3CDRA

R96q mutant of wildtype phage t4 lysozyme at 298 k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRQCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdrA00
4I7KA 1L76A 243LA 1C6PA 1L68A 245LA 1XJUA 1L65A 1L25A 2OE7X 184LA 1LYGA 4EKSA 3SN6R 2HUKA 150LA 3DN2A 2NTGA 1P2LA 4I7JA 4I7OA 1C63A 248LA 1L48A 1L98A 1SSYA 3C80A 1LGWA 1T8AA 1L57A 3CDRA 1PQKA 1L41A 167LA 176LA 3NY9A 1L13A 1L28A 219LA 4K5YA 1P37A 123LA 1L56A 1OV7A 3C8RA 1QUGA 1SWYA 1KS3A 217LA 1L40A 212LA 1L14A 205LA 1DYGA 5LZMA 1C6HA 4YX7C 1L55A 1L21A 120LA 1JTNA 1L01A 1T6HA 215LA 2CUUA 4S0WA 113LA 3UONA 250LA 147LA 4ARLA 1CV3A 174LA 2OU9A 1LWGA 1L61A 1LYHA 1ZYTA 2RAZX 3OE6A 249LA 1L70A 3F9LA 4I7PA 1L34A 1D3NA 3DN0A 1DYBA 3RZEA 108LA 1QT5A 222LA 3DNAA 102LA 3HTFA 223LA 3C8SA 233LA 2B6XA 3SB8A 1OWZA 163LA 126LA 259LA 166LA 253LA 1L38A 3CDTA 1B6IA 3GUNA 185LA 104LA 1L0JA 4I7LA 3C7ZA 1C6BA 3FADA 1OYUA 3EMLA 1C6JA 199LA 3HTGA 1C68A 1LYJA 145LA 1L52A 234LA 4OO9A 3GULA 1L69A 1L91A 1L02A 1L81A 1G06A 1L50A 1L54A 240LA 3DN4A 182LA 2LCBA 224LA 1CU6A 1L16A 3GUKA 4EKQA 3SB6A 1L63A 2NTHA 1QTCA 1C6LA 1L75A 1QTVA 1L44A 1LYDA 3HH5A 4GBRB 4W57A 1LLHA 2RBSA 1CV1A 3C8QA 1D2WA 4I7SA 1D3JA 3HTDA 148LE 251LA 171LA 4EPFA 1OWYA 1L07A 1CV0A 221LA 4ARQB 2ANXA 1OVHA 191LA 2A4TA 1KNIA 2B75A 230LA 1NHBA 246LA 1OVKA 2LC9A 3HH4A 1L88A 3DKEX 2RAYX 1LYIA 1KW7A 192LA 1CV5A 3DN8A 3HTBA 1CV4A 4EKRA 2B6WA 1QUOA 3C83A 2RBQA 4ARQA 4I7MA 1EPYA 227LA 1L43A 3FI5A 1LYFA 1T8GA 161LA 125LA 1L80A 1T8FA 1C6KA 206LA 1QT3A 1L22A 1QTHA 2HULA 3HU9A 2B73A 4W52A 4AQNA 3C7YA 2Q9EA 1C6GA 1L83A 152LA 1DYDA 3HH6A 3C82A 122LA 1L66A 218LA 118LA 162LA 1L05A 3GUMA 1L09A 1L62A 232LA 2OTZX 1L0KA 1L92A 3HT7A 213LA 3DN3A 3RUNA 214LA 144LA 1QS9A 107LA 1D3FA 1QTZA 3SBAA 1L08A 1G0JA 1L19A 1L37A 143LA 1L73A 254LA 110LA 2HUMA 1L85A 1L96A 2IGCA 4PJZA 1DYCA 1CUQA 201LA 1G1WA 1P56A 1L71A 1G1VA 6LZMA 183LA 3QAKA 151LA 119LA 1LWKA 2O79A 157LA 1P64A 2RB2X 4I7NA 7LZMA 1L46A 4GRVA 109LA 216LA 5I14A 3OE8A 1L51A 1LI2A 1G0PA 146LA 1L59A 236LA 2OEAX 1C6EA 1L20A 189LA 2B6YA 1D2YA 3GUJA 1K28A 258LA 195LA 2OU0X 1L74A 2Z6BA 1DYEA 2ANVA 209LA 1C6NA 3JR6A 169LA 1C6IA 114LA 2RBNA 1CX7A 2RB1X 149LA 3C7WA 1G0LA 1C64A 1LYEA 1C6AA 229LA 159LA 111LA 1G0QA 262LA 1C67A 2B6ZA 1L89A 1L06A 1CVKA 4DAJA 197LA 1L04A 177LA 141LA 2Q9DA 1SX7A 3HT9A 2OTYX 3HT8A 1QUDA 1WTHA 1P46A 256LA 1L53A 3HUAA 1QS5A 3HDFA 2F32A 1L45A 4E97A 103LA 3CDOA 188LA 2O4WA 4LDLA 4LZMA 1LGUA 1L94A 3K2RA 160LA 1G0GA 140LA 1P2RA 112LA 1CUPA 4DJHA 1PQMA 3V2YA 3HWLA 3HU8A 2OU8A 156LA 139LA 261LA 3GUIA 1QT4A 3VW7A 228LA 1G07A 3DMXA 3F8VA 1L99A 1KY0A 4DKLA 1LI6A 127LA 1C6FA 1PQOA 3DN1A 198LA 225LA 3DN6A 1C69A 1ZURA 1QTDA 3DMVA 1C6MA 1L10A 1JQUA 1L30A 4W55A 1DYAA 1C6QA 4ARPA 4IAPA 4I7TA 2LZMA 3C81A 1QSBA 1TLAA 2OE9X 4YXCA 168LA 1ZWNA 3FA0A 4EXMA 1L64A 1SWZA 1L33A 1L86A 1G0MA 3SBBC 1L12A 1L72A 1CU5A 131LA 2OE4X 1L79A 3PBLA 178LA 1PQDA 1L97A 2B70A 2L78A 4LDOA 1L24A 1CU3A 1JTMA 4YXAC 2RBOA 1L26A 1L39A 3CDVA 1L18A 1DYFA 3L64A 1L47A 1L77A 1CU2A 1L31A 1L42A 1L90A 1P3NA 244LA 3SB7A 181LA 4W56A 1L82A 4ARMB 138LA 4W51A 4ARJA 1XEPA 260LA 130LA 2RB0X 4W54A 3HT6A 238LA 1L93A 211LA 3V2WA 1OVJA 129LA 1C61A 165LA 3G3WA 1P36A 3SB5A 3LZMA 3CDQA 235LA 4W59A 1LW9A 4PK0A 1CX6A 4EPIA 4ARMA 3OE0A 247LA 1SX2A 1L58A 200LA 3D4SA 1L36A 1P6YA 257LA 115LA 173LA 1QT6A 1L95A 1C60A 4I7QA 137LA 1P7SA 226LA 2RBRA 1L03A 1P5CA 3G3XA 231LA 4I7RA 1LGXA 180LA 3SB9A 1OV5A 1QSQA 1L67A 196LA 1QT8A 1L27A 2B7XA 128LA 4W53A 1C66A 1L87A 1QTBA 2B6TA 2RBPA 2O7AA 1C62A 241LA 3HUQA 2F2QA 1KW5A 186LA 1LPYA 3NY8A 1C6DA 4W58A 172LA 187LA 142LA 1T97A 1L00A 2QARC 4EJ4A 1L23A 1KY1A 1QT7A 2QB0B 1L15A 2RH1A 1L49A 1L11A 2F47A 237LA 1C6TA 1C6CA 155LA 1LI3A 3GUPA 1D3MA 2B74A 1D9WA 3ODUA 3DMZA 1L17A 1PQJA 1PQIA 158LA 1XJTA 3PDSA 4ZPUA 3HH3A 242LA 175LA 3OE9A 3L2XA 1C65A 239LA 4LDEA 3G3VA 255LA 1QUHA 1L35A 4EKPA 1SSWA 3HDEA 210LA 1G0KA 3HUKA 164LA 1CTWA 1L29A 1CU0A 1I6SA 3NYAA 1CV6A 252LA 3GUOA 170LA 220LA 190LA 2B72A 1L60A 1L84A 1L32A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HEMA 5LAFA 1HHLA 4NGYA 1IC7Y 1GB7A 150LA 1IOSA 3RW8A 4C3WA 4UWVA 2H5ZA 1L48A 4NGKA 1MLCE 3C80A 1LGWA 4WM5A 3WVXA 5DLAA 1IP5A 4N0JA 3NY9A 4GN5C 2YBJA 1NKHA 219LA 3FI7A 1P37A 4ZIXA 5E4PA 1WVVA 3E3DA 1LCNA 3G3BB 1G7MC 1HC0A 1L40A 212LA 2ZQ4A 1NBYC 1DYGA 5LZMA 4UWNA 4YX7C 1L55A 1L21A 120LA 4TWSA 1JTNA 2CUUA 113LA 3UONA 4UWUA 2HECA 1YQVY 4NGJA 5LA8A 4I7PA 4GCFA 1L70A 3DN0A 3W6AA 102LA 5LA5A 4WM3A 3SB8A 163LA 259LA 5FDJA 1GDWA 3CDTA 3T6UA 1L0JA 3C7ZA 4N8ZA 3HTGA 4DC4A 3OK0A 145LA 1L52A 234LA 4M4OA 3GULA 4H9AA 2Q0MX 1D6QA 2PC2A 1BB5A 1GDXA 1AZFA 2CDSA 1L02A 4N1EI 5KJ9A 4GCEA 240LA 182LA 4R0FA 1F0WA 3GUKA 2I25L 3F6ZA 2BQIA 3SB6A 1OUIA 4WM2A 1LYDA 1IP6A 4GBRB 4HJYA 4DD9A 5EBHA 3TXBA 4I7SA 4DD7A 3A67Y 4OWCA 1D3JA 1FKQA 5KXLA 1WQQA 221LA 1HSXA 3EO5A 2A4TA 1I20A 1INUA 3AGHA 1NHBA 5FELA 1CKHA 3SP3A 2NWDX 1IO5A 1LYIA 1KW7A 1GBZA 192LA 4H9FA 3DN8A 5B07A 4NEBA 4ARQA 227LA 4D9ZA 1L43A 1LJ4A 1T8GA 1L80A 1YL0X 3WXUA 2BAAA 4W52A 4LYTA 3C7YA 5B59A 1O23A 2C8PA 1C6GA 3QY4A 1DYDA 3B0KA 5FEKA 1QTKA 118LA 232LA 4B1AA 4ETAA 4OWBA 1GF7A 4KPMA 1L92A 4WO9A 1QS9A 2D4JA 1L08A 1G0JA 1GFGA 2I6ZA 2HUMA 4CGEA 132LA 1L96A 4H90A 1DYCA 2BQLA 1IC4Y 1RJCB 4H9HA 2WARA 135LA 153LA 1GB0A 3OE8A 5ILCA 2OEAX 3A34A 1VDTA 1TEWA 2MEFA 4LFPA 5APCA 3CSZA 1CKGA 5FSTA 1L74A 1XSFA 2DQCY 1DYEA 2MEIA 4DDCA 1GB8A 4RLNA 4OWHA 2DQDY 3N9EA 149LA 3WPKA 2BQEA 3LN2A 3TMVA 1FBIX 1G0QA 1HNLA 1EL1A 3LYTA 1L04A 177LA 2G4PA 141LA 4LT3A 1LSPA 1KIRC 3GXRA 2DKVA 4HP0A 1P46A 1L53A 1QS5A 3WU9A 2F32A 2YBHA 1VDSA 2O4WA 4LZMA 1C10A 4Z46A 1LGUA 1LJKA 3ZVQA 3K2RA 4XJBA 1F10A 133LA 1CUPA 1GFAA 5KXTA 1PQMA 3B0OA 1QT4A 2IFFY 1GEZA 1G07A 1IEEA 3DMXA 1SQ2L 3IWRA 127LA 5HLLA 1PQOA 3WUAA 225LA 1C69A 1CKDA 207LA 1H87A 4ETDA 2BQJA 3TMXA 4MCKA 1C6QA 3P65A 1OUCA 4ARPA 4IAPA 4PRQA 3C81A 194LA 1UIEA 1XGTC 5DL9A 1ZWNA 3WU8A 4PHIA 3LZTA 1JSEA 1L12A 1OUGA 2FYCA 4G4BA 4XJIA 3WYHA 131LA 1LZBA 1L79A 178LA 5KXOA 4NGOA 1LZNA 1JTMA 4NY5A 4YXAC 4MSTA 3CDVA 1L18A 2G4QA 3P4ZA 4WLDA 1CU2A 4OWAA 1LJFA 244LA 181LA 1GFKA 4W51A 4NGVA 130LA 4YOPA 1LZ4A 1GF0A 3HT6A 5LYTA 1D6PA 1OUHA 3SB5A 3AZ4A 3CDQA 235LA 4MR1A 1HEOA 4N5RA 2HU3A 1DXJA 4YEOA 257LA 4LFXA 173LA 6LYTA 1C60A 2D4KA 1CJ6A 3TXHA 4TUNA 1FN5A 2ZQ3A 1P5CA 4LYMA 231LA 4TX7A 2C8OA 2BQAA 4PGJB 2Z2EA 1VATA 2EPEA 1IP2A 1QT8A 4LYZA 2IHLA 1L87A 4H94A 5E9RA 3ULRA 4I8SA 2RBPA 241LA 1REYA 4YM8A 142LA 3TMUA 4YENA 4ETBA 2ZYPA 1LJHA 4YF2A 1LZDA 4EJ4A 2BLXA 4EOFA 1QT7A 4WOAA 2QB0B 1L15A 4LZTA 2BQDA 4RLMA 5DN4A 3P66A 3EMSA 5KXSA 4PJ2C 1D3MA 1IWXA 2Z19A 1D9WA 1LSEA 4XN6A 4WLYA 1B5WA 2CJLA 2A7FA 175LA 1AKIA 1LJGA 4LDEA 255LA 4B4JA 1L35A 3BKVA 210LA 3TXJA 1IOCA 1IORA 1ZV5L 1L29A 1CU0A 4NFVA 1AM7A 1NWGA 1QUSA 3GUOA 3AZ7A 1GEVA 3TXIA 1LPIA 3EXDA 4N1CC 1C6PA 1XFPL 3QNGA 1XJUA 2BQCA 184LA 5KXKA 1BQLY 2HUKA 4QEQA 3T36A 1UIGA 3DN2A 1P2LA 1BB7A 248LA 5L3IA 3W6EA 2MEHA 1T8AA 1QDTA 3WMKA 1UIDA 1L57A 1LKSA 167LA 1DPWA 5LAGA 1F6RA 154LA 4CJ2A 5I53A 1DI4A 1OV7A 4BAFA 1LKRA 205LA 1B7PA 3WPJA 2H9JA 1LMCA 5IHGA 4WLTA 1AT6A 147LA 174LA 1GWDA 2OU9A 1XEJA 1LYHA 2RAZX 5T3FA 4DD1A 1L34A 1QT5A 222LA 2DQGY 3A8ZA 4GLAA 4HPIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HEM A;  5LAF A;  1HHL A;  4NGY A;  1IC7 Y;  1GB7 A;  150L A;  1IOS A;  3RW8 A;  4C3W A;  4UWV A;  2H5Z A;  1L48 A;  4NGK A;  1MLC E;  3C80 A;  1LGW A;  4WM5 A;  3WVX A;  5DLA A;  1IP5 A;  4N0J A;  3NY9 A;  4GN5 C;  2YBJ A;  1NKH A;  219L A;  3FI7 A;  1P37 A;  4ZIX A;  5E4P A;  1WVV A;  3E3D A;  1LCN A;  3G3B B;  1G7M C;  1HC0 A;  1L40 A;  212L A;  2ZQ4 A;  1NBY C;  1DYG A;  5LZM A;  4UWN A;  4YX7 C;  1L55 A;  1L21 A;  120L A;  4TWS A;  1JTN A;  2CUU A;  113L A;  3UON A;  4UWU A;  2HEC A;  1YQV Y;  4NGJ A;  5LA8 A;  4I7P A;  4GCF A;  1L70 A;  3DN0 A;  3W6A A;  102L A;  5LA5 A;  4WM3 A;  3SB8 A;  163L A;  259L A;  5FDJ A;  1GDW A;  3CDT A;  3T6U A;  1L0J A;  3C7Z A;  4N8Z A;  3HTG A;  4DC4 A;  3OK0 A;  145L A;  1L52 A;  234L A;  4M4O A;  3GUL A;  4H9A A;  2Q0M X;  1D6Q A;  2PC2 A;  1BB5 A;  1GDX A;  1AZF A;  2CDS A;  1L02 A;  4N1E I;  5KJ9 A;  4GCE A;  240L A;  182L A;  4R0F A;  1F0W A;  3GUK A;  2I25 L;  3F6Z A;  2BQI A;  3SB6 A;  1OUI A;  4WM2 A;  1LYD A;  1IP6 A;  4GBR B;  4HJY A;  4DD9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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