3DN1A

Chloropentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn1A00
3OE0A 1L93A 1L95A 1QUHA 2B7XA 3C81A 2F32A 3RZEA 245LA 3C7WA 4ARLA 1L49A 1G0KA 1CV5A 4OO9A 4W56A 190LA 2HUMA 250LA 1L08A 3C8QA 225LA 1QSQA 4I7TA 1C68A 3DMVA 3V2WA 3CDTA 1JQUA 1QUOA 1G0JA 4PK0A 150LA 4ARPA 1KS3A 4ZPUA 209LA 3GUOA 3DN1A 1QT5A 1LPYA 1XEPA 1L46A 1L82A 3F9LA 188LA 4I7LA 102LA 171LA 259LA 1L13A 1DYEA 1OYUA 2RBQA 3HWLA 4EKPA 3OE6A 2OE7X 1C6LA 249LA 2RBOA 3L64A 3ODUA 183LA 1L00A 143LA 1C6FA 1L53A 2RH1A 4EJ4A 3HT9A 149LA 220LA 1L86A 1L36A 1G0MA 258LA 1C67A 1CV3A 3HUQA 4EKSA 195LA 169LA 1P56A 7LZMA 1L07A 125LA 131LA 1KW7A 3V2YA 161LA 3EMLA 242LA 1L88A 1P36A 162LA 1L71A 137LA 216LA 1LWGA 1CUQA 1L43A 1T6HA 256LA 4W53A 1CV0A 1DYDA 1L45A 1QTVA 3HT8A 239LA 3HU9A 4I7NA 1G0PA 4I7PA 3HU8A 128LA 1P37A 163LA 2LZMA 4YXCA 1L85A 1L35A 218LA 2O7AA 1CV1A 4GBRB 2ANXA 1JTNA 191LA 3F8VA 1G1WA 2HUKA 3DN4A 3G3XA 2RAYX 1P2LA 2B73A 2RBSA 4I7SA 2B74A 147LA 1QUGA 107LA 2LCBA 241LA 233LA 3DNAA 253LA 3OE8A 262LA 139LA 3DKEX 3NYAA 3FA0A 1L80A 4YXAC 211LA 1QS5A 238LA 1L42A 1L14A 4DKLA 244LA 3JR6A 3GUPA 2NTHA 1PQJA 1PQKA 2F2QA 2RBPA 247LA 2OU0X 210LA 224LA 168LA 3SBBC 2NTGA 3C8RA 1CVKA 1L74A 199LA 1L60A 219LA 3OE9A 1SWZA 1C6GA 3G3VA 2L78A 1D2WA 177LA 1L50A 170LA 1XJUA 1L62A 1C6KA 1L21A 4E97A 4W54A 1KNIA 185LA 1L03A 1LGXA 1L64A 254LA 223LA 1D2YA 1T8AA 217LA 3SB7A 4W59A 1C6JA 1L34A 1DYFA 1G0LA 1L05A 1SX2A 228LA 1D9WA 1L06A 1L47A 1QT6A 1OVJA 3HUKA 1C6DA 1L41A 1L48A 1L56A 237LA 172LA 1C6NA 1L92A 109LA 113LA 3DN0A 1L04A 4LDOA 231LA 1L81A 3DN2A 2Q9EA 1P3NA 2QB0B 196LA 2HULA 215LA 1D3FA 214LA 2OE4X 4W55A 2O4WA 120LA 3PBLA 182LA 3C82A 1L77A 186LA 114LA 257LA 1L66A 2RAZX 1L98A 4I7RA 3UONA 3HH5A 1L31A 3NY9A 1L84A 1L51A 126LA 1DYGA 1QT3A 2B70A 1L32A 156LA 4I7QA 234LA 123LA 1L68A 1L09A 1L52A 232LA 4PJZA 1D3MA 3GUIA 1L15A 2B6YA 1B6IA 3C7ZA 1L11A 1L12A 173LA 3CDRA 3VW7A 1P2RA 1L01A 4EKRA 4EPFA 155LA 1CU0A 3DMXA 3SB6A 152LA 3SB9A 2B72A 1L30A 1L23A 1OVHA 1LYFA 1WTHA 1L57A 1L19A 226LA 1L96A 1D3NA 1L65A 1C6HA 221LA 2B75A 1L24A 1CX7A 3CDQA 1C6AA 3DN3A 1P5CA 1L94A 1QSBA 3L2XA 246LA 112LA 180LA 4LDLA 1L73A 1C6TA 3D4SA 3DN6A 1LYIA 1T8FA 1DYCA 1QTZA 3HH3A 240LA 3HT6A 1CUPA 187LA 2O79A 3HT7A 118LA 1DYAA 3QAKA 166LA 4W58A 198LA 148LE 1I6SA 1OVKA 1C6MA 1L39A 1QS9A 1OWZA 3SB8A 1L02A 2RBNA 1ZURA 1C6EA 1L75A 1L83A 164LA 3RUNA 1C64A 1L97A 2RB2X 192LA 1PQIA 1L37A 1L91A 255LA 2F47A 1L0KA 146LA 1L58A 1T97A 3HTDA 2LC9A 1L22A 1LI6A 1P46A 3HH6A 1QTDA 1PQOA 1L70A 4IAPA 1QUDA 3C83A 3C8SA 3PDSA 104LA 1L59A 1L99A 1L26A 103LA 1L72A 181LA 160LA 4W51A 236LA 167LA 1QTCA 4I7KA 4EKQA 1SSYA 1L54A 1P6YA 3GUKA 1QTBA 1C61A 3HTGA 1L79A 3SN6R 4DAJA 144LA 1L69A 1C6CA 3GUNA 1QT4A 1PQMA 1KY0A 1L90A 4I7JA 1L63A 201LA 1P7SA 1SSWA 2Z6BA 1C65A 1LYDA 159LA 3HH4A 1L40A 4K5YA 1CV4A 4W52A 1L27A 3DMZA 5I14A 4ARQA 115LA 1G07A 1CU5A 1T8GA 197LA 1L67A 248LA 1JTMA 1CU6A 2B6ZA 3C7YA 4ARMB 3HDEA 1ZYTA 4EPIA 140LA 1L29A 260LA 1LGUA 1OWYA 2CUUA 1C60A 2B6TA 1LYHA 1OV7A 1L28A 213LA 3GULA 3HTFA 205LA 3HDFA 1L87A 3SB5A 3CDVA 1XJTA 3C80A 206LA 141LA 1EPYA 1G1VA 1SX7A 1LLHA 2IGCA 1LGWA 1LYEA 1OV5A 3K2RA 2ANVA 2RB0X 1L61A 1PQDA 1LI2A 2OU9A 1C66A 1LI3A 1KY1A 165LA 1G06A 3HTBA 145LA 4LDEA 1ZWNA 184LA 1L18A 1SWYA 2OTZX 1QT8A 1TLAA 1L0JA 1L38A 3G3WA 4I7MA 1LWKA 2OTYX 3FI5A 1L76A 1QT7A 1L25A 129LA 261LA 4S0WA 130LA 175LA 1P64A 3SBAA 1C6QA 1C69A 1G0QA 4YX7C 229LA 4EXMA 2QARC 3GUJA 1KW5A 1LYGA 110LA 1CTWA 3GUMA 2RB1X 1L33A 4ARMA 1L17A 178LA 2Q9DA 3FADA 2OU8A 119LA 4GRVA 222LA 2OEAX 2B6XA 1CV6A 1LYJA 174LA 122LA 4LZMA 3CDOA 158LA 1CU3A 1NHBA 4W57A 252LA 1LW9A 5LZMA 1L16A 3NY8A 3HUAA 1CU2A 1L89A 2OE9X 227LA 3LZMA 1L44A 1C63A 243LA 4ARQB 4DJHA 2RBRA 151LA 2A4TA 212LA 176LA 230LA 108LA 157LA 200LA 1C6BA 1C6PA 142LA 1QTHA 1CX6A 1L55A 127LA 1G0GA 4ARJA 138LA 2B6WA 1L20A 1C6IA 1D3JA 4I7OA 3DN8A 1DYBA 1L10A 251LA 1C62A 111LA 6LZMA 1K28A 189LA 235LA 4AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z2EA 5KXSA 2ZILA 1L95A 1IP5A 2F32A 1OQMA 1GAZA 3RZEA 3W6FA 1YQVY 1IWVA 4OWAA 1CKFA 1LZ6A 4XJBA 2MEHA 1QSQA 4I7TA 1GE1A 4H9BA 4QGZA 1JITA 4NIJA 4PK0A 5LIOA 3DN1A 2I6ZA 2C8OA 3WXTA 5FSTA 4IASA 208LA 4I7LA 2EPEA 1D0LA 171LA 1L13A 7LYZA 1ZVHL 5L3IA 1BWHA 249LA 3ODUA 183LA 1L53A 3HT9A 149LA 220LA 4XJDA 3AJNA 1C67A 4N1EI 1GBSA 1B5ZA 5HQ1A 2Z12A 2CJLA 195LA 4H92A 3WVXA 3EO5A 1HF4A 2HEFA 4C5FA 1JJ1A 1L43A 1T6HA 256LA 4TTDA 1CV0A 2EKSC 1NDGC 2FYDA 3HT8A 1GF5A 1G0PA 1P37A 1JKDA 3A6CY 2DQEY 9LYZA 4PRQA 1JUGA 1L85A 218LA 2O7AA 4LT1A 3TXDA 1JTNA 191LA 3G3XA 4XENA 5M1YA 5ILCA 1T3PA 1WQRA 107LA 1E8LA 2X0AA 4G4CA 1IP3A 1D9UA 3FA0A 4YXAC 154LA 211LA 4DC4A 1GE3A 2NTHA 4NGJA 5F9XA 2NTGA 3B6LA 1L60A 1TAYA 4B4IA 1C6GA 1BGIA 1CNSA 1HFXA 1C6KA 1V7TA 1L64A 254LA 223LA 1T8AA 4GN5C 3SB7A 2F2NA 1IWWA 1G0LA 1L05A 1D9WA 4Z98A 1OVJA 1GFEA 1NQIA 1L41A 3LZ2A 172LA 4QY9A 1UIHA 8LYZA 4UWVA 1L04A 1LAAA 4J7VA 4LDOA 1B5UA 1GB2A 1SLYA 1GPQC 2Q9EA 3TMWA 2QB0B 4J1AA 2F4AA 3PBLA 114LA 257LA 1LJHA 1L98A 4I7RA 3HH5A 2MEFA 4HJYA 4ETDA 2B70A 1L32A 5I4XA 4I7QA 234LA 1AM7A 1L09A 232LA 4PJZA 1D3MA 3GUIA 2YBHA 1WTNA 1L15A 5LVGA 3C7ZA 3CDRA 3GXKA 3VW7A 1P2RA 1HFZA 1YKYX 3ZVQA 153LA 4OOTA 1LZNA 1B9OA 3SB9A 1IOCA 2B72A 3SP3A 1L23A 4DD9A 1LYFA 1L57A 1DXJA 1D3NA 4Z46A 5L3HA 1L65A 1C6HA 1YILA 3DN3A 1L94A 1B7LA 4LDLA 1C6TA 2MEEA 3DN6A 1LYIA 3N9EA 4D9ZA 1CJ9A 4LYTA 1WQOA 4DD2A 1CUPA 1IOQA 3HT7A 118LA 2HEAA 3G3BB 4H9AA 1OUFA 1HEOA 1MELL 1LSFA 1LSCA 4GN3A 4NSHA 4H8ZA 1L39A 1AT6A 4HV2A 2RBNA 4OWEA 1KIRC 2C8PA 1L75A 1QDRA 1XGQC 1GXV2 1LZ5A 1C64A 1PQIA 2EQLA 1UUZC 1T97A 3HTDA 1DZBX 5DN4A 1NBZC 1LHLA 5HMJA 1LI6A 3HH6A 1QTDA 1L70A 4IAPA 1QUDA 3C8SA 5L9JA 1JPOA 1LJEA 1GXXA 160LA 1SSYA 2BLXA 1QTBA 2ZIKA 5JENB 3HTGA 1L69A 1C6CA 1LSZA 4OW1A 4W96A 5DL9A 1KY0A 1YKXX 4I7JA 1L63A 3LN2A 1P7SA 2Z6BA 194LA 1LYDA 2HEBA 3J4GA 159LA 1CV4A 1L27A 4ARQA 1CU5A 1JJ3A 1L67A 248LA 2B6ZA 4N1CC 3LZTA 1ZYTA 1EQEA 260LA 2CUUA 207LA 1G7LC 4B4EA 1LYHA 1L28A 5E4PA 4LGKA 1LZYA 4LFXA 3HDFA 1L87A 3SB5A 3CDVA 4YENA 3C80A 4WLYA 2IGCA 1LLHA 1LYEA 1DPXA 2BQDA 2RB0X 3A6BY 1L61A 1C66A 1LI3A 3CSRA 1G06A 3HTBA 1ZWNA 184LA 1TLAA 1YANA 1L0JA 1L76A 1L25A 129LA 3TXGA 1C6QA 5FDJA 1RFPA 4YX7C 1YL0X 1XGTC 2HU3A 2RB1X 1DI5A 4ARMA 1L17A 2BQEA 1GFKA 1IWYA 2D91A 1HSXA 4TSBA 2BQGA 1GDXA 2VB1A 1LYJA 3AGGG 174LA 122LA 1IP1A 4WM2A 2BQOA 1GF0A 1GF7A 158LA 1NHBA 3AW6A 252LA 2BQFA 3HUAA 4YF2A 3QE8A 1TDYA 4ARQB 4PGJB 4TWSA 151LA 212LA 5LVKA 230LA 157LA 1JKAA 1QSAA 1QSWA 3WU7A 1WQPA 1L20A 1C6IA 1D3JA 1XGUC 1B7QA 1D6PA 4XJGA 3A95A 251LA 4N0JA 2W1LA 1H6MA 2FYCA 4G49A 1K28A 189LA 4AQNA 1L93A 1QUHA 2B7XA 3C81A 4ARLA 134LA 245LA 1WVVA 1XGPC 5DLAA 5FCPA 1NWGA 4W56A 4MR1A 3D3DA 4IJ4A 1C68A 1TCYA 4XJHA 1QUOA 1LZDA 5LYTA 1J1XY 5DN5A 1TEWA 3TMUA 3RU5A 1GB5A 1NDMC 3M18B 1QT5A 1HEPA 1L82A 3F9LA 4WG7A 102LA 5HNLA 259LA 1LZCA 1B5VA 2ZWBA 1DYEA 1OYUA 3ZEKA 4HTKA 4EKPA 3OE6A 2G4PA 4GCDA 1C6LA 1GF3A 2RSCA 3MGWA 1EQ4A 2YDGA 3TMVA 1VAUA 4EJ4A 1BB4A 4HJZA 1GBOA 4HJVA 3A94A 5KKJA 7LZMA 1L07A 125LA 131LA 1PZYA 4LT2A 3A67Y 242LA 4CFOA 1L88A 1P36A 2MEDA 5LA5A 3A8ZA 4Z3MA 1LWGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z2E A;  5KXS A;  2ZIL A;  1L95 A;  1IP5 A;  2F32 A;  1OQM A;  1GAZ A;  3RZE A;  3W6F A;  1YQV Y;  1IWV A;  4OWA A;  1CKF A;  1LZ6 A;  4XJB A;  2MEH A;  1QSQ A;  4I7T A;  1GE1 A;  4H9B A;  4QGZ A;  1JIT A;  4NIJ A;  4PK0 A;  5LIO A;  3DN1 A;  2I6Z A;  2C8O A;  3WXT A;  5FST A;  4IAS A;  208L A;  4I7L A;  2EPE A;  1D0L A;  171L A;  1L13 A;  7LYZ A;  1ZVH L;  5L3I A;  1BWH A;  249L A;  3ODU A;  183L A;  1L53 A;  3HT9 A;  149L A;  220L A;  4XJD A;  3AJN A;  1C67 A;  4N1E I;  1GBS A;  1B5Z A;  5HQ1 A;  2Z12 A;  2CJL A;  195L A;  4H92 A;  3WVX A;  3EO5 A;  1HF4 A;  2HEF A;  4C5F A;  1JJ1 A;  1L43 A;  1T6H A;  256L A;  4TTD A;  1CV0 A;  2EKS C;  1NDG C;  2FYD A;  3HT8 A;  1GF5 A;  1G0P A;  1P37 A;  1JKD A;  3A6C Y;  2DQE Y;  9LYZ A;  4PRQ A;  1JUG A;  1L85 A;  218L A;  2O7A A;  4LT1 A;  3TXD A;  1JTN A;  191L A;  3G3X A;  4XEN A;  5M1Y A;  5ILC A;  1T3P A;  1WQR A;  107L A;  1E8L A;  2X0A A;  4G4C A;  1IP3 A;  1D9U A;  3FA0 A;  4YXA C;  154L A;  211L A;  4DC4 A;  1GE3 A;  2NTH A;  4NGJ A;  5F9X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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