3ATOA

Glycine ethyl ester shielding on the aromatic surfaces of lysozyme: implication for suppression of protein aggregation
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Glycine ethyl ester shielding on the aromatic surfaces of lysozyme: Implication for suppression of protein aggregation
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3atoA00
3GXRA 5LXWA 1YL1X 4GCFA 4HSFA 1LSPA 3B6LA 4HTQA 1LHMA 1CJ9A 1PZYA 2C8PA 5D5FA 1GWDA 1O23A 2N5ZA 3W6AA 1KXYA 2BQAA 5DN4A 1E8LA 3TXBA 3CT0A 1WVUA 2CGIA 4N1EI 2X0AA 4PJ2C 4DC4A 1T6VL 4MSTA 5I54A 1EQ4A 1UIAA 1QUTA 3WU8A 4WO6A 1IWVA 5C6IA 1W6ZA 1GFVA 1F6SA 3AW6A 1INUA 1OUBA 1UCOA 1LHJA 1WQMA 1CKGA 5APCA 2IFFY 1EQ5A 1ZV5L 4MR1A 4R0FA 5I4XA 4QEQA 2ZIKA 5KKIA 4KL7A 4WLXA 6LYZA 1GFGA 1YAOA 4TWSA 5FSTA 4A7DA 3AW7A 3J6KA 4EMNA 2Z12A 3A92A 3QY4A 5F81A 2ZNXY 1BB3A 1FLYA 1I56A 4LT0A 4WLDA 2MEHA 1LSYA 5DL9A 2HU1A 3CQLA 1LJNA 1LJEA 1LZ4A 4DD2A 4B4EA 1GPQC 5KXRA 1IR8A 3W6DA 2DBTA 2HEEA 1GF0A 1GF4A 1HELA 4LZTA 4GCCA 1IOQA 1UIGA 1LJHA 1LMCA 1D6PA 1LZYA 1C7PA 4J7VA 5F9UA 4WMGA 2XBRA 1QUSA 4FJRA 4BADA 2Z2EA 1ALCA 1B7RA 2D4KA 4PHIA 1C43A 1FKVA 1JTOL 4IJ4A 4Z41A 3OJPA 4KPMA 5FDJA 1GBWA 4N0JA 4WL7A 1JHLA 1V7TA 4NHPA 4XN6A 3QE8A 4LYZA 1BWJA 1LCNA 1QQYA 1VFBC 1DKKA 4N8ZA 3RNXA 4GCBA 3WPKA 1TEWA 4L41A 1IC5Y 2WARA 3M3UA 1IIZA 4KXIA 1EQEA 1IWTA 1IWUA 2DQGY 3HBEX 2XTHA 3P65A 2MECA 4GN3A 5LYZA 5FCPA 4II8A 6LYTA 1UIFA 1CKHA 1G7JC 1IC4Y 5M1YA 1IWWA 1GXXA 3D9AC 4FDYA 1LSEA 5FELA 1GB0A 1GAYA 4OWEA 3AYQA 1YL0X 4OWHA 1REMA 4WM6A 4DYGA 2FBDA 3EXDA 4XJFA 1F10A 1OUGA 4DT3A 1QDTA 3LHMA 4NHIA 8LYZA 2MEBA 4ANRA 1WQNA 5APDA 3B72A 5KXYA 4H8XA 2DQIY 1IP6A 1JSFA 3ATNA 2HEAA 1AM7A 1JKDA 5KXSA 7LYZA 1QDRA 2PC2A 4R6CA 1GEVA 1IVMA 1SQ2L 3M18B 4WM4A 4O34A 2VB1A 1GFRA 1OUFA 1FLUA 1UIBA 1LZBA 1QTEA 5KXZA 1IOCA 1RI8B 3EMSA 4J1AA 1JIYA 1WQPA 2XBSA 2ZIJA 4WG7A 5J7CA 3WL2A 4LYTA 4D9ZA 2YBJA 2YVBA 1QTKA 3A8ZA 4UWUA 1LSBA 4LT1A 5F9XA 3LYZA 208LA 2DKVA 2G4QA 5E9RA 5B1FA 3CT1A 1HHLA 3WXUA 1FN5A 3LZ2A 4QDNA 4RW1A 1BB5A 3WXTA 1LJ3A 133LA 1LZGA 3N9EA 4TTDA 1YROA 2CJLA 1XGRC 4YENA 4DDBA 1HNLA 1W08A 4RLMA 3T36A 1OUAA 4WL6A 5KXPA 3IWRA 1YAQA 3RW8A 1UIEA 3LYTA 1CJ6A 1UUZC 4GCEA 3AZ6A 1C10A 2BQMA 2BLYA 4NHSA 5L9JA 2Z39A 3AGHA 2H9KA 2G4NA 1D0KA 2I25L 1B7SA 4B4JA 5KXNA 1HFZA 5I5QA 1UACY 1QSWA 2MEEA 1IWZA 2MEDA 1LZDA 1NBYC 1GFEA 1REXA 4OWCA 3LN2A 2ZILA 5DN5A 1LSCA 1YILA 5E4PA 1D6QA 4DD7A 1GD6A 1LYOA 3P66A 4CFPA 1VDSA 2Z18A 1D0LA 5F16A 5T3FA 3E3DA 2YBLA 4NEBA 1OUEA 5ILFA 4G4HA 1G7LC 2I26L 3ZEKA 4NGLA 1BVXA 3ATOA 3AJNA 1DKJA 2Y8PA 1IP2A 3N9CA 1OQMA 3CT5A 2Z38A 5FEKA 5KJ9A 2W1XA 1LMAA 4GCDA 4HV2A 1HSXA 1LZEA 1GE1A 1LHHA 4LYOA 4H9IA 2W1MA 4ET8A 1GF8A 1NKHA 1GE0A 4H8YA 4ETEA 4NSHA 2F2NA 4HV1A 1GDXA 1G7HC 4NFVA 1GB8A 2W1YA 1GFUA 2AUBA 1ZVYB 1QIOA 4LT2A 1J1PY 1BVKC 2CDSA 2C8OA 2FYDA 2YDGA 5JENB 1DI3A 2BQOA 2D91A 3EO5A 3ZVQA 1CJ8A 2HUBA 2ZYPA 1GB3A 3G3AB 4WG1A 4BAFA 4ETAA 2Q0MX 1HC0A 3TMXA 1JPOA 4XYYA 1IR9A 1H6MA 5LAGA 1GF5A 4H93A 1FDLY 5FHWA 1GXV2 1NBZC 5HQ1A 1IOTA 2HEDA 5LAFA 3TXHA 4N5RA 3AZ7A 3WU9A 1YKXX 1GB2A 2Z2FA 1RE2A 4WM5A 3WUNA 1D9UA 1GFTA 1JTTL 1DI5A 1HEWA 5EBHA 4OWBA 3W6BA 5HLLA 1OUIA 5DLAA 2LZ2A 2BQDA 5B05A 1B7OA 1JISA 1LMPA 4B49A 1HENA 2F4GA 4X3BA 1HFXA 1HMLA 2EIZC 1NDMC 1UICA 1F6RA 4LFPA 3VWOA 4XJIA 1BB4A 2DQHY 1GE2A 1LAAA 2F30A 4H8ZA 4NIJA 4GLVA 4DD1A 3W3EA 3IJUA 1V7SA 5B59A 9LYZA 1AKIA 1LJJA 4NGWA 1RFPA 5II3A 2BQNA 1B5VA 1B7PA 1D0MA 4ZIXA 1AT6A 2DQEY 1KXXA 1WVVA 1IWYA 1GF6A 1LMQA 1LZ1A 4DD0A 5APEA 4WM2A 3TXEA 4ZEEA 4G4BA 1GFHA 5HMJA 2DQAA 2YSSC 2LYOA 3K3TA 4H9EA 1VAUA 3A34A 4M4OA 2BQJA 4H91A 1JITA 3WVXA 1UIHA 4NGYA 1FBIX 2BQEA 1GFAA 1IO5A 4DD3A 4DDAA 1LZ9A 4H9HA 3LYOA 2B5ZA 4HP0A 4KT3A 4NHQA 4NSIA 5C6JA 1B7MA 3ZVQB 3WU7A 1VDTA 3RT5X 5IHGA 4EOFA 1KIRC 3EBAB 2DQCY 4RW2A 1DI4A 2Z19A 1IX0A 1WQOA 4NG8A 3WW5A 3N9AA 1LJKA 1IC7Y 4U3XB 5LVJA 1BQLY 2FBBA 1DPXA 4UWNA 3TXIA 1OUJA 1OP9B 1RCMA 4NGIA 5LA8A 4GN4A 4YM8A 4C3WA 1CJ7A 1LSAA 5L3HA 1LHLA 3BKHA 3KAMA 1LYSA 3WW6A 207LA 5KXXA 4PRUA 1A4VA 1HSWA 4NWEA 3WUMA 1KXWA 1WTMA 4Z46A 2BQKA 4AXTA 2HU3A 4H9CA 1IP4A 3AB6A 1B7QA 2EPEA 4HPEA 1DXJA 1ZVHL 2BQBA 1SLYA 1XGUC 1CNSA 1LMNA 2HEBA 4IATA 4J0LA 1HF4A 1OUCA 4LYMA 5AMYA 1C45A 4NWHA 5KKJA 193LA 1ZMYL 4TSBA 4W94A 1FLQA 1GF7A 2BPUA 4PPOA 1LKRA 1LZ5A 2H9JA 4YF2A 1BB6A 4QGZA 1IORA 1XEKA 1IEEA 4HTKA 1NMMA 4G4CA 1IWXA 4NSJA 1HFYA 1XGQC 3P4ZA 4NGJA 2D4JA 3MGWA 1LJIA 4P2EA 2BLXA 3TXJA 3J4GA 4NG1A 2MEFA 4ETDA 1A2YC 5ILCA 1F0WA 1REYA 1C46A 1XEIA 2D4IA 1HERA 5I53A 3W6CA 2W1LA 3TMVA 4HJYA 3TXGA 1Z55A 4CGEA 1RJCB 1UBZA 3A6CY 4H1PA 1IP3A 1LJ4A 3QNGA 4GN5C 1WTNA 3AGGG 4MCKA 4N9RA 3AGIA 4LYBA 5A3ZA 4HTNA 2YBHA 1BGIA 1GE3A 3CSQA 3CSRA 4NY5A 4ET9A 1BWIA 3HFMY 2BQHA 1LPIA 2LYZA 3FI7A 5KXOA 2HTXA 2MEAA 5HNCA 2A7FA 4DD9A 1GBXA 1VDPA 3WPLA 5I4WA 5LYMA 1JKAA 1NF5A 1B5WA 3BKVA 4W96A 1DQJC 1YQVY 134LA 1VATA 4J1BA 1B7NA 4XJHA 2BQIA 3HBHA 4WLYA 3FE0A 1XFPL 4M6DA 3AZ5A 1PS5A 3SP3A 4H9BA 1GEZA 4XJDA 1LJFA 2BAAA 2ZYCA 4TUNA 1JWRA 3AZ4A 4I0CA 4PGJB 4ETBA 4LFXA 1GAZA 1LSMA 1LZSA 1NWGA 3P64A 5HNLA 1GF9A 1LOZA 1T3PA 5D5CA 4BAPA 1HEQA 4Z98A 5LVGA 1IP5A 1IY3A 2BQCA 1JKCA 4OOTA 4NGVA 1G7IC 4CJ2A 1LHKA 1LZ6A 1IP1A 1LYZA 4H9FA 1CKCA 5KXTA 1NQIA 154LA 1AZFA 1GDWA 1JSEA 1JTPL 1VEDA 1HEMA 1KIQC 3F6ZA 1WQQA 1LSDA 1I20A 1XSFA 1B5YA 5LIOA 3TXKA 1C08C 1UIDA 1UC0A 2A7DA 5IELA 2ZWBA 1XGTC 4WM3A 1LJGA 3CB7A 4B0DA 1HEPA 3LZTA 1GF3A 1HEOA 2NWDX 4PRQA 5LYTA 4WO9A 4BS7A 1IY4A 4OWAA 4ZFPA 5KY1A 3WYHA 4IASA 5HMVA 3A6BY 4GLAA 4G9SA 1TAYA 4LYCA 2YBIA 3A67Y 4OOOA 1LSZA 4WM1A 4C5FA 1LSNA 3GXKA 1FKQA 4RLNA 4YOPA 3WVYA 4B1AA 3W6FA 1NDGC 4OW1A 4TSCA 2ZQ4A 1P2CC 4NGOA 2DQDY 5KXLA 1GB5A 3WH1A 4DDCA 135LA 2EKSC 2LHMA 1LHIA 1J1XY 3A90A 1GBYA 4ML7A 5LINA 3D3DA 1CKDA 1IR7A 3ULRA 1CKFA 3W6EA 3HBDA 1YAPA 4WLTA 3B0IA 3A94A 1LSGA 5C6LA 1JJ0A 4NHTA 3B0KA 3OK0A 2HECA 1B0DA 3TMWA 4H9AA 194LA 1JUGA 2BQLA 1BB7A 2EQLA 1GB7A 2F4AA 4H90A 1I1ZA 3TXFA 1LZ8A 1OUDA 4H94A 5L3IA 2YBMA 3LYMA 4CHXA 2G4PA 3WULA 4ETCA 3A96A 5DM9A 1MLCE 3T6UA 4Z3MA 1TBYA 5B1GA 1LYYA 1VDQA 2H5ZA 2MEGA 1GB9A 1LKSA 4NGZA 4RDSA 1GFJA 1B2KA 5LVHA 4I8SA 1B5UA 4WOAA 5KXKA 2XJWA 1GBOA 2ZNWY 5B06A 1KIPC 2BQFA 4HPIA 4E3UA 5IDDA 3RZ4A 3RU5A 5LA5A 4H92A 1JJ1A 2HEFA 1WQRA 1GB6A 1LZCA 2BQGA 1AT5A 3A3QA 1YANA 3TXDA 1REZA 1YKZX 2DQFC 4YEOA 2MEIA 4DWXA 1HMKA 1GE4A 3P68A 4HJVA 1B5ZA 1YKYX 4UWVA 4B4IA 5B07A 1G7MC 1YAMA 4NSGA 1UA6Y 5I4YA 4XJGA 3A93A 2CWIA 3A95A 2I6ZA 1BHZA 1B9OA 1EL1A 2YBNA 2Z37A 3G3BB 5F14A 1JKBA 5KXMA 2DQJY 4AGAA 1IP7A 3CSZA 1LZTA 4TX7A 1YIKA 2D6BA 1LZRA 1LMOA 1LZNA 4NGKA 5A3EA 3B0OA 2ZQ3A 1MELL 1N4FA 2GV0A 1GFKA 4XENA 5LVKA 1B5XA 2LZTA 4HJZA 4LT3A 1BWHA 1GHLA 132LA 1TCYA 2IHLA 4XADA 1FLWA 1LSFA 5APFA 1XGPC 1GBZA 3IJVA 1XEJA 4QY9A 1LMTA 153LA 2RSCA 3WPJA 3WUAA 1IOSA 2FYCA 1DPWA 1B7LA 1TDYA 3A91A 1H87A 1DZBX 4CFOA 1QSAA 3A3RX 1LTMA 1J1OY 1NHEA 5KXWA 4LGKA 1JEFA 1JJ3A 4N1CC 4XJBA 1OUHA 5LVIA 4YEMA 2LYMA 5K7OA 1LZAA 3WMKA 3TMUA 4G49A 1GBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYHA 3DN4A 4HSFA 1CJ9A 1PZYA 1O23A 3W6AA 1CTWA 5DN4A 1G0LA 1L35A 3CT0A 4ARLA 2CGIA 4N1EI 2X0AA 1C6PA 3HTGA 1QUTA 1F6SA 3CDTA 1INUA 1UCOA 1WQMA 1LHJA 2IFFY 4QEQA 5KKIA 3UONA 2ZNXY 4WLDA 2MEHA 1CU3A 1LSYA 2HU1A 4DD2A 1LJEA 1P2RA 1GPQC 1L80A 2B7XA 1G0PA 1LZYA 2XBRA 1QUSA 1ALCA 1B7RA 2D4KA 1FKVA 4Z41A 1SX7A 4N0JA 4WL7A 1BWJA 1VFBC 4GCBA 1TEWA 4I7PA 3M3UA 2DQGY 1IWUA 3NYAA 2XTHA 3P65A 5M1YA 1IWWA 1LGWA 1F10A 1OUGA 3B72A 236LA 1QUDA 1JSFA 2HEAA 3HH6A 4O34A 1GFRA 1PQMA 1LZBA 1RI8B 1WQPA 2OEAX 2XBSA 2ZIJA 4WG7A 3WL2A 1LI2A 1P56A 3GUIA 4UWUA 208LA 2DKVA 1QS9A 3WXUA 1C6DA 180LA 1QUOA 4RW1A 3HTDA 1LZGA 4TTDA 3T36A 212LA 1OUAA 1UUZC 4GCEA 1C10A 1XJTA 2O79A 2OE4X 5L9JA 1B7SA 5KXNA 1IWZA 1LWKA 2MEDA 1NBYC 6LZMA 5DN5A 4DD7A 1YILA 1LYOA 3P66A 4CFPA 1C65A 2YBLA 1QT6A 2I26L 4DQ5A 1IP2A 217LA 2W1XA 4HV2A 1P7SA 1D3MA 1HSXA 225LA 4H8YA 4ETEA 4NSHA 126LA 2W1YA 1L15A 1BVKC 209LA 2FYDA 5JENB 4YX7C 1DI3A 1CJ8A 3HT9A 4WG1A 4BAFA 4ETAA 2Q0MX 3HU9A 1HC0A 1H6MA 1FDLY 192LA 3WU9A 1GB2A 1L10A 1RE2A 1D9UA 1JTTL 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GXR A;  5LXW A;  1YL1 X;  4GCF A;  4HSF A;  1LSP A;  3B6L A;  4HTQ A;  1LHM A;  1CJ9 A;  1PZY A;  2C8P A;  5D5F A;  1GWD A;  1O23 A;  2N5Z A;  3W6A A;  1KXY A;  2BQA A;  5DN4 A;  1E8L A;  3TXB A;  3CT0 A;  1WVU A;  2CGI A;  4N1E I;  2X0A A;  4PJ2 C;  4DC4 A;  1T6V L;  4MST A;  5I54 A;  1EQ4 A;  1UIA A;  1QUT A;  3WU8 A;  4WO6 A;  1IWV A;  5C6I A;  1W6Z A;  1GFV A;  1F6S A;  3AW6 A;  1INU A;  1OUB A;  1UCO A;  1LHJ A;  1WQM A;  1CKG A;  5APC A;  2IFF Y;  1EQ5 A;  1ZV5 L;  4MR1 A;  4R0F A;  5I4X A;  4QEQ A;  2ZIK A;  5KKI A;  4KL7 A;  4WLX A;  6LYZ A;  1GFG A;  1YAO A;  4TWS A;  5FST A;  4A7D A;  3AW7 A;  3J6K A;  4EMN A;  2Z12 A;  3A92 A;  3QY4 A;  5F81 A;  2ZNX Y;  1BB3 A;  1FLY A;  1I56 A;  4LT0 A;  4WLD A;  2MEH A;  1LSY A;  5DL9 A;  2HU1 A;  3CQL A;  1LJN A;  1LJE A;  1LZ4 A;  4DD2 A;  4B4E A;  1GPQ C;  5KXR A;  1IR8 A;  3W6D A;  2DBT A;  2HEE A;  1GF0 A;  1GF4 A;  1HEL A;  4LZT A;  4GCC A;  1IOQ A;  1UIG A;  1LJH A;  1LMC A;  1D6P A;  1LZY A;  1C7P A;  4J7V A;  5F9U A;  4WMG A;  2XBR A; 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 1TBY A;  5B1G A;  1LYY A;  1VDQ A;  2H5Z A;  2MEG A;  1GB9 A;  1LKS A;  4NGZ A;  4RDS A;  1GFJ A;  1B2K A;  5LVH A;  4I8S A;  1B5U A;  4WOA A;  5KXK A;  2XJW A;  1GBO A;  2ZNW Y;  5B06 A;  1KIP C;  2BQF A;  4HPI A;  4E3U A;  5IDD A;  3RZ4 A;  3RU5 A;  5LA5 A;  4H92 A;  1JJ1 A;  2HEF A;  1WQR A;  1GB6 A;  1LZC A;  2BQG A;  1AT5 A;  3A3Q A;  1YAN A;  3TXD A;  1REZ A;  1YKZ X;  2DQF C;  4YEO A;  2MEI A;  4DWX A;  1HMK A;  1GE4 A;  3P68 A;  4HJV A;  1B5Z A;  1YKY X;  4UWV A;  4B4I A;  5B07 A;  1G7M C;  1YAM A;  4NSG A;  1UA6 Y;  5I4Y A;  4XJG A;  3A93 A;  2CWI A;  3A95 A;  2I6Z A;  1BHZ A;  1B9O A;  1EL1 A;  2YBN A;  2Z37 A;  3G3B B;  5F14 A;  1JKB A;  5KXM A;  2DQJ Y;  4AGA A;  1IP7 A;  3CSZ A;  1LZT A;  4TX7 A;  1YIK A;  2D6B A;  1LZR A;  1LMO A;  1LZN A;  4NGK A;  5A3E A;  3B0O A;  2ZQ3 A;  1MEL L;  1N4F A;  2GV0 A;  1GFK A;  4XEN A;  5LVK A;  1B5X A;  2LZT A;  4HJZ A;  4LT3 A;  1BWH A;  1GHL A;  132L A;  1TCY A;  2IHL A;  4XAD A;  1FLW A;  1LSF A;  5APF A;  1XGP C;  1GBZ A;  3IJV A;  1XEJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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