3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
2LC9A 1G0JA 3DMXA 4EKRA 2B70A 3HTBA 1QT3A 1CTWA 1CUQA 224LA 230LA 195LA 1TLAA 177LA 1L63A 1CVKA 1L90A 126LA 1L25A 4ARMA 181LA 1PQMA 159LA 1PQJA 258LA 1L59A 1L84A 3CDVA 167LA 1KNIA 1L98A 238LA 1I6SA 1QTBA 1QUGA 3DMVA 1DYDA 3C7YA 3CDRA 1JTMA 1QS9A 1C65A 3FI5A 3HT6A 3HTDA 1CU0A 151LA 1L65A 3CDQA 4I7NA 1L80A 190LA 1DYEA 1QTZA 1CU5A 3G3VA 3NY8A 4PJZA 1T8FA 1L60A 4I7MA 3DN6A 1DYFA 3HUQA 4I7PA 3C8SA 3DKEX 3SB9A 6LZMA 169LA 3UONA 184LA 1CV1A 1L08A 123LA 1L74A 1LYFA 2B7XA 236LA 249LA 2B6ZA 4I7KA 2O79A 212LA 4E97A 1L53A 4LZMA 1L00A 4S0WA 161LA 1L51A 3QAKA 1L21A 1L91A 1L87A 1KW5A 261LA 1C6GA 1D3JA 2RAYX 1P3NA 4ARQA 2F47A 1KY1A 1L03A 3JR6A 1L12A 197LA 251LA 1L50A 148LE 1G07A 1LWKA 1ZYTA 131LA 4W57A 245LA 1DYAA 1T8GA 4EJ4A 198LA 4I7RA 162LA 2OEAX 1QTHA 3SB6A 4EPIA 1L86A 1XJTA 1CUPA 146LA 1L67A 122LA 1P37A 4EXMA 2LZMA 1CU2A 1L85A 4EPFA 1L54A 183LA 4EKPA 3GUJA 4YXCA 1C6AA 187LA 2RBNA 115LA 231LA 188LA 257LA 1L72A 4ARJA 3DN1A 216LA 1C67A 1L15A 229LA 127LA 234LA 2RB1X 1OVJA 1C6FA 4LDEA 1P36A 1L69A 4GBRB 4W58A 1L43A 102LA 3FA0A 2O4WA 232LA 2F2QA 3PBLA 1L06A 1D2YA 260LA 2RB2X 2L78A 175LA 4EKSA 1C6MA 1QT6A 4I7OA 4YX7C 3GULA 185LA 1L62A 1NHBA 3F9LA 4W52A 1G0GA 1L66A 1L81A 3C7ZA 1QTVA 139LA 149LA 178LA 1L52A 2IGCA 4ARMB 1B6IA 237LA 1QUDA 1L46A 3SBBC 171LA 142LA 1LYGA 1DYCA 1D3MA 189LA 3C80A 3GUOA 1JQUA 173LA 1L27A 1LGUA 1L14A 1L94A 1OWZA 3SBAA 143LA 1LYHA 1L75A 200LA 2Q9DA 1QSQA 3V2WA 3FADA 1L89A 1L92A 176LA 3L64A 1C6QA 150LA 3GUKA 3HDEA 2HUKA 128LA 129LA 2B72A 1L02A 196LA 1D3FA 1L70A 4W51A 242LA 1SSWA 1SWYA 1L26A 2B6WA 1L17A 1L41A 3GUPA 3C83A 1C6HA 2NTHA 180LA 1C63A 1L0JA 3PDSA 3SB5A 1LLHA 1L76A 1L88A 1L83A 1KY0A 1XEPA 157LA 1L48A 211LA 1T97A 3SB8A 1L07A 2CUUA 3OE0A 140LA 138LA 155LA 3F8VA 3OE8A 2RBSA 4ARQB 1P2RA 259LA 1L97A 125LA 3HT9A 1LW9A 1P2LA 1CV0A 1CV3A 3HWLA 1L35A 2ANXA 1L99A 3C82A 4ARLA 1D3NA 1T8AA 4GRVA 1PQDA 3C81A 243LA 4W53A 3OE9A 2B6XA 1OVKA 137LA 103LA 3G3WA 1L31A 118LA 233LA 2OE9X 3EMLA 1G0MA 3D4SA 4DJHA 2HULA 1L13A 182LA 4YXAC 3HDFA 1K28A 3HU9A 1QUOA 1C6TA 1C69A 1L19A 1QTDA 1C66A 248LA 1G0KA 1CX7A 1KS3A 223LA 4W59A 2HUMA 4W55A 1ZWNA 2OTZX 1L42A 3DN0A 1G0QA 1QT7A 3HU8A 3DN8A 172LA 199LA 3HT8A 1CV6A 244LA 1L20A 1G0LA 1L96A 1L45A 2OU9A 2LCBA 1CX6A 2B75A 114LA 1C6BA 191LA 2B6YA 1L57A 1CU3A 1D9WA 222LA 2RBOA 1C68A 1LYJA 4I7SA 3C8QA 1QT5A 2F32A 4ZPUA 209LA 2Z6BA 1L05A 1C6NA 1QT4A 1LGXA 1QUHA 1L55A 1OWYA 1L0KA 3DN3A 2OTYX 219LA 256LA 4OO9A 1OV5A 2OE7X 3NY9A 2RAZX 3DN2A 7LZMA 158LA 2RH1A 3C7WA 2Q9EA 4W54A 3HUKA 3HUAA 218LA 3GUIA 1L82A 1KW7A 205LA 1QTCA 3HH5A 2O7AA 2B74A 206LA 1L30A 1JTNA 1OVHA 2RBPA 170LA 1DYGA 255LA 1L77A 1C6PA 1G1VA 1LI6A 246LA 2OE4X 3LZMA 1LGWA 3SB7A 3NYAA 1G0PA 1L24A 152LA 2RB0X 3HH3A 4W56A 3CDOA 1P46A 1L37A 107LA 1C64A 1C62A 141LA 1LYIA 1C6KA 1C60A 228LA 1D2WA 1L01A 2A4TA 2NTGA 4I7TA 1L10A 1LPYA 1L58A 210LA 2RBQA 1L28A 1L44A 235LA 1L11A 160LA 4AQNA 1EPYA 1CV4A 163LA 1C61A 1L32A 1P7SA 227LA 168LA 1C6DA 1L39A 112LA 1SSYA 2RBRA 1ZURA 1SWZA 247LA 3GUNA 1PQKA 1G06A 1C6JA 3L2XA 1LI2A 3SN6R 1L34A 1L23A 3DN4A 1QS5A 3GUMA 4ARPA 1L49A 2B6TA 4DKLA 145LA 108LA 1L93A 215LA 192LA 111LA 226LA 5I14A 1C6CA 3RZEA 239LA 3C8RA 1SX2A 3DNAA 1P56A 1PQIA 104LA 1LYEA 113LA 1WTHA 1L40A 3HH4A 1OV7A 2QARC 3ODUA 4LDOA 1P5CA 4I7QA 4PK0A 174LA 1L29A 213LA 1L16A 186LA 4IAPA 119LA 3VW7A 120LA 1XJUA 220LA 1L79A 1QSBA 253LA 252LA 3HTFA 1C6IA 1CU6A 147LA 1L56A 4K5YA 166LA 1OYUA 1L73A 1LYDA 130LA 3OE6A 109LA 3V2YA 2OU8A 217LA 4EKQA 241LA 254LA 1L61A 164LA 262LA 3HT7A 4I7JA 1LI3A 1P64A 1C6EA 1L33A 201LA 1L04A 225LA 4DAJA 2QB0B 144LA 1PQOA 250LA 1L09A 4LDLA 156LA 1L71A 1T6HA 4I7LA 1LWGA 1L22A 1G1WA 3HTGA 3K2RA 3DMZA 1L64A 1L95A 1QT8A 165LA 1DYBA 5LZMA 240LA 1L18A 1L47A 3HH6A 2B73A 1SX7A 1P6YA 214LA 1L68A 2OU0X 3RUNA 1C6LA 1CV5A 1L38A 3CDTA 1L36A 110LA 2ANVA 221LA 3G3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YL0X 2B70A 2LYMA 3WU9A 1GDXA 230LA 195LA 1TLAA 1GBZA 4WL6A 4I8SA 1YROA 1CVKA 4PRQA 2G4PA 1GF7A 258LA 1UIBA 4XJHA 1L84A 5F14A 1DI3A 3F6ZA 2A7DA 1LMCA 1I6SA 4NGOA 3WUAA 4CJ2A 2BQCA 1D6QA 1XGTC 3FI5A 3HT6A 3HTDA 4DD7A 4I7NA 1GE0A 4H8XA 1LSPA 1LZ8A 4H1PA 1DQJC 1L60A 4I7MA 3DN6A 1DYFA 3WW5A 3SB9A 1IWYA 4H9CA 1GFKA 2H5ZA 2MEIA 4WLTA 4LT2A 1C43A 1CV1A 1GF8A 2YBLA 4R6CA 2B7XA 2A7FA 2B6ZA 2YBIA 2O79A 2Z2FA 4LZMA 5LAGA 1L51A 1L21A 2G4QA 1HMLA 1HFZA 1GFUA 1KY1A 1C45A 1OUIA 3TMVA 1ZYTA 1DYAA 1T8GA 4WM4A 4EMNA 5KXPA 4EJ4A 1OUHA 1LSGA 1GBYA 3IWRA 122LA 4GCCA 5FCPA 1CU2A 1JIYA 4BS7A 3P65A 1GB2A 3E3DA 1NDMC 4WO6A 229LA 1T3PA 5LYMA 1LHJA 102LA 3FA0A 232LA 2F2QA 3PBLA 2L78A 2ZQ3A 1ZVHL 4CHXA 4EKSA 1W6ZA 5J7CA 1C6MA 1QT6A 4I7OA 3GULA 4D9ZA 4IATA 3F9LA 3P4ZA 4OWAA 1L81A 3C7ZA 1QTVA 139LA 4NG1A 1L52A 2IGCA 4XADA 4IASA 1YIKA 4E3UA 1D3MA 3C80A 1IX0A 1FLUA 1IVMA 1W08A 4OOTA 200LA 2Q9DA 1QSQA 2VB1A 2ZNWY 3AGHA 3V2WA 1L89A 176LA 2XBRA 5HMVA 150LA 3HDEA 5A3ZA 5KJ9A 2F2NA 3D3DA 2MEEA 3AGGG 1DPWA 2AUBA 2B72A 3WPKA 4W51A 1B5VA 2ZYCA 2B6WA 1LYZA 1CKHA 1REZA 3TXFA 3M3UA 1YKZX 3SB5A 4DWXA 1G7IC 3WMKA 1XEPA 1L48A 3SB8A 2CUUA 1LMPA 140LA 3A92A 1LZEA 138LA 3OE8A 1GB9A 259LA 3WU7A 4B4JA 3LYMA 4NHIA 4NG8A 2BQIA 4BAFA 1INUA 1P2LA 1B7OA 4NHPA 4HJYA 4N0JA 5APDA 1D3NA 2YVBA 3WUNA 1VDQA 1LYSA 3EBAB 1VATA 5LAFA 4H91A 2OE9X 1G0MA 1GF5A 4PRUA 1L13A 1QUOA 1L19A 223LA 4HV1A 1IY4A 207LA 2HUMA 3A6CY 2OTZX 2LZTA 1RCMA 3FI7A 1PS5A 5IDDA 199LA 5L3IA 3AB6A 1G0LA 1NBYC 1LZYA 114LA 5A3EA 4H93A 1CU3A 1IP1A 1C68A 1LYJA 1QUSA 1QT5A 4ZPUA 3AZ5A 1IO5A 2HU1A 1OWYA 2OTYX 4OO9A 3DN2A 1GB5A 218LA 3LZ2A 3GUIA 5KXSA 1QTCA 2B74A 132LA 1JTNA 1OVHA 2RBPA 1C6PA 246LA 1RFPA 3LZMA 1LGWA 1OP9B 4N9RA 1BWIA 5KXKA 4ZEEA 5KXXA 1LSFA 1C64A 1ALCA 1GDWA 141LA 1LYIA 1C6KA 1C60A 4P2EA 2FYCA 1BHZA 1LSMA 1NDGC 1LSYA 1B5ZA 1LPYA 1IWVA 1L58A 210LA 1HEMA 2RBQA 2XTHA 4GLVA 1DXJA 4OWHA 1LSNA 160LA 4WO9A 1CV4A 2ZWBA 5FDJA 4NHQA 2DQJY 1G7JC 112LA 4NSHA 1SWZA 3GUNA 4QDNA 2YDGA 5FELA 1LTMA 1UACY 1L34A 5E4PA 3DN4A 5I53A 3GUMA 4ARPA 2BQFA 4LYBA 134LA 215LA 3N9EA 4J1BA 3RZEA 1C08C 239LA 2BLYA 5E9RA 104LA 4H9EA 1WTNA 1F0WA 1P5CA 1GFEA 1GBWA 4XENA 1JHLA 1L16A 3AYQA 5DN5A 1CNSA 3K3TA 2X0AA 1UIGA 253LA 3HTFA 4YENA 2MEHA 1CU6A 1L56A 5L3HA 130LA 109LA 1B7MA 1LKRA 1LZTA 2OU8A 5APFA 1BVKC 1B5XA 1BB4A 4DQJA 2N5ZA 1C6EA 1G7MC 1UIHA 1L33A 5L9JA 5B05A 1L04A 225LA 5II3A 5JENB 2DBTA 4I7LA 1LSZA 3HTGA 1GB7A 3K2RA 1GE3A 1L64A 5LIOA 1L95A 4NGWA 3LN2A 1QT8A 165LA 4DC4A 3GXRA 135LA 3HH6A 2B73A 2MECA 1J1PY 3RUNA 1FKQA 1L36A 1JTOL 1IP3A 4RW1A 4HJVA 2ANVA 5HLLA 3RNXA 3W6EA 4LT1A 1KIPC 4H9IA 1AZFA 1WQRA 4H92A 1L63A 1OUDA 1L90A 1NQIA 5KXNA 1LHKA 193LA 4WG1A 4DDCA 126LA 1PQMA 1GAYA 1L59A 1UCOA 1FLWA 1LJNA 167LA 1KNIA 1BB7A 1QTBA 4LYCA 3DMVA 4HP0A 4WM1A 1JTMA 1QS9A 1C65A 1LOZA 4O34A 3CDQA 2F4GA 2YBHA 1CJ9A 1QTZA 1CU5A 4NHTA 3HUQA 4GCEA 3DKEX 4XN6A 1CKCA 2CDSA 3UONA 184LA 3VWOA 123LA 4H8ZA 2HU3A 4I7KA 1XGPC 3A6BY 1L53A 3CT5A 1ZMYL 1NMMA 3QAKA 1L91A 1L87A 1KW5A 2RAYX 4NEBA 1H6MA 1IWWA 1HENA 197LA 1BWJA 1P2CC 148LE 1LCNA 1LJFA 1F10A 3A90A 198LA 4FDYA 3ZEKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4EKQ A;  241L A;  254L A;  1L61 A;  164L A;  262L A;  3HT7 A;  4I7J A;  1LI3 A;  1P64 A;  1C6E A;  1L33 A;  201L A;  1L04 A;  225L A;  4DAJ A;  2QB0 B;  144L A;  1PQO A;  250L A;  1L09 A;  4LDL A;  156L A;  1L71 A;  1T6H A;  4I7L A;  1LWG A;  1L22 A;  1G1W A;  3HTG A;  3K2R A;  3DMZ A;  1L64 A;  1L95 A;  1QT8 A;  165L A;  1DYB A;  5LZM A;  240L A;  1L18 A;  1L47 A;  3HH6 A;  2B73 A;  1SX7 A;  1P6Y A;  214L A;  1L68 A;  2OU0 X;  3RUN A;  1C6L A;  1CV5 A;  1L38 A;  3CDT A;  1L36 A;  110L A;  2ANV A;  221L A;  3G3X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YL0 X;  2B70 A;  2LYM A;  3WU9 A;  1GDX A;  230L A;  195L A;  1TLA A;  1GBZ A;  4WL6 A;  4I8S A;  1YRO A;  1CVK A;  4PRQ A;  2G4P A;  1GF7 A;  258L A;  1UIB A;  4XJH A;  1L84 A;  5F14 A;  1DI3 A;  3F6Z A;  2A7D A;  1LMC A;  1I6S A;  4NGO A;  3WUA A;  4CJ2 A;  2BQC A;  1D6Q A;  1XGT C;  3FI5 A;  3HT6 A;  3HTD A;  4DD7 A;  4I7N A;  1GE0 A;  4H8X A;  1LSP A;  1LZ8 A;  4H1P A;  1DQJ C;  1L60 A;  4I7M A;  3DN6 A;  1DYF A;  3WW5 A;  3SB9 A;  1IWY A;  4H9C A;  1GFK A;  2H5Z A;  2MEI A;  4WLT A;  4LT2 A;  1C43 A;  1CV1 A;  1GF8 A;  2YBL A;  4R6C A;  2B7X A;  2A7F A;  2B6Z A;  2YBI A;  2O79 A;  2Z2F A;  4LZM A;  5LAG A;  1L51 A;  1L21 A;  2G4Q A;  1HML A;  1HFZ A;  1GFU A;  1KY1 A;  1C45 A;  1OUI A;  3TMV A;  1ZYT A;  1DYA A;  1T8G A;  4WM4 A;  4EMN A;  5KXP A;  4EJ4 A;  1OUH A;  1LSG A;  1GBY A;  3IWR A;  122L A;  4GCC A;  5FCP A;  1CU2 A;  1JIY A;  4BS7 A;  3P65 A;  1GB2 A;  3E3D A;  1NDM C;  4WO6 A;  229L A;  1T3P A;  5LYM A;  1LHJ A;  102L A;  3FA0 A;  232L A;  2F2Q A;  3PBL A;  2L78 A;  2ZQ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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