3DMVA

Free of ligand binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmvA00
168LA 1CU5A 1QTHA 4I7RA 127LA 1L69A 4E97A 1C6FA 1L90A 113LA 1L38A 3C82A 1L65A 1P37A 3QAKA 171LA 2OU8A 253LA 1P6YA 4DAJA 1L40A 1L59A 1L32A 1C68A 1L27A 3FI5A 200LA 2B72A 243LA 1L55A 3SB6A 2RBRA 210LA 4I7OA 1LGUA 2RBQA 130LA 248LA 148LE 1L84A 1JQUA 4I7NA 108LA 2B6WA 4EKSA 1PQMA 3PDSA 1L49A 2LC9A 216LA 184LA 1L05A 2B73A 3SN6R 2NTGA 213LA 224LA 180LA 1PQOA 1L23A 226LA 107LA 1P2RA 1LLHA 3F9LA 4W58A 1T97A 257LA 163LA 1L11A 197LA 3L64A 3DN4A 1DYDA 1L13A 190LA 4W54A 1L45A 3SBAA 2O7AA 4I7KA 1OV7A 185LA 1JTNA 1L58A 3GULA 1LYDA 4YXAC 235LA 3DN8A 1C6TA 122LA 1SWZA 1L30A 4I7QA 3EMLA 209LA 2B6YA 4W53A 4EKPA 1L29A 1L50A 4ARQB 4W56A 1L71A 1XEPA 1L44A 4EKRA 4I7TA 3G3VA 181LA 1KS3A 1DYAA 3DMXA 1CUQA 1L0KA 1L17A 3GUOA 3V2WA 1L62A 1L18A 1CX7A 206LA 1L36A 1C6BA 1TLAA 1C6HA 1SSWA 1LYGA 1CTWA 1NHBA 3GUKA 4LDLA 1QT6A 1C6IA 4AQNA 1L53A 231LA 2L78A 174LA 3CDQA 115LA 3C7ZA 2OU9A 1C6KA 233LA 1C6NA 125LA 236LA 254LA 1L00A 1G1VA 137LA 1QTZA 3HT7A 1ZURA 1L33A 2OEAX 138LA 1CV6A 1OYUA 258LA 3NYAA 1L95A 1L81A 1CUPA 1QS5A 3C7WA 131LA 4PJZA 4YXCA 1SX7A 1L67A 1L60A 3C80A 219LA 1L54A 144LA 1PQJA 4W51A 150LA 1C6PA 1KY1A 155LA 1C6DA 3DMZA 1L57A 223LA 1T8GA 205LA 2O4WA 1QUDA 3HT6A 123LA 6LZMA 4EXMA 1L91A 1L41A 1T8FA 1L34A 251LA 1LYIA 2HULA 1D3JA 182LA 3GUMA 1G06A 1QT4A 1QUHA 3K2RA 1DYCA 145LA 1L61A 1LYEA 1L19A 212LA 1QUOA 2Q9DA 1L75A 1XJUA 3C7YA 1L42A 3DN3A 232LA 2F47A 2O79A 111LA 147LA 1L06A 4I7JA 1LWKA 1B6IA 191LA 3HDFA 1LI2A 1L0JA 4ARMA 1D3FA 3CDOA 1L74A 4W57A 1CVKA 3HTGA 1L73A 4GRVA 2F2QA 1L51A 227LA 1L20A 1P2LA 1L87A 104LA 2Z6BA 3CDRA 3CDVA 4I7LA 1I6SA 3OE8A 1T6HA 1L66A 4EPIA 250LA 2RB2X 3L2XA 1PQDA 1CU0A 2OE7X 7LZMA 1LPYA 1P3NA 2QARC 1L46A 3OE9A 183LA 120LA 3FADA 1L92A 1L09A 1P56A 1P46A 1KNIA 1L22A 1L48A 3HH3A 230LA 159LA 158LA 261LA 196LA 1P36A 1L04A 242LA 1C6MA 3HWLA 4DKLA 3PBLA 141LA 1C6QA 1G0JA 262LA 1QSBA 1L82A 3ODUA 176LA 1SX2A 1P5CA 1LI3A 1T8AA 143LA 3DN1A 1ZWNA 1C6EA 1DYGA 3SB7A 4LDOA 1L01A 1C66A 4ARQA 2RAZX 1EPYA 215LA 245LA 1L97A 1L14A 1L21A 240LA 128LA 1CV0A 4LZMA 1PQIA 152LA 1L89A 4W52A 1QS9A 1QT3A 3SB9A 1LYJA 1L39A 1L77A 1DYEA 4EKQA 1CV4A 3JR6A 1QTDA 3RUNA 1G07A 3UONA 1C60A 1L94A 3HH4A 234LA 1C6CA 4I7PA 4ZPUA 256LA 1LYFA 2B75A 1L16A 189LA 151LA 1OVJA 4I7SA 217LA 3HTBA 1LI6A 1D3NA 4I7MA 1LW9A 3F8VA 1L08A 109LA 149LA 2OTZX 3RZEA 1L72A 3C81A 3SB8A 167LA 4ARLA 2OE4X 1L25A 228LA 1OWZA 3GUPA 241LA 3GUJA 3V2YA 3HUAA 1D3MA 3DN0A 1K28A 1L98A 3C8RA 1L26A 1L52A 1L03A 220LA 1OVKA 1KY0A 259LA 1L31A 1C67A 3SB5A 1L80A 1L02A 3GUNA 260LA 1ZYTA 4ARPA 1L86A 255LA 1L85A 1L70A 161LA 1QTBA 3DKEX 126LA 1P7SA 2OTYX 4W55A 1SWYA 102LA 1DYFA 114LA 1C64A 1L63A 2LZMA 1G0MA 1L47A 1L56A 4EPFA 1L88A 3HU8A 1PQKA 1C62A 1C6GA 1LWGA 3VW7A 2RBSA 1CU2A 192LA 244LA 110LA 4S0WA 249LA 1CV5A 1CU3A 2QB0B 139LA 1G0QA 1C69A 3NY9A 170LA 1L07A 1D2YA 186LA 3HUQA 1CX6A 4K5YA 1G0PA 3C8SA 1D9WA 2RBPA 3D4SA 4ARMB 169LA 3C8QA 1L79A 238LA 2OU0X 146LA 247LA 3DN6A 1C65A 3LZMA 1QUGA 2Q9EA 3DMVA 4ARJA 2CUUA 3DN2A 1LGWA 3HT9A 1C61A 2F32A 1CU6A 3OE6A 4PK0A 2ANXA 1OV5A 1QSQA 225LA 1G0KA 4LDEA 1KW5A 1L68A 198LA 3HTDA 160LA 1L64A 211LA 221LA 2B6XA 1DYBA 156LA 3CDTA 1L99A 1CV3A 2ANVA 164LA 166LA 3HT8A 2OE9X 1L10A 239LA 1G1WA 2RB0X 3FA0A 2HUKA 1QT8A 2B6ZA 201LA 1OVHA 2B74A 1D2WA 1L93A 2B6TA 246LA 172LA 4GBRB 119LA 1C63A 103LA 3HH5A 1L15A 1G0LA 1L83A 178LA 3C83A 2A4TA 4EJ4A 2NTHA 140LA 1LGXA 1QTCA 2B70A 1P64A 177LA 1OWYA 3HH6A 4OO9A 1C6AA 3SBBC 112LA 173LA 1L12A 129LA 214LA 2RB1X 1G0GA 1QTVA 3G3WA 4DJHA 1KW7A 1WTHA 2LCBA 3HDEA 1L76A 165LA 118LA 218LA 5I14A 2B7XA 1XJTA 229LA 2RH1A 3HTFA 187LA 157LA 1CV1A 3OE0A 2HUMA 2RBNA 1L37A 1L35A 1L24A 1SSYA 4W59A 3NY8A 1QT7A 237LA 2RAYX 3HU9A 1C6LA 1L96A 175LA 2IGCA 142LA 1JTMA 4YX7C 162LA 222LA 252LA 3G3XA 3DNAA 5LZMA 1C6JA 4IAPA 199LA 188LA 3GUIA 195LA 1L43A 1L28A 3HUKA 1LYHA 1QT5A 2RBOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU5A 4CHXA 3AW7A 3AGHA 4ETDA 5AMYA 5KKJA 1CKDA 1UIEA 1L69A 1IOTA 4DT3A 2ZNWY 1B5UA 2Z12A 113LA 3QAKA 4IJ4A 5C6LA 1XGRC 2BQKA 1LSGA 5LAFA 2BQOA 1GFHA 4ETBA 1INUA 4G4HA 4DAJA 1LKSA 3ULRA 1HF4A 3W6FA 3CB7A 4DD2A 1GB5A 3FI5A 1JJ3A 1L55A 1VAUA 2Z39A 3A90A 1LGUA 1GE2A 248LA 2B6WA 1B5ZA 4EKSA 4XADA 4BAFA 1LYYA 1PQMA 2HEBA 3PDSA 3IWRA 5I53A 1D6PA 2MEHA 1L05A 3D3DA 3SN6R 2Q0MX 1IWZA 1GAZA 3HFMY 8LYZA 1LLHA 1T97A 1L11A 1HC0A 1LSAA 4B49A 190LA 4XJGA 4ZIXA 1OV7A 185LA 4YXAC 1DI5A 3IJUA 3LYZA 4BAPA 209LA 3WXTA 4W56A 4N8ZA 1L44A 4EKRA 1JEFA 1TBYA 1DYAA 3V2WA 2LHMA 4O34A 1L18A 1LPIA 3W6DA 206LA 3N9CA 1GEZA 1C6BA 1JUGA 1LZ1A 5F14A 1GFKA 1CTWA 5HNLA 4NGLA 1L53A 1IP5A 1VDPA 4YM8A 2F4GA 3CDQA 1OUFA 1LAAA 2OU9A 125LA 1HNLA 4LYCA 4N9RA 4WM5A 1LZNA 1IC5Y 4PJZA 1EQEA 1SX7A 1L67A 1FLUA 1G7MC 3C80A 219LA 3A91A 1B7LA 1L54A 2BQBA 2DQGY 3DMZA 4DQJA 4OW1A 3HT6A 1LSEA 3WU8A 1GB8A 2HULA 4ETCA 4YEMA 182LA 5I4YA 1XFPL 1DI3A 2CDSA 3TXIA 1XJUA 1AKIA 4HJYA 2F47A 1JIYA 2O79A 111LA 4C5FA 4I7JA 1YANA 191LA 4G4BA 1L0JA 4ARMA 1I56A 1L51A 4OOOA 1L20A 104LA 2BAAA 1L66A 4H8XA 4NGJA 2RB2X 1PQDA 1FLQA 2OE7X 7LZMA 1YAPA 5FCPA 4N1CC 1L46A 3OE9A 1OQMA 120LA 1VDQA 1P56A 3CSQA 4X3BA 159LA 4NGZA 261LA 3AYQA 1P36A 1B2KA 4B1AA 1IOSA 1C6QA 1G0JA 2YBLA 1QSBA 1PS5A 1JITA 1G7IC 1SX2A 1DQJC 1T8AA 1HELA 1OUCA 3SB7A 1OUBA 1C66A 2ZQ4A 215LA 4WO6A 1L14A 3AB6A 1B7NA 240LA 128LA 1CV0A 1SLYA 2FBBA 4LZMA 2LZTA 3SB9A 1DYEA 1BWJA 4NFVA 1CV4A 3JR6A 2ZNXY 1IWTA 4PPOA 4KPMA 3UONA 1L94A 1TEWA 1XGPC 5C6JA 1IR7A 1DZBX 2B75A 1OVJA 151LA 2ZILA 4E3UA 1D3NA 3F8VA 1HEMA 2OTZX 1L72A 3C81A 1LSDA 1LHLA 3WH1A 1NHEA 1GF6A 2I25L 4TSCA 1IX0A 1IP2A 4HTQA 4OWHA 3W6AA 4J7VA 1B5WA 2MEDA 1L26A 1QDRA 2H5ZA 259LA 1DXJA 4H91A 1L31A 1RFPA 1C67A 4UWUA 3B72A 1L02A 1ZYTA 3EXDA 193LA 3TXDA 1L86A 255LA 4CFOA 1B7MA 1UICA 1L70A 161LA 4KXIA 2X0AA 1QTBA 3DKEX 5FEKA 4W55A 1SWYA 2DQJY 5EBHA 102LA 1DYFA 114LA 1C64A 1L63A 1PQKA 3LHMA 3B0KA 2MEEA 2MEIA 110LA 2DQFC 249LA 1GEVA 1HERA 2BQDA 1HSWA 4NHTA 3CT0A 4TTDA 3W3EA 1GF0A 1HEWA 5KXLA 2BLYA 5APFA 1REYA 3TXJA 3W6EA 2Q9EA 2CUUA 5KY1A 3DN2A 3HT9A 1EQ5A 3P66A 1JPOA 3B0IA 4NHPA 1L64A 1DYBA 1REZA 1L99A 4DD0A 3HBEX 1JISA 3HT8A 1LJKA 3WW6A 1HENA 1L10A 132LA 1G1WA 3K3TA 2RB0X 1QT8A 1VEDA 5ILFA 246LA 1B7OA 1LZRA 1L15A 5F81A 1QTCA 5L9JA 4EOFA 3A3QA 1GBWA 2XQOA 1GB3A 1G0GA 1NBYC 2DQEY 1YROA 3WU7A 165LA 118LA 2F30A 1GFRA 1XJTA 2B5ZA 3A96A 2CJLA 4HSFA 1VDSA 229LA 5C6IA 5I4XA 4Z41A 1GBXA 1UC0A 1L24A 1SSYA 2PC2A 1CKCA 4FJRA 1I1ZA 1QT7A 237LA 2RAYX 3N9EA 4LYZA 175LA 4H1PA 1JTMA 222LA 2W1XA 3RW8A 3G3XA 2AUBA 199LA 4G9SA 1LYHA 1LZCA 1JTTL 1QTHA 2BLXA 4NSHA 1F6RA 3EMSA 3WL2A 1D6QA 1H87A 1UACY 4W96A 1LTMA 1L90A 1P37A 171LA 2W1LA 2OU8A 1HEPA 4UWVA 1JKAA 1P6YA 2BQMA 1L32A 1C68A 1GE0A 1NBZC 1HMLA 1XEKA 1IORA 1CKHA 210LA 4I7OA 1ZVHL 2C8PA 2RBQA 130LA 148LE 1L84A 5LVKA 1WVUA 1JQUA 4I7NA 108LA 3P68A 2FYDA 1L49A 2YBIA 1JHLA 1GBZA 2LC9A 216LA 1G7HC 2G4PA 2B73A 2NTGA 4GN4A 224LA 3MGWA 1GE1A 1GF5A 4ML7A 4YF2A 4W58A 3CSZA 257LA 163LA 4NIJA 3DN4A 4H90A 4LT3A 1DKJA 4HPEA 3SBAA 122LA 3EMLA 4EKPA 1L50A 1LYOA 2BQIA 3CT1A 1L71A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CU5 A;  4CHX A;  3AW7 A;  3AGH A;  4ETD A;  5AMY A;  5KKJ A;  1CKD A;  1UIE A;  1L69 A;  1IOT A;  4DT3 A;  2ZNW Y;  1B5U A;  2Z12 A;  113L A;  3QAK A;  4IJ4 A;  5C6L A;  1XGR C;  2BQK A;  1LSG A;  5LAF A;  2BQO A;  1GFH A;  4ETB A;  1INU A;  4G4H A;  4DAJ A;  1LKS A;  3ULR A;  1HF4 A;  3W6F A;  3CB7 A;  4DD2 A;  1GB5 A;  3FI5 A;  1JJ3 A;  1L55 A;  1VAU A;  2Z39 A;  3A90 A;  1LGU A;  1GE2 A;  248L A;  2B6W A;  1B5Z A;  4EKS A;  4XAD A;  4BAF A;  1LYY A;  1PQM A;  2HEB A;  3PDS A;  3IWR A;  5I53 A;  1D6P A;  2MEH A;  1L05 A;  3D3D A;  3SN6 R;  2Q0M X;  1IWZ A;  1GAZ A;  3HFM Y;  8LYZ A;  1LLH A;  1T97 A;  1L11 A;  1HC0 A;  1LSA A;  4B49 A;  190L A;  4XJG A;  4ZIX A;  1OV7 A;  185L A;  4YXA C;  1DI5 A;  3IJU A;  3LYZ A;  4BAP A;  209L A;  3WXT A;  4W56 A;  4N8Z A;  1L44 A;  4EKR A;  1JEF A;  1TBY A;  1DYA A;  3V2W A;  2LHM A;  4O34 A;  1L18 A;  1LPI A;  3W6D A;  206L A;  3N9C A;  1GEZ A;  1C6B A;  1JUG A;  1LZ1 A;  5F14 A;  1GFK A;  1CTW A;  5HNL A;  4NGL A;  1L53 A;  1IP5 A;  1VDP A;  4YM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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