The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
162
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structure length |
162
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Chain Sequence |
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Lysozyme
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Bacteriophage t4
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| total genus |
59
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| structure length |
162
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| sequence length |
162
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.17: Lysozyme. |
| pdb deposition date | 2008-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00959 | Phage_lysozyme | Phage lysozyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1L34 A; 104L A; 168L A; 3DN1 A; 1QSB A; 167L A; 161L A; 102L A; 186L A; 3OE9 A; 2B7X A; 1G0K A; 4ARP A; 3DMV A; 4EKS A; 1C6G A; 3OE8 A; 1KY0 A; 3CDQ A; 1L36 A; 141L A; 3HWL A; 1T8A A; 1CTW A; 137L A; 1DYG A; 1L59 A; 1T8F A; 1CV6 A; 1QTC A; 3G3W A; 198L A; 3PDS A; 3C7W A; 1L74 A; 1L37 A; 1L62 A; 3DNA A; 2OTZ X; 1L0K A; 4ARQ A; 3DKE X; 2B73 A; 1QTV A; 258L A; 144L A; 1C68 A; 185L A; 170L A; 3NY9 A; 2RB2 X; 3HDE A; 1KNI A; 1L93 A; 118L A; 1L52 A; 1XJU A; 1D3J A; 2LZM A; 1L22 A; 159L A; 109L A; 4I7O A; 3V2Y A; 246L A; 1CU3 A; 1OYU A; 1L17 A; 3GUL A; 235L A; 1QTB A; 1L90 A; 4YX7 C; 1C60 A; 242L A; 3HU8 A; 166L A; 1L10 A; 123L A; 3DN3 A; 1C6K A; 1L53 A; 1L72 A; 1C64 A; 1L88 A; 1L30 A; 1OWZ A; 112L A; 1LYF A; 1L01 A; 2B6T A; 4I7T A; 1QS5 A; 1L20 A; 1L55 A; 1L68 A; 3C8R A; 1P37 A; 2RBS A; 1CX7 A; 114L A; 3C7Y A; 3HH4 A; 3DN2 A; 3C81 A; 182L A; 1DYA A; 1P6Y A; 3PBL A; 188L A; 146L A; 4I7Q A; 2O4W A; 255L A; 1L76 A; 1L94 A; 3EML A; 1L33 A; 128L A; 241L A; 1KY1 A; 2RBR A; 2B72 A; 1L83 A; 236L A; 1QT6 A; 251L A; 3C8Q A; 261L A; 3HH5 A; 4I7S A; 3G3X A; 2NTG A; 3L2X A; 1LI2 A; 214L A; 178L A; 1C63 A; 3GUK A; 2QAR C; 1L45 A; 4EKQ A; 1L82 A; 1CV4 A; 1WTH A; 4E97 A; 1L0J A; 4EPF A; 1L04 A; 4EKR A; 127L A; 115L A; 1C6A A; 224L A; 3CDR A; 2Q9D A; 1L75 A; 1L49 A; 1QTZ A; 1L16 A; 4W54 A; 1CX6 A; 1L48 A; 4W51 A; 220L A; 1QUG A; 1CV1 A; 1P64 A; 2B74 A; 231L A; 1L27 A; 3FI5 A; 3SB8 A; 212L A; 2RB0 X; 200L A; 221L A; 1CU2 A; 1ZUR A; 217L A; 254L A; 1OV7 A; 2F2Q A; 163L A; 1L03 A; 3HT7 A; 187L A; 3UON A; 1QT4 A; 1L42 A; 1XJT A; 2NTH A; 1G06 A; 1L05 A; 244L A; 1LWG A; 2OU9 A; 4LDE A; 184L A; 1L50 A; 1XEP A; 1K28 A; 4AQN A; 176L A; 1PQJ A; 4S0W A; 1C6J A; 2B75 A; 233L A; 4DJH A; 1PQD A; 3HDF A; 4EKP A; 2OE7 X; 225L A; 3SBB C; 5LZM A; 145L A; 1PQI A; 1ZWN A; 147L A; 1L85 A; 1L89 A; 3HUA A; 1CV0 A; 1JTM A; 262L A; 1QSQ A; 3D4S A; 1L91 A; 183L A; 2IGC A; 1C6C A; 1D9W A; 1C66 A; 1L47 A; 2RAY X; 4I7N A; 1QT7 A; 1DYC A; 4W55 A; 1L69 A; 2LC9 A; 4W57 A; 1L73 A; 1LPY A; 1C6F A; 216L A; 3GUJ A; 3HTF A; 2RH1 A; 1QS9 A; 1LI3 A; 1LGW A; 4W58 A; 1I6S A; 143L A; 3HT9 A; 2HUK A; 4GBR B; 1SX7 A; 1LW9 A; 4ARQ B; 3QAK A; 3F8V A; 1L86 A; 209L A; 4W52 A; 243L A; 1L26 A; 3GUM A; 3C7Z A; 1L81 A; 195L A; 1L40 A; 125L A; 218L A; 206L A; 1QTH A; 1L67 A; 1L41 A; 4YXC A; 3CDO A; 4EXM A; 238L A; 1L06 A; 1P5C A; 1CU6 A; 1L96 A; 1PQO A; 171L A; 3GUO A; 2OEA X; 148L E; 1L56 A; 142L A; 1L13 A; 2Q9E A; 122L A; 4GRV A; 2B6Z A; 3DN0 A; 259L A; 1L28 A; 3HTB A; 3G3V A; 3V2W A; 1L60 A; 1KW5 A; 2B70 A; 210L A; 1OVH A; 190L A; 1L61 A; 1L98 A; 1C6N A; 3NY8 A; 4EPI A; 1L09 A; 1C6B A; 4DAJ A; 1EPY A; 215L A; 3CDT A; 234L A; 156L A; 1CU0 A; 1OWY A; 1C6Q A; 2CUU A; 1JTN A; 1L07 A; 4PK0 A; 205L A; 155L A; 3GUI A; 1QUO A; 1P36 A; 1P2L A; 2HUL A; 3HH3 A; 1L46 A; 1L84 A; 1NHB A; 1G0J A; 228L A; 1L23 A; 1L95 A; 4ARL A; 1L54 A; 157L A; 4I7M A; 2B6W A; 4I7P A; 3HTG A; 1L66 A; 3DN6 A; 3F9L A; 3RZE A; 256L A; 1L21 A; 1LYJ A; 150L A; 2RBN A; 180L A; 4ZPU A; 3SB7 A; 1L19 A; 245L A; 230L A; 1L43 A; 3C8S A; 129L A; 1C6T A; 107L A; 1SWY A; 1G07 A; 139L A; 2OTY X; 1P7S A; 1QUD A; 248L A; 1L97 A; 1B6I A; 2RBQ A; 3C83 A; 3HT8 A; 177L A; 149L A; 1ZYT A; 1L63 A; 1L64 A; 1LYD A; 213L A; 1C6M A; 1CUQ A; 3SB9 A; 1P46 A; 3LZM A; 1PQK A; 158L A; 3JR6 A; 189L A; 4LDL A; 1L87 A; 1P56 A; 3GUN A; 4ARM A; 1G0G A; 1G1W A; 1CVK A; 2OE4 X; 3FA0 A; 1L99 A; 1JQU A; 151L A; 1L15 A; 2OU8 A; 4YXA C; 2L78 A; 4PJZ A; 1OVK A; 197L A; 165L A; 162L A; 1KS3 A; 1T97 A; 3K2R A; 3C82 A; 199L A; 164L A; 3SB5 A; 1KW7 A; 3VW7 A; 1QUH A; 1L92 A; 1SWZ A; 1L65 A; 1P3N A; 119L A; 130L A; 1C61 A; 1L39 A; 2A4T A; 1C6H A; 4I7K A; 4ARM B; 1L51 A; 2RBO A; 223L A; 4LZM A; 1L24 A; 1CUP A; 2O79 A; 1D2W A; 1L35 A; 4ARJ A; 173L A; 113L A; 1L00 A; 3RUN A; 103L A; 1LYI A; 1LYG A; 240L A; 1L71 A; 1G0L A; 4I7J A; 4W59 A; 1L25 A; 2O7A A; 1C6E A; 226L A; 1C62 A; 3DN4 A; 1CV3 A; 2Z6B A; 3ODU A; 1C69 A; 3FAD A; 201L A; 260L A; 1G0M A; 3SB6 A; 1PQM A; 1L38 A; 4EJ4 A; 237L A; 4K5Y A; 1G1V A; 111L A; 3HTD A; 222L A; 239L A; 229L A; 1D3N A; 1LYE A; 1OV5 A; 1C6L A; 1LGU A; 2OE9 X; 3OE0 A; 2F32 A; 3HH6 A; 1L77 A; 3HT6 A; 257L A; 131L A; 3DN8 A; 2OU0 X; 252L A; 140L A; 1LGX A; 4I7L A; 1L80 A; 1QT5 A; 1C67 A; 1L18 A; 3GUP A; 1C6D A; 7LZM A; 2HUM A; 6LZM A; 4W53 A; 219L A; 1C6P A; 2RBP A; 191L A; 2ANX A; 1L29 A; 1L11 A; 1T6H A; 1OVJ A; 1LI6 A; 232L A; 175L A; 1DYF A; 3DMX A; 1LLH A; 3DMZ A; 1LWK A; 249L A; 3HUK A; 4LDO A; 160L A; 1L08 A; 1DYD A; 1L02 A; 4OO9 A; 1T8G A; 4IAP A; 172L A; 1L57 A; 1L12 A; 2RAZ X; 169L A; 1G0Q A; 1CV5 A; 4W56 A; 181L A; 2B6X A; 1QT3 A; 1D2Y A; 2LCB A; 138L A; 1L31 A; 1D3F A; 108L A; 1CU5 A; 1L14 A; 126L A; 1QTD A; 250L A; 253L A; 1SSW A; 1D3M A; 1LYH A; 1P2R A; 1SX2 A; 174L A; 3OE6 A; 1QT8 A; 152L A; 3HU9 A; 1C6I A; 1SSY A; 247L A; 211L A; 3HUQ A; 1L44 A; 3SN6 R; 192L A; 1C65 A; 2F47 A; 3SBA A; 4I7R A; 1L79 A; 227L A; 1DYE A; 4DKL A; 5I14 A; 1L32 A; 3NYA A; 1L70 A; 1DYB A; 1L58 A; 2RB1 X; 1G0P A; 3L64 A; 1TLA A; 2B6Y A; 2QB0 B; 120L A; 110L A; 2ANV A; 196L A; 3CDV A; 3C80 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 168L A; 1VDQ A; 2BPU A; 3DN1 A; 3TXJ A; 3WPK A; 3CT0 A; 161L A; 1GBY A; 1GB5 A; 3B0K A; 1G0K A; 3W6B A; 1LJN A; 2MEI A; 1CTW A; 137L A; 1DYG A; 1T8F A; 2ZWB A; 4IAT A; 4ARQ A; 258L A; 1F6S A; 170L A; 4NEB A; 2ZIK A; 1L93 A; 1XJU A; 1D3J A; 1CKF A; 4WMG A; 1L22 A; 3TXD A; 109L A; 5B06 A; 3J4G A; 246L A; 1HER A; 3GUL A; 3B0O A; 235L A; 2D4K A; 4YX7 C; 4HV2 A; 2YSS C; 1GD6 A; 1LMC A; 2HTX A; 2RSC A; 4NSJ A; 1L88 A; 1C43 A; 112L A; 1D6Q A; 1YQV Y; 5FST A; 4I7T A; 1TEW A; 1EQE A; 1L55 A; 5LVJ A; 1P37 A; 1G7H C; 1IP1 A; 3HH4 A; 3DN2 A; 2YBN A; 182L A; 5I54 A; 1DYA A; 1YKZ X; 3CT1 A; 1HHL A; 1P6Y A; 3PBL A; 4I8S A; 1LMQ A; 2O4W A; 4N1C C; 4N8Z A; 241L A; 2Z37 A; 5I5Q A; 1IOQ A; 1XEK A; 1L83 A; 4H9C A; 1I1Z A; 1NF5 A; 3L2X A; 2Y8P A; 4PJ2 C; 2VB1 A; 3A3R X; 2ZYP A; 4EKQ A; 4HTQ A; 4R6C A; 208L A; 1GB6 A; 2BQM A; 1LZE A; 2Q0M X; 3N9C A; 4N0J A; 127L A; 115L A; 1LSD A; 1C6A A; 224L A; 2DQD Y; 3WL2 A; 1L75 A; 1L49 A; 3M3U A; 4ZIX A; 1CX6 A; 1QUG A; 2B74 A; 2BQK A; 2BQO A; 5LYM A; 231L A; 3WH1 A; 4G49 A; 3SB8 A; 4EMN A; 212L A; 2ZIJ A; 221L A; 1IWZ A; 4H94 A; 1ZUR A; 1AZF A; 4OOT A; 3WUL A; 2W1Y A; 4YF2 A; 1HFZ A; 1MEL L; 1L42 A; 244L A; 2OU9 A; 1LWG A; 184L A; 1K28 A; 176L A; 5KXL A; 1PQJ A; 2HED A; 4S0W A; 4DJH A; 3QNG A; 1OUH A; 1JWR A; 4GLV A; 3LYM A; 5F9U A; 147L A; 1L85 A; 1GBW A; 1JTM A; 1QSQ A; 1MLC E; 4NWE A; 1C6C A; 5T3F A; 1L47 A; 1H87 A; 1QT7 A; 4W55 A; 4XJD A; 1LPY A; 1LGW A; 4DD9 A; 1GF7 A; 4GBR B; 2ZQ4 A; 1LZ6 A; 2LZ2 A; 3QAK A; 3F8V A; 4WLD A; 4YM8 A; 1L26 A; 1LSP A; 1LMN A; 4R0F A; 3C7Z A; 195L A; 125L A; 5DL9 A; 5KXN A; 3ULR A; 3GUO A; 1DZB X; 4GRV A; 3DN0 A; 4GCB A; 1L28 A; 1LZ1 A; 3V2W A; 2D4J A; 1B7N A; 2B70 A; 210L A; 1FN5 A; 1L98 A; 1GE1 A; 1C6B A; 4DC4 A; 4WO9 A; 4GN3 A; 215L A; 3CDT A; 1NDM C; 1W6Z A; 1C6Q A; 4TWS A; 205L A; 1GF5 A; 1JIY A; 1P2L A; 1G7M C; 1L46 A; 1NWG A; 1SLY A; 3ZVQ B; 4II8 A; 1CJ9 A; 1YL0 X; 4ARL A; 1B2K A; 1L54 A; 4I7M A; 4H90 A; 2B6W A; 3AB6 A; 2F2N A; 256L A; 5KXZ A; 1REY A; 1RE2 A; 2HEE A; 4ZPU A; 3CT5 A; 4LFX A; 5FCP A; 4ETD A; 3A92 A; 1C6T A; 5B59 A; 107L A; 3WVY A; 4M4O A; 2OTY X; 1QUD A; 3HT8 A; 1BWH A; 2B5Z A; 4LYO A; 1FDL Y; 3CSR A; 4WLT A; 213L A; 1YKX X; 3LZM A; 4NGY A; 189L A; 4ZFP A; 1LZR A; 2DQI Y; 5E9R A; 1G1W A; 3FA0 A; 3GXR A; 1L99 A; 132L A; 4YOP A; 4LYT A; 1FKV A; 1KS3 A; 1UID A; 3C82 A; 1DI5 A; 5IEL A; 1KW7 A; 2YBH A; 119L A; 5LVH A; 4NG8 A; 4M6D A; 3IJV A; 1ZMY L; 1IP6 A; 1OUI A; 4OWA A; 1IC7 Y; 1L24 A; 1CUP A; 2O79 A; 134L A; 3B0I A; 4AXT A; 1L00 A; 3RUN A; 1LYG A; 2HEB A; 2DQC Y; 1G0L A; 4I7J A; 1LMP A; 4W59 A; 2O7A A; 1C62 A; 1D0L A; 1LKS A; 3ODU A; 2BLX A; 3WPJ A; 1LTM A; 2DQA A; 229L A; 1VAU A; 2EIZ C; 1HMK A; 1LYE A; 1OUA A; 2MEA A; 4ETB A; 1C6L A; 1LZC A; 4WLY A; 1YKY X; 2OE9 X; 1IIZ A; 3OE0 A; 1LJJ A; 2F32 A; 4NHP A; 3AZ6 A; 4I0C A; 1QSW A; 252L A; 140L A; 1LGX A; 1C67 A; 4XJB A; 1KIQ C; 5LYT A; 2NWD X; 6LZM A; 3A95 A; 4YEM A; 1BB3 A; 2RBP A; 3CSZ A; 1B7S A; 1OVJ A; 5E4P A; 1GWD A; 1DYF A; 3DMX A; 1YAM A; 2MEG A; 4Z46 A; 3HUK A; 1IWU A; 4G4C A; 160L A; 1I56 A; 1L08 A; 1IEE A; 2W1L A; 1CJ6 A; 2ZNW Y; 1L57 A; 1B7P A; 1E8L A; 5B07 A; 3F6Z A; 1UUZ C; 1QT3 A; 2LCB A; 1L31 A; 1GB9 A; 1D3F A; 108L A; 2I26 L; 1LZT A; 1IWT A; 1L14 A; 250L A; 4OWC A; 1TDY A; 5DM9 A; 3WU7 A; 3W6E A; 5KXK A; 1B7M A; 5I4W A; 1EQ4 A; 1F0W A; 4B1A A; 1P2R A; 1SX2 A; 1QT8 A; 247L A; 3TXB A; 1UAC Y; 3P65 A; 4NHT A; 1C65 A; 3AZ7 A; 1LZ8 A; 1L58 A; 4N5R A; 194L A; 1GXX A; 1TLA A; 2B6Y A; 1LYO A; 3WUA A; 5I4X A; 2LHM A; 1DKK A; 1IVM A; 4OWE A; 1B5V A; 1GHL A; 1GDW A; 1QSB A; 2FBD A; 3OE9 A; 4ZEE A; 4ARP A; 4G9S A; 3KAM A; 4CFP A; 1C6G A; 1L36 A; 1T8A A; 1LHM A; 1L59 A; 1CV6 A; 1GE4 A; 1UIE A; 3PDS A; 1GB8 A; 3C7W A; 1L62 A; 3DNA A; 1UBZ A; 1L0K A; 1O23 A; 2B73 A; 4WLX A; 144L A; 1C68 A; 185L A; 1GAY A; 1L52 A; 159L A; 2ZNX Y; 4YEO A; 5AMY A; 1YAN A; 1TAY A; 1L17 A; 1BWJ A; 2YBJ A; 2H9K A; 5HNL A; 1L90 A; 242L A; 4NY5 A; 1D6P A; 3CSQ A; 1L53 A; 1PZY A; 1C64 A; 4DQ5 A; 1LYF A; 4E3U A; 1HEQ A; 1QS5 A; 1L68 A; 1XGP C; 3WYH A; 3C8R A; 1JJ3 A; 3C7Y A; 1QQY A; 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