 2EIZC 4GCEA 4GCFA 1AT5A 2D4JA 3TXDA 4B1AA 1GAYA 4P2EA 3HBEX 5F9XA 4XJHA 1ZMYL 4DC4A 4H8XA 5KXZA 3LZ2A 1JIYA 3W6DA 1GE2A 1ZVYB 1EL1A 1WQOA 4LYZA 1XEIA 1GFTA 5IELA 4ZIXA 2RSCA 1G7IC 3TXIA 1GBZA 1XEJA 4WO9A 1ZV5L 3EXDA 4ZFPA 1LZDA 3MGWA 3N9AA 2DQEY 3TXKA 1JUGA 3F6ZA 1WQRA 4TTDA 2IHLA 4WM4A 135LA 1WQPA 1LSFA 4WLXA 2YSSC 1HEMA 4H93A 4H90A 4J7VA 4TWSA 1IY3A 1UIDA 4LYBA 4OWAA 5HNLA 1CJ6A 1RFPA 4DD3A 1GAZA 4A7DA 1LAAA 3N9CA 1H6MA 3B0OA 4RW2A 1KIRC 1NHEA 1YAOA 2HEAA 5LAGA 4HTQA 1GDXA 1IWUA 5D5FA 1DPXA 1EQ4A 193LA 4NGYA 1LJJA 5C6IA 2Z2EA 1W08A 1LMNA 1LZ1A 2ZYCA 4NGOA 1LZ5A 5K7OA 4II8A 3T36A 5HMVA 1IC4Y 1J1OY 3A67Y 4NSJA 1OQMA 1LZNA 1YAQA 5FEKA 2BQLA 2W1XA 3TXEA 2D91A 1CJ9A 4WMGA 1JJ0A 4WG7A 1LSBA 1LTMA 1H87A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F30 A;  4HV2 A;  2BAA A;  1IWV A;  2Z38 A;  1XFP L;  2W1Y A;  3CT1 A;  1TDY A;  5LAF A;  4DDB A;  4GLV A;  2MEB A;  4LYM A;  1IP7 A;  1BB3 A;  4LFP A;  1BWJ A;  4R6C A;  4NWE A;  1IWY A;  1UBZ A;  4WLD A;  5L3H A;  5LVJ A;  2YDG A;  3LYZ A;  2Z37 A;  3WXU A;  1AKI A;  1UC0 A;  4H9E A;  1UIB A;  3EO5 A;  4LZT A;  1GFE A;  1LHH A;  5DN5 A;  1JTP L;  5LXW A;  1P2C C;  3AGI A;  4LT3 A;  1JEF A;  5DN4 A;  1GF5 A;  4MST A;  2MEE A;  4G4B A;  5M1Y A;  2NWD X;  5FDJ A;  2CGI A;  1XGR C;  1LSD A;  3ZVQ A;  3A92 A;  4H9H A;  1OUI A;  1NKH A;  3B6L A;  2XBR A;  2DQI Y;  1KXW A;  3B0K A;  2XTH A;  3RU5 A;  1IEE A;  4ETB A;  1GF8 A;  1QDT A;  2DQJ Y;  4ETA A;  1CKC A;  1GB0 A;  1CKF A;  1SQ2 L;  1GWD A;  1NF5 A;  1V7S A;  1LYY A;  1VAU A;  1GE3 A;  3OJP A;  2YBI A;  1IOR A;  4HTN A;  5I5Q A;  4ETD A;  2W1L A;  1GB9 A;  3LYT A;  4EOF A;  5KKJ A;  1BVK C;  1FLY A;  2HEF A;  1IC7 Y;  1C45 A;  3B0I A;  5J7C A;  1IR7 A;  1Z55 A;  2G4P A;  1NDM C;  4UWN A;  1C08 C;  2CDS A;  1LZR A;  4GN4 A;  4H9B A;  2DQG Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3AB6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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