3CDVA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRMCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdvA00
4I7KA 1L40A 1QTCA 1D3JA 3C7WA 1CX6A 158LA 4I7PA 195LA 4LDEA 3CDTA 1QT3A 2QB0B 1L91A 3C7YA 3DMZA 2ANXA 1P7SA 197LA 1LWGA 4I7MA 3K2RA 174LA 1CV0A 254LA 3CDQA 1LGUA 151LA 255LA 5LZMA 3VW7A 4W56A 4ARMB 248LA 152LA 168LA 2B7XA 1L21A 1L39A 3L2XA 2HUKA 1L23A 1P3NA 219LA 160LA 4I7RA 188LA 2RBPA 3HT7A 1T8AA 3HTFA 167LA 109LA 1C6HA 1DYCA 1QSBA 2B6WA 2B6XA 1K28A 250LA 1CTWA 1LYGA 1L68A 1L81A 3F9LA 1L96A 1P46A 1C62A 1P64A 1L76A 4W55A 1L92A 149LA 232LA 139LA 1L20A 1L73A 4EKQA 4ARPA 241LA 1L79A 1T8GA 240LA 4GBRB 1C6AA 1C6LA 227LA 1CUQA 1PQMA 1G1WA 128LA 1C61A 231LA 4W51A 1LI6A 3GUOA 1CU5A 155LA 177LA 242LA 3HT9A 111LA 2B75A 3CDOA 2OE9X 1SWZA 4ARJA 1P2RA 3GUNA 1XJUA 103LA 3SBBC 1C6IA 4DKLA 1L61A 1C63A 1P36A 1PQIA 2QARC 1L06A 176LA 1L53A 1G0PA 3V2WA 1C68A 1L02A 1D3FA 4YX7C 2A4TA 1L57A 4PJZA 165LA 1JQUA 1QS5A 4DAJA 3DN3A 4PK0A 1L28A 200LA 1LPYA 1QT4A 2OE7X 1L87A 112LA 2OE4X 187LA 1L89A 245LA 4YXCA 247LA 1QTZA 1OWYA 1P2LA 1C60A 229LA 1KY1A 3HT8A 1JTMA 258LA 1G07A 1L08A 4W53A 1LYEA 3ODUA 1C6TA 2F2QA 4LDOA 118LA 1L10A 108LA 1QTBA 3RUNA 1C6PA 1LWKA 3SB9A 104LA 1OVKA 4I7OA 1QUHA 1XJTA 1L50A 140LA 4W59A 172LA 169LA 1L09A 1QT8A 3HT6A 4I7JA 1L62A 1L04A 1G0LA 2O7AA 2LC9A 1L52A 1DYFA 1D2YA 161LA 1L25A 1L58A 1QTHA 191LA 3FA0A 4YXAC 170LA 3V2YA 148LE 3RZEA 1L75A 259LA 1L95A 1L97A 2F47A 4ARQB 1L42A 1L47A 1KW5A 216LA 2RB0X 1L03A 1TLAA 1L59A 138LA 253LA 3HH6A 2LZMA 1OVJA 1C6JA 1C6QA 3OE6A 1EPYA 4W58A 1P5CA 1L71A 1P37A 189LA 1C66A 3HTGA 1L27A 1L99A 1QTDA 1L38A 1DYBA 184LA 1OYUA 1L18A 3OE9A 1L69A 3C82A 123LA 2B6YA 1L34A 1ZYTA 2RBSA 1C65A 3NY8A 218LA 4LZMA 1DYAA 3DN8A 3C8QA 2L78A 4EKPA 196LA 2RBRA 113LA 1L88A 1L36A 1G1VA 3UONA 252LA 4EPIA 1QUDA 2HUMA 1P56A 2ANVA 3OE0A 3DN0A 3HTBA 1G06A 217LA 2RB2X 1T8FA 249LA 1L44A 1SSYA 166LA 3GUKA 1L15A 3DN4A 1KS3A 3HH5A 3HTDA 1C6BA 2OTYX 226LA 1LW9A 4ARMA 1LLHA 1ZURA 1CU2A 222LA 1LYIA 4OO9A 3SB7A 210LA 2B70A 1CV3A 150LA 1QSQA 244LA 192LA 3JR6A 4EKSA 1OV7A 2RBQA 1QTVA 2RB1X 3SB5A 3HUAA 1L0JA 1KW7A 1D3NA 1DYGA 1LYDA 221LA 1L74A 1KNIA 159LA 1L82A 2HULA 2Q9EA 1L85A 1LI3A 1L05A 2O4WA 2NTGA 2IGCA 2F32A 183LA 178LA 1G0QA 146LA 1T97A 6LZMA 1PQJA 3HDEA 4GRVA 1T6HA 230LA 235LA 1KY0A 131LA 1L80A 1L29A 2OU8A 1L56A 3C80A 1LI2A 3F8VA 4IAPA 1LYFA 156LA 1L55A 2NTHA 2OTZX 143LA 209LA 1QT5A 2B6ZA 1G0MA 1L70A 3PBLA 3OE8A 3EMLA 3DN1A 1L13A 201LA 1L11A 1L22A 1L94A 1L51A 3GUPA 115LA 3HWLA 1WTHA 1LGXA 1I6SA 5I14A 3C7ZA 3HH4A 2Z6BA 213LA 3SB6A 1SWYA 260LA 228LA 2RH1A 3HDFA 1QS9A 3C8RA 182LA 1G0KA 1C6EA 1L72A 1L90A 1L41A 2OU0X 125LA 4S0WA 3DN2A 233LA 199LA 1L32A 181LA 4W52A 1L16A 3GUJA 1L26A 256LA 126LA 1L17A 4LDLA 1C6KA 1CU3A 1L24A 3HU8A 225LA 1L35A 2B72A 1C64A 4AQNA 1L48A 163LA 3PDSA 1LGWA 1LYJA 223LA 102LA 1L60A 2RBNA 4W54A 144LA 1C6GA 1L66A 3NYAA 3HH3A 3NY9A 3C83A 262LA 127LA 1JTNA 1L64A 2OEAX 3SBAA 3GULA 3GUMA 3QAKA 141LA 1PQKA 1C69A 1DYDA 1OWZA 4ARQA 4K5YA 119LA 261LA 2LCBA 3DMVA 173LA 3FADA 1L54A 1CUPA 3FI5A 1QUGA 234LA 3HU9A 137LA 1QT6A 4ARLA 1L98A 1QUOA 1L0KA 1XEPA 1L67A 4EKRA 246LA 3LZMA 1CV1A 2RAYX 180LA 3CDVA 129LA 1LYHA 1PQDA 3CDRA 3SN6R 157LA 1B6IA 7LZMA 2OU9A 1CX7A 145LA 4I7NA 3HUQA 1L14A 122LA 1D3MA 251LA 1CV6A 107LA 1OVHA 1L12A 205LA 130LA 120LA 110LA 1L30A 3C8SA 1L46A 3GUIA 175LA 3C81A 3G3VA 1SX2A 186LA 1CU6A 2CUUA 1PQOA 4W57A 1L01A 1L07A 190LA 257LA 4I7SA 1C6CA 3D4SA 1NHBA 1C6FA 1SX7A 1C6MA 1OV5A 1C6DA 4DJHA 142LA 1CU0A 3HUKA 3DKEX 1L93A 1G0JA 2B74A 212LA 1L86A 1CVKA 1L77A 4ZPUA 1D2WA 206LA 237LA 2B6TA 224LA 1D9WA 162LA 2B73A 1L31A 114LA 3DN6A 185LA 2Q9DA 3L64A 1L45A 1L65A 4I7QA 236LA 214LA 147LA 1L37A 1CV5A 4EJ4A 211LA 2O79A 1L33A 198LA 1L43A 4E97A 1SSWA 1P6YA 164LA 3DNAA 1C67A 2RAZX 1G0GA 4I7TA 243LA 220LA 1ZWNA 1L49A 1C6NA 3G3WA 4I7LA 4EXMA 1CV4A 3DMXA 1DYEA 1L63A 1L84A 1L19A 171LA 239LA 3G3XA 1L83A 4EPFA 215LA 2RBOA 1L00A 238LA 1QT7A 3SB8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LT0A 1QTCA 1D3JA 1CX6A 158LA 4I7PA 2X0AA 1H6MA 1HF4A 4H8ZA 1GPQC 197LA 1D6PA 1LKRA 2MEHA 5K7OA 3K2RA 174LA 1BWIA 3A34A 1LGUA 2DQJY 5LZMA 3VW7A 1GAYA 1IOSA 248LA 4GCFA 5LA5A 2D4KA 1VEDA 4YENA 1JTTL 1KIQC 1BB7A 1EL1A 1T8AA 1QSBA 2B6XA 1CTWA 1IO5A 1P46A 2Z12A 4Z41A 4W55A 2XBSA 3WYHA 2YBMA 4M6DA 232LA 240LA 5KKJA 2D91A 1C10A 1LJGA 231LA 4J1AA 5KXTA 135LA 3WU7A 177LA 1IP7A 4WOAA 3CDOA 1IP5A 3QE8A 4N8ZA 2BQMA 1XJUA 3GUNA 3SBBC 1C6IA 4QEQA 1L53A 4LT1A 1L02A 2YBLA 2BQKA 4YX7C 3B6LA 2A4TA 2YDGA 2F4GA 165LA 1QS5A 5B59A 200LA 4CFOA 3A95A 1LPYA 1NQIA 2HUBA 4YXCA 4PGJB 1QTZA 4WM2A 1CJ8A 1P2LA 1C60A 1I56A 1B7RA 1YILA 1YKXX 3ODUA 3W6BA 5ILCA 3SB9A 4I7OA 4H8YA 1L09A 1QT8A 1FDLY 3FI7A 5LVJA 1VFBC 161LA 3VWOA 1QTHA 191LA 170LA 3V2YA 1FLUA 3RZEA 259LA 3AZ5A 4XJDA 4H94A 1L47A 1KW5A 3TXDA 1L03A 1TLAA 4C3WA 1L59A 3HH6A 2LZMA 1C6QA 4HJZA 3P64A 4AGAA 1P5CA 1OUBA 1LMAA 1L27A 1L99A 1RCMA 1REZA 1L38A 1OYUA 1GFHA 1B7PA 3G3BB 2B6YA 218LA 4LZMA 5L3IA 1JUGA 1G7MC 1LHHA 2RBRA 4LYBA 4HJYA 113LA 1L88A 1UIBA 3TXKA 1IWUA 1FLQA 1T8FA 2YBHA 2CWIA 2MEDA 2BLYA 1IP2A 1GBZA 4BAPA 4TX7A 3HH5A 1C6BA 1YAMA 2OTYX 2RSCA 2DQHY 1LW9A 3A8ZA 2BQGA 222LA 2ZIJA 1LYIA 3WMKA 210LA 1BVXA 5A3ZA 2W1YA 150LA 1OV7A 2RB1X 3SB5A 5KXPA 3GXRA 1LZNA 3HUAA 1KW7A 2IFFY 4NSIA 3W6EA 1LYDA 4Z46A 2LYMA 1FLYA 1XSFA 2C8PA 4PHIA 3TXIA 1UA6Y 1UCOA 2O4WA 4ZEEA 4H91A 1A2YC 5D5FA 1WTNA 3LYMA 235LA 4WO6A 4IAPA 1CKHA 1DQJC 1DPWA 2NTHA 3B0IA 1LMCA 2B6ZA 1G0MA 3DN1A 1GBXA 1D0MA 3HWLA 2EQLA 1WTHA 154LA 1I6SA 1V7TA 4I8SA 1LSFA 213LA 3SB6A 1B9OA 5FCPA 5II3A 1IP6A 3EO5A 5IELA 2G4NA 3HDFA 4TTDA 182LA 1C6EA 1L72A 2H5ZA 1D0KA 3KAMA 2OU0X 4G4BA 3DN2A 1LMTA 1LKSA 4A7DA 1C46A 181LA 1L16A 5I53A 4WM6A 1L26A 1LJ3A 256LA 1KXWA 1HEMA 1WVVA 1C45A 4AQNA 4H8XA 4WMGA 1LGWA 223LA 5APFA 2RBNA 144LA 1L66A 3NY9A 3C83A 3RNXA 3TMWA 2HEFA 1JTNA 4DQ7A 1AT5A 3SBAA 3AGHA 2XJWA 3AB6A 3QAKA 1PQKA 1LZ5A 1OWZA 4W96A 4K5YA 261LA 2LCBA 4Z98A 1GWDA 4LYOA 1L54A 4CFPA 1CUPA 3HU9A 1IOTA 1L98A 5LVGA 2DQGY 2HEBA 2Z37A 4HSFA 4WM4A 1LYYA 3CDRA 157LA 5F14A 1YKYX 4N1CC 1CX7A 1GDWA 1TEWA 2Z19A 3A93A 4WL7A 1CJ6A 5KXOA 3BKHA 4N0JA 5IDDA 1CV6A 107LA 1OVHA 4TSBA 1IR9A 1HMLA 130LA 2ZWBA 2DQIY 1L30A 4CHXA 1TAYA 1C7PA 3C81A 3G3VA 186LA 1IWXA 4NG8A 1XGRC 4DT3A 1F10A 190LA 1GFGA 4I7SA 4LZTA 3WH1A 1NHBA 194LA 5C6LA 1JJ3A 1LAAA 3J4GA 3HUKA 3WU9A 4DWXA 1G0JA 3WUAA 212LA 1SLYA 2HEEA 1WQOA 206LA 2YBIA 3G3AB 3ATOA 4OWHA 1YROA 1AZFA 1DZBX 1L31A 4DD3A 2Q9DA 3P65A 5FELA 1UIEA 4RDSA 1L45A 4I7QA 2AUBA 2Z39A 4OOTA 4EJ4A 211LA 1IP1A 2F2NA 3DNAA 4KPMA 3P4ZA 243LA 220LA 1LJ4A 1LHLA 4KXIA 1QDTA 1WVUA 5HNCA 1B5YA 9LYZA 1HERA 1L19A 239LA 3G3XA 1BB5A 215LA 3WW5A 1L00A 4WLDA 4P2EA 3SB8A 1VDSA 1LMNA 4LDEA 3CDTA 1QT3A 4LYCA 1HSWA 4RW2A 1L91A 2LYZA 1LHKA 2ANXA 1P7SA 4WLXA 1LZGA 1W08A 5KJ9A 3CDQA 1C08C 255LA 1LYOA 4ARMB 4NGYA 1REXA 2B7XA 1L39A 3L2XA 2HUKA 4ZIXA 3QY4A 4TUNA 3CT0A 4B0DA 2RBPA 3HT7A 5LYTA 3HTFA 2B6WA 1DYCA 4LFPA 1K28A 250LA 2EIZC 2G4QA 1Z55A 3A90A 2B5ZA 1NDMC 4GCBA 1L76A 1LZ9A 1L73A 1LHJA 3A3RX 1C6LA 1CUQA 128LA 2FBDA 4W51A 1LI6A 3FE0A 155LA 242LA 3HT9A 4N1EI 134LA 2B75A 4W94A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LT0 A;  1QTC A;  1D3J A;  1CX6 A;  158L A;  4I7P A;  2X0A A;  1H6M A;  1HF4 A;  4H8Z A;  1GPQ C;  197L A;  1D6P A;  1LKR A;  2MEH A;  5K7O A;  3K2R A;  174L A;  1BWI A;  3A34 A;  1LGU A;  2DQJ Y;  5LZM A;  3VW7 A;  1GAY A;  1IOS A;  248L A;  4GCF A;  5LA5 A;  2D4K A;  1VED A;  4YEN A;  1JTT L;  1KIQ C;  1BB7 A;  1EL1 A;  1T8A A;  1QSB A;  2B6X A;  1CTW A;  1IO5 A;  1P46 A;  2Z12 A;  4Z41 A;  4W55 A;  2XBS A;  3WYH A;  2YBM A;  4M6D A;  232L A;  240L A;  5KKJ A;  2D91 A;  1C10 A;  1LJG A;  231L A;  4J1A A;  5KXT A;  135L A;  3WU7 A;  177L A;  1IP7 A;  4WOA A;  3CDO A;  1IP5 A;  3QE8 A;  4N8Z A;  2BQM A;  1XJU A;  3GUN A;  3SBB C;  1C6I A;  4QEQ A;  1L53 A;  4LT1 A;  1L02 A;  2YBL A;  2BQK A;  4YX7 C;  3B6L A;  2A4T A;  2YDG A;  2F4G A;  165L A;  1QS5 A;  5B59 A;  200L A;  4CFO A;  3A95 A;  1LPY A;  1NQI A;  2HUB A;  4YXC A;  4PGJ B;  1QTZ A;  4WM2 A;  1CJ8 A;  1P2L A;  1C60 A;  1I56 A;  1B7R A;  1YIL A;  1YKX X;  3ODU A;  3W6B A;  5ILC A;  3SB9 A;  4I7O A;  4H8Y A;  1L09 A;  1QT8 A;  1FDL Y; 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