3C7WA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRKCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c7wA00
1P6YA 3HH4A 3C81A 198LA 4W55A 257LA 103LA 1PQDA 4I7RA 3GUMA 4PK0A 1T6HA 256LA 187LA 2RH1A 1SWZA 3SB8A 1P36A 3C7WA 1L57A 3NY9A 242LA 4EKSA 3QAKA 3DN2A 226LA 3GULA 2L78A 1L50A 236LA 1CU6A 1G1WA 3JR6A 114LA 1L01A 3HT7A 1KW7A 1C6NA 1L58A 1SWYA 6LZMA 2O4WA 2OTZX 148LE 3HTBA 2NTHA 104LA 1KNIA 1L55A 249LA 2QARC 241LA 2RBNA 2RAYX 3EMLA 1G07A 3SB9A 176LA 3G3WA 1L24A 3GUIA 1C65A 162LA 1CUPA 3FI5A 2B6ZA 4DJHA 213LA 165LA 3SN6R 3CDRA 3HWLA 1C6TA 3SB6A 197LA 1CTWA 234LA 2HUMA 102LA 3G3VA 1CX7A 1D3MA 1L42A 250LA 2QB0B 182LA 189LA 4YXAC 172LA 2F47A 1L0KA 129LA 1QUGA 1CU5A 2F2QA 1D3NA 1LI2A 1T97A 1QTCA 3OE8A 209LA 1CU0A 1L48A 4E97A 1QS5A 1L03A 1L27A 1C6IA 1DYBA 1L10A 1LWGA 2B6XA 4ARMA 3L64A 4PJZA 143LA 157LA 1KY1A 3HH6A 4I7PA 1CVKA 1L71A 107LA 1C6MA 1L15A 110LA 142LA 211LA 2B73A 1L04A 1P3NA 1QTHA 2RAZX 1L97A 2Q9EA 1C68A 1L64A 224LA 225LA 1L09A 1L54A 1L40A 1L61A 168LA 1G06A 1ZWNA 2OTYX 1C6FA 2RBOA 1L85A 2OEAX 3PBLA 1L81A 1L79A 2F32A 2CUUA 1SX2A 1EPYA 1L22A 206LA 3CDOA 1L14A 1CV5A 1KW5A 1QUHA 1L70A 109LA 3ODUA 4ARJA 1G0KA 1TLAA 4DAJA 4ARQA 1P7SA 1L32A 1L56A 2Z6BA 3HTDA 3DN6A 1L36A 1LPYA 1NHBA 219LA 233LA 3VW7A 229LA 2LC9A 151LA 3SBAA 3C7ZA 1OWYA 1QT8A 247LA 2OE7X 220LA 3UONA 4EKPA 1P46A 1XJTA 1L41A 1L26A 171LA 1L90A 1P56A 1QS9A 1D2YA 119LA 243LA 1OVKA 1P64A 3DN3A 156LA 1L49A 173LA 1QT4A 2OU9A 1LLHA 4I7NA 1QTVA 3F8VA 1L02A 1L12A 258LA 2LCBA 3CDTA 158LA 1L51A 138LA 1OVHA 2O79A 178LA 1C69A 1L13A 1T8GA 3G3XA 3CDVA 150LA 3HDEA 3GUOA 145LA 3PDSA 4EPIA 147LA 128LA 1ZYTA 244LA 1L06A 1L86A 4DKLA 3HUAA 1L60A 140LA 4EKQA 3NYAA 1D3FA 1C63A 3V2YA 1L25A 2OU0X 3HTGA 161LA 169LA 3HU8A 1L80A 177LA 254LA 259LA 2RBPA 4W51A 1C6DA 1L30A 1LW9A 5I14A 3HT8A 2ANXA 1L89A 1OYUA 1KY0A 1QT3A 1L34A 1L92A 3HH3A 1L65A 1L45A 237LA 3SB7A 1L66A 3DMZA 1C6PA 1QT7A 1T8FA 227LA 1L44A 3GUPA 3RUNA 222LA 2B6YA 1L21A 2O7AA 212LA 1WTHA 1L84A 1CV6A 4OO9A 214LA 261LA 3V2WA 3C82A 1G0JA 2RB2X 190LA 1L19A 1XJUA 4ARMB 1QSQA 186LA 1L0JA 1OVJA 1C6HA 181LA 1DYDA 1DYAA 1I6SA 1L11A 4S0WA 4W57A 1LYDA 1C64A 1LWKA 1LYGA 1P2RA 1CU2A 170LA 4W54A 1L23A 1L29A 130LA 4LDOA 3RZEA 3OE0A 1L18A 4I7LA 1KS3A 149LA 1L99A 2NTGA 2RBRA 3SB5A 1LI3A 1L33A 4LDEA 2Q9DA 1CV3A 2IGCA 218LA 4GRVA 1SSWA 245LA 1L69A 4I7SA 3OE9A 4W56A 200LA 191LA 4ARQB 252LA 112LA 1PQIA 196LA 4ARLA 1DYGA 4I7KA 4IAPA 1OWZA 3GUJA 1JTMA 3C8QA 1C6QA 183LA 3LZMA 155LA 228LA 3DKEX 4LDLA 3C7YA 201LA 4I7OA 4LZMA 2B74A 248LA 1JQUA 1G0GA 1CV1A 1L00A 1C6KA 1XEPA 1C6AA 231LA 1G1VA 1C6CA 235LA 1L98A 1L20A 3D4SA 1L73A 159LA 1QSBA 1L77A 1L93A 3FADA 1QT5A 1DYEA 2RB1X 2A4TA 3C8RA 4YXCA 3HTFA 113LA 3HT6A 221LA 1L95A 1C60A 122LA 1L53A 215LA 1PQJA 1L47A 1L46A 1L96A 1G0MA 3DMVA 2OU8A 3C8SA 1QTZA 1QTDA 1L59A 1JTNA 1QUDA 1L52A 1SX7A 4K5YA 1C6JA 5LZMA 2B75A 174LA 4EPFA 1C61A 1T8AA 1L43A 3HU9A 188LA 4I7MA 1P37A 141LA 139LA 3CDQA 4EKRA 210LA 1LYJA 1L38A 1L91A 4I7JA 1L16A 2B7XA 1DYCA 1OV7A 4YX7C 1CUQA 1L07A 175LA 1D3JA 2RB0X 1L67A 1QT6A 146LA 240LA 2HULA 2OE9X 1CX6A 137LA 1QUOA 4GBRB 4EJ4A 1L75A 3DN1A 164LA 1OV5A 1CV4A 1L83A 115LA 1L35A 1CU3A 2B6TA 3SBBC 1L68A 253LA 1PQKA 1G0PA 3C83A 3K2RA 1L94A 1CV0A 1C6LA 3L2XA 1C6EA 1LYEA 152LA 1L05A 230LA 1G0QA 2ANVA 232LA 1P5CA 160LA 1SSYA 1PQOA 1L74A 1LYHA 3DMXA 126LA 1L76A 2OE4X 4I7TA 1B6IA 3DNAA 1LI6A 1QTBA 3DN4A 4ARPA 118LA 167LA 1C66A 1D9WA 1LYFA 1L31A 127LA 1L37A 217LA 238LA 4W59A 185LA 1L39A 195LA 3DN0A 1G0LA 1D2WA 262LA 1L63A 3GUNA 4ZPUA 1C6GA 4EXMA 125LA 2B6WA 223LA 3C80A 2HUKA 1L87A 2LZMA 1PQMA 108LA 163LA 3HUQA 251LA 111LA 1C62A 120LA 4W53A 246LA 1L28A 239LA 4W58A 7LZMA 1K28A 4W52A 3DN8A 123LA 1L88A 1P2LA 1C6BA 3NY8A 2RBSA 3OE6A 1C67A 3GUKA 131LA 1ZURA 205LA 1LGXA 3HH5A 4I7QA 144LA 1L62A 1L82A 2B70A 3F9LA 216LA 2RBQA 1LGWA 2B72A 3HT9A 1DYFA 3HDFA 199LA 260LA 180LA 1LGUA 1L17A 3FA0A 255LA 3HUKA 1L08A 166LA 1L72A 192LA 1LYIA 4AQNA 184LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C81A 3GUMA 4GLAA 4PK0A 256LA 187LA 2IFFY 1SWZA 2RH1A 4H9AA 5APCA 1C08C 1LOZA 1JJ3A 5KXRA 2Z12A 4GLVA 1LSGA 3LYMA 2Z2FA 1L01A 3HT7A 1C6NA 2O4WA 2OTZX 148LE 3HTBA 5A3EA 5L3HA 249LA 4HV1A 2RAYX 1LSCA 3A6CY 1LYOA 1LZBA 4G4HA 1LYZA 1HEQA 3FI5A 1F6RA 1HERA 5F9UA 1C6TA 1CTWA 2Z2EA 234LA 1B7QA 3G3VA 2QB0B 189LA 4LZTA 1IWZA 4LYCA 4XJGA 3AGGG 1LI2A 1XEKA 4LGKA 4E97A 1AT6A 1XGTC 3WVXA 1JJ0A 4ARMA 1LWGA 3L64A 1LHLA 1L71A 4RLMA 107LA 110LA 1XGUC 1P3NA 4TWSA 4R0FA 1L97A 1LJIA 2Q9EA 5C6IA 1AM7A 2OTYX 4G4CA 2FBBA 1L85A 1L81A 5KXPA 1L22A 1OUDA 4NGJA 4A7DA 5L9JA 4OOTA 1G0KA 2BQOA 4GCEA 1UIDA 4ARQA 1L32A 2Z6BA 1NHBA 2D91A 1IP5A 2LC9A 151LA 1HC0A 1V7SA 1JSFA 1OWYA 4M4OA 247LA 1LZGA 4PJ2C 4WM2A 1FBIX 2MEFA 4LYMA 2Z19A 3A90A 1LJEA 4ETBA 1C10A 2W1YA 1B5VA 1D2YA 1IP4A 1BGIA 2Z38A 1UICA 3DN3A 1LSYA 1L49A 3WU8A 1WQQA 1QT4A 2F4GA 1IIZA 4WO6A 1ZVYB 258LA 4B49A 5LINA 4LYZA 4DD1A 3G3XA 1GBZA 3CDVA 3HDEA 1GBYA 4EPIA 1GFHA 2LZ2A 2MEAA 1D0KA 1L06A 4I8SA 3HUAA 1C46A 1L60A 2LHMA 4NWEA 140LA 3J6KA 4UWVA 2OU0X 3HTGA 4Z98A 7LYZA 4ANRA 1NHEA 1C6DA 1L30A 1LW9A 3HT8A 1KXXA 1OYUA 1L34A 5LVIA 2HU3A 1L65A 1L45A 4NEBA 1L44A 4AXTA 1IP3A 222LA 5J7CA 2BQBA 1IWWA 3V2WA 2RB2X 1JIYA 4Z3MA 3WU7A 1L0JA 5D5CA 4H9CA 1VFBC 1C64A 1P2RA 2MEGA 4W54A 1VEDA 1IR7A 3RZEA 4I7LA 1XGRC 2Q9DA 1HSWA 1RJCB 218LA 4FDYA 4WM6A 200LA 4RDSA 1VDSA 112LA 1DYGA 2DQDY 3N9CA 1GB2A 2YBNA 1I1ZA 1GPQC 155LA 3C7YA 1VDTA 1LJ3A 1QUSA 4FJRA 1CV1A 1JSEA 4II8A 1XEPA 5M1YA 1L98A 4GN4A 5DL9A 5LYMA 1OUJA 5E9RA 2DQCY 5LAFA 2RB1X 4G9SA 4TSCA 1DPWA 2A4TA 4BAFA 2HEBA 2H5ZA 1GF7A 221LA 1GB8A 1L95A 5LAGA 4UWNA 1UIFA 1L46A 3A67Y 1L96A 1B7OA 3DMVA 4ETEA 1MLCE 3C8SA 1QTDA 1L59A 1JTNA 1BWIA 1L52A 1YILA 4NGOA 2PC2A 4OW1A 1C61A 2W1MA 1IWXA 5F16A 188LA 1IR9A 4H8ZA 2XJWA 2XTHA 5B07A 4EKRA 4XADA 1LSFA 4J0LA 4CFOA 1SQ2L 3WPLA 1OP9B 4LT3A 4YM8A 1JWRA 1DZBX 1DYCA 4YX7C 1B7PA 4ML7A 4WM3A 175LA 2RB0X 1YKXX 1OUFA 2C8PA 3W6AA 2D6BA 2OE9X 1CX6A 164LA 1OV5A 3B0OA 1CV4A 4ETDA 1L83A 3B0IA 4ETAA 1TEWA 4TX7A 1L94A 1DI5A 3L2XA 1C6EA 1LYEA 1IP7A 1G0QA 1P5CA 5K7OA 1GF3A 1JJ1A 1EL1A 1HNLA 2DBTA 4EMNA 1LI6A 5C6LA 3DN4A 118LA 4PGJB 167LA 1C66A 1LAAA 1QQYA 3CB7A 1FLYA 1L31A 3AGIA 127LA 1L37A 217LA 185LA 1D0LA 195LA 3DN0A 2BQHA 2C8OA 1G0LA 1YKYX 3GUNA 1REYA 4TUNA 4OOOA 4NIJA 4NSHA 9LYZA 3WPJA 251LA 2DQAA 1IC5Y 1HENA 4XYYA 3TXEA 7LZMA 1K28A 4GCDA 1OUGA 5KXNA 1HHLA 3NY8A 3OE6A 1VAUA 2X0AA 4DD9A 2FYDA 131LA 1IOCA 1GF9A 1LGXA 1L62A 1L82A 2B70A 4WG7A 1RI8B 135LA 1BB5A 1LMPA 4NY5A 3HT9A 260LA 3T36A 3P4ZA 4OWHA 255LA 1WQMA 3HUKA 1L08A 1LZTA 5KXYA 4AQNA 3HH4A 198LA 1IWTA 4I7RA 4GCFA 1PQDA 3OJPA 3RU5A 5KXTA 1I56A 3C7WA 2D4JA 1JUGA 1T6VL 1V7TA 226LA 236LA 1G1WA 2BQFA 114LA 5FELA 2Y8PA 2ZQ3A 4GN5C 1UIGA 1SWYA 4B0DA 1YL0X 6LZMA 4DQJA 5KXKA 5KXMA 1LMOA 132LA 3W6DA 4DDBA 2B6ZA 1BB3A 5DN4A 5I4YA 2YVBA 3GXKA 5APEA 3SB6A 197LA 3WYHA 1CX7A 1L42A 250LA 4NG8A 4YXAC 3LYZA 172LA 2F47A 1L0KA 1GFGA 5F81A 1QTCA 2BQMA 1IVMA 1QSWA 1L03A 4DC4A 1C6IA 1DYBA 2EQLA 2BAAA 5B05A 1NBYC 1FLQA 142LA 4MCKA 1CJ8A 1AKIA 1L54A 1L40A 168LA 1G06A 3N9AA 3WW5A 2RBOA 1INUA 1VATA 2F32A 1EPYA 1L14A 1CV5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C81 A;  3GUM A;  4GLA A;  4PK0 A;  256L A;  187L A;  2IFF Y;  1SWZ A;  2RH1 A;  4H9A A;  5APC A;  1C08 C;  1LOZ A;  1JJ3 A;  5KXR A;  2Z12 A;  4GLV A;  1LSG A;  3LYM A;  2Z2F A;  1L01 A;  3HT7 A;  1C6N A;  2O4W A;  2OTZ X;  148L E;  3HTB A;  5A3E A;  5L3H A;  249L A;  4HV1 A;  2RAY X;  1LSC A;  3A6C Y;  1LYO A;  1LZB A;  4G4H A;  1LYZ A;  1HEQ A;  3FI5 A;  1F6R A;  1HER A;  5F9U A;  1C6T A;  1CTW A;  2Z2E A;  234L A;  1B7Q A;  3G3V A;  2QB0 B;  189L A;  4LZT A;  1IWZ A;  4LYC A;  4XJG A;  3AGG G;  1LI2 A;  1XEK A;  4LGK A;  4E97 A;  1AT6 A;  1XGT C;  3WVX A;  1JJ0 A;  4ARM A;  1LWG A;  3L64 A;  1LHL A;  1L71 A;  4RLM A;  107L A;  110L A;  1XGU C;  1P3N A;  4TWS A;  4R0F A;  1L97 A;  1LJI A;  2Q9E A;  5C6I A;  1AM7 A;  2OTY X;  4G4C A;  2FBB A;  1L85 A;  1L81 A;  5KXP A;  1L22 A;  1OUD A;  4NGJ A;  4A7D A;  5L9J A;  4OOT A;  1G0K A;  2BQO A;  4GCE A;  1UID A;  4ARQ A;  1L32 A;  2Z6B A;  1NHB A;  2D91 A;  1IP5 A;  2LC9 A;  151L A;  1HC0 A;  1V7S A;  1JSF A;  1OWY A;  4M4O A;  247L A;  1LZG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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