3C80A

T4 lysozyme mutant r96y at room temperature
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRYCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c80A00
255LA 2RB0X 4ARJA 230LA 2OTZX 1L89A 198LA 1CU0A 1L04A 2ANXA 1G0MA 1L32A 1L59A 229LA 1C64A 165LA 2B6WA 1L35A 2CUUA 1C6KA 1C6EA 2B7XA 1L43A 3DMVA 199LA 126LA 3QAKA 1CUQA 1L51A 1C6HA 1C65A 1DYFA 3SB6A 228LA 3HT7A 1L25A 1L81A 2OU0X 1QSBA 3NYAA 3HH6A 4S0WA 1QTBA 112LA 1DYGA 3SB9A 1JTMA 2B74A 1D3JA 4I7TA 1QT8A 1L03A 1L48A 1LYHA 3DNAA 142LA 3V2YA 2B72A 114LA 1L52A 3UONA 1LLHA 253LA 4DJHA 3G3VA 184LA 1L22A 2B75A 4ARMA 243LA 1L98A 3HTFA 1OWZA 2OEAX 3F9LA 1SSWA 1OVHA 188LA 3HDFA 1LW9A 1QT3A 2O4WA 1I6SA 172LA 1CX6A 1L73A 1P46A 4I7OA 1JTNA 144LA 1L72A 1SX2A 1L30A 1G0KA 3C8QA 159LA 244LA 3GUKA 143LA 180LA 1L46A 1P3NA 1L71A 4I7RA 1C6LA 1L85A 1KS3A 151LA 1ZYTA 1OV5A 120LA 2B70A 195LA 1L91A 1KY1A 3C7WA 3DN4A 115LA 4PJZA 4ARPA 1L77A 2OE9X 1L41A 4K5YA 1T97A 2ANVA 3C8RA 104LA 1L07A 2OU8A 1L12A 1LGXA 1G0JA 1L95A 1L05A 130LA 1OV7A 1P2LA 1OWYA 1C69A 175LA 177LA 3C82A 3CDRA 1L49A 1L29A 4GBRB 3G3WA 1WTHA 3DMZA 109LA 1KW5A 254LA 3HH4A 214LA 1C6JA 3G3XA 3HTDA 2OU9A 156LA 3HT8A 1L62A 3HUQA 1QT5A 4LZMA 3VW7A 1L86A 123LA 3EMLA 3HUAA 138LA 1L08A 1CU6A 1L37A 2IGCA 1EPYA 2OE4X 252LA 1L82A 1LYEA 1QSQA 128LA 1CTWA 4YX7C 137LA 217LA 147LA 3C8SA 1QS9A 152LA 1C66A 3GUPA 1L28A 239LA 3HH3A 141LA 4I7KA 232LA 102LA 227LA 1C68A 157LA 1LYFA 1C6FA 2Q9DA 238LA 1C6QA 122LA 4EKRA 1SWZA 164LA 1L76A 2B6ZA 4ARQA 187LA 1LYDA 1CU3A 1L92A 1L88A 148LE 1T6HA 1G0GA 2A4TA 1P2RA 127LA 2LC9A 1L75A 1L36A 118LA 2LZMA 3DN3A 251LA 2RBNA 224LA 4EKQA 4I7QA 1LI2A 242LA 181LA 1C6GA 1L55A 1L84A 1XEPA 2RBSA 4DKLA 2B6TA 1P5CA 1D2WA 247LA 4I7LA 221LA 145LA 1QUDA 1C6DA 1P6YA 1PQKA 2QB0B 2B73A 1P36A 1C60A 1SX7A 1P56A 110LA 1L54A 3OE0A 6LZMA 1L58A 3SBBC 1QTCA 192LA 4YXAC 4W53A 4EPFA 4LDEA 258LA 3SBAA 146LA 3DN2A 2RH1A 1L93A 2LCBA 1D9WA 1L00A 3CDOA 191LA 1C6MA 1LWKA 3PDSA 4ZPUA 249LA 223LA 1L63A 4W56A 3HH5A 215LA 1KY0A 1C6IA 1QT4A 2OE7X 3DN1A 1T8AA 4I7SA 1DYCA 3GUMA 150LA 2Q9EA 1LYJA 3SB8A 1L45A 209LA 3GUIA 1OVJA 2Z6BA 3DMXA 1D3MA 1K28A 1PQOA 2B6YA 119LA 1QTDA 1L33A 2NTHA 1L02A 262LA 1L20A 1QUOA 3HWLA 1G1VA 197LA 1L26A 3GUJA 4E97A 1SWYA 174LA 1CU5A 1C6PA 1L69A 7LZMA 4ARMB 169LA 1L60A 107LA 3DN8A 1D3NA 163LA 248LA 2O79A 183LA 2HUMA 1CU2A 246LA 3DN6A 259LA 178LA 3JR6A 1OVKA 3PBLA 1TLAA 3OE6A 237LA 1L01A 1L83A 1DYAA 1L11A 1CV3A 1OYUA 210LA 201LA 2HUKA 1L10A 218LA 1C61A 4EPIA 1L47A 103LA 4AQNA 206LA 173LA 1L16A 1C63A 1XJUA 2F32A 1L42A 3CDQA 3HUKA 3SB7A 2RBPA 3SN6R 216LA 1D2YA 1C6CA 1L68A 1L17A 196LA 1DYBA 1B6IA 1LYGA 5LZMA 129LA 219LA 4W59A 1PQIA 3DN0A 1LI3A 1L74A 1L34A 3FI5A 1QTHA 1LYIA 1L94A 160LA 233LA 1LGWA 185LA 1DYEA 1L09A 182LA 125LA 4LDOA 1ZWNA 3K2RA 166LA 1C6AA 222LA 1D3FA 4LDLA 1L90A 1L13A 220LA 1L80A 190LA 1CVKA 1CV0A 3HDEA 1L50A 2RBQA 1G06A 1KNIA 1L24A 167LA 1QS5A 235LA 231LA 1CX7A 108LA 1LPYA 168LA 2L78A 1G0LA 155LA 3C81A 1CUPA 1L64A 1L38A 1G0PA 1JQUA 4ARQB 1L66A 3L2XA 2NTGA 189LA 1L87A 4EKPA 4EKSA 4W52A 3RZEA 1L97A 226LA 4OO9A 4DAJA 139LA 3HTGA 1L27A 3CDTA 2RAZX 1C6TA 4EXMA 1L96A 4ARLA 113LA 211LA 1P7SA 2RBOA 1P37A 1L14A 2F47A 1L0JA 1L15A 3DKEX 111LA 234LA 161LA 1CV6A 1G07A 1XJTA 4I7JA 4I7MA 3C7YA 3OE8A 4PK0A 3SB5A 3C83A 1LI6A 3GULA 1PQDA 1DYDA 1T8FA 4W55A 1L67A 205LA 1L61A 2RB1X 250LA 1L39A 149LA 1L23A 2QARC 3HU9A 1LWGA 200LA 5I14A 1CV1A 3FA0A 1L31A 2RBRA 1QUHA 1L65A 4W57A 3F8VA 3C80A 1L18A 4W51A 1L21A 260LA 240LA 140LA 3HTBA 3NY9A 158LA 245LA 3HU8A 4W54A 3V2WA 1L57A 1ZURA 1L56A 2RB2X 2RAYX 225LA 1L44A 4IAPA 3HT6A 1G0QA 1QT6A 1L79A 257LA 3FADA 2O7AA 171LA 1KW7A 213LA 1QT7A 3CDVA 1PQMA 1QUGA 3GUOA 176LA 3OE9A 1L06A 1L99A 1P64A 2B6XA 3HT9A 1C6NA 1CV5A 4YXCA 212LA 1L53A 1L70A 3D4SA 1G1WA 2HULA 162LA 1QTVA 4I7PA 3C7ZA 3ODUA 4EJ4A 1QTZA 170LA 1NHBA 1C62A 2F2QA 186LA 4I7NA 4W58A 1L19A 2OTYX 1CV4A 1L40A 1SSYA 4GRVA 1L0KA 3L64A 1T8GA 241LA 3LZMA 261LA 131LA 256LA 1LGUA 3NY8A 3RUNA 1C6BA 236LA 3GUNA 1PQJA 1C67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WUNA 1B9OA 2RB0X 4ARJA 1LKSA 230LA 4LFPA 1OQMA 1CU0A 1L04A 2ANXA 5KXTA 1HEQA 1L32A 1EQ4A 1C64A 5F14A 1B5UA 1L35A 1C6KA 1C6EA 1GXXA 126LA 133LA 2LYOA 1IP1A 1C6HA 1C65A 1JWRA 1DYFA 3J6KA 1LMAA 1QSBA 1BWIA 3SB9A 2B74A 1L48A 2ZIJA 3DNAA 5B05A 5E4PA 1BGIA 4J1BA 4DJHA 4WM4A 3G3VA 5KXOA 184LA 4M4OA 2D4KA 1HHLA 1IP4A 1VDTA 2D91A 3F9LA 1OVHA 1JHLA 1GF6A 1P46A 4H9EA 1SX2A 1L30A 159LA 3LYZA 5LXWA 4KT3A 1L46A 1B7RA 1BVXA 4LYZA 1REZA 4NHPA 3W6BA 151LA 4NGWA 1OV5A 5L3IA 1IC5Y 120LA 2B70A 2F2NA 2YBIA 4NGVA 4DD2A 4DYGA 4XJFA 3DN4A 2CGIA 115LA 4PJZA 2F30A 4NHTA 4MSTA 1GAYA 4A7DA 1G7LC 3EMSA 4N0JA 1T97A 1V7TA 4FDYA 4UWUA 1HENA 1HELA 1OV7A 1OWYA 4HV1A 3G3WA 3DMZA 4OWCA 4XJHA 4UWVA 1C6JA 3HT8A 1L62A 123LA 1YAPA 1WQQA 138LA 3HUAA 1ZV5L 1GDXA 4BAPA 2IGCA 1EPYA 4YX7C 3C8SA 1QS9A 152LA 2C8OA 1LJGA 3GUPA 3B0IA 1CKCA 2B5ZA 4NGYA 102LA 157LA 1JSEA 1LYFA 1LZRA 1UIEA 2Q9DA 3A92A 1JJ1A 5DN4A 122LA 1SWZA 164LA 3ZVQB 1DKKA 1YAMA 1L92A 4GLVA 1RE2A 5HNLA 2HU1A 2D4IA 1YIKA 251LA 1JUGA 4N8ZA 4EKQA 4I7QA 4H8ZA 3TMXA 1XEJA 3WW5A 1C6GA 1L55A 2RBSA 2B6TA 1D2WA 247LA 3RNXA 1LYYA 2EIZC 1C6DA 1P6YA 1PQKA 1JKBA 1IP2A 2B73A 1P56A 4WM1A 3SBBC 5C6JA 258LA 3SBAA 2PC2A 4WM5A 2RH1A 1D9WA 191LA 1IWUA 249LA 223LA 4W56A 3HH5A 215LA 1KY0A 1DYCA 1LZ8A 2W1YA 2Q9EA 1I56A 5LIOA 5HNCA 1GB9A 3W6DA 5F16A 2B6YA 2D6BA 2A7DA 119LA 3E3DA 1QUOA 3LYTA 5F9UA 5DLAA 1SWYA 1L69A 4ARMB 1L60A 3LZTA 3N9AA 3RU5A 178LA 2IHLA 1AM7A 4OOTA 1L01A 1L83A 1CV3A 2ZYCA 2HUKA 1UC0A 1C61A 1IWTA 3TMWA 4AQNA 206LA 1L16A 4EMNA 4H8XA 4OWAA 1NBYC 4H9IA 1LZBA 1GB7A 3MGWA 1IY4A 1LMCA 1L17A 196LA 1B6IA 129LA 219LA 1PQIA 3DN0A 1LI3A 5ILCA 1L74A 3EBAB 1F10A 1OUIA 4WG1A 1L94A 1WQNA 1XGQC 3EO5A 2VB1A 182LA 2Z12A 2Z2EA 3A96A 222LA 1HSWA 1D3FA 2YSSC 5ILFA 1L13A 1D6PA 1FLWA 4YEOA 1IWWA 167LA 235LA 1GF0A 3M3UA 4NGKA 4ETDA 168LA 2H9JA 1TEWA 3G3AB 1L64A 3AZ4A 1LMOA 3TMVA 1L66A 2BLYA 3HBDA 1IP6A 4WMGA 4NSHA 4G4HA 2W1MA 4Z41A 4EKSA 1LJFA 1P2CC 1LOZA 5HQ1A 3WYHA 113LA 1JKDA 1L14A 1REYA 1L0JA 1LTMA 3W3EA 1IWYA 1L15A 1LJHA 4DD0A 5B07A 2X0AA 1GD6A 3WPLA 4I7MA 3OE8A 2DQAA 1W08A 3GULA 1YQVY 2H5ZA 1T8FA 4ETAA 1L67A 205LA 2RB1X 1L39A 2MEDA 5I14A 1LYSA 5APDA 4OOOA 1LZCA 4W57A 4W51A 4GN4A 3M18B 1B7SA 3HU8A 1GF9A 225LA 4U3XB 3TXFA 4IAPA 1QT6A 1L79A 5LVJA 3TXDA 1OUGA 4EOFA 5I4WA 5APFA 1DI3A 2BQFA 176LA 1LYZA 1L99A 4NGIA 4TWSA 3HT9A 4OWHA 1LZDA 4YXCA 1L70A 4WLDA 162LA 4TSBA 1LZTA 1QTVA 1LHIA 5APEA 1XGRC 3ODUA 3WVXA 1B5XA 1NHBA 1LJ4A 1OUEA 4W58A 4B49A 1L40A 1SSYA 1T8GA 3LZMA 5EBHA 131LA 256LA 1GDWA 2G4QA 4LYTA 4BAFA 1PQJA 3HFMY 1G0MA 1L89A 1EQEA 4RDSA 1GBOA 5LINA 4B4JA 3N9CA 2B6WA 1CKDA 1LSEA 1IP3A 1LSBA 1CUQA 6LYTA 4ETCA 3SB6A 228LA 2Z18A 4OWEA 3IWRA 1L25A 1L81A 2OU0X 1LJEA 2LZ2A 4DDCA 1QTBA 2BLXA 1JTMA 4I7TA 1GB2A 142LA 3V2YA 4RW1A 4YM8A 4GLAA 5FHWA 1B5YA 1BVKC 1DI4A 4LYMA 2B75A 4LYOA 1LJIA 1QTEA 4NY5A 3A6CY 1JTPL 1UIDA 1Z55A 3HDFA 1QT3A 4XADA 2Q0MX 4O34A 1CJ6A 1G0KA 3C8QA 4Z46A 1L71A 1IORA 1NHEA 1UIGA 1XSFA 4NGOA 2LYZA 195LA 3ULRA 1OP9B 1DZBX 4ARPA 1L77A 2FBDA 3RT5X 5A3ZA 2ANVA 3C8RA 2BQKA 1L07A 1LGXA 3A90A 1L95A 1FLQA 1H87A 1A4VA 1C69A 1BQLY 1BWJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WUN A;  1B9O A;  2RB0 X;  4ARJ A;  1LKS A;  230L A;  4LFP A;  1OQM A;  1CU0 A;  1L04 A;  2ANX A;  5KXT A;  1HEQ A;  1L32 A;  1EQ4 A;  1C64 A;  5F14 A;  1B5U A;  1L35 A;  1C6K A;  1C6E A;  1GXX A;  126L A;  133L A;  2LYO A;  1IP1 A;  1C6H A;  1C65 A;  1JWR A;  1DYF A;  3J6K A;  1LMA A;  1QSB A;  1BWI A;  3SB9 A;  2B74 A;  1L48 A;  2ZIJ A;  3DNA A;  5B05 A;  5E4P A;  1BGI A;  4J1B A;  4DJH A;  4WM4 A;  3G3V A;  5KXO A;  184L A;  4M4O A;  2D4K A;  1HHL A;  1IP4 A;  1VDT A;  2D91 A;  3F9L A;  1OVH A;  1JHL A;  1GF6 A;  1P46 A;  4H9E A;  1SX2 A;  1L30 A;  159L A;  3LYZ A;  5LXW A;  4KT3 A;  1L46 A;  1B7R A;  1BVX A;  4LYZ A;  1REZ A;  4NHP A;  3W6B A;  151L A;  4NGW A;  1OV5 A;  5L3I A;  1IC5 Y;  120L A;  2B70 A;  2F2N A;  2YBI A;  4NGV A;  4DD2 A;  4DYG A;  4XJF A;  3DN4 A;  2CGI A;  115L A;  4PJZ A;  2F30 A;  4NHT A;  4MST A;  1GAY A;  4A7D A;  1G7L C;  3EMS A;  4N0J A;  1T97 A;  1V7T A;  4FDY A;  4UWU A;  1HEN A;  1HEL A;  1OV7 A;  1OWY A;  4HV1 A;  3G3W A;  3DMZ A;  4OWC A;  4XJH A;  4UWV A; 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