3DMVA

Free of ligand binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmvA00
3GUPA 1L03A 4I7MA 3QAKA 1L37A 3NY8A 3HU8A 3SN6R 3DN8A 3DMVA 187LA 1L32A 1P56A 1L65A 1OVJA 1L51A 2B72A 198LA 1KS3A 1SSWA 1QT7A 3DMZA 4LDOA 4I7OA 3G3WA 2RB2X 4I7PA 1LI2A 1L26A 1C6KA 3L2XA 1P3NA 2ANVA 1T6HA 239LA 3GULA 3V2YA 1OV7A 237LA 1QS5A 176LA 2O7AA 1CV4A 3HDFA 200LA 3SB5A 181LA 196LA 1G1WA 2Z6BA 158LA 4K5YA 4EKQA 171LA 3DN4A 1L01A 1L90A 126LA 3GUJA 2B7XA 5I14A 1WTHA 1NHBA 1L57A 1L00A 2NTGA 3GUKA 2OEAX 3HH4A 186LA 3HWLA 252LA 118LA 2RBOA 1D3MA 238LA 1SWZA 1CU5A 1L80A 1L35A 1QUDA 4W53A 1PQDA 211LA 3GUIA 104LA 177LA 1QT3A 4I7TA 1L94A 1KW7A 1C6HA 157LA 3FI5A 4W59A 1DYAA 201LA 1LW9A 254LA 3C7WA 2RAZX 1LYGA 1L73A 184LA 4W57A 1L59A 256LA 1I6SA 221LA 2O79A 3DMXA 1P7SA 1L60A 1SSYA 131LA 2F2QA 1L15A 1C62A 1C61A 249LA 4EXMA 1C68A 1EPYA 209LA 115LA 1CX7A 1D3FA 1L58A 229LA 172LA 1L22A 1T8AA 1L41A 1C6QA 1G1VA 1L52A 1C6CA 1L44A 4DAJA 4EJ4A 1L12A 3DN2A 2OTYX 2OE9X 4ARJA 1L38A 3DN0A 3OE0A 1L67A 191LA 1C6BA 4EPFA 1PQKA 217LA 122LA 4ARQA 2RBSA 3F9LA 1L71A 119LA 123LA 1LI3A 1ZURA 3HTFA 1QT4A 2ANXA 1OV5A 165LA 1P36A 4W55A 3SB7A 4I7KA 4W51A 1CU3A 3SBBC 192LA 3F8VA 1G0GA 1QT6A 1L97A 1DYCA 1CUPA 220LA 1C6PA 1DYBA 2RB0X 1L93A 2HULA 1LLHA 112LA 2RBRA 144LA 4EKSA 1L11A 109LA 4I7LA 259LA 1L55A 1KY1A 245LA 167LA 1G0JA 2IGCA 2B6WA 1L50A 1L95A 1QT8A 3HUAA 4PK0A 1L77A 1P6YA 1L83A 188LA 2OE7X 1QS9A 3FA0A 3HTDA 1D2YA 125LA 3SBAA 146LA 3OE6A 1L48A 1C65A 1G07A 1XJTA 3HU9A 1L07A 149LA 1SWYA 1L21A 3DN3A 1CU0A 1G0MA 1L64A 3C7YA 1L70A 1CV5A 4YXCA 3CDQA 2NTHA 3G3XA 2LC9A 1L54A 241LA 3HT8A 4W54A 1L43A 3NYAA 113LA 152LA 1L30A 1QUHA 1B6IA 1OVKA 1L27A 3SB9A 3RUNA 2Q9DA 218LA 1P5CA 4W56A 4DJHA 3C80A 3C83A 3NY9A 2RB1X 210LA 262LA 4W52A 1PQOA 1DYFA 1P2LA 235LA 1L88A 1L28A 1DYGA 1L53A 246LA 1QUOA 243LA 1L40A 3GUNA 4LDLA 1JQUA 233LA 1P2RA 3HH6A 3D4SA 1G0KA 1L69A 127LA 1L08A 2Q9EA 236LA 3HUKA 173LA 2RBNA 1DYDA 3C7ZA 141LA 1L61A 1L23A 1JTMA 4I7NA 1L76A 1L98A 2B73A 155LA 1C69A 1L34A 1L87A 3HT7A 248LA 111LA 228LA 4ARMA 166LA 1C6FA 3FADA 170LA 1L09A 182LA 168LA 1LGUA 212LA 1L24A 6LZMA 1C6GA 1L72A 1QTZA 1LYDA 1L05A 1D3JA 3HTBA 1G0PA 3UONA 257LA 2OU0X 151LA 178LA 4PJZA 2QB0B 189LA 1LYEA 251LA 1L89A 2B75A 1P46A 1L04A 2F47A 3DN1A 3DN6A 174LA 1L56A 3HTGA 138LA 1L17A 2B6XA 1C63A 1QTDA 1C6IA 2QARC 231LA 161LA 1CTWA 175LA 1JTNA 1OVHA 1ZWNA 1CVKA 1XJUA 1L19A 2RAYX 4I7JA 1L46A 156LA 224LA 1P64A 1C66A 3PDSA 130LA 234LA 2OE4X 250LA 1SX7A 2OTZX 253LA 226LA 3DNAA 1L49A 232LA 216LA 247LA 4E97A 4ZPUA 3HT9A 3CDTA 148LE 1L14A 3CDVA 180LA 142LA 1KW5A 1L42A 223LA 214LA 206LA 1C60A 1C6MA 3HUQA 1LYJA 4EPIA 3GUOA 205LA 225LA 3SB8A 1L0KA 1CU6A 1L81A 1QTCA 2O4WA 1OYUA 3C81A 1C6LA 242LA 162LA 1L84A 1QT5A 261LA 1OWZA 164LA 2HUKA 3K2RA 1K28A 1SX2A 147LA 1T8GA 3G3VA 140LA 3HH5A 1CUQA 3JR6A 4EKPA 4LZMA 3V2WA 3CDOA 129LA 139LA 1L33A 160LA 1L18A 1L92A 1PQMA 4YX7C 1QSQA 4W58A 227LA 4S0WA 1L74A 1QTBA 1T8FA 5LZMA 1L25A 3GUMA 1C6DA 2RH1A 4I7QA 1G06A 1CU2A 1CV1A 2L78A 185LA 1KNIA 1LGXA 1PQJA 222LA 1XEPA 2RBQA 1CV3A 244LA 107LA 1C6EA 3OE9A 1QUGA 3OE8A 103LA 1L63A 4ARPA 1CV0A 3DKEX 4EKRA 195LA 1L31A 4GBRB 108LA 3HDEA 145LA 1G0LA 1L29A 159LA 137LA 1L62A 255LA 1ZYTA 1CV6A 1L68A 3ODUA 199LA 2OU9A 1C6NA 1T97A 143LA 1LYHA 1LWKA 3CDRA 4YXAC 4OO9A 4I7RA 1QSBA 1OWYA 1D2WA 1G0QA 120LA 1L10A 4IAPA 1LI6A 2B74A 190LA 4AQNA 2OU8A 1LYIA 1L39A 3L64A 1CX6A 1DYEA 1L99A 197LA 2B70A 2CUUA 4ARMB 169LA 3SB6A 260LA 1C6JA 1L20A 163LA 1L02A 1L91A 240LA 2B6ZA 230LA 1L82A 1L47A 1D3NA 3HT6A 1C6AA 4ARLA 3C8RA 2A4TA 3C8SA 1L36A 1C64A 2RBPA 3RZEA 150LA 1TLAA 4ARQB 3VW7A 2HUMA 4LDEA 1C67A 1L79A 1L66A 1L75A 183LA 3PBLA 1D9WA 213LA 128LA 4DKLA 114LA 3C8QA 1QTHA 219LA 2LCBA 1KY0A 1LPYA 102LA 1L16A 1L45A 3HH3A 3EMLA 4I7SA 2B6TA 3LZMA 1LWGA 2LZMA 7LZMA 1QTVA 1P37A 1L96A 4GRVA 1LGWA 110LA 2B6YA 2F32A 1L0JA 1PQIA 3C82A 258LA 1L06A 1L86A 1C6TA 1L85A 1LYFA 1L13A 215LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N9AA 3GUPA 1L03A 3QAKA 1GFKA 3HU8A 3AGGG 4IATA 5LVKA 187LA 1LSAA 4YF2A 5IELA 1L51A 198LA 1SSWA 4LDOA 3G3WA 5LAGA 4XYYA 1C43A 1C6KA 1OUHA 4ET8A 4XJFA 1FLYA 239LA 2BQJA 3V2YA 1OV7A 4DD3A 4H1PA 2EKSC 3AW6A 2O7AA 3HDFA 1GB9A 1G1WA 1HFXA 1QDTA 3DN4A 3T6UA 1L90A 1LZSA 2LZTA 4RDSA 1B5UA 4NY5A 4CFPA 3J4GA 2W1XA 4LYCA 2OEAX 1HNLA 1INUA 4WG7A 3HWLA 252LA 118LA 1GDWA 1SWZA 1GAYA 1B5XA 3GUIA 1C46A 4GN3A 1CKHA 3FI5A 1LW9A 2BQKA 3C7WA 1B7OA 1UIGA 1LYGA 184LA 1GAZA 4NEBA 4H9AA 1L60A 249LA 2DQIY 4EXMA 3G3AB 1LHIA 2DQEY 115LA 1BWJA 1CX7A 5KY1A 172LA 1L22A 1CKFA 2I6ZA 5B05A 4H92A 1LPIA 3AZ5A 4DAJA 1L12A 3DN2A 1NDGC 1VDPA 3LYZA 3OE0A 1IOSA 3WW5A 1LZ5A 2D91A 191LA 1IWZA 4EPFA 3P65A 1LHHA 1QIOA 3HTFA 1YKZX 1DPXA 165LA 1NBYC 1HEWA 4W51A 3F8VA 1QT6A 2D4JA 1DYCA 220LA 4DD9A 4G9SA 1GE3A 4NSHA 1LJKA 1L93A 2HULA 112LA 3T36A 4EKSA 1WVVA 4AXTA 1GB8A 1OUGA 1G0JA 2XBRA 1UIBA 2IGCA 3CT0A 1L50A 2DQCY 5A3ZA 5LAFA 3HUAA 3A3QA 1L83A 1HC0A 3HTDA 3A95A 3CSQA 2H9JA 3SBAA 1IC5Y 3LZ2A 2HECA 3CB7A 3WPLA 1L07A 4UWNA 1NWGA 3ATNA 1JISA 1CU0A 5LIOA 5M1YA 1YILA 4D9ZA 3CDQA 3A8ZA 2LC9A 4AGAA 2IFFY 1WQNA 3GXRA 4FDYA 4KXIA 4W54A 1G7MC 4KT3A 5K7OA 1GBWA 1VEDA 210LA 4NHIA 135LA 207LA 235LA 2BQIA 4DT3A 1DYGA 1L40A 4OWEA 4BAFA 1L69A 4FJRA 1L08A 236LA 5KKIA 1E8LA 2RBNA 1L61A 1L23A 2B5ZA 4N1EI 5LA8A 1GBXA 1C69A 4C3WA 3HT7A 2BQEA 5KXZA 1B0DA 3CQLA 5FCPA 5APDA 1REYA 1LCNA 3MGWA 3A90A 1HFZA 5F14A 1L72A 4NGLA 4BADA 3WU9A 1G0PA 1KXYA 3WXUA 1REMA 151LA 178LA 4PJZA 2QB0B 5KXWA 189LA 2F47A 1L04A 2BQNA 3HBHA 3HTGA 2MEDA 4ZFPA 2LYZA 4WM1A 1OVHA 3QE8A 1CVKA 2RAYX 4MCKA 2OE4X 2PC2A 250LA 4NFVA 1PS5A 4RLNA 1LZNA 1L49A 232LA 2BLXA 4YOPA 4DYGA 3HT9A 3CDTA 148LE 4RLMA 1ZVYB 180LA 5B1GA 214LA 4HP0A 2NWDX 4EPIA 1LHMA 1LZTA 1JKBA 2ZNXY 3SB8A 1L0KA 1CU6A 4YM8A 1CKGA 1DKJA 1DPWA 162LA 1L84A 5C6LA 1UA6Y 3OJPA 164LA 1T8GA 3JR6A 3G3VA 1I56A 3LN2A 1CUQA 4LZMA 3CDOA 1W08A 139LA 1L18A 1PQMA 1JKCA 1QSQA 4S0WA 3TXKA 5LZMA 1L25A 4XN6A 4E3UA 1C6DA 4O34A 2DBTA 1B7QA 4OWAA 1LGXA 244LA 1C6EA 1OUIA 3CSRA 6LYZA 103LA 4XJHA 4YENA 1LJNA 1L31A 4GBRB 1LZYA 4GCDA 4WM2A 4II8A 1VFBC 2D4IA 5I4YA 2YBMA 4J1AA 199LA 4NIJA 1LWKA 1CKDA 1IP1A 4I7RA 3RNXA 1XSFA 1LMNA 3TMUA 4ETAA 1VAUA 4IAPA 3TMWA 190LA 4AQNA 2MEEA 1LYIA 1L39A 1BB4A 1JKAA 5KXLA 2ZIJA 1KXXA 4ARMB 194LA 3SB6A 240LA 2MEAA 1D3NA 5T3FA 3P64A 4LYTA 3C8RA 4ZEEA 2RBPA 5LINA 3VW7A 5LVIA 4J0LA 4LDEA 3W6CA 4YEOA 1J1XY 1D9WA 3C8QA 1QTHA 1LJEA 1L45A 1XGPC 4WO9A 2F32A 3D9AC 3C82A 5C6IA 1UUZC 1RFPA 3WXTA 4I7MA 4ETEA 5IDDA 1OVJA 4HPIA 3DMZA 4RW2A 4I7OA 1LOZA 1GF6A 1LI2A 4BAPA 2ANVA 1T6HA 4WLXA 1G7LC 3RW8A 3G3BB 1V7TA 2FYDA 1DI3A 3SB5A 3SP3A 2I25L 2A7FA 1F0WA 171LA 3LYMA 2BQFA 1REZA 1OUJA 3GUJA 5I14A 1CNSA 1H87A 1L00A 2NTGA 3WYHA 1B7PA 4NGVA 4GCCA 5KXRA 186LA 1LJFA 1YL0X 2XTHA 3VWOA 1LSCA 4RW1A 1CU5A 4WM5A 1L35A 1QUDA 1RE2A 2DQAA 1A4VA 104LA 1GFUA 1QT3A 1LSYA 1P2CC 2RAZX 4H91A 1MLCE 1FN5A 1GF9A 256LA 5ILFA 221LA 2O79A 1UIFA 4ETDA 1SSYA 131LA 1L15A 1C62A 2EPEA 4OWCA 3A91A 1TAYA 1YQVY 1ZV5L 1D3FA 1L58A 1L41A 2CDSA 4EJ4A 1B5YA 1B5VA 1L38A 1LZ6A 2XJWA 1EQ4A 1GFVA 3A6BY 4H9HA 1L67A 4PHIA 5L9JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3N9A A;  3GUP A;  1L03 A;  3QAK A;  1GFK A;  3HU8 A;  3AGG G;  4IAT A;  5LVK A;  187L A;  1LSA A;  4YF2 A;  5IEL A;  1L51 A;  198L A;  1SSW A;  4LDO A;  3G3W A;  5LAG A;  4XYY A;  1C43 A;  1C6K A;  1OUH A;  4ET8 A;  4XJF A;  1FLY A;  239L A;  2BQJ A;  3V2Y A;  1OV7 A;  4DD3 A;  4H1P A;  2EKS C;  3AW6 A;  2O7A A;  3HDF A;  1GB9 A;  1G1W A;  1HFX A;  1QDT A;  3DN4 A;  3T6U A;  1L90 A;  1LZS A;  2LZT A;  4RDS A;  1B5U A;  4NY5 A;  4CFP A;  3J4G A;  2W1X A;  4LYC A;  2OEA X;  1HNL A;  1INU A;  4WG7 A;  3HWL A;  252L A;  118L A;  1GDW A;  1SWZ A;  1GAY A;  1B5X A;  3GUI A;  1C46 A;  4GN3 A;  1CKH A;  3FI5 A;  1LW9 A;  2BQK A;  3C7W A;  1B7O A;  1UIG A;  1LYG A;  184L A;  1GAZ A;  4NEB A;  4H9A A;  1L60 A;  249L A;  2DQI Y;  4EXM A;  3G3A B;  1LHI A;  2DQE Y;  115L A;  1BWJ A;  1CX7 A;  5KY1 A;  172L A;  1L22 A;  1CKF A;  2I6Z A;  5B05 A;  4H92 A;  1LPI A;  3AZ5 A;  4DAJ A;  1L12 A;  3DN2 A;  1NDG C;  1VDP A;  3LYZ A;  3OE0 A;  1IOS A;  3WW5 A;  1LZ5 A;  2D91 A;  191L A;  1IWZ A;  4EPF A;  3P65 A; 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