3DN1A

Chloropentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn1A00
1OV7A 2RAYX 158LA 3SB6A 247LA 4PJZA 4W55A 3RUNA 3HUKA 2Q9EA 199LA 1QT5A 1L59A 1L22A 3C8QA 1L25A 221LA 177LA 3L64A 1L68A 1SWYA 169LA 1LYDA 3C7YA 1SX2A 4I7PA 112LA 1LW9A 1L70A 1QSQA 234LA 1L0KA 3DN8A 3SN6R 1G07A 245LA 1L11A 1L0JA 1L69A 2RAZX 146LA 129LA 1L91A 217LA 2CUUA 151LA 1T97A 1G06A 1PQIA 4W58A 2OE4X 3SBAA 3HH6A 1C6FA 1QT3A 1CV0A 2O4WA 1C6MA 256LA 223LA 1P2LA 1CV4A 1LYEA 3DN2A 1JTMA 1P2RA 115LA 1D9WA 1L33A 1CU3A 3OE8A 1L80A 2RBOA 1QUDA 3DNAA 3QAKA 3C83A 120LA 4EPFA 172LA 1G1VA 1L26A 1T6HA 4I7RA 114LA 1CV6A 1C6TA 1L73A 1P64A 126LA 1L45A 110LA 1L31A 1L63A 1L85A 1L82A 3HU9A 3GUNA 1DYDA 2QARC 3HU8A 1DYEA 1ZYTA 1P3NA 1PQOA 1C6IA 3DN3A 1L75A 231LA 143LA 251LA 1C65A 2RBRA 2B75A 2B72A 2RBPA 1C6LA 3ODUA 1SSYA 155LA 1DYBA 1L04A 1ZWNA 3HTGA 3HTBA 3NY8A 3C8SA 1L30A 1QTZA 2LZMA 2RB1X 238LA 186LA 1L81A 214LA 201LA 1QS5A 1L06A 2HUMA 216LA 2Z6BA 4W51A 178LA 1L52A 1LWGA 3OE0A 162LA 1LGXA 3G3WA 1D3NA 1P37A 1CU6A 142LA 1L18A 1C6HA 4ARLA 246LA 1L49A 3V2WA 4GRVA 1C6KA 3C8RA 4OO9A 1QT7A 184LA 1DYFA 218LA 229LA 237LA 253LA 152LA 4I7JA 1LGUA 226LA 2QB0B 1L94A 4YXCA 1SX7A 1LWKA 239LA 2B6ZA 1L79A 161LA 6LZMA 236LA 1PQMA 147LA 1L72A 185LA 1D3MA 3DN0A 3HT8A 1L14A 1QTBA 1LYFA 1L10A 2LC9A 1L38A 139LA 3PBLA 1L07A 1QT8A 1QUOA 2OU8A 3EMLA 1L60A 4S0WA 3HT6A 1L23A 128LA 3UONA 3HDFA 3K2RA 1OV5A 1P5CA 1L77A 5I14A 1CUQA 1P6YA 252LA 1L87A 4EKSA 244LA 4AQNA 242LA 3C7ZA 3DMZA 4EPIA 1PQJA 3HH4A 1D3JA 200LA 2B6TA 1LYJA 4PK0A 149LA 182LA 156LA 1TLAA 4W56A 1D3FA 1P7SA 1L20A 1CUPA 1L48A 3GUIA 1L44A 1OYUA 3V2YA 3OE6A 2OU9A 1L55A 1L43A 4YX7C 4LDOA 1P36A 189LA 206LA 3DN4A 3HDEA 3CDOA 1C63A 2RBSA 1L67A 3HUAA 1L00A 1L90A 1L03A 4ARMA 109LA 1P56A 4ARMB 1XEPA 2O7AA 1OVKA 2B6XA 1B6IA 3SBBC 1L54A 215LA 1D2WA 3LZMA 1QTDA 1CU2A 3SB8A 225LA 1L16A 3HTDA 4EKPA 1L36A 113LA 1C67A 130LA 1L13A 1EPYA 258LA 3GUOA 3RZEA 196LA 198LA 4I7QA 4ARJA 3CDQA 3C7WA 211LA 2RH1A 1G0JA 144LA 1NHBA 102LA 1L09A 2L78A 4LDLA 3OE9A 3D4SA 1C6GA 1L37A 2ANVA 2RBNA 5LZMA 1L05A 1CTWA 1L17A 1L46A 260LA 119LA 228LA 2B6YA 1CV1A 1KY1A 1JQUA 219LA 1L19A 165LA 3HT7A 160LA 3C82A 4EKRA 248LA 140LA 3FI5A 168LA 1LPYA 3L2XA 1L01A 1L92A 1LYGA 1L08A 1L83A 3HTFA 4W53A 123LA 2A4TA 2RBQA 4W59A 1L50A 3HT9A 1XJUA 173LA 1L27A 1WTHA 1CVKA 1KW5A 2OTYX 3PDSA 233LA 3VW7A 1QTVA 1QSBA 148LE 1CU0A 1CV3A 1QUGA 188LA 1C60A 1SSWA 2B6WA 3DN1A 1L74A 1C69A 1P46A 2ANXA 4W54A 2HUKA 230LA 1DYCA 2RB2X 2F2QA 4I7TA 1CX6A 1L97A 137LA 1L57A 3SB7A 1G0LA 2Q9DA 141LA 3GUMA 1C6BA 1QT4A 2HULA 2NTHA 3SB5A 163LA 1L95A 4DKLA 1QT6A 255LA 1DYGA 1QUHA 1L98A 4E97A 3FADA 187LA 4LDEA 3C80A 1L32A 205LA 1PQDA 1C6NA 1L29A 4LZMA 1C68A 1L34A 1L89A 1QTHA 122LA 3SB9A 1L53A 2OEAX 1KS3A 1L71A 3F9LA 1L40A 1T8AA 240LA 2RB0X 4I7LA 131LA 1C6CA 2OE7X 3G3XA 171LA 232LA 235LA 3CDTA 4EJ4A 2OE9X 1KY0A 1L15A 1QS9A 3CDVA 3FA0A 4DAJA 3F8VA 190LA 1LLHA 138LA 2F47A 262LA 175LA 2F32A 2B73A 3CDRA 1C6PA 1G0MA 7LZMA 4I7SA 254LA 1C6QA 167LA 1CX7A 3HUQA 1KNIA 4ARPA 3HWLA 2B70A 118LA 195LA 1PQKA 1K28A 1L28A 1DYAA 4ZPUA 181LA 4ARQA 103LA 3DMVA 4ARQB 4DJHA 150LA 1L62A 220LA 104LA 227LA 1L86A 1L12A 1SWZA 2IGCA 107LA 3NY9A 1L42A 2OTZX 1C6EA 1CU5A 241LA 3GUKA 111LA 1C61A 1C64A 1L39A 1D2YA 166LA 212LA 192LA 1L93A 127LA 1C6JA 2B7XA 4IAPA 1LI6A 1L56A 1OVHA 1C6DA 1L88A 3G3VA 1L64A 4I7OA 4GBRB 2NTGA 1L76A 1G1WA 176LA 3GULA 174LA 1LYIA 1L99A 1LI3A 1ZURA 2O79A 222LA 1L41A 180LA 3HH3A 1G0KA 1L65A 183LA 213LA 250LA 1C6AA 1OWZA 3DMXA 2OU0X 249LA 1OWYA 1LYHA 257LA 1L51A 3HH5A 1L58A 261LA 243LA 1LI2A 3JR6A 3DN6A 164LA 209LA 3GUPA 3NYAA 1KW7A 4W52A 1G0GA 4I7NA 197LA 1QTCA 1L02A 3C81A 1L84A 1XJTA 1OVJA 1L47A 159LA 1C66A 4EXMA 1C62A 3DKEX 4EKQA 4I7MA 108LA 1I6SA 191LA 170LA 2LCBA 1CV5A 3GUJA 1L24A 4YXAC 1T8FA 2B74A 1LGWA 1T8GA 1L21A 1L35A 1JTNA 1G0QA 1L96A 210LA 1L61A 157LA 4K5YA 259LA 224LA 4W57A 145LA 125LA 1G0PA 4I7KA 1L66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RAYX 158LA 5LXWA 5B1FA 1UA6Y 3N9EA 1D0KA 1L59A 4WM6A 1LYDA 2BQJA 234LA 3WU7A 1L0KA 3SN6R 1G07A 1LSEA 4Z46A 2C8PA 5KXOA 1CJ6A 4LZTA 2OE4X 2A7FA 1IP1A 1GFVA 4NHPA 1CV0A 4HJVA 5II3A 1HFYA 1C6MA 256LA 2LYOA 223LA 1P2LA 4DYGA 1IOCA 4GLVA 5APEA 4GCBA 3DN2A 1JTMA 4H9AA 4RDSA 5F16A 4LYMA 2YBMA 1GDXA 1KIPC 4H9EA 1P2CC 2DQFC 1GF7A 1CV6A 1OUBA 5KXKA 1OUFA 1L85A 1GPQC 3HU9A 1DYEA 1ZYTA 3DN3A 5KXWA 2I25L 1L75A 4H94A 1YL1X 143LA 251LA 2RBPA 3ODUA 1XEIA 3P66A 1GB2A 2BLXA 2RB1X 4WL6A 2MEBA 2GV0A 5LVGA 4W51A 5DLAA 5JENB 1LWGA 1FKQA 1P37A 1B7QA 4XJGA 1QUSA 246LA 5IDDA 1L49A 4GRVA 3P64A 1FLWA 3WU9A 4OO9A 1QT7A 5KXNA 1IC5Y 237LA 5DN4A 152LA 3EBAB 4NEBA 1IP6A 5LA5A 1L94A 1QDTA 4WM3A 1FKVA 1F6RA 2B6ZA 3CT1A 3AZ4A 1PQMA 3ULRA 1GB7A 1CJ9A 3DN0A 2LC9A 1L38A 1LMTA 139LA 4OOTA 3PBLA 1QUOA 1LMQA 4S0WA 3HT6A 9LYZA 1TCYA 2YBLA 5I14A 4TSBA 4YEOA 2X0AA 4QEQA 242LA 3G3AB 4EPIA 3J4GA 1YL0X 4DQ7A 4QY9A 4PK0A 193LA 149LA 1TLAA 4W56A 4AXTA 4IJ4A 1OUGA 154LA 4NGOA 5LYTA 2DBTA 1L55A 1LKSA 4YX7C 4LDOA 1DPXA 3CDOA 1HEQA 1LOZA 2YDGA 4WM4A 1L00A 4LYOA 1L90A 1C10A 1JKDA 4M4OA 4R6CA 2BQGA 1L03A 4QDNA 3AYQA 4H90A 3SBBC 1DZBX 1H6MA 1CU2A 1GBYA 1LHIA 1L13A 3RZEA 3CDQA 2EIZC 2RH1A 4MCKA 102LA 2CJLA 2L78A 4H8XA 4EOFA 1UUZC 3MGWA 4NSGA 4B0DA 5IELA 1WQOA 4DDAA 1GAZA 3KAMA 3TXHA 1HSWA 4N0JA 3TMVA 1L46A 1LYYA 2HEAA 3QNGA 1CV1A 1JJ3A 1LJNA 1TBYA 3WPJA 1LMPA 160LA 3LYTA 3W6BA 1JTTL 1HC0A 1WQRA 2MEDA 4W53A 2HU3A 2LYMA 1YAPA 4DC4A 4LGKA 1LZEA 5ILFA 1JPOA 4IATA 3A94A 1B7RA 1QUGA 1SSWA 3DN1A 2H5ZA 5LYZA 3W6EA 2EQLA 1LCNA 5F81A 1KIRC 4I7TA 137LA 1L57A 1G0LA 3ZEKA 141LA 3GUMA 1C6BA 1BVXA 1QT4A 2HULA 5FSTA 1DYGA 4YEMA 3FADA 4H9CA 4LDEA 1LSCA 4DQJA 5F14A 1C6NA 1L29A 1L34A 1L89A 1QTHA 3F9LA 1L40A 240LA 4WLTA 4XADA 4H92A 1LAAA 2OE7X 2XJWA 1L15A 1VEDA 1YQVY 3ATOA 1C08C 1GF6A 3F8VA 4NGLA 138LA 1WQQA 262LA 1D6PA 3CDRA 7LZMA 1C6PA 1G0MA 4I7SA 1NHEA 118LA 1DYAA 4TSCA 103LA 1DKKA 3DMVA 1KXWA 4DJHA 4H8ZA 1GFHA 2MEEA 220LA 1GB5A 3WMKA 4DT3A 241LA 2F4GA 1LZYA 1CKCA 3W6DA 1D2YA 4TTDA 212LA 3IJUA 192LA 1GF3A 2BQOA 1B5XA 5C6JA 1NKHA 4I7OA 1LZRA 3GULA 4ZEEA 4KPMA 1L41A 5DL9A 1G0KA 1IO5A 3J6KA 1DI4A 1GF8A 213LA 3TMUA 250LA 8LYZA 1JKCA 1B7PA 1LSPA 1GE2A 249LA 1C7PA 257LA 1GXXA 5FEKA 1FLYA 261LA 4LT0A 1HFXA 1LI2A 3JR6A 4WM5A 164LA 7LYZA 1YKZX 209LA 2G4QA 1DQJC 3GUPA 4I7NA 4MSTA 1QTCA 3C81A 208LA 2IFFY 3A90A 1IP7A 2LYZA 108LA 1I6SA 3FE0A 2HTXA 4M6DA 1T8GA 1GE1A 1L96A 1IR7A 1RJCB 4TUNA 259LA 1T6VL 224LA 4W57A 1GE3A 3F6ZA 125LA 1IC4Y 4WOAA 5LAFA 1L66A 1OUJA 2ZNWY 247LA 1B5ZA 4PJZA 207LA 1LSZA 3HUKA 2FBDA 2Q9EA 199LA 4GN3A 4HP0A 1QT5A 1B5WA 4PGJB 3B0KA 2AUBA 1L25A 1GFJA 1XGPC 177LA 3M3UA 1SWYA 169LA 3C7YA 1SQ2L 1GFUA 112LA 1LW9A 1DI3A 3A93A 1L70A 1QSQA 3DN8A 1L11A 2BPUA 3RW8A 4N9RA 1REZA 1TDYA 129LA 1L91A 217LA 5T3FA 4HJZA 2CUUA 1T97A 1G06A 1D0MA 1PQIA 4IASA 5LVKA 3SBAA 3HH6A 3TXKA 4H1PA 3LZ2A 3CQLA 4NWHA 4ET8A 1GFRA 1DKJA 115LA 1JTPL 4LFPA 1CU3A 5I4XA 1QUDA 3DNAA 5L3HA 1J1OY 2XQOA 3VWOA 1L63A 4OWEA 4HPEA 1LZ9A 4N1CC 231LA 4XJBA 2RBRA 3D3DA 1LJKA 1B5YA 5IHGA 3NY8A 3C8SA 1GFKA 238LA 186LA 1L81A 1IY3A 214LA 201LA 1J1PY 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RAY X;  158L A;  5LXW A;  5B1F A;  1UA6 Y;  3N9E A;  1D0K A;  1L59 A;  4WM6 A;  1LYD A;  2BQJ A;  234L A;  3WU7 A;  1L0K A;  3SN6 R;  1G07 A;  1LSE A;  4Z46 A;  2C8P A;  5KXO A;  1CJ6 A;  4LZT A;  2OE4 X;  2A7F A;  1IP1 A;  1GFV A;  4NHP A;  1CV0 A;  4HJV A;  5II3 A;  1HFY A;  1C6M A;  256L A;  2LYO A;  223L A;  1P2L A;  4DYG A;  1IOC A;  4GLV A;  5APE A;  4GCB A;  3DN2 A;  1JTM A;  4H9A A;  4RDS A;  5F16 A;  4LYM A;  2YBM A;  1GDX A;  1KIP C;  4H9E A;  1P2C C;  2DQF C;  1GF7 A;  1CV6 A;  1OUB A;  5KXK A;  1OUF A;  1L85 A;  1GPQ C;  3HU9 A;  1DYE A;  1ZYT A;  3DN3 A;  5KXW A;  2I25 L;  1L75 A;  4H94 A;  1YL1 X;  143L A;  251L A;  2RBP A;  3ODU A;  1XEI A;  3P66 A;  1GB2 A;  2BLX A;  2RB1 X;  4WL6 A;  2MEB A;  2GV0 A;  5LVG A;  4W51 A;  5DLA A;  5JEN B;  1LWG A;  1FKQ A;  1P37 A;  1B7Q A;  4XJG A;  1QUS A;  246L A;  5IDD A;  1L49 A;  4GRV A;  3P64 A;  1FLW A;  3WU9 A;  4OO9 A;  1QT7 A;  5KXN A;  1IC5 Y;  237L A;  5DN4 A;  152L A;  3EBA B;  4NEB A;  1IP6 A;  5LA5 A;  1L94 A;  1QDT A;  4WM3 A; 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