3DMZA

Hexafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmzA00
1QTZA 1QTVA 1C6HA 1WTHA 1C6DA 2O7AA 1CX7A 4EJ4A 149LA 3NY8A 4EKPA 1QS9A 1L68A 1L36A 1L98A 1P36A 4I7TA 4EPIA 148LE 3C7ZA 161LA 1L55A 2NTGA 1ZYTA 1CX6A 200LA 5LZMA 1L38A 4W51A 3SB7A 4DJHA 1CTWA 3C82A 1ZWNA 1LWGA 3L2XA 1L64A 209LA 4EKRA 3NYAA 162LA 2B6WA 2OE9X 1LI2A 4W56A 4S0WA 3GUIA 2RB1X 3DN2A 4PK0A 225LA 3K2RA 1OYUA 1L57A 1L76A 3HU9A 1L49A 1L89A 1KY0A 2HULA 4LDEA 234LA 143LA 1C61A 1C6EA 1P6YA 151LA 4YXCA 1L19A 1C6BA 1L15A 1P2RA 2Q9DA 2RAYX 186LA 1L17A 1L23A 1SWYA 250LA 244LA 1CV6A 1OVJA 221LA 138LA 2RBQA 4I7KA 1C62A 1PQDA 4LZMA 2B7XA 1QT7A 1C6PA 1LI3A 4DAJA 1LGXA 1L0KA 3HU8A 1DYAA 103LA 122LA 2B74A 1L37A 224LA 1QT6A 3DMVA 3DNAA 3GUMA 1L63A 1D2YA 3DMXA 195LA 1QS5A 1OV7A 3DN8A 1L82A 152LA 1L06A 227LA 127LA 1L28A 178LA 1L90A 6LZMA 252LA 164LA 1B6IA 3CDQA 3GULA 1P3NA 248LA 3VW7A 2CUUA 1P2LA 3GUJA 2O79A 142LA 1ZURA 2QB0B 2OTZX 226LA 3OE6A 1D3JA 2B73A 159LA 1L43A 1I6SA 1L60A 4K5YA 1LI6A 251LA 4EKSA 1QUOA 1QT3A 1G0JA 107LA 199LA 1QUHA 4ARQB 2RB0X 1NHBA 4W59A 1L25A 2RAZX 256LA 1L92A 4W58A 3C83A 230LA 2OTYX 150LA 1LYIA 3HT9A 177LA 3L64A 1JTMA 1L29A 2OEAX 123LA 1DYGA 1CUQA 1L99A 1C65A 1QTDA 1SX2A 141LA 1L81A 3EMLA 1C66A 1L09A 2RBPA 1L02A 1D2WA 3SB9A 1G1VA 170LA 1L45A 2Q9EA 1G0LA 3SB6A 1LYJA 1LPYA 1T8GA 140LA 3OE8A 258LA 4EPFA 1L21A 231LA 1QT4A 1L41A 3HH5A 223LA 2B70A 4OO9A 1L01A 1G07A 1L70A 4W54A 3GUKA 1L03A 1L88A 3DN4A 3DN6A 1L66A 4ARQA 175LA 3DN1A 1L84A 218LA 1L74A 1D3FA 3RUNA 1CV0A 220LA 1L27A 233LA 1L62A 3HTBA 1DYBA 1L80A 4DKLA 1L33A 1L39A 4EXMA 2A4TA 3HWLA 1SX7A 145LA 2ANXA 169LA 2OE4X 1CV1A 1L08A 249LA 2LZMA 1QTBA 108LA 1PQJA 2OU0X 261LA 4ARPA 3HUAA 174LA 1JTNA 1C67A 130LA 1CVKA 2RBRA 119LA 246LA 1CU3A 1OV5A 1C6FA 1L07A 2B72A 1C6JA 4PJZA 3SB5A 176LA 212LA 1T97A 118LA 1L73A 1LLHA 1L85A 1CV5A 2F2QA 228LA 4I7SA 113LA 4I7NA 4YXAC 1L40A 2B6YA 5I14A 166LA 210LA 205LA 1KW5A 4I7PA 173LA 1L10A 1LGWA 1L35A 167LA 1PQOA 3FI5A 1L61A 2HUMA 115LA 1TLAA 232LA 129LA 1C64A 1C6IA 4I7QA 1L94A 4W53A 1P46A 180LA 242LA 1DYDA 172LA 165LA 1LGUA 2RBOA 1L42A 1P64A 1L47A 1L93A 3GUNA 191LA 168LA 3HDEA 3CDVA 2B6TA 146LA 1QT5A 126LA 171LA 2ANVA 236LA 1G0MA 184LA 1L13A 110LA 1P7SA 4W55A 1L20A 1LWKA 216LA 1C6CA 1OVKA 4W57A 1L14A 1DYFA 1P37A 1L58A 1C6MA 1G0PA 3G3VA 190LA 2RH1A 1QUGA 222LA 3V2WA 1C63A 1L95A 1G0QA 238LA 1QUDA 1L96A 1LYDA 3C7YA 3UONA 196LA 1QSQA 3CDOA 4LDOA 160LA 4ARMB 1JQUA 2B6ZA 214LA 2F47A 1EPYA 102LA 1L12A 192LA 104LA 1L30A 1C60A 1CU5A 215LA 3C81A 3CDTA 1C6AA 3FA0A 3C7WA 1LYFA 1L71A 1XJUA 239LA 1L59A 1SWZA 1L44A 255LA 1CV4A 1OWYA 219LA 2IGCA 2B6XA 1L51A 2O4WA 187LA 197LA 155LA 1L91A 3V2YA 1C6TA 1CUPA 3C8SA 206LA 182LA 1XEPA 262LA 2RBSA 3HT6A 235LA 3OE9A 111LA 3LZMA 3PBLA 3HUQA 245LA 3HH3A 3F9LA 3C80A 3DKEX 120LA 2F32A 3PDSA 3F8VA 1D9WA 1L00A 158LA 4ARMA 1L72A 188LA 3RZEA 1L86A 4ARJA 1L69A 2HUKA 2OU9A 185LA 1L87A 253LA 3HTFA 4GBRB 4ZPUA 4I7LA 1L56A 3G3WA 1C69A 1L46A 2RB2X 217LA 125LA 1L79A 1D3NA 1C6NA 259LA 4ARLA 3HH4A 4AQNA 1CU2A 254LA 1L11A 1QTHA 1L18A 3GUOA 2NTHA 1DYEA 1L16A 1L52A 2QARC 1L75A 3HT7A 1L05A 1PQMA 189LA 1KS3A 1PQKA 1L31A 1L26A 1C6QA 240LA 4LDLA 3C8RA 157LA 237LA 3CDRA 1L53A 3QAKA 2Z6BA 1L22A 3SBAA 1LYEA 1CU0A 1L24A 243LA 144LA 1L50A 3HTDA 109LA 1OVHA 229LA 131LA 2LCBA 147LA 4I7OA 3JR6A 1KY1A 4IAPA 1PQIA 198LA 1QTCA 1LYGA 211LA 1G0KA 1L0JA 1C6LA 1T8AA 2OU8A 1T8FA 1DYCA 4I7JA 3HH6A 1QT8A 3DN0A 1L04A 1SSWA 4I7MA 1CV3A 1P56A 3NY9A 183LA 2L78A 1CU6A 4W52A 1OWZA 3HDFA 1LYHA 1L34A 1T6HA 3SB8A 181LA 7LZMA 2LC9A 4EKQA 2B75A 1G0GA 3G3XA 241LA 3DMZA 163LA 1L97A 1XJTA 3HUKA 3DN3A 1G1WA 1KW7A 3HTGA 1KNIA 112LA 3HT8A 3GUPA 2RBNA 1L77A 3SBBC 137LA 201LA 114LA 1D3MA 3FADA 1L48A 260LA 1P5CA 1C6KA 1C6GA 156LA 1SSYA 1LW9A 2OE7X 4YX7C 1L67A 128LA 1G06A 1L65A 1L83A 4GRVA 1C68A 257LA 1QSBA 3OE0A 3ODUA 247LA 1L32A 3C8QA 3D4SA 4E97A 3SN6R 213LA 4I7RA 1L54A 1K28A 139LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EMSA 2FYCA 3EO5A 5LXWA 1FKQA 1NMMA 1TAYA 3IWRA 4CJ2A 1HFYA 4H9FA 4EKPA 4OWBA 1QS9A 1SLYA 4N0JA 5K7OA 1L68A 3A3RX 1LZDA 1L36A 3AZ4A 5KXPA 4YF2A 1IWYA 1LSMA 4DD0A 2Q0MX 1IC7Y 3A6BY 2NTGA 2BAAA 1L38A 3SB7A 3AZ6A 1LSBA 4DQ5A 1CTWA 1VDSA 1FN5A 2BQIA 3NYAA 4B49A 1L57A 3W6AA 1L76A 3HU9A 1XGPC 5I53A 2HULA 4LDEA 1GPQC 1C61A 1IC5Y 1BB6A 134LA 151LA 1L19A 1L15A 1P2RA 1O23A 3BKVA 4PHIA 3AGGG 1L23A 1SWYA 1P2CC 1CV6A 4G4HA 1OVJA 5LYTA 1LJ3A 5DL9A 1KXWA 1N4FA 1DYAA 122LA 1IP3A 3DMVA 1L63A 1NHEA 4Z98A 3CQLA 1IP2A 1QS5A 3DN8A 1L82A 152LA 127LA 1HELA 5T3FA 6LZMA 1IX0A 1P3NA 3GUJA 142LA 3TXHA 2QB0B 3OE6A 2B73A 2CJLA 3WYHA 1Z55A 1IP6A 1L60A 4YEOA 1LI6A 4EKSA 107LA 1T3PA 2RAZX 256LA 3LYOA 4W58A 3C83A 5LVJA 3B0IA 1L29A 123LA 1DYGA 1CUQA 4TTDA 1GF4A 1QTDA 4LYOA 9LYZA 5J7CA 3G3AB 3J4GA 1D2WA 1GBSA 1G1VA 1GBYA 1LYJA 1LPYA 140LA 1RE2A 1I20A 4OO9A 4KL7A 1L01A 3DN6A 1L66A 3A93A 1GAYA 1GFRA 1JUGA 1D3FA 1CKDA 1L62A 1UIBA 1L33A 4TSBA 4GCCA 3CSQA 1LZTA 2PC2A 3RU5A 1EQ5A 3HWLA 3CSRA 2BQGA 169LA 2OE4X 1CV1A 1LSPA 2F4GA 249LA 2LZMA 1EL1A 1QTBA 108LA 1GDXA 2VB1A 261LA 3HUAA 1JTNA 4WM4A 2RBRA 1QUSA 3W6DA 1GB5A 1UIFA 2B72A 3E3DA 2HEAA 1T97A 1D9UA 3ATNA 1HERA 4OW1A 2F2QA 1IWTA 1OUIA 3CT5A 1KW5A 1B7NA 1GDWA 1LZ5A 2XJWA 4ETCA 1WTNA 3FE0A 133LA 1LJJA 1L61A 1TLAA 5KXYA 5KXMA 5F9XA 4HTQA 1A2YC 1OUDA 2I26L 1HNLA 1LGUA 2RBOA 3P66A 1L42A 1BB4A 1P64A 1L47A 1MLCE 3GUNA 191LA 1OQMA 168LA 146LA 1GBXA 1LZBA 1INUA 171LA 1BVXA 1YQVY 4H9IA 1L13A 4MSTA 3TXFA 2I25L 1P7SA 5L9JA 4YENA 2Y8PA 1L14A 2N5ZA 3G3VA 3TMXA 1QUGA 2ZIJA 4B4EA 5APDA 1QUDA 4NSHA 3G3BB 5D5FA 2D4JA 4HTNA 5DN5A 1JISA 3C7YA 2BQJA 1XGQC 1QSQA 1GB9A 4ARMB 4NIJA 1JQUA 4ET9A 4ETDA 1IR7A 1IR8A 4XJGA 1C60A 3C81A 3RT5X 3CDTA 1DQJC 3C7WA 1LYFA 4N1EI 1L59A 1JKDA 255LA 1LHHA 1CV4A 219LA 1XGTC 4WOAA 2B6XA 5B05A 187LA 1D6PA 5I5QA 155LA 1B2KA 4NGZA 4CGEA 1XEPA 1UA6Y 3WU9A 4NY5A 5C6LA 1REYA 2MEEA 3PBLA 3AW6A 245LA 4GLAA 4QGZA 3LYTA 1LYSA 4LT1A 4HPIA 1D9WA 1L72A 1NBZC 1W08A 2HUKA 2YVBA 1L87A 1B7QA 3HTFA 4I7LA 1C69A 2RB2X 3AZ7A 1C6NA 4KXIA 3WULA 259LA 2DQHY 4AQNA 3WU7A 254LA 2X0AA 3ZEKA 1FDLY 1LHJA 4WM3A 5FHWA 1L75A 3HT7A 5B1FA 3TXJA 4OOOA 189LA 4LYTA 4QY9A 1L31A 4LDLA 1B5WA 1FLWA 4I0CA 237LA 1L53A 3IJUA 4H9CA 3SBAA 5LAFA 3A91A 5APFA 243LA 4BAPA 1L50A 229LA 1LKRA 1KIRC 4IAPA 1QTCA 1JSFA 2EKSC 211LA 4OWEA 154LA 1T8AA 2ZNWY 1GD6A 1DKKA 1DYCA 4I7JA 4ETBA 1QT8A 1L04A 1D6QA 3A96A 1SSWA 2DQJY 3NY9A 1BWIA 1CU6A 2HEDA 1L34A 181LA 7LZMA 1J1PY 1XEKA 1GFVA 3G3XA 1IY4A 241LA 1WQNA 163LA 1L97A 1G1WA 1KNIA 1GWDA 112LA 1BWHA 1BB5A 2RBNA 4N5RA 1L77A 4XJHA 207LA 201LA 1JKBA 3FADA 1L48A 1YAQA 4NSJA 1VDTA 260LA 4DD3A 4RLNA 4TUNA 4YM8A 128LA 1L65A 3LZ2A 1GE2A 1L32A 1HEQA 4E97A 1LZ8A 213LA 4I7RA 4WLYA 1GEVA 1L54A 2BLYA 1IP7A 1JHLA 1QTVA 2O7AA 5KXKA 3W6BA 3LZTA 1HC0A 4EJ4A 1OUBA 1UC0A 3AJNA 2BQAA 1P36A 1GFJA 4EPIA 3C7ZA 1L55A 1ZYTA 4GCDA 1CX6A 1JWRA 4XN6A 5LZMA 4WMGA 4DJHA 5KXOA 1YL1X 3A92A 1LWGA 2HEBA 1L64A 2D6BA 2DKVA 2OE9X 4W56A 4S0WA 3K2RA 4II8A 1OYUA 4H8YA 4ET8A 4B1AA 4DDBA 1OUHA 3GXRA 1P6YA 4YXCA 2Q9DA 1L17A 1GAZA 1RFPA 2G4PA 4XJBA 244LA 3B0KA 3CT1A 1J1XY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EMS A;  2FYC A;  3EO5 A;  5LXW A;  1FKQ A;  1NMM A;  1TAY A;  3IWR A;  4CJ2 A;  1HFY A;  4H9F A;  4EKP A;  4OWB A;  1QS9 A;  1SLY A;  4N0J A;  5K7O A;  1L68 A;  3A3R X;  1LZD A;  1L36 A;  3AZ4 A;  5KXP A;  4YF2 A;  1IWY A;  1LSM A;  4DD0 A;  2Q0M X;  1IC7 Y;  3A6B Y;  2NTG A;  2BAA A;  1L38 A;  3SB7 A;  3AZ6 A;  1LSB A;  4DQ5 A;  1CTW A;  1VDS A;  1FN5 A;  2BQI A;  3NYA A;  4B49 A;  1L57 A;  3W6A A;  1L76 A;  3HU9 A;  1XGP C;  5I53 A;  2HUL A;  4LDE A;  1GPQ C;  1C61 A;  1IC5 Y;  1BB6 A;  134L A;  151L A;  1L19 A;  1L15 A;  1P2R A;  1O23 A;  3BKV A;  4PHI A;  3AGG G;  1L23 A;  1SWY A;  1P2C C;  1CV6 A;  4G4H A;  1OVJ A;  5LYT A;  1LJ3 A;  5DL9 A;  1KXW A;  1N4F A;  1DYA A;  122L A;  1IP3 A;  3DMV A;  1L63 A;  1NHE A;  4Z98 A;  3CQL A;  1IP2 A;  1QS5 A;  3DN8 A;  1L82 A;  152L A;  127L A;  1HEL A;  5T3F A;  6LZM A;  1IX0 A;  1P3N A;  3GUJ A;  142L A;  3TXH A;  2QB0 B;  3OE6 A;  2B73 A;  2CJL A;  3WYH A;  1Z55 A;  1IP6 A;  1L60 A;  4YEO A;  1LI6 A;  4EKS A;  107L A;  1T3P A;  2RAZ X;  256L A; 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