3C83A

Bacteriophage t4 lysozyme mutant d89a in wildtype background at room temperature
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYASLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH9 (137-141)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c83A00
1C6CA 1QSQA 222LA 1L92A 1QTZA 3SN6R 122LA 1L81A 1NHBA 3JR6A 2NTGA 1CU2A 258LA 163LA 238LA 249LA 161LA 1T6HA 1JTMA 1L88A 1SWZA 214LA 3HU9A 4ARQA 1L72A 186LA 1B6IA 146LA 1L53A 1LPYA 1LYEA 3HT7A 1L19A 1XEPA 1QT4A 229LA 1QUOA 4IAPA 3HTGA 1P7SA 142LA 2Z6BA 4DJHA 1L15A 3CDVA 1DYBA 1LLHA 3FADA 1LWKA 1CTWA 1L30A 137LA 1C64A 3HH5A 3C8SA 1P5CA 2B74A 1L93A 1DYEA 4DKLA 1L40A 1L98A 1LYHA 2B6WA 1PQKA 2OE4X 1C6IA 3HUKA 1L56A 3HDFA 1CUPA 2Q9DA 1CUQA 1P64A 246LA 1L18A 3C7WA 1LI2A 2QB0B 239LA 174LA 1C6BA 191LA 2ANXA 160LA 1L29A 4I7MA 1C69A 2HULA 2L78A 230LA 1L95A 3DN6A 180LA 224LA 1L73A 3HH4A 3C8QA 1CV4A 1QUDA 251LA 129LA 1C6FA 4EKRA 1C6GA 1L54A 183LA 2CUUA 1QT7A 1L28A 2RAYX 1C68A 1L94A 1SSWA 244LA 140LA 190LA 2O79A 233LA 166LA 3EMLA 1CV5A 3HT8A 218LA 141LA 1C61A 7LZMA 2B6XA 259LA 4YX7C 1KS3A 257LA 107LA 1L45A 1OV5A 1KY1A 217LA 2RBRA 2LC9A 1LYGA 1K28A 231LA 3FI5A 1L99A 104LA 1L89A 158LA 1G06A 1C6QA 1G07A 189LA 1L77A 1CX6A 149LA 1L44A 1L34A 128LA 3CDRA 1QTDA 260LA 1QSBA 3HDEA 127LA 1G0QA 178LA 2F47A 201LA 1C66A 102LA 1L60A 2IGCA 232LA 3PBLA 200LA 1L12A 1SSYA 1L14A 1L02A 110LA 2NTHA 1L24A 1G0GA 172LA 196LA 3SBBC 240LA 197LA 2OEAX 1L49A 4W56A 4PK0A 199LA 1P3NA 181LA 1D2YA 252LA 242LA 3C80A 3C83A 5LZMA 1SX7A 1L79A 1QTVA 1DYCA 5I14A 1CU6A 2B7XA 148LE 1CV0A 1L90A 2OU0X 228LA 3DN8A 3GULA 3SB6A 206LA 1L61A 1L03A 1C60A 4I7QA 4ARJA 1L69A 177LA 3HTDA 1L27A 1QS9A 169LA 1D3NA 168LA 3L2XA 4AQNA 3C82A 2OTZX 151LA 1D3FA 157LA 1L68A 131LA 3CDOA 1L10A 1L22A 1P2LA 1P46A 3DN0A 1LYFA 4ARPA 1P56A 1L91A 4ARLA 3PDSA 1T8FA 261LA 145LA 1L46A 213LA 3DN3A 1L71A 3RZEA 4EKPA 1DYFA 2B6YA 1C6TA 1D3JA 3F9LA 4I7RA 138LA 255LA 4W53A 147LA 125LA 2LZMA 3GUMA 256LA 1OWYA 114LA 1CV3A 1D2WA 1PQJA 1PQIA 4W58A 4EKQA 216LA 2RAZX 2B73A 1C6AA 3DN4A 123LA 2Q9EA 3DN1A 1L62A 4I7JA 108LA 3DN2A 1LGUA 118LA 1QUHA 1LYJA 1D9WA 3F8VA 1C63A 209LA 3K2RA 1CV1A 1L70A 1WTHA 1C6KA 1LYDA 198LA 1KY0A 1QS5A 4I7OA 1C6HA 156LA 1L84A 2RBQA 3OE8A 164LA 3CDQA 4K5YA 1L50A 1L52A 1L17A 1CVKA 1L80A 1CX7A 1XJUA 1SWYA 120LA 1P37A 111LA 1C6JA 1L39A 1P2RA 2B72A 1G1VA 2LCBA 3HU8A 2HUMA 1KW5A 3HT9A 2QARC 4EPIA 1LGXA 182LA 1QTHA 1ZWNA 4OO9A 4EJ4A 1G0KA 3D4SA 2OTYX 1CV6A 4I7TA 3V2YA 1L85A 1L21A 3C7YA 2RBNA 1D3MA 1T97A 1L0KA 3NYAA 1L47A 1L01A 1T8GA 1DYDA 3G3WA 175LA 1LI3A 1SX2A 1L16A 3DMXA 223LA 1LW9A 4E97A 4I7KA 173LA 3UONA 2RB0X 3HUQA 4W52A 1L86A 1L66A 1L06A 1PQDA 1L33A 1L55A 1KW7A 1OVKA 1LGWA 3DKEX 250LA 3C8RA 235LA 4EPFA 1G0JA 234LA 3FA0A 1C6LA 2OE9X 219LA 1L35A 1XJTA 4ARMA 162LA 262LA 1G1WA 150LA 3SBAA 3DMZA 2F2QA 2RBPA 205LA 220LA 1L05A 2OE7X 2HUKA 3NY9A 187LA 1L63A 1OWZA 1TLAA 1OVHA 2RBSA 4LZMA 4LDLA 1C62A 3C81A 3SB9A 171LA 3GUKA 245LA 1L37A 2OU8A 4W51A 226LA 126LA 1QUGA 1L07A 1QT8A 1L36A 139LA 1G0LA 1C6DA 1L0JA 4I7NA 1L25A 1L11A 1OV7A 3C7ZA 4GRVA 2B6ZA 1C65A 237LA 2B70A 215LA 3GUJA 4ARQB 241LA 4EKSA 4EXMA 212LA 3OE9A 3GUNA 4ZPUA 159LA 1LYIA 2B75A 4W54A 188LA 2RB2X 1L38A 210LA 2B6TA 109LA 1L96A 4S0WA 1JQUA 1OYUA 3G3XA 4I7LA 1CU5A 3GUPA 3SB7A 1L83A 1QT5A 3HWLA 1OVJA 3OE6A 192LA 1C6MA 221LA 4GBRB 1L82A 4I7PA 1L42A 170LA 1DYAA 211LA 1L75A 1L64A 248LA 1L26A 3RUNA 1L48A 4PJZA 3HUAA 1JTNA 1L59A 119LA 1P36A 1L32A 1L31A 2F32A 112LA 1CU3A 254LA 1L00A 225LA 1P6YA 1C6NA 1L57A 3L64A 3OE0A 176LA 1L58A 1ZYTA 152LA 167LA 1QTCA 2RBOA 3HTFA 253LA 1C6EA 3HTBA 236LA 1LI6A 143LA 155LA 3V2WA 2O7AA 1L76A 4YXAC 113LA 4DAJA 1QT6A 3DMVA 3QAKA 1ZURA 1KNIA 1L08A 1DYGA 103LA 1QTBA 1L65A 195LA 1L67A 4W59A 243LA 2A4TA 4W55A 4LDEA 3VW7A 3HT6A 1I6SA 247LA 1L04A 3GUIA 4I7SA 2OU9A 6LZMA 1CU0A 3HH3A 1L23A 3DNAA 1EPYA 1PQMA 1L13A 185LA 3G3VA 115LA 1QT3A 1L09A 1LWGA 3ODUA 3CDTA 4YXCA 1T8AA 1L97A 2O4WA 1L74A 1G0PA 2ANVA 1C67A 4LDOA 227LA 184LA 3NY8A 144LA 3SB5A 1L87A 2RH1A 130LA 3GUOA 1C6PA 1G0MA 1L41A 1PQOA 4W57A 1L20A 4ARMB 3SB8A 2RB1X 165LA 3HH6A 1L43A 3LZMA 1L51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WL2A 1TAYA 1CJ8A 1IOTA 1OUBA 3A67Y 2BQDA 4M6DA 2BQMA 1CU2A 258LA 1JTMA 1L88A 1GB3A 3HU9A 1AT6A 4H1PA 146LA 1L19A 1QUOA 4IAPA 2BQNA 2RSCA 4DJHA 1L15A 4OOOA 1LLHA 3FADA 4WG1A 3C8SA 1DYEA 4DKLA 1L40A 3B0KA 4LYTA 1UIEA 5HMVA 2YBMA 1B7PA 3HUKA 1L56A 5ILFA 1BQLY 2FBBA 5KXZA 174LA 1JSFA 154LA 2ANXA 4I7MA 2HTXA 1GF9A 180LA 1OUEA 4LFXA 1XEKA 1CV4A 1QUDA 1C6FA 1C6GA 1QT7A 1C68A 1L94A 1VDSA 4NGKA 2Z12A 244LA 4LFPA 4NG8A 1CKHA 4UWUA 4MSTA 5KXWA 2DQFC 141LA 7LZMA 2B6XA 259LA 1JTTL 1LKSA 1OV5A 1HNLA 1NF5A 2HEFA 1OP9B 3GXRA 1G06A 2ZWBA 189LA 1L77A 5FDJA 1CX6A 149LA 4GCBA 1L44A 3W6FA 4H92A 3TXDA 4NHQA 4DD1A 1J1OY 127LA 178LA 1OUDA 4ETCA 3W6BA 2W1YA 1XGTC 200LA 4C3WA 1DQJC 1TBYA 2NTHA 197LA 4RLNA 4H9IA 2OEAX 1LSYA 4LGKA 5E9RA 2EPEA 181LA 5LZMA 1L79A 1QTVA 148LE 5C6JA 4II8A 1YKXX 1L61A 1L69A 1GB2A 1ZMYL 2WARA 1LOZA 1XEIA 3C82A 2OTZX 2BQBA 5APCA 1YQVY 1D3FA 1YL0X 4H9FA 1B7RA 1YROA 157LA 3CDOA 131LA 4MCKA 1RFPA 1AT5A 1L22A 1P46A 2CJLA 5HQ1A 1P56A 1LZSA 4W96A 3PDSA 4G4CA 1LZDA 4FJRA 213LA 3WUMA 4N8ZA 1L71A 2DQCY 1ZVHL 1BB7A 2BPUA 1IWZA 1EQEA 2HECA 4UWVA 1LHIA 3CQLA 4PPOA 4I7RA 138LA 2LZMA 3AZ4A 2MEHA 4GN3A 1GEVA 5II3A 2F2NA 216LA 2Q9EA 3CB7A 3DN2A 3RU5A 4DYGA 3F8VA 209LA 3K2RA 1D0KA 1WTHA 1C6KA 1XSFA 198LA 1UUZC 4I7OA 5B06A 1HEWA 164LA 1L50A 1L80A 5IHGA 3WU8A 4EOFA 1XGUC 5FEKA 111LA 4IATA 1B5YA 1P2RA 1YL1X 1FBIX 1G1VA 1I20A 3HU8A 2A7DA 3HT9A 4W94A 4BS7A 4EPIA 1LGXA 3WW6A 4OO9A 4EJ4A 2OTYX 4NGZA 2Y8PA 1A4VA 3RT5X 1IP1A 4I7TA 4HV2A 3WVXA 3C7YA 5L3IA 1L0KA 1HSWA 1T8GA 1DYDA 175LA 3TMVA 4I0CA 1WVUA 4E97A 4TWSA 4DD7A 3WU7A 1LJHA 1GE4A 4OW1A 3B72A 1IP3A 4WLYA 3HUQA 1DXJA 1L86A 9LYZA 2BQGA 1PQDA 5LINA 1LGWA 1C7PA 1RCMA 4HTNA 1D0MA 3FA0A 5LXWA 1L35A 1LSAA 2H9KA 4ARMA 3W3EA 5LAFA 4PRQA 3TMUA 5K7OA 205LA 2PC2A 4WL7A 2OE7X 3NY9A 1HENA 5KXXA 4WLTA 4LDLA 3C81A 3E3DA 3GUKA 1HC0A 126LA 1OUCA 1ZVYB 2DQJY 1CKFA 4TSBA 139LA 1G0LA 4RW2A 1G7JC 1L25A 3OJPA 1SLYA 4WMGA 237LA 1WQOA 4ARQB 2ZQ4A 5HLLA 3RNXA 2IFFY 1OQMA 1GB7A 3B0IA 212LA 2HEDA 1LJ3A 1IOCA 2BAAA 1GPQC 4KXIA 188LA 2RB2X 1LZ6A 1GXV2 4AXTA 3B0OA 1JKBA 109LA 2XTHA 4DD3A 5DM9A 3GUPA 4B49A 1QT5A 3T6UA 221LA 1B5UA 4U3XB 4G9SA 1L75A 1L64A 1L26A 3RUNA 3WPLA 4ET8A 1L59A 4YENA 3HFMY 4H9HA 3N9CA 4ANRA 254LA 2YBNA 1P6YA 1C6NA 3OE0A 194LA 207LA 3AGIA 5M1YA 236LA 3M18B 2DBTA 3BKHA 3QAKA 1KNIA 1L08A 1DYGA 4LT0A 103LA 2NWDX 1WTNA 2YBIA 1HELA 4NSHA 1GHLA 4KPMA 2A7FA 4W55A 1VDPA 4NHTA 4GN4A 1KIPC 5KKJA 1I6SA 3GUIA 1LSCA 4KL7A 1PQMA 4L41A 4H90A 1L13A 1JPOA 5KXOA 153LA 185LA 3G3VA 1L09A 5APEA 1XGPC 2BQFA 2O4WA 4ETEA 1C67A 3N9AA 1FKVA 1LSBA 3A6CY 3F6ZA 130LA 3GUOA 1C6PA 1PQOA 165LA 3LZMA 4CJ2A 1QSQA 1QTZA 4XJBA 1LSZA 1LSNA 1RI8B 1LKRA 249LA 1QDRA 1T6HA 214LA 3TXJA 1SQ2L 2XBRA 1LPYA 1L53A 1EL1A 1HF4A 1XEPA 1QT4A 229LA 1GFTA 4XADA 2Z6BA 4O34A 3CDVA 1L30A 3HH5A 1GF0A 3TXEA 1A2YC 3BKVA 3CSQA 4H8YA 2B6WA 1LYHA 1LZEA 5EBHA 3TXKA 4NHIA 246LA 1L18A 1LI2A 1G7IC 239LA 1C6BA 191LA 3W6DA 1YANA 1L29A 1B7QA 1GE1A 2L78A 1L95A 1OUAA 3DN6A 224LA 1L73A 5F16A 3HH4A 3C8QA 3LN2A 1WVVA 3IWRA 129LA 4LYMA 1L54A 2ZNWY 1GE3A 1AZFA 2RAYX 1SSWA 140LA 1GB6A 1CV5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WL2 A;  1TAY A;  1CJ8 A;  1IOT A;  1OUB A;  3A67 Y;  2BQD A;  4M6D A;  2BQM A;  1CU2 A;  258L A;  1JTM A;  1L88 A;  1GB3 A;  3HU9 A;  1AT6 A;  4H1P A;  146L A;  1L19 A;  1QUO A;  4IAP A;  2BQN A;  2RSC A;  4DJH A;  1L15 A;  4OOO A;  1LLH A;  3FAD A;  4WG1 A;  3C8S A;  1DYE A;  4DKL A;  1L40 A;  3B0K A;  4LYT A;  1UIE A;  5HMV A;  2YBM A;  1B7P A;  3HUK A;  1L56 A;  5ILF A;  1BQL Y;  2FBB A;  5KXZ A;  174L A;  1JSF A;  154L A;  2ANX A;  4I7M A;  2HTX A;  1GF9 A;  180L A;  1OUE A;  4LFX A;  1XEK A;  1CV4 A;  1QUD A;  1C6F A;  1C6G A;  1QT7 A;  1C68 A;  1L94 A;  1VDS A;  4NGK A;  2Z12 A;  244L A;  4LFP A;  4NG8 A;  1CKH A;  4UWU A;  4MST A;  5KXW A;  2DQF C;  141L A;  7LZM A;  2B6X A;  259L A;  1JTT L;  1LKS A;  1OV5 A;  1HNL A;  1NF5 A;  2HEF A;  1OP9 B;  3GXR A;  1G06 A;  2ZWB A;  189L A;  1L77 A;  5FDJ A;  1CX6 A;  149L A;  4GCB A;  1L44 A;  3W6F A;  4H92 A;  3TXD A;  4NHQ A;  4DD1 A;  1J1O Y;  127L A;  178L A;  1OUD A;  4ETC A;  3W6B A;  2W1Y A;  1XGT C;  200L A;  4C3W A;  1DQJ C;  1TBY A; 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