3CDQA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRSCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdqA00
3HU9A 2RBOA 1G0KA 1L19A 4EKSA 3CDRA 1L21A 185LA 1QTVA 1CU3A 1C6CA 1C6QA 187LA 1L50A 1C65A 1L76A 1QS9A 1L77A 1L11A 1PQIA 217LA 2OU8A 1C6AA 2ANXA 3SB7A 178LA 1D2WA 163LA 1D3NA 148LE 3G3VA 3CDVA 3GUKA 1L66A 3SB5A 3K2RA 1L85A 2LC9A 254LA 2RBRA 110LA 228LA 1G06A 1L63A 140LA 225LA 1L98A 119LA 102LA 157LA 6LZMA 209LA 3GUOA 239LA 1QT4A 183LA 1CV0A 1L47A 3DN6A 3V2YA 1L41A 128LA 3C83A 198LA 1CV6A 2B6WA 131LA 127LA 151LA 195LA 1L29A 181LA 2RBSA 3DMXA 1C69A 1L00A 3CDOA 1LPYA 161LA 1P36A 2RBQA 4GBRB 1LYDA 1T8GA 2B7XA 1D2YA 107LA 173LA 2Q9DA 1QT7A 4LZMA 3HH3A 1L46A 2O79A 1CX7A 2OE4X 3HH4A 1DYBA 4ARPA 1LYEA 1SSWA 149LA 171LA 4GRVA 3C8SA 2B6YA 1L20A 1NHBA 1QTHA 1L0JA 4W59A 1L93A 1T8AA 4W53A 2B70A 196LA 1G0LA 243LA 1LGWA 215LA 2B6ZA 2HULA 1CU6A 2OTYX 1SSYA 3DN8A 3DNAA 4DAJA 120LA 210LA 1L48A 252LA 142LA 1L86A 1G0JA 1L38A 2OE9X 122LA 1LI2A 4I7KA 3OE0A 235LA 1QTZA 3FADA 1CUPA 1L39A 2RH1A 1L79A 1L12A 206LA 1C6KA 1JQUA 2B73A 1K28A 2OU0X 1LWGA 2Q9EA 1KY1A 1L80A 1T6HA 1G1VA 3C7ZA 137LA 174LA 3F8VA 175LA 1P64A 1L94A 176LA 1L17A 3ODUA 1DYDA 2ANVA 1KW5A 3C8RA 3HWLA 186LA 1PQOA 237LA 1L02A 3SB9A 4W54A 4ARQB 1OYUA 1P46A 1CUQA 1ZURA 1L26A 1L60A 1L74A 1L68A 2QB0B 3PDSA 1L96A 130LA 3PBLA 1L89A 4EKPA 224LA 3G3XA 2RBNA 1XEPA 230LA 1ZYTA 2RB0X 1C6MA 214LA 4EPFA 1OVKA 221LA 4S0WA 1L01A 249LA 167LA 1L54A 192LA 233LA 1L08A 170LA 1DYAA 3HTGA 1L07A 1T8FA 1C64A 232LA 3UONA 3HT7A 2LZMA 1PQKA 4ARJA 1L09A 1D3MA 3HUAA 2O4WA 1C67A 4YXCA 1ZWNA 245LA 4EPIA 241LA 1C6DA 1LYFA 2HUMA 231LA 4I7SA 1CV1A 4EXMA 155LA 4I7LA 1D3JA 1G07A 1C6TA 1JTMA 143LA 1DYCA 4ARQA 1L56A 160LA 1PQJA 1OV7A 1L35A 262LA 1G0GA 118LA 3GUPA 3HUKA 212LA 1KW7A 218LA 1P37A 2B6XA 2O7AA 3C7WA 4I7OA 111LA 1C6HA 1G0PA 3OE6A 1L10A 1C6IA 156LA 2OTZX 3SBBC 1L18A 1L52A 216LA 1DYGA 1L51A 4ARLA 5I14A 138LA 3HTDA 261LA 1L23A 4W56A 4AQNA 1L81A 123LA 1L33A 145LA 3FI5A 1CV4A 1L44A 1KS3A 1L73A 1C6PA 3SB8A 1L99A 1SWYA 1L15A 1L72A 3HH5A 3HU8A 1WTHA 3HT9A 114LA 3DN2A 3CDQA 113LA 1TLAA 177LA 250LA 4ARMB 146LA 199LA 180LA 4I7QA 1I6SA 242LA 1PQDA 244LA 1L92A 172LA 182LA 1L06A 3F9LA 229LA 1C68A 3NY8A 1L05A 1L59A 3C82A 1PQMA 3V2WA 1C6EA 1C6BA 1JTNA 2RAYX 1L42A 3D4SA 1G0MA 1QUGA 1QTCA 3HT6A 3GUIA 4I7NA 4DKLA 3LZMA 1L88A 4DJHA 238LA 3JR6A 3NYAA 240LA 1L90A 2B72A 1P7SA 1C60A 201LA 158LA 4OO9A 4I7TA 1L62A 227LA 1SX7A 1L14A 1L69A 4YX7C 1P2LA 1L83A 1B6IA 3HH6A 1LLHA 1QUHA 2RBPA 3DN0A 1L31A 4ARMA 1CTWA 1C66A 1L57A 3GUNA 2RAZX 1CU2A 4EKRA 1C6NA 4I7PA 213LA 2F2QA 1L58A 1LGXA 126LA 162LA 3HDFA 1L71A 4I7RA 234LA 2B74A 1G1WA 1P5CA 3HT8A 1L64A 2B75A 184LA 1L28A 1L0KA 1L67A 226LA 247LA 1C6FA 251LA 2HUKA 1LI6A 1OV5A 1L91A 1QUDA 1L75A 1D3FA 4W58A 1L37A 3HTFA 248LA 2RB1X 2NTGA 4EJ4A 7LZMA 4W55A 3C8QA 2OU9A 1QTBA 1C6GA 115LA 4IAPA 2F32A 1L40A 236LA 3SB6A 1D9WA 3DMVA 129LA 1OVHA 1EPYA 3HDEA 4LDOA 1L84A 1P3NA 5LZMA 4PK0A 1L45A 3NY9A 4LDEA 255LA 168LA 3DKEX 3DN3A 3SN6R 4LDLA 2NTHA 1L32A 1QTDA 3C7YA 3GUJA 144LA 1C63A 1CV5A 1L24A 3GUMA 205LA 165LA 3DN4A 190LA 1L53A 1L43A 3HTBA 1C61A 258LA 1L25A 1QT6A 1CX6A 3L2XA 2L78A 3HUQA 103LA 1OVJA 2Z6BA 1CU5A 1QT3A 1G0QA 150LA 1QS5A 1L04A 4PJZA 219LA 1L82A 220LA 2A4TA 1L55A 4W52A 1L03A 1P2RA 139LA 1OWYA 1LW9A 2QARC 1QSBA 3RZEA 1LWKA 3L64A 1L70A 2OE7X 3DN1A 3CDTA 3OE9A 164LA 1L65A 1QSQA 1L95A 4W51A 260LA 4K5YA 253LA 4E97A 211LA 4I7MA 189LA 1C6JA 112LA 222LA 1SWZA 1OWZA 246LA 1QT5A 1P56A 125LA 1L36A 1T97A 104LA 223LA 159LA 1XJTA 2RB2X 3OE8A 4EKQA 166LA 141LA 1P6YA 2OEAX 3C80A 191LA 1QT8A 2IGCA 3G3WA 2LCBA 188LA 1L97A 3EMLA 4W57A 4ZPUA 3DMZA 108LA 1L30A 169LA 3GULA 1LI3A 3RUNA 1C6LA 1L13A 152LA 147LA 1SX2A 4YXAC 2CUUA 1L22A 1LYJA 1DYFA 1L34A 259LA 1C62A 1L16A 1LGUA 1XJUA 257LA 197LA 1LYGA 3FA0A 1QUOA 1L27A 2B6TA 1LYHA 200LA 3QAKA 3VW7A 1DYEA 3SBAA 1CVKA 1CV3A 4I7JA 1KNIA 1L87A 1LYIA 109LA 2F47A 1KY0A 3C81A 1L49A 256LA 1L61A 1CU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HU9A 3CDRA 4WM6A 1YKYX 1C6CA 3CSQA 4UWNA 1DPWA 3D3DA 5LXWA 1L76A 1QS9A 1LJNA 1C6AA 4R0FA 1IVMA 1GF5A 1IWXA 3SB7A 1VATA 2H9KA 1D2WA 1UACY 148LE 1ALCA 3CDVA 1L66A 4GCDA 1IOSA 1DXJA 2RBRA 110LA 4H92A 2HECA 1XSFA 1G06A 140LA 2HEDA 1L98A 6LZMA 239LA 1L47A 1LAAA 5I53A 3C83A 2GV0A 1HEPA 1IWUA 1CV6A 127LA 195LA 3D9AC 1L29A 1C69A 1L00A 1LPYA 5KJ9A 2HEBA 1T8GA 1QT7A 3TXEA 1LSZA 1JKAA 2O79A 1CX7A 2OE4X 1XFPL 5ILFA 4ARPA 1GEVA 5APEA 4E3UA 149LA 4DC4A 1A4VA 4GRVA 1IP4A 1NHBA 4IJ4A 4XJFA 1L93A 2DBTA 4MR1A 196LA 4M4OA 1HHLA 4ANRA 2A7DA 243LA 3W6EA 3T6UA 1SSYA 3DNAA 5LAFA 3WUMA 210LA 5HQ1A 1L48A 4TSBA 252LA 2B5ZA 3QNGA 1B9OA 1L38A 2OE9X 122LA 1B5XA 1VFBC 1LI2A 4W94A 1QTZA 4DD1A 1CUPA 3A94A 4XYYA 1JJ3A 4Z3MA 2HEEA 5F9UA 1C6KA 1IP5A 1TEWA 2Q9EA 1LYSA 1KY1A 1T6HA 1G1VA 2BQCA 137LA 175LA 1L94A 4L41A 186LA 1G7LC 1L02A 1OYUA 1L60A 1J1OY 1DKKA 3HBHA 1LZ9A 230LA 1HFYA 1HEOA 1XGRC 1B7LA 1OVKA 3TXFA 2LZ2A 249LA 1YL1X 2NWDX 167LA 1B5UA 1F0WA 1LYOA 3HTGA 5KXMA 3UONA 4NHTA 3LZTA 3GXKA 2D91A 3P66A 4EPIA 241LA 1C6DA 3TXHA 5D5FA 3TMWA 4EXMA 155LA 4XN6A 4RLMA 4FDYA 1XGPC 1C6TA 1W08A 4GCEA 143LA 1G7MC 4ARQA 1L56A 212LA 2G4QA 2DQFC 3A34A 4RLNA 3TMXA 3C7WA 3P65A 1RCMA 5C6LA 1UIGA 1D0KA 1L52A 4ARLA 5I14A 4C3WA 1E8LA 4H91A 4AQNA 1L81A 1L33A 4G9SA 1GE1A 1L44A 1JSFA 1KS3A 2ZNXY 4WM2A 3HU8A 1WTHA 4H9IA 3CDQA 177LA 4TUNA 1I6SA 1PQDA 1L92A 1OUGA 5HMJA 1L06A 5II3A 1REZA 2WARA 1L59A 3C82A 3V2WA 4PJ2C 4UWVA 1GEZA 4I0CA 4ETCA 1L42A 1G0MA 1QUGA 2YVBA 4I7NA 1YKZX 4DJHA 4NSIA 3W6AA 5C6JA 1QUTA 240LA 1L90A 5FEKA 2B72A 1P7SA 1C60A 1JTPL 158LA 201LA 1LZYA 4LZTA 4YX7C 1DZBX 1P2LA 4WOAA 1RJCB 5DN4A 4LYCA 1JKDA 1TCYA 2BQNA 1L31A 1D0MA 4ARMA 1CTWA 4WLXA 4WL6A 1L57A 3GUNA 2RAZX 4EKRA 4ETAA 1B7PA 2HEAA 4NGZA 1LZ6A 1YKXX 213LA 1L58A 1LZ4A 162LA 4HSFA 2EPEA 208LA 1FKVA 2HEFA 3GXRA 1REXA 3AB6A 1GB2A 1FN5A 2B74A 1P5CA 135LA 1NHEA 4H8ZA 3B0OA 4TTDA 247LA 2HUKA 4CFPA 1OV5A 4WL7A 1L75A 1D3FA 4PRUA 1LSGA 5B59A 4QDNA 5LYZA 1YROA 1QTBA 1C6GA 1L40A 236LA 3P64A 1LPIA 3A90A 4ZIXA 1XEJA 1HC0A 1QUSA 4PK0A 1L45A 1IC5Y 1JPOA 1GDXA 4LDEA 4LT3A 1IWTA 4H9HA 2DQDY 3LZ2A 255LA 168LA 1LJJA 3DN3A 3SN6R 2NTHA 3RNXA 5I54A 4YOPA 1L24A 1GE0A 3SP3A 165LA 3ZVQB 1L53A 5B05A 5KKIA 1PS5A 258LA 1L25A 1FLQA 4LT0A 3L2XA 2I26L 1FLYA 1G0QA 150LA 1O23A 220LA 1QQYA 139LA 4H93A 1OWYA 3EBAB 2G4NA 1L70A 1ZVHL 1CJ7A 3CDTA 3OE9A 4NGJA 1L65A 1QSQA 1I20A 4WO6A 4CHXA 253LA 1TDYA 1LOZA 5DM9A 1C6JA 1SWZA 4NHPA 1OWZA 133LA 1L36A 1LMCA 1BB3A 223LA 4LYTA 5KKJA 166LA 2I25L 3AZ7A 4QEQA 1GE3A 1QT8A 1LKRA 188LA 4NSHA 5LVKA 3CT1A 4NHQA 108LA 4NFVA 169LA 5K7OA 3TXJA 3HFMY 3RUNA 2XBRA 1LZNA 1V7SA 1DYFA 1L34A 1CKGA 5T3FA 3FA0A 2DQHY 1LYHA 1GB3A 3WUAA 1AZFA 3VW7A 1DYEA 3SBAA 1CVKA 3WYHA 1NBYC 1GBOA 2HU3A 256LA 4FJRA 1T6VL 4NGVA 1L19A 3AW7A 4CJ2A 185LA 2F30A 2XQOA 1L50A 4WG1A 1JKCA 1UIFA 2BQBA 5E4PA 1L77A 1L11A 2OU8A 1YAPA 1LZGA 1JITA 1UIEA 4IATA 4LYMA 5L9JA 5DL9A 2D4KA 4B49A 4AGAA 4ET9A 4YENA 4HPIA 225LA 2BQMA 102LA 2CWIA 1LYZA 1QT4A 183LA 1CV0A 3DN6A 1KXXA 1C45A 151LA 2RBSA 3DMXA 1LSPA 3CDOA 4AXTA 161LA 1P36A 2RBQA 4GBRB 1LYDA 4NGLA 1LJGA 4MSTA 4LFPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HU9 A;  3CDR A;  4WM6 A;  1YKY X;  1C6C A;  3CSQ A;  4UWN A;  1DPW A;  3D3D A;  5LXW A;  1L76 A;  1QS9 A;  1LJN A;  1C6A A;  4R0F A;  1IVM A;  1GF5 A;  1IWX A;  3SB7 A;  1VAT A;  2H9K A;  1D2W A;  1UAC Y;  148L E;  1ALC A;  3CDV A;  1L66 A;  4GCD A;  1IOS A;  1DXJ A;  2RBR A;  110L A;  4H92 A;  2HEC A;  1XSF A;  1G06 A;  140L A;  2HED A;  1L98 A;  6LZM A;  239L A;  1L47 A;  1LAA A;  5I53 A;  3C83 A;  2GV0 A;  1HEP A;  1IWU A;  1CV6 A;  127L A;  195L A;  3D9A C;  1L29 A;  1C69 A;  1L00 A;  1LPY A;  5KJ9 A;  2HEB A;  1T8G A;  1QT7 A;  3TXE A;  1LSZ A;  1JKA A;  2O79 A;  1CX7 A;  2OE4 X;  1XFP L;  5ILF A;  4ARP A;  1GEV A;  5APE A;  4E3U A;  149L A;  4DC4 A;  1A4V A;  4GRV A;  1IP4 A;  1NHB A;  4IJ4 A;  4XJF A;  1L93 A;  2DBT A;  4MR1 A;  196L A;  4M4O A;  1HHL A;  4ANR A;  2A7D A;  243L A;  3W6E A;  3T6U A;  1SSY A;  3DNA A;  5LAF A;  3WUM A;  210L A;  5HQ1 A;  1L48 A;  4TSB A;  252L A;  2B5Z A;  3QNG A;  1B9O A;  1L38 A;  2OE9 X;  122L A;  1B5X A;  1VFB C;  1LI2 A;  4W94 A;  1QTZ A;  4DD1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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