3CDQA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRSCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdqA00
170LA 3HH3A 1L38A 1L92A 4ARMB 191LA 4I7QA 231LA 3F9LA 3F8VA 196LA 1CTWA 2OU8A 1PQIA 3FI5A 1G0PA 1L83A 2O79A 181LA 3OE6A 3SB9A 229LA 249LA 2HULA 1L21A 112LA 1L64A 1B6IA 1L16A 241LA 1L77A 1P5CA 1L94A 3DN8A 148LE 253LA 180LA 2OTZX 3RUNA 3UONA 1OVJA 251LA 235LA 6LZMA 1DYBA 1C6DA 3SB8A 1L80A 1KNIA 1D3FA 1LYJA 1CV3A 1I6SA 4GRVA 3HT7A 1L52A 1QS9A 1QTCA 4K5YA 1JTMA 3HU9A 1L72A 259LA 1C6TA 1L90A 1LWKA 182LA 213LA 3GUIA 4PK0A 3CDRA 3HH6A 164LA 1SWYA 1L68A 219LA 244LA 3DKEX 1L04A 1L28A 4ARLA 1L51A 1L74A 1QT4A 4YXCA 3C81A 1D9WA 129LA 1CU3A 1G0QA 1C65A 1L75A 1OYUA 1DYDA 1P36A 151LA 103LA 2B73A 4I7MA 118LA 1QT5A 3GUPA 3GUOA 3HWLA 1OVHA 126LA 1L11A 1L33A 218LA 1LI3A 1OV5A 1PQDA 1OWZA 4AQNA 1L45A 115LA 258LA 2RB1X 4DKLA 1L0KA 102LA 142LA 4W54A 3GUNA 3GUMA 123LA 1L65A 146LA 177LA 1EPYA 3HUAA 1D2YA 163LA 1CV5A 3SBBC 4ARPA 1P64A 1LI2A 3OE8A 1G1WA 1L53A 3LZMA 176LA 139LA 1PQOA 228LA 1L86A 1L87A 3HTFA 1PQMA 5I14A 223LA 2RAYX 1L47A 242LA 1L71A 3V2YA 156LA 1C6QA 200LA 250LA 1DYFA 186LA 243LA 1WTHA 1CX7A 1L10A 4DJHA 3HH4A 1LYGA 4I7TA 4EXMA 1L37A 1L06A 2F47A 211LA 1L08A 167LA 1L67A 2B6ZA 3NYAA 247LA 1L42A 3SB5A 1L98A 1L20A 2OE4X 3CDOA 183LA 2LC9A 3DNAA 3DN4A 197LA 3OE9A 158LA 1P56A 201LA 190LA 1LYIA 3C8RA 4W57A 2RBNA 3CDVA 187LA 4W52A 1QTVA 1C60A 3HDFA 1L82A 212LA 2B6YA 178LA 157LA 1QTBA 1C68A 1CU5A 1G07A 3C7ZA 3D4SA 4LDLA 1QUHA 1L48A 2B6XA 1L58A 1LYFA 1L29A 130LA 3DN0A 195LA 210LA 2HUKA 5LZMA 1KS3A 3L64A 119LA 1L60A 184LA 1L43A 4W53A 1CV0A 1L79A 1XJUA 1L40A 3HUKA 1L03A 225LA 1G0JA 3C8SA 237LA 7LZMA 3SB6A 3SBAA 2OTYX 1PQJA 1CVKA 2O7AA 166LA 2RB2X 1L84A 4LDOA 1L46A 1QT6A 3EMLA 173LA 1L18A 1QTHA 110LA 1L19A 254LA 2LZMA 3HUQA 1ZURA 1L91A 1L50A 1L41A 252LA 4I7OA 2OU9A 1T97A 2LCBA 230LA 1SSWA 1L34A 125LA 2L78A 1C6FA 1L76A 3L2XA 1L61A 1C6KA 160LA 3NY8A 2O4WA 3DN1A 3C83A 3HT6A 1CU0A 1P6YA 1QTDA 4IAPA 4ARMA 1C6BA 214LA 3RZEA 205LA 3PBLA 4ARJA 233LA 4I7LA 1LYHA 1P7SA 1CX6A 113LA 2OE7X 1L25A 2RBOA 1JTNA 1LW9A 1C62A 261LA 171LA 4W59A 1L13A 1L99A 1SWZA 234LA 122LA 4DAJA 1TLAA 4LDEA 1C6EA 4W58A 4E97A 1D3MA 1QT3A 4EPFA 1C69A 222LA 1D2WA 152LA 1G0LA 2RBPA 1OVKA 206LA 1L30A 1L56A 2OE9X 108LA 2OU0X 1L14A 1L66A 4EKSA 4ARQB 1L55A 1LI6A 3VW7A 1K28A 128LA 2B72A 3HTGA 2RAZX 248LA 3GULA 1KY0A 1LYDA 140LA 1L05A 4YXAC 1T8GA 2F32A 1L15A 185LA 3K2RA 1P46A 1L44A 1XJTA 1QT7A 2ANXA 4EKQA 1L31A 159LA 1G0MA 141LA 217LA 2B6WA 1C64A 1C6JA 1L0JA 1KW7A 256LA 3DN3A 1P37A 3DN6A 3FADA 1L02A 104LA 3SN6R 127LA 3OE0A 109LA 1L17A 137LA 226LA 1L35A 1C63A 155LA 169LA 2Q9DA 1T6HA 161LA 174LA 189LA 144LA 4EKPA 198LA 1L63A 107LA 175LA 3DMVA 3SB7A 2RBSA 1L89A 2B75A 1JQUA 1CU6A 239LA 1LYEA 1QSQA 1XEPA 1PQKA 1DYEA 1C6HA 240LA 172LA 2RBRA 1SX7A 4OO9A 209LA 3HT8A 1LGUA 3GUKA 1L12A 1L73A 1LLHA 1DYGA 2B74A 4ZPUA 232LA 227LA 1CUPA 3G3VA 1C6PA 4ARQA 1P3NA 1CV6A 3GUJA 2A4TA 4EPIA 2QARC 1ZYTA 3CDTA 3DMZA 3JR6A 1L95A 4I7KA 4PJZA 1QSBA 2B6TA 3ODUA 192LA 3HDEA 236LA 138LA 1L96A 2RB0X 1KW5A 1L24A 1CU2A 1L32A 1LWGA 3HTDA 4GBRB 4I7SA 1ZWNA 1T8FA 3QAKA 1G0KA 1L27A 3V2WA 1G1VA 257LA 145LA 3HH5A 246LA 3C82A 1C6CA 2B70A 2NTHA 2Z6BA 1D3JA 147LA 3HU8A 2RH1A 1L54A 1LGXA 150LA 120LA 3HT9A 255LA 4I7PA 1G06A 1C6MA 4I7RA 1L00A 1CUQA 1L23A 1L62A 1L88A 188LA 1P2LA 1C6IA 4W51A 2RBQA 1L39A 1L97A 215LA 1L36A 1DYAA 1L09A 4W55A 4EJ4A 1SX2A 1QUGA 149LA 262LA 4W56A 3C7WA 2B7XA 2NTGA 1T8AA 1LPYA 165LA 3C80A 1L07A 1L01A 1D3NA 1SSYA 4I7JA 1C66A 1P2RA 1C67A 1QS5A 131LA 3CDQA 1L26A 3NY9A 4LZMA 2CUUA 199LA 2IGCA 1C6LA 1OV7A 1L49A 1CV1A 3HTBA 3C8QA 143LA 2ANVA 168LA 3G3XA 1NHBA 1L85A 3FA0A 1L22A 4S0WA 2OEAX 162LA 221LA 4I7NA 2F2QA 114LA 260LA 1QUDA 111LA 1C6AA 3DN2A 1CV4A 220LA 1C6NA 3DMXA 1C61A 1L81A 224LA 216LA 2QB0B 1L59A 245LA 3G3WA 1QT8A 1L93A 1L69A 1QUOA 1L57A 1G0GA 1C6GA 1OWYA 2HUMA 238LA 2Q9EA 3C7YA 1DYCA 1L70A 1KY1A 1LGWA 4EKRA 3PDSA 1QTZA 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J0LA 3WUAA 1LKRA 4NGIA 191LA 4G4CA 4H9BA 4NHTA 3P68A 1OUIA 2DQIY 2O79A 1F6SA 3SB9A 3OE6A 4XN6A 1L21A 1CKGA 1J1XY 1BB3A 1P5CA 1LZ8A 4H8XA 3IJUA 180LA 1GWDA 2N5ZA 1C6DA 132LA 3TMXA 1L80A 1KNIA 2BQBA 1GB9A 2HU3A 1IOQA 1CV3A 4W96A 4NY5A 1VAUA 4K5YA 1JTMA 1LZCA 1LYZA 1C6TA 4DD0A 182LA 3A6BY 1BWHA 1IWZA 5F14A 3A67Y 4ARLA 1GF6A 1VDQA 1YILA 1LSCA 1CU3A 1OYUA 4B0DA 4I7MA 1QT5A 3HWLA 3P64A 1L33A 2ZWBA 218LA 2ZNWY 3LN2A 3LZTA 1LI3A 2F4GA 1OV5A 1OWZA 4AQNA 1L45A 1GF3A 2RSCA 1O23A 1DQJC 4CFPA 4H91A 1IP4A 1L65A 1FLYA 5IDDA 1EPYA 3HUAA 5LVGA 1NBYC 3SBBC 2VB1A 1P64A 3AGHA 3OE8A 1GEZA 1LMTA 1DZBX 1PQOA 2Z19A 5LA5A 1OUBA 1UIHA 3HTFA 1L86A 4H9FA 1OUEA 4GCEA 1L47A 3A8ZA 242LA 1HEMA 5ILFA 3V2YA 1YL1X 4HJZA 1CX7A 1IC7Y 4DJHA 3HH4A 1D6PA 1LYGA 4I7TA 1L37A 1L06A 211LA 4O34A 1Z55A 3LYOA 167LA 2B6ZA 4NHSA 4PPOA 4Z3MA 2BQLA 247LA 1L42A 3A34A 4RW2A 1GE3A 4ET8A 1L20A 4AXTA 4QGZA 3DNAA 3A95A 197LA 3OE9A 158LA 1BQLY 201LA 4NG8A 4W52A 3HDFA 1H87A 2B6YA 178LA 157LA 3D4SA 3WVYA 1L48A 1L58A 1LYFA 1QTEA 2MECA 119LA 1LHHA 2HU1A 1BVKC 3W6DA 5KXMA 3OJPA 1CV0A 2IHLA 1LKSA 3C8SA 4WOAA 7LZMA 1HMKA 4H90A 1QT6A 4LZTA 173LA 1L18A 5B07A 3M3UA 1L19A 1L91A 1L41A 5HMVA 2OU9A 1LPIA 1T97A 3K3TA 1YAOA 2YBJA 4XJDA 3HFMY 4XJFA 3L2XA 3P66A 1L61A 1CJ6A 1B0DA 1GEVA 4IAPA 1QTDA 1GB8A 214LA 1REZA 4TSCA 1SLYA 4OWEA 1XEIA 5T3FA 3RW8A 1YAMA 5KXYA 4NGWA 1C62A 1OUFA 3AZ4A 2F2NA 1XGTC 4LDEA 4HPIA 5KY1A 1UBZA 5LVJA 5I4XA 4A7DA 2YSSC 4TSBA 1C69A 3WULA 3W6FA 1LZTA 5KXKA 1OVKA 1L30A 3AYQA 1L14A 1L55A 1LHKA 248LA 3GULA 1UIAA 2F32A 185LA 141LA 2B6WA 4ET9A 1OUHA 1IX0A 4NGOA 3DN3A 1KIQC 104LA 3OE0A 5IHGA 109LA 1WQPA 1YQVY 1LMAA 4OW1A 1RI8B 161LA 174LA 198LA 4WM3A 1QSWA 175LA 3TXIA 1B7PA 4HSFA 2HEBA 1QSQA 240LA 1LZEA 5B1FA 3HT8A 4DD9A 1T3PA 1YKYX 1HEWA 1V7SA 1L12A 3J4GA 1HSXA 4OWAA 1L73A 1DYGA 232LA 4LT1A 5FEKA 1YANA 4HTQA 1UICA 5E4PA 2YBIA 2FYDA 1P3NA 4PGJB 1G7HC 1P2CC 2QARC 1ZYTA 3CDTA 154LA 1HEPA 3JR6A 2BQCA 1YAQA 3M18B 5KXZA 3ODUA 2DQDY 2HECA 138LA 2F30A 1TCYA 4I7SA 4GBRB 2HEAA 2F4AA 1ZVHL 5JENB 1IR7A 1YROA 145LA 4XADA 1C6CA 2MEGA 2DQCY 2NTHA 2Q0MX 5KXSA 3HT9A 4I7PA 1G7MC 1G06A 4DDBA 1AKIA 2G4QA 1L62A 1C08C 188LA 1P2LA 4ETDA 1L39A 1L97A 2Z38A 1DYAA 4BAPA 4W55A 3T6UA 2BQMA 4NGYA 1LYSA 1UCOA 1WQMA 1DI5A 5C6LA 165LA 1D3NA 1SSYA 1LSDA 1IP7A 3AGGG 1C67A 3B0IA 207LA 4LFXA 2XJWA 4HTKA 143LA 3TXFA 4YM8A 1L85A 3FA0A 4S0WA 4PHIA 1BWJA 221LA 4I7NA 4KT3A 114LA 2BQEA 1C6AA 220LA 2H9JA 4UWVA 1DXJA 1FDLY 4NGZA 1L69A 1QUOA 2D6BA 5I4WA 1CKDA 5LYMA 1LTMA 2HUMA 1LZ1A 238LA 1DYCA 1KY1A 1F6RA 4EKRA 1GF9A 4BAFA 4WG1A 4GLAA 1LSAA 4I7QA 4ETCA 5FSTA 2MEFA 1QDRA 196LA 1CTWA 5LVKA 1PQIA 1G0PA 1L83A 1GXV2 4CFOA 229LA 249LA 4WM6A 1JTTL 1HNLA 112LA 2ZIJA 1B6IA 2LYOA 1HFYA 4WM2A 1LZNA 253LA 2OTZX 3QNGA 1ALCA 1FN5A 1D3FA 2LYMA 5LIOA 1ZVYB 1WQNA 1D9UA 1LWKA 1BGIA 4PK0A 2YBMA 3HH6A 4XJGA 4GCDA 1UACY 1LZ4A 3DKEX 3RT5X 1L28A 1L51A 4GCCA 1VEDA 129LA 4LYBA 2EPEA 1DYDA 4OWHA 3HBEX 1NHEA 2DQEY 4OWBA 5DM9A 4HP0A 3RU5A 2AUBA 4LYOA 1E8LA 102LA 3RNXA 4OWCA 3GUNA 1CKCA 1JWRA 3GUMA 123LA 146LA 1B5YA 1G7JC 177LA 3AZ6A 1VDPA 4WO9A 2CGIA 1BB4A 3TXKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J0L A;  3WUA A;  1LKR A;  4NGI A;  191L A;  4G4C A;  4H9B A;  4NHT A;  3P68 A;  1OUI A;  2DQI Y;  2O79 A;  1F6S A;  3SB9 A;  3OE6 A;  4XN6 A;  1L21 A;  1CKG A;  1J1X Y;  1BB3 A;  1P5C A;  1LZ8 A;  4H8X A;  3IJU A;  180L A;  1GWD A;  2N5Z A;  1C6D A;  132L A;  3TMX A;  1L80 A;  1KNI A;  2BQB A;  1GB9 A;  2HU3 A;  1IOQ A;  1CV3 A;  4W96 A;  4NY5 A;  1VAU A;  4K5Y A;  1JTM A;  1LZC A;  1LYZ A;  1C6T A;  4DD0 A;  182L A;  3A6B Y;  1BWH A;  1IWZ A;  5F14 A;  3A67 Y;  4ARL A;  1GF6 A;  1VDQ A;  1YIL A;  1LSC A;  1CU3 A;  1OYU A;  4B0D A;  4I7M A;  1QT5 A;  3HWL A;  3P64 A;  1L33 A;  2ZWB A;  218L A;  2ZNW Y;  3LN2 A;  3LZT A;  1LI3 A;  2F4G A;  1OV5 A;  1OWZ A;  4AQN A;  1L45 A;  1GF3 A;  2RSC A;  1O23 A;  1DQJ C;  4CFP A;  4H91 A;  1IP4 A;  1L65 A;  1FLY A;  5IDD A;  1EPY A;  3HUA A;  5LVG A;  1NBY C;  3SBB C;  2VB1 A;  1P64 A;  3AGH A;  3OE8 A;  1GEZ A;  1LMT A;  1DZB X;  1PQO A;  2Z19 A;  5LA5 A;  1OUB A;  1UIH A;  3HTF A;  1L86 A;  4H9F A;  1OUE A;  4GCE A;  1L47 A;  3A8Z A;  242L A;  1HEM A; 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