3CDOA

Bacteriophage t4 lysozyme mutant r96v in wildtype background at low temperature
Total Genus 62
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRVCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (94-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH4 (83-90)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)S2 (25-28)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdoA00
1L41A 245LA 225LA 1L40A 1OVJA 1QT5A 1L04A 1L72A 3DN0A 1L29A 1C6PA 2B75A 229LA 1L58A 148LE 1QUDA 1L52A 238LA 1D2YA 115LA 3HDFA 4ARQB 4EJ4A 2O4WA 1L97A 4OO9A 4PJZA 1L20A 1CX7A 129LA 4S0WA 4EKPA 1L70A 1G0KA 1LI2A 1P37A 3GUOA 1L71A 1KNIA 1SX2A 1C6MA 1L64A 1P36A 2HUMA 4EPFA 168LA 1L24A 141LA 1C6JA 218LA 2OE9X 1QTBA 1L80A 240LA 120LA 253LA 3HT9A 4EPIA 128LA 3SBBC 2RB1X 1P5CA 1DYBA 167LA 160LA 1L32A 1C68A 5LZMA 1G0GA 1LYJA 233LA 206LA 3C80A 1OWYA 1P46A 1L43A 3OE9A 1L87A 4IAPA 2B72A 1C6LA 3C7ZA 241LA 247LA 2HUKA 1C6NA 1CX6A 1C6EA 1L57A 1P6YA 213LA 3HTBA 1I6SA 3JR6A 4W52A 3RUNA 3HU9A 1CTWA 189LA 3HU8A 145LA 1ZWNA 122LA 1P56A 1B6IA 224LA 237LA 1LGXA 104LA 3EMLA 1L0JA 255LA 1SWZA 3V2YA 1L12A 235LA 2ANXA 5I14A 226LA 157LA 3SB8A 1L63A 2RBPA 4ARQA 211LA 1C69A 2B6ZA 1LGUA 4E97A 1K28A 1L79A 3OE0A 249LA 1C6GA 1LGWA 1CV6A 1NHBA 1PQOA 6LZMA 3HH6A 171LA 1DYCA 172LA 1DYEA 125LA 173LA 1L22A 1CU3A 2F47A 156LA 7LZMA 2QB0B 183LA 111LA 176LA 239LA 1L89A 142LA 1L96A 1DYGA 123LA 1L91A 3SN6R 126LA 1LYGA 1QTCA 184LA 2Z6BA 2OU9A 1PQKA 1QTHA 161LA 175LA 1C6FA 1L07A 147LA 1OVKA 214LA 1OVHA 1L67A 1PQIA 3F9LA 1L38A 4I7SA 1L0KA 2QARC 232LA 3HT6A 4W59A 4W55A 3CDTA 3GULA 1TLAA 248LA 137LA 4I7QA 3FA0A 170LA 200LA 3HDEA 217LA 1SSWA 181LA 3HTDA 1QUHA 3G3XA 1QTVA 1KS3A 1PQJA 1QTZA 4W51A 196LA 1SX7A 2NTGA 1L48A 2RBOA 1L01A 3HUKA 256LA 1L09A 164LA 1L49A 198LA 1G0JA 2B6YA 1DYAA 2NTHA 221LA 227LA 1QT4A 146LA 1CV4A 1L86A 2RBRA 4K5YA 114LA 1C6TA 1L51A 4W57A 1LWKA 1XJTA 3GUKA 3OE8A 1L46A 2Q9EA 1D3JA 1QT8A 3CDQA 1L88A 230LA 3DKEX 2B74A 1L00A 3DN8A 3SB6A 1LPYA 1P7SA 234LA 1ZYTA 2OU8A 2RB0X 3CDVA 1L90A 4ARMB 1L53A 2IGCA 1CU6A 236LA 1CV0A 4YXCA 2RBSA 1PQDA 1LYDA 158LA 144LA 1KW7A 1L54A 1L68A 1L69A 1CU0A 244LA 210LA 2A4TA 3NYAA 4LZMA 254LA 162LA 1C6KA 1C63A 1L10A 3DNAA 3G3WA 1C6AA 1LLHA 2B6XA 261LA 166LA 2OTYX 3GUMA 1D3MA 1L94A 2O79A 182LA 223LA 180LA 138LA 3QAKA 1L47A 197LA 1G1WA 1L03A 2OE7X 1C65A 3HT7A 4I7OA 1C64A 1L31A 1L93A 3PBLA 1P3NA 195LA 1XEPA 3LZMA 4I7NA 215LA 186LA 1CU2A 149LA 1L34A 1G0PA 2ANVA 2RAYX 1LYEA 102LA 2RBQA 3HT8A 1L15A 1T8FA 1L44A 1L18A 1L23A 113LA 140LA 1CUQA 4W56A 3DN4A 4I7RA 3D4SA 130LA 205LA 250LA 3GUJA 4I7JA 2LZMA 4I7LA 1C66A 3HH5A 3L2XA 1ZURA 4EXMA 3VW7A 3DN2A 1JQUA 2RBNA 259LA 159LA 2LC9A 3NY8A 3FI5A 3GUIA 1C60A 262LA 252LA 4ARMA 119LA 1G07A 4DJHA 1L98A 243LA 1C61A 2HULA 2B6TA 1QUOA 4PK0A 1L13A 1L74A 3L64A 1LI3A 1CV5A 3F8VA 1C67A 1L75A 3ODUA 177LA 1C6QA 1QT7A 1L06A 1L92A 1G1VA 1L17A 4I7KA 4W58A 165LA 1DYFA 257LA 118LA 3K2RA 1D3NA 1T6HA 178LA 1T8GA 4DKLA 1LWGA 103LA 2RAZX 1L66A 3C8RA 109LA 1L50A 1LYIA 4I7PA 107LA 1L05A 1L62A 2O7AA 1L37A 3RZEA 3SB7A 2OE4X 1T97A 4I7TA 1L99A 1D2WA 1L11A 1CU5A 1L42A 3C8QA 1G06A 246LA 1DYDA 2F2QA 1L59A 3PDSA 4ARJA 1KY0A 1L77A 1L73A 1C6HA 251LA 4W54A 1L61A 3HH4A 3V2WA 150LA 1JTNA 258LA 3CDRA 1L30A 2B70A 1LI6A 112LA 192LA 1L81A 1L36A 1G0QA 3SB9A 1L85A 1L83A 4ZPUA 1CUPA 139LA 110LA 1D9WA 3C82A 169LA 3DN6A 1JTMA 1WTHA 3HWLA 1L27A 1C6BA 1SWYA 4YXAC 185LA 1QT6A 231LA 1L19A 2L78A 1L65A 1L95A 188LA 1L33A 1C6IA 1L76A 3C7YA 174LA 3NY9A 4LDOA 219LA 228LA 3C81A 1C62A 1QUGA 4EKQA 3HTGA 1G0LA 1LYFA 1P2LA 1QTDA 1CVKA 4DAJA 1CV1A 1L84A 143LA 216LA 1QS9A 151LA 190LA 1CV3A 163LA 1XJUA 2OU0X 4W53A 108LA 2B7XA 1L16A 3HUAA 199LA 3UONA 1L02A 2Q9DA 260LA 155LA 3CDOA 2OTZX 1L45A 1L14A 3DMXA 4GRVA 220LA 1KY1A 1L25A 152LA 1C6DA 1OYUA 3DN3A 2B73A 3SB5A 1L60A 4EKSA 4LDLA 3GUPA 1L39A 1G0MA 1T8AA 4GBRB 4EKRA 3DMZA 2F32A 1LYHA 3HTFA 3G3VA 1P64A 3OE6A 1L55A 3C7WA 4YX7C 222LA 3FADA 1OV5A 201LA 2B6WA 3SBAA 4ARLA 209LA 1L56A 1QT3A 1D3FA 1L26A 1KW5A 242LA 2RB2X 1L21A 1EPYA 3DN1A 127LA 1OV7A 1SSYA 1OWZA 1QSBA 4I7MA 131LA 1C6CA 3GUNA 2LCBA 1PQMA 2CUUA 2OEAX 4LDEA 4ARPA 3C8SA 1L08A 191LA 1QSQA 212LA 3HH3A 1P2RA 1L28A 4AQNA 187LA 1L35A 2RH1A 1L82A 3C83A 1QS5A 3HUQA 1LW9A 3DMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L41A 225LA 1QT5A 1L04A 1L72A 5E4PA 5I4XA 3DN0A 1YKXX 1IOCA 229LA 3BKHA 2F4GA 148LE 4ARQB 4EJ4A 2O4WA 1L97A 4EOFA 1L20A 1UACY 2Z19A 1LPIA 129LA 4ETEA 1B0DA 1IP2A 5T3FA 5APFA 1L71A 4GN5C 3BKVA 1L24A 141LA 2MEEA 4HTQA 4Z46A 120LA 4EPIA 3SBBC 1IWVA 1P5CA 167LA 4DQ7A 135LA 4H9BA 1LYJA 1DI3A 1NDMC 206LA 3C80A 1P46A 5I4WA 3LZTA 1IP3A 3HFMY 4IAPA 2DQDY 3C7ZA 241LA 3B72A 4KXIA 2HUKA 5FEKA 1LKSA 2F30A 1GAZA 3VWOA 1REXA 5ILFA 4MR1A 4B0DA 3HU8A 4TX7A 4DD9A 1C46A 122LA 1P56A 4RLNA 2DQJY 1GBZA 1L12A 235LA 4BAPA 1FLQA 226LA 1BVXA 2XQOA 1OUIA 1L63A 1B9OA 1CJ9A 1JKDA 1C69A 3WULA 4CHXA 1L79A 4G4CA 4LYCA 4NWHA 3HH6A 3A93A 1I20A 1IP5A 1QTEA 3WPLA 5KXRA 208LA 176LA 239LA 1L89A 1JSEA 142LA 4Z41A 123LA 2CWIA 132LA 1HEQA 126LA 1VDQA 1PQKA 1QTHA 175LA 1JEFA 4NFVA 5LAFA 1L07A 1JSFA 4NGJA 1PQIA 154LA 1L38A 4I7SA 2BQNA 1IP7A 4CFOA 2Q0MX 1UC0A 3G3AB 1TLAA 248LA 2D4IA 3FA0A 1JTTL 5IDDA 3WMKA 1SSWA 181LA 2FBBA 4W51A 2Z2FA 3QY4A 2RBOA 3RZ4A 2I6ZA 3HUKA 1KIQC 4D9ZA 4NGZA 164LA 5B59A 1L49A 2NTHA 227LA 5KXWA 4ET9A 114LA 1LKRA 1LSCA 4W57A 1OP9B 4YEOA 3OE8A 2WARA 1L46A 5ILCA 2Z39A 1IY4A 1IP4A 5FELA 5B1GA 3WXTA 1LMPA 1LZAA 1PZYA 3N9CA 230LA 2HEAA 2BQLA 3CDVA 1L90A 3EBAB 1L53A 4W94A 1CKDA 4NSHA 1LJIA 5DN5A 1LYDA 2W1MA 1IX0A 244LA 3WUNA 4RDSA 2A4TA 4P2EA 4NSJA 4LZMA 162LA 1IY3A 1C6AA 1LLHA 1HNLA 2OTYX 1D3MA 1L94A 1J1XY 182LA 2BQCA 5KKIA 180LA 1GE3A 3QAKA 1G1WA 1LSNA 4I7OA 5LVIA 4ML7A 5HMVA 1XEPA 3LZMA 186LA 1CU2A 3WU7A 1LYEA 1B2KA 3CSRA 2RBQA 4TUNA 3HT8A 1L18A 1XSFA 1CUQA 1AZFA 3HH5A 3SP3A 3L2XA 1LZTA 1D0KA 3DN2A 2LC9A 3CT5A 4YM8A 2IHLA 3NY8A 3FI5A 262LA 252LA 4ARMA 119LA 1REZA 1L98A 1LZBA 243LA 2X0AA 1L13A 1L74A 1IC5Y 1LI3A 1CV5A 4NWEA 4GCEA 3ODUA 1KIPC 177LA 1IWWA 1LHIA 1G1VA 1KIRC 1G7LC 1DYFA 3K2RA 4BS7A 1D3NA 1YAOA 5APCA 1CKHA 1GF9A 1C45A 2RAZX 1GDWA 3C8RA 109LA 4WLYA 4I7PA 1HEWA 3GXRA 4DDBA 1NQIA 1NF5A 1D2WA 1L42A 4UWUA 3QNGA 2N5ZA 4H91A 4QDNA 4QY9A 1L73A 1GWDA 2BQBA 1L61A 2ZQ3A 4GCDA 3CDRA 1LMQA 1GFRA 1L30A 4NHIA 1DI5A 1JISA 4ZPUA 1JHLA 4NG1A 1D9WA 3C82A 3HWLA 2MEHA 1NHEA 1GE2A 2Z2EA 4YXAC 4G9SA 1RE2A 1F10A 3A92A 5HLLA 1LMTA 3AW7A 3EXDA 4OWBA 1SQ2L 1LSZA 174LA 3AZ4A 1IWXA 1G0LA 1I56A 1QS9A 151LA 190LA 4ETAA 1XGRC 108LA 4NGIA 1LZ1A 4YOPA 4LZTA 2ZNWY 199LA 1WQOA 3UONA 1FDLY 4IJ4A 260LA 155LA 3CDOA 2OTZX 1JIYA 220LA 1F6SA 1GF6A 3SB5A 1J1OY 5I53A 4B49A 1L60A 3T36A 1CJ8A 3WW5A 4EKRA 2F32A 2YBLA 3G3VA 4XJIA 2HECA 1C7PA 4CGEA 1C08C 1QT3A 2BQEA 1LTMA 1D9UA 4XJGA 1LHJA 3DN1A 1OV7A 4WO9A 4M6DA 1QSBA 131LA 4WOAA 1I1ZA 3CSQA 4HTNA 2FYDA 3CQLA 2OEAX 4LDEA 5KY1A 4NGKA 3C8SA 191LA 1ZVHL 1L82A 2YDGA 3DMVA 245LA 1DI4A 1L40A 1OQMA 4H8XA 1L29A 4PHIA 1LMAA 1L58A 1ALCA 5KXMA 1QUDA 1IORA 4OO9A 1B7RA 4QGZA 1GBOA 1LAAA 4S0WA 4EKPA 1HSWA 5L3HA 1IEEA 1L64A 1P36A 2HTXA 3LN2A 168LA 1FLUA 2OE9X 1LSBA 1LSGA 4HP0A 1GFHA 2RB1X 1YKZX 2YVBA 160LA 5HQ1A 1L32A 1C68A 1G0GA 2DQAA 4C5FA 3WPKA 1OWYA 4GCCA 1L43A 1VDTA 1UIDA 2EIZC 2B72A 1IOQA 5K7OA 1C6NA 1CKCA 1CX6A 2H9KA 1GDXA 213LA 3IWRA 3HTBA 3N9AA 4O34A 1LJNA 3WPJA 1REYA 4NY5A 1YAMA 2NWDX 1GB6A 2BQKA 145LA 4NGOA 1DKJA 1WQMA 1JWRA 1L0JA 1SWZA 3V2YA 1E8LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L41 A;  225L A;  1QT5 A;  1L04 A;  1L72 A;  5E4P A;  5I4X A;  3DN0 A;  1YKX X;  1IOC A;  229L A;  3BKH A;  2F4G A;  148L E;  4ARQ B;  4EJ4 A;  2O4W A;  1L97 A;  4EOF A;  1L20 A;  1UAC Y;  2Z19 A;  1LPI A;  129L A;  4ETE A;  1B0D A;  1IP2 A;  5T3F A;  5APF A;  1L71 A;  4GN5 C;  3BKV A;  1L24 A;  141L A;  2MEE A;  4HTQ A;  4Z46 A;  120L A;  4EPI A;  3SBB C;  1IWV A;  1P5C A;  167L A;  4DQ7 A;  135L A;  4H9B A;  1LYJ A;  1DI3 A;  1NDM C;  206L A;  3C80 A;  1P46 A;  5I4W A;  3LZT A;  1IP3 A;  3HFM Y;  4IAP A;  2DQD Y;  3C7Z A;  241L A;  3B72 A;  4KXI A;  2HUK A;  5FEK A;  1LKS A;  2F30 A;  1GAZ A;  3VWO A;  1REX A;  5ILF A;  4MR1 A;  4B0D A;  3HU8 A;  4TX7 A;  4DD9 A;  1C46 A;  122L A;  1P56 A;  4RLN A;  2DQJ Y;  1GBZ A;  1L12 A;  235L A;  4BAP A;  1FLQ A;  226L A;  1BVX A;  2XQO A;  1OUI A;  1L63 A;  1B9O A;  1CJ9 A;  1JKD A;  1C69 A;  3WUL A;  4CHX A;  1L79 A;  4G4C A;  4LYC A;  4NWH A;  3HH6 A;  3A93 A;  1I20 A;  1IP5 A;  1QTE A;  3WPL A;  5KXR A;  208L A;  176L A;  239L A;  1L89 A;  1JSE A; 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