3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
4I7SA 1SWZA 138LA 3SB6A 1L57A 175LA 4I7TA 3GUPA 1L14A 145LA 1L86A 3DMZA 123LA 1L54A 1L92A 1G0MA 256LA 219LA 234LA 128LA 3GUOA 3DNAA 170LA 4ARMB 178LA 1L34A 2A4TA 5I14A 3FI5A 1L45A 1L81A 1KY0A 1LYEA 103LA 3SB7A 3HUAA 1L21A 236LA 1LGUA 1C64A 209LA 1DYDA 2F2QA 1OVKA 4W54A 3HTFA 1QUHA 252LA 3SBAA 1CUQA 1OVHA 1EPYA 3DN2A 200LA 1L38A 1P37A 225LA 1L09A 2B74A 118LA 113LA 1C65A 1C6AA 1T97A 1L65A 1KW7A 1L69A 1P7SA 3D4SA 4I7QA 2L78A 164LA 226LA 139LA 3F8VA 1QTDA 2LC9A 3C83A 3HU8A 1G0LA 146LA 1C6QA 158LA 1LYIA 155LA 3V2YA 1L06A 4AQNA 1JQUA 3SN6R 1QTVA 3GUMA 3C81A 4ARMA 3GUJA 1DYGA 206LA 4EKRA 104LA 4I7PA 4LDOA 1L31A 205LA 2RBNA 3C8QA 1LYHA 223LA 3NYAA 2RB1X 1L32A 3FA0A 1CU3A 213LA 4W59A 1L55A 1QT7A 160LA 253LA 2B73A 1C66A 108LA 2OE4X 1L22A 1L56A 1KW5A 1L67A 3V2WA 1CU5A 1L16A 1LYDA 1QS9A 1CV1A 221LA 3JR6A 4W58A 1L68A 1JTNA 3HH5A 3DN6A 3G3XA 3HH3A 1L41A 3CDTA 1JTMA 1KNIA 3HUQA 1SX7A 4EKSA 183LA 1ZYTA 247LA 2OU8A 137LA 2IGCA 165LA 1D2WA 1LYJA 2Z6BA 1TLAA 2B6YA 1C6CA 1CU6A 4DKLA 251LA 3HU9A 1QS5A 224LA 197LA 115LA 1L12A 4OO9A 4YX7C 3GULA 4EJ4A 1P3NA 1SSWA 1PQIA 167LA 195LA 1C6DA 3LZMA 3HDFA 3HH6A 1C62A 130LA 2HUMA 3K2RA 3OE8A 1LYGA 3RUNA 163LA 249LA 4I7MA 2NTGA 2RBOA 126LA 3SB8A 129LA 5LZMA 1L59A 1C60A 1L36A 1L47A 258LA 1P5CA 185LA 2OU9A 1L02A 248LA 2ANXA 3DMVA 1L72A 2B72A 1P6YA 1CUPA 4W57A 1L70A 1L52A 1QT4A 189LA 176LA 3SB5A 237LA 1L39A 1SWYA 2B75A 2HULA 1LYFA 1C61A 1L37A 233LA 3GUNA 260LA 4EPFA 1L93A 1L26A 3CDQA 1L97A 1C6TA 1D3NA 3DKEX 239LA 4I7NA 3CDOA 1CV5A 3HT8A 6LZMA 3C7ZA 2LZMA 3HT6A 188LA 1SSYA 261LA 2B6WA 1C6BA 1DYEA 190LA 1L10A 3HTBA 1G0JA 4ARQA 4S0WA 3CDVA 1L60A 1L71A 2RBPA 246LA 3CDRA 2O4WA 1LGWA 1OWYA 2ANVA 3DN1A 1I6SA 169LA 215LA 1L03A 1P36A 1P46A 1L11A 1CV0A 1PQJA 1G06A 1L76A 1PQKA 1OWZA 1L77A 184LA 1QT8A 4PK0A 3NY8A 1CU2A 1LWGA 2OTYX 1QT3A 3C8RA 1L99A 1LI3A 4GRVA 212LA 2Q9EA 1DYCA 125LA 1L95A 4W53A 229LA 131LA 227LA 1LI6A 1L73A 4I7RA 3DN3A 2RB2X 2OEAX 107LA 3L2XA 220LA 231LA 1D3MA 122LA 1L88A 1C6HA 1P56A 1PQMA 2O7AA 159LA 1DYAA 1L61A 2Q9DA 1D3JA 1C68A 3L64A 127LA 4DAJA 141LA 250LA 1XEPA 244LA 3HWLA 196LA 2RAZX 3GUIA 2HUKA 2RAYX 1PQOA 4I7LA 181LA 1C6LA 1D3FA 3DN8A 1L27A 3C8SA 3GUKA 3DN4A 1KY1A 4I7KA 1L00A 1C6JA 3HTGA 109LA 1XJUA 3C7WA 2RBRA 3OE6A 254LA 2OE7X 1L35A 1L96A 2CUUA 1L25A 152LA 2LCBA 143LA 1PQDA 3HH4A 1T8GA 1WTHA 1CX6A 3DMXA 259LA 1OV7A 1L84A 1QTBA 1C63A 1NHBA 1L62A 1B6IA 1QSBA 192LA 1T8AA 255LA 1L40A 1G0GA 3C82A 2QB0B 4ARPA 1QUDA 3HUKA 4GBRB 1CV6A 4I7OA 2RB0X 177LA 114LA 4W55A 171LA 1C6NA 262LA 1C6GA 166LA 3C80A 1G1WA 1L18A 157LA 1L75A 1QT5A 111LA 238LA 168LA 4LZMA 1CV3A 257LA 1SX2A 2F32A 3RZEA 2RH1A 3UONA 1L23A 4ARJA 1L46A 3QAKA 198LA 1QSQA 1L01A 3FADA 1G1VA 1OV5A 4EXMA 2OU0X 2OE9X 142LA 1LI2A 3HT7A 1QUGA 4ZPUA 2QARC 235LA 186LA 1LW9A 156LA 151LA 1P64A 1L08A 1L91A 144LA 4K5YA 3EMLA 1C6FA 1L53A 2B7XA 1L83A 1D9WA 211LA 4I7JA 1OYUA 1DYFA 230LA 4EKQA 4W56A 2O79A 3HT9A 1CU0A 1L04A 182LA 3HTDA 1L44A 4EPIA 120LA 4EKPA 3NY9A 4E97A 1G0QA 1L05A 199LA 1P2LA 1QTCA 1L85A 222LA 1L29A 1LLHA 1C6KA 1G07A 4W51A 1P2RA 1L94A 1L42A 2B6ZA 174LA 1CVKA 1KS3A 1L82A 1C69A 187LA 1CX7A 243LA 1L33A 1XJTA 3G3WA 3PDSA 173LA 150LA 4YXAC 3HDEA 1L80A 214LA 3SB9A 1L24A 2B6XA 1C67A 1L90A 232LA 1L20A 1G0PA 1L51A 245LA 4IAPA 2B6TA 3G3VA 1QTHA 1L89A 1LGXA 1L0KA 1C6MA 2B70A 4W52A 1L48A 4ARLA 1L19A 242LA 4DJHA 1OVJA 210LA 4PJZA 2NTHA 3SBBC 1L07A 1CTWA 218LA 3VW7A 191LA 1G0KA 3DN0A 1LWKA 1DYBA 3F9LA 1T6HA 3OE9A 180LA 1L79A 1CV4A 1L30A 1L64A 3OE0A 7LZMA 1D2YA 1L49A 1L74A 1C6PA 241LA 1L63A 1L17A 1ZWNA 4LDEA 161LA 147LA 2OTZX 1K28A 1C6EA 1C6IA 3C7YA 240LA 1L50A 4YXCA 149LA 1L13A 1L28A 148LE 1QUOA 217LA 110LA 1L66A 119LA 1L15A 172LA 3PBLA 1L0JA 4LDLA 4ARQB 1T8FA 228LA 1L87A 2RBQA 1L98A 216LA 1QTZA 3ODUA 112LA 162LA 1LPYA 2F47A 2RBSA 1L58A 1L43A 201LA 1ZURA 102LA 1QT6A 140LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJDA 1SWZA 1F10A 4I7TA 3B0IA 1L86A 4LYTA 1GF9A 219LA 234LA 4H94A 1JITA 2D4KA 170LA 2EKSC 4ARMB 4MSTA 4PPOA 1GFGA 3FI5A 5I14A 2PC2A 3SB7A 1GBWA 6LYZA 3VWOA 1A2YC 252LA 1B7NA 1WQRA 5I4WA 2F2NA 1CUQA 1OVHA 3CT0A 2LYOA 3DN2A 4QDNA 1LZAA 1L38A 1GHLA 3KAMA 2L78A 164LA 4R0FA 2BQIA 4WMGA 1QTDA 4HPEA 5LA5A 3B6LA 1C6QA 158LA 2DQJY 1L06A 4AQNA 3SN6R 3C81A 4WLXA 1DYGA 2BQAA 223LA 5APDA 3B0KA 1L32A 1HSXA 5I4YA 213LA 4W59A 4LT2A 4B49A 5LA8A 4NWEA 1GBOA 5KXKA 1CU5A 221LA 1B9OA 3HH3A 5LYZA 1JTMA 3TXKA 1O23A 1UUZC 1NKHA 247LA 137LA 1D2WA 1C08C 1LJEA 4GCFA 1CU6A 4RLNA 5HNCA 3J6KA 4DQ7A 1YAQA 1WVUA 3HU9A 4FDYA 4OWEA 4R6CA 4OO9A 1H6MA 4NSGA 1SSWA 1GFRA 1C6DA 1IWZA 1KXWA 2NTGA 2RBOA 4G4CA 1LSPA 4NFVA 3HBEX 5LVJA 1XSFA 4Z46A 4WM2A 5J7CA 185LA 1IWYA 2OU9A 5IHGA 4W94A 5F14A 4W57A 1QT4A 3SB5A 4NGVA 1XGQC 1UACY 4G4HA 1FKQA 1C61A 1LYYA 1SQ2L 1LZCA 1BB6A 1L97A 1BB5A 3DKEX 239LA 3D9AC 3CDOA 1IP7A 2MEGA 1TEWA 2Z12A 4Z3MA 4NEBA 1DYEA 4UWVA 4ARQA 1FBIX 1JEFA 1GDXA 3AGHA 1G7LC 2O4WA 4H9FA 3DN1A 3ATOA 1L03A 2BQOA 4DWXA 1LYOA 1NHEA 1LSGA 2BQEA 1G06A 5FELA 4B1AA 3WPLA 3A67Y 1GAZA 1LZ4A 3TMVA 1QT3A 1LI3A 4GRVA 1VEDA 4WM5A 107LA 2F4AA 2DQIY 4WLYA 5FCPA 4TSCA 1C6HA 1HEPA 4XYYA 2BQJA 127LA 1YKXX 3A95A 3WXUA 5FHWA 141LA 244LA 3F6ZA 196LA 3GUIA 1DQJC 2HUKA 2BQKA 5E4PA 4I7LA 1C6LA 4NY5A 3GUKA 1QQYA 1LMAA 4CGEA 2OE7X 1CJ7A 1L25A 3WUMA 2XQOA 1IOTA 1PQDA 3W6FA 1IC4Y 259LA 1QTBA 1C63A 1NHBA 1LJIA 192LA 255LA 1UBZA 1G0GA 2I26L 4PHIA 2QB0B 1QUSA 1QUDA 2HEEA 4I7OA 1LHJA 2BAAA 1LMPA 4U3XB 5ILCA 4Z41A 166LA 168LA 2CJLA 1CV3A 4MR1A 4XENA 1OUAA 2LZTA 4RW2A 1SX2A 1LZ5A 3RZEA 3GXKA 3QAKA 2BQCA 3TXHA 1QUGA 4KXIA 5L3IA 5FDJA 1JTPL 1L08A 1KXYA 1YANA 1NQIA 4GCBA 3G3BB 1D9WA 1LZ1A 3WH1A 134LA 1GE4A 3RZ4A 5KY1A 3HTDA 4EKPA 4E97A 1G0QA 1P2LA 2AUBA 1L85A 1LLHA 2H5ZA 3A90A 3CSZA 1G07A 1GFEA 4LFXA 2B6ZA 1HEQA 4WG7A 4EMNA 4RLMA 187LA 5D5CA 1L33A 1LZ6A 150LA 4YXAC 1L80A 2Z18A 1L24A 2B6XA 1IOCA 1L90A 1IWTA 5APFA 2Q0MX 4WM1A 245LA 3AZ6A 1GXV2 5HMVA 1QTHA 1REZA 1LGXA 3EXDA 1LSCA 1C6MA 1AKIA 2B70A 210LA 1HEMA 1GF4A 3SBBC 1B7LA 4BAFA 4CHXA 3F9LA 4WOAA 1UICA 1CV4A 1L30A 1ZV5L 4XJFA 1YL0X 1G7JC 3OE0A 1D2YA 2ZIJA 241LA 1I20A 1Z55A 1DKJA 1LAAA 4WL6A 2BQLA 1JTOL 1L28A 2Y8PA 1QSWA 110LA 4NHSA 153LA 1JUGA 4ARQB 3WL2A 1DI3A 1L87A 1L98A 4H93A 112LA 1LPYA 2F47A 2LHMA 1L58A 4TTDA 1L43A 5KXNA 4BAPA 1LYSA 140LA 138LA 3RT5X 4C3WA 175LA 3W6DA 4QY9A 1JJ3A 1L54A 1G0MA 256LA 4WM3A 1V7SA 1V7TA 128LA 1HMLA 5T3FA 1L34A 1YKYX 1LYEA 4KT3A 1I56A 1L21A 236LA 1LGUA 5KKIA 5LVIA 3LYZA 3HFMY 5A3EA 1QUHA 3CT1A 1I1ZA 3SBAA 2WARA 1EPYA 1OUEA 1P37A 1L09A 2B74A 113LA 1C10A 1C65A 4XJGA 1JKBA 1T97A 1KW7A 226LA 3F8VA 1H87A 4H9CA 3C83A 1G0LA 1TDYA 5HQ1A 4PGJB 3V2YA 4QGZA 3GUMA 3AW7A 206LA 1VDQA 3GUJA 1QIOA 104LA 1IEEA 1EQ4A 2BQNA 1BVXA 5LAGA 4OWAA 108LA 1IC7Y 4KL7A 2OE4X 1TAYA 1L67A 3V2WA 4HJVA 2YBIA 3BKHA 3ZVQB 3JR6A 1B7QA 1L68A 3HH5A 1HFYA 5L3HA 1JJ1A 3HUQA 1C46A 1GB7A 1SX7A 1IP5A 4EKSA 1LZEA 183LA 1OUFA 1LZNA 4H8ZA 2C8PA 2IGCA 3WU9A 2Z6BA 2A7FA 3A91A 1QTKA 5IELA 1GXXA 4WL7A 1HERA 2DQGY 1TBYA 1AZFA 1FKVA 4DKLA 5D5FA 1CJ8A 224LA 1L12A 1LYZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XJD A;  1SWZ A;  1F10 A;  4I7T A;  3B0I A;  1L86 A;  4LYT A;  1GF9 A;  219L A;  234L A;  4H94 A;  1JIT A;  2D4K A;  170L A;  2EKS C;  4ARM B;  4MST A;  4PPO A;  1GFG A;  3FI5 A;  5I14 A;  2PC2 A;  3SB7 A;  1GBW A;  6LYZ A;  3VWO A;  1A2Y C;  252L A;  1B7N A;  1WQR A;  5I4W A;  2F2N A;  1CUQ A;  1OVH A;  3CT0 A;  2LYO A;  3DN2 A;  4QDN A;  1LZA A;  1L38 A;  1GHL A;  3KAM A;  2L78 A;  164L A;  4R0F A;  2BQI A;  4WMG A;  1QTD A;  4HPE A;  5LA5 A;  3B6L A;  1C6Q A;  158L A;  2DQJ Y;  1L06 A;  4AQN A;  3SN6 R;  3C81 A;  4WLX A;  1DYG A;  2BQA A;  223L A;  5APD A;  3B0K A;  1L32 A;  1HSX A;  5I4Y A;  213L A;  4W59 A;  4LT2 A;  4B49 A;  5LA8 A;  4NWE A;  1GBO A;  5KXK A;  1CU5 A;  221L A;  1B9O A;  3HH3 A;  5LYZ A;  1JTM A;  3TXK A;  1O23 A;  1UUZ C;  1NKH A;  247L A;  137L A;  1D2W A;  1C08 C;  1LJE A;  4GCF A;  1CU6 A;  4RLN A;  5HNC A;  3J6K A;  4DQ7 A;  1YAQ A;  1WVU A;  3HU9 A;  4FDY A;  4OWE A;  4R6C A;  4OO9 A;  1H6M A;  4NSG A;  1SSW A;  1GFR A;  1C6D A;  1IWZ A;  1KXW A;  2NTG A;  2RBO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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