3DN4A

Iodobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn4A00
209LA 235LA 1L47A 122LA 1L22A 1L40A 3HDFA 4W54A 1L03A 227LA 103LA 147LA 2NTHA 4OO9A 139LA 1L51A 3UONA 230LA 2OU9A 3HH5A 1L30A 1L53A 3FADA 3DN6A 1L84A 1CU5A 3DKEX 1L24A 1KW5A 2F2QA 3DN2A 1L52A 1DYCA 3PBLA 1PQDA 1D2WA 1P56A 206LA 3CDVA 1SX7A 1C6HA 2NTGA 1L79A 249LA 3HUKA 2RB0X 1D9WA 1T97A 261LA 4GRVA 1LYIA 1CU3A 149LA 2HUKA 3OE6A 2ANVA 3NYAA 1L15A 2OEAX 1CUQA 200LA 2B73A 2RB2X 4PJZA 248LA 260LA 3C8SA 1PQIA 1L57A 1C6AA 1CX6A 1P7SA 1C64A 1CX7A 1L64A 1EPYA 4EKSA 192LA 1L37A 233LA 2B6XA 1L13A 1QS5A 4I7MA 1P6YA 245LA 213LA 1OV7A 2F32A 1T8FA 3HH6A 222LA 107LA 1C6MA 1L39A 1C6QA 4IAPA 1LWKA 1CU0A 1CVKA 1T8AA 1L68A 3K2RA 1L54A 1QTVA 1CV5A 4DKLA 1C66A 2LC9A 2OU8A 4EPIA 140LA 244LA 143LA 2RH1A 2RBRA 1QUHA 1C6PA 161LA 1G0QA 3CDRA 223LA 2B74A 4AQNA 237LA 2HULA 1CV6A 3HTDA 3HTGA 4W59A 3SB6A 214LA 1C65A 1C68A 3C8QA 1C6IA 188LA 2LZMA 255LA 258LA 3C83A 167LA 110LA 2B6TA 160LA 3C7WA 1QUDA 1SWZA 1L55A 1LGUA 2RB1X 3NY9A 4YXAC 1L99A 1LYGA 1P64A 1L86A 4EKRA 4LDEA 1L14A 1D2YA 262LA 254LA 2L78A 1C6FA 2OE9X 4ARQA 1C69A 1L16A 1DYDA 2O79A 2RBPA 4I7TA 1C62A 4ARLA 1XJUA 3ODUA 4DJHA 3DN0A 1C6DA 1D3NA 3LZMA 1DYGA 1L02A 187LA 1L89A 196LA 118LA 1ZYTA 1L74A 1C6KA 173LA 119LA 1G06A 3OE0A 123LA 3QAKA 145LA 1SX2A 205LA 2RAZX 1D3FA 159LA 137LA 162LA 128LA 1L01A 150LA 2B6ZA 3C7YA 2A4TA 3C7ZA 2QARC 1T8GA 1QTCA 1P36A 1L90A 1L41A 3JR6A 1L63A 3GUIA 3D4SA 3G3XA 1TLAA 1QT4A 113LA 1L04A 2LCBA 4W55A 1CU2A 2IGCA 1L43A 1L91A 2B70A 1K28A 1L98A 2Q9DA 1QT7A 4LZMA 157LA 1C60A 1L06A 253LA 163LA 2OE4X 1QT5A 1L59A 1L21A 1L93A 1L49A 3FA0A 3HU9A 195LA 2CUUA 3HT8A 3DN8A 4LDLA 1LI3A 1L67A 197LA 1OWYA 4I7SA 112LA 4GBRB 2RBNA 2OE7X 1KY1A 1C6TA 2RAYX 152LA 1L07A 3G3VA 3C82A 1L32A 1L10A 1LI6A 1LYHA 1LYJA 1P2RA 2OTYX 3G3WA 3HH3A 2Z6BA 1L18A 246LA 104LA 2O7AA 180LA 212LA 1L76A 3DN1A 1L87A 146LA 174LA 1CV4A 1L95A 175LA 1G1VA 250LA 229LA 3DMVA 257LA 2F47A 3HWLA 151LA 1B6IA 114LA 3L2XA 5LZMA 1C6JA 1CTWA 234LA 4W56A 4ZPUA 4YX7C 1P37A 3GUJA 1PQMA 1QT3A 3RUNA 1LPYA 1LYFA 2RBOA 1QTZA 3DMZA 1L72A 215LA 3L64A 1L65A 1LYDA 1L45A 3C81A 1L20A 1OVHA 4DAJA 1D3MA 3SB7A 4E97A 1WTHA 221LA 3DMXA 1LYEA 1L27A 4S0WA 142LA 4ARQB 1SWYA 2B75A 4EJ4A 1C6BA 216LA 1PQOA 256LA 1L25A 2B7XA 1L23A 1QUGA 3HH4A 4EKPA 141LA 3F9LA 199LA 4I7RA 1G0JA 1L46A 1L66A 1QS9A 3FI5A 3CDOA 224LA 3HUAA 4PK0A 109LA 164LA 1QSQA 3HT7A 120LA 178LA 2HUMA 1C6GA 1G0PA 201LA 3RZEA 1LI2A 3EMLA 1G0GA 165LA 183LA 1QTBA 226LA 1G07A 1QT6A 1C63A 1C61A 1KS3A 3C8RA 1JTNA 3HT6A 1LWGA 171LA 3SBAA 1T6HA 4ARMA 1QT8A 2B6YA 1PQJA 1CV1A 1D3JA 1CV3A 1LGXA 1L38A 2OU0X 3HDEA 1L82A 1L29A 1L85A 3DN4A 129LA 1ZURA 176LA 181LA 4I7QA 148LE 3SN6R 102LA 239LA 252LA 4YXCA 1C6CA 231LA 3SBBC 1L09A 4I7JA 1L92A 3GUMA 1SSWA 217LA 4I7NA 1C6EA 1G1WA 1OV5A 228LA 4W58A 4ARJA 247LA 3HT9A 1L77A 1L12A 115LA 4I7PA 1L28A 3CDQA 1QTHA 4EKQA 1L69A 1LLHA 1L97A 198LA 1L42A 185LA 1L19A 3GUPA 1L50A 1P46A 189LA 172LA 4LDOA 1I6SA 1L05A 3GULA 1L08A 127LA 1DYEA 1L35A 108LA 1KW7A 3SB9A 4I7OA 232LA 4I7LA 1P3NA 1L00A 155LA 1L11A 1L26A 1L61A 1L75A 1DYFA 1C67A 1OVKA 3OE8A 2RBQA 1L81A 1L71A 3VW7A 126LA 1NHBA 4W52A 1L83A 1G0KA 131LA 1CU6A 4W57A 191LA 2Q9EA 130LA 1L0KA 241LA 242LA 3HTBA 1LGWA 1QSBA 2O4WA 1L58A 1L31A 1L36A 1L44A 1G0LA 125LA 3C80A 1PQKA 259LA 225LA 6LZMA 3GUKA 1QTDA 1L33A 236LA 1QUOA 1G0MA 2B72A 3HUQA 1OWZA 5I14A 7LZMA 158LA 169LA 1KNIA 144LA 1L60A 1L62A 1L88A 186LA 1L34A 1L48A 3V2WA 4K5YA 4W51A 1OYUA 2B6WA 1L80A 182LA 219LA 2OTZX 1L0JA 1L96A 3DNAA 2RBSA 210LA 190LA 3GUNA 1L56A 1LW9A 3NY8A 1CV0A 1XEPA 168LA 177LA 4ARMB 1ZWNA 240LA 3CDTA 138LA 4I7KA 243LA 156LA 4W53A 1OVJA 3HU8A 211LA 3DN3A 1L70A 218LA 1KY0A 111LA 3V2YA 4EXMA 1JQUA 1JTMA 238LA 4EPFA 1P5CA 1P2LA 3GUOA 3F8VA 3SB8A 1L73A 1XJTA 170LA 3HTFA 1DYAA 1L94A 3OE9A 1CUPA 184LA 1C6LA 3SB5A 220LA 1L17A 4ARPA 251LA 2ANXA 3PDSA 1SSYA 1DYBA 2QB0B 166LA 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O34A 4HV1A 1GFRA 3HDFA 4RLMA 1IP5A 1F10A 4OO9A 139LA 1JIYA 2ZQ4A 4GN4A 4OW1A 1L84A 2HU1A 4WLDA 1CU5A 3N9EA 3WW5A 1KW5A 1UC0A 2F2QA 3DN2A 1DYCA 1D2WA 1L79A 249LA 1GAYA 1DI3A 2RB0X 1IC4Y 1QQYA 1T97A 1B7LA 4YEMA 3A34A 1G7JC 2OEAX 1FDLY 2HECA 2ZQ3A 2F30A 5KJ9A 1LSDA 1L57A 1P7SA 1L64A 1EPYA 4W96A 1YQVY 2CGIA 1BWHA 2B6XA 4RW2A 2F32A 2MEIA 222LA 1BGIA 3TXEA 1L39A 1LWKA 1CU0A 1XGQC 5K7OA 2DQJY 2RBRA 1QUHA 4FDYA 1C6PA 161LA 3TXJA 4B0DA 2XBSA 1SQ2L 223LA 1XEIA 237LA 1LSZA 1WTMA 3HTGA 3N9AA 3SB6A 3J6KA 1C65A 2ZNWY 3C8QA 2LZMA 3C83A 4UWVA 167LA 1GB9A 1T6VL 1H6MA 160LA 3C7WA 1QUDA 1BB3A 1RCMA 1L55A 1OUFA 2RB1X 4DWXA 2YBJA 1P64A 153LA 1L86A 4DYGA 3CSQA 3HBHA 262LA 1J1PY 2L78A 5FEKA 1DI4A 4I7TA 2RBPA 4NHIA 5DLAA 4PJ2C 2LZ2A 3ODUA 4ET8A 1JKBA 1UIHA 3RU5A 4N5RA 1L02A 187LA 1L89A 1LZBA 1LYYA 173LA 1G06A 1V7SA 2ZILA 4RDSA 1IP4A 1SX2A 1HFXA 1D3FA 137LA 162LA 1B0DA 2Z39A 2B6ZA 1I56A 5LYTA 1QTCA 3JR6A 1L63A 3GUIA 3D4SA 2DQIY 3G3XA 1QT4A 4NGWA 1QUTA 2B70A 4N9RA 1IP3A 1D0MA 1REMA 5IELA 2OE4X 4HTNA 195LA 2CUUA 1LZ6A 1LI3A 4NGYA 3WXTA 197LA 4GLVA 2ZNXY 2N5ZA 2BQDA 112LA 2I26L 3A92A 4I7SA 3LZTA 2YBHA 4NGZA 1IC5Y 1BVXA 2RAYX 152LA 3G3VA 1LPIA 5KXMA 1IP1A 4DC4A 1LSFA 180LA 212LA 3DN1A 1L87A 174LA 5II3A 4CFOA 1LZYA 1C6JA 1YILA 1NBZC 3GUJA 1LMNA 3DMZA 1L65A 4OOOA 1L45A 5FCPA 5HNLA 3TXBA 1GE4A 1TAYA 1WTHA 221LA 2YBIA 2D91A 1CKGA 1LSBA 1YAOA 2HEEA 132LA 1PQOA 1L23A 2FBDA 1QUGA 1HENA 1L66A 1QS9A 3KAMA 3N9CA 4PK0A 1ZV5L 5B1FA 2XTHA 5FELA 3EBAB 3HT7A 120LA 3AGHA 2MEEA 1G0PA 3TXIA 3AJNA 1BHZA 3TXGA 1DPXA 3P64A 1LZ5A 1GF8A 165LA 1QTBA 1G07A 1QT6A 1CKDA 133LA 1KS3A 3C8RA 1JTNA 171LA 1T6HA 4BS7A 3P68A 3B0IA 1UUZC 4XJIA 1L38A 1IVMA 4M4OA 129LA 4HPEA 5KXZA 2DQAA 4I7QA 3W6EA 3SN6R 102LA 239LA 252LA 4YXCA 1C6CA 3W6CA 2ZYPA 1SSWA 1GFEA 1GWDA 1UIAA 3A96A 1E8LA 1C6EA 1G1WA 1GFAA 4NHPA 2BQKA 1IY3A 3D3DA 1G7HC 1KXXA 1HSWA 1C7PA 1JHLA 115LA 1L28A 5LIOA 3WU9A 198LA 1OUJA 1UACY 1C43A 3A6CY 1L19A 189LA 4NWEA 1I6SA 2G4NA 127LA 5B1GA 2XQOA 4NSGA 3SB9A 3LYMA 1B5YA 1L11A 1WQMA 1H87A 1DYFA 3OE8A 4W57A 3WU8A 2Q9EA 3HBDA 1HEOA 130LA 241LA 3P4ZA 1IWTA 242LA 2MEGA 3HTBA 5F81A 4QDNA 3AW6A 4XJGA 4GCDA 4DD7A 6LZMA 2HEFA 1QTDA 1L33A 236LA 4P2EA 1IR9A 4WLYA 2H9KA 1G0MA 2B72A 1IP6A 5KXRA 1LZAA 4WG1A 7LZMA 169LA 186LA 3E3DA 2YDGA 1ZMYL 2B6WA 1L80A 4G4CA 3RZ4A 1GBSA 1W6ZA 1BB6A 1C08C 2CWIA 3NY8A 1J1XY 1CV0A 4OWEA 4PRUA 4ARMB 4HJVA 240LA 3CDTA 138LA 4I7KA 2BQOA 3FE0A 5APDA 5LYZA 3DN3A 4ML7A 2BQIA 4EXMA 4YEOA 2F4AA 1P2LA 3GUOA 3F8VA 170LA 4QGZA 4DD2A 184LA 1HEQA 220LA 1SSYA 4GN5C 4B49A 2QB0B 2Z37A 209LA 4H94A 1L03A 147LA 2NTHA 230LA 2OU9A 1DI5A 3FADA 3IJVA 3DN6A 4WM4A 1JKCA 1LZTA 3DKEX 1B5VA 1L24A 1IO5A 3PBLA 1I1ZA 1PQDA 206LA 1QTEA 3WUNA 1C6HA 2BQBA 2NTGA 3HUKA 3TMXA 1D9WA 4GRVA 1CU3A 2HUKA 1B5UA 1GEVA 1HFYA 1YKZX 1GFVA 4PJZA 2ZIKA 1B9OA 4NGOA 1VAUA 4LT1A 2BQAA 3WVYA 1EQ4A 3TXHA 1CX6A 1BQLY 3BKHA 1YKXX 1LZNA 4TX7A 1QS5A 1P6YA 245LA 1OV7A 1T8FA 4N1EI 4NGVA 1GHLA 1GE0A 1C6QA 2W1MA 1IWUA 3K2RA 5KXLA 1KIQC 1QTVA 1CV5A 1LZSA 1C66A 4NGJA 4HJYA 1EQ5A 140LA 244LA 3OK0A 5APCA 1G0QA 3CDRA 2B74A 2HULA 4RW1A 3HTDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4O34 A;  4HV1 A;  1GFR A;  3HDF A;  4RLM A;  1IP5 A;  1F10 A;  4OO9 A;  139L A;  1JIY A;  2ZQ4 A;  4GN4 A;  4OW1 A;  1L84 A;  2HU1 A;  4WLD A;  1CU5 A;  3N9E A;  3WW5 A;  1KW5 A;  1UC0 A;  2F2Q A;  3DN2 A;  1DYC A;  1D2W A;  1L79 A;  249L A;  1GAY A;  1DI3 A;  2RB0 X;  1IC4 Y;  1QQY A;  1T97 A;  1B7L A;  4YEM A;  3A34 A;  1G7J C;  2OEA X;  1FDL Y;  2HEC A;  2ZQ3 A;  2F30 A;  5KJ9 A;  1LSD A;  1L57 A;  1P7S A;  1L64 A;  1EPY A;  4W96 A;  1YQV Y;  2CGI A;  1BWH A;  2B6X A;  4RW2 A;  2F32 A;  2MEI A;  222L A;  1BGI A;  3TXE A;  1L39 A;  1LWK A;  1CU0 A;  1XGQ C;  5K7O A;  2DQJ Y;  2RBR A;  1QUH A;  4FDY A;  1C6P A;  161L A;  3TXJ A;  4B0D A;  2XBS A;  1SQ2 L;  223L A;  1XEI A;  237L A;  1LSZ A;  1WTM A;  3HTG A;  3N9A A;  3SB6 A;  3J6K A;  1C65 A;  2ZNW Y;  3C8Q A;  2LZM A;  3C83 A;  4UWV A;  167L A;  1GB9 A;  1T6V L;  1H6M A;  160L A;  3C7W A;  1QUD A;  1BB3 A;  1RCM A;  1L55 A;  1OUF A;  2RB1 X;  4DWX A;  2YBJ A;  1P64 A;  153L A;  1L86 A;  4DYG A;  3CSQ A;  3HBH A;  262L A;  1J1P Y;  2L78 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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