3CT0 | Genus

Total Genus 61

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	61
sequence length	159
structure length	159
Chain Sequence	MVYVSNKYLTMSEMKVNAQYILNYLSSNGWTKQAICGMLGNMQSESTINPGLWQNLDEGNTSLGFGLVQWTPASNYINWANSQGLPYKNMDSELKRIIWEVNNNAQWINLRDMTFKEYIKSTKTPRELAMIFLASYERPANPNQPERGDQAEYWYKNLS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__574428120193439__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__574428120193439__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CT0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__574428120193439__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"574428120193439","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CT0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__574428120193439__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe8e494111f19cfca5e4c0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe8e494111f19cfca5e4c0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe8e494111f19cfca5e4c0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe8e494111f19cfca5e4c0/pdb.gz): 923 ms

reading 159 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

159 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:158});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteriophage phi-29
publication title	Crystal and cryoEM structural studies of a cell wall degrading enzyme in the bacteriophage phi29 tail. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Morphogenesis protein 1
total genus	61
structure length	159
sequence length	159
ec nomenclature
pdb deposition date	2008-04-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF18013	Phage_lysozyme2	Phage tail lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3ct0A00

3TMWA 2IHLA 1NBZC 3W6AA 1LMQA 1OUEA 5LYMA 3LZ2A 1JISA 4XENA 2DQJY 3A96A 1F6SA 2F2NA 1BVKC 3AZ5A 4KT3A 5L3HA 1O23A 4LT2A 1OUJA 5KXTA 2BQIA 3WUAA 3WUNA 4H8YA 3B6LA 1CKDA 4RLMA 4J1AA 1IEEA 4KXIA 1LJHA 4GCEA 1JPOA 1ZVHL 3ATOA 5DN4A 2EPEA 5LYTA 2Z2EA 1QTEA 1XFPL 4QY9A 132LA 1GE3A 1V7SA 1GWDA 1IC7Y 1XGQC 2F30A 2BQCA 2Z39A 1IWVA 1LZ4A 1JJ1A 1CKGA 1LZ1A 1DKJA 4NG1A 1LHHA 1IP3A 5APCA 1A4VA 1D9UA 1GAZA 1YKZX 4O34A 1OUGA 2XBSA 3EBAB 5DLAA 5B1GA 5I5QA 4CFOA 4ETDA 1D0KA 3QY4A 1H87A 3TXGA 1JJ0A 1HENA 4NEBA 3W6BA 2NWDX 5LXWA 3B0IA 5C6JA 1JKAA 5KJ9A 5IHGA 1NHEA 3BKHA 1QUSA 3WVXA 4B1AA 2W1LA 1JHLA 3WMKA 5II3A 1HELA 5B06A 4FDYA 1YILA 4DWXA 2ZQ3A 5KXZA 5FCPA 5L9JA 1F0WA 4PHIA 1HEWA 4LYTA 4H92A 2Z19A 1B9OA 1LJGA 194LA 1RCMA 4NGZA 4PRUA 1IY4A 1LZ6A 2BQHA 4XJHA 2LHMA 3AGHA 3LYTA 4GCFA 1GBZA 1LZNA 2F4AA 3J6KA 1LHKA 4NWHA 1T3PA 1NDGC 2GV0A 3CSQA 1GF9A 1YKXX 4YENA 3WVYA 4OWAA 1I20A 1REXA 2H9JA 4HPEA 4HV2A 2Z12A 3OJPA 4CGEA 2MECA 4QDNA 2G4PA 1IP7A 1DKKA 1GBSA 1JTTL 1VEDA 1IWYA 5KXXA 3LZTA 4J0LA 1OUHA 1CKCA 4NGKA 1GF4A 2PC2A 3EO5A 3AZ7A 3E3DA 1YAMA 3A3RX 3F6ZA 4GN4A 3AZ4A 1OUIA 1GHLA 1UICA 2ZQ4A 1UIEA 1LJEA 3AJNA 4HJZA 4KL7A 1B2KA 2DQIY 2BPUA 8LYZA 2N5ZA 2I6ZA 1QIOA 1GXXA 1KXYA 1B5UA 2Z18A 4ZFPA 5I4XA 4H94A 3WW5A 2Z2FA 1CJ8A 207LA 4Z46A 4ETCA 1UIFA 3FE0A 1JEFA 3TXFA 1WQNA 2YVBA 3SP3A 4NGWA 1LJ4A 4PGJB 3LN2A 4GCCA 5D5FA 1N4FA 1XGTC 2D4KA 1IR7A 1WQQA 4UWUA 4XJGA 1EL1A 4Z41A 5L3IA 2XBRA 4X3BA 5FDJA 1HEQA 1BB4A 1GE2A 1HFZA 4XJDA 1BB5A 1UIAA 2BLYA 1ZV5L 4WM1A 1E8LA 1VFBC 1OP9B 4J1BA 5ILFA 1QTKA 4GN3A 5LA8A 5KXLA 3AB6A 1NF5A 1BB6A 4NGYA 3WPJA 4XN6A 4WM3A 1GFTA 1AZFA 1YL1X 4P2EA 2BQEA 5T3FA 1GB5A 3WU9A 1JWRA 1NMMA 2DQGY 3FI7A 1GF8A 1GE0A 1YIKA 1FLYA 4NY5A 3GXRA 2ZYPA 4NGVA 1LKRA 2HEFA 3ULRA 1FKVA 4CHXA 4UWVA 1EQ5A 2HUBA 5KKIA 4LYBA 1BB7A 1NQIA 1GF3A 3HBHA 4WOAA 1B7RA 1WVUA 5A3EA 1WTMA 2FBBA 3HFMY 4MR1A 1IP2A 4CJ2A 5HNLA 5KXPA 1LZBA 2BQLA 4N1CC 4WLXA 3HBDA 3ZVQA 4NSIA 2LYMA 1DPWA 2HU3A 3A92A 4HTNA 153LA 4HV1A 1HFYA 4HTQA 3IWRA 5LA5A 3RU5A 1PS5A 4HTKA 4H93A 4H9IA 1JITA 5LIOA 1IP5A 4QGZA 5FSTA 1YQVY 5M1YA 3WU8A 4WLTA 4EMNA 1DQJC 1IR9A 4W94A 1J1PY 1GPQC 1LSCA 3OK0A 3CB7A 3W3EA 3KAMA 1CKHA 1OUDA 4B4JA 4NHSA 2BQGA 1JJ3A 2Q0MX 3RW8A 1WQMA 2YBIA 4GN5C 4YEOA 1J1XY 4KPMA 1LYYA 1TCYA 4IATA 1IR8A 3LYZA 1LSAA 1REZA 4MCKA 4J7VA 5IELA 1GBXA 5LVHA 2LZ2A 4IASA 3WU7A 3WH1A 2YBMA 4WL7A 1FLWA 1IVMA 1HHLA 3W6EA 1SLYA 208LA 5LVKA 2I25L 4NHQA 2IFFY 3WL2A 1LZYA 2X0AA 1GFEA 1CJ7A 3IJUA 4I8SA 2W1MA 1GB9A 3WW6A 2ZNXY 1LTMA 1FLQA 4LYOA 3B0OA 3GXKA 5DL9A 2C8OA 134LA 1GF7A 1LZTA 1YL0X 2FYCA 4C5FA 1DZBX 1CKFA 1JKDA 4ETAA 5APDA 4ANRA 1RJCB 5FHWA 3MGWA 4NHTA 1B7SA 3TMXA 2Z37A 3W6FA 1KIQC 1IWXA 1QDRA 2ZIJA 2HU1A 4XJFA 4II8A 1UIGA 4DD2A 5I4YA 4LYZA 2BQDA 2MEHA 1B0DA 5KXSA 5KXMA 4H8ZA 5JENB 4M6DA 1LZRA 3P64A 4B0DA 4Z3MA 1KXXA 4NGLA 5KXWA 5E9RA 5LYZA 3TXEA 3TXBA 2WARA 2CGIA 1HEOA 4TX7A 4RDSA 1YROA 2HEAA 1LZ5A 3ZEKA 1B7QA 1LZ9A 2YBLA 1IWTA 1NBYC 1LHLA 2XTHA 5F9UA 1VATA 2FYDA 1IP6A 1BWIA 1IOSA 1IOTA 3A94A 1C46A 2YBJA 4NSGA 1IOCA 1NDMC 1GXV2 4A7DA 1DXJA 4H9AA 3AZ6A 4MSTA 4N1EI 1IY3A 1WVVA 1LSFA 2DQEY 4WM2A 4WO6A 1IO5A 4N0JA 1PZYA 5EBHA 4QEQA 3WPKA 1GE1A 1IORA 2YSSC 2F4GA 4NIJA 4WLYA 1B5VA 1D6PA 4LFPA 4CFPA 1LJFA 2C8PA 154LA 1D6QA 5B59A 1FLUA 2EQLA 2YBHA 3A3QA 2BLXA 1B5WA 1J1OY 1LZGA 1OUBA 4GCDA 1LOZA 4IJ4A 4WM5A 1AT6A 2H5ZA 1B5YA 1XEIA 3A34A 3AW7A 1BGIA 4OOTA 4D9ZA 1CJ9A 1GF0A 1D0MA 1LMTA 1LZEA 4NWEA 2LZTA 1C08C 1BQLY 1UACY 4LYCA 5I4WA 1RFPA 1DPXA 3AGIA 2G4NA 1QQYA 1VDPA 1VDSA 4NGIA 1LJIA 1GFHA 3K3TA 4G4BA 4WG1A 5AMYA 5LAGA 4WLDA 3N9AA 5I53A 1QSAA 2HTXA 2MEDA 2A7FA 2BQOA 1IOQA 2DQDY 1C7PA 1QUTA 1WQPA 1XSFA 1JTOL 4Z98A 4G4CA 4ET8A 1LMPA 5HQ1A 1HMKA 1ZMYL 1GFAA 1HEMA 1JSEA 1GE4A 4UWNA 5B1FA 4WM4A 1C45A 1V7TA 3CT5A 4DC4A 1AT5A 2DQFC 4ZIXA 4NSHA 4H91A 1VDQA 6LYZA 2EIZC 2CDSA 5KKJA 2FBDA 3T36A 4RW1A 2RSCA 3A6CY 3T6UA 4W96A 1WQOA 5KXKA 1JKBA 4NGOA 1LJ3A 3ATNA 1XEJA 4NHPA 1YAQA 3QNGA 1BWJA 4DDAA 3J4GA 4B4EA 4LYMA 1UIHA 1AKIA 4N5RA 3RT5X 4OOOA 4RW2A 4H9BA 2ZNWY 5HMVA 2HEDA 3P68A 4XADA 1TBYA 5K7OA 1B7LA 1LSMA 5B07A 1LSYA 1D0LA 4ML7A 4AXTA 1NKHA 1GD6A 1XEKA 4ZEEA 1LZCA 4B4IA 4GLVA 4PJ2C 5J7CA 1GB2A 4NSJA 2ZILA 4H9CA 1G7MC 1B7PA 1JIYA 1LYSA 1GFGA 3A95A 4WG7A 4ET9A 3AGGG 4TWSA 2MEBA 2MEIA 5D5CA 4EOFA 1H6MA 1XGPC 1EQEA 5LAFA 3EXDA 1GFRA 2LYZA 1IX0A 1MELL 1INUA 2DQCY 1B7OA 3G3AB 4FJRA 5FEKA 3TXJA 1GFVA 2DQHY 3LHMA 4ETBA 3RNXA 4BADA 4TTDA 1F10A 2ZIKA 1IWUA 1IIZA 1ALCA 4B49A 1HC0A 1LJJA 1VAUA 3ZVQB 4DD9A 5DM9A 1GEZA 4H9HA 2G4QA 5KXNA 4R0FA 4M4OA 3CT0A 1LSPA 135LA 1LHIA 1LZ8A 2BQAA 4LT1A 3BKVA 2HEEA 1JUGA 4TUNA 1LHJA 1GFUA 4TSBA 1GBWA 5LVJA 4LGKA 1UIBA 133LA 2CWIA 4XJBA 1LSDA 4N9RA 5APEA 4U3XB 1A2YC 4N8ZA 4DD0A 1FDLY 4DD7A 1UIDA 4BAPA 4NHIA 2CJLA 3WULA 1JTPL 4WMGA 3CQLA 4HJYA 1HSXA 3TXKA 5LVGA 3B72A 1LKSA 4YOPA 1B7MA 3P4ZA 5F9XA 1BVXA 1NWGA 1LSEA 1W6ZA 1F6RA 4E3UA 3A8ZA 1AM7A 1REYA 5F14A 2BQNA 5IDDA 3A91A 2ZWBA 5LINA 2W1XA 2YBNA 1OQMA 3WYHA 1KXWA 1CJ6A 1BWHA 4WM6A 4AGAA 3QE8A 3HBEX 4I0CA 5HMJA 3M3UA 4PRQA 1LSNA 1I56A 1I1ZA 1LMNA 1HNLA 3TXDA 3D9AC 1HF4A 1FKQA 2ZYCA 2MEGA 1UUZC 3WXUA 1W08A 1WQRA 2DQAA 4NFVA 4DD1A 5A3ZA 3A93A 4H9FA 5KXRA 5FELA 2D4JA 2LYOA 5ILCA 1UBZA 1RI8B 1G7JC 4LFXA 1G7IC 2B5ZA 1XGUC 4G9SA 3CT1A 1GB7A 3B0KA 4OWEA 4OW1A 1IP4A 1LYOA 4BS7A 1OUCA 1GB3A 4TSCA 1B5XA 4GLAA 4LZTA 1GAYA 5E4PA 3TXIA 4GCBA 4H1PA 4WO9A 1Z55A 3N9CA 1DI3A 1LJKA 1LSBA 1XGRC 1REMA 2I26L 3EMSA 2AUBA 2DBTA 5KXYA 1RE2A 1LPIA 3P65A 4HP0A 1UA6Y 193LA 1OUAA 3VWOA 2MEAA 1FN5A 1LSGA 1OUFA 1JSFA 1LCNA 1LJNA 1GEVA 4YF2A 1IC5Y 3W6CA 4YEMA 4XYYA 1DI5A 1IP1A 3LYOA 5F81A 6LYTA 1LHMA 3TMVA 4H8XA 1QSWA 4L41A 4G4HA 5DN5A 1IC4Y 1YKYX 3D3DA 1UC0A 2BQFA 7LYZA 1GB8A 5APFA 3IJVA 4HSFA 1B5ZA 1LZAA 2Y8PA 1YANA 1B7NA 1JKCA 2H9KA 3A67Y 3G3BB 4R6CA 4NGJA 1LAAA 2BQJA 5F16A 4LT0A 1LZDA 4BAFA 4HPIA 1LSZA 3WUMA 4OWCA 4LT3A 2A7DA 2W1YA 1CNSA 3A6BY 3WPLA 1BHZA 4C3WA 4NG8A 1DI4A 1GB6A 1YAPA 4YM8A 2D4IA 3CSZA 1UCOA 1T6VL 3TXHA 1GFJA 5C6LA 1LZSA 1WTNA 5HLLA 4HJVA 3RZ4A 1GDXA 1GFKA 3LYMA 5HNCA 2MEEA 1LMOA 1HEPA 4G49A 2D91A 1HERA 4DD3A 5B05A 4WL6A 1KIRC 2BQBA 1G7HC 4XJIA 2BQKA 3AYQA 3WXTA 1YAOA 5I54A 1GDWA 4OWBA 1BB3A 3N9EA 1C10A 4RLNA 5KXOA 3CSRA 1ZVYB 1HMLA 2DKVA 4DYGA 3AW6A 2HEBA 4DDCA 3A90A 4DT3A 1G7LC 5LVIA 2MEFA 2HECA 1C43A 1GBOA 1SQ2L 1GB0A 1LMCA 2YDGA 1EQ4A 3P66A 1IWWA 2XJWA 5C6IA 1TDYA 4OWHA 3W6DA 4DDBA 2D6BA 2EKSC 1MLCE 1TAYA 1P2CC 1GF6A 1VDTA 5KY1A 1TEWA 1GF5A 4H9EA 1FBIX 2BQMA 2Z38A 4H90A 1IWZA 9LYZA 2BAAA 1HSWA 1LMAA 4ETEA 1KIPC 4PPOA 3TMUA 1QDTA 2VB1A 1LYZA 3M18B 1HFXA 1GBYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TMW A;  2IHL A;  1NBZ C;  3W6A A;  1LMQ A;  1OUE A;  5LYM A;  3LZ2 A;  1JIS A;  4XEN A;  2DQJ Y;  3A96 A;  1F6S A;  2F2N A;  1BVK C;  3AZ5 A;  4KT3 A;  5L3H A;  1O23 A;  4LT2 A;  1OUJ A;  5KXT A;  2BQI A;  3WUA A;  3WUN A;  4H8Y A;  3B6L A;  1CKD A;  4RLM A;  4J1A A;  1IEE A;  4KXI A;  1LJH A;  4GCE A;  1JPO A;  1ZVH L;  3ATO A;  5DN4 A;  2EPE A;  5LYT A;  2Z2E A;  1QTE A;  1XFP L;  4QY9 A;  132L A;  1GE3 A;  1V7S A;  1GWD A;  1IC7 Y;  1XGQ C;  2F30 A;  2BQC A;  2Z39 A;  1IWV A;  1LZ4 A;  1JJ1 A;  1CKG A;  1LZ1 A;  1DKJ A;  4NG1 A;  1LHH A;  1IP3 A;  5APC A;  1A4V A;  1D9U A;  1GAZ A;  1YKZ X;  4O34 A;  1OUG A;  2XBS A;  3EBA B;  5DLA A;  5B1G A;  5I5Q A;  4CFO A;  4ETD A;  1D0K A;  3QY4 A;  1H87 A;  3TXG A;  1JJ0 A;  1HEN A;  4NEB A;  3W6B A;  2NWD X;  5LXW A;  3B0I A;  5C6J A;  1JKA A;  5KJ9 A;  5IHG A;  1NHE A;  3BKH A;  1QUS A;  3WVX A;  4B1A A;  2W1L A;  1JHL A;  3WMK A;  5II3 A;  1HEL A;  5B06 A;  4FDY A;  1YIL A;  4DWX A;  2ZQ3 A;  5KXZ A;  5FCP A;  5L9J A;  1F0W A;  4PHI A;  1HEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CT0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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