3DMVA

Free of ligand binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmvA00
159LA 184LA 1SX2A 127LA 1C6KA 1XJUA 2OE7X 260LA 2CUUA 1QUGA 3HT6A 2OE4X 1L0KA 237LA 4DAJA 4I7PA 3DNAA 3DN6A 1G06A 1L32A 1L39A 1L35A 4W51A 232LA 4ZPUA 1KY0A 1ZWNA 199LA 3CDRA 4EJ4A 1P64A 1L54A 1L66A 138LA 1L43A 4GRVA 4ARQB 2L78A 1QTVA 149LA 1C6GA 3FI5A 1P46A 3FA0A 4W56A 1LWKA 254LA 2B75A 3F8VA 1L16A 1PQKA 1SSWA 4I7KA 165LA 1D3MA 1XEPA 160LA 1L26A 1QS9A 1DYFA 120LA 167LA 1L47A 3C7WA 4AQNA 1OYUA 3OE8A 3HTFA 3HTBA 2B6TA 3GUNA 3NY8A 3HUAA 3V2WA 128LA 1LI2A 4YXAC 1G0JA 1QUDA 1L57A 131LA 102LA 1D3JA 4I7QA 1C67A 1C69A 1L17A 1QT3A 222LA 1G0KA 148LE 5I14A 4W52A 1G0PA 2HUKA 1B6IA 3HWLA 1L55A 2RBPA 1L94A 200LA 1P37A 3DMZA 1P2LA 1QT7A 1C68A 1L04A 3SBBC 213LA 3G3WA 1DYAA 1L24A 2RBSA 3C82A 1PQIA 1L63A 145LA 261LA 1L37A 1L61A 1P6YA 3DN2A 215LA 1KNIA 1L28A 2F32A 3HT9A 3F9LA 1C62A 1LYEA 1DYDA 3GUOA 1L15A 3HU8A 162LA 1ZYTA 3K2RA 4EPIA 3CDQA 1KW7A 1L40A 1LGXA 225LA 2HUMA 1DYCA 1L75A 1I6SA 3L2XA 1G1WA 1L30A 4I7OA 231LA 1L92A 3HT8A 2F2QA 1L51A 1OVJA 1C6NA 3G3XA 3GUKA 141LA 1CTWA 4EPFA 1JTNA 1CU3A 1NHBA 3DN8A 140LA 163LA 172LA 235LA 2HULA 1CV5A 1L65A 147LA 2QB0B 4ARQA 104LA 4DKLA 1L81A 1DYBA 230LA 4ARLA 1QT4A 1L19A 1C6DA 1CVKA 3PDSA 112LA 3HT7A 3HU9A 142LA 3G3VA 259LA 3SB7A 1L53A 3GUPA 1C6EA 177LA 1QTHA 1L98A 2ANVA 1L79A 4DJHA 2B73A 1D2WA 1KY1A 1C6BA 189LA 1QTZA 1L06A 1L11A 1T8GA 3L64A 164LA 2QARC 146LA 4E97A 240LA 1L62A 1C6HA 4ARMB 1L95A 1P5CA 166LA 197LA 1C6IA 181LA 1QS5A 1QSBA 219LA 3GUIA 103LA 178LA 3SB6A 239LA 1L08A 3HH3A 1L02A 1QUOA 3SB9A 1L82A 3DMVA 4ARJA 1L85A 1T8FA 185LA 186LA 4PK0A 1L93A 1EPYA 1L77A 1L68A 119LA 4I7TA 157LA 229LA 1QT8A 3SN6R 1KW5A 1L09A 4W59A 2OE9X 2RH1A 1LYDA 1JTMA 171LA 1L76A 3ODUA 169LA 1L44A 1L70A 4EKQA 1QTDA 1L41A 158LA 4W54A 2B6ZA 262LA 4LDEA 3FADA 1L90A 2OU0X 1L60A 3SB8A 151LA 123LA 1L22A 253LA 3UONA 4LDOA 3CDTA 3NYAA 1LGUA 3V2YA 150LA 1K28A 1LYJA 4YX7C 1LI3A 220LA 2OEAX 1G0MA 1CV6A 223LA 205LA 250LA 3GUMA 3VW7A 3GULA 226LA 248LA 4I7MA 2O4WA 1ZURA 4OO9A 1L12A 108LA 115LA 1LI6A 2OTYX 191LA 3HH4A 1L25A 211LA 1G07A 1C6AA 2OU9A 144LA 3C7ZA 1L20A 2RB1X 1OV7A 258LA 3DMXA 210LA 1C65A 1LLHA 1L67A 1L80A 2RBRA 1L64A 1L56A 242LA 255LA 1G0GA 1CX7A 3RZEA 1QT6A 156LA 4ARMA 1L29A 7LZMA 130LA 3DN3A 1L27A 1QTCA 1LYHA 1L48A 1T8AA 111LA 190LA 1D9WA 3GUJA 249LA 3HH6A 170LA 2RBOA 4LDLA 1L97A 1P56A 4W58A 1PQOA 196LA 3C8RA 1L18A 209LA 1CU6A 256LA 1L86A 187LA 2RAZX 2RB2X 238LA 1KS3A 1G1VA 1T6HA 109LA 1L00A 1P36A 5LZMA 1C6TA 1OVHA 4K5YA 1L23A 168LA 4I7LA 1L0JA 1PQJA 2LZMA 122LA 234LA 3C8QA 3C81A 152LA 3PBLA 2F47A 245LA 236LA 3D4SA 4I7NA 1CUQA 1L01A 1LYIA 244LA 161LA 224LA 113LA 4I7JA 1C6QA 1D3FA 1QTBA 251LA 6LZMA 1L58A 4I7RA 1L84A 1CU0A 1L34A 182LA 3HTGA 227LA 1LGWA 1L71A 1L14A 1L69A 1L73A 2O7AA 3HUKA 4EKSA 2ANXA 1SWYA 1L07A 2Z6BA 180LA 1C63A 2RB0X 198LA 3OE9A 1SSYA 3CDVA 4YXCA 257LA 1L96A 3SB5A 1L10A 4W55A 129LA 1P7SA 214LA 1LWGA 2B70A 1C6JA 1OWYA 1L45A 3OE6A 3C7YA 2RBQA 3DN1A 206LA 1DYEA 1T97A 247LA 1D3NA 252LA 1PQMA 2B7XA 3C80A 3HDEA 3HUQA 4LZMA 3DN0A 107LA 3HDFA 1G0LA 1C61A 1C60A 1PQDA 221LA 175LA 188LA 4GBRB 1L31A 1L03A 4ARPA 1TLAA 241LA 4EKPA 3CDOA 4W57A 4EKRA 1LW9A 4S0WA 1L33A 1LYFA 2IGCA 2B6YA 143LA 3QAKA 1L99A 1L87A 118LA 1CV1A 1OV5A 1SX7A 1WTHA 217LA 1DYGA 1JQUA 2NTGA 1P2RA 3C83A 2A4TA 216LA 3DKEX 3RUNA 4EXMA 1L91A 1G0QA 3C8SA 1C6CA 2Q9EA 1L46A 3EMLA 1C6MA 2LCBA 2OU8A 1CU5A 1LYGA 4W53A 2NTHA 3NY9A 1L13A 2O79A 3DN4A 155LA 137LA 1C6FA 1L36A 174LA 1L42A 1L52A 1C64A 218LA 2RAYX 176LA 110LA 126LA 3HTDA 183LA 1L88A 1L74A 4I7SA 1CV3A 2B6WA 1L05A 3OE0A 4PJZA 201LA 1CV4A 2B6XA 1C6LA 1D2YA 2Q9DA 1L49A 1QUHA 1LPYA 1L38A 1C66A 1L21A 1P3NA 1XJTA 1C6PA 1QT5A 1L89A 2B72A 2B74A 243LA 195LA 1L59A 246LA 1OVKA 1CV0A 1L72A 1L83A 1QSQA 1SWZA 1L50A 1CX6A 192LA 212LA 173LA 3SBAA 114LA 233LA 2RBNA 2LC9A 1OWZA 228LA 1CU2A 2OTZX 139LA 125LA 3LZMA 4IAPA 3HH5A 3JR6A 1CUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XADA 1WQMA 1SX2A 1C6KA 1HMLA 1XJUA 260LA 4ETBA 3DNAA 1NF5A 3DN6A 2DQCY 1L32A 5HQ1A 1QTEA 4W51A 4GLVA 1LZ1A 4GRVA 1B2KA 1QTVA 1GAYA 1C6GA 1HSWA 1DPXA 3WYHA 3F8VA 4I7KA 165LA 1V7SA 5LIOA 4GLAA 4J1BA 2HEFA 1QS9A 1DYFA 1IOQA 1L47A 2W1YA 3C7WA 1B5UA 4GCBA 4WO6A 3NY8A 1GFAA 128LA 1QQYA 5LA5A 102LA 1XSFA 1C67A 3A8ZA 222LA 5I14A 1B5VA 5KJ9A 5KXKA 3HWLA 1B9OA 1L55A 1F10A 3WVYA 3DMZA 4AXTA 1P2LA 4B49A 2BQGA 1L24A 3C82A 261LA 5ILCA 1P6YA 1L61A 1GE1A 1LYEA 3GUOA 1VDPA 1L15A 3F6ZA 3CSQA 3CDQA 1I56A 5E9RA 3W6EA 1LZ5A 3AGGG 3L2XA 4PRUA 4HTKA 1LHIA 1L92A 3RU5A 3WXUA 1LJIA 1W08A 3G3XA 4N0JA 1GB3A 3EXDA 141LA 1CTWA 3TXKA 235LA 1LYYA 1CV5A 104LA 1L81A 2ZILA 1JJ0A 4G4HA 4WM5A 2XJWA 2I26L 3A6BY 2EQLA 4Z98A 2BQBA 3SB7A 2ANVA 1L79A 4N1CC 1H6MA 2B73A 1H87A 2C8PA 1KY1A 1LZCA 1GFVA 5I53A 1T8GA 1LYZA 1B5XA 4LT2A 4XJHA 1C6HA 1L95A 166LA 5KXWA 219LA 1QSBA 103LA 2BLYA 3A95A 3SB6A 5HNLA 1L08A 132LA 3HH3A 1Z55A 5APFA 1L82A 1JPOA 1HFYA 4RLNA 3J4GA 1L85A 1IEEA 1FDLY 1QTKA 186LA 1L68A 1LSFA 4I7TA 1JJ1A 229LA 5KXTA 1VFBC 3A91A 2OE9X 2RH1A 4XJDA 4PGJB 1L76A 3ODUA 2BQEA 1LCNA 2EPEA 1ZV5L 2GV0A 1JSFA 1IC7Y 4ETAA 1V7TA 4H93A 1BB3A 1L22A 253LA 1LJHA 3T36A 3RNXA 1K28A 1LYJA 4B4EA 3M18B 1B7MA 1LI3A 4NY5A 223LA 1CV6A 4DD7A 1AZFA 3GUMA 4H91A 248LA 1TCYA 1GE4A 4I7MA 2O4WA 1ZURA 4NGVA 2FYDA 1B0DA 2OTYX 1L25A 211LA 1LSPA 2W1LA 1HEPA 2RB1X 4UWUA 258LA 1UBZA 3DMXA 3FE0A 4C5FA 1L67A 255LA 4H9AA 3RZEA 2FBBA 1L29A 1JIYA 4CFPA 4DWXA 4H9IA 3A34A 1QTCA 4WO9A 190LA 1D9WA 2YDGA 1GEZA 1GBZA 1LHLA 2HU3A 170LA 1TEWA 3M3UA 2H5ZA 4NGJA 1L86A 187LA 2RAZX 4NHQA 1GB9A 4FJRA 3A3QA 1T6HA 1L00A 1C10A 1L0JA 4RLMA 1PQJA 2H9JA 2CDSA 1HFZA 2ZNWY 236LA 1BWIA 4G4BA 4N1EI 244LA 113LA 4GN3A 1OUDA 5A3EA 1D3FA 4M6DA 4I7RA 4BADA 1CU0A 182LA 1EL1A 4WOAA 1L71A 2ANXA 4KPMA 1SWYA 2Z6BA 1LSAA 2RB0X 3OE9A 1SSYA 3WU7A 1YIKA 2FBDA 4LYCA 1LJGA 1IP1A 206LA 1T97A 252LA 1D3NA 1PQMA 3HDEA 1C46A 1KXWA 5LVJA 4LZMA 1GDWA 3HDFA 1C61A 1C60A 1PQDA 1IWUA 1WQRA 4ARPA 241LA 4W57A 1GHLA 1LW9A 3P4ZA 1B7PA 4NGYA 2IGCA 5LXWA 2MEGA 5L9JA 1L87A 1BGIA 5I4XA 2NTGA 1P2RA 3DKEX 3B0KA 1J1PY 1L91A 2DQAA 3C8SA 3AGHA 3WUNA 1LZNA 5FEKA 1DZBX 5E4PA 1C6MA 1LZEA 5KXOA 4GCDA 2BLXA 2NTHA 3NY9A 4UWVA 1L13A 3DN4A 155LA 1JKBA 4DC4A 3B0OA 2D4KA 4WG1A 3IJVA 4PJ2C 2MEBA 1L74A 1CV4A 1F0WA 2DQFC 1C6LA 4HP0A 1WQOA 5APEA 5DN4A 2B5ZA 5LVGA 1QT5A 1L89A 1GF8A 4WM2A 4WLTA 2C8OA 1CJ9A 1IWVA 1WQNA 1CV0A 1L72A 1GB8A 1XEIA 192LA 173LA 2Q0MX 4NHPA 1JHLA 1UA6Y 3TXBA 1OWZA 4QEQA 2OTZX 4II8A 1JKCA 4Z46A 1NBZC 125LA 2D4JA 3JR6A 2ZNXY 159LA 184LA 1OUCA 1GBOA 2OE7X 2CUUA 2OE4X 1L0KA 1NHEA 2RSCA 4DAJA 1LZ8A 2Z37A 4NHIA 3LN2A 1L39A 4A7DA 5LYZA 232LA 1PS5A 1GPQC 4NGZA 1L54A 1L66A 2EIZC 5B1GA 1GF9A 1B7SA 1IORA 1PQKA 1SSWA 1D3MA 4NGKA 1LZTA 4QDNA 160LA 1L26A 120LA 1FN5A 1TBYA 3A94A 1OP9B 3TXEA 1HFXA 4AGAA 3GUNA 1JKAA 3HUAA 4H8YA 2CWIA 1QUDA 3D9AC 3GXRA 134LA 1C7PA 1D3JA 5KXZA 2MEAA 1FKVA 1O23A 1L17A 1LPIA 1QT3A 1GF7A 1UIEA 4W52A 2HUKA 1D6PA 1XEKA 5T3FA 1L94A 4L41A 1P37A 1NDGC 1QT7A 4NHSA 4J1AA 213LA 1OUIA 4XN6A 1DYAA 4CHXA 2LZ2A 1OUJA 1MLCE 1LJJA 162LA 4N9RA 4EPIA 4N5RA 1KW7A 1LGXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XAD A;  1WQM A;  1SX2 A;  1C6K A;  1HML A;  1XJU A;  260L A;  4ETB A;  3DNA A;  1NF5 A;  3DN6 A;  2DQC Y;  1L32 A;  5HQ1 A;  1QTE A;  4W51 A;  4GLV A;  1LZ1 A;  4GRV A;  1B2K A;  1QTV A;  1GAY A;  1C6G A;  1HSW A;  1DPX A;  3WYH A;  3F8V A;  4I7K A;  165L A;  1V7S A;  5LIO A;  4GLA A;  4J1B A;  2HEF A;  1QS9 A;  1DYF A;  1IOQ A;  1L47 A;  2W1Y A;  3C7W A;  1B5U A;  4GCB A;  4WO6 A;  3NY8 A;  1GFA A;  128L A;  1QQY A;  5LA5 A;  102L A;  1XSF A;  1C67 A;  3A8Z A;  222L A;  5I14 A;  1B5V A;  5KJ9 A;  5KXK A;  3HWL A;  1B9O A;  1L55 A;  1F10 A;  3WVY A;  3DMZ A;  4AXT A;  1P2L A;  4B49 A;  2BQG A;  1L24 A;  3C82 A;  261L A;  5ILC A;  1P6Y A;  1L61 A;  1GE1 A;  1LYE A;  3GUO A;  1VDP A;  1L15 A;  3F6Z A;  3CSQ A;  3CDQ A;  1I56 A;  5E9R A;  3W6E A;  1LZ5 A;  3AGG G;  3L2X A;  4PRU A;  4HTK A;  1LHI A;  1L92 A;  3RU5 A;  3WXU A;  1LJI A;  1W08 A;  3G3X A;  4N0J A;  1GB3 A;  3EXD A;  141L A;  1CTW A;  3TXK A;  235L A;  1LYY A;  1CV5 A;  104L A;  1L81 A;  2ZIL A;  1JJ0 A;  4G4H A;  4WM5 A;  2XJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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