3DN8A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant (seleno version)
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn8A00
2CUUA 4PK0A 3QAKA 262LA 2RAYX 2A4TA 4ARJA 4EJ4A 1L08A 1L24A 1P46A 160LA 2OE7X 3HTBA 1P64A 1L53A 2RBRA 3DMZA 3C81A 3G3WA 1G07A 3ODUA 254LA 242LA 4S0WA 3CDTA 1D3JA 4AQNA 166LA 1CV3A 1L37A 3GUOA 1L46A 1LYEA 137LA 181LA 1P3NA 1C6HA 3DN3A 1DYEA 4W56A 2LCBA 1L90A 3VW7A 1LI6A 1L79A 233LA 118LA 1L42A 1L98A 211LA 224LA 4ARQA 103LA 1L52A 169LA 3FI5A 239LA 1P37A 3F8VA 1QT4A 123LA 1T97A 1D2WA 127LA 4GBRB 1L84A 1CX7A 148LE 255LA 216LA 3HTFA 1L54A 2OE4X 1CU0A 219LA 1L57A 4I7QA 1L40A 3L2XA 3HT8A 4EPFA 3C83A 1OV7A 1L03A 176LA 1LGUA 120LA 1CUPA 7LZMA 1KY0A 4W53A 1D2YA 206LA 1WTHA 1QUDA 1P5CA 1LYJA 2OE9X 3HUAA 1QT3A 3SB9A 1L00A 1C6FA 231LA 244LA 172LA 125LA 1SSWA 3V2WA 1G0LA 1DYCA 1L29A 1L80A 195LA 1L12A 1L36A 1L76A 2B72A 1L71A 4YX7C 1C6LA 122LA 1L43A 3CDOA 4EKQA 1L85A 1DYBA 2NTHA 2QB0B 3L64A 1C66A 1QT7A 1P2LA 257LA 1JQUA 1G0MA 1P6YA 4I7NA 152LA 1P56A 1SSYA 209LA 3SBBC 225LA 1L66A 1P2RA 1LPYA 1L48A 1L15A 175LA 1L94A 4IAPA 1L75A 191LA 1EPYA 3HDFA 1KW7A 3GUKA 1L23A 1LYDA 4YXAC 1TLAA 1C65A 1L05A 260LA 2RB0X 1CV0A 2RAZX 4EKPA 1LYIA 142LA 1LGWA 1B6IA 245LA 4W54A 3C82A 1C6PA 1L35A 1ZURA 4I7TA 2F47A 1L87A 4EPIA 212LA 2LZMA 151LA 2RBQA 249LA 2ANVA 4DKLA 2B6TA 1QTHA 1LLHA 107LA 1L51A 190LA 241LA 3GUNA 1T6HA 1XEPA 1L28A 1OYUA 1LWKA 1L91A 174LA 3FADA 1L01A 1L17A 177LA 215LA 1ZWNA 217LA 3C8QA 3SB8A 227LA 3D4SA 3V2YA 198LA 5LZMA 2B7XA 3GUIA 253LA 1L82A 1L55A 4ARLA 1KS3A 1G0KA 3SB5A 259LA 252LA 138LA 165LA 1KY1A 1L86A 3HTDA 230LA 223LA 236LA 2B6WA 3FA0A 1L65A 2IGCA 3UONA 3K2RA 1C6IA 1QUOA 2OTZX 1SWZA 2RBOA 3JR6A 4E97A 4ZPUA 4EKSA 1CU3A 2B74A 3HH3A 1CUQA 1L14A 4I7PA 4I7LA 1C62A 162LA 1C6MA 4PJZA 184LA 240LA 238LA 1T8GA 119LA 1L18A 2O7AA 3SBAA 3HU9A 1P36A 128LA 3G3VA 1L11A 1L25A 1L72A 2B6ZA 3LZMA 1G0GA 2HULA 3NY9A 3HU8A 168LA 248LA 1QS5A 4LZMA 1CV4A 214LA 164LA 243LA 2B73A 4ARMB 3G3XA 199LA 1L68A 250LA 1QSQA 1C64A 3HDEA 1L06A 2Z6BA 1G1VA 1XJTA 1G0PA 1L61A 2B70A 4ARPA 1L74A 3EMLA 1L07A 1G06A 246LA 3CDRA 1NHBA 143LA 149LA 2OU9A 235LA 1L49A 4ARMA 2B6XA 3HH4A 2Q9EA 1DYFA 3NYAA 1PQOA 221LA 1L63A 1C6EA 4EXMA 1DYDA 1L31A 1CTWA 197LA 4W58A 1QUHA 109LA 3HT6A 110LA 1L20A 1CU6A 1QT5A 111LA 1C69A 3CDVA 5I14A 2O79A 129LA 1LI2A 201LA 2RB2X 1C6NA 1L04A 3SB6A 1SX2A 2B75A 2OEAX 1L44A 156LA 185LA 1DYAA 3HTGA 4W51A 1P7SA 2RH1A 1L69A 1QTBA 1L70A 2HUMA 2L78A 237LA 4ARQB 1L93A 145LA 1L32A 4EKRA 1L73A 1C63A 4W57A 1L62A 1L96A 3PDSA 4YXCA 4W55A 1C6CA 3GUPA 1L41A 3C8RA 155LA 4LDOA 1G0JA 186LA 3HT7A 228LA 167LA 188LA 3C7YA 1D3MA 4K5YA 1L47A 1CVKA 3C7ZA 102LA 3HUQA 158LA 222LA 3GULA 1PQDA 1L22A 3C80A 1OWZA 4OO9A 1C6KA 4LDEA 3NY8A 258LA 2ANXA 2HUKA 4DJHA 1CU2A 1L0JA 170LA 1QTDA 1QUGA 1QT8A 2RBSA 187LA 1L16A 4W59A 1L92A 2QARC 1JTMA 3C7WA 3SB7A 2NTGA 1L83A 1L64A 1DYGA 1QTCA 1QTVA 2OTYX 1QTZA 163LA 1G1WA 213LA 3GUJA 1C67A 115LA 3DMVA 1C6TA 1L13A 131LA 112LA 1CV5A 1ZYTA 205LA 234LA 2RB1X 196LA 1L33A 3DN8A 1T8AA 182LA 1LW9A 1LYGA 3DN2A 3DNAA 1L89A 3GUMA 2O4WA 108LA 1C61A 3DKEX 1L50A 1K28A 1L30A 1XJUA 3DMXA 1QSBA 1L81A 2OU0X 1CX6A 139LA 3OE0A 1SX7A 3DN1A 171LA 1L58A 226LA 1SWYA 1KNIA 3RUNA 1C68A 4I7JA 3CDQA 247LA 2OU8A 1L60A 1C6JA 3OE8A 4W52A 220LA 1L56A 1L0KA 1PQJA 1L77A 1PQKA 1L38A 1CU5A 251LA 3DN6A 3HWLA 1I6SA 1PQMA 3OE6A 180LA 1L19A 1L95A 141LA 3OE9A 157LA 130LA 2RBNA 113LA 3RZEA 1L99A 3HUKA 3C8SA 1CV1A 4I7RA 2RBPA 1L59A 1C6AA 150LA 1D9WA 1D3FA 232LA 1L21A 218LA 1OVHA 4I7MA 1L27A 104LA 2LC9A 2F2QA 1C6QA 4I7SA 1KW5A 1G0QA 3HH6A 2Q9DA 159LA 1L67A 1LWGA 1D3NA 2F32A 3PBLA 173LA 229LA 3HT9A 1CV6A 1L39A 114LA 189LA 4DAJA 1LI3A 178LA 1LYHA 1C6DA 4I7KA 1JTNA 210LA 1L34A 147LA 1L97A 200LA 3F9LA 1L26A 1L09A 192LA 183LA 1OVKA 3SN6R 2B6YA 4LDLA 146LA 161LA 1PQIA 1C60A 3DN4A 144LA 140LA 1T8FA 1L10A 1C6BA 1OV5A 1C6GA 261LA 1LYFA 3HH5A 1QS9A 4GRVA 1OVJA 1L02A 1L88A 4I7OA 6LZMA 1LGXA 126LA 1OWYA 3DN0A 1L45A 1QT6A 256LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXTA 3E3DA 3QAKA 2XBSA 3D9AC 4EJ4A 1L53A 4ARMB 1NDGC 3C81A 1MLCE 3CDTA 166LA 3GUOA 1FLWA 4H8ZA 3TMXA 3T36A 4AGAA 2XJWA 1FBIX 4QEQA 4Z98A 1I1ZA 3VW7A 3A91A 3BKHA 4ML7A 211LA 3WPKA 4TSCA 4ARQA 1BWHA 3FI5A 1P37A 5KXSA 3F8VA 3HBEX 1D2WA 4LT2A 1GFKA 1JEFA 3WU7A 5A3ZA 1ZVHL 4NWHA 4WLDA 255LA 3HTFA 1L57A 4I7QA 3HT8A 1FKQA 1YKZX 4WM6A 1FN5A 3CQLA 1WQPA 2OE9X 5IDDA 172LA 125LA 1LMTA 3V2WA 4NGVA 1DYCA 1IC7Y 195LA 4II8A 1C6LA 122LA 1L43A 3CDOA 1WQQA 1L85A 4H92A 1DYBA 2QB0B 4N1EI 1JQUA 1HMKA 4I7NA 1G7JC 152LA 1LSYA 225LA 1P2RA 1L48A 2CDSA 1YANA 2YVBA 1GPQC 191LA 2YBHA 1TLAA 4RW2A 2RB0X 4EKPA 2BQEA 2YBIA 3OK0A 1LGWA 3WU8A 1B5ZA 1YIKA 3B0KA 2LZMA 4XN6A 3G3AB 151LA 1L51A 5HMJA 1XEJA 1T6HA 1EQ4A 1LJIA 1LMPA 174LA 1L01A 3A96A 5B1GA 177LA 3C8QA 3D4SA 3V2YA 1LYZA 1GD6A 2B7XA 4OWBA 4ARLA 1G0KA 3SB5A 1GF6A 2I26L 1JSEA 165LA 1KY1A 1RJCB 1LZRA 4WM4A 1GF4A 1QUOA 2OTZX 1SWZA 2RBOA 4LFXA 4EKSA 1JIYA 1XFPL 3LHMA 1WQRA 1B9OA 2W1LA 4I7LA 1C62A 4B4EA 3ZVQA 4PJZA 3A93A 1CKCA 2G4QA 3G3VA 1L25A 3BKVA 3GXRA 1YKXX 1Z55A 4L41A 3IJVA 1G0GA 1LSZA 1PZYA 1JKCA 1IORA 1CJ7A 3G3XA 4GCDA 1L68A 4CFPA 1IWZA 1UICA 250LA 1C64A 1JJ0A 3EMSA 4ARPA 1L74A 1YILA 1HF4A 1L07A 246LA 4OOTA 2Z12A 4H90A 4W96A 5C6IA 4NGLA 4KPMA 1N4FA 4N0JA 1IOCA 1LYOA 1PQOA 1L31A 1OUJA 4C3WA 4BAFA 1L20A 1CU6A 1GB7A 1LKRA 2O79A 1GFVA 1LZCA 2DQFC 2B75A 3P66A 1GFAA 1P7SA 1GF0A 2L78A 1IWUA 1DI5A 4LT3A 4LYMA 1L93A 5FCPA 1GB6A 1L41A 3C8RA 155LA 4LDOA 1G0JA 4DD9A 3C7YA 1L47A 2A7DA 3C7ZA 4TWSA 222LA 1GEZA 1L22A 135LA 2PC2A 4LDEA 3FE0A 1CU2A 2RBSA 3OJPA 2QARC 1B7NA 4YF2A 3W6EA 4PGJB 1L83A 5I54A 1L64A 3ATOA 1DYGA 1NMMA 1L13A 205LA 1L33A 1IP5A 1T8AA 4DD7A 1GF3A 1LJJA 4DD0A 2BQBA 1GFRA 5HQ1A 3DNAA 2YDGA 5LVIA 1PS5A 3DKEX 1L50A 1YAMA 1GXXA 171LA 1L58A 2DBTA 4ANRA 1BB5A 1SWYA 1C68A 4I7JA 4OWEA 1NQIA 1QSWA 4OWCA 3A92A 1C6JA 2MEIA 4HTQA 1BB3A 1LMQA 2BQHA 3LYOA 1PQKA 1B5WA 1CU5A 251LA 1VAUA 1RE2A 1GE1A 3HWLA 1NHEA 1OUFA 1WVUA 4PJ2C 3OE6A 180LA 1IR9A 1L19A 5ILFA 1F10A 3RZEA 1L99A 4KXIA 1CV1A 5FELA 1D9WA 5KXMA 4GCBA 1BQLY 1REXA 5LINA 2ZNWY 1IC4Y 8LYZA 1C6QA 1V7TA 1G0QA 1LZGA 3HH6A 2Q9DA 2BQCA 1OUAA 1LTMA 5B59A 1L67A 5EBHA 1G7HC 3B0OA 2Z18A 1OUDA 2MEFA 2C8PA 2F4AA 114LA 3WPLA 4H9FA 1JSFA 5I53A 1L34A 3F9LA 1L26A 1BHZA 183LA 3WVXA 1AM7A 1LSMA 4DD3A 1LSDA 4XJFA 3WW5A 1C60A 1L10A 3CT5A 4WO6A 1GBYA 2DQAA 4HV2A 1LYFA 2I25L 4H8YA 1KXWA 1OWYA 1L45A 256LA 2A7FA 2CUUA 2MEDA 1L08A 3DMZA 4S0WA 254LA 242LA 1CV3A 1L37A 1L46A 1JHLA 1LYEA 1GE2A 181LA 1SLYA 5K7OA 3TXIA 1P3NA 1JJ1A 1HERA 3WVYA 2EKSC 1L90A 1LZNA 1HFYA 1HENA 1CNSA 224LA 1L52A 1D0MA 1VDTA 4WM1A 3CSQA 2LHMA 123LA 1T97A 1BVXA 4GBRB 1L84A 4YM8A 4H8XA 5APEA 1GBWA 148LE 1OUBA 1CJ6A 4Z41A 1OV7A 1YQVY 176LA 120LA 1YAPA 4BADA 1NBYC 3FI7A 3TXDA 206LA 5F81A 1P5CA 3HUAA 1QT3A 3SB9A 1C6FA 4XJDA 1C7PA 1DPWA 4AXTA 1D0KA 3IWRA 1G0LA 4OWAA 5LVHA 4PPOA 4WLTA 3W6DA 4ETAA 1L80A 2VB1A 1L76A 1L71A 1NKHA 4WMGA 3WXTA 1LMCA 1IR7A 3KAMA 2NTHA 3P4ZA 1QT7A 2F30A 5KXXA 1G0MA 1P6YA 5E4PA 1ZV5L 1SSYA 2BPUA 3J6KA 1IC5Y 1C45A 2MEAA 2DQIY 1QUSA 3TMVA 1BWIA 1EPYA 1GE3A 1L75A 1KW7A 1WQOA 4NY5A 4YXAC 1L05A 5LVJA 1CV0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L29 A;  1L80 A;  195L A;  1L12 A;  1L36 A;  1L76 A;  2B72 A;  1L71 A;  4YX7 C;  1C6L A;  122L A;  1L43 A;  3CDO A;  4EKQ A;  1L85 A;  1DYB A;  2NTH A;  2QB0 B;  3L64 A;  1C66 A;  1QT7 A;  1P2L A;  257L A;  1JQU A;  1G0M A;  1P6Y A;  4I7N A;  152L A;  1P56 A;  1SSY A;  209L A;  3SBB C;  225L A;  1L66 A;  1P2R A;  1LPY A;  1L48 A;  1L15 A;  175L A;  1L94 A;  4IAP A;  1L75 A;  191L A;  1EPY A;  3HDF A;  1KW7 A;  3GUK A;  1L23 A;  1LYD A;  4YXA C;  1TLA A;  1C65 A;  1L05 A;  260L A;  2RB0 X;  1CV0 A;  2RAZ X;  4EKP A;  1LYI A;  142L A;  1LGW A;  1B6I A;  245L A;  4W54 A;  3C82 A;  1C6P A;  1L35 A;  1ZUR A;  4I7T A;  2F47 A;  1L87 A;  4EPI A;  212L A;  2LZM A;  151L A;  2RBQ A;  249L A;  2ANV A;  4DKL A;  2B6T A;  1QTH A;  1LLH A;  107L A;  1L51 A;  190L A;  241L A;  3GUN A;  1T6H A;  1XEP A;  1L28 A;  1OYU A;  1LWK A;  1L91 A;  174L A;  3FAD A;  1L01 A;  1L17 A;  177L A;  215L A;  1ZWN A;  217L A;  3C8Q A;  3SB8 A;  227L A;  3D4S A;  3V2Y A;  198L A;  5LZM A;  2B7X A;  3GUI A;  253L A;  1L82 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXT A;  3E3D A;  3QAK A;  2XBS A;  3D9A C;  4EJ4 A;  1L53 A;  4ARM B;  1NDG C;  3C81 A;  1MLC E;  3CDT A;  166L A;  3GUO A;  1FLW A;  4H8Z A;  3TMX A;  3T36 A;  4AGA A;  2XJW A;  1FBI X;  4QEQ A;  4Z98 A;  1I1Z A;  3VW7 A;  3A91 A;  3BKH A;  4ML7 A;  211L A;  3WPK A;  4TSC A;  4ARQ A;  1BWH A;  3FI5 A;  1P37 A;  5KXS A;  3F8V A;  3HBE X;  1D2W A;  4LT2 A;  1GFK A;  1JEF A;  3WU7 A;  5A3Z A;  1ZVH L;  4NWH A;  4WLD A;  255L A;  3HTF A;  1L57 A;  4I7Q A;  3HT8 A;  1FKQ A;  1YKZ X;  4WM6 A;  1FN5 A;  3CQL A;  1WQP A;  2OE9 X;  5IDD A;  172L A;  125L A;  1LMT A;  3V2W A;  4NGV A;  1DYC A;  1IC7 Y;  195L A;  4II8 A;  1C6L A;  122L A;  1L43 A;  3CDO A;  1WQQ A;  1L85 A;  4H92 A;  1DYB A;  2QB0 B;  4N1E I;  1JQU A;  1HMK A;  4I7N A;  1G7J C;  152L A;  1LSY A;  225L A;  1P2R A;  1L48 A;  2CDS A;  1YAN A;  2YVB A;  1GPQ C;  191L A;  2YBH A;  1TLA A;  4RW2 A;  2RB0 X;  4EKP A;  2BQE A;  2YBI A;  3OK0 A;  1LGW A;  3WU8 A;  1B5Z A;  1YIK A;  3B0K A;  2LZM A;  4XN6 A;  3G3A B;  151L A;  1L51 A;  5HMJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5KXT A;  3E3D A;  3QAK A;  2XBS A;  3D9A C;  4EJ4 A;  1L53 A;  4ARM B;  1NDG C;  3C81 A;  1MLC E;  3CDT A;  166L A;  3GUO A;  1FLW A;  4H8Z A;  3TMX A;  3T36 A;  4AGA A;  2XJW A;  1FBI X;  4QEQ A;  4Z98 A;  1I1Z A;  3VW7 A;  3A91 A;  3BKH A;  4ML7 A;  211L A;  3WPK A;  4TSC A;  4ARQ A;  1BWH A;  3FI5 A;  1P37 A;  5KXS A;  3F8V A;  3HBE X;  1D2W A;  4LT2 A;  1GFK A;  1JEF A;  3WU7 A;  5A3Z A;  1ZVH L;  4NWH A;  4WLD A;  255L A;  3HTF A;  1L57 A;  4I7Q A;  3HT8 A;  1FKQ A;  1YKZ X;  4WM6 A;  1FN5 A;  3CQL A;  1WQP A;  2OE9 X;  5IDD A;  172L A;  125L A;  1LMT A;  3V2W A;  4NGV A;  1DYC A;  1IC7 Y;  195L A;  4II8 A;  1C6L A;  122L A;  1L43 A;  3CDO A;  1WQQ A;  1L85 A;  4H92 A;  1DYB A;  2QB0 B;  4N1E I;  1JQU A;  1HMK A;  4I7N A;  1G7J C;  152L A;  1LSY A;  225L A;  1P2R A;  1L48 A;  2CDS A;  1YAN A;  2YVB A;  1GPQ C;  191L A;  2YBH A;  1TLA A;  4RW2 A;  2RB0 X;  4EKP A;  2BQE A;  2YBI A;  3OK0 A;  1LGW A;  3WU8 A;  1B5Z A;  1YIK A;  3B0K A;  2LZM A;  4XN6 A;  3G3A B;  151L A;  1L51 A;  5HMJ A; 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