3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
1L53A 1QT7A 2L78A 1D3NA 1C67A 4I7TA 3C8SA 1G0MA 3CDTA 1ZWNA 1B6IA 2B6YA 6LZMA 2O7AA 3HT6A 111LA 1OWYA 240LA 1LYFA 1L65A 3SBBC 4ARPA 1P5CA 4GRVA 4DJHA 199LA 1L45A 3SB7A 2NTGA 2B7XA 1QUDA 3G3VA 3CDOA 4W54A 1QS9A 2O79A 4OO9A 2B6WA 3LZMA 216LA 152LA 1CU0A 1LGUA 4ZPUA 7LZMA 209LA 1DYFA 1L08A 4PK0A 110LA 1LGXA 1L47A 1L15A 1L97A 1C6IA 1T8AA 218LA 1LYIA 3HH6A 3HWLA 4LDLA 1OVHA 3C7WA 3DMVA 1C6BA 1L35A 119LA 196LA 1L0JA 1P7SA 4EPFA 151LA 1L37A 227LA 182LA 4ARLA 217LA 4K5YA 1L51A 1C66A 1JTNA 2RBPA 1QS5A 1L86A 4W58A 3DN6A 1ZYTA 4I7OA 3D4SA 1G1WA 1LYDA 3FA0A 1L56A 1JTMA 1P2RA 260LA 4DKLA 1L94A 130LA 1CV4A 1L33A 1C6MA 1CUQA 1L98A 3C7YA 2OU0X 1C6TA 1WTHA 1P56A 1P37A 1OYUA 180LA 1KNIA 211LA 1LWKA 2B74A 3FADA 104LA 140LA 1L88A 1L55A 3C83A 127LA 257LA 3C82A 166LA 3F9LA 4EXMA 1QSBA 210LA 2B73A 252LA 3JR6A 3ODUA 1SX7A 3DN4A 1L69A 1CU2A 3HTDA 1L00A 107LA 1L32A 1L03A 201LA 1L52A 215LA 1L34A 1D3JA 2RBNA 3NY8A 1L71A 1G0PA 235LA 1CX7A 1D2YA 2B6XA 4I7KA 1P2LA 212LA 229LA 245LA 1C6CA 1L87A 1CX6A 1LYJA 1L42A 1SSWA 177LA 4YXAC 236LA 261LA 1QT6A 3PBLA 3L2XA 1L70A 1L54A 4I7JA 1L58A 4EPIA 158LA 1P64A 2IGCA 1L91A 213LA 1QT5A 2QARC 2RB0X 1C6JA 221LA 1DYGA 2CUUA 1C6HA 1C62A 249LA 3L64A 3SN6R 3G3WA 160LA 1D9WA 3SBAA 120LA 3CDVA 1QTHA 1L04A 176LA 168LA 131LA 1OV5A 4EKQA 1L48A 3V2YA 225LA 1KW7A 1CV1A 1L80A 1G0LA 2RAZX 3OE6A 4W59A 1L99A 1QUHA 109LA 1L18A 2OU9A 1PQOA 1C6DA 1CTWA 253LA 1KY1A 1L73A 3CDRA 173LA 156LA 1LGWA 3C7ZA 3PDSA 1C69A 4DAJA 246LA 1C65A 1QTZA 4I7PA 1G0GA 3HUKA 1L06A 1L0KA 198LA 259LA 146LA 162LA 234LA 112LA 1G07A 1XJUA 1G0JA 1L05A 1L62A 137LA 1QT4A 1L92A 1CU3A 2F2QA 1L02A 167LA 1C6LA 149LA 1L57A 1T8FA 1L27A 1DYEA 251LA 1L63A 3HU8A 4I7RA 3DN3A 4YXCA 3QAKA 1PQMA 258LA 126LA 159LA 2B6ZA 1PQDA 1T6HA 145LA 1SSYA 143LA 3GUOA 4ARQA 1LYHA 1C6KA 1QSQA 1DYCA 231LA 1TLAA 3FI5A 1L09A 1D3FA 255LA 115LA 1L26A 4ARMB 1XJTA 1L01A 2Q9EA 1L20A 4GBRB 2O4WA 1OWZA 175LA 3GUNA 113LA 2RH1A 3SB6A 3HU9A 233LA 1C64A 3HT9A 3C80A 1K28A 144LA 1C6GA 1G1VA 262LA 2F47A 1G0KA 1L07A 2RB2X 1LI3A 1L38A 3GUKA 1L83A 2LCBA 4ARQB 1CV5A 1L89A 3GUPA 1C63A 1L72A 190LA 3CDQA 3NYAA 222LA 1KS3A 4YX7C 3GUMA 4ARJA 1XEPA 3HH4A 1QT8A 165LA 3VW7A 1P3NA 4IAPA 169LA 139LA 3HTGA 1LPYA 1OV7A 141LA 2B6TA 1L79A 4EKSA 1L14A 2QB0B 3EMLA 2A4TA 1KY0A 241LA 4LZMA 248LA 2OU8A 192LA 1L19A 1QTCA 250LA 1L96A 3SB8A 4E97A 183LA 3HUAA 3DN8A 161LA 1L68A 1CV0A 230LA 4S0WA 1NHBA 1CU6A 3HT7A 1L64A 200LA 4W52A 1L74A 3DMXA 174LA 172LA 3K2RA 1OVKA 195LA 4LDEA 1L25A 1L67A 1P46A 2RBRA 3UONA 1QTBA 1L81A 1SWYA 256LA 1PQJA 3V2WA 102LA 238LA 3GULA 187LA 3GUJA 1L95A 3DN1A 1L85A 4W57A 1DYDA 163LA 1PQIA 219LA 4W51A 3C8RA 1L77A 1L10A 1QTVA 4I7NA 147LA 1CV6A 1G06A 5I14A 191LA 1L30A 1C61A 1QUGA 3HH5A 3RUNA 148LE 4ARMA 1L50A 1L22A 206LA 3SB9A 4EKRA 247LA 1L36A 2RBQA 1KW5A 3C8QA 2OE4X 1L21A 4I7SA 220LA 1I6SA 1CU5A 1L82A 2RBOA 1DYAA 3DKEX 1L17A 1LWGA 3OE9A 3HUQA 4I7LA 103LA 1L44A 1L23A 3HH3A 1CUPA 2OTYX 2ANXA 224LA 2Z6BA 189LA 157LA 214LA 138LA 150LA 108LA 2LC9A 1L75A 1L61A 2HUKA 1JQUA 1C60A 244LA 1LI6A 128LA 1L90A 1L40A 1LW9A 205LA 1ZURA 4I7MA 1D3MA 237LA 3NY9A 171LA 232LA 1SWZA 3HT8A 1C6PA 1L39A 1L46A 1C6AA 1CV3A 4PJZA 125LA 181LA 188LA 1L76A 197LA 3RZEA 2Q9DA 2OTZX 228LA 1L66A 1L59A 1L12A 1C6EA 2RB1X 1L28A 1C6QA 1EPYA 1P36A 1L84A 2F32A 2RAYX 2ANVA 1L24A 114LA 3DN2A 1T8GA 3HDEA 142LA 1L93A 3SB5A 239LA 164LA 178LA 4W56A 1L13A 1L43A 4I7QA 1CVKA 3GUIA 3HTBA 118LA 2B70A 129LA 2NTHA 2HUMA 1PQKA 3HDFA 1LYGA 1P6YA 3F8VA 3OE8A 1L60A 123LA 1SX2A 1L16A 4W53A 254LA 3DN0A 2B72A 155LA 1DYBA 1L41A 1L11A 2B75A 1LYEA 170LA 2RBSA 3OE0A 3DNAA 223LA 184LA 122LA 1C6NA 1L31A 3C81A 1LLHA 1OVJA 242LA 4EJ4A 4LDOA 1QT3A 2OE9X 1D2WA 1L49A 1L29A 3G3XA 185LA 2LZMA 2HULA 3HTFA 1T97A 3DMZA 1LI2A 243LA 1C6FA 186LA 5LZMA 1QTDA 1C68A 1QUOA 4W55A 2OE7X 4AQNA 226LA 1G0QA 4EKPA 2OEAX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IEEA 1C67A 2W1YA 1P2CC 5ILCA 1HNLA 3W6DA 1B6IA 1BVKC 111LA 1OWYA 3TXJA 240LA 4N1EI 3TMVA 2HEAA 199LA 1L45A 1QTEA 1LSEA 1A2YC 3G3VA 3ATNA 4C3WA 1QS9A 4OO9A 4YF2A 1LJIA 152LA 4ZPUA 209LA 4LYTA 3WUMA 1L47A 1C6IA 1C45A 1CNSA 3HWLA 2CWIA 5ILFA 4OWCA 4GCCA 1GFGA 1L35A 1LZDA 1LSCA 3W6EA 1BWHA 151LA 2DQJY 4K5YA 1IWWA 1DXJA 1QS5A 1B2KA 2BLYA 4YOPA 1WQMA 4NFVA 5KJ9A 1CUQA 1L98A 1IO5A 2OU0X 1P56A 1OYUA 2BQEA 3AGGG 1GF5A 180LA 1GBZA 1LSBA 1HF4A 1LWKA 5APDA 1LHIA 3P64A 3EXDA 3HBHA 127LA 3C82A 3W3EA 3ODUA 3CT1A 5HQ1A 1YL0X 3DN4A 1L69A 1IY4A 1IWYA 3HTDA 4NSHA 4G49A 1L32A 4ETEA 1XEIA 1XGUC 1BHZA 4DD7A 1L34A 1L71A 1LMCA 1WQNA 4W96A 1D2YA 3LYMA 2B6XA 1C6CA 4GCFA 1L42A 4NHSA 1CJ9A 261LA 3L2XA 2XQOA 1VAUA 4EPIA 4KT3A 2HECA 2RB0X 3HBEX 4MR1A 2LYZA 2HU3A 249LA 2DKVA 4ET8A 1YROA 120LA 4Z98A 5IHGA 1YAOA 176LA 2HEFA 1LHMA 1LZ5A 4EKQA 6LYZA 225LA 1IX0A 3OE6A 3A95A 2BQOA 1J1XY 109LA 1RJCB 3N9CA 1GAZA 1CTWA 4IASA 4N1CC 1FKQA 4W94A 4HTNA 1J1PY 1L73A 3N9EA 2ZYCA 1HEOA 1IORA 2ZWBA 5D5FA 1JKCA 198LA 259LA 1NWGA 1G07A 1G0JA 1L92A 1LZSA 1L57A 1L63A 1YIKA 4I7RA 4WLYA 4YXCA 1SLYA 159LA 1JISA 3CT0A 1PQDA 1IP1A 4ARQA 4HTQA 1QSQA 2FBDA 4DD3A 4NG8A 1L09A 1D3FA 3RT5X 2F30A 4E3UA 5I4WA 1AZFA 3W6AA 1QTKA 1OUCA 2Q9EA 5KXWA 1L20A 1KXWA 4BADA 1IC4Y 5C6JA 4HPIA 1GE1A 1IOQA 1C64A 4TX7A 4YEOA 1LJJA 3GXRA 1G0KA 1GB5A 2RB2X 3OK0A 5APEA 4DWXA 1B5VA 4ARQB 4NSIA 2D4JA 1IP2A 1LZEA 3BKHA 190LA 1MELL 1LKRA 2G4QA 222LA 1GBOA 4NGKA 3TXGA 3EO5A 3HH4A 4WM4A 165LA 1G7MC 4J1AA 2BQHA 4I0CA 3HTGA 2VB1A 2B6TA 2DQCY 1LHLA 4EKSA 1GFKA 1IR7A 241LA 4LZMA 248LA 2OU8A 1EL1A 3ZEKA 1GB3A 4YEMA 1GPQC 5APCA 3A92A 1GF7A 1CV0A 1OUAA 1NHBA 1XGTC 1IP6A 1L74A 5KXZA 1LPIA 4M4OA 5K7OA 1OVKA 195LA 2RBRA 1G7HC 4H9BA 5KKJA 1HEPA 5C6LA 256LA 3GULA 187LA 3GUJA 2Z19A 4W57A 1DYDA 2HEBA 1PQIA 1V7SA 4G4BA 5DN5A 1ZV5L 4ARMA 4BAPA 206LA 4EKRA 1L36A 1L21A 4XYYA 1CU5A 1EQ4A 1HEWA 1HMLA 2YBMA 1LYZA 1W6ZA 1CUPA 2OTYX 1GEVA 3WPJA 1JITA 3RU5A 1O23A 2D6BA 108LA 1HELA 4XJFA 1JQUA 5LYTA 1UIGA 4WO6A 2BQKA 4H94A 4ZIXA 4UWNA 1D3MA 135LA 3NY9A 171LA 232LA 1C6PA 1L46A 4ZEEA 1IIZA 181LA 3RZEA 4R6CA 4LZTA 1GBSA 4N5RA 3CQLA 1C6QA 5FHWA 2ZNXY 1L84A 5KXSA 2RAYX 4ZFPA 1L24A 114LA 4TTDA 3DN2A 1LZ8A 4DDCA 1T8GA 1L93A 1UACY 1IWVA 1L13A 1L43A 1IWXA 2B70A 2Z2FA 2HUMA 1D0KA 1Z55A 4KPMA 2ZILA 1HC0A 1B5ZA 4HP0A 2MECA 1GF9A 4QDNA 1FLYA 1L31A 3GXKA 1LLHA 1OUFA 2DQHY 2EKSC 2YVBA 1YILA 4NGYA 2OE9X 4H8ZA 3G3XA 2LZTA 1GEZA 3DMZA 1LI2A 4NGJA 2IFFY 1FLQA 4W55A 3WXUA 2Z37A 226LA 1G0QA 1VEDA 2OEAX 4XJIA 1D3NA 1G0MA 3AZ4A 2XTHA 2HEEA 1GFEA 4KXIA 2DBTA 1CKHA 1P5CA 4GRVA 4WM5A 3SB7A 1XGPC 1D0LA 1FKVA 3CDOA 4W54A 4HV1A 3BKVA 5KXLA 1VDSA 1CU0A 1LGUA 1DYFA 5I4XA 1NBZC 1L15A 3IJVA 207LA 4YM8A 1LZ6A 1OP9B 1OVHA 1UIBA 119LA 196LA 4RLNA 4RLMA 1LMNA 1LTMA 1EQEA 4RW2A 3WH1A 1P7SA 5HLLA 4EPFA 3CSQA 227LA 4I8SA 1HMKA 1REXA 217LA 1LZ4A 1JTNA 4WOAA 1OUGA 1L86A 4I7OA 194LA 5LA8A 1LSDA 1CJ8A 1L94A 3M3UA 130LA 1L33A 2W1LA 2B74A 1JUGA 4H93A 1L88A 4P2EA 1LSPA 4BAFA 132LA 3TXKA 4WM1A 5FDJA 1WVUA 1CU2A 4WM6A 1VDPA 1GF4A 4WLDA 1VATA 3WL2A 1LJ4A 1L52A 1LAAA 3WULA 5IELA 2MEBA 5KXRA 4OWEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IEE A;  1C67 A;  2W1Y A;  1P2C C;  5ILC A;  1HNL A;  3W6D A;  1B6I A;  1BVK C;  111L A;  1OWY A;  3TXJ A;  240L A;  4N1E I;  3TMV A;  2HEA A;  199L A;  1L45 A;  1QTE A;  1LSE A;  1A2Y C;  3G3V A;  3ATN A;  4C3W A;  1QS9 A;  4OO9 A;  4YF2 A;  1LJI A;  152L A;  4ZPU A;  209L A;  4LYT A;  3WUM A;  1L47 A;  1C6I A;  1C45 A;  1CNS A;  3HWL A;  2CWI A;  5ILF A;  4OWC A;  4GCC A;  1GFG A;  1L35 A;  1LZD A;  1LSC A;  3W6E A;  1BWH A;  151L A;  2DQJ Y;  4K5Y A;  1IWW A;  1DXJ A;  1QS5 A;  1B2K A;  2BLY A;  4YOP A;  1WQM A;  4NFV A;  5KJ9 A;  1CUQ A;  1L98 A;  1IO5 A;  2OU0 X;  1P56 A;  1OYU A;  2BQE A;  3AGG G;  1GF5 A;  180L A;  1GBZ A;  1LSB A;  1HF4 A;  1LWK A;  5APD A;  1LHI A;  3P64 A;  3EXD A;  3HBH A;  127L A;  3C82 A;  3W3E A;  3ODU A;  3CT1 A;  5HQ1 A;  1YL0 X;  3DN4 A;  1L69 A;  1IY4 A;  1IWY A;  3HTD A;  4NSH A;  4G49 A;  1L32 A;  4ETE A;  1XEI A;  1XGU C;  1BHZ A;  4DD7 A;  1L34 A;  1L71 A;  1LMC A;  1WQN A;  4W96 A;  1D2Y A;  3LYM A;  2B6X A;  1C6C A;  4GCF A;  1L42 A;  4NHS A;  1CJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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