3DN8A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant (seleno version)
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn8A00
1L00A 127LA 110LA 1L42A 1C6BA 1P56A 4W57A 1L64A 1QUGA 138LA 2QB0B 232LA 2RAZX 1L67A 3HH4A 3HUAA 3HT9A 130LA 4DAJA 3C82A 3FA0A 165LA 3QAKA 3DNAA 187LA 1C6CA 210LA 3DN1A 3OE6A 1C6FA 1EPYA 1L85A 3CDOA 4YXCA 1CU3A 4I7TA 175LA 1L84A 213LA 244LA 2OU9A 1OVJA 1LYJA 3ODUA 228LA 1C6LA 1CV3A 2O79A 1L0KA 1JTNA 1CTWA 1SWYA 1L68A 212LA 3DN3A 4I7QA 1P2RA 1DYFA 2HUMA 3GUKA 3SB7A 1C6EA 1G0PA 1L17A 2LZMA 3SN6R 1C69A 1G07A 2B6TA 196LA 2B75A 1QUDA 1OV7A 2RH1A 3DMVA 4EXMA 4LDOA 195LA 3SB5A 4ARMB 1KNIA 1T8AA 4I7SA 155LA 185LA 3HH6A 3SB6A 3F8VA 2NTHA 4PK0A 4W54A 115LA 2F32A 1P36A 1L06A 2ANVA 1CV0A 1LPYA 159LA 1CV5A 4EPIA 113LA 2HULA 1OVHA 1KW5A 3G3WA 3OE0A 3FADA 2OE4X 3HH5A 245LA 1G0KA 3SBAA 253LA 1DYDA 1SX7A 3DN8A 1C6GA 222LA 1LYGA 1I6SA 107LA 4I7KA 3GULA 252LA 3FI5A 3OE9A 125LA 1QUOA 4W58A 1L73A 180LA 2RB0X 1C6HA 189LA 2B7XA 5LZMA 1L13A 2OE9X 241LA 237LA 1L50A 1C6KA 1L51A 4YX7C 3V2YA 1ZURA 3NY9A 1G0QA 2RBPA 3HUKA 1TLAA 225LA 1P64A 1L34A 4EPFA 140LA 1DYGA 226LA 2RB1X 2ANXA 1C60A 157LA 1L23A 2F47A 262LA 218LA 1L60A 1L86A 250LA 215LA 4EKRA 1DYBA 161LA 1L91A 3C7YA 142LA 4EKSA 1L79A 4K5YA 1L72A 3L2XA 3VW7A 1C67A 7LZMA 102LA 1L29A 1QTZA 1C6IA 1L82A 227LA 1PQMA 3GUJA 1L36A 205LA 3JR6A 1D3MA 139LA 2L78A 4W59A 4W56A 170LA 209LA 126LA 1CU5A 3NYAA 1QT3A 239LA 1QTDA 3F9LA 1G0MA 192LA 2RBOA 1L40A 1L81A 3CDRA 4W55A 128LA 6LZMA 1WTHA 238LA 1G0LA 2B6XA 4GRVA 3GUPA 1L35A 1LYIA 1P37A 1T8FA 1P3NA 3DKEX 4I7MA 200LA 1L55A 119LA 240LA 1C6PA 118LA 4W53A 1L33A 2OTZX 1B6IA 1QUHA 3HT7A 1OWYA 3HH3A 3C83A 257LA 1DYEA 1L49A 1KY0A 1CV1A 1P5CA 1L43A 4ARQA 1L80A 1DYCA 255LA 3HDFA 4ZPUA 1L95A 2B6WA 1L53A 3C8QA 1L83A 144LA 3HT6A 1C6TA 1L54A 3DN4A 4AQNA 229LA 2F2QA 191LA 3G3VA 164LA 1L22A 4W52A 259LA 2OE7X 3C8RA 141LA 1PQKA 3HTDA 1CX7A 3HDEA 190LA 1CUPA 1C61A 4GBRB 3SBBC 1LYDA 1L02A 186LA 1LYHA 1SWZA 1CU2A 1XEPA 1C6DA 220LA 2CUUA 199LA 214LA 1L98A 2Q9EA 1L39A 1JQUA 1CV4A 2Q9DA 3OE8A 3GUNA 1L93A 111LA 4ARLA 150LA 1PQIA 1L21A 1L70A 2B6YA 2RBSA 1G0GA 1D3NA 3RUNA 236LA 3SB8A 1D2WA 1QTVA 120LA 1LW9A 1L09A 152LA 1L30A 1QTBA 1C65A 230LA 1L99A 1T97A 1CV6A 224LA 4EJ4A 4I7LA 1L46A 3UONA 260LA 143LA 1SX2A 1T6HA 1T8GA 198LA 1LI3A 1C6NA 1L11A 4I7PA 1D3JA 1LGUA 1QTCA 3HWLA 1D9WA 2RBRA 1QSQA 109LA 2B73A 2QARC 3PDSA 1XJUA 1L08A 3GUOA 246LA 1L66A 1D2YA 1LYFA 1L38A 1L62A 4LZMA 2O4WA 3HU9A 2OTYX 234LA 242LA 131LA 1L05A 1L47A 162LA 4S0WA 2RBNA 182LA 223LA 184LA 163LA 1L63A 4ARQB 243LA 1QT6A 2LC9A 1L01A 2OU8A 3C7WA 3C8SA 114LA 3C80A 1QSBA 2O7AA 1L20A 172LA 3EMLA 151LA 4EKQA 5I14A 4I7OA 1DYAA 2IGCA 219LA 1LGXA 4OO9A 1C6JA 1L57A 160LA 1L24A 3DMZA 217LA 3SB9A 2RAYX 104LA 1L37A 1L45A 1L0JA 1L92A 1OV5A 3HTBA 4I7RA 1K28A 1L12A 3DN0A 2B6ZA 216LA 1L90A 248LA 4LDEA 1L77A 3CDVA 3DN6A 1G1WA 1L32A 1QT7A 1L25A 2NTGA 258LA 1LYEA 1KS3A 1PQDA 1L31A 1LI2A 1L44A 1P46A 4ARPA 1P7SA 1CU0A 3HT8A 183LA 1CU6A 1OWZA 2RB2X 3LZMA 3D4SA 3C81A 4EKPA 3HUQA 1G06A 1C62A 1C64A 158LA 1LWKA 2OU0X 256LA 173LA 3DMXA 4IAPA 149LA 146LA 147LA 1L56A 1L76A 1L97A 1QS5A 1C66A 233LA 1OVKA 3CDQA 103LA 1L88A 148LE 206LA 1L69A 1L16A 211LA 1C6AA 4PJZA 201LA 2B72A 112LA 1C63A 1C6MA 1LI6A 1QS9A 1L07A 1SSWA 1G1VA 1L03A 1L71A 2OEAX 1PQJA 2B70A 3GUMA 1XJTA 251LA 181LA 1OYUA 2Z6BA 1L59A 1L04A 177LA 2A4TA 3CDTA 1C68A 1D3FA 3L64A 1L19A 4I7JA 3HU8A 1SSYA 2RBQA 4ARJA 1P6YA 1QT5A 3PBLA 197LA 3HTFA 3RZEA 1L15A 4E97A 169LA 168LA 1C6QA 188LA 1L18A 171LA 145LA 1L10A 1L58A 2LCBA 1L28A 1KW7A 1L65A 1L96A 1QT8A 123LA 1L26A 3HTGA 1P2LA 4DJHA 1L27A 1PQOA 1L48A 221LA 1L41A 1G0JA 3C7ZA 4ARMA 3DN2A 108LA 1L87A 1ZWNA 167LA 1ZYTA 247LA 1CVKA 3GUIA 1JTMA 1L14A 1CUQA 1LWGA 166LA 1KY1A 4W51A 2B74A 1LLHA 137LA 249LA 178LA 1L61A 254LA 1L52A 1L75A 1L74A 3V2WA 122LA 156LA 176LA 235LA 3NY8A 4YXAC 1L94A 1CX6A 1QTHA 261LA 1QT4A 231LA 3K2RA 4LDLA 4I7NA 174LA 1L89A 2HUKA 1NHBA 3G3XA 1LGWA 4DKLA 129LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 127LA 4WM3A 2BQOA 4NFVA 4W57A 5FSTA 1L64A 1D0LA 138LA 1WQOA 2ZYPA 1LZTA 4J7VA 4G9SA 1LYOA 2IFFY 3HT9A 1EQ5A 4LYMA 2W1LA 5KXRA 1NQIA 1UA6Y 1C6FA 1WQQA 1JEFA 1GB5A 1LCNA 4YXCA 1C08C 4NGVA 1HEPA 3WW5A 4NY5A 2GV0A 4GLVA 212LA 4CFPA 1DYFA 4H9IA 3SB7A 1GFVA 2Z2FA 3SN6R 2B6TA 4YM8A 1AT6A 2B75A 4QEQA 3DMVA 4RW1A 1D0MA 4EXMA 1EQEA 4YOPA 4ARMB 3CB7A 1UIGA 2D6BA 155LA 5KXXA 2X0AA 4PJ2C 1L06A 2ANVA 5KXNA 1CV5A 4EPIA 4WLDA 4H94A 1OVHA 1KW5A 2DQAA 2LYOA 4Z46A 3FADA 3HH5A 3TMVA 4NSIA 1GFEA 1SX7A 1G7LC 1FN5A 5FDJA 4OOTA 1I6SA 3GULA 1JPOA 2XBRA 4HPIA 4XJHA 4XYYA 4OWEA 125LA 3LYMA 4I0CA 4DDAA 1L73A 180LA 1C7PA 1BWHA 237LA 1GF0A 1NDGC 5KKJA 1ZURA 1LZ1A 3T6UA 5KXOA 2FYDA 1GF9A 1ZVYB 218LA 5I4XA 1L86A 250LA 1LZ6A 4NGWA 3IJUA 142LA 1L79A 3QY4A 1GBOA 1QDTA 1GBXA 1DZBX 1L29A 1LHJA 4RLNA 4NGKA 3GUJA 1L36A 2G4NA 4W56A 2EPEA 4W59A 1LZ8A 1CU5A 3N9AA 3NYAA 4H8YA 2XBSA 1QTDA 1WQMA 1L81A 1QDRA 4OWHA 2BQKA 4TSBA 4GRVA 1QTKA 2Q0MX 1L35A 2YBJA 4AXTA 1CKGA 4IJ4A 3W3EA 5E4PA 1L55A 119LA 5B06A 1GAYA 240LA 5HLLA 3WYHA 1F6SA 4MSTA 3D9AC 118LA 2IHLA 3B0KA 3WU8A 2OTZX 1B6IA 1JKAA 3FE0A 3HH3A 2BQCA 2N5ZA 1L49A 1CV1A 3AZ7A 1REZA 1L43A 1GDXA 1I1ZA 1CJ9A 2VB1A 1OUJA 4ZPUA 4H91A 2LYMA 4ZEEA 1L83A 4DDCA 3TXBA 2F2QA 191LA 5C6LA 164LA 5A3ZA 4ETDA 1H6MA 4C3WA 4W52A 2BQBA 1NWGA 259LA 1OUIA 1CX7A 1LJHA 2Z12A 4TUNA 1GFAA 1JISA 1CUPA 5I53A 1C61A 4GBRB 5ILFA 2CWIA 1LSZA 1LYHA 3A92A 2CUUA 199LA 4LYOA 214LA 1DI5A 1L98A 2Q9EA 3A34A 4WG1A 1JQUA 5A3EA 5DLAA 4CFOA 4ARLA 1PQIA 4ML7A 1UUZC 236LA 1HFYA 152LA 1L30A 4YEOA 4ZFPA 2Z19A 4PPOA 4I7LA 1DPXA 260LA 2BLXA 6LYTA 4DWXA 198LA 1IR7A 1L11A 4I7PA 1LGUA 4G4CA 2Z2EA 4NGIA 5KXMA 5J7CA 1QSQA 2B73A 246LA 5F9XA 3TMXA 4LZMA 1KIRC 2O4WA 3A67Y 1P2CC 4WM4A 1IR9A 1FDLY 5T3FA 131LA 1UIEA 162LA 4S0WA 4WOAA 223LA 184LA 163LA 1PS5A 4B4EA 4Z98A 1IP4A 3LHMA 5DN5A 1YILA 4YENA 1L20A 172LA 4PRQA 4EKQA 4I7OA 1V7TA 219LA 4OO9A 3AYQA 1LSEA 160LA 3DMZA 1DQJC 1L92A 1OV5A 4H90A 4I7RA 4B49A 1YL1X 4GN4A 1D6PA 2HEDA 1VFBC 1L77A 3CDVA 4HTNA 1L32A 5K7OA 7LYZA 1LYEA 1PQDA 4P2EA 4LYZA 1GHLA 1XGTC 4G49A 1IOSA 4B1AA 3OJPA 4NGJA 1XGPC 2MEFA 2BQNA 1LSFA 1YAMA 1G06A 2YBHA 5LAGA 158LA 2Z38A 1B7LA 2ZIKA 5KJ9A 173LA 3AGGG 1B7MA 3DMXA 1QTEA 4H8XA 5AMYA 1C66A 1DKJA 1OVKA 1CKDA 1B5ZA 148LE 3W6EA 1OUBA 2HEEA 1FKQA 1IWYA 1L16A 1B5UA 1C6AA 1VATA 1LJGA 1C6MA 4DD3A 1GF3A 1GF7A 2B70A 251LA 1OYUA 2Z6BA 1CNSA 4R6CA 2A4TA 1L19A 1CJ6A 1SQ2L 1SSYA 3PBLA 1G7MC 4ETAA 171LA 1L58A 3WUNA 4LYTA 4J1AA 2BQIA 3W6FA 3EBAB 5APCA 1WTNA 1L41A 4OOOA 2A7FA 5LAFA 3DN2A 108LA 167LA 1BVXA 3CT1A 2BQLA 4DQJA 1JTMA 4R0FA 1LWGA 1OUDA 3TMWA 1KY1A 1VDSA 1CJ8A 3WPKA 137LA 178LA 1FKVA 1UIDA 1L61A 1L75A 1NMMA 235LA 3NY8A 1B7SA 1D0KA 231LA 174LA 2HUKA 5KXTA 1NHBA 3G3XA 2XJWA 208LA 129LA 1LMTA 5C6IA 1IOQA 3AJNA 2QB0B 1IP7A 4TWSA 5JENB 232LA 1W6ZA 130LA 1GBSA 3ZVQA 1DI4A 2WARA 3FA0A 4H9EA 1L85A 3CDOA 175LA 4Z41A 1NBYC 2OU9A 1OVJA 1LYJA 3ODUA 2I26L 4ET8A 3B6LA 2YBLA 4AGAA 3HFMY 1JTNA 3G3BB 5HMJA 3F6ZA 4LT2A 4BS7A 4GN3A 1SWYA 5LVGA 4I7QA 3GUKA 1LKSA 1JWRA 1C6EA 1L17A 1YROA 2LZMA 4QDNA 2RH1A 1IY4A 3SB5A 2CJLA 1BGIA 1KNIA 3ULRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C45 A;  127L A;  4WM3 A;  2BQO A;  4NFV A;  4W57 A;  5FST A;  1L64 A;  1D0L A;  138L A;  1WQO A;  2ZYP A;  1LZT A;  4J7V A;  4G9S A;  1LYO A;  2IFF Y;  3HT9 A;  1EQ5 A;  4LYM A;  2W1L A;  5KXR A;  1NQI A;  1UA6 Y;  1C6F A;  1WQQ A;  1JEF A;  1GB5 A;  1LCN A;  4YXC A;  1C08 C;  4NGV A;  1HEP A;  3WW5 A;  4NY5 A;  2GV0 A;  4GLV A;  212L A;  4CFP A;  1DYF A;  4H9I A;  3SB7 A;  1GFV A;  2Z2F A;  3SN6 R;  2B6T A;  4YM8 A;  1AT6 A;  2B75 A;  4QEQ A;  3DMV A;  4RW1 A;  1D0M A;  4EXM A;  1EQE A;  4YOP A;  4ARM B;  3CB7 A;  1UIG A;  2D6B A;  155L A;  5KXX A;  2X0A A;  4PJ2 C;  1L06 A;  2ANV A;  5KXN A;  1CV5 A;  4EPI A;  4WLD A;  4H94 A;  1OVH A;  1KW5 A;  2DQA A;  2LYO A;  4Z46 A;  3FAD A;  3HH5 A;  3TMV A;  4NSI A;  1GFE A;  1SX7 A;  1G7L C;  1FN5 A;  5FDJ A;  4OOT A;  1I6S A;  3GUL A;  1JPO A;  2XBR A;  4HPI A;  4XJH A;  4XYY A;  4OWE A;  125L A;  3LYM A;  4I0C A;  4DDA A;  1L73 A;  180L A;  1C7P A;  1BWH A;  237L A;  1GF0 A;  1NDG C;  5KKJ A;  1ZUR A;  1LZ1 A;  3T6U A;  5KXO A;  2FYD A;  1GF9 A; 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