3C8QA

Contribution of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRDCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8qA00
1C6AA 161LA 231LA 4I7KA 2B6YA 1C69A 1L49A 3CDVA 1L09A 3SBAA 3DN3A 2OU8A 1CV0A 3OE8A 1L83A 1L72A 243LA 3C80A 4EKSA 1L91A 1L00A 1D3FA 1L74A 1LYDA 3HWLA 4ARQB 3HDEA 225LA 3HT8A 4ARMB 1G0LA 1L16A 2RBRA 2RAZX 162LA 3G3XA 3SB6A 224LA 3HU9A 4W51A 3NY8A 1L61A 3OE9A 152LA 1CV4A 1L84A 1SX2A 246LA 1LW9A 2HULA 2OE4X 1L21A 112LA 1D2YA 4I7PA 4W55A 1C66A 1OWYA 1L45A 1P64A 4LDLA 1CX7A 2OU9A 1L33A 4PJZA 1L73A 1T8GA 3L2XA 111LA 3HTFA 1D3JA 3C8SA 139LA 1CV6A 1L66A 1L15A 3HTGA 4I7OA 4W57A 1L46A 1CU2A 129LA 1P2LA 1L92A 1QUDA 1C65A 3F8VA 1L37A 1I6SA 2O4WA 211LA 4YX7C 1QS9A 1SWZA 2OEAX 177LA 3C8QA 143LA 1L86A 2Q9DA 216LA 3PDSA 238LA 3D4SA 1SX7A 1L98A 1L23A 1ZYTA 3HH6A 1T8FA 1L11A 183LA 1C68A 3DNAA 144LA 3VW7A 2RB1X 3NY9A 2A4TA 149LA 1L10A 201LA 1L62A 1KW7A 4ARJA 2NTHA 4YXCA 2B6WA 1CTWA 1L20A 1CU5A 2B73A 171LA 1LYJA 3SB7A 1C6CA 1QT3A 1OYUA 242LA 3DN4A 223LA 3G3VA 1ZURA 215LA 1L0JA 1G0JA 1XEPA 2RBNA 2QARC 1L97A 228LA 3SBBC 1C6PA 1LWKA 1CUPA 1L88A 3V2WA 1DYAA 185LA 163LA 2LCBA 1P3NA 128LA 160LA 2IGCA 130LA 226LA 1L29A 1K28A 2Z6BA 3C81A 1CU6A 244LA 1L22A 1OV7A 3GULA 1CV5A 4I7MA 2RBPA 127LA 2RBOA 236LA 1CVKA 1L99A 1T97A 1QTDA 256LA 2HUKA 4W56A 1C6FA 1L44A 1QTCA 1C6EA 1L82A 1C64A 118LA 2B6ZA 148LE 4I7QA 3SB5A 4EKRA 1C6TA 6LZMA 1P56A 1KW5A 205LA 233LA 2OU0X 189LA 187LA 1XJUA 1DYGA 1G1VA 210LA 2LC9A 1L79A 261LA 2O79A 1L76A 3DN0A 3RUNA 1L42A 198LA 4EKQA 1L56A 146LA 3K2RA 1SWYA 158LA 1QTZA 126LA 2RB2X 247LA 108LA 1LLHA 3GUPA 258LA 1L38A 1XJTA 1L51A 2O7AA 1C6HA 1KY0A 1LI3A 1OVHA 1L70A 209LA 237LA 166LA 150LA 2B74A 1L02A 3GUMA 3HTBA 1LGWA 1CX6A 3V2YA 4EXMA 1L50A 1D3NA 1D3MA 168LA 169LA 3C82A 1L94A 1D2WA 3EMLA 4EJ4A 1L39A 1C6QA 3F9LA 4DKLA 4YXAC 1L59A 3DKEX 252LA 1L54A 4I7TA 182LA 3HUKA 245LA 1CV3A 1G0QA 4GBRB 1DYBA 1LYGA 174LA 1QSBA 2ANVA 222LA 255LA 1G0KA 1C62A 110LA 3CDRA 1P36A 1L95A 1L05A 1L85A 3UONA 1KY1A 229LA 1L19A 2QB0B 4EKPA 147LA 1PQJA 2Q9EA 3HH5A 155LA 1C63A 1L87A 1C60A 1LI6A 1P7SA 2OTYX 7LZMA 4OO9A 122LA 4GRVA 159LA 1G1WA 200LA 2LZMA 1PQKA 1L32A 1L77A 4I7JA 3OE6A 1L25A 157LA 250LA 1QT6A 102LA 173LA 1LI2A 1C6LA 114LA 3DN1A 3GUOA 165LA 1C6BA 219LA 1C6MA 4K5YA 2NTGA 1P5CA 3OE0A 3DMVA 1EPYA 4W58A 1G0GA 145LA 1C6IA 170LA 2RAYX 1L30A 107LA 1L57A 1L53A 1DYFA 1L06A 178LA 206LA 230LA 3PBLA 3RZEA 1LGUA 1L43A 5I14A 195LA 1L04A 1L0KA 3FADA 4DAJA 1LGXA 1P2RA 3DMZA 240LA 1G0MA 1L12A 2ANXA 1LYEA 2RBSA 1L60A 3HT6A 175LA 1C6NA 241LA 4ARQA 4ARPA 2RH1A 1C6JA 3C7YA 1L80A 2OTZX 4ARMA 151LA 1KS3A 1B6IA 1LYHA 1L58A 3HUAA 3HTDA 3JR6A 141LA 142LA 1L14A 1QT8A 164LA 3C8RA 2B72A 4I7SA 3DMXA 3C7WA 1L64A 181LA 1NHBA 3FI5A 1QSQA 113LA 1L67A 1OVJA 104LA 220LA 1L18A 3DN6A 3NYAA 1L52A 1L81A 227LA 1ZWNA 1DYCA 1LWGA 1L17A 1QTVA 1L40A 235LA 120LA 1L55A 2B70A 3CDOA 3CDTA 3HT7A 103LA 1OWZA 221LA 2B6XA 1JTNA 1PQMA 4ARLA 1QUHA 218LA 217LA 1CU3A 1LPYA 4I7LA 1QS5A 1L48A 2B75A 137LA 1QT4A 2B6TA 1QUGA 2OE9X 109LA 196LA 248LA 257LA 1L63A 4ZPUA 1L89A 1PQIA 3DN8A 1L07A 1SSWA 119LA 2CUUA 3SB9A 1QTHA 3LZMA 140LA 1LYFA 214LA 4EPIA 1L68A 5LZMA 1L08A 2B7XA 232LA 1P46A 1LYIA 1L96A 1L28A 251LA 1T8AA 1TLAA 4S0WA 3GUNA 3DN2A 2HUMA 4E97A 4IAPA 4W53A 3HUQA 4PK0A 1L75A 254LA 4LDEA 1L69A 1L01A 1L35A 1D9WA 2L78A 2F32A 2F2QA 4AQNA 176LA 1CU0A 1CV1A 3QAKA 3CDQA 1C6DA 234LA 156LA 4EPFA 1PQOA 253LA 2RBQA 115LA 3HH3A 1C61A 1L31A 260LA 4I7NA 1QT7A 3GUKA 4W54A 1OVKA 4LDOA 1L41A 1L65A 1CUQA 180LA 1SSYA 4W59A 1P37A 1JTMA 3HT9A 3SN6R 1KNIA 1L90A 1L13A 1OV5A 3L64A 138LA 239LA 4W52A 1L27A 1L36A 1G0PA 2F47A 3GUJA 3GUIA 125LA 3C83A 3ODUA 1L24A 186LA 191LA 1WTHA 3HU8A 1L03A 1C6GA 3C7ZA 188LA 213LA 3SB8A 1L47A 1C6KA 123LA 197LA 1L93A 4DJHA 172LA 3G3WA 4I7RA 259LA 1PQDA 249LA 2RB0X 131LA 1QTBA 1T6HA 1L34A 3FA0A 1QT5A 212LA 1DYDA 1P6YA 1JQUA 184LA 1C67A 1G07A 3HH4A 262LA 1L71A 2OE7X 1L26A 1QUOA 1DYEA 167LA 1G06A 3HDFA 190LA 192LA 4LZMA 199LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE1A 3QE8A 231LA 4WL6A 1UIBA 3A91A 1PZYA 1WVVA 1CV0A 1REYA 3T6UA 3OE8A 1LKSA 4YM8A 4EKSA 1AM7A 2LYMA 1KXXA 1L00A 2EIZC 1LYDA 3HWLA 1B5WA 1ZVYB 4LFXA 1OUHA 1LKRA 225LA 1KIQC 3W6CA 4ARMB 1L16A 1LJNA 2F4GA 1GF4A 162LA 2BLXA 224LA 1UCOA 1IP3A 3HU9A 3OK0A 1L61A 1SX2A 1L84A 4I7PA 3TXEA 2YSSC 1D2YA 1KIRC 4PHIA 1OWYA 4NSIA 2OU9A 1GBXA 5KXRA 1L73A 1CV6A 4I7OA 4W57A 1L46A 1XSFA 1P2LA 2LZ2A 1LHMA 4LYOA 1L37A 2Z2FA 132LA 4B4EA 4LT0A 1QIOA 1QS9A 4H9EA 1GFUA 3PDSA 1BVXA 1GFVA 1SX7A 4N5RA 1JKAA 4DWXA 2W1YA 2D6BA 1IC7Y 4H91A 2XJWA 3TXIA 1L62A 4ARJA 3BKHA 1L20A 5D5FA 4ET8A 1LZBA 1GDXA 3P68A 1LZTA 1LZ9A 223LA 3J4GA 4LFPA 228LA 1LSAA 4NEBA 4DD7A 1IP2A 1NDMC 3WYHA 163LA 4HJVA 4KXIA 1P3NA 160LA 5APCA 2Z6BA 1CU6A 244LA 1L22A 4DQJA 1YANA 1CV5A 3WVYA 1OUBA 1MELL 1JHLA 1QTDA 256LA 3AGHA 5HMVA 1LYZA 4W56A 1C6FA 1QTCA 1L82A 1C64A 4WG7A 118LA 2B6ZA 1LAAA 4I7QA 1REZA 1LSEA 4EKRA 4PRUA 5KXSA 1G7MC 3A90A 1KW5A 2Y8PA 3WPKA 3RT5X 1G1VA 2LC9A 1I20A 1QTEA 1OUEA 1LJEA 1J1OY 1LZ4A 5KXMA 158LA 1QTZA 5IDDA 5I53A 3CB7A 1GB7A 1D6QA 2VB1A 1HEMA 5LVKA 1B7LA 258LA 4FDYA 1L38A 1L51A 1C6HA 1LZSA 237LA 1A4VA 150LA 4H9BA 4DQ5A 4EXMA 1KXYA 2FBDA 3AJNA 1D3MA 1D0MA 2ZIKA 168LA 1WQRA 1YL1X 1L94A 1D2WA 1BB7A 1QQYA 1LZGA 4DKLA 3P65A 1MLCE 1D0LA 4I7TA 245LA 5KKIA 1XGQC 4RW2A 1LYGA 1XEIA 1L95A 5F14A 1B5UA 194LA 1LJ3A 1JUGA 3LYOA 1LJJA 2Q9EA 4WLYA 1C63A 1L87A 1C60A 1LSPA 3WUNA 2BQCA 4GLAA 7LZMA 4OO9A 122LA 159LA 2MEGA 200LA 1PQKA 4IATA 1HELA 1L25A 1QT6A 1LHHA 114LA 1GXV2 2G4QA 1C6BA 1B7SA 1TDYA 4K5YA 4KPMA 4NGYA 2Z19A 1V7SA 1UUZC 3WW6A 1LYOA 1GBYA 1IOSA 2HEDA 2HU3A 230LA 1SQ2L 1FKVA 3RZEA 1L43A 4NWHA 1L04A 1P2RA 3DMZA 4GCDA 4GCEA 1G0MA 2RBSA 1QSAA 1L60A 241LA 2RH1A 1C6JA 4GN5C 1WQOA 5C6IA 151LA 4LYTA 1B6IA 1L58A 3HUAA 2X0AA 4WM3A 164LA 3LYMA 2B72A 1J1XY 181LA 3FI5A 2Z39A 1NHEA 1L81A 1ZWNA 1DYCA 3WMKA 5ILCA 1L17A 1QTVA 4U3XB 1L55A 3CDTA 3HT7A 2ZILA 2YBHA 4ARLA 1QUHA 1YKYX 4ETCA 1CU3A 1LMQA 4LGKA 5F9UA 5DL9A 5B06A 2B75A 4NHQA 2B6TA 1IWVA 257LA 1UIEA 3RNXA 1SSWA 2CUUA 2XBSA 3P66A 4HJZA 3SB9A 3AW6A 3LZMA 1NMMA 2D4JA 5M1YA 1L08A 5FDJA 5J7CA 1IO5A 1NWGA 4X3BA 251LA 3WW5A 5HNCA 1GF9A 1T8AA 1D6PA 1GF3A 1EQ4A 2ZYPA 4YEOA 1HC0A 4LYCA 1LSMA 1L75A 1KIPC 1L69A 5LVJA 1B5ZA 1HHLA 1REMA 1QTKA 1C6DA 234LA 1BWHA 1PQOA 260LA 4I7NA 1G7LC 3GUKA 4G4CA 1VDSA 4XENA 1JTMA 1B5XA 1L90A 1NQIA 4LYBA 1YAMA 1EL1A 5HMJA 1HFXA 4FJRA 3L64A 1LHKA 1YL0X 2HECA 1G0PA 2F47A 1D9UA 186LA 1IORA 9LYZA 3LYZA 123LA 4H9IA 4LT1A 1L93A 4D9ZA 4DJHA 1GB6A 1GB2A 1AT5A 3FA0A 1QDTA 1UICA 1JQUA 184LA 3HH4A 1LZ8A 3RW8A 262LA 2BQOA 2Z18A 3WUMA 1L71A 2ZYCA 167LA 4L41A 3IJUA 192LA 1GF6A 4LZMA 3A67Y 199LA 1SLYA 2B6YA 1C69A 1HEWA 1L49A 1BHZA 5LYTA 4B4JA 3SBAA 1B7OA 4ML7A 5B07A 4H90A 243LA 1GWDA 1IOTA 3ZVQB 4LT3A 1F10A 5DN4A 3HT8A 4A7DA 2RBRA 1EQEA 3AZ7A 3G3XA 4DT3A 4H8ZA 3W6AA 2OE4X 2CDSA 1NBZC 1HMLA 1P64A 2Z2EA 4PJZA 1JKBA 1T8GA 1D3JA 4WG1A 139LA 5AMYA 3HTGA 1GB5A 1CU2A 1YILA 2BQBA 2BQNA 2MEDA 1B7RA 2F30A 3B0OA 4H9CA 4CGEA 4DDAA 2OEAX 2MEEA 2BAAA 3D4SA 3M3UA 2YBIA 1L23A 2DQAA 1T8FA 5DM9A 2C8PA 3NY9A 4J1BA 3LYTA 3FE0A 1W08A 3IWRA 1LZ1A 1CTWA 3N9EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GE1 A;  3QE8 A;  231L A;  4WL6 A;  1UIB A;  3A91 A;  1PZY A;  1WVV A;  1CV0 A;  1REY A;  3T6U A;  3OE8 A;  1LKS A;  4YM8 A;  4EKS A;  1AM7 A;  2LYM A;  1KXX A;  1L00 A;  2EIZ C;  1LYD A;  3HWL A;  1B5W A;  1ZVY B;  4LFX A;  1OUH A;  1LKR A;  225L A;  1KIQ C;  3W6C A;  4ARM B;  1L16 A;  1LJN A;  2F4G A;  1GF4 A;  162L A;  2BLX A;  224L A;  1UCO A;  1IP3 A;  3HU9 A;  3OK0 A;  1L61 A;  1SX2 A;  1L84 A;  4I7P A;  3TXE A;  2YSS C;  1D2Y A;  1KIR C;  4PHI A;  1OWY A;  4NSI A;  2OU9 A;  1GBX A;  5KXR A;  1L73 A;  1CV6 A;  4I7O A;  4W57 A;  1L46 A;  1XSF A;  1P2L A;  2LZ2 A;  1LHM A;  4LYO A;  1L37 A;  2Z2F A;  132L A;  4B4E A;  4LT0 A;  1QIO A;  1QS9 A;  4H9E A;  1GFU A;  3PDS A;  1BVX A;  1GFV A;  1SX7 A;  4N5R A;  1JKA A;  4DWX A;  2W1Y A;  2D6B A;  1IC7 Y;  4H91 A;  2XJW A;  3TXI A;  1L62 A;  4ARJ A;  3BKH A;  1L20 A;  5D5F A;  4ET8 A;  1LZB A;  1GDX A;  3P68 A;  1LZT A;  1LZ9 A;  223L A;  3J4G A;  4LFP A;  228L A;  1LSA A;  4NEB A;  4DD7 A;  1IP2 A;  1NDM C;  3WYH A;  163L A;  4HJV A;  4KXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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