3AGGG

X-ray analysis of lysozyme in the absence of arg
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution X-ray analysis reveals binding of arginine to aromatic residues of lysozyme surface: implication of suppression of protein aggregation by arginine
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
G PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3aggG00
3AW7A 4PRUA 1OQMA 1IP6A 4XJIA 2BQAA 4RLNA 1FKQA 1LMQA 1OUBA 2ZIKA 1JITA 1HEOA 1UIFA 1UIGA 4OWAA 5HMJA 5HQ1A 3D3DA 1LSEA 5C6LA 1UC0A 1GBXA 2YBJA 1AZFA 2ZYCA 3LYMA 4LYOA 1GD6A 4LYMA 5LAGA 1JJ0A 1HEMA 3HBDA 3WXTA 1LZDA 1YKYX 5KY1A 1E8LA 2B5ZA 4RDSA 4XYYA 3VWOA 1FKVA 1EQ5A 1QTKA 2D4KA 2LYZA 1F10A 1J1PY 1HEWA 1LSYA 1ZV5L 4H94A 1GBSA 133LA 1GE0A 3P66A 4NHIA 4NSIA 4WLDA 3LYOA 5LVKA 4J1AA 3TXKA 1GB3A 1IC7Y 1UBZA 1XEIA 4M4OA 3B0OA 5I53A 9LYZA 2FBBA 1KIQC 1LYSA 1RI8B 3AB6A 1XFPL 3D9AC 3W6DA 1LKRA 4BS7A 1QDRA 2EQLA 2ZQ3A 1TEWA 3KAMA 3RU5A 1IP3A 4O34A 2HU3A 2G4QA 3WU9A 1GB8A 1GBZA 1CKCA 4ML7A 4G49A 1JKAA 4LYZA 4B0DA 1V7SA 1IWTA 1JPOA 2MEAA 1LZBA 4I0CA 4OWHA 1LSNA 1GBOA 1LHIA 1GEVA 1GAZA 1LZ5A 1CJ7A 4RW2A 1FLQA 1PZYA 4J1BA 7LYZA 4KPMA 1GF7A 1IVMA 2HUBA 4RLMA 1B0DA 1CJ9A 4H8YA 5DM9A 3WPJA 3OJPA 5LVJA 4MSTA 1JEFA 4OWEA 2W1MA 1SQ2L 2YBHA 1LJFA 4ET9A 4LYTA 1BB4A 4B49A 2Z39A 2Z2FA 1KIPC 1DZBX 5IELA 1YANA 4H9IA 3W6CA 1GF0A 4H90A 4OOTA 1AM7A 2MEBA 4NWHA 5KJ9A 1B5YA 4H9CA 4DD0A 1O23A 5KXNA 2ZIJA 5AMYA 3P4ZA 1H87A 1WQRA 4NY5A 1YIKA 1LZ9A 3QNGA 1IIZA 1REXA 1LMOA 1YAQA 2PC2A 4TX7A 4OWBA 1LYYA 4LZTA 4H91A 3AZ7A 1H6MA 1LZSA 4HV2A 5EBHA 4NGKA 1C45A 2G4PA 4NEBA 3W6BA 4GCBA 4HPEA 4P2EA 1DKKA 1LOZA 2BQOA 2RSCA 4YENA 5KXWA 1CKDA 1NF5A 2C8OA 3CT5A 1GEZA 3W6EA 2DQGY 2MEIA 1D0MA 3LN2A 4DC4A 5I4YA 1CKFA 3CT0A 1DKJA 4ETAA 3SP3A 3TXDA 3WXUA 1FLUA 4YF2A 1XEKA 1KXYA 2XBRA 1YKXX 1CKGA 1YAOA 2BQBA 2DKVA 3AGGG 1VDSA 5E4PA 1IY3A 2I25L 2MEGA 4NHSA 4DD1A 5KXSA 4WLTA 153LA 3A3RX 3T36A 2Z12A 5HNLA 5LINA 5M1YA 4XJDA 5I5QA 4NSHA 2F2NA 3IJVA 3M18B 1VDTA 3TMVA 4WO9A 3A6BY 2FBDA 1B9OA 1GE1A 5APDA 4DD7A 1DQJC 1GXV2 1CKHA 1IC4Y 1NDGC 2DBTA 1LJ4A 4NG1A 2EKSC 1JISA 4N0JA 1WTNA 1NMMA 1T6VL 2DQAA 1A2YC 3B6LA 4GN5C 1LZ8A 3TXEA 3WUAA 1IR9A 5KXOA 5F16A 4LYBA 1OP9B 2MEDA 2HTXA 1I20A 3K3TA 3WPKA 1HERA 2BPUA 1WVUA 1GDWA 4PPOA 1GB2A 1LPIA 4II8A 2W1LA 5LVIA 1IP1A 3FI7A 5F9XA 1JUGA 1REMA 2FYDA 1HSWA 2A7DA 3J4GA 5APCA 1GFAA 4GN4A 5KKIA 5KXPA 4PRQA 2MEEA 4DDAA 5JENB 1IOTA 3TXGA 5HNCA 1LYOA 4B4JA 4NSGA 1IP7A 4YM8A 4UWVA 1OUIA 1WTMA 1BHZA 2CJLA 2DQEY 5LVHA 3WU7A 2HEAA 2Z18A 5APEA 1KXWA 1B7RA 1WQOA 1YKZX 1DPXA 4HTQA 4NIJA 3FE0A 4WG1A 1IR7A 1B5XA 4GCCA 4H9EA 4N1CC 1GHLA 4TSBA 2DQFC 2YBNA 1VDPA 3W6FA 2GV0A 2WARA 4H93A 5DL9A 3A92A 1ZVYB 5FELA 4DDCA 4X3BA 1DI5A 5C6IA 5ILCA 1SLYA 2Y8PA 4NHQA 3AGHA 1NWGA 1IWXA 3A96A 4KT3A 1OUEA 4PGJB 1YQVY 2HECA 1LZGA 4NSJA 5L9JA 1AT6A 1QUSA 2I26L 1GF8A 1B7QA 4WM4A 4CGEA 1GDXA 1JSFA 1YAMA 4H92A 1IORA 1J1OY 2BQGA 4QEQA 2D4JA 1I56A 3N9AA 4BADA 5F9UA 5L3HA 1BVKC 1CJ6A 4FJRA 1RJCB 5C6JA 5K7OA 2H5ZA 1HF4A 1JJ1A 1LMNA 1TDYA 1C7PA 1LSGA 4OW1A 1IC5Y 4C3WA 1AKIA 2EIZC 207LA 4WO6A 3WH1A 3OK0A 4CJ2A 1UIBA 5KXXA 1JHLA 1LHJA 1EQEA 2Q0MX 1LJEA 4G4BA 1LJ3A 2CDSA 5LVGA 3BKHA 1BWHA 4G9SA 2XBSA 4HSFA 4HTNA 5L3IA 3W3EA 2C8PA 3RNXA 3J6KA 4LT3A 1P2CC 3BKVA 1FDLY 2AUBA 2FYCA 1LYZA 1W08A 2ZILA 1C43A 1GFHA 4AXTA 1G7HC 4UWUA 4E3UA 2ZWBA 3TMWA 1GFGA 1DXJA 194LA 4WM6A 2I6ZA 1HNLA 3B0KA 5T3FA 2BAAA 2Z2EA 1BB5A 4UWNA 1LHMA 1GWDA 3A8ZA 4GCDA 4Z41A 2W1YA 1UIHA 1UA6Y 1BGIA 1RE2A 3ATNA 1QDTA 3EXDA 3LYTA 134LA 1D9UA 3EO5A 3RZ4A 2BLYA 1F6SA 5DN5A 1GFJA 1LMAA 1TAYA 1LZTA 2YSSC 1B5WA 4DT3A 1WQNA 1XGTC 2ZNXY 5B59A 1HHLA 1VDQA 4YEMA 1LSZA 1F6RA 4NGLA 4PHIA 4QGZA 3TXHA 4NHPA 2HEBA 4OWCA 3CT1A 2D91A 3N9CA 2XJWA 4J7VA 5ILFA 1OUHA 1YROA 1NKHA 3HBEX 2LZTA 3QY4A 4GLVA 4HJYA 4LFXA 1NQIA 2Z38A 1DPWA 3CQLA 1GAYA 1YL0X 2NWDX 1C08C 4LT1A 1PS5A 3CSZA 2LHMA 3IJUA 2DQHY 1LCNA 1IWUA 1EQ4A 2HEFA 2YBIA 5KXTA 1RCMA 4H8XA 4WLYA 4IATA 1B7OA 2DQIY 4EOFA 1C46A 1LMCA 4NGIA 4H9FA 3WULA 4NGYA 5I4WA 3WUNA 3HFMY 1C10A 2D6BA 5LYZA 1IY4A 4HJZA 193LA 3LYZA 3WMKA 1ZVHL 1UIDA 4MR1A 4ZFPA 5LYTA 1IEEA 1GBWA 1GF6A 1LSPA 1HELA 4RW1A 4ET8A 3IWRA 1IWZA 4H9BA 2CWIA 4XN6A 2YVBA 1LZRA 3RT5X 2BQIA 2ZNWY 4HJVA 2BQNA 4NGOA 1IR8A 3TXIA 2BQLA 6LYZA 2HEDA 2YBMA 1XEJA 2BQCA 3GXKA 4NGWA 1IO5A 4TTDA 1F0WA 3G3BB 5II3A 1BQLY 1KIRC 1UCOA 1VATA 1JKBA 4G4HA 1XSFA 1G7MC 1B5UA 1IOCA 1Z55A 8LYZA 3A90A 1OUAA 1D0LA 1IP2A 1B7NA 1LSAA 1HEPA 5KXYA 1QTEA 4XJHA 5KXMA 1HFZA 2BQKA 2BQFA 2CGIA 1AT5A 3TXJA 2DQJY 3WVYA 2IFFY 4U3XB 1IWVA 1BVXA 3A95A 3AZ6A 3E3DA 4LYCA 2F4AA 4KXIA 2LYMA 1FLYA 1TCYA 4GCEA 1XGUC 1LSMA 1LZAA 2MEHA 4DD2A 1GB7A 3TXFA 4NG8A 4CHXA 3A94A 1LZEA 1FN5A 3WUMA 4H1PA 5I54A 4HTKA 3CSQA 1BB3A 3HBHA 4OOOA 4PJ2C 4R0FA 3RW8A 1YL1X 1QSAA 1LJIA 1JIYA 1B5ZA 1LSFA 2G4NA 1WQMA 5B06A 1G7JC 2Z37A 4DDBA 1GFKA 5F81A 1B7SA 1IWWA 4ETEA 1GFEA 4NFVA 4ANRA 1GF4A 4LGKA 1NBZC 1GPQC 1GB6A 2Z19A 1UIEA 3B0IA 4TWSA 2LYOA 4GN3A 1JSEA 5FEKA 5J7CA 2BQDA 1GFUA 1XGRC 4DD3A 1WVVA 1XGQC 4GLAA 4NGJA 1RFPA 4H9HA 4LT2A 1LSDA 1W6ZA 4WM3A 1OUCA 3P65A 4WM5A 1NHEA 1GFVA 4B4EA 2YBLA 1OUFA 5LA8A 1B7PA 1JKCA 5LAFA 1GF9A 5A3EA 1V7TA 4HP0A 5A3ZA 1IP4A 1LHHA 3TMUA 4TUNA 2MECA 4L41A 3A91A 4DYGA 4FDYA 4CFPA 3ATOA 4WM2A 5B1FA 3TXBA 1LJNA 1VFBC 1JJ3A 4N5RA 3WYHA 1CJ8A 1TBYA 3T6UA 3A6CY 4ETCA 2XTHA 2F30A 1JTOL 4XADA 1GB9A 3EMSA 1QIOA 4MCKA 1MLCE 1CNSA 1LJJA 1HFYA 4B1AA 2YDGA 3LHMA 1LJGA 4QDNA 1LSBA 1YILA 3EBAB 1OUDA 1A4VA 1GE3A 5KKJA 4Z46A 4R6CA 1JWRA 3A67Y 4WLXA 1QSWA 2LZ2A 5F14A 5KXRA 5D5CA 3LZ2A 4DD9A 4ETDA 4Z3MA 1VAUA 154LA 1KXXA 1LZNA 1DI3A 4HV1A 5IHGA 4N1EI 5B07A 3W6AA 2F4GA 1BB6A 1OUJA 3F6ZA 4XJBA 1BWIA 1HEQA 1G7LC 1NBYC 2MEFA 2N5ZA 4J0LA 3TMXA 3WVXA 1QQYA 5LYMA 1INUA 4YOPA 2VB1A 1UUZC 3AYQA 1GB0A 2X0AA 1BB7A 4LFPA 6LYTA 1JKDA 1REYA 1D6PA 1GE4A 2EPEA 1LHKA 1EL1A 1GFRA 1HENA 1IWYA 4BAFA 5IDDA 1WQQA 4W94A 3AJNA 1B7MA 208LA 1T3PA 1GE2A 2ZYPA 1G7IC 3A93A 4Z98A 3QE8A 135LA 1LZCA 1HMKA 3A34A 3N9EA 1LHLA 2H9KA 4WL6A 1REZA 1HSXA 4N8ZA 4WG7A 1GF3A 3MGWA 3WU8A 1OUGA 4WM1A 3M3UA 1LZ4A 1LZYA 4NWEA 5DN4A 4D9ZA 2IHLA 1MELL 5HLLA 4I8SA 4M6DA 1QUTA 1LTMA 3AW6A 3ULRA 3WL2A 4C5FA 4XJFA 3WW5A 3LZTA 3WPLA 4DWXA 2BQHA 2ZQ4A 1B7LA 3P68A 1LAAA 3ZEKA 5D5FA 1B5VA 1JTTL 1DI4A 4CFOA 5B05A 4W96A 2D4IA 3A3QA 5I4XA 4EMNA 1GF5A 1LMTA 2DQDY 4AGAA 1HMLA 1GFTA 1WQPA 3CB7A 2BQMA 1IP5A 4G4CA 1IOSA 2HEEA 5E9RA 1JTPL 5KXKA 4YEOA 5LA5A 4GCFA 4QY9A 4ETBA 5LIOA 1NDMC 5LXWA 1LJHA 3AZ4A 4WOAA 5FDJA 5FHWA 1XGPC 2HU1A 1BWJA 1LSCA 4BAPA 3GXRA 1HFXA 3ZVQA 1I1ZA 2BQJA 3B72A 4IASA 5KXZA 4N9RA 1FBIX 3WW6A 1UACY 2BLXA 1J1XY 4NHTA 3CSRA 4IJ4A 1B2KA 2DQCY 4ZIXA 1YAPA 5B1GA 4KL7A 4XENA 4A7DA 3G3AB 5DLAA 1VEDA 5FCPA 5KXLA 1D0KA 2H9JA 2BQEA 4H8ZA 1UIAA 1D6QA 1LJKA 5APFA 4TSCA 4WL7A 3AGIA 2A7FA 1UICA 4B4IA 1GXXA 5FSTA 1LKSA 4NGVA 1HC0A 1GBYA 1LZ1A 1GB5A 4NGZA 1LZ6A 1FLWA 1IOQA 4WMGA 4ZEEA 4HPIA 1N4FA 1ZMYL 2W1XA 1ALCA 3ZVQB 4LT0A 5HMVA 1LMPA 1IX0A 4H9AA 132LA 3AZ5A 4XJGA 3P64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJIA 168LA 1FKQA 1OUBA 1P56A 1UIGA 5HMJA 3D3DA 1AZFA 5LAGA 1JJ0A 189LA 3HBDA 167LA 1LZDA 1YKYX 4XYYA 1QTKA 2LYZA 1F10A 1HEWA 236LA 2ANVA 3P66A 4NSIA 1L00A 1GB3A 1IC7Y 1XEIA 3B0OA 9LYZA 2FBBA 1QDRA 1KY1A 1TEWA 1IP3A 4O34A 4I7KA 1CKCA 1JKAA 173LA 4OWHA 1GBOA 1L58A 222LA 4EPFA 7LYZA 148LE 123LA 258LA 1B0DA 5DM9A 166LA 3OJPA 5LVJA 1JEFA 113LA 1KIPC 1DZBX 4H9IA 1GF0A 4OOTA 1AM7A 2RB1X 1O23A 126LA 3P4ZA 3HDFA 1YIKA 1L66A 3CDTA 3QNGA 1L26A 3V2WA 145LA 2PC2A 4TX7A 1L87A 1CV3A 4HV2A 4GRVA 1G0MA 1QT8A 2G4PA 3GUOA 4GCBA 4YENA 4DC4A 3ODUA 3CT0A 1C66A 1L93A 4ETAA 260LA 4YF2A 1KXYA 1CKGA 1YAOA 5E4PA 1IY3A 2XQOA 2I25L 1QT6A 4DD1A 5KXSA 4WLTA 3A3RX 3DN2A 3T36A 5HNLA 4DQJA 5M1YA 4XJDA 2F2NA 103LA 1VDTA 137LA 3A6BY 5APDA 1L63A 1DQJC 1JISA 1KW5A 1NMMA 144LA 1IR9A 2MEDA 3RUNA 2HTXA 4DQ5A 4PPOA 1GB2A 4II8A 5LVIA 4EJ4A 1JUGA 2FYDA 2A7DA 1L14A 226LA 3J4GA 230LA 4DDAA 5JENB 181LA 3SB6A 1OUIA 1L13A 1WTMA 1KXWA 180LA 1WQOA 1YKZX 1DPXA 1GHLA 2LCBA 1VDPA 2WARA 5FELA 4DDCA 1DI5A 1T8FA 1L21A 1SLYA 3SBAA 1NWGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AW7 A;  4PRU A;  1OQM A;  1IP6 A;  4XJI A;  2BQA A;  4RLN A;  1FKQ A;  1LMQ A;  1OUB A;  2ZIK A;  1JIT A;  1HEO A;  1UIF A;  1UIG A;  4OWA A;  5HMJ A;  5HQ1 A;  3D3D A;  1LSE A;  5C6L A;  1UC0 A;  1GBX A;  2YBJ A;  1AZF A;  2ZYC A;  3LYM A;  4LYO A;  1GD6 A;  4LYM A;  5LAG A;  1JJ0 A;  1HEM A;  3HBD A;  3WXT A;  1LZD A;  1YKY X;  5KY1 A;  1E8L A;  2B5Z A;  4RDS A;  4XYY A;  3VWO A;  1FKV A;  1EQ5 A;  1QTK A;  2D4K A;  2LYZ A;  1F10 A;  1J1P Y;  1HEW A;  1LSY A;  1ZV5 L;  4H94 A;  1GBS A;  133L A;  1GE0 A;  3P66 A;  4NHI A;  4NSI A;  4WLD A;  3LYO A;  5LVK A;  4J1A A;  3TXK A;  1GB3 A;  1IC7 Y;  1UBZ A;  1XEI A;  4M4O A;  3B0O A;  5I53 A;  9LYZ A;  2FBB A;  1KIQ C;  1LYS A;  1RI8 B;  3AB6 A;  1XFP L;  3D9A C;  3W6D A;  1LKR A;  4BS7 A;  1QDR A;  2EQL A;  2ZQ3 A;  1TEW A;  3KAM A;  3RU5 A;  1IP3 A;  4O34 A;  2HU3 A;  2G4Q A;  3WU9 A;  1GB8 A;  1GBZ A;  1CKC A;  4ML7 A;  4G49 A;  1JKA A;  4LYZ A;  4B0D A;  1V7S A;  1IWT A;  1JPO A;  2MEA A;  1LZB A;  4I0C A;  4OWH A;  1LSN A;  1GBO A;  1LHI A; 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 1OUG A;  4WM1 A;  3M3U A;  1LZ4 A;  1LZY A;  4NWE A;  5DN4 A;  4D9Z A;  2IHL A;  1MEL L;  5HLL A;  4I8S A;  4M6D A;  1QUT A;  1LTM A;  3AW6 A;  3ULR A;  3WL2 A;  4C5F A;  4XJF A;  3WW5 A;  3LZT A;  3WPL A;  4DWX A;  2BQH A;  2ZQ4 A;  1B7L A;  3P68 A;  1LAA A;  3ZEK A;  5D5F A;  1B5V A;  1JTT L;  1DI4 A;  4CFO A;  5B05 A;  4W96 A;  2D4I A;  3A3Q A;  5I4X A;  4EMN A;  1GF5 A;  1LMT A;  2DQD Y;  4AGA A;  1HML A;  1GFT A;  1WQP A;  3CB7 A;  2BQM A;  1IP5 A;  4G4C A;  1IOS A;  2HEE A;  5E9R A;  1JTP L;  5KXK A;  4YEO A;  5LA5 A;  4GCF A;  4QY9 A;  4ETB A;  5LIO A;  1NDM C;  5LXW A;  1LJH A;  3AZ4 A;  4WOA A;  5FDJ A;  5FHW A;  1XGP C;  2HU1 A;  1BWJ A;  1LSC A;  4BAP A;  3GXR A;  1HFX A;  3ZVQ A;  1I1Z A;  2BQJ A;  3B72 A;  4IAS A;  5KXZ A;  4N9R A;  1FBI X;  3WW6 A;  1UAC Y;  2BLX A;  1J1X Y;  4NHT A;  3CSR A;  4IJ4 A;  1B2K A;  2DQC Y;  4ZIX A;  1YAP A;  5B1G A;  4KL7 A;  4XEN A;  4A7D A;  3G3A B;  5DLA A;  1VED A;  5FCP A;  5KXL A;  1D0K A;  2H9J A;  2BQE A;  4H8Z A;  1UIA A;  1D6Q A;  1LJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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