3DN1A

Chloropentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn1A00
3FI5A 2RB2X 4W59A 187LA 1OWZA 1C6KA 160LA 1L53A 5I14A 235LA 4PK0A 1KS3A 2LCBA 242LA 217LA 227LA 2OTZX 1C62A 1CUQA 3C82A 1L87A 3HT8A 1L40A 4W57A 1L34A 3C80A 191LA 1G0GA 130LA 1PQIA 3SBBC 4I7MA 1CU5A 3F9LA 177LA 3DN1A 3GUIA 1CV3A 1C66A 174LA 146LA 209LA 1LWKA 1L37A 1QTCA 192LA 4LDEA 3FADA 4I7RA 122LA 4YXAC 4I7SA 170LA 3DMZA 199LA 3HH5A 4S0WA 1DYEA 143LA 1L08A 3HTDA 4W55A 3DNAA 126LA 1L91A 1QT4A 219LA 167LA 3NYAA 2IGCA 1C6BA 1LLHA 1QT5A 3QAKA 200LA 2RAYX 1C69A 1C68A 1EPYA 1CU0A 1L09A 2B73A 1QS9A 118LA 185LA 1L73A 142LA 3HWLA 148LE 166LA 2OTYX 252LA 3C81A 1L74A 4YXCA 197LA 2QB0B 1L63A 2A4TA 1LI6A 222LA 119LA 1G0KA 1L58A 1L21A 1QTVA 2B6WA 1P6YA 4EPFA 1LGUA 2OE4X 1QTDA 2OU0X 2LZMA 129LA 1G0LA 1QUHA 1L0JA 3CDVA 1QTBA 3C83A 1C6PA 1C61A 1P36A 4GBRB 1B6IA 131LA 172LA 1L36A 1L90A 175LA 1QSBA 262LA 182LA 218LA 1KY1A 3HDEA 1OVKA 195LA 1L46A 3ODUA 1L95A 2B72A 1QSQA 3JR6A 1D3NA 5LZMA 1QTZA 3GUPA 1L99A 1L59A 3GULA 4I7NA 1D3MA 2O4WA 2B6TA 1L54A 1L17A 2RBPA 3G3WA 4GRVA 1L41A 2ANXA 1G0JA 206LA 4EPIA 123LA 1D9WA 1CUPA 239LA 1ZURA 1T97A 2RBQA 144LA 1G0PA 3GUJA 3OE9A 3HU9A 4EXMA 1L67A 1G06A 233LA 186LA 141LA 3NY8A 4EKRA 1P2RA 2HUKA 3HDFA 1OYUA 3V2WA 259LA 1SWYA 249LA 1JTMA 115LA 1L84A 1L49A 3GUNA 1L22A 3DN3A 3HUAA 1KNIA 1L35A 3HT6A 1K28A 1QUDA 4I7QA 1C67A 1L94A 1QUOA 1L14A 183LA 3LZMA 1CU6A 114LA 2Z6BA 4AQNA 234LA 2RAZX 4W53A 1L85A 2OE7X 1KY0A 1PQMA 214LA 196LA 1L81A 3V2YA 1L96A 3FA0A 1C6NA 140LA 3HH3A 3SN6R 4I7OA 1C64A 2RB0X 1LYJA 3HH6A 2O7AA 2Q9DA 1DYGA 1L42A 1L69A 229LA 1L55A 180LA 2OEAX 145LA 158LA 113LA 1C6LA 1L29A 228LA 2RB1X 3HT7A 1L30A 1KW5A 1QTHA 3SB9A 241LA 108LA 226LA 3F8VA 3DKEX 4I7KA 1G0MA 1L33A 1LYGA 1C6EA 1XJTA 1LI2A 1C6TA 2NTGA 1L13A 3RUNA 1L19A 1DYFA 2O79A 1L43A 1L77A 1QS5A 2B7XA 1DYDA 161LA 1L20A 1LYIA 230LA 3CDRA 2RH1A 1CTWA 1G07A 1L23A 212LA 1T6HA 1C63A 3HTFA 189LA 3SBAA 1P64A 110LA 1OVJA 1L45A 1CVKA 3K2RA 2OE9X 3C7ZA 4W51A 3CDTA 1L88A 1L52A 213LA 3PDSA 1CV6A 4PJZA 2RBOA 238LA 1JTNA 1L31A 1OVHA 3C8RA 1L0KA 151LA 1L50A 4E97A 1L15A 4W52A 255LA 1SWZA 1ZYTA 1L01A 1L83A 2Q9EA 224LA 4DKLA 3DN2A 4OO9A 1L61A 1C65A 216LA 3GUOA 4IAPA 3HUKA 1L93A 1QT3A 1WTHA 3C8QA 1T8FA 3CDOA 1G1WA 2L78A 111LA 1L03A 1T8AA 260LA 1I6SA 147LA 1L39A 3HTGA 1LGXA 1L80A 210LA 162LA 3HH4A 3VW7A 1L07A 1QUGA 1DYCA 1L26A 3G3XA 1L05A 3SB5A 254LA 3OE6A 2B6YA 4EKSA 1QT8A 3L64A 1P7SA 3C7YA 1OWYA 3SB8A 156LA 103LA 171LA 1CV5A 188LA 1CU2A 232LA 138LA 178LA 149LA 2NTHA 3HTBA 223LA 1L32A 1C6FA 231LA 4W54A 1C6DA 1JQUA 3RZEA 1LYHA 2F32A 169LA 1LPYA 1L47A 2QARC 3DN6A 4YX7C 1LW9A 220LA 164LA 4ARQA 1LYFA 2LC9A 245LA 109LA 1L68A 1SSYA 1C60A 1C6JA 173LA 1LGWA 1CX6A 251LA 1L62A 1SX2A 3UONA 1CV0A 1PQDA 1L65A 253LA 137LA 1L56A 261LA 2B74A 1TLAA 1L66A 3GUMA 1D2YA 1L72A 205LA 2OU9A 4I7LA 1OV7A 1P46A 1XJUA 128LA 3OE0A 1L51A 176LA 4EJ4A 4EKQA 3OE8A 4LDLA 1NHBA 1L71A 247LA 3HT9A 1L24A 4ARMA 1OV5A 1P5CA 1PQOA 2F47A 112LA 102LA 181LA 4I7TA 1L64A 1L04A 1LWGA 190LA 1QT7A 1L92A 2F2QA 257LA 3GUKA 1D3FA 3DN4A 165LA 1C6AA 1L89A 3EMLA 4LZMA 4I7PA 1L00A 3SB6A 1C6GA 1L60A 3DMXA 1L38A 107LA 211LA 2HUMA 198LA 1P37A 2CUUA 159LA 1G0QA 3C7WA 3CDQA 1L11A 1D2WA 221LA 4W58A 1PQKA 1L25A 1L86A 4DJHA 1KW7A 243LA 4DAJA 244LA 201LA 1ZWNA 1L82A 2B75A 1D3JA 3D4SA 104LA 258LA 1L44A 1CV4A 1SSWA 1C6HA 1DYAA 4LDOA 1LYEA 6LZMA 2HULA 1C6MA 2ANVA 4ARQB 1PQJA 256LA 248LA 1L70A 3G3VA 1L16A 1C6CA 3DN8A 4K5YA 150LA 3PBLA 1DYBA 1L06A 1SX7A 1T8GA 3NY9A 1CV1A 236LA 120LA 1CU3A 4ARJA 163LA 1XEPA 7LZMA 184LA 2B70A 139LA 1L57A 246LA 3L2XA 1L28A 4ZPUA 1G1VA 2OU8A 1L75A 3DMVA 4W56A 3SB7A 1C6IA 4ARPA 225LA 2B6XA 4I7JA 1CX7A 250LA 237LA 2RBSA 4ARMB 168LA 157LA 1P3NA 1L76A 1P2LA 1C6QA 2B6ZA 1LYDA 2RBRA 1L18A 3HUQA 4ARLA 2RBNA 3C8SA 1L97A 155LA 4EKPA 215LA 1L12A 1L48A 3HU8A 3DN0A 1L79A 125LA 127LA 1L02A 1P56A 1L10A 1LI3A 1QT6A 1L98A 1L27A 152LA 240LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RI8B 1UIDA 4W59A 187LA 1LSCA 1L53A 1IOSA 242LA 1C62A 3HT8A 1D0KA 4W57A 1L34A 4GN5C 3SBBC 133LA 4I7MA 5ILFA 4NG8A 2I26L 2BQKA 209LA 4BAPA 1QTCA 192LA 1CNSA 1LMOA 4LDEA 3FADA 4NHSA 1JKBA 199LA 4S0WA 3HTDA 4W55A 1HFYA 4G4CA 4HPEA 4KL7A 1LZBA 5EBHA 1F6SA 3W6DA 2ZQ4A 1C68A 1EPYA 2B73A 3WYHA 2YBJA 1KIQC 2GV0A 3TXIA 1RFPA 4EMNA 2IHLA 1L63A 2A4TA 1KIPC 1REZA 1QDRA 1G0KA 3A91A 3W6EA 1GBSA 3WPKA 1QTVA 4CFPA 5KXMA 4DDCA 1QTDA 1CJ6A 1WQQA 3N9CA 1C61A 4GBRB 5LAFA 3AZ5A 4YM8A 1LZ5A 2H9KA 1GBYA 1OVKA 195LA 3WU8A 3ODUA 4RW2A 1L95A 1IY3A 3WU7A 5FCPA 1D3NA 1IWYA 1LJKA 1OUGA 5FEKA 1L59A 1LMQA 2B6TA 3WVYA 1L41A 1G0JA 1YKZX 2YBNA 4WLXA 233LA 186LA 4NSIA 1OYUA 1REYA 3ZVQA 4B49A 2BQDA 115LA 1TDYA 1L35A 3TMWA 3F6ZA 1QUOA 1LSYA 1RE2A 1L14A 3RW8A 4TTDA 1CU6A 2H9JA 1OUIA 3TXHA 2Z18A 2OE7X 1C45A 1IORA 1IR7A 1DI4A 3B6LA 4B0DA 3LZTA 2DQJY 4AGAA 4H90A 5B1GA 3TXFA 1C6NA 3HH3A 1J1OY 1C64A 4CGEA 1L42A 1L69A 180LA 2RB1X 1C6LA 228LA 3EO5A 1L30A 1KW5A 108LA 2ZQ3A 8LYZA 4LGKA 4J0LA 1GF4A 2NTGA 4NEBA 1G7MC 1JSFA 1HEQA 1DYDA 161LA 2BQMA 1LMPA 3CDRA 3IJUA 1CTWA 1L23A 3HTFA 189LA 1TEWA 1IP2A 4ETAA 2OE9X 1L88A 1CV6A 4PJZA 3ZVQB 1LZ6A 2DQEY 1JTNA 1GB0A 2BLYA 1SWZA 1GBZA 1L01A 2Y8PA 1B7LA 1C65A 5F16A 1HFZA 4IAPA 4HTNA 4HTQA 4W94A 4GN3A 1YAQA 1TBYA 4HJYA 1H6MA 1I6SA 2D91A 1YAMA 3HH4A 4N9RA 1FN5A 3J6KA 1QUGA 2N5ZA 1L26A 1CKCA 1L05A 2H5ZA 1DPXA 254LA 1LMNA 1REMA 1WQMA 1LJGA 3EXDA 156LA 1UIGA 2EKSC 3P68A 5E4PA 4ML7A 1CU2A 138LA 1GFTA 178LA 1QSWA 1VDPA 223LA 1L32A 3CT0A 1UUZC 5LAGA 1JQUA 3RZEA 1BWJA 1UBZA 2BAAA 169LA 1LJIA 5B1FA 3RT5X 1LW9A 4HJVA 1FLQA 1C60A 251LA 1L62A 1SX2A 3UONA 1PQDA 253LA 1GE0A 4H8ZA 1XGTC 1L66A 4N5RA 4N8ZA 4PRUA 1L72A 4I7LA 128LA 3OE0A 1L51A 3AGHA 5D5CA 4EJ4A 4EKQA 3OE8A 4LDLA 3CB7A 3HT9A 4H93A 2BPUA 5F9UA 1L24A 1OV5A 4P2EA 1DQJC 1OUDA 181LA 1LZGA 2F2QA 257LA 4M4OA 1FBIX 1L89A 3A34A 1LZ8A 4NHTA 1HENA 1OUCA 198LA 4CHXA 1G0QA 3C7WA 3CDQA 221LA 1HSWA 1QTKA 2MEGA 1L25A 134LA 2X0AA 1VDTA 2ZWBA 2B75A 4NGZA 1BB3A 1XSFA 1F6RA 3B0KA 1RCMA 6LZMA 1C6MA 2ANVA 2HECA 1DKJA 1PQJA 4G9SA 150LA 1LHIA 5I5QA 5LIOA 5B06A 1OUJA 163LA 7LZMA 1GF8A 4UWUA 139LA 1B5UA 5KXYA 1FDLY 1HEWA 132LA 1NDGC 1GB9A 1I20A 2MEDA 5KXPA 1I56A 4ARPA 1UA6Y 225LA 4I7JA 250LA 4H8XA 5F9XA 5LINA 4YENA 1P2LA 2W1MA 1J1PY 5APFA 4D9ZA 4PPOA 3D9AC 3A6CY 1FLUA 2W1YA 2B5ZA 1L48A 3DN0A 1NBZC 1L79A 1B7OA 125LA 2Z19A 4LYTA 1IVMA 4XN6A 1L10A 3WH1A 2OTYX 1L98A 1IP5A 4C3WA 2MEEA 4OOOA 1KS3A 4G4HA 2BQAA 2D4IA 2Z2EA 2OTZX 1L87A 1IP3A 3C80A 1G0GA 1QDTA 4DT3A 3WUMA 1CU5A 3F9LA 3WULA 1CV3A 1C66A 2HEFA 2CDSA 1ALCA 1GB7A 2F4AA 3AGGG 4C5FA 170LA 1DYEA 1L08A 2RSCA 1QT4A 1JKAA 167LA 4ETBA 3WVXA 1C6BA 3B72A 3RU5A 200LA 1B5YA 1F0WA 1CU0A 1L09A 4IASA 118LA 142LA 1BGIA 1HC0A 252LA 1AT6A 1CKHA 5DL9A 4YXCA 197LA 4H9FA 3RZ4A 3HBHA 3P4ZA 3QE8A 1ZVYB 3WW6A 222LA 119LA 1IP4A 3TXGA 1OUAA 4DD1A 1GF7A 2B6WA 4HJZA 1P6YA 4EPFA 1B9OA 2OU0X 5ILCA 2Z37A 1HEPA 1UIFA 1L0JA 1HMLA 4H9IA 1P36A 2FYDA 1LOZA 131LA 172LA 4LYOA 1QSBA 1NWGA 4TUNA 1IR8A 1ZV5L 4LYMA 4WOAA 1OUEA 1GE3A 1IR9A 1KY1A 4N1CC 1L46A 2DKVA 3JR6A 2DQIY 1IWTA 3P66A 4B4JA 3W6FA 4UWNA 1E8LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RI8 B;  1UID A;  4W59 A;  187L A;  1LSC A;  1L53 A;  1IOS A;  242L A;  1C62 A;  3HT8 A;  1D0K A;  4W57 A;  1L34 A;  4GN5 C;  3SBB C;  133L A;  4I7M A;  5ILF A;  4NG8 A;  2I26 L;  2BQK A;  209L A;  4BAP A;  1QTC A;  192L A;  1CNS A;  1LMO A;  4LDE A;  3FAD A;  4NHS A;  1JKB A;  199L A;  4S0W A;  3HTD A;  4W55 A;  1HFY A;  4G4C A;  4HPE A;  4KL7 A;  1LZB A;  5EBH A;  1F6S A;  3W6D A;  2ZQ4 A;  1C68 A;  1EPY A;  2B73 A;  3WYH A;  2YBJ A;  1KIQ C;  2GV0 A;  3TXI A;  1RFP A;  4EMN A;  2IHL A;  1L63 A;  2A4T A;  1KIP C;  1REZ A;  1QDR A;  1G0K A;  3A91 A;  3W6E A;  1GBS A;  3WPK A;  1QTV A;  4CFP A;  5KXM A;  4DDC A;  1QTD A;  1CJ6 A;  1WQQ A;  3N9C A;  1C61 A;  4GBR B;  5LAF A;  3AZ5 A;  4YM8 A;  1LZ5 A;  2H9K A;  1GBY A;  1OVK A;  195L A;  3WU8 A;  3ODU A;  4RW2 A;  1L95 A;  1IY3 A;  3WU7 A;  5FCP A;  1D3N A;  1IWY A;  1LJK A;  1OUG A;  5FEK A;  1L59 A;  1LMQ A;  2B6T A;  3WVY A;  1L41 A;  1G0J A;  1YKZ X;  2YBN A;  4WLX A;  233L A;  186L A;  4NSI A;  1OYU A;  1REY A;  3ZVQ A;  4B49 A;  2BQD A; 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