3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
1QT4A 1LYEA 2OE4X 112LA 1KY0A 1C6MA 227LA 1PQKA 150LA 1L83A 1CV6A 4DJHA 228LA 1G0QA 3HUAA 173LA 1L99A 1P37A 1L14A 1P56A 1L38A 1L56A 3PBLA 4W53A 161LA 3F9LA 3OE6A 1L30A 1G1VA 4ARQB 1L98A 138LA 4GRVA 1KS3A 114LA 1L65A 3CDTA 2OE9X 1L71A 3C80A 3OE8A 1LGXA 1QT6A 3NYAA 4AQNA 3DMVA 1OVJA 4YX7C 1L95A 3C8SA 3ODUA 187LA 230LA 1QT7A 4ARMA 197LA 1L96A 1L47A 1L54A 3DN1A 1LYDA 261LA 3CDQA 3GUMA 2OTZX 7LZMA 2B74A 1LWGA 2F32A 257LA 2Z6BA 246LA 131LA 3C81A 4I7SA 128LA 1L05A 1L11A 2O7AA 1C6IA 3NY8A 3FADA 164LA 1QUGA 2B6TA 1LI3A 1QT8A 1QTHA 3C8RA 1OV7A 1C65A 1DYFA 3GUJA 126LA 1PQIA 1L02A 1L53A 1C69A 1L55A 3C7ZA 170LA 2OTYX 1ZWNA 1L0JA 1LW9A 3L64A 4PK0A 1C6NA 1L43A 152LA 186LA 225LA 156LA 1L29A 1L42A 2LC9A 3HT8A 4LDLA 1L22A 212LA 146LA 1CU3A 1L67A 237LA 4I7MA 201LA 3FA0A 217LA 1L08A 2RBRA 1L34A 1ZYTA 3D4SA 1PQJA 1D2YA 2NTGA 1DYBA 1NHBA 1KY1A 229LA 240LA 3G3VA 1SSWA 1L79A 159LA 183LA 1L94A 1SWZA 1L12A 3HU8A 1C60A 120LA 1L60A 1L63A 127LA 1T8FA 218LA 1L87A 2A4TA 2ANVA 129LA 3CDRA 4I7PA 157LA 6LZMA 3HH5A 234LA 189LA 3VW7A 1L13A 3DMZA 1L93A 123LA 3F8VA 1L80A 259LA 4LZMA 1T6HA 3G3XA 1QS9A 3HH6A 3HDFA 1L15A 1C6FA 4LDOA 2LCBA 1LLHA 1G0GA 3OE9A 1LGWA 122LA 1P3NA 172LA 1L69A 3HTBA 4W54A 137LA 1CX7A 1C6CA 184LA 4K5YA 108LA 2QB0B 2RAZX 1L50A 1L19A 1G0KA 196LA 1D2WA 235LA 119LA 1KW7A 165LA 236LA 3SB5A 1OVKA 1L35A 2B75A 220LA 190LA 102LA 1L45A 103LA 1P6YA 1L25A 3GUIA 113LA 176LA 140LA 4YXCA 209LA 242LA 3C82A 4W51A 231LA 2RBNA 1L27A 1C6AA 2RB0X 1LWKA 1QTZA 4W55A 1G07A 111LA 145LA 1L44A 147LA 223LA 1C62A 1CU6A 1JTMA 1L70A 1XJUA 1P46A 3V2YA 2O4WA 1P2RA 1L20A 155LA 2Q9EA 1OWZA 1D3MA 3RUNA 1QTDA 144LA 254LA 1L00A 1L07A 1C6PA 1LYIA 130LA 107LA 1QTBA 4PJZA 1L06A 4I7RA 4E97A 118LA 3K2RA 4I7NA 1DYAA 1CU2A 2B70A 243LA 168LA 1L52A 110LA 1CUPA 3GUNA 2B6WA 1KW5A 1OV5A 2RB2X 1L41A 160LA 3HH4A 1G0LA 4I7JA 244LA 1CU5A 104LA 188LA 1SSYA 1L59A 4W57A 4W58A 3JR6A 3DNAA 1DYEA 2CUUA 4GBRB 215LA 239LA 1DYDA 1D3JA 1L86A 3DN8A 2NTHA 4I7LA 1PQMA 174LA 1L18A 2RBQA 1CU0A 4I7OA 191LA 251LA 4I7TA 4EKPA 233LA 1G0JA 1KNIA 4EPFA 3HT6A 1C6LA 1L48A 2B72A 2RBSA 143LA 1PQOA 177LA 1C66A 2ANXA 2OU0X 3DMXA 1SX2A 1PQDA 2RBPA 3C7WA 256LA 1OWYA 1L75A 3PDSA 1JTNA 1L37A 247LA 1G06A 1CV5A 4ZPUA 1L36A 1P36A 1D3FA 1OVHA 4ARLA 139LA 1EPYA 1I6SA 1LYHA 1LI2A 3GUOA 2O79A 210LA 158LA 1L61A 192LA 1K28A 4I7KA 169LA 1SX7A 4IAPA 175LA 1L92A 4DAJA 1C67A 3L2XA 1QSQA 216LA 4EKSA 1L10A 171LA 249LA 181LA 1C6KA 1CV0A 211LA 1P5CA 1L04A 3OE0A 2F2QA 1L49A 3FI5A 1QSBA 1L09A 2B6YA 3DKEX 1OYUA 1L91A 4OO9A 222LA 2B73A 1L72A 3HTFA 200LA 4DKLA 1L81A 4ARMB 1WTHA 2RH1A 1L77A 163LA 1C6TA 182LA 2OE7X 2Q9DA 2RAYX 1QT3A 4ARPA 2OU8A 1L62A 2B7XA 3SB8A 4ARJA 1CV1A 3HU9A 3NY9A 262LA 1L21A 4I7QA 1LGUA 3HUKA 245LA 109LA 1LYFA 1LYGA 1CV4A 226LA 4EXMA 1C6JA 1DYCA 3SBBC 1L89A 221LA 3DN4A 185LA 1C64A 1CUQA 1P7SA 1L97A 5LZMA 3DN0A 253LA 1L84A 1G0PA 252LA 1JQUA 1CX6A 3HTDA 1CVKA 241LA 3GUPA 3SB6A 1C68A 3UONA 1L33A 1QUHA 1L85A 4EPIA 1LYJA 1L32A 250LA 4YXAC 1L28A 162LA 3HTGA 3HH3A 2OEAX 2HULA 1L51A 260LA 180LA 1L40A 1P64A 4EKQA 1L76A 219LA 1LPYA 3QAKA 3GUKA 198LA 1XEPA 1TLAA 1L17A 1G1WA 1L90A 1DYGA 1L46A 4ARQA 4LDEA 3LZMA 1QTCA 4EKRA 1L16A 3DN6A 1L0KA 1D9WA 206LA 1P2LA 2B6ZA 3CDOA 3C8QA 1T97A 1T8AA 3G3WA 1C6EA 3GULA 1QUOA 3CDVA 1L23A 2RB1X 2HUKA 1CV3A 3RZEA 1QT5A 1B6IA 1L26A 258LA 1QUDA 195LA 1QS5A 149LA 2B6XA 115LA 1C6HA 2HUMA 1G0MA 3SBAA 1L74A 1C63A 1SWYA 3EMLA 3HWLA 1T8GA 3V2WA 232LA 205LA 4EJ4A 224LA 1L39A 3SN6R 1D3NA 3C7YA 3SB7A 4S0WA 1LI6A 1L66A 3HT9A 3C83A 3SB9A 5I14A 1L57A 2F47A 1L01A 1QTVA 125LA 1L68A 167LA 142LA 1C6QA 1C6BA 2L78A 238LA 2RBOA 1C6DA 148LE 1C61A 1XJTA 4W59A 1L82A 214LA 3HT7A 1L88A 255LA 4W56A 1C6GA 141LA 2OU9A 2IGCA 3DN2A 3HUQA 3HDEA 2QARC 178LA 199LA 1L64A 166LA 1L58A 213LA 1ZURA 248LA 4W52A 1CTWA 1L03A 1L24A 151LA 2LZMA 1L73A 1L31A 3DN3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSFA 1QT4A 2FBBA 1OUAA 2F4GA 112LA 3G3AB 1GB0A 1L83A 3CSRA 4XJIA 1G0QA 5L3HA 173LA 4N1CC 3HFMY 5KXTA 1L38A 1HERA 3AW6A 1GFUA 1GB2A 3A3RX 4N0JA 1C43A 1GE3A 1HEQA 1YILA 1G1VA 1GF9A 3LYOA 4AXTA 114LA 2OE9X 2H9KA 1VATA 5KXOA 5LVKA 1QQYA 1B9OA 3E3DA 2MEDA 1N4FA 1PS5A 4G4CA 4NGKA 3DN1A 3GUMA 1LKSA 1B5ZA 2MEEA 5KXWA 257LA 4FDYA 4I7SA 4RW1A 1C6IA 3FADA 164LA 1QUGA 4IJ4A 4HTNA 1C65A 1LZCA 4WM4A 1GB9A 1XGRC 1D0LA 1MELL 1OUBA 1ZWNA 4CJ2A 2ZYPA 4PK0A 3WW5A 1IY4A 186LA 1LJHA 1LHIA 1LZ8A 4LDLA 4E3UA 133LA 3FA0A 1C7PA 2EIZC 1LJ4A 1ZYTA 3D4SA 2NTGA 1DYBA 3G3VA 1GBXA 4LZTA 1L79A 1GF0A 1L94A 1V7TA 4XENA 1C60A 1T8FA 2Q0MX 218LA 1L87A 1OUIA 2YDGA 2ANVA 4ZIXA 1IOCA 1I1ZA 1L13A 4YEOA 3DMZA 4NGIA 2HEFA 1QDTA 1QUSA 1AM7A 259LA 1BB3A 4DYGA 2YSSC 1LZ6A 4ANRA 5HNCA 2BQGA 3HH6A 1FN5A 4LDOA 5I4WA 1OUFA 2DQHY 4J7VA 3HTBA 3N9EA 2QB0B 1PZYA 1D2WA 4OWCA 235LA 119LA 1KW7A 1VEDA 5I4XA 3CT5A 1UACY 103LA 1GD6A 3QE8A 1L25A 3GUIA 1LSPA 140LA 4YXCA 5APDA 3C82A 1B5VA 1L27A 1C6AA 2HECA 4DD7A 2ZNXY 4NEBA 1G07A 111LA 2XBSA 1B5XA 4NWHA 4N8ZA 1CU6A 1JTMA 1XJUA 3F6ZA 2YBLA 1L07A 3WPKA 2HEEA 4OW1A 2Z39A 3WL2A 1LYIA 130LA 1C08C 2RSCA 5J7CA 4E97A 2C8OA 118LA 3K2RA 3WU9A 1YL1X 1LMTA 243LA 1TBYA 1OV5A 2RB2X 1D6PA 5LVHA 3A6BY 1CU5A 1GBSA 188LA 3JR6A 4WM3A 2LZ2A 1DYEA 1J1OY 3BKVA 4J0LA 2F2NA 4GBRB 1NBZC 215LA 2C8PA 3WUMA 1L86A 4R6CA 174LA 5B59A 5KXRA 4I7OA 2I25L 1QTEA 1CKFA 4XJFA 3TXEA 4GCDA 3HT6A 1JPOA 3CSQA 1C6LA 1L48A 2B72A 2RBSA 1PQOA 3WH1A 3TXGA 3DMXA 1SX2A 1JKBA 256LA 1UIAA 1WQRA 3PDSA 4XJDA 1JTNA 4NHIA 1I20A 3TXBA 1IP2A 1CV5A 1LMQA 1UC0A 1GBOA 1IP7A 1AT5A 5LYMA 1HENA 1LCNA 1LI2A 158LA 4MSTA 1OUDA 3BKHA 1GPQC 192LA 3W6DA 4I7KA 5DL9A 5KY1A 4LT2A 171LA 2G4PA 1P5CA 1L04A 1EQ4A 1F0WA 208LA 3A34A 5LA5A 3FI5A 1LSCA 3P66A 1GF4A 222LA 2B73A 4NGVA 1GB6A 3B6LA 4WO9A 2RH1A 1IWWA 1CJ7A 2Q9DA 4HJYA 1EQ5A 4ARPA 1L62A 1JJ3A 3CSZA 2B7XA 1REMA 1HEMA 3IWRA 3OK0A 3WXUA 1CV1A 2EPEA 1YAPA 4H92A 4WMGA 1GFJA 3SP3A 1LJKA 1LYFA 1C6JA 1DYCA 2B5ZA 1VDQA 2DQGY 3HBEX 2LYMA 1C64A 5LZMA 1L97A 3P64A 3DN0A 253LA 1L84A 1LSBA 1G0PA 3HTDA 241LA 1JJ0A 1ZV5L 250LA 1LZEA 2OEAX 1UIDA 2HULA 1BVKC 260LA 180LA 2D6BA 5II3A 5FHWA 4B4IA 1HFZA 1IWXA 4PGJB 2W1LA 1G1WA 1L46A 4DD1A 4G9SA 2H5ZA 4EKRA 1L16A 3A93A 2BLXA 1D9WA 4DDAA 3A94A 2B6ZA 1Z55A 5LA8A 4D9ZA 1T97A 1T8AA 2Z37A 1QUOA 3CDVA 1L23A 2FYCA 4HV1A 4LYMA 1E8LA 149LA 115LA 1WQPA 2BQDA 2MECA 3W6BA 1XGQC 1D6QA 1LSEA 205LA 224LA 3TXFA 1GFTA 1GF3A 5I14A 4W94A 5KXLA 3RW8A 125LA 1UCOA 1C6BA 2HU1A 4GN5C 2BQOA 3ZVQA 1C6DA 4WG1A 4TUNA 2DKVA 1LZ9A 2BPUA 1B7QA 3HT7A 1L88A 4B49A 3HUQA 2QARC 3B72A 4UWUA 3AZ6A 1TEWA 1RE2A 1L58A 1ZURA 248LA 2DQJY 1TAYA 4CFPA 1GE0A 5FDJA 3WPLA 4S0WA 1L73A 4DT3A 1L02A 4B0DA 2ZQ3A 4CGEA 2OE4X 1C6MA 1B5UA 1F6RA 3A67Y 228LA 1IC7Y 2MEAA 3IJUA 1D0KA 4WL7A 1L99A 3J6KA 1DPXA 2I26L 1L14A 1P56A 1BHZA 3PBLA 4W53A 1GF6A 1JKCA 1GAYA 138LA 4GRVA 4NHPA 1LHLA 4WM5A 5K7OA 1L71A 3OE8A 4N1EI 1DI5A 2BLYA 2ZQ4A 1HFYA 4IASA 1QT7A 1GBYA 4ARMA 1LHMA 197LA 1L47A 1YAMA 154LA 1LYDA 261LA 3CDQA 5DLAA 5KKJA 4I0CA 1IY3A 2F32A 3CT1A 2O7AA 1L11A 3NY8A 4B1AA 2DQIY 1G7LC 2CGIA 1QT8A 1QTHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSF A;  1QT4 A;  2FBB A;  1OUA A;  2F4G A;  112L A;  3G3A B;  1GB0 A;  1L83 A;  3CSR A;  4XJI A;  1G0Q A;  5L3H A;  173L A;  4N1C C;  3HFM Y;  5KXT A;  1L38 A;  1HER A;  3AW6 A;  1GFU A;  1GB2 A;  3A3R X;  4N0J A;  1C43 A;  1GE3 A;  1HEQ A;  1YIL A;  1G1V A;  1GF9 A;  3LYO A;  4AXT A;  114L A;  2OE9 X;  2H9K A;  1VAT A;  5KXO A;  5LVK A;  1QQY A;  1B9O A;  3E3D A;  2MED A;  1N4F A;  1PS5 A;  4G4C A;  4NGK A;  3DN1 A;  3GUM A;  1LKS A;  1B5Z A;  2MEE A;  5KXW A;  257L A;  4FDY A;  4I7S A;  4RW1 A;  1C6I A;  3FAD A;  164L A;  1QUG A;  4IJ4 A;  4HTN A;  1C65 A;  1LZC A;  4WM4 A;  1GB9 A;  1XGR C;  1D0L A;  1MEL L;  1OUB A;  1ZWN A;  4CJ2 A;  2ZYP A;  4PK0 A;  3WW5 A;  1IY4 A;  186L A;  1LJH A;  1LHI A;  1LZ8 A;  4LDL A;  4E3U A;  133L A;  3FA0 A;  1C7P A;  2EIZ C;  1LJ4 A;  1ZYT A;  3D4S A;  2NTG A;  1DYB A;  3G3V A;  1GBX A;  4LZT A;  1L79 A;  1GF0 A;  1L94 A;  1V7T A;  4XEN A;  1C60 A;  1T8F A;  2Q0M X;  218L A;  1L87 A;  1OUI A;  2YDG A;  2ANV A;  4ZIX A;  1IOC A;  1I1Z A;  1L13 A;  4YEO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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