3DMZA

Hexafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmzA00
1XJTA 1L58A 4W58A 2RBSA 120LA 2A4TA 1LPYA 128LA 115LA 4LDEA 236LA 1L25A 1G0LA 1L23A 240LA 1NHBA 249LA 3EMLA 3F9LA 119LA 158LA 222LA 3C8QA 3NY8A 149LA 3SB9A 2B6TA 1G07A 174LA 2RB1X 1L11A 146LA 160LA 1L61A 4ARPA 2OTYX 206LA 1L65A 1CU5A 1DYFA 1L02A 182LA 178LA 205LA 131LA 219LA 2OE4X 1L32A 1L36A 126LA 187LA 1L22A 3K2RA 188LA 1C68A 1B6IA 1DYEA 1L93A 1QT4A 1KS3A 3HH6A 3CDTA 3HTDA 243LA 1L75A 1K28A 1G0JA 1D3JA 1CTWA 4I7PA 163LA 1L83A 1LLHA 1QUHA 3G3VA 1L69A 244LA 166LA 1QT3A 259LA 1L74A 1P64A 3PBLA 1C65A 3OE6A 4LDOA 1QT6A 4EKSA 1L24A 2B72A 125LA 1L62A 1L88A 3C8RA 233LA 1L86A 2Q9EA 1G0QA 148LE 1C66A 1KY1A 1L05A 3FADA 3SN6R 1CUQA 1L04A 161LA 142LA 1DYDA 1L19A 1L95A 4YXAC 1G1WA 1L35A 4I7RA 232LA 3DN3A 2IGCA 4EJ4A 1T8GA 1P46A 2LC9A 1OVHA 214LA 1L96A 2HUKA 3F8VA 1C64A 4I7OA 4K5YA 1L13A 167LA 2B6ZA 228LA 1L28A 4W57A 1L17A 1QUDA 1DYBA 6LZMA 1L00A 1LYIA 1XEPA 186LA 231LA 256LA 3JR6A 1ZWNA 3C81A 1L27A 3C7WA 1P7SA 2LCBA 1G0GA 1LI6A 1C6KA 1CVKA 1L73A 3NYAA 3HUQA 1OV7A 1QT8A 4IAPA 1T8FA 246LA 137LA 1C67A 198LA 1L98A 1C69A 196LA 176LA 109LA 4AQNA 3HT8A 1L30A 4I7KA 2O4WA 2RBPA 1L38A 1L41A 257LA 1QTVA 169LA 3C80A 1C6PA 1C6MA 1C6AA 1CV5A 1T97A 1OV5A 1C62A 3CDOA 108LA 1SWZA 241LA 1LGUA 2HULA 1L21A 3CDVA 110LA 3DMVA 1L48A 1L20A 1C6NA 1L76A 4I7JA 4ARMA 181LA 2RB0X 2B74A 2CUUA 1L89A 3HUKA 3GUOA 4W51A 1L91A 227LA 224LA 2OU9A 195LA 1L84A 1LYHA 2O79A 3QAKA 3NY9A 230LA 1LYFA 1P5CA 1T8AA 3C7ZA 5I14A 1L49A 113LA 1D2YA 225LA 3GUNA 3GUMA 3HU8A 143LA 7LZMA 2OE7X 3SB6A 4LZMA 1SX2A 216LA 3UONA 1L45A 1JTNA 1JTMA 1KY0A 122LA 1G1VA 2B6XA 3V2YA 3L2XA 1L37A 3GUJA 1P6YA 209LA 4YX7C 242LA 197LA 1L15A 1L31A 2F2QA 191LA 1KW7A 1L14A 1SSWA 4I7SA 4EKQA 159LA 258LA 104LA 2O7AA 255LA 1L44A 1CU6A 1L66A 190LA 3FA0A 147LA 1L82A 2OEAX 102LA 1LW9A 155LA 1L18A 1L77A 1L09A 251LA 168LA 3HTGA 1LYJA 211LA 210LA 3L64A 1CV0A 3DN8A 150LA 1L70A 1C6IA 4ARMB 1L50A 1P2LA 1D3NA 1L46A 175LA 238LA 3DMZA 1C6DA 164LA 1L34A 1L63A 139LA 261LA 123LA 127LA 1D3MA 1TLAA 3OE8A 3DN6A 1LGWA 1L03A 140LA 3PDSA 1C6JA 1PQDA 3GUPA 2RBRA 1L52A 3LZMA 3HH3A 3HTBA 1CU3A 3OE9A 4ARJA 151LA 2RAYX 1C63A 220LA 247LA 3DN4A 1L42A 1L85A 185LA 4DJHA 3SBBC 170LA 1ZYTA 1C6LA 4YXCA 3SB5A 107LA 3C82A 1PQJA 5LZMA 2RBOA 1CV4A 1CV3A 165LA 114LA 4S0WA 3V2WA 1L68A 250LA 183LA 1DYGA 172LA 1L08A 3SBAA 1SWYA 2RBNA 1DYCA 254LA 1CU2A 2B70A 1C6GA 1L56A 1LI3A 1C6FA 4ARQA 2B6YA 218LA 2Q9DA 4DKLA 3SB7A 1D2WA 2Z6BA 103LA 1P2RA 1OWYA 1QSBA 1L51A 2NTGA 3RUNA 1L07A 1QUOA 1QT5A 1KNIA 4I7TA 260LA 1G06A 1L80A 3HTFA 4PJZA 1C61A 215LA 1QS5A 3FI5A 1L16A 3HDFA 1L53A 3DN1A 3OE0A 1PQIA 138LA 1I6SA 1L01A 2OU8A 1PQKA 1CV1A 1SSYA 141LA 226LA 145LA 4EKPA 4I7LA 1P37A 144LA 3ODUA 3SB8A 162LA 212LA 3DKEX 1L54A 1WTHA 221LA 3HUAA 217LA 4W54A 2OE9X 4W55A 237LA 1CU0A 223LA 252LA 1L29A 1L97A 1L57A 1QTZA 2HUMA 2QB0B 3GUKA 3GUIA 1P36A 1L72A 3C8SA 4LDLA 3G3WA 2QARC 4W53A 1L81A 4DAJA 111LA 1C6HA 171LA 2RAZX 2RH1A 4I7NA 4ARQB 1CV6A 1G0KA 1L06A 3DMXA 3CDQA 1L87A 1QTBA 1L60A 1DYAA 1L90A 1C6TA 1L39A 1OYUA 262LA 1L99A 3HT7A 192LA 1L33A 1QUGA 4W52A 1LI2A 180LA 3DN2A 177LA 1L59A 3HT6A 4EPFA 2ANXA 4EKRA 1CX7A 1PQMA 130LA 1C60A 1L40A 3HDEA 239LA 4W59A 1QS9A 1D9WA 1L94A 1L12A 200LA 189LA 2ANVA 1D3FA 156LA 129LA 1L67A 235LA 1QTHA 112LA 3G3XA 2RB2X 2L78A 1QTCA 248LA 2RBQA 3C83A 3HH4A 3GULA 2OTZX 3DNAA 1C6QA 4I7QA 3CDRA 4EPIA 1EPYA 1OVKA 4GRVA 1PQOA 1G0PA 3C7YA 4I7MA 229LA 2B73A 1C6CA 2B6WA 1CX6A 1C6EA 3HT9A 1KW5A 199LA 4ZPUA 1LGXA 1LWKA 253LA 1L64A 1QSQA 1OVJA 2LZMA 3HWLA 173LA 4E97A 201LA 1L43A 3D4SA 1L0KA 3HH5A 4ARLA 4W56A 1L47A 1G0MA 1LYDA 2NTHA 234LA 1L0JA 157LA 1OWZA 3HU9A 2B75A 1QTDA 1P3NA 1L79A 1L26A 2B7XA 1T6HA 1JQUA 2F47A 1CUPA 4GBRB 4PK0A 4EXMA 3VW7A 1C6BA 213LA 3RZEA 184LA 2OU0X 1SX7A 1QT7A 1L10A 152LA 1L71A 118LA 4OO9A 1LYEA 1LWGA 1ZURA 1L92A 245LA 1L55A 1XJUA 3DN0A 1LYGA 2F32A 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XJTA 1L58A 4WG1A 1QDTA 128LA 1B5XA 1F0WA 5KJ9A 1GDXA 1JIYA 3EO5A 1OUBA 3F9LA 1LZ1A 222LA 1CKDA 1HMKA 3NY8A 3QE8A 2B6TA 4NY5A 1L11A 5B06A 160LA 1L61A 2BQGA 4DYGA 1LZYA 1B7LA 3ULRA 131LA 1TAYA 1OUEA 219LA 5DM9A 1DKKA 4G4BA 4J0LA 1L22A 3K2RA 3AZ5A 4GCEA 1DYEA 3CDTA 1GBWA 2D4IA 3HTDA 1L75A 1GHLA 1LSFA 1V7TA 1GBXA 1D3JA 2AUBA 4I7PA 1LOZA 3TMUA 1LSZA 4UWUA 4QGZA 1L83A 1LLHA 2BQOA 1L69A 1I20A 1QIOA 1QSAA 4LDOA 1GBZA 2G4QA 1IEEA 5C6IA 1GF4A 3LYMA 3WUAA 4OWBA 125LA 1LHKA 4XJBA 1FBIX 4XYYA 2HU1A 148LE 1KY1A 3FADA 1E8LA 2MECA 4GN5C 142LA 1L19A 2MEHA 1QSWA 4ANRA 2IGCA 4DDAA 3F8VA 1C64A 2XJWA 1G7HC 4K5YA 1YROA 2W1LA 2B6ZA 4W57A 1MLCE 1REXA 5A3ZA 5L3HA 1BGIA 1QTKA 3C81A 1L27A 3C7WA 3WXUA 4OWCA 3B0OA 1C10A 1XEIA 1L73A 1IP6A 3NYAA 1OV7A 4NSHA 1IOCA 1C69A 2HEAA 1VEDA 4I7KA 5LYMA 1L38A 1ALCA 1LJHA 3C80A 4XJIA 4XJDA 4GN3A 1C6PA 2DKVA 4CHXA 1T97A 4KL7A 108LA 1SWZA 2HULA 3CDVA 1GBSA 110LA 3DMVA 3OK0A 3TXHA 3WULA 5I4WA 4NGKA 2BQKA 3WUMA 1LYZA 1L89A 3GUOA 4W51A 1UIDA 3IWRA 1GB8A 153LA 1L84A 2O79A 4XJFA 1LSMA 4HJVA 3C7ZA 8LYZA 2ZQ3A 3A3QA 2MEFA 2CDSA 5KXMA 225LA 1C46A 2OE7X 3WVYA 4LZMA 1SX2A 3WXTA 1DPWA 1HERA 2B6XA 1B5YA 3V2YA 4GCCA 2Z39A 2A7DA 2BAAA 4WG7A 1LZ9A 1EQ4A 1L37A 1P6YA 1NDGC 3TXBA 1L31A 2F2QA 4ETBA 5B1GA 2G4PA 4HPEA 4TSBA 159LA 258LA 104LA 4LFPA 5KY1A 1L66A 4NFVA 147LA 5B07A 1LW9A 1CJ6A 251LA 1LYSA 2Z12A 1LYJA 211LA 3L64A 5HLLA 1L50A 1D3NA 1ZVHL 1LYYA 1P2CC 1L34A 3OE8A 4H92A 1L03A 3PDSA 5I54A 4XADA 3ZVQA 3A3RX 3FE0A 3HH3A 3B72A 3OE9A 1VATA 1I56A 1OUIA 1BVKC 2RAYX 1C63A 4W96A 4ETAA 1JWRA 1IP1A 1L85A 1LSEA 170LA 1ZYTA 1C6LA 4YXCA 4U3XB 3TMVA 1HHLA 5LZMA 1CV3A 2H9KA 5LAFA 1L68A 250LA 4NHIA 1DYGA 134LA 3WYHA 1TDYA 254LA 3W6EA 1C6GA 4WLYA 4DT3A 4Z3MA 5I4XA 3SB7A 1JTOL 2Z6BA 103LA 1QSBA 1OWYA 2W1XA 2F4AA 3RUNA 132LA 5F81A 4PJZA 215LA 3WVXA 1QS5A 3ZVQB 1GF6A 194LA 3HDFA 1GFVA 4TWSA 1PQIA 138LA 1I6SA 226LA 4NGYA 5LVHA 2Z19A 221LA 2HEBA 2OE9X 4W55A 4WMGA 2FYCA 3AW6A 252LA 2DQAA 2HUMA 1CJ8A 1JSEA 3WL2A 3GUKA 1GBYA 3D3DA 3GUIA 4LDLA 4W53A 1GD6A 4TUNA 5L9JA 2RAZX 2DQGY 1CV6A 2ZNXY 4DD2A 4HV1A 2EKSC 4BS7A 1QTBA 1EL1A 1QDRA 1L39A 1OYUA 1LZCA 1WQMA 1JJ0A 1LI2A 2IFFY 3HT6A 4EPFA 1GAZA 6LYTA 1IOSA 5ILCA 2X0AA 4EKRA 4LYBA 3AJNA 239LA 1LMQA 1QS9A 1L12A 5APFA 4J1AA 4G4HA 1LZSA 1OUHA 129LA 1LZGA 1GB9A 2F30A 3E3DA 1L67A 4WLTA 5DL9A 3HH4A 2OTZX 4I7QA 4EPIA 3N9CA 1OVKA 5L3IA 5D5FA 1JTPL 2BQFA 4LYOA 1C6EA 1LAAA 4B4EA 1NWGA 1LSPA 1LJ4A 1NF5A 3A90A 1RFPA 4NWEA 3AZ6A 1QSQA 2LZMA 1JKCA 4H9BA 5I4YA 5LINA 1L43A 3D4SA 2Z18A 1B5WA 1LHLA 4DD7A 3WPJA 1LYDA 234LA 1IY4A 1P3NA 4KPMA 1L26A 1DZBX 1T6HA 2F47A 4N8ZA 4NHQA 2VB1A 4R6CA 5FCPA 4NG1A 4HTKA 3TXKA 2CGIA 1SX7A 1L71A 4OOOA 4UWNA 1GEVA 1LMCA 1L92A 4NWHA 5LYZA 2YBIA 2XBRA 1LYGA 2MEDA 4W58A 3RZ4A 1LPYA 1JPOA 236LA 4LT1A 2BQAA 4BADA 1YIKA 3T36A 4WLDA 3WMKA 3MGWA 5LVKA 1WQQA 2YBJA 3C8QA 1XGTC 4NGVA 149LA 3SB9A 1LMTA 1ZV5L 2XBSA 1IWTA 1L65A 1CU5A 4HP0A 1GB3A 4II8A 1JKAA 4LT0A 1L32A 1FDLY 1GF0A 1LJNA 4OOTA 4Z41A 3P68A 1O23A 4B1AA 1L93A 1QT4A 1KS3A 3TXDA 2MEEA 1GB6A 3A34A 1HEPA 3AGIA 1GFTA 1REMA 1LSNA 3HBDA 3A67Y 3A93A 1XEJA 1IWWA 244LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XJT A;  1L58 A;  4WG1 A;  1QDT A;  128L A;  1B5X A;  1F0W A;  5KJ9 A;  1GDX A;  1JIY A;  3EO5 A;  1OUB A;  3F9L A;  1LZ1 A;  222L A;  1CKD A;  1HMK A;  3NY8 A;  3QE8 A;  2B6T A;  4NY5 A;  1L11 A;  5B06 A;  160L A;  1L61 A;  2BQG A;  4DYG A;  1LZY A;  1B7L A;  3ULR A;  131L A;  1TAY A;  1OUE A;  219L A;  5DM9 A;  1DKK A;  4G4B A;  4J0L A;  1L22 A;  3K2R A;  3AZ5 A;  4GCE A;  1DYE A;  3CDT A;  1GBW A;  2D4I A;  3HTD A;  1L75 A;  1GHL A;  1LSF A;  1V7T A;  1GBX A;  1D3J A;  2AUB A;  4I7P A;  1LOZ A;  3TMU A;  1LSZ A;  4UWU A;  4QGZ A;  1L83 A;  1LLH A;  2BQO A;  1L69 A;  1I20 A;  1QIO A;  1QSA A;  4LDO A;  1GBZ A;  2G4Q A;  1IEE A;  5C6I A;  1GF4 A;  3LYM A;  3WUA A;  4OWB A;  125L A;  1LHK A;  4XJB A;  1FBI X;  4XYY A;  2HU1 A;  148L E;  1KY1 A;  3FAD A;  1E8L A;  2MEC A;  4GN5 C;  142L A;  1L19 A;  2MEH A;  1QSW A;  4ANR A;  2IGC A;  4DDA A;  3F8V A;  1C64 A;  2XJW A;  1G7H C;  4K5Y A;  1YRO A;  2W1L A;  2B6Z A;  4W57 A;  1MLC E;  1REX A;  5A3Z A;  5L3H A;  1BGI A;  1QTK A;  3C81 A;  1L27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1XJT A;  1L58 A;  4WG1 A;  1QDT A;  128L A;  1B5X A;  1F0W A;  5KJ9 A;  1GDX A;  1JIY A;  3EO5 A;  1OUB A;  3F9L A;  1LZ1 A;  222L A;  1CKD A;  1HMK A;  3NY8 A;  3QE8 A;  2B6T A;  4NY5 A;  1L11 A;  5B06 A;  160L A;  1L61 A;  2BQG A;  4DYG A;  1LZY A;  1B7L A;  3ULR A;  131L A;  1TAY A;  1OUE A;  219L A;  5DM9 A;  1DKK A;  4G4B A;  4J0L A;  1L22 A;  3K2R A;  3AZ5 A;  4GCE A;  1DYE A;  3CDT A;  1GBW A;  2D4I A;  3HTD A;  1L75 A;  1GHL A;  1LSF A;  1V7T A;  1GBX A;  1D3J A;  2AUB A;  4I7P A;  1LOZ A;  3TMU A;  1LSZ A;  4UWU A;  4QGZ A;  1L83 A;  1LLH A;  2BQO A;  1L69 A;  1I20 A;  1QIO A;  1QSA A;  4LDO A;  1GBZ A;  2G4Q A;  1IEE A;  5C6I A;  1GF4 A;  3LYM A;  3WUA A;  4OWB A;  125L A;  1LHK A;  4XJB A;  1FBI X;  4XYY A;  2HU1 A;  148L E;  1KY1 A;  3FAD A;  1E8L A;  2MEC A;  4GN5 C;  142L A;  1L19 A;  2MEH A;  1QSW A;  4ANR A;  2IGC A;  4DDA A;  3F8V A;  1C64 A;  2XJW A;  1G7H C;  4K5Y A;  1YRO A;  2W1L A;  2B6Z A;  4W57 A;  1MLC E;  1REX A;  5A3Z A;  5L3H A;  1BGI A;  1QTK A;  3C81 A;  1L27 A; 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