3C83A

Bacteriophage t4 lysozyme mutant d89a in wildtype background at room temperature
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYASLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c83A00
1C62A 1L29A 1QUGA 1L39A 1QT4A 1OVJA 3HTBA 146LA 150LA 115LA 184LA 3L2XA 1D3NA 2B74A 1C6FA 1C6HA 4EKQA 3HT7A 4EKRA 3C81A 1L53A 4I7PA 2RBPA 1P2LA 248LA 3VW7A 1EPYA 3V2WA 171LA 1C69A 3C82A 195LA 254LA 167LA 3G3VA 3OE6A 1DYAA 1C6KA 1PQOA 1D3FA 4W59A 1L90A 1PQIA 122LA 4ZPUA 4W52A 1L91A 1CU5A 2OE9X 3FADA 112LA 1L88A 4I7LA 152LA 3CDRA 1OWZA 1C67A 188LA 255LA 1QTDA 1LYJA 210LA 238LA 1C6MA 1L22A 250LA 1LYDA 1QT6A 1C6QA 3LZMA 183LA 126LA 4EPIA 4ARPA 3DMVA 209LA 249LA 1CV4A 1JTMA 3HUKA 244LA 4LDLA 3HH6A 1OV5A 1LGUA 3HDEA 1L55A 1LGXA 4I7TA 2RBRA 3GUKA 1L18A 191LA 215LA 241LA 1CUPA 1L93A 165LA 1LPYA 1L44A 1PQKA 1L17A 4I7MA 2HULA 4YXAC 1KY0A 4YX7C 1QS9A 4ARQB 261LA 2ANXA 2HUMA 3C7WA 3NY8A 1G06A 3C8SA 1L99A 2IGCA 2LZMA 1CX6A 226LA 155LA 221LA 2RAZX 1G0QA 3DN4A 3G3WA 2B6WA 3G3XA 1P56A 4I7QA 5LZMA 251LA 216LA 4LDEA 1L41A 4I7RA 3OE8A 198LA 4I7KA 186LA 1JQUA 1LYEA 159LA 1D9WA 1SSWA 1LI2A 3CDQA 1L08A 4EJ4A 1L42A 1CV6A 110LA 1L19A 3CDOA 3HT8A 2RBNA 2F47A 1SSYA 1L32A 1CV5A 1C68A 1LI3A 4W56A 3L64A 139LA 1G0JA 3SB6A 1C6GA 1L43A 145LA 212LA 2RH1A 206LA 1CU0A 233LA 1C66A 1XEPA 137LA 113LA 4ARMA 140LA 1L82A 1L62A 258LA 214LA 2L78A 1L89A 3GULA 1L97A 5I14A 1L13A 1L30A 1L38A 1I6SA 1L15A 1L45A 3DMXA 3DKEX 1L33A 1PQJA 1LYIA 4EKPA 2F32A 3UONA 187LA 108LA 1L37A 6LZMA 3HT9A 1NHBA 111LA 2ANVA 1PQMA 1LWGA 3C8RA 3GUNA 3SB9A 4LDOA 4IAPA 1L0JA 213LA 2QARC 1P7SA 1QT8A 197LA 1DYFA 3GUOA 1LWKA 1QSQA 4EKSA 1L94A 3HH5A 1L31A 1L64A 4K5YA 1G0GA 1CV1A 1L27A 1L74A 2B7XA 2Z6BA 1L50A 1TLAA 2OE4X 1C64A 1L47A 219LA 1QTCA 3K2RA 3QAKA 1OYUA 1L51A 1L36A 4ARLA 1D3MA 1G07A 1L26A 1P5CA 3SB5A 162LA 3HTFA 166LA 1L96A 1QTBA 222LA 1KW5A 1L28A 3SBAA 1L20A 2F2QA 2HUKA 1LLHA 1L76A 3C8QA 1LGWA 1L52A 1LW9A 1LYHA 1L14A 3GUMA 1XJTA 1OVHA 3C83A 2CUUA 3HU8A 4PK0A 1KS3A 1L60A 2LCBA 2B6XA 2RBQA 3PBLA 129LA 1QUOA 127LA 3SN6R 142LA 138LA 3OE9A 196LA 192LA 4W55A 3GUPA 1QS5A 1L34A 1L09A 237LA 149LA 7LZMA 180LA 1QTZA 3HDFA 1C6IA 172LA 3DN2A 189LA 173LA 1C65A 1OVKA 1QT5A 3ODUA 161LA 1SX7A 4I7NA 1C6CA 2OU8A 2B72A 1L80A 1OV7A 1LI6A 1QSBA 1P46A 3JR6A 107LA 168LA 1CTWA 1L24A 1G1WA 123LA 109LA 1C63A 246LA 3FI5A 3HH3A 2A4TA 1QT7A 1L48A 104LA 1L25A 3F8VA 1C6LA 2B6TA 1L00A 103LA 1L10A 148LE 2OE7X 147LA 3HWLA 2B73A 1L85A 1P2RA 3CDTA 164LA 1K28A 4ARMB 242LA 1L63A 1LYGA 181LA 1JTNA 3CDVA 231LA 257LA 1L01A 1C6AA 1L0KA 1G0MA 1P37A 1L70A 3DMZA 3GUJA 3HU9A 201LA 4AQNA 160LA 1G1VA 1G0KA 1L69A 1D2WA 2B75A 1SX2A 1C6TA 4GRVA 1OWYA 1SWZA 253LA 1L06A 4I7OA 224LA 4I7JA 1L49A 1ZURA 1L12A 163LA 119LA 1L21A 4LZMA 2OU0X 1L23A 2Q9EA 236LA 1L54A 3DN8A 3PDSA 4W54A 4GBRB 1C6DA 1ZYTA 3D4SA 3DN6A 4EXMA 1L65A 156LA 1L66A 3HUQA 1L61A 1D3JA 3OE0A 235LA 1L57A 1C6PA 177LA 1CX7A 205LA 1L67A 1KNIA 143LA 2NTGA 3C7YA 3DN1A 141LA 2LC9A 1C60A 1L59A 3DNAA 2OEAX 131LA 1CVKA 1SWYA 1L79A 3RZEA 1QTVA 114LA 2OU9A 3HH4A 229LA 102LA 1L05A 1LYFA 3DN0A 1QUDA 1L35A 259LA 2RB1X 211LA 1T6HA 1T97A 3SB7A 4DJHA 1XJUA 125LA 3V2YA 1L98A 1L75A 1C6JA 176LA 3F9LA 1G0LA 1KY1A 1CV0A 3NYAA 2B6YA 178LA 1DYBA 4EPFA 217LA 170LA 1L81A 169LA 1QTHA 158LA 240LA 1P6YA 182LA 1L16A 2RBSA 3SB8A 1QT3A 1L46A 1L68A 1L92A 2RB2X 234LA 2B6ZA 1B6IA 2O79A 4I7SA 218LA 2RB0X 157LA 1CUQA 2OTYX 3FA0A 3DN3A 4DKLA 1D2YA 230LA 4W51A 3HT6A 1L87A 4E97A 185LA 1DYDA 1L73A 4YXCA 262LA 4ARJA 220LA 3HUAA 3SBBC 151LA 4OO9A 243LA 1KW7A 4ARQA 1DYCA 1CU3A 1CV3A 1P36A 1QUHA 1L58A 199LA 4W53A 247LA 1C6NA 256LA 2NTHA 2B70A 3RUNA 174LA 1C61A 4DAJA 3HTDA 232LA 223LA 239LA 1L83A 3NY9A 1ZWNA 252LA 1PQDA 130LA 2RAYX 2O4WA 1L40A 2Q9DA 3C7ZA 1CU6A 200LA 4S0WA 190LA 1L95A 1P3NA 2OTZX 1DYGA 3GUIA 128LA 1P64A 1T8FA 1C6EA 120LA 3HTGA 1L04A 225LA 175LA 1L71A 3C80A 227LA 2QB0B 1L11A 1L84A 4W57A 1L07A 2O7AA 1L72A 1L03A 1G0PA 1L56A 1L77A 1WTHA 3EMLA 4PJZA 1L86A 1C6BA 4W58A 1DYEA 144LA 118LA 260LA 2RBOA 1T8AA 1CU2A 245LA 1L02A 1T8GA 228LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D0KA 4BAPA 1QUGA 3BKHA 2F30A 3ZEKA 5LAGA 1QT4A 1IP5A 1YROA 2DKVA 1D3NA 3TXHA 1C6HA 2EIZC 1HHLA 4Z3MA 1IC7Y 4EKRA 1IP4A 1CNSA 4KL7A 2RBPA 2CDSA 1NWGA 171LA 1C69A 4UWUA 1HEQA 1C6KA 4W59A 1PQIA 5B1GA 112LA 5B07A 4CJ2A 5ILFA 5HLLA 5APCA 1DPWA 1JUGA 1C67A 1HERA 1QTDA 3CB7A 153LA 1JIYA 1MELL 1C6MA 1L22A 4WM6A 1GBYA 1BWIA 4WG7A 1F6SA 1IX0A 1UCOA 5APEA 1GFTA 1D0MA 1VAUA 1LGUA 2HEEA 1LGXA 4LYTA 3GUKA 1L18A 1GFJA 191LA 1LJJA 3B72A 5F16A 165LA 1PQKA 1QSAA 1QS9A 4ARQB 3SP3A 3C7WA 3C8SA 1L99A 2IGCA 2LZMA 1CX6A 5EBHA 1JJ3A 221LA 1G0QA 2RAZX 4NG1A 4DC4A 4G4CA 1P56A 5LZMA 5LVHA 216LA 1L41A 4I7RA 1XGRC 1YAMA 1B5VA 1GBXA 159LA 4WLTA 4NY5A 1VDQA 1L42A 3WW6A 3CDOA 3HT8A 3P68A 1LI3A 4W56A 1GBSA 2YBLA 4J1AA 3SB6A 2BQCA 1EL1A 2RH1A 2G4PA 233LA 1D6PA 140LA 1HC0A 2CGIA 3RT5X 1E8LA 1IP6A 1RE2A 1L45A 1B7NA 1L33A 3LZ2A 4BS7A 1AKIA 2F32A 1GF5A 4RLMA 187LA 108LA 1OUHA 2ANVA 4LT3A 1B0DA 1LWGA 3W6FA 3ATNA 3SB9A 5L3IA 4LDOA 2QARC 4H9AA 1KIRC 4WLYA 1LSNA 1QSQA 4EKSA 1IY3A 1G0GA 2B7XA 3T6UA 1LMTA 3QAKA 1NKHA 2MEGA 1D3MA 1LSPA 3QE8A 5HNLA 1B7SA 1L96A 2Z38A 1CJ9A 1DI5A 1LZ9A 5L3HA 4UWVA 1QUTA 2YBIA 3A34A 4WG1A 1LYHA 1IWVA 3GUMA 1XJTA 1ZVYB 1OVHA 2CUUA 3TXEA 2LCBA 1JKAA 1NBYC 3AJNA 2RBQA 5I5QA 129LA 2ZYCA 1DZBX 1A2YC 127LA 1QUOA 142LA 2YBJA 138LA 4N0JA 1LMAA 1A4VA 4H91A 154LA 1LZCA 1LHKA 2BLYA 1GB9A 4ETEA 3TXBA 5KY1A 4TWSA 3D9AC 1GFUA 1QTZA 3DN2A 189LA 1OVKA 4I7NA 2BQNA 1C6CA 1OUIA 1OV7A 9LYZA 3WXUA 3A6CY 1T3PA 1G7MC 1L24A 1G1WA 123LA 1B7RA 246LA 3FI5A 2HU3A 1G7IC 3A90A 104LA 3F8VA 1C6LA 1L10A 1TBYA 1V7TA 1P2RA 3CDTA 164LA 4I8SA 3CDVA 4WM5A 1GDWA 1HFXA 4GN3A 1YKYX 4LT0A 5KXYA 3K3TA 1SQ2L 3ATOA 3A95A 2YBHA 5F14A 1JKCA 1LJNA 3A96A 1GE4A 4X3BA 2I26L 2ZIJA 4W94A 163LA 1L23A 4NHSA 3B0KA 1GAZA 2BAAA 4I0CA 1XEIA 4DT3A 1RI8B 2LC9A 2MEEA 1C60A 3A3RX 3AZ7A 2OEAX 131LA 4PHIA 3RZEA 2ZILA 1LSAA 3HH4A 229LA 1L05A 1QUSA 1GF6A 1IOSA 1QUDA 2EPEA 1L35A 2RB1X 1J1XY 2HEFA 2Z18A 1QIOA 4DJHA 3CSQA 1XJUA 1HSXA 125LA 2G4NA 3V2YA 3RNXA 176LA 1G0LA 2C8OA 1CV0A 3NYAA 178LA 2A7FA 4DQ7A 3RW8A 1BWJA 1CJ7A 240LA 1P6YA 1ZVHL 2RBSA 4WMGA 2O79A 1EQ4A 1CUQA 3DN3A 4Z41A 2DQDY 1IWZA 4E97A 3W6AA 185LA 4MSTA 4YXCA 4DDAA 1ALCA 1HENA 151LA 1LMQA 3CSRA 3N9AA 1SLYA 5D5FA 2BQKA 4NSHA 1GFKA 1RJCB 1CU3A 1CV3A 1P36A 1QUHA 1IR9A 4H93A 4J0LA 2NTHA 1XGQC 4OWEA 1IEEA 174LA 4DAJA 232LA 5APDA 1IP7A 3VWOA 1ZWNA 252LA 1JITA 3TXDA 1CU6A 200LA 4ML7A 1L95A 3GUIA 5B05A 1C6EA 3HTGA 1J1PY 1UIEA 1UIHA 2O7AA 1FDLY 3HBEX 3EMLA 4W58A 1OQMA 1EQEA 4H8XA 1IWUA 1LHJA 5I54A 4NFVA 3HTBA 1REZA 3WXTA 3WUMA 1IO5A 1LPIA 1BWHA 4ZEEA 2FYCA 4B49A 5C6LA 1F6RA 1LSFA 2EKSC 1LSGA 5KXXA 3W6CA 248LA 2YBNA 1VATA 3C82A 195LA 254LA 3G3VA 1JPOA 3FADA 4NEBA 4KPMA 1LYJA 1C10A 3TXKA 210LA 1LYDA 3J4GA 4TSBA 3LZMA 183LA 4BAFA 1UIDA 4XJBA 1JSFA 3DMVA 1LMOA 249LA 1CV4A 1JTMA 3HUKA 4LDLA 2MEAA 3HH6A 4H8YA 4HV2A 1JKDA 5DN5A 4TSCA 2G4QA 4I7TA 4GLVA 5J7CA 1JWRA 4OOTA 1CUPA 1GB7A 1LPYA 5LAFA 2F2NA 1GFVA 4LYOA 1WVVA 261LA 2HUMA 2D6BA 2BQMA 2I25L 2XBSA 4WOAA 1LYYA 2YSSC 2B6WA 5K7OA 5ILCA 4LDEA 5KXWA 4I7KA 186LA 1D9UA 1F10A 1CV6A 4WM4A 1YKZX 2ZWBA 2RBNA 5KKIA 1SSYA 4NHQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D0K A;  4BAP A;  1QUG A;  3BKH A;  2F30 A;  3ZEK A;  5LAG A;  1QT4 A;  1IP5 A;  1YRO A;  2DKV A;  1D3N A;  3TXH A;  1C6H A;  2EIZ C;  1HHL A;  4Z3M A;  1IC7 Y;  4EKR A;  1IP4 A;  1CNS A;  4KL7 A;  2RBP A;  2CDS A;  1NWG A;  171L A;  1C69 A;  4UWU A;  1HEQ A;  1C6K A;  4W59 A;  1PQI A;  5B1G A;  112L A;  5B07 A;  4CJ2 A;  5ILF A;  5HLL A;  5APC A;  1DPW A;  1JUG A;  1C67 A;  1HER A;  1QTD A;  3CB7 A;  153L A;  1JIY A;  1MEL L;  1C6M A;  1L22 A;  4WM6 A;  1GBY A;  1BWI A;  4WG7 A;  1F6S A;  1IX0 A;  1UCO A;  5APE A;  1GFT A;  1D0M A;  1VAU A;  1LGU A;  2HEE A;  1LGX A;  4LYT A;  3GUK A;  1L18 A;  1GFJ A;  191L A;  1LJJ A;  3B72 A;  5F16 A;  165L A;  1PQK A;  1QSA A;  1QS9 A;  4ARQ B;  3SP3 A;  3C7W A;  3C8S A;  1L99 A;  2IGC A;  2LZM A;  1CX6 A;  5EBH A;  1JJ3 A;  221L A;  1G0Q A;  2RAZ X;  4NG1 A;  4DC4 A;  4G4C A;  1P56 A;  5LZM A;  5LVH A;  216L A;  1L41 A;  4I7R A;  1XGR C;  1YAM A;  1B5V A;  1GBX A;  159L A;  4WLT A;  4NY5 A;  1VDQ A;  1L42 A;  3WW6 A;  3CDO A;  3HT8 A;  3P68 A;  1LI3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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