3CDOA

Bacteriophage t4 lysozyme mutant r96v in wildtype background at low temperature
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRVCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdoA00
188LA 1L60A 191LA 1QTBA 1OVJA 1CVKA 4PJZA 4EPFA 2B75A 3SB8A 187LA 5I14A 3SB5A 2NTHA 2OTYX 1G0PA 1P64A 123LA 1L98A 2Q9EA 4LDLA 3SB6A 3GUPA 181LA 141LA 151LA 4E97A 1C68A 4I7LA 2NTGA 209LA 1T8AA 1JTMA 1L29A 1L10A 1L03A 1CV5A 1L55A 3GUJA 1L85A 2B6XA 118LA 232LA 1CV3A 3CDVA 4DJHA 169LA 2RBNA 3DMVA 1C6KA 130LA 1L20A 111LA 1T97A 170LA 1L59A 1L14A 1C61A 190LA 3C7YA 3DN0A 4EKQA 3CDQA 1C63A 1L24A 2Z6BA 4ZPUA 3RZEA 159LA 4S0WA 221LA 125LA 128LA 3HUAA 1CV1A 205LA 4I7SA 2B73A 4W53A 1L15A 1LYJA 4W58A 1L52A 3HU9A 173LA 1L57A 1LWKA 4LDEA 4OO9A 4I7NA 1CX6A 1L31A 1T8FA 2O7AA 168LA 3OE9A 1CTWA 157LA 1QUOA 4I7TA 1L79A 4PK0A 1CUQA 2Q9DA 3ODUA 255LA 1L21A 1L56A 1QT5A 1QSQA 1CU0A 219LA 3FA0A 4W59A 1L19A 4W52A 3HH3A 4ARPA 1QTDA 114LA 2RB1X 1L80A 112LA 2B74A 235LA 1ZYTA 1L12A 1QUHA 1L91A 3OE6A 1P5CA 176LA 1QT7A 2B6YA 1CU5A 1L33A 4LDOA 1WTHA 2ANVA 1C69A 206LA 108LA 1L94A 1L70A 1L04A 222LA 1L83A 1L49A 2QARC 2CUUA 1D3NA 2RB0X 1LI6A 1C6DA 1SX7A 1OVKA 1CUPA 2B6ZA 102LA 1L07A 3HDFA 220LA 2RH1A 4EKSA 150LA 1TLAA 3PBLA 160LA 140LA 211LA 1L71A 3L2XA 1G0JA 1G07A 1LI3A 1KS3A 3HT6A 256LA 1P46A 1DYGA 224LA 4I7PA 1G0MA 1L00A 138LA 6LZMA 4AQNA 1C65A 1JQUA 2OE4X 198LA 3F9LA 126LA 1C6NA 1L87A 166LA 155LA 1L25A 3DN4A 1CV6A 2OEAX 172LA 3RUNA 1ZWNA 213LA 250LA 2RBRA 3VW7A 2OE7X 3HDEA 3GUOA 1B6IA 1LWGA 139LA 226LA 2RBSA 1OVHA 1D3JA 4K5YA 259LA 1LGWA 4W56A 1L73A 2OU8A 3HT8A 1L41A 144LA 1KY0A 145LA 1PQMA 2F2QA 1L53A 1C6CA 3LZMA 4I7KA 4YXAC 156LA 1PQJA 3L64A 3NY9A 4I7QA 2O4WA 1C6AA 216LA 1L90A 3C8SA 1L32A 1L88A 3C7ZA 248LA 3NYAA 1CU2A 3HTBA 1QT4A 131LA 2RBQA 177LA 1L42A 197LA 1L05A 146LA 1L0KA 1L96A 1QS9A 2B72A 1DYCA 149LA 1L62A 3DN3A 1NHBA 3FI5A 1OYUA 4W55A 1L97A 227LA 1LYFA 1L40A 119LA 1L84A 1XJTA 4W54A 1L99A 195LA 1DYEA 1L69A 1C6QA 242LA 2RAZX 184LA 1CU3A 2F32A 254LA 3K2RA 1P36A 4EJ4A 4GBRB 192LA 230LA 4I7OA 3G3VA 2B7XA 3UONA 1DYDA 110LA 1L01A 1EPYA 1LYDA 164LA 3F8VA 1L13A 3SBAA 104LA 1C60A 1L89A 3FADA 217LA 1CV0A 1L37A 3HH6A 210LA 2LC9A 1C64A 196LA 200LA 3HTDA 1L68A 4DAJA 1L77A 3PDSA 1D9WA 245LA 122LA 251LA 1C6HA 1QT6A 2OU9A 152LA 1L44A 1I6SA 236LA 148LE 1L58A 1LGXA 1L54A 2B6WA 3GULA 4ARMB 253LA 3DMZA 1LLHA 1LYEA 1QUDA 4I7RA 1L18A 1C6MA 3G3WA 178LA 1OV7A 3HH4A 127LA 3V2YA 4ARJA 2RAYX 4GRVA 1QTVA 1C6LA 109LA 1QUGA 4DKLA 137LA 231LA 3HUKA 1P7SA 1D2YA 1LPYA 239LA 1L17A 1L61A 143LA 1C6GA 1L66A 1C66A 1L23A 212LA 3C7WA 4ARQB 1C6TA 3C82A 2A4TA 185LA 1L95A 1L16A 1OWZA 1C6EA 1L75A 2HUMA 3EMLA 2B6TA 3GUIA 1SSWA 1LGUA 1L30A 2HULA 115LA 3HU8A 4I7MA 1LYHA 241LA 1PQIA 218LA 1G1WA 2OE9X 167LA 1G0QA 1L51A 199LA 3C83A 1P3NA 142LA 3HH5A 1LW9A 2IGCA 4YXCA 171LA 215LA 258LA 2L78A 223LA 3HWLA 237LA 1L36A 1L45A 260LA 214LA 262LA 3NY8A 2LZMA 1C6FA 1L92A 1L02A 1L47A 103LA 1KW5A 1L46A 1L11A 1P56A 1L64A 182LA 1QTHA 4EKRA 1XJUA 175LA 2ANXA 1QSBA 3GUNA 1L26A 1L48A 4W57A 1L08A 1SWZA 1QT3A 1L34A 4ARLA 225LA 3SB9A 183LA 2HUKA 1CV4A 1T8GA 3DN1A 1L38A 238LA 4EXMA 240LA 1L22A 4YX7C 174LA 5LZMA 1G0LA 163LA 1SSYA 2QB0B 180LA 3D4SA 1PQKA 2OTZX 1L06A 228LA 3DN2A 3DN6A 1KNIA 1LI2A 4LZMA 189LA 1P2RA 4W51A 1L82A 3SN6R 229LA 2B70A 129LA 1CU6A 1SX2A 1PQDA 2RB2X 3C81A 261LA 3G3XA 2OU0X 120LA 1DYAA 4I7JA 1C62A 186LA 244LA 1D2WA 1L0JA 1L35A 1L63A 3C8QA 1QTCA 1SWYA 113LA 1L43A 2LCBA 3CDOA 3C8RA 233LA 3HUQA 4ARMA 3HT9A 234LA 7LZMA 249LA 1G06A 1C67A 3DKEX 1QT8A 3DMXA 3OE0A 1L93A 1CX7A 3GUKA 243LA 2F47A 3GUMA 1LYIA 1ZURA 1L09A 147LA 1C6PA 1G0GA 1DYBA 1G1VA 246LA 165LA 1JTNA 1OV5A 1L81A 3CDRA 3HTFA 1L50A 1T6HA 1L76A 1C6IA 1L27A 4EKPA 1C6JA 1OWYA 1XEPA 3JR6A 1KY1A 2RBPA 257LA 1L65A 4ARQA 1P37A 3V2WA 4EPIA 3DN8A 1P2LA 1KW7A 1DYFA 1K28A 3SB7A 3QAKA 1D3MA 247LA 3CDTA 4IAPA 3HT7A 1QTZA 3C80A 3SBBC 3HTGA 1L39A 1LYGA 1PQOA 2RBOA 1C6BA 1D3FA 1G0KA 1L74A 2O79A 158LA 162LA 107LA 252LA 161LA 201LA 3DNAA 1P6YA 1L72A 1L86A 3OE8A 1QS5A 1L28A 1L67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
191LA 1OQMA 1JEFA 1IWYA 2YBJA 2DQGY 1WQQA 3MGWA 5I14A 1P64A 1W6ZA 4LDLA 3SB6A 1T8AA 1IWZA 1L03A 2ZQ4A 4DQJA 1CV5A 3AZ6A 1L85A 3GUJA 4WL7A 1UUZC 2XTHA 1LZ9A 3LZTA 1WQRA 1WTNA 3WVYA 111LA 1REYA 4EKQA 3CDQA 1C63A 1LKSA 128LA 3HUAA 1UA6Y 1GF0A 1BWJA 4I7SA 2Q0MX 2Z2EA 4W53A 5KKJA 1LYJA 4N1CC 1PZYA 1T3PA 1LTMA 3QE8A 1IY3A 157LA 1LJNA 3B0KA 1LSFA 4QDNA 255LA 4D9ZA 4W52A 4XENA 1GE3A 4ARPA 4HV1A 112LA 2FYCA 2EPEA 2B74A 4AGAA 3ULRA 1JKBA 4WOAA 1L12A 2B6YA 176LA 1QT7A 1CU5A 1L33A 1XEIA 4NEBA 206LA 5KKIA 4GN3A 4NWHA 4IASA 1D3NA 2RB0X 1C6DA 3W3EA 1CUPA 5APFA 4G4HA 2LZTA 2RH1A 1YL0X 1GXV2 1GWDA 4L41A 5LA5A 4H9AA 2HECA 1GPQC 5F14A 1YQVY 5A3ZA 4XJIA 3TXDA 4LGKA 3L2XA 2HU3A 1KS3A 4OWCA 4PPOA 4H9HA 1DYGA 4BAFA 138LA 6LZMA 1C65A 1KIQC 4ZFPA 5KJ9A 2OE4X 1VAUA 4H8YA 1QIOA 1JTPL 1HFZA 1L25A 3DN4A 2OEAX 4R0FA 1ZWNA 250LA 1GFRA 1OUIA 1BHZA 1RE2A 4G9SA 2OE7X 1RI8B 139LA 2RBSA 3M18B 1OVHA 4H93A 2D4IA 3AYQA 1LGWA 1RCMA 1LMOA 1I56A 5I5QA 1LCNA 1C46A 1L41A 3FI7A 1PQMA 2F2QA 1T6VL 1C6CA 1LMQA 3WXTA 1PQJA 1DZBX 2O4WA 1FN5A 248LA 2C8PA 5B1GA 131LA 1YANA 2RBQA 1L42A 1LHLA 1LJ3A 1L96A 1ZVHL 5F9UA 1EQEA 3DN3A 4RLNA 4W55A 2Z2FA 1LYFA 1A2YC 2B5ZA 119LA 5F16A 3TXFA 1L69A 6LYZA 1D9UA 5APCA 2MECA 4U3XB 4NHTA 1P36A 4EJ4A 192LA 4DT3A 3G3VA 1SLYA 3UONA 110LA 2EKSC 1IY4A 5J7CA 4H9EA 104LA 2LC9A 3VWOA 1GF3A 3N9CA 200LA 3TMWA 3PDSA 4NY5A 1GB3A 2OU9A 1C7PA 1GB7A 148LE 2BQLA 2B6WA 3GULA 5LAGA 2BQFA 4XJGA 4M6DA 1JSFA 3CSQA 4WLXA 4Z41A 1C6MA 178LA 1YAOA 4NSGA 5LYTA 1C6LA 1J1XY 1LHJA 2MEDA 3HUKA 1ALCA 1B5VA 1C6GA 1C45A 2BQGA 4HTKA 1YAQA 3A8ZA 2Y8PA 1OUHA 2XBSA 3A6CY 185LA 1L95A 1L16A 5L3IA 1TCYA 4NWEA 1LJKA 2B6TA 1LGUA 4NGIA 1V7TA 2HULA 115LA 1LYHA 5KXKA 4LZTA 1LZAA 1LZ8A 241LA 218LA 5LVIA 1L51A 135LA 1JUGA 3W6BA 1LW9A 171LA 215LA 5I53A 3HWLA 237LA 3A93A 1L36A 1L45A 262LA 3NY8A 1L92A 1LZ5A 1GFAA 1L47A 103LA 1KW5A 5HMJA 1L11A 1P56A 4P2EA 1GFUA 1GEVA 2ANXA 1QSBA 3GUNA 1L26A 1L48A 1GBXA 1SWZA 1QT3A 1L34A 225LA 1GBZA 1INUA 1JJ3A 1T8GA 4GCFA 4H94A 1L38A 1JISA 1IO5A 240LA 4GLAA 1BB7A 4OWAA 1B9OA 1C43A 1I20A 4BS7A 2XJWA 4OOTA 1SSYA 2OTZX 1CKGA 1L06A 1AT6A 1SX2A 4DDCA 2RB2X 1XGPC 5KXOA 4I7JA 1LMTA 1QTCA 4H1PA 1GBOA 1HHLA 3C8RA 4J1BA 1HEPA 3D3DA 2F2NA 1GAYA 234LA 2I6ZA 3DKEX 4WLTA 1QT8A 1GF8A 1LYIA 1L09A 1LMNA 1C6PA 4DC4A 1DYBA 1LSBA 2EIZC 3CDRA 1BB4A 3TXBA 2ZWBA 1REXA 1L27A 1ZMYL 5KXMA 3JR6A 1A4VA 1KY1A 2BAAA 1UBZA 4YENA 4EPIA 1GFVA 1IORA 2DQIY 1GE1A 2X0AA 1YAPA 4CFPA 3HT7A 1TDYA 3HFMY 3HTGA 5KXSA 4ETEA 2ZILA 5HMVA 2HEAA 3GXKA 2G4QA 1NF5A 1C6BA 1BVXA 1XGTC 2LYMA 1J1PY 4H9BA 4PRQA 4H8XA 2Z12A 4YEMA 1EL1A 1SQ2L 3W6EA 1LHIA 3A3QA 1L67A 1IX0A 188LA 1KXWA 1L60A 1GF9A 3AW7A 2HTXA 1QTBA 4ET8A 2B75A 3SB8A 1XGQC 4O34A 1LSZA 2NTHA 3WH1A 1DXJA 2YDGA 1HEWA 4J7VA 5ILFA 2A7FA 2BLXA 141LA 4E97A 1C68A 4CHXA 2NTGA 209LA 1YKYX 2D91A 1L10A 4WMGA 1BWIA 2DQAA 3WW6A 118LA 1GXXA 1D6PA 232LA 3CDVA 2RBNA 9LYZA 3DMVA 2BQCA 4DQ5A 4WO6A 3A96A 3WU7A 4WM6A 3M3UA 3C7YA 4NIJA 1QDRA 4ETDA 4WO9A 125LA 2MEHA 2FBBA 1VDPA 205LA 1KIPC 1GF5A 1IWWA 1C10A 4A7DA 1WTMA 1L15A 1LYZA 1B7PA 4NHSA 1GFGA 3OE9A 1CTWA 4I7TA 1RFPA 4LFPA 1L21A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 191L A;  1OQM A;  1JEF A;  1IWY A;  2YBJ A;  2DQG Y;  1WQQ A;  3MGW A;  5I14 A;  1P64 A;  1W6Z A;  4LDL A;  3SB6 A;  1T8A A;  1IWZ A;  1L03 A;  2ZQ4 A;  4DQJ A;  1CV5 A;  3AZ6 A;  1L85 A;  3GUJ A;  4WL7 A;  1UUZ C;  2XTH A;  1LZ9 A;  3LZT A;  1WQR A;  1WTN A;  3WVY A;  111L A;  1REY A;  4EKQ A;  3CDQ A;  1C63 A;  1LKS A;  128L A;  3HUA A;  1UA6 Y;  1GF0 A;  1BWJ A;  4I7S A;  2Q0M X;  2Z2E A;  4W53 A;  5KKJ A;  1LYJ A;  4N1C C;  1PZY A;  1T3P A;  1LTM A;  3QE8 A;  1IY3 A;  157L A;  1LJN A;  3B0K A;  1LSF A;  4QDN A;  255L A;  4D9Z A;  4W52 A;  4XEN A;  1GE3 A;  4ARP A;  4HV1 A;  112L A;  2FYC A;  2EPE A;  2B74 A;  4AGA A;  3ULR A;  1JKB A;  4WOA A;  1L12 A;  2B6Y A;  176L A;  1QT7 A;  1CU5 A;  1L33 A;  1XEI A;  4NEB A;  206L A;  5KKI A;  4GN3 A;  4NWH A;  4IAS A;  1D3N A;  2RB0 X;  1C6D A;  3W3E A;  1CUP A;  5APF A;  4G4H A;  2LZT A;  2RH1 A;  1YL0 X;  1GXV 2;  1GWD A;  4L41 A;  5LA5 A;  4H9A A;  2HEC A;  1GPQ C;  5F14 A;  1YQV Y;  5A3Z A;  4XJI A;  3TXD A;  4LGK A;  3L2X A;  2HU3 A;  1KS3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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