3DMZA

Hexafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmzA00
1L89A 4AQNA 1L95A 1L15A 2F2QA 2O7AA 1SWYA 256LA 156LA 4I7TA 3HH4A 1C62A 4W56A 3SB8A 1L59A 1C6AA 1L00A 4EKSA 1L44A 3HT9A 1T8GA 2F32A 1L38A 212LA 1ZURA 4DAJA 1G07A 228LA 1T8FA 1L21A 167LA 1PQIA 1QT5A 1L93A 3DNAA 1DYCA 1L12A 1OV7A 182LA 2B75A 1P2LA 1QT6A 1QTBA 261LA 2RAZX 257LA 1C65A 227LA 1G0KA 254LA 1L08A 234LA 1L36A 1L39A 196LA 1LI6A 2B6YA 168LA 3HDEA 4I7PA 4I7NA 1L03A 1L20A 2HUKA 123LA 3HUQA 2B73A 1LYIA 1DYDA 197LA 1L32A 1L06A 4W54A 3NY8A 2RBSA 3C83A 1DYEA 1QUHA 141LA 2B6ZA 146LA 1C6GA 2OTZX 1CX7A 1PQMA 217LA 216LA 1QT8A 3RUNA 1CV3A 230LA 2OTYX 3DN1A 1D2YA 2LZMA 1L0JA 4EKRA 199LA 1G0LA 3SB9A 1L90A 1L29A 2B70A 1L69A 3CDQA 3HTBA 125LA 102LA 1L19A 108LA 1KY0A 3C8RA 215LA 178LA 1KW5A 7LZMA 1P56A 226LA 241LA 3V2YA 144LA 1C6PA 225LA 1L88A 3CDVA 213LA 223LA 3QAKA 1D3NA 111LA 237LA 113LA 1L42A 259LA 192LA 1C6DA 1L10A 1OVKA 3PDSA 232LA 1L22A 1PQJA 3CDTA 1L98A 159LA 2RBNA 1L72A 1D9WA 3OE9A 3DN0A 1QT7A 3GUOA 151LA 2NTGA 1JQUA 1SX2A 3LZMA 1G0MA 243LA 3PBLA 1SSWA 1CX6A 189LA 1L91A 1L60A 3HT7A 1L30A 3GUMA 3HT8A 1L27A 1OWZA 1JTMA 4W58A 4ARJA 3DN8A 2IGCA 3HDFA 1KNIA 4W55A 1L84A 233LA 3SB6A 3SN6R 1C6BA 1L01A 195LA 1QT3A 3DKEX 2ANXA 3DMXA 1T6HA 3FA0A 183LA 3CDRA 2B6WA 1PQOA 1LI3A 1C6MA 4YX7C 2RH1A 1QTHA 2OE9X 4LDLA 4DKLA 180LA 176LA 126LA 3C7ZA 128LA 1L25A 1L56A 1SWZA 3F9LA 2RB2X 218LA 3HTFA 1L81A 175LA 1KY1A 4EPFA 1P6YA 1L46A 130LA 157LA 1L13A 1G1WA 4W53A 1L34A 3NYAA 209LA 1C6EA 1CTWA 1L07A 1XEPA 2F47A 3SB7A 2B6XA 2LCBA 1P5CA 1L52A 250LA 1DYAA 1L16A 198LA 1LGUA 122LA 3K2RA 107LA 1G0JA 1L67A 165LA 1CV5A 3GULA 149LA 169LA 1CVKA 3C8SA 3HUKA 4W51A 1WTHA 4I7LA 3SBAA 1CV4A 1QT4A 4YXCA 4W57A 2RBRA 1PQKA 185LA 142LA 140LA 162LA 244LA 2RAYX 231LA 147LA 1L48A 3FADA 1OVJA 3L2XA 1CV1A 138LA 235LA 1SX7A 229LA 4S0WA 110LA 1L51A 1D3MA 3HH6A 3VW7A 1L63A 3EMLA 2OE4X 3DN3A 3DMZA 1C69A 2O79A 4W59A 1LWGA 170LA 1CV0A 4I7JA 3DN2A 1QTDA 1KS3A 3GUKA 1L73A 1L99A 238LA 1C67A 4I7MA 1D3JA 1P2RA 1L74A 262LA 1L45A 4EKPA 118LA 1L37A 1L0KA 224LA 1L18A 2L78A 4W52A 1OVHA 177LA 1OWYA 152LA 240LA 3HTGA 1L47A 158LA 3GUNA 2LC9A 1CU5A 191LA 1C66A 1CU6A 2RBOA 3HU9A 1DYGA 3L64A 4GBRB 4PJZA 1OV5A 4LDEA 2Q9EA 1C61A 1L92A 163LA 1CU0A 219LA 2RBPA 187LA 1ZYTA 1CUQA 1L02A 1L24A 1LYJA 3V2WA 119LA 4ARQB 2B7XA 155LA 2B72A 4DJHA 3GUPA 1C6LA 1LPYA 1QTVA 1L82A 3G3WA 1G0GA 1PQDA 3C80A 171LA 166LA 1L53A 1P64A 1L70A 1P37A 1L79A 104LA 2ANVA 1NHBA 1L40A 3HTDA 1L68A 4PK0A 1C63A 3GUIA 1L61A 3C8QA 2OU9A 1L54A 1LW9A 258LA 112LA 4I7KA 127LA 1L87A 1L26A 1QSQA 3HH5A 3HU8A 1ZWNA 1TLAA 1C6JA 188LA 1CU3A 1L64A 4K5YA 260LA 3OE0A 150LA 1C68A 1LYDA 1KW7A 1L96A 3HH3A 1K28A 1QTCA 252LA 3RZEA 2B74A 1L11A 3C82A 190LA 255LA 4ARLA 1T97A 4I7SA 3C7YA 1B6IA 1L80A 3C81A 137LA 4ARMA 1QSBA 1L04A 120LA 174LA 1L66A 1C6TA 1OYUA 3ODUA 200LA 6LZMA 1L09A 1LGWA 2CUUA 1L28A 2OU0X 1LYHA 1LYEA 4LDOA 3G3VA 1L57A 3CDOA 115LA 161LA 3DN6A 103LA 1L62A 3OE6A 3C7WA 1QS9A 220LA 1JTNA 2RB1X 1QUOA 1G06A 242LA 1L14A 1L71A 5I14A 1L49A 1G0QA 160LA 1L23A 210LA 109LA 114LA 1P7SA 205LA 4I7QA 3GUJA 1P36A 1DYBA 2HULA 1P3NA 5LZMA 186LA 1C6FA 4GRVA 1L05A 1SSYA 1DYFA 1I6SA 1L85A 1XJTA 1QUDA 4LZMA 3OE8A 1L77A 4EJ4A 2OE7X 4EPIA 3HT6A 4I7OA 3DN4A 3HUAA 2QARC 1L43A 4I7RA 1L33A 1L76A 1D2WA 222LA 181LA 247LA 1C6KA 253LA 214LA 1QTZA 4ZPUA 2O4WA 143LA 1CU2A 164LA 236LA 4ARPA 1QS5A 1G1VA 2OEAX 1L58A 239LA 1C64A 1XJUA 1L94A 3UONA 173LA 3D4SA 1L35A 221LA 139LA 1L50A 1G0PA 2OU8A 2Q9DA 1L86A 2NTHA 148LE 2RBQA 3FI5A 1L41A 4EKQA 3F8VA 1QUGA 1LI2A 1CUPA 1C60A 3SBBC 1D3FA 245LA 246LA 1L31A 1L17A 1L97A 3HWLA 1LYGA 2RB0X 1CV6A 3G3XA 1C6IA 145LA 1C6HA 3DMVA 1EPYA 1C6NA 4YXAC 211LA 1C6CA 1L55A 4IAPA 3SB5A 1LLHA 251LA 249LA 248LA 201LA 1LGXA 1P46A 4ARQA 1L83A 2B6TA 206LA 3NY9A 4OO9A 4ARMB 2HUMA 4E97A 1L65A 1T8AA 3JR6A 172LA 184LA 1LWKA 2A4TA 129LA 1C6QA 1LYFA 131LA 2Z6BA 1L75A 2QB0B 4EXMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L89A 4NGKA 4AQNA 1JPOA 1UC0A 1T3PA 1SWYA 4I7TA 1QSAA 3HH4A 1C62A 1F0WA 3SB8A 1C6AA 1CJ8A 2F32A 1KIPC 1ZURA 4LYZA 4QEQA 2H5ZA 1B2KA 1GHLA 228LA 1T8FA 1L21A 1IC5Y 1QT5A 1L93A 3DNAA 2B75A 1QTBA 2DQFC 2RAZX 4NGJA 1G0KA 1LMQA 1RE2A 4TX7A 4CJ2A 234LA 5L3IA 4QGZA 4UWUA 1UBZA 3HDEA 1L03A 123LA 4H8ZA 1OUCA 1L06A 4W54A 1DPXA 3C83A 4ZFPA 2B6ZA 1C6GA 1KXYA 1PQMA 216LA 1QT8A 1QTKA 1FLYA 1LCNA 2HEBA 1LSNA 5LXWA 1IOSA 4WM6A 1G0LA 4ANRA 1LOZA 5KXLA 102LA 2VB1A 4LYTA 108LA 3C8RA 1F10A 4EOFA 1QUSA 2XTHA 241LA 5LAGA 4ET8A 3QAKA 4RDSA 3B0IA 1OVKA 4PJ2C 1JHLA 232LA 1JKDA 4PGJB 1L72A 1WTMA 5JENB 1UCOA 1LMOA 151LA 1HEQA 4B0DA 1YAOA 1G0MA 243LA 1SSWA 1CX6A 2D6BA 1L91A 5KXKA 3DN8A 6LYZA 4MSTA 1LZSA 1DI5A 208LA 1NQIA 1UACY 1AT5A 2H9KA 1BB5A 2DBTA 5HMVA 1NHEA 1T6HA 4N1EI 5F81A 1JKAA 1IR9A 5I4XA 3LZTA 2YVBA 3W6CA 4DKLA 2F4GA 1LJ4A 126LA 128LA 3F9LA 3HTFA 1L81A 1GAZA 1JTPL 3AZ4A 1IP6A 1HEOA 1LYSA 1HEMA 2BQBA 157LA 4W53A 4LYMA 4ETCA 1C6EA 3P4ZA 4B1AA 2BQCA 1CTWA 3G3AB 1HSXA 2B6XA 1P5CA 1B7PA 198LA 4TSBA 3K2RA 4DQ7A 1YILA 4QY9A 3GULA 149LA 3IJUA 1WQRA 3HUKA 2BQGA 1HC0A 1BHZA 3SBAA 1CV4A 1QT4A 5KXZA 2YBHA 4YXCA 1YKZX 1GWDA 4HV2A 3TXBA 140LA 1V7SA 244LA 2RAYX 2ZIKA 4NFVA 2Q0MX 229LA 1OQMA 4NIJA 1NDGC 1D3MA 1L63A 3EMLA 4DD2A 1GE2A 1C69A 4ML7A 1N4FA 3WXTA 3DN2A 3EBAB 1KS3A 1TAYA 1OUEA 2XBRA 1GB3A 2LZ2A 3AB6A 2MEIA 2L78A 4W52A 240LA 5ILFA 3WW6A 3HTGA 1LZBA 1C08C 4DYGA 4D9ZA 1Z55A 4M4OA 3L64A 4GBRB 2HUBA 1LSGA 1HERA 1L92A 1CU0A 1LJJA 1CUQA 1LZTA 1L02A 2Z37A 1HFXA 4WL7A 4DJHA 4XJIA 1F6SA 4XN6A 1OP9B 3RW8A 2YBMA 4WOAA 3HFMY 1LSAA 1G0GA 1PQDA 166LA 1GF9A 1GF6A 3CQLA 104LA 2ANVA 1L40A 1WQPA 2GV0A 3HTDA 1L68A 1B7RA 3J4GA 3TXDA 1L61A 4LT3A 1L87A 1L26A 3HH5A 1AM7A 2ZNWY 2FBBA 1B5XA 5L3HA 2DQJY 2D4IA 4NHPA 3OE0A 4H9CA 2Z39A 1C68A 1LYDA 1KW7A 3HH3A 1K28A 1YKXX 4LZTA 252LA 255LA 2F30A 2CJLA 1GBOA 5APEA 5KXTA 2MEDA 1T97A 1FLWA 1GE1A 2EKSC 4H9HA 1B6IA 2W1LA 1IR8A 1GFKA 4NGWA 1GFEA 1L80A 3ULRA 5LYZA 135LA 1XGUC 1OYUA 3ODUA 200LA 1L09A 3AJNA 1RJCB 1LYHA 1LYEA 2ZIJA 3TXIA 1BGIA 1EQ4A 5DM9A 3TMVA 1G7LC 5LVHA 3WPJA 1QS9A 1IWYA 2RB1X 1QUOA 1G0QA 114LA 4KPMA 4I7QA 1IWWA 5HQ1A 4H92A 5LZMA 154LA 1C6FA 1L05A 1LMTA 1JJ0A 4PRQA 2F4AA 4H9AA 1VDQA 1INUA 2BLXA 1IWUA 1BB7A 4IJ4A 1L77A 3HT6A 1HNLA 1UIHA 4CFPA 3HUAA 2QARC 4CHXA 1D2WA 222LA 1LSDA 4G4HA 5HLLA 1KXWA 207LA 1FDLY 1C6KA 1I20A 5FDJA 4WLTA 2BQLA 3ZVQA 1QS5A 1G1VA 2OEAX 5FCPA 1L94A 1D9UA 1L35A 5LYTA 139LA 1G0PA 2OU8A 148LE 5HMJA 1L41A 1QUGA 4CFOA 4AGAA 1C60A 3SBBC 1D3FA 245LA 4FJRA 1QTEA 4LYBA 3AW7A 1L97A 1GBXA 4WO6A 1LYGA 3HBEX 1CV6A 4J0LA 4W94A 3DMVA 1LYYA 1ALCA 1G7JC 1GDXA 1C43A 1L55A 1LLHA 5KXXA 1XGQC 4E3UA 1IP3A 4ARMB 4OO9A 3A92A 1H6MA 4M6DA 4NWEA 184LA 2DQHY 1XGRC 1LSMA 2A4TA 1LYFA 2QB0B 2BQIA 1XSFA 1UIDA 8LYZA 2O7AA 4NSJA 256LA 1JUGA 3TMWA 3WULA 1L59A 1L44A 1L38A 1LJGA 4ETEA 4DAJA 1G07A 1BB3A 1HENA 4RLMA 2EQLA 4AXTA 4PHIA 1DYCA 3GXKA 5B06A 1L12A 3ATOA 3QNGA 1LSPA 1B9OA 227LA 5FHWA 1L39A 196LA 1LI6A 168LA 5LAFA 1LHJA 1D0MA 3HUQA 2PC2A 1IEEA 1RI8B 1VFBC 3W6EA 1PZYA 1GF4A 4OWBA 3NY8A 1DYEA 141LA 1XEJA 2OTZX 1GBYA 4UWVA 2G4PA 3RUNA 1JJ1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L89 A;  4NGK A;  4AQN A;  1JPO A;  1UC0 A;  1T3P A;  1SWY A;  4I7T A;  1QSA A;  3HH4 A;  1C62 A;  1F0W A;  3SB8 A;  1C6A A;  1CJ8 A;  2F32 A;  1KIP C;  1ZUR A;  4LYZ A;  4QEQ A;  2H5Z A;  1B2K A;  1GHL A;  228L A;  1T8F A;  1L21 A;  1IC5 Y;  1QT5 A;  1L93 A;  3DNA A;  2B75 A;  1QTB A;  2DQF C;  2RAZ X;  4NGJ A;  1G0K A;  1LMQ A;  1RE2 A;  4TX7 A;  4CJ2 A;  234L A;  5L3I A;  4QGZ A;  4UWU A;  1UBZ A;  3HDE A;  1L03 A;  123L A;  4H8Z A;  1OUC A;  1L06 A;  4W54 A;  1DPX A;  3C83 A;  4ZFP A;  2B6Z A;  1C6G A;  1KXY A;  1PQM A;  216L A;  1QT8 A;  1QTK A;  1FLY A;  1LCN A;  2HEB A;  1LSN A;  5LXW A;  1IOS A;  4WM6 A;  1G0L A;  4ANR A;  1LOZ A;  5KXL A;  102L A;  2VB1 A;  4LYT A;  108L A;  3C8R A;  1F10 A;  4EOF A;  1QUS A;  2XTH A;  241L A;  5LAG A;  4ET8 A;  3QAK A;  4RDS A;  3B0I A;  1OVK A;  4PJ2 C;  1JHL A;  232L A;  1JKD A;  4PGJ B;  1L72 A;  1WTM A;  5JEN B;  1UCO A;  1LMO A;  151L A;  1HEQ A;  4B0D A;  1YAO A;  1G0M A;  243L A;  1SSW A;  1CX6 A;  2D6B A;  1L91 A;  5KXK A;  3DN8 A;  6LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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