3AW6 | Genus

Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4201873208277735__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4201873208277735__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3AW6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4201873208277735__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4201873208277735","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3AW6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4201873208277735__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe4fce1edebefaa81a7b7e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe4fce1edebefaa81a7b7e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe4fce1edebefaa81a7b7e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe4fce1edebefaa81a7b7e/pdb.gz): 1563 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	A few low-frequency normal modes predominantly contribute to conformational responses of hen egg white lysozyme in the tetragonal crystal to variations of molecular packing controlled by environmental humidity pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	44
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2011-03-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3aw6A00

1IWVA 3CB7A 2XJWA 3F6ZA 4XENA 3LYMA 2B5ZA 5APFA 1GB9A 4GCBA 2YSSC 1HELA 3B72A 2D6BA 5DN4A 1IP2A 3T6UA 4QY9A 134LA 3LHMA 3AW6A 2VB1A 3AZ7A 3P66A 1VATA 1GF8A 4TSCA 1OUFA 2MEHA 4R6CA 4XYYA 4GN3A 1IC5Y 4Z3MA 5I54A 3D3DA 1G7LC 1AT5A 1CJ6A 4RLNA 1GF3A 4TWSA 5F81A 1GFJA 4D9ZA 1JEFA 1N4FA 5F14A 1IO5A 2FBDA 2FYCA 3HBEX 4YEOA 2H9KA 4ZFPA 1JKCA 1GB6A 1I56A 1OQMA 2C8PA 1LZ4A 1IOTA 1UA6Y 1UBZA 2BQKA 3AZ5A 1V7SA 1HEMA 2LYZA 4GLAA 5D5CA 3ATNA 1IP1A 1YIKA 1WQNA 5B06A 1GB5A 2BQMA 1RE2A 1LZGA 1B7QA 1GBSA 1NWGA 3P4ZA 2BQAA 1CKFA 2BLYA 3HFMY 4HJYA 3CQLA 1UIBA 4LFXA 5KXMA 4LYZA 4OWHA 3W6BA 2DQGY 4N9RA 2BPUA 1VDSA 2X0AA 1GF6A 2AUBA 2CGIA 1GPQC 1ZV5L 2N5ZA 3A6CY 3AYQA 4Z46A 1LZTA 4AGAA 1OUEA 1IY4A 1AKIA 3CT1A 2EQLA 1REMA 5HLLA 2W1YA 1OUIA 3AJNA 1GXXA 3TXEA 4WO9A 1GF5A 3FE0A 193LA 1LSPA 1GFHA 4H94A 1LJ3A 1LJGA 2BQFA 3W6DA 4DDAA 2F4GA 1OUGA 1IP5A 2YBNA 1HC0A 1T6VL 5KY1A 1IVMA 4YENA 8LYZA 3WL2A 1KXWA 1VEDA 1DZBX 1WQRA 2Z38A 3HBHA 4N1EI 2Z2FA 4N5RA 1LTMA 4NHPA 4WL7A 4RLMA 1GE0A 2A7DA 3IJVA 4NHTA 1VDQA 2BQCA 2DKVA 2LZ2A 3IWRA 2W1MA 1GHLA 2XBRA 4H8YA 1BGIA 1LJFA 3WH1A 1DXJA 4WLYA 1RI8B 1DQJC 1YL1X 2HU3A 3CSZA 4DYGA 1D6PA 3EXDA 4LT1A 1LZ8A 4UWUA 2ZIKA 4CHXA 3WU7A 1GD6A 208LA 4U3XB 1NBZC 1GBYA 1GFAA 1LZRA 1LMPA 2YDGA 4CFPA 1FKQA 2DQAA 5KXLA 4HP0A 4MSTA 1YAQA 4P2EA 1LJEA 1Z55A 1IWZA 3WYHA 1LZDA 4C5FA 1VFBC 1NDGC 3VWOA 4HV1A 4H9HA 5I4YA 1LZNA 1JITA 5LA8A 4ANRA 4C3WA 3WUMA 2W1LA 3WXTA 2DQHY 5A3ZA 5KXRA 4LZTA 4KPMA 3FI7A 4II8A 1JTTL 4LGKA 4WM3A 1G7MC 3WPKA 5IELA 2LYOA 4QGZA 1FLQA 1PS5A 1FDLY 3AGIA 1G7HC 1B7MA 4HPIA 1IWWA 1NF5A 5KXPA 3ATOA 1GBXA 2BAAA 4CFOA 2BQBA 5T3FA 2IHLA 4RW2A 3A95A 4H1PA 1GE2A 3WU8A 1DKKA 3B0IA 4GLVA 1LHMA 1DPWA 1C08C 3QE8A 4W96A 3WVXA 1CKCA 4DD1A 1IP3A 3LYZA 4HSFA 1IIZA 4DD3A 1HEQA 1GF7A 3G3AB 5LAFA 1GF9A 3WULA 3A3QA 2ZYCA 5C6LA 1GFEA 1P2CC 3D9AC 5D5FA 1TBYA 1LSZA 1W08A 2BQJA 4ML7A 1HEWA 4MR1A 3E3DA 5DLAA 5LVIA 1E8LA 1OUJA 1WTMA 5JENB 2HEEA 5M1YA 3RNXA 1UACY 4ZEEA 1XEIA 2Z37A 3MGWA 2G4NA 3W6FA 1LZCA 1CKGA 3EBAB 2FYDA 1MELL 2LZTA 4H9CA 4NEBA 1HF4A 4OWAA 2D91A 2Z39A 1HFZA 4EMNA 2D4JA 2I6ZA 2Q0MX 4NG8A 1IP7A 5KKIA 1INUA 4HPEA 3WPJA 4DDBA 1LJHA 1NMMA 3ZVQA 4ETEA 1B9OA 1ZVYB 1QQYA 3WPLA 3TMWA 4NGWA 1YKXX 5LAGA 1IWTA 2YBLA 4G49A 4OWCA 1GEZA 4PRQA 1EQEA 4XJDA 7LYZA 5FSTA 1GAZA 1B7PA 1A2YC 3RT5X 4X3BA 2C8OA 5LVKA 1OUBA 4NGOA 1NKHA 1LSDA 1DI3A 1GDWA 4NGIA 1J1XY 5KXYA 4FDYA 4XJHA 1GFGA 1GFTA 1WQMA 1QUTA 2PC2A 4NSIA 1YKZX 3T36A 5FCPA 1OUDA 4J0LA 1C10A 4PPOA 1BWIA 2DBTA 1IEEA 3M3UA 5FELA 3W3EA 1RCMA 1YQVY 1XGRC 3P68A 4CGEA 2HU1A 1I20A 1LYYA 5E9RA 4OWEA 5ILFA 2F30A 5F9UA 4NGLA 3TXGA 1LHIA 3A8ZA 4NIJA 4LYCA 4OOTA 1JKAA 2BQOA 5K7OA 1H6MA 2EIZC 5LYMA 4LT0A 4NGZA 3RZ4A 1JKDA 1NDMC 3A94A 1CJ9A 1QTEA 2MEDA 1LZSA 4WL6A 5I53A 1YL0X 1HMLA 3A34A 1OUCA 3W6CA 1LSNA 1XGQC 4B4JA 4CJ2A 1F0WA 3WUAA 1QIOA 3EMSA 5KXZA 4J1AA 4NG1A 2MEEA 1OUHA 2XTHA 1LPIA 3A3RX 1B2KA 4NWEA 3TXBA 1FLWA 3TXDA 1LMNA 1LSYA 5LXWA 1LHJA 1REYA 4WM6A 5LVHA 3J6KA 1HFYA 1HSWA 5HNLA 1WTNA 4YEMA 1GF4A 1F6SA 1VDTA 3QNGA 4WM1A 1B7NA 4OW1A 4G4HA 1GB2A 1LSEA 1UIFA 4Z98A 1G7JC 1GBOA 1YAMA 3A96A 1LZ9A 4GCFA 3N9CA 5APEA 2Z19A 5KXSA 4XJBA 2G4PA 1C45A 4NGJA 4TTDA 2D4IA 3A91A 1JISA 1LAAA 1HHLA 3QY4A 4NGVA 4GN5C 4DWXA 3W6EA 4NHSA 1I1ZA 2DQCY 4NSGA 4W94A 5F16A 4BAPA 4J7VA 2BQGA 1LJJA 1WVVA 4XJIA 2MEAA 3HBDA 3KAMA 4YF2A 4DD0A 3BKVA 4GCCA 4B4IA 2HUBA 2BLXA 1AT6A 1REZA 2LHMA 2ZNXY 3TMXA 5C6IA 1AM7A 5ILCA 4H93A 1JSEA 5LVJA 1A4VA 4H9IA 4HV2A 5KJ9A 1LSFA 1C7PA 4ZIXA 1CJ7A 1IWUA 1IOSA 4GCDA 4TSBA 5DM9A 5LVGA 4BADA 3SP3A 1LJIA 1IOQA 1BB3A 1LCNA 1FLYA 2H9JA 1VAUA 5AMYA 3N9AA 3TXIA 5KXKA 1B5ZA 1C43A 2ZNWY 3ULRA 4DT3A 5KXNA 2BQEA 4YOPA 1B5XA 3CSQA 4NHQA 2XBSA 2MECA 1LMCA 4LFPA 1OP9B 1LOZA 4BAFA 1WQPA 4MCKA 1LSMA 4N1CC 1IR9A 1QDRA 4AXTA 1HERA 1ZVHL 3AZ4A 4KL7A 1D6QA 2YBJA 4UWNA 1QSWA 1LZEA 1PZYA 1JWRA 2Z12A 4M6DA 4LYTA 1RFPA 1XEKA 2BQLA 4ET8A 1SQ2L 4HTKA 1GWDA 1WQOA 2HEAA 1T3PA 3TMUA 4WO6A 4DD2A 2CWIA 1GBZA 1BB4A 1LHLA 4TX7A 5APDA 1D0LA 4B49A 4WOAA 2NWDX 4H91A 1B5VA 1CJ8A 1JTPL 4N8ZA 4LYMA 4WG1A 1UIDA 3TMVA 3TXFA 1TEWA 1LYOA 6LYTA 3LN2A 5DL9A 5B59A 1B7LA 1LZ6A 3A6BY 1B5WA 4WMGA 4DDCA 4GN4A 4I8SA 4PHIA 4R0FA 1DI5A 1JHLA 2DQFC 5LIOA 2HECA 2MEGA 2ZILA 2ZQ4A 1IC4Y 3WXUA 1C46A 1B5YA 3WW5A 1F6RA 3OJPA 1D0KA 1GFVA 1LJNA 4YM8A 2BQNA 2RSCA 4E3UA 4ETAA 3IJUA 4H9BA 1GBWA 5APCA 3P64A 1GB8A 1D9UA 1XGUC 1LKSA 4LYOA 1XGPC 2EKSC 5J7CA 1JIYA 2BQIA 1GB0A 1LYSA 3EO5A 2LYMA 1HMKA 1D0MA 1AZFA 1CKHA 1DPXA 1VDPA 4IJ4A 5EBHA 1BB6A 4A7DA 5HQ1A 153LA 1LSBA 4ETDA 4H92A 1CNSA 1UIAA 2EPEA 5L3HA 3LZ2A 4UWVA 133LA 1LMAA 1JPOA 1LZAA 3LYOA 5LYZA 5L3IA 1QTKA 2D4KA 2IFFY 1YAPA 1IX0A 3AGGG 1BWHA 1FLUA 1GE3A 207LA 1KXYA 2G4QA 4KXIA 4RW1A 4HJZA 3A92A 4GCEA 1ALCA 1LMQA 1NHEA 1LMOA 2DQEY 4ETBA 4PRUA 1EQ5A 1FN5A 4WLXA 4WM5A 1B7OA 3B6LA 3J4GA 4NFVA 3AB6A 5FHWA 135LA 4NWHA 3LYTA 1GFRA 3K3TA 1G7IC 1YROA 1UIEA 1YANA 3W6AA 9LYZA 1BQLY 2YBMA 3AW7A 3GXKA 1JTOL 5KKJA 5FDJA 3M18B 4NGKA 1UIHA 2HTXA 4DD9A 1BVKC 1YAOA 4H8XA 5B07A 4DC4A 5FEKA 3CT5A 1GE1A 4H8ZA 1TAYA 1FBIX 5KXWA 3CSRA 194LA 4HJVA 2HEBA 4HTNA 4L41A 1GB3A 3TXJA 1H87A 2Z2EA 3WW6A 4OWBA 6LYZA 2ZIJA 4XJGA 1IWYA 4BS7A 5KXXA 1GB7A 3B0KA 4B1AA 5B05A 1MLCE 2DQDY 1LSCA 5KXTA 1QUSA 4H9EA 1GDXA 1LYZA 5HMVA 3N9EA 5E4PA 1HNLA 4QEQA 1B0DA 4B4EA 4Z41A 1UIGA 1FKVA 2Z18A 1IORA 132LA 1SLYA 4H90A 4TUNA 1KIRC 1HENA 1QSAA 1EQ4A 1JJ3A 1HEPA 2ZYPA 1F10A 1HSXA 1BHZA 1IR8A 1GEVA 1HFXA 4H9AA 5I4WA 1ZMYL 5I5QA 5HNCA 1J1PY 3WMKA 4B0DA 4ETCA 3AGHA 5LINA 4WLTA 1QDTA 4J1BA 3A67Y 1IWXA 4ET9A 3AZ6A 3A93A 1BWJA 2MEBA 4LT2A 3GXRA 4LYBA 4WM4A 1GE4A 1WVUA 2Y8PA 1LZ5A 2F2NA 1BVXA 4G4CA 4IATA 4H9FA 1B5UA 2MEFA 1GFKA 2CDSA 2F4AA 4RDSA 1GF0A 4FJRA 4G9SA 1BB7A 1LSGA 5L9JA 5II3A 4WG7A 3WU9A 4N0JA 1TCYA 1NBYC 3TXHA 1IY3A 2DQIY 1JJ1A 1GFUA 3B0OA 2BQDA 4EOFA 1IP6A 1JJ0A 1TDYA 1WQQA 1YILA 4NHIA 5LA5A 1OUAA 2FBBA 1BB5A 2ZWBA 3G3BB 2H5ZA 4O34A 1LKRA 1GXV2 5B1GA 4M4OA 2I26L 1V7TA 1RJCB 5IDDA 1B7SA 1NQIA 1UC0A 4XJFA 1DI4A 1UICA 4NGYA 4PJ2C 3WUNA 1IP4A 1YKYX 2I25L 1JUGA 1KXXA 1XGTC 1LZBA 1UCOA 1UUZC 154LA 2W1XA 3WVYA 1DKJA 3BKHA 2MEIA 5I4XA 4WLDA 2YBHA 2DQJY 5B1FA 4XADA 2A7FA 4XN6A 4IASA 2GV0A 1LSAA 1J1OY 1LMTA 1XSFA 1LJ4A 1EL1A 1LZYA 1IOCA 3RU5A 4WM2A 4KT3A 3A90A 1LZ1A 1O23A 4NSJA 1IC7Y 4OOOA 4HTQA 4NY5A 5DN5A 1LJKA 3P65A 3TXKA 1LHHA 1W6ZA 2CJLA 1GAYA 2ZQ3A 4PGJB 2HEDA 5KXOA 2BQHA 2WARA 5A3EA 3OK0A 5IHGA 4G4BA 3CT0A 4QDNA 4LT3A 3RW8A 1REXA 4I0CA 2YBIA 5F9XA 4NSHA 3ZEKA 1XEJA 2YVBA 3ZVQB 5LYTA 1KIPC 1KIQC 1XFPL 1CKDA 1IR7A 1LHKA 5HMJA 1B7RA 2HEFA 1JSFA 1HEOA 5C6JA 1JKBA 4DD7A 3LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IWV A;  3CB7 A;  2XJW A;  3F6Z A;  4XEN A;  3LYM A;  2B5Z A;  5APF A;  1GB9 A;  4GCB A;  2YSS C;  1HEL A;  3B72 A;  2D6B A;  5DN4 A;  1IP2 A;  3T6U A;  4QY9 A;  134L A;  3LHM A;  3AW6 A;  2VB1 A;  3AZ7 A;  3P66 A;  1VAT A;  1GF8 A;  4TSC A;  1OUF A;  2MEH A;  4R6C A;  4XYY A;  4GN3 A;  1IC5 Y;  4Z3M A;  5I54 A;  3D3D A;  1G7L C;  1AT5 A;  1CJ6 A;  4RLN A;  1GF3 A;  4TWS A;  5F81 A;  1GFJ A;  4D9Z A;  1JEF A;  1N4F A;  5F14 A;  1IO5 A;  2FBD A;  2FYC A;  3HBE X;  4YEO A;  2H9K A;  4ZFP A;  1JKC A;  1GB6 A;  1I56 A;  1OQM A;  2C8P A;  1LZ4 A;  1IOT A;  1UA6 Y;  1UBZ A;  2BQK A;  3AZ5 A;  1V7S A;  1HEM A;  2LYZ A;  4GLA A;  5D5C A;  3ATN A;  1IP1 A;  1YIK A;  1WQN A;  5B06 A;  1GB5 A;  2BQM A;  1RE2 A;  1LZG A;  1B7Q A;  1GBS A;  1NWG A;  3P4Z A;  2BQA A;  1CKF A;  2BLY A;  3HFM Y;  4HJY A;  3CQL A;  1UIB A;  4LFX A;  5KXM A;  4LYZ A;  4OWH A;  3W6B A;  2DQG Y;  4N9R A;  2BPU A;  1VDS A;  2X0A A;  1GF6 A;  2AUB A;  2CGI A;  1GPQ C;  1ZV5 L;  2N5Z A;  3A6C Y;  3AYQ A;  4Z46 A;  1LZT A;  4AGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3AW6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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