3DN4A

Iodobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn4A00
3OE0A 1L85A 161LA 199LA 1SWZA 1P37A 236LA 4EKSA 1C6IA 2QARC 1C6QA 1L53A 219LA 1L35A 1C6FA 1KY1A 3UONA 3LZMA 2O79A 1QSQA 1L69A 159LA 259LA 188LA 1L79A 4ARMB 2F47A 3GULA 1LWGA 167LA 3DN3A 1ZYTA 158LA 4I7NA 3SB7A 3HTGA 226LA 2L78A 3GUOA 4LZMA 138LA 1L40A 1OWYA 1LGXA 1L59A 2B72A 217LA 2F2QA 232LA 4ARJA 1LYDA 1D3NA 2B75A 3HH5A 1L56A 224LA 1CV4A 3V2WA 1C63A 3G3WA 4K5YA 1XJTA 3K2RA 191LA 4EPIA 1OYUA 3OE6A 1L93A 1L89A 183LA 1PQMA 229LA 3NY8A 1C64A 4I7LA 3FADA 1L38A 112LA 1L12A 1PQDA 222LA 1D3JA 2NTHA 2RB1X 1P6YA 1QT5A 185LA 1T6HA 241LA 2NTGA 146LA 151LA 3EMLA 1L43A 2QB0B 1L41A 1L98A 3HU8A 1L61A 1JQUA 2B6TA 1L73A 126LA 156LA 3SBBC 1LPYA 3QAKA 131LA 1L46A 1DYEA 1G0JA 218LA 120LA 258LA 1L0KA 1DYDA 5LZMA 182LA 3SB8A 216LA 233LA 3C8QA 2OEAX 4AQNA 4IAPA 196LA 3C80A 1CU2A 1L57A 246LA 1LYHA 4ZPUA 1CUQA 6LZMA 201LA 1CVKA 1CUPA 1L25A 1C6CA 4W56A 137LA 3NYAA 3HT8A 142LA 1WTHA 1QS9A 173LA 1C6AA 4I7MA 1C68A 3HTFA 176LA 3CDQA 2B6ZA 1L62A 1L08A 1G07A 1LI6A 3C82A 1D9WA 221LA 1PQIA 1L33A 1LI3A 3OE9A 2F32A 1L42A 2LZMA 107LA 3HWLA 1L19A 2IGCA 1QT7A 1L99A 125LA 1L83A 3DMZA 184LA 1L81A 3C7WA 3C7ZA 4GRVA 1SSWA 1DYFA 231LA 4W53A 1LYFA 1P46A 1LWKA 1OV5A 3OE8A 1CX7A 3C83A 1LLHA 157LA 1C65A 2OTZX 3HT7A 1KY0A 3CDVA 1L50A 1DYGA 240LA 4I7KA 2HUMA 2B6XA 3HH6A 1D2YA 7LZMA 1L95A 1L48A 2RBNA 252LA 1L74A 1G0LA 1SSYA 1L87A 2OE7X 3DN8A 210LA 129LA 1CTWA 1C66A 1G0PA 225LA 1L05A 1L94A 130LA 1L28A 1L82A 3HH3A 1LYGA 3F9LA 3G3VA 1L10A 3C8RA 1C6JA 4PK0A 1QUHA 1QT6A 3GUMA 3DNAA 3HUQA 1D3FA 1L00A 3FA0A 1JTNA 3L64A 3DN6A 1OWZA 163LA 1L01A 3DKEX 1QTVA 243LA 168LA 3DN1A 1L31A 1L71A 1KS3A 1P56A 3PBLA 3SB6A 175LA 3NY9A 1C6DA 2OU9A 1L44A 4W59A 4E97A 223LA 1L20A 1EPYA 1OV7A 2Q9DA 3F8VA 114LA 4ARQB 3GUPA 4EJ4A 1T8AA 3HT6A 1D2WA 256LA 2ANVA 200LA 1L55A 2RH1A 3VW7A 3DN4A 260LA 113LA 1CV6A 118LA 4EXMA 1L15A 111LA 1QSBA 1L64A 2O4WA 1L68A 2HULA 4YX7C 205LA 245LA 1NHBA 3L2XA 4W51A 2CUUA 1CU5A 4EKRA 4LDLA 189LA 4EKQA 1LGWA 2O7AA 1OVKA 1LGUA 108LA 3GUNA 1CV3A 2Z6BA 1D3MA 1L54A 197LA 1P64A 2HUKA 1C6BA 1L70A 242LA 1L86A 1L27A 248LA 1L39A 164LA 1L91A 253LA 4I7SA 1LYEA 1C6NA 190LA 1L52A 3GUKA 195LA 3SBAA 4EPFA 4I7TA 139LA 4S0WA 257LA 1T8FA 1XEPA 2OE4X 1L24A 4LDOA 1ZURA 4ARMA 4YXCA 2RB0X 3HTBA 3RZEA 244LA 1L36A 1L65A 162LA 4I7OA 2B70A 3HT9A 1QT8A 169LA 1PQKA 1L47A 238LA 180LA 3GUJA 3C81A 1L17A 1SX7A 261LA 119LA 2B7XA 2RBPA 1QTDA 155LA 1G0MA 1CV1A 3SB9A 1QT4A 109LA 2RB2X 2OTYX 3DN0A 2B6YA 4I7PA 1C62A 1QTHA 1L80A 145LA 1T97A 4W58A 1L11A 3HTDA 1G1WA 1JTMA 2A4TA 3DMVA 4ARPA 1L66A 214LA 3ODUA 1CX6A 1L37A 1L88A 1L14A 1LW9A 2LC9A 170LA 1C6HA 1KW5A 1P2LA 213LA 1B6IA 1DYCA 1C6EA 1P7SA 181LA 1CU0A 1KNIA 220LA 1C67A 2LCBA 160LA 1I6SA 1C6GA 4DAJA 186LA 2RBQA 2OU0X 206LA 1L18A 1LI2A 2RBRA 122LA 1QUDA 3JR6A 1L63A 102LA 1G0QA 251LA 228LA 3SN6R 1L32A 1G06A 211LA 3C7YA 1C6KA 1L67A 3CDOA 4I7RA 1QS5A 1L34A 2RBSA 3DN2A 4PJZA 3GUIA 2ANXA 1ZWNA 2B74A 149LA 3HUAA 1K28A 1L92A 1L45A 227LA 178LA 1G0KA 1T8GA 1C6PA 1CU6A 3RUNA 2RAYX 262LA 1QTBA 4LDEA 1KW7A 230LA 3HUKA 198LA 123LA 187LA 1L0JA 104LA 1L06A 3CDRA 3G3XA 4I7QA 1SX2A 209LA 1L90A 2Q9EA 1DYBA 212LA 249LA 235LA 1L30A 3PDSA 1L26A 3C8SA 4W52A 1L58A 1L04A 1L02A 3CDTA 1L97A 3HU9A 147LA 1L03A 1LYIA 254LA 4W57A 3V2YA 1P5CA 171LA 1L16A 2RAZX 1LYJA 1C6MA 1G0GA 1QTCA 2RBOA 4W54A 3D4SA 1C69A 152LA 247LA 192LA 2B73A 1QT3A 1L51A 1QUOA 1L84A 4YXAC 4ARLA 234LA 172LA 1C61A 1PQOA 144LA 1C6TA 1P3NA 4DJHA 143LA 174LA 1L22A 1QTZA 115LA 1G1VA 1L07A 128LA 150LA 3HDEA 166LA 4EKPA 1OVHA 1XJUA 3SB5A 1C60A 1L60A 1L72A 2B6WA 1L23A 4DKLA 140LA 3DMXA 148LE 110LA 1PQJA 177LA 3FI5A 4OO9A 1P2RA 3HH4A 3HDFA 1L96A 127LA 1L75A 1OVJA 1L13A 1TLAA 2OE9X 1L29A 4ARQA 250LA 1P36A 1L21A 1SWYA 2OU8A 4I7JA 239LA 237LA 1L49A 1L76A 4GBRB 1L09A 1QUGA 165LA 1CU3A 255LA 103LA 1CV0A 141LA 1DYAA 4W55A 1CV5A 1L77A 5I14A 1C6LA 215LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
161LA 4NFVA 199LA 1OUFA 236LA 1T6VL 219LA 1L35A 1C6FA 1I56A 1LZEA 4W96A 1LSYA 3A94A 1GFGA 3LZMA 4L41A 159LA 259LA 4NGIA 5LA5A 4LZTA 3GULA 3DN3A 1UBZA 1ZYTA 4A7DA 4KL7A 3SB7A 3HTGA 3OK0A 3GUOA 1B5WA 1LGXA 217LA 2DQGY 1LYDA 4ANRA 1CV4A 3V2WA 1XJTA 1GDXA 191LA 1GFEA 3IJVA 3TXBA 5LYTA 3RU5A 3FADA 112LA 1YQVY 1D3JA 2NTHA 2H5ZA 2RB1X 3M18B 4LYOA 1WQMA 4I0CA 2YBNA 1G7LC 1XEJA 1QUSA 1GEVA 1LZCA 1JUGA 5B1FA 1OUDA 2QB0B 5KXXA 1LZTA 1JTTL 4H9FA 1AZFA 3HU8A 3RW8A 1L73A 3SBBC 2DBTA 1LPYA 1LSBA 1FKVA 218LA 2H9KA 1DXJA 4HPIA 3SB8A 1JISA 3C8QA 1LHLA 1VATA 5I5QA 2MECA 4MSTA 1LOZA 2MEGA 1LYHA 4WL6A 201LA 4HJYA 5KXKA 1YKYX 1C6CA 1LMCA 137LA 4W56A 3LYTA 1UC0A 4GCDA 1LAAA 1QS9A 1EL1A 1C6AA 2ZNWY 1GD6A 2XTHA 1LPIA 1GBYA 1G07A 3W6AA 5IELA 4J1AA 1D9WA 4H1PA 1PQIA 1L33A 5C6LA 2F32A 1MELL 1L42A 1BWHA 107LA 1OUHA 1QDRA 184LA 1L81A 1B7QA 3C7WA 4WM5A 1SSWA 4W53A 231LA 2DQAA 1OV5A 4FDYA 5FELA 1BHZA 4G9SA 4LT0A 157LA 4RLNA 2ZIKA 3TMXA 4RW2A 4IJ4A 4DD9A 4DQ5A 1UA6Y 2VB1A 2RBNA 2YSSC 1L74A 1G0LA 2OE7X 4WM1A 1C66A 4J0LA 1G0PA 1OUJA 1YIKA 130LA 3D3DA 2DQJY 3G3VA 2Z37A 2ZWBA 1C6JA 2LYZA 4G4CA 4PK0A 5K7OA 1YANA 1QUHA 3AGGG 4W94A 2XBRA 1L00A 1OQMA 1JTNA 3L64A 1OWZA 4H8ZA 2N5ZA 1XEKA 243LA 1L31A 1P56A 4WO9A 4H9HA 4EOFA 4W59A 1HENA 1L20A 1LZSA 4NY5A 1EPYA 1JKCA 5KXRA 4BADA 5A3EA 4EJ4A 1D2WA 256LA 2FYDA 5E4PA 3VW7A 1XGPC 4YX7C 245LA 1FKQA 1GB7A 3WUMA 2MEFA 3F6ZA 3WW6A 3HBEX 4H9EA 4LDLA 3A92A 2A7DA 4X3BA 1LGWA 1HEOA 4M4OA 1B7OA 1FLWA 1C08C 4H92A 1N4FA 2CGIA 1CKGA 1RI8B 4IATA 3P66A 1ALCA 5LVIA 1RCMA 4OWCA 1C6NA 190LA 2BQIA 5KXMA 4DD2A 1G7MC 1GBZA 1OUAA 4S0WA 1T8FA 1GXV2 1XEPA 3QE8A 3A90A 2RB0X 1GBSA 3W3EA 1L36A 2F2NA 238LA 5I54A 1GF9A 119LA 1QTDA 1G0MA 1CV1A 4ZEEA 4LT3A 1ZV5L 2C8OA 145LA 1C10A 1L11A 2IFFY 1LMTA 1L66A 1CX6A 2BQLA 4IASA 4DQ7A 1GB2A 2BPUA 1GF5A 170LA 1D6PA 1KW5A 4WM6A 1P7SA 220LA 1UUZC 1NMMA 5FEKA 4DAJA 1YAQA 3ZVQB 2RBRA 1QUDA 4UWVA 1GFKA 1L63A 1L32A 211LA 4UWUA 4I7RA 4U3XB 2RBSA 2HU1A 2B74A 1CJ6A 149LA 1CNSA 4NHTA 3B0OA 1T8GA 4OWBA 1YKXX 1CU6A 1CJ7A 2RAYX 1NQIA 1DZBX 1VDQA 1XGTC 5HNLA 198LA 2EQLA 2YBLA 3TMUA 2HEBA 1F6SA 3EMSA 4XJDA 1KXYA 1GFHA 1GPQC 5L3HA 4YEMA 249LA 4QEQA 3RZ4A 3C8SA 1L58A 5FDJA 254LA 5APEA 1LYYA 3WULA 171LA 1WTMA 2HU3A 1DPXA 5HMVA 1BVXA 2BQAA 2RBOA 152LA 1QTKA 192LA 247LA 1LZYA 1QT3A 1L51A 1FBIX 3WUAA 153LA 4LYZA 1IR9A 3ZEKA 1UIEA 1LHJA 174LA 1QTZA 3QY4A 3WVXA 1G1VA 1L07A 1NBZC 1PS5A 3HDEA 3CT1A 4DDBA 4EKPA 1J1XY 1L72A 140LA 2D4JA 4DDAA 3DMXA 3P65A 5M1YA 4OO9A 3HH4A 2I26L 3HDFA 1GHLA 1L96A 2ZQ3A 5LXWA 2HEDA 1L13A 4ETDA 2H9JA 1L29A 1SWYA 239LA 1LSAA 1REZA 2HEFA 1C45A 4H93A 4GBRB 1GFTA 1QUGA 165LA 1B5ZA 1C7PA 255LA 4W55A 4QY9A 5I14A 3EXDA 1GFAA 1B7SA 3K3TA 1IOSA 4QGZA 2QARC 1B7PA 1KY1A 2F4GA 4B4JA 2O79A 1L69A 4Z46A 1HSWA 4ARMB 5B06A 1GB3A 4GLVA 1LSCA 158LA 4HTQA 3WPJA 4LZMA 138LA 2F2QA 4N8ZA 1IP5A 232LA 3TXKA 1LSNA 2B75A 3CQLA 3LZ2A 3G3WA 207LA 4K5YA 4LGKA 2FBBA 4EPIA 2BQNA 3W6EA 1HNLA 1DKJA 3A95A 1PQMA 229LA 3NY8A 1C64A 2I25L 1PQDA 222LA 5FCPA 3EBAB 4HJZA 241LA 1BB4A 146LA 2MEBA 3WH1A 151LA 3EMLA 1CKDA 5B59A 5B1GA 1CKCA 1AM7A 1JKAA 1L41A 1HFXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 161L A;  4NFV A;  199L A;  1OUF A;  236L A;  1T6V L;  219L A;  1L35 A;  1C6F A;  1I56 A;  1LZE A;  4W96 A;  1LSY A;  3A94 A;  1GFG A;  3LZM A;  4L41 A;  159L A;  259L A;  4NGI A;  5LA5 A;  4LZT A;  3GUL A;  3DN3 A;  1UBZ A;  1ZYT A;  4A7D A;  4KL7 A;  3SB7 A;  3HTG A;  3OK0 A;  3GUO A;  1B5W A;  1LGX A;  217L A;  2DQG Y;  1LYD A;  4ANR A;  1CV4 A;  3V2W A;  1XJT A;  1GDX A;  191L A;  1GFE A;  3IJV A;  3TXB A;  5LYT A;  3RU5 A;  3FAD A;  112L A;  1YQV Y;  1D3J A;  2NTH A;  2H5Z A;  2RB1 X;  3M18 B;  4LYO A;  1WQM A;  4I0C A;  2YBN A;  1G7L C;  1XEJ A;  1QUS A;  1GEV A;  1LZC A;  1JUG A;  5B1F A;  1OUD A;  2QB0 B;  5KXX A;  1LZT A;  1JTT L;  4H9F A;  1AZF A;  3HU8 A;  3RW8 A;  1L73 A;  3SBB C;  2DBT A;  1LPY A;  1LSB A;  1FKV A;  218L A;  2H9K A;  1DXJ A;  4HPI A;  3SB8 A;  1JIS A;  3C8Q A;  1LHL A;  1VAT A;  5I5Q A;  2MEC A;  4MST A;  1LOZ A;  2MEG A;  1LYH A;  4WL6 A;  201L A;  4HJY A;  5KXK A;  1YKY X;  1C6C A;  1LMC A;  137L A;  4W56 A;  3LYT A;  1UC0 A;  4GCD A;  1LAA A;  1QS9 A;  1EL1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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