3C7YA

Mutant r96a of t4 lysozyme in wildtype background at 298k
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRACALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c7yA00
1P2RA 4ARPA 225LA 191LA 3DN0A 1C6MA 1P5CA 1LLHA 201LA 162LA 144LA 2A4TA 3HT7A 1L24A 1KW5A 3V2WA 241LA 4YXAC 2HUMA 1L91A 249LA 1L0JA 233LA 4W58A 2B7XA 1QTBA 1D3JA 1C6LA 4DKLA 219LA 3C80A 1L67A 1L21A 1ZURA 1LYJA 1DYCA 4OO9A 2F32A 2O4WA 1CVKA 1LGWA 1L01A 1CU2A 230LA 3CDOA 172LA 1L08A 1TLAA 102LA 195LA 1LI2A 190LA 1DYBA 177LA 3D4SA 1C63A 1L30A 235LA 1L71A 1L86A 234LA 6LZMA 1NHBA 1L17A 4I7QA 1L31A 210LA 1G1VA 222LA 259LA 2RBQA 1L35A 4GRVA 1L81A 1QTHA 1L34A 261LA 2B6ZA 182LA 4I7RA 3SBAA 145LA 1CV5A 1L54A 1LWKA 1QT7A 260LA 3GUOA 1LPYA 1L14A 1C6NA 129LA 2B6YA 2B75A 151LA 3CDTA 4W52A 4DJHA 168LA 4ARQB 2B74A 1C6HA 218LA 2RBNA 1L26A 221LA 2Q9DA 3HTBA 1L07A 1L79A 3DKEX 1L15A 212LA 3C82A 1T6HA 2B73A 4LDEA 242LA 1QSBA 2RB1X 7LZMA 214LA 243LA 1G0KA 3DN4A 2F47A 1QUOA 187LA 1D3MA 1L40A 1L92A 1L85A 239LA 1I6SA 1SX2A 2OE4X 140LA 1L95A 251LA 3L64A 4LZMA 244LA 1QTCA 253LA 115LA 1CTWA 1L00A 1CU0A 1T8AA 4I7MA 119LA 1QS5A 3QAKA 237LA 3UONA 1T8GA 3PBLA 114LA 1JTNA 1G0GA 4EPIA 128LA 2O7AA 1QT3A 3F9LA 3FADA 3RUNA 173LA 1G0QA 1L06A 1L49A 1C6TA 4PJZA 3HTDA 240LA 1C6JA 1L69A 2B6TA 111LA 165LA 2NTGA 1L94A 1OV5A 1L19A 2NTHA 123LA 1L44A 1SX7A 1L65A 1SSWA 3OE9A 1WTHA 3C81A 1K28A 3SN6R 3L2XA 3FI5A 1SSYA 258LA 215LA 3C7ZA 1P37A 3G3XA 4YX7C 1ZYTA 167LA 248LA 3SB5A 184LA 1L47A 1L68A 1L84A 110LA 232LA 1ZWNA 211LA 148LE 159LA 1L22A 3SB8A 1L02A 2OEAX 1L76A 1KS3A 2B6XA 1L03A 3GUNA 1CV4A 216LA 3C7YA 3C83A 1OYUA 3K2RA 200LA 185LA 3NY8A 4I7JA 138LA 4K5YA 1JTMA 2LC9A 1G0JA 1L59A 1PQDA 1G0PA 1L51A 3GUPA 1C6EA 1L66A 3DN6A 2RH1A 3DMZA 1LYGA 1QUDA 1CV3A 4GBRB 4I7PA 257LA 2CUUA 103LA 4W53A 256LA 3HUKA 3G3WA 1CU5A 5LZMA 131LA 2QB0B 3CDQA 1L70A 1C6AA 1QT4A 3HT9A 3HDEA 1D2YA 1L46A 226LA 4ZPUA 1C62A 3G3VA 1OWYA 169LA 1L33A 1T97A 224LA 3CDRA 1LGUA 130LA 213LA 1D3FA 1L25A 250LA 175LA 1CX6A 1CUQA 1JQUA 1L09A 4EPFA 3HDFA 2RB0X 2IGCA 1DYGA 4YXCA 1LYIA 1L39A 3JR6A 3OE6A 1L60A 1OVKA 2RBPA 1C6CA 137LA 3FA0A 3HUAA 1L58A 217LA 2LZMA 146LA 3DN1A 1KW7A 2RBOA 205LA 1QT8A 104LA 3DN3A 181LA 3DN2A 220LA 1G0LA 3DMXA 1L73A 171LA 1G07A 166LA 3HTGA 1D2WA 2LCBA 1KNIA 1L23A 1QTZA 1L48A 1QT5A 3EMLA 108LA 4I7NA 247LA 1QSQA 4W57A 1LGXA 254LA 3C8QA 2OE9X 1L55A 228LA 206LA 1D9WA 1OVJA 1L77A 192LA 1SWYA 2L78A 3RZEA 1L32A 245LA 1C68A 143LA 227LA 4I7OA 1L16A 1PQMA 246LA 1QT6A 3GUIA 3C8RA 3OE8A 149LA 1L36A 3HH4A 4LDOA 174LA 156LA 223LA 1PQKA 3SB7A 120LA 122LA 1XJUA 1LWGA 127LA 1L52A 1L75A 1G06A 112LA 1CUPA 1LYHA 1CX7A 3SB6A 1LI6A 1OVHA 2Q9EA 4ARLA 4DAJA 113LA 1P56A 2RAZX 255LA 236LA 1L53A 164LA 1B6IA 4IAPA 2RAYX 141LA 1CV0A 198LA 1L05A 2RBSA 4EXMA 1L96A 3SBBC 3NYAA 4W51A 1L62A 3F8VA 1C60A 1KY0A 3PDSA 4W56A 2OTYX 107LA 1P2LA 1CU6A 1DYAA 163LA 3GUKA 1L18A 1LW9A 1L50A 4EKRA 1QTVA 3HTFA 196LA 1QTDA 1P36A 1C6FA 1C61A 3LZMA 1PQIA 3DN8A 1C6IA 3GUJA 1CV6A 2OE7X 125LA 1L82A 1C64A 1L10A 1L80A 4EKQA 1T8FA 180LA 1DYDA 1L61A 3HUQA 3SB9A 3HT8A 4ARMA 1L63A 2OU0X 1L20A 4LDLA 1L0KA 1P6YA 3ODUA 1L41A 1L89A 1LYFA 2F2QA 1DYEA 1L90A 1LYDA 3HH5A 1L43A 1L56A 3DMVA 3V2YA 1P64A 2OTZX 4I7KA 1L13A 183LA 1C65A 1L57A 1L04A 4I7TA 1QUHA 262LA 1C6DA 1L38A 4W59A 161LA 1CU3A 4W54A 2B72A 209LA 155LA 1L87A 178LA 1P7SA 1L28A 1QUGA 3C7WA 1L29A 3HT6A 2OU9A 1G0MA 4S0WA 1P46A 4EKSA 4I7LA 1QS9A 252LA 189LA 1OWZA 1DYFA 1L99A 1L88A 4PK0A 1C6BA 1PQJA 2HULA 2B6WA 1XEPA 158LA 188LA 1C67A 3GULA 3GUMA 1OV7A 2O79A 3HU8A 160LA 2ANVA 1CV1A 1L72A 1D3NA 1KY1A 2RB2X 139LA 1L74A 1L45A 1L93A 1L98A 197LA 3CDVA 3DNAA 231LA 170LA 1C69A 1G1WA 3C8SA 1C6GA 3HH3A 1L11A 4EKPA 157LA 2ANXA 2Z6BA 4E97A 1L42A 1XJTA 1L83A 4ARJA 3VW7A 176LA 2QARC 4AQNA 3HH6A 1C66A 1SWZA 1L27A 1C6PA 1L12A 2HUKA 1LI3A 238LA 1C6QA 1C6KA 3HWLA 3OE0A 2OU8A 4ARQA 3HU9A 4ARMB 109LA 5I14A 142LA 1L64A 1P3NA 2B70A 126LA 186LA 4EJ4A 229LA 118LA 152LA 4I7SA 1L37A 147LA 1LYEA 199LA 1L97A 2RBRA 4W55A 1PQOA 1EPYA 150LA 3NY9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F0WA 1IORA 5L9JA 1REYA 1QTEA 1C6MA 5KKIA 1OUFA 1P5CA 201LA 162LA 2A4TA 3V2WA 4J1AA 4EOFA 3CT5A 1L0JA 1WQOA 1QTBA 4DKLA 1ZURA 1HEPA 4OO9A 1WQRA 4GCEA 4KXIA 1IY4A 4WLTA 2MEBA 4XJFA 1C63A 5LVHA 2BQOA 1L17A 5HMVA 1L31A 1GB7A 1GFEA 222LA 1LOZA 1AT6A 3TXKA 3AZ6A 1IX0A 1VAUA 3A3QA 1L34A 1ZMYL 1CV5A 260LA 1DI5A 2MECA 1QIOA 1B5WA 1LSFA 2DBTA 208LA 2B75A 1FLWA 2DQFC 218LA 1UIHA 2RBNA 1L26A 1A4VA 3RNXA 1UBZA 1JWRA 3AJNA 3HTBA 154LA 3GXKA 3C82A 4LDEA 4NGZA 2RB1X 1UIAA 1G0KA 4NSJA 1QUOA 1IWXA 187LA 3B0OA 3E3DA 1HELA 4H90A 1IY3A 1SX2A 140LA 2YVBA 251LA 3L64A 244LA 1QTCA 1ZVYB 4N1CC 1LZEA 2DQHY 3UONA 4H9BA 1W6ZA 4DWXA 1GE4A 3AGHA 4XADA 1LZTA 1GXV2 2O7AA 2G4NA 4G4HA 1G0QA 1L06A 5LINA 1C6TA 4PJZA 1WVVA 4OWEA 1L19A 1L44A 2HECA 1XEJA 1G7IC 2MEFA 3AYQA 3L2XA 3SN6R 3FI5A 3TXJA 1SSYA 3C7ZA 4AXTA 4YX7C 1UUZC 167LA 1LJNA 1L47A 4LZTA 1L84A 1LZYA 5F9XA 3RZ4A 1L76A 3A91A 2B6XA 4NSHA 216LA 2HU3A 3C83A 194LA 1OYUA 4HPIA 5KXYA 200LA 4GLAA 1NF5A 5APEA 4XYYA 1G0PA 2BQFA 1SLYA 1L66A 2D4JA 3DN6A 1QSWA 2RH1A 4GBRB 103LA 1BVXA 1LZDA 1JHLA 4TSBA 2LZ2A 4C5FA 4GLVA 1HHLA 1O23A 4HV1A 3CSZA 1N4FA 3FI7A 1Z55A 3CDQA 4DC4A 4WLXA 1OUDA 4WO9A 3HT9A 2BQEA 1D2YA 1C10A 1OUJA 4G49A 3AW7A 5KXNA 2H9JA 1WVUA 3CDRA 2I25L 250LA 3TXDA 1JQUA 2EQLA 4C3WA 5KXRA 1L09A 4EPFA 2B5ZA 4WM5A 4DDBA 2RB0X 2IGCA 3JR6A 1L60A 4WLYA 2RBPA 1C6CA 3EO5A 1YKZX 1YQVY 3MGWA 4WL7A 1IC4Y 2N5ZA 2I26L 5DN5A 1KW7A 207LA 3A34A 1H6MA 3RT5X 104LA 3DN3A 3WUMA 220LA 2LCBA 1LZCA 2D91A 153LA 1L23A 1LZ8A 3WL2A 108LA 1HEMA 2BQDA 1LGXA 254LA 1QQYA 5D5CA 5LIOA 1HEQA 1WQQA 1QTKA 2L78A 3WPJA 227LA 4I7OA 1IOQA 1QT6A 3GUIA 1XGTC 149LA 6LYZA 1BQLY 1PQKA 1P2CC 1IEEA 1LWGA 1L52A 1G06A 112LA 1CX7A 3HFMY 1DQJC 3M18B 4ARLA 4I8SA 255LA 1L53A 4H9FA 1HNLA 1YAMA 3A8ZA 3SBBC 1GF6A 3F8VA 5KXLA 1P2LA 3WVXA 3GUKA 1LW9A 1L50A 1UACY 1QTDA 1E8LA 1C61A 1UIBA 3DN8A 4ETBA 3GUJA 2OE7X 4EMNA 1WQPA 2ZILA 1L61A 1REZA 3HT8A 1GFKA 4H1PA 3W6EA 2OU0X 1B7RA 1IWZA 2VB1A 2G4QA 2WARA 1H87A 1LYFA 4DDAA 1DYEA 3AGIA 4MSTA 1L56A 133LA 2YBLA 2MEDA 1B7NA 1OP9B 262LA 4HTQA 1GF8A 4QY9A 3QY4A 4W59A 1QUGA 1L29A 4ET9A 2OU9A 1FLQA 1P46A 4EKSA 1QS9A 5DM9A 1L88A 4B4IA 1REMA 2BQHA 4NGOA 2ZQ3A 2HULA 2RSCA 4NGJA 7LYZA 1LYOA 5E4PA 2BQJA 4W94A 2ANVA 3TXBA 4DD2A 1LZSA 1L74A 2MEEA 4CHXA 1L93A 1LJEA 4YENA 1D0LA 1YAOA 3CDVA 4WLDA 3TMXA 1JPOA 170LA 3TXHA 1C69A 1C6GA 1XJTA 176LA 5LYZA 4AQNA 1AT5A 4YEMA 5LAFA 238LA 5I5QA 1LHIA 3OE0A 5LVIA 3LYOA 4MR1A 4X3BA 5ILFA 1L64A 1HERA 4KL7A 2DQGY 4RW1A 2BQGA 2DQJY 1YANA 118LA 4I7SA 1L37A 1KXYA 5B07A 5E9RA 4ETCA 4IJ4A 1EPYA 150LA 1XFPL 1ZV5L 1OUCA 1GFTA 2D4IA 1LLHA 4B0DA 1F6RA 1GXXA 1HF4A 5FEKA 1GFRA 1KW5A 1B2KA 4YXAC 2HUMA 1L91A 4NHSA 233LA 1D3JA 1JKCA 1L67A 1L21A 4TUNA 1GD6A 3EMSA 1NBYC 1BGIA 172LA 1L08A 4G9SA 1LSEA 1TLAA 3CDOA 102LA 5F16A 3RU5A 190LA 4UWVA 1LSMA 1GB6A 1OQMA 1L71A 2HEFA 6LYTA 4TTDA 2H9KA 5LXWA 1B7QA 5HNLA 4L41A 2DQCY 5A3ZA 1NBZC 2RBQA 1LSZA 1VDSA 1L35A 1HFXA 1L81A 1QTHA 2B6ZA 182LA 4I7RA 4BS7A 3SBAA 145LA 1IR9A 2B6YA 2D6BA 151LA 1OUEA 3HBHA 4W52A 168LA 4ARQB 1C6HA 2BQCA 3QE8A 1LZ6A 1NKHA 4XJIA 2HUBA 5KXSA 3A95A 3DKEX 1BVKC 1L15A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1F0W A;  1IOR A;  5L9J A;  1REY A;  1QTE A;  1C6M A;  5KKI A;  1OUF A;  1P5C A;  201L A;  162L A;  2A4T A;  3V2W A;  4J1A A;  4EOF A;  3CT5 A;  1L0J A;  1WQO A;  1QTB A;  4DKL A;  1ZUR A;  1HEP A;  4OO9 A;  1WQR A;  4GCE A;  4KXI A;  1IY4 A;  4WLT A;  2MEB A;  4XJF A;  1C63 A;  5LVH A;  2BQO A;  1L17 A;  5HMV A;  1L31 A;  1GB7 A;  1GFE A;  222L A;  1LOZ A;  1AT6 A;  3TXK A;  3AZ6 A;  1IX0 A;  1VAU A;  3A3Q A;  1L34 A;  1ZMY L;  1CV5 A;  260L A;  1DI5 A;  2MEC A;  1QIO A;  1B5W A;  1LSF A;  2DBT A;  208L A;  2B75 A;  1FLW A;  2DQF C;  218L A;  1UIH A;  2RBN A;  1L26 A;  1A4V A;  3RNX A;  1UBZ A;  1JWR A;  3AJN A;  3HTB A;  154L A;  3GXK A;  3C82 A;  4LDE A;  4NGZ A;  2RB1 X;  1UIA A;  1G0K A;  4NSJ A;  1QUO A;  1IWX A;  187L A;  3B0O A;  3E3D A;  1HEL A;  4H90 A;  1IY3 A;  1SX2 A;  140L A;  2YVB A;  251L A;  3L64 A;  244L A;  1QTC A;  1ZVY B;  4N1C C;  1LZE A;  2DQH Y;  3UON A;  4H9B A;  1W6Z A;  4DWX A;  1GE4 A;  3AGH A;  4XAD A;  1LZT A;  1GXV 2;  2O7A A;  2G4N A;  4G4H A;  1G0Q A;  1L06 A; 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