3CDRA

R96q mutant of wildtype phage t4 lysozyme at 298 k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRQCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdrA00
1L54A 3L64A 4EPIA 1D3MA 122LA 3DN4A 4W51A 130LA 2A4TA 1C67A 180LA 1L97A 138LA 1C6IA 2NTGA 6LZMA 2RH1A 137LA 5I14A 1L19A 3C7YA 1L07A 1L65A 1QTBA 1C65A 245LA 4PK0A 1ZURA 1CU5A 1LYEA 4EKPA 1C6AA 1L63A 1G0LA 4I7NA 1PQIA 1QSQA 3OE6A 1D3JA 1L28A 3DN1A 4ARMB 220LA 213LA 3HT8A 151LA 4I7SA 1G07A 1L44A 139LA 1P2RA 2LZMA 3OE0A 4ARLA 125LA 1L03A 2L78A 5LZMA 3HU8A 1L68A 3VW7A 188LA 231LA 1TLAA 3GUPA 2HUKA 4K5YA 131LA 242LA 1G0KA 1G0PA 1KNIA 1L42A 1QTDA 1L81A 140LA 111LA 205LA 4LDLA 1L12A 237LA 2OU9A 1L00A 217LA 3HWLA 1QS5A 1L58A 1JTMA 1L89A 163LA 1L82A 1WTHA 1XJUA 2OE9X 3HTDA 4DAJA 1L16A 1L37A 3HU9A 4EJ4A 4PJZA 1LWKA 1LYJA 244LA 174LA 255LA 165LA 1P3NA 1XEPA 4W57A 2RBRA 2RBSA 1OV5A 2IGCA 3G3WA 3ODUA 1L15A 1LGWA 187LA 3SBAA 3SN6R 223LA 155LA 3UONA 1LYHA 3DN2A 7LZMA 1QTHA 4I7QA 1QSBA 2OE7X 3HH4A 1L60A 1CU2A 3NYAA 1G0JA 185LA 1L98A 3F9LA 4DJHA 164LA 1L77A 2RB1X 1CV0A 1QTZA 1KY0A 1L53A 3HTGA 210LA 238LA 2HULA 1C64A 3HUQA 1QT8A 2ANVA 161LA 1QUDA 1L40A 4EKSA 1L96A 195LA 3HUAA 206LA 1CU0A 2LC9A 3GULA 3GUJA 159LA 2RB2X 1L50A 1QS9A 2QARC 2B6XA 2RB0X 157LA 1L93A 1QTCA 3GUNA 235LA 113LA 1SWZA 1L23A 2OU0X 3DMXA 1SX7A 1SX2A 1L24A 1L85A 1ZWNA 1LW9A 149LA 3OE8A 1L73A 1KY1A 1C60A 3V2YA 115LA 247LA 1L41A 1L86A 1QT6A 177LA 1L91A 128LA 189LA 1CX6A 4GRVA 227LA 1L36A 1L56A 4W54A 199LA 1CV3A 4ARQA 1LYFA 3V2WA 1G1VA 1LI6A 1L49A 3HTBA 196LA 234LA 3DN8A 144LA 1L08A 1T8FA 1L11A 4IAPA 1LI2A 1C6KA 1OV7A 1LYDA 1C6DA 183LA 1DYAA 1L57A 1I6SA 1KW5A 1C6CA 1G1WA 3FADA 119LA 1L69A 1C62A 2RAYX 3GUOA 2O7AA 4E97A 184LA 1P2LA 1L10A 230LA 4AQNA 198LA 1L02A 109LA 4I7PA 4I7RA 1LGXA 3LZMA 1OVKA 143LA 1LYGA 1DYGA 103LA 1L87A 1L99A 3QAKA 2OE4X 2RBOA 3DN0A 2ANXA 1C6NA 1L62A 3EMLA 110LA 170LA 1L20A 160LA 1L45A 1NHBA 1L18A 1QT4A 3CDTA 259LA 3JR6A 127LA 1L05A 1DYFA 250LA 112LA 1KW7A 1CUQA 4W55A 239LA 4EKQA 1KS3A 1LYIA 3HDEA 175LA 1L84A 3DN3A 1L74A 1QUGA 1K28A 2B7XA 3DN6A 102LA 214LA 218LA 1L38A 4YXAC 226LA 4YX7C 2B6TA 1SWYA 2OTZX 229LA 248LA 107LA 3HUKA 169LA 3HH6A 257LA 178LA 221LA 4YXCA 141LA 1CV6A 1CV5A 166LA 3G3VA 158LA 1P46A 3NY9A 4OO9A 228LA 1L47A 114LA 252LA 2B6YA 167LA 1CV4A 1G0QA 2B73A 1P64A 1L80A 1C6EA 4I7JA 1LI3A 1P56A 150LA 262LA 1C6BA 3C81A 1CVKA 1C6QA 108LA 1C6HA 3PDSA 1CUPA 1C6MA 1L61A 3DMZA 1L46A 3OE9A 1B6IA 1CX7A 4DKLA 1C6PA 1D9WA 1G0MA 2Z6BA 1G06A 3HH5A 126LA 2RAZX 211LA 3SBBC 1QT3A 215LA 1C6GA 3D4SA 3SB8A 162LA 2LCBA 1L71A 254LA 2F32A 4S0WA 123LA 2RBQA 209LA 147LA 1L64A 2RBPA 1L0JA 186LA 2B6ZA 2B70A 1CV1A 4EKRA 1L14A 1C6TA 243LA 3C7ZA 2Q9EA 152LA 1L48A 1LGUA 1L09A 4GBRB 249LA 4W59A 168LA 1P37A 3FA0A 1LLHA 171LA 1L32A 3C83A 1C69A 4I7LA 1PQMA 1XJTA 1L51A 190LA 1L29A 1L34A 1L92A 1PQDA 1P36A 1L22A 258LA 146LA 3HT7A 104LA 1C6LA 1OVJA 3C8RA 1PQKA 3CDQA 3C82A 4I7MA 1T97A 2QB0B 120LA 1L59A 1C6JA 1L76A 1QT5A 3C8SA 219LA 2OU8A 4EXMA 2CUUA 1QT7A 1SSYA 1QUHA 200LA 2B75A 1ZYTA 1CTWA 1L13A 3RUNA 241LA 3GUKA 3CDRA 1L94A 2F2QA 3HDFA 4EPFA 201LA 2B74A 212LA 4ARMA 1L04A 1PQOA 1L70A 1L88A 3HTFA 1CU6A 1L33A 1L55A 3CDVA 2HUMA 1L26A 1L67A 1T6HA 176LA 142LA 3DNAA 3G3XA 3HT6A 1L17A 1L90A 3CDOA 4W58A 3SB5A 1P7SA 2O79A 3SB6A 1C61A 1OWZA 1L79A 260LA 3RZEA 1L95A 233LA 1LWGA 1C63A 2NTHA 1JTNA 172LA 1CU3A 1DYCA 1L72A 1PQJA 1SSWA 191LA 1D2WA 181LA 1DYBA 225LA 256LA 4ARJA 129LA 1L75A 4LZMA 156LA 3NY8A 1P5CA 1D2YA 1D3NA 4I7OA 145LA 3HH3A 2OEAX 4LDOA 3SB9A 1L21A 1LPYA 1QUOA 224LA 3GUMA 3C8QA 1C68A 1L31A 3SB7A 4W53A 3PBLA 118LA 1P6YA 3FI5A 251LA 1DYDA 3HT9A 182LA 1L27A 4I7KA 1L01A 1L30A 148LE 1L43A 1EPYA 4W52A 1L06A 3F8VA 1T8AA 3L2XA 3DMVA 1L35A 2B6WA 232LA 236LA 1L39A 4ARPA 2F47A 192LA 4W56A 4LDEA 1C6FA 1JQUA 1OVHA 1DYEA 1QTVA 222LA 2O4WA 1L83A 1D3FA 1G0GA 2Q9DA 3C80A 2RBNA 1C66A 1OYUA 240LA 4I7TA 246LA 197LA 1T8GA 1L52A 253LA 4ARQB 261LA 3DKEX 3K2RA 2OTYX 3C7WA 1L0KA 1L25A 2B72A 1OWYA 173LA 216LA 3GUIA 1L66A 4ZPUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD0A 3WUMA 1LOZA 1D3MA 122LA 1HEMA 3DN4A 1ALCA 1GFRA 2NWDX 4NGJA 2W1XA 1HEOA 1OP9B 1C6IA 4DD7A 5I14A 4DQJA 1GE4A 1CU5A 1LYEA 4EKPA 4NHTA 4I7NA 1G0LA 2FYDA 5APEA 4IATA 1TEWA 1L28A 4H94A 1NBYC 4HV2A 5HLLA 1FLWA 2AUBA 1P2RA 3OE0A 125LA 1JUGA 4EMNA 5LZMA 1LJ3A 1L68A 1ZVYB 242LA 3G3BB 5B59A 2DKVA 111LA 1L00A 4DWXA 3MGWA 1QS5A 4H9IA 3OK0A 2OE9X 3P68A 2EQLA 4WM2A 1LKSA 244LA 4H1PA 174LA 5APFA 1VDTA 1D0MA 5LIOA 2IGCA 3W6FA 2YBMA 1LMAA 1LYHA 1NF5A 2OE7X 1DKJA 1XEKA 4QY9A 1CU2A 4XENA 185LA 1LJEA 2FBBA 4FJRA 2BQLA 1QTZA 1GFJA 2Y8PA 3CSZA 1JKAA 4GCBA 1LMQA 210LA 3HUQA 5DL9A 1JISA 2C8PA 4XJBA 1CKHA 1I56A 3HUAA 2MEIA 1GFHA 5J7CA 157LA 1QTCA 235LA 2DQJY 1SWZA 1OUDA 2CDSA 1BB7A 2OU0X 1SX2A 3WXUA 4WG1A 1B7PA 3LZ2A 247LA 1L86A 1IWZA 5B1FA 1RI8B 4GRVA 227LA 1LZEA 4W54A 1EQEA 199LA 4H8ZA 4PRQA 4ARQA 4Z41A 234LA 3DN8A 3AZ6A 1T8FA 4GN5C 4IAPA 2EIZC 1C6KA 1LYDA 3KAMA 1LYOA 1GDWA 3FADA 2D4KA 2RAYX 1DI3A 2D4JA 5HMJA 184LA 230LA 4HTNA 3TMVA 4AQNA 1CKDA 2LYMA 4XYYA 4I7RA 1LGXA 2GV0A 1HFZA 4WG7A 4XJGA 1IWUA 1GXXA 4P2EA 1HHLA 1IP3A 1L20A 160LA 3AJNA 1NHBA 1GPQC 3EO5A 127LA 7LYZA 1BB4A 1NHEA 1GE0A 239LA 2HEAA 4EKQA 1LYIA 175LA 132LA 1L74A 4LZTA 4NHQA 5IDDA 4MSTA 5B1GA 4TTDA 1AT6A 1L38A 1LPIA 4NGIA 4CHXA 5KKJA 1LMCA 4HPEA 4H92A 169LA 257LA 1GB3A 1JTTL 1YAOA 3RZ4A 221LA 141LA 3A96A 1NMMA 3WUNA 3LHMA 2EKSC 228LA 4GCCA 1TAYA 167LA 4H9EA 2B73A 4GCEA 1YAQA 5M1YA 3W6DA 1J1PY 150LA 2D4IA 1HFYA 1LAAA 3TXKA 1CUPA 1ZVHL 1UIBA 1IX0A 4B1AA 4LYZA 5F81A 1G06A 2RAZX 1QT3A 4H9FA 4LGKA 162LA 5E4PA 2RBQA 209LA 147LA 1D0KA 1B7NA 2BQCA 1L0JA 1CV1A 4ANRA 4EKRA 1OUEA 3N9EA 3WPKA 3C7ZA 1AM7A 3C83A 5FHWA 1PQMA 4LT3A 6LYTA 1L51A 190LA 3WVXA 4LYMA 1JJ1A 1L34A 1PQDA 1HF4A 1P36A 4NEBA 3WXTA 5DM9A 146LA 1C6LA 1OVJA 3C8RA 1G7HC 1PQKA 3CDQA 4ZEEA 3BKVA 1LHIA 1SLYA 3C8SA 2MEDA 2OU8A 4EXMA 1BB5A 2CUUA 3B6LA 1OQMA 1HMLA 3ZVQA 3RUNA 241LA 3GUKA 3CDRA 1GFVA 1L94A 3B0IA 1LSEA 1LYZA 3A95A 1LKRA 1L04A 1L88A 1WQOA 1GEVA 4B49A 1KXWA 1LSDA 2Z37A 4NGLA 2HUMA 4BAPA 176LA 2F4GA 5EBHA 1UUZC 4PPOA 3W6EA 5KXXA 3P65A 1P7SA 3SB6A 1OWZA 1C63A 1GF4A 1LZRA 4BADA 2NTHA 1JJ0A 1XGPC 172LA 1CU3A 1DZBX 1SSWA 1HSWA 1D2WA 2PC2A 2FYCA 5F14A 1J1XY 156LA 4ETCA 4CFPA 3CT5A 1VDPA 1B7RA 5APCA 4W96A 1GF3A 145LA 5HNLA 1LPYA 4HTQA 1LJFA 2F30A 5IELA 1I20A 3SB7A 4I0CA 3P64A 118LA 2ZNWY 4LYOA 1FLUA 1UCOA 4H90A 182LA 2XBSA 2MEAA 4H9AA 4ETEA 1L06A 3F8VA 1T8AA 3L2XA 3DMVA 1B0DA 1JTPL 1RFPA 1G7JC 1L35A 2B6WA 232LA 2LZTA 4DT3A 1GFEA 4XJHA 1RE2A 3WU8A 5FEKA 3C80A 1OYUA 240LA 3LZTA 4I7TA 2MEEA 3C7WA 1YQVY 2ZNXY 3E3DA 2F2NA 216LA 4OOOA 2LYZA 1VATA 2XBRA 2A4TA 2G4QA 1PZYA 5I54A 137LA 3ULRA 1GB9A 3RNXA 1HEWA 1L65A 245LA 1C65A 4PK0A 4RW1A 1ZURA 1L63A 3TXIA 1W6ZA 1FLYA 1JKCA 2HEDA 4ARMB 2I6ZA 213LA 3HT8A 4I7SA 1UA6Y 1NWGA 139LA 2XJWA 1O23A 2LZMA 1XSFA 1L03A 1JSEA 4LYTA 2DQCY 4N0JA 5LA5A 3QY4A 4NY5A 5LVKA 4B0DA 3A90A 2HUKA 4WM3A 3WVYA 4YOPA 1QTDA 205LA 237LA 217LA 5F9XA 4E3UA 1L58A 1IO5A 163LA 1L82A 1XJUA 1C45A 1QDTA 3HTDA 1KIQC 3AYQA 207LA 1L37A 194LA 1GB0A 2C8OA 5LYZA 3N9AA 4EJ4A 5LINA 4PJZA 1BWIA 4XADA 1LSYA 2XQOA 5FCPA 2HEFA 1PS5A 4W57A 4O34A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DD0 A;  3WUM A;  1LOZ A;  1D3M A;  122L A;  1HEM A;  3DN4 A;  1ALC A;  1GFR A;  2NWD X;  4NGJ A;  2W1X A;  1HEO A;  1OP9 B;  1C6I A;  4DD7 A;  5I14 A;  4DQJ A;  1GE4 A;  1CU5 A;  1LYE A;  4EKP A;  4NHT A;  4I7N A;  1G0L A;  2FYD A;  5APE A;  4IAT A;  1TEW A;  1L28 A;  4H94 A;  1NBY C;  4HV2 A;  5HLL A;  1FLW A;  2AUB A;  1P2R A;  3OE0 A;  125L A;  1JUG A;  4EMN A;  5LZM A;  1LJ3 A;  1L68 A;  1ZVY B;  242L A;  3G3B B;  5B59 A;  2DKV A;  111L A;  1L00 A;  4DWX A;  3MGW A;  1QS5 A;  4H9I A;  3OK0 A;  2OE9 X;  3P68 A;  2EQL A;  4WM2 A;  1LKS A;  244L A;  4H1P A;  174L A;  5APF A;  1VDT A;  1D0M A;  5LIO A;  2IGC A;  3W6F A;  2YBM A;  1LMA A;  1LYH A;  1NF5 A;  2OE7 X;  1DKJ A;  1XEK A;  4QY9 A;  1CU2 A;  4XEN A;  185L A;  1LJE A;  2FBB A;  4FJR A;  2BQL A;  1QTZ A;  1GFJ A;  2Y8P A;  3CSZ A;  1JKA A;  4GCB A;  1LMQ A;  210L A;  3HUQ A;  5DL9 A;  1JIS A;  2C8P A;  4XJB A;  1CKH A;  1I56 A;  3HUA A;  2MEI A;  1GFH A;  5J7C A;  157L A;  1QTC A;  235L A;  2DQJ Y;  1SWZ A;  1OUD A;  2CDS A;  1BB7 A; 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