3CDQA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRSCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdqA00
2ANXA 256LA 4I7LA 1DYGA 2F2QA 2O79A 1P56A 103LA 201LA 251LA 4W58A 4ARMB 1DYDA 1ZURA 1CUQA 260LA 3OE0A 4ARJA 1KY1A 108LA 2OE9X 3DN0A 2RB0X 261LA 2B6YA 4I7JA 2RAYX 3OE6A 1L25A 2OU9A 1KNIA 4EJ4A 3D4SA 1LYGA 4AQNA 1PQMA 144LA 1QUOA 4K5YA 1L05A 230LA 3GUOA 1C63A 255LA 1D2WA 1G07A 238LA 211LA 3SB9A 223LA 1C6JA 1QSQA 1QTZA 174LA 3G3VA 1EPYA 1L91A 231LA 2QARC 1QUDA 1D3JA 3HH4A 4W54A 1CV1A 1LW9A 1L04A 1XJUA 3HTGA 1L43A 1C67A 1G1VA 3HH3A 4ARQB 2NTGA 1L45A 2LCBA 3VW7A 140LA 1L41A 1L80A 1LGUA 4I7RA 3SB8A 2OTZX 1KS3A 2OE7X 4W57A 3SB5A 182LA 1XEPA 3F8VA 3HTFA 246LA 3CDVA 2Z6BA 1L57A 155LA 3HT7A 1P5CA 221LA 228LA 1C6GA 3F9LA 1LWKA 1L93A 130LA 1CU5A 3FA0A 3ODUA 1CU3A 1QT7A 1L70A 4EPIA 1L73A 1LWGA 1QT3A 1P2RA 1L67A 1L03A 4DJHA 1LGWA 1CU0A 122LA 1T8FA 3C7ZA 2CUUA 157LA 1L53A 142LA 178LA 1L82A 3HDEA 151LA 1KW5A 1G0MA 1G0LA 1L83A 3K2RA 1PQIA 104LA 239LA 187LA 1C6QA 4W51A 1L62A 1LI3A 1CV3A 1JTMA 3HH6A 1L36A 3HT8A 107LA 1L88A 4LDOA 3HH5A 3RUNA 1L31A 3SN6R 3G3WA 1L26A 1PQDA 3HTDA 1L65A 2B73A 3PDSA 4W52A 170LA 131LA 1L42A 3DMZA 2B6XA 229LA 2B6WA 1DYEA 259LA 3OE8A 1L27A 241LA 112LA 232LA 1G0KA 1LYEA 162LA 3C8RA 1C6CA 3DN3A 1L58A 3HWLA 5I14A 209LA 3HUKA 1T97A 1SX2A 3DMVA 235LA 1P7SA 165LA 227LA 137LA 1L59A 3C80A 4LDLA 1DYAA 1L11A 3HUAA 1C65A 4YXAC 4EKSA 1P46A 3DN4A 1L18A 3LZMA 217LA 1PQOA 1L02A 4I7PA 2B7XA 1L09A 222LA 1QTCA 216LA 2LZMA 1L50A 3DN1A 169LA 1B6IA 1C6EA 1QTBA 1L17A 3NY8A 1L29A 4EKPA 3C83A 1L95A 3DNAA 242LA 1CU6A 184LA 1P36A 199LA 262LA 1LYHA 161LA 234LA 191LA 2B72A 185LA 1LPYA 1QS5A 3RZEA 4GRVA 2OTYX 1C60A 198LA 190LA 2QB0B 6LZMA 3GUKA 1L39A 3DN6A 1OYUA 1JTNA 2RBPA 3HT9A 1D3NA 2B75A 2Q9DA 192LA 1T8AA 3GUNA 128LA 1G0PA 1L79A 145LA 233LA 3DMXA 236LA 2RBQA 1D3FA 1L51A 158LA 214LA 4OO9A 1CV4A 1L68A 2OU8A 1OWYA 1P6YA 1L01A 148LE 1L54A 1QT5A 210LA 1C68A 1L44A 1L12A 2HUKA 1L28A 1L15A 183LA 1G0JA 3DKEX 2O4WA 1C6HA 3NY9A 2B74A 1NHBA 4YX7C 1C6TA 215LA 1CV6A 1L81A 1L77A 4W56A 1L32A 1T8GA 1LYDA 1OWZA 4PK0A 1L24A 2Q9EA 258LA 4ARLA 245LA 127LA 1LYFA 3CDTA 4S0WA 188LA 4GBRB 138LA 1C6NA 2RBOA 149LA 1L52A 4W55A 139LA 243LA 3C8QA 1LI2A 1OV7A 247LA 200LA 2ANVA 1L66A 1QTDA 1D2YA 3FADA 225LA 1L98A 4DKLA 1QT8A 1L74A 1C62A 1L97A 1L16A 2LC9A 2B6TA 1WTHA 113LA 1QS9A 3NYAA 2B6ZA 1L92A 1L75A 1L21A 1L76A 1OVKA 3CDOA 4I7QA 1QUHA 1P37A 1G1WA 253LA 1TLAA 141LA 252LA 197LA 1L64A 1DYFA 240LA 1L87A 249LA 1L40A 7LZMA 237LA 4I7MA 1L23A 168LA 3C8SA 3PBLA 3HUQA 1C6AA 1P2LA 1LYJA 2L78A 4W53A 2OU0X 1L0JA 1L37A 1L86A 1L99A 3L64A 2RBSA 1C6KA 3SB6A 250LA 2NTHA 3HTBA 1L61A 212LA 1L30A 4ARPA 2RB2X 115LA 150LA 1D9WA 1JQUA 4ARMA 1C6LA 4EPFA 244LA 163LA 186LA 3OE9A 1L06A 1OVHA 3GUIA 2RB1X 3L2XA 4EKQA 152LA 1L20A 1L38A 220LA 4EKRA 2F47A 1CVKA 110LA 171LA 1D3MA 1C6FA 206LA 1L33A 3GUMA 175LA 180LA 4PJZA 146LA 1L49A 1L90A 2OEAX 147LA 3HDFA 1CU2A 1K28A 1SSYA 1L84A 189LA 1L60A 2A4TA 111LA 1G0QA 1KW7A 1LGXA 1CX7A 1L48A 3SBBC 3SB7A 4ARQA 1QSBA 1P3NA 1LI6A 213LA 176LA 1OV5A 3C7YA 1QT6A 4YXCA 1CV0A 1L71A 3G3XA 3V2WA 1L00A 143LA 3UONA 177LA 125LA 4I7TA 1L46A 1L94A 160LA 1L72A 205LA 5LZMA 1OVJA 1T6HA 3GUJA 3DN8A 1G06A 3QAKA 119LA 248LA 1CTWA 3EMLA 3DN2A 1SWZA 3HU8A 4I7OA 3JR6A 109LA 224LA 1KY0A 3V2YA 4W59A 4I7SA 1L10A 1L13A 1C64A 1L55A 3HT6A 218LA 2B70A 1L22A 114LA 1CX6A 1DYCA 254LA 3C81A 1C6MA 3CDQA 120LA 172LA 219LA 173LA 1L0KA 118LA 102LA 196LA 2IGCA 2O7AA 4DAJA 4IAPA 4LZMA 1ZWNA 1L56A 2RBRA 1DYBA 2RAZX 4EXMA 1C61A 3CDRA 257LA 126LA 1L08A 1CV5A 4E97A 1PQJA 4ZPUA 1QTVA 2RBNA 226LA 1L34A 2OE4X 2HUMA 1I6SA 3GUPA 3GULA 1SSWA 3FI5A 1L47A 167LA 1SWYA 1C6PA 195LA 1L35A 1SX7A 4LDEA 2RH1A 2HULA 1L07A 1L96A 3HU9A 3C7WA 123LA 164LA 1QUGA 1C6IA 1L69A 1LYIA 1P64A 4I7KA 166LA 1LLHA 1QT4A 1C66A 1L89A 1C6DA 1C6BA 159LA 4I7NA 156LA 129LA 1C69A 1PQKA 1G0GA 1CUPA 1L14A 181LA 1L63A 1QTHA 2F32A 1L85A 1XJTA 1L19A 3C82A 3SBAA 1ZYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4PA 4I7LA 1GBYA 4DD1A 4GN5C 5I53A 1GB0A 1CJ8A 4I7JA 1B7QA 2OU9A 1IR7A 4EJ4A 1OP9B 5LYTA 5APCA 1L05A 3HFMY 4NGIA 1C63A 255LA 1QSQA 153LA 1LJNA 5D5FA 5KXNA 1EPYA 4DD0A 4TUNA 2QARC 1QUDA 3WMKA 4W54A 3RT5X 3B0KA 5M1YA 3T6UA 4J7VA 1L43A 1C67A 4ARQB 2MEBA 1ZMYL 2NTGA 3A96A 4MR1A 4YENA 1IY4A 4TWSA 1OUIA 5DL9A 2H5ZA 3VW7A 2EKSC 140LA 1L41A 1LGUA 2OTZX 3CT0A 3CDVA 1O23A 2HUBA 5B05A 1C6GA 4ET9A 1DKKA 1L93A 130LA 5B1FA 2YBNA 3TMVA 1VAUA 1REXA 1QT7A 3EXDA 1GEZA 4HJYA 3TXBA 122LA 3C7ZA 2CUUA 1JKAA 3TMUA 1FDLY 1L82A 3HDEA 1KW5A 1LSNA 4M4OA 239LA 1LSBA 1LSDA 5I54A 4GCFA 2HU1A 4YEOA 2D4KA 1B5ZA 5II3A 4KT3A 4NWEA 3RUNA 1HEMA 1C7PA 1OUGA 3HTDA 1RJCB 2BLYA 229LA 2B6WA 5E9RA 1LAAA 1B5XA 3C8RA 2MEDA 3WVYA 4AXTA 3HWLA 1HF4A 1T97A 4Z3MA 3DMVA 235LA 1P7SA 3C80A 1LJJA 2VB1A 1C65A 1P46A 4HSFA 2ZYCA 5HMVA 2B7XA 222LA 216LA 5FDJA 1FN5A 1GXXA 1UC0A 1TEWA 5F14A 4J1BA 5F9XA 3DNAA 1AT5A 242LA 262LA 161LA 2BQLA 3W6AA 1GDWA 1IC4Y 1QIOA 2OTYX 190LA 5LYZA 1L39A 1IY3A 1OYUA 1LTMA 2HEDA 3W6CA 2CWIA 128LA 2Q0MX 3A67Y 1IOTA 1UICA 4B1AA 3P68A 3A94A 4G9SA 1EQ4A 3CSRA 3D9AC 1OWYA 1L44A 2BQOA 4CJ2A 3LN2A 183LA 2YBLA 5KXMA 1IC7Y 4WLDA 1GE3A 2MEGA 1NHBA 4WM5A 4YX7C 1GWDA 1C6TA 215LA 5DM9A 1L81A 4LGKA 5KKIA 1LSAA 1L32A 1LOZA 1LSPA 2FBBA 4NHQA 4PK0A 1L24A 4LT2A 1LZGA 1GD6A 3WL2A 3WPJA 1LI2A 247LA 1BB5A 4UWUA 4YF2A 225LA 2FYCA 1DZBX 4DKLA 4H8XA 4ETCA 4Z46A 1YAOA 3FE0A 4LYZA 2YSSC 3LYZA 4IJ4A 1QTKA 1LMAA 1HSWA 1IWYA 3WUMA 2F2NA 1DPWA 1P37A 1IIZA 141LA 1XEJA 1YANA 1CKCA 3GXRA 3CSZA 1L87A 4ET8A 1TDYA 7LZMA 1ZVYB 1OQMA 1QUSA 3HBHA 3PBLA 3HUQA 1P2LA 1LZTA 2L78A 1UIDA 2OU0X 1L37A 1AKIA 2H9JA 3L64A 3SB6A 5C6LA 1GBSA 3ZVQA 1C08C 4ARPA 150LA 1JQUA 3LYOA 4OWHA 5IDDA 1C6LA 1IWVA 6LYTA 1L06A 1OVHA 3GUIA 1E8LA 3L2XA 4WO6A 4H8ZA 4HTKA 4ETEA 110LA 171LA 2MEFA 4QEQA 180LA 2YBHA 4PJZA 1G7HC 1L49A 147LA 3TXEA 3HDFA 1SSYA 1L84A 4B49A 1D0LA 1GF0A 5FELA 1KW7A 1P2CC 3WU7A 4E3UA 1CX7A 1JKCA 4ARQA 1LI6A 213LA 4LYBA 1GFHA 1QT6A 1CV0A 3V2WA 1L00A 1HHLA 3UONA 5KKJA 125LA 2DQCY 4I7TA 2YBJA 1L72A 205LA 1REZA 4NGYA 1JSEA 5LZMA 4NG1A 3AW6A 3GUJA 3TXIA 248LA 4W96A 3IWRA 2YDGA 2MEIA 109LA 1LMOA 1NHEA 1L10A 1L55A 3WXUA 1L22A 114LA 1YKYX 1LSEA 3W3EA 1GB5A 4OWAA 1WQOA 196LA 4DD7A 5LIOA 1XSFA 4IAPA 1ZWNA 2RBRA 1DYBA 2RAZX 1C61A 257LA 1L08A 1LHJA 1QTVA 4X3BA 1I6SA 1INUA 208LA 2CJLA 3GUPA 4XYYA 1SSWA 1C6PA 4H9FA 1C46A 1L96A 4UWNA 4BADA 1L69A 1LYIA 1JKDA 4I7KA 3QY4A 166LA 1QT4A 1BB3A 4NSIA 1C6BA 1LZEA 3G3AB 135LA 1BWHA 129LA 1IC5Y 1LHKA 3ATOA 1PQKA 4WLXA 3C82A 1G7IC 3SBAA 2ZNWY 4RLMA 1NDGC 1DYGA 3CB7A 1LJGA 3WXTA 4RW2A 2Z12A 1KIPC 1WVUA 3BKHA 1UBZA 3OE0A 2RSCA 4ARJA 108LA 4NSJA 4M6DA 2RAYX 3OE6A 1L25A 4PJ2C 1NBZC 2MEAA 1PQMA 5C6JA 3AYQA 1LZBA 1LHMA 1QUOA 1BB7A 2NWDX 223LA 3A92A 174LA 1UIAA 2BQKA 4GCCA 1CV1A 1DPXA 3HH3A 2ZQ3A 4LT1A 4TTDA 4EOFA 5LA8A 2LCBA 4H9IA 3A3QA 4DWXA 1J1OY 1IP2A 4I7RA 2BAAA 3SB8A 1KS3A 4W57A 2F4GA 5LVGA 2BQGA 5HQ1A 1QSWA 246LA 2W1LA 194LA 3F9LA 1GBOA 4OWEA 1LWKA 1WQQA 4FJRA 1T3PA 5KXSA 2MEEA 1LZ1A 2PC2A 4XJGA 3B0OA 4WM1A 2CDSA 1LGWA 1T8FA 4H9EA 2HEFA 132LA 1HC0A 5F81A 3LHMA 1HNLA 1GAZA 151LA 1CKDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G4P A;  4I7L A;  1GBY A;  4DD1 A;  4GN5 C;  5I53 A;  1GB0 A;  1CJ8 A;  4I7J A;  1B7Q A;  2OU9 A;  1IR7 A;  4EJ4 A;  1OP9 B;  5LYT A;  5APC A;  1L05 A;  3HFM Y;  4NGI A;  1C63 A;  255L A;  1QSQ A;  153L A;  1LJN A;  5D5F A;  5KXN A;  1EPY A;  4DD0 A;  4TUN A;  2QAR C;  1QUD A;  3WMK A;  4W54 A;  3RT5 X;  3B0K A;  5M1Y A;  3T6U A;  4J7V A;  1L43 A;  1C67 A;  4ARQ B;  2MEB A;  1ZMY L;  2NTG A;  3A96 A;  4MR1 A;  4YEN A;  1IY4 A;  4TWS A;  1OUI A;  5DL9 A;  2H5Z A;  3VW7 A;  2EKS C;  140L A;  1L41 A;  1LGU A;  2OTZ X;  3CT0 A;  3CDV A;  1O23 A;  2HUB A;  5B05 A;  1C6G A;  4ET9 A;  1DKK A;  1L93 A;  130L A;  5B1F A;  2YBN A;  3TMV A;  1VAU A;  1REX A;  1QT7 A;  3EXD A;  1GEZ A;  4HJY A;  3TXB A;  122L A;  3C7Z A;  2CUU A;  1JKA A;  3TMU A;  1FDL Y;  1L82 A;  3HDE A;  1KW5 A;  1LSN A;  4M4O A;  239L A;  1LSB A;  1LSD A;  5I54 A;  4GCF A;  2HU1 A;  4YEO A;  2D4K A;  1B5Z A;  5II3 A;  4KT3 A;  4NWE A;  3RUN A;  1HEM A;  1C7P A;  1OUG A;  3HTD A;  1RJC B;  2BLY A;  229L A;  2B6W A;  5E9R A;  1LAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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