3EBAB

Cabhul6 fglw mutant (humanized) in complex with human lysozyme
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title General Strategy to Humanize a Camelid Single-domain Antibody and Identification of a Universal Humanized Nanobody Scaffold
pubmed doi rcsb
molecule keywords CAbHul6
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Camelus dromedarius
total genus 39
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ebaB00
2BQLA 2RSCA 5C6LA 1BQLY 1NBYC 5APFA 2D6BA 1JTPL 1GBYA 1IX0A 4LT2A 1B5VA 5I4WA 2BQHA 1XGRC 2BQCA 3TXGA 1C7PA 2DQIY 1GF3A 1NHEA 1VATA 1GF7A 1GF0A 4KXIA 2BQMA 4NSHA 4W94A 1LSFA 4LGKA 1HEWA 3IJVA 5KXKA 1LZDA 4IASA 4E3UA 5FCPA 3W6AA 1CKFA 1SQ2L 1QTEA 4DD9A 1GBXA 1B7LA 2W1LA 3B0KA 4KT3A 4Z98A 3AGGG 4DYGA 3WL2A 1LJHA 1LZ1A 1LMOA 4WM6A 3WPKA 1RFPA 2MEEA 1YL1X 4NHIA 3LHMA 1LPIA 4YENA 3AB6A 3RNXA 1LKRA 8LYZA 1NWGA 3EMSA 1GWDA 1JTOL 2Z37A 1UICA 1IY3A 5F16A 1J1XY 1REMA 153LA 1DQJC 4P2EA 4I0CA 1HC0A 1G7IC 4WLTA 1UA6Y 193LA 3TMUA 5KXSA 3A67Y 5KXNA 3WVYA 4LYOA 5KXXA 4XJFA 1XEKA 1E8LA 5M1YA 1QDRA 1JHLA 1BVKC 4QDNA 1EQ4A 1V7SA 1WVUA 2EQLA 2WARA 1LZSA 4PJ2C 4DT3A 4HTQA 1IOCA 1LOZA 1QSAA 1YAMA 3G3BB 4NGIA 1AT5A 3FE0A 5F9UA 5L9JA 2IFFY 207LA 5IHGA 1GFGA 4H8ZA 2ZYPA 1BWHA 1LMTA 1YKXX 1GE2A 1NBZC 4GCDA 4YOPA 1HFYA 4BAFA 4GCBA 1TCYA 4ZFPA 2EIZC 2LZTA 1BB3A 5DLAA 1BHZA 3IWRA 1LSMA 5HNLA 1BVXA 2HTXA 1D6QA 4YEOA 1JITA 3A3QA 1VDPA 1LSCA 5FELA 1LZ8A 4NGZA 4Z46A 1FLUA 2BLYA 3RU5A 3WU8A 3RZ4A 1HEOA 2LYOA 2ZIJA 4ETBA 5HMVA 1IP4A 1IR8A 3WUMA 1JIYA 4B4JA 2BQIA 4H93A 5KXRA 3WYHA 1HEQA 1LSNA 2N5ZA 1WVVA 3CT5A 4H1PA 3OK0A 4D9ZA 1C10A 1LYOA 2VB1A 1GB2A 1GXXA 3P4ZA 5B07A 4J7VA 1IC5Y 2CGIA 2Z12A 4NHSA 1GXV2 1F0WA 5LAGA 1JSEA 4ETCA 1GBZA 2NWDX 1RI8B 2W1MA 1REXA 1H6MA 1I56A 1HFZA 1GBOA 4N1EI 4UWNA 2D91A 4DD0A 3HBDA 4ET9A 4GLAA 4MCKA 3A8ZA 1LSDA 3P68A 2MEFA 4LT3A 4WL7A 2DQJY 1YANA 5LYMA 1VAUA 3W6BA 1DI5A 1LMCA 1GB8A 1LSAA 1GF6A 1FKQA 1OUDA 1IOTA 4H9IA 1GBSA 1OP9B 4H92A 4ETEA 3ZVQA 1VDQA 4QY9A 1FLQA 3CT1A 5K7OA 3P65A 1AT6A 3BKHA 3CT0A 4HV2A 5KXTA 1LJEA 1D0LA 1GB0A 4B1AA 4CGEA 1GFJA 2GV0A 1RCMA 1GB5A 4H91A 4LT0A 2F4GA 1FN5A 1VEDA 1LJ4A 1CJ6A 208LA 1AKIA 3VWOA 2DQFC 1IEEA 1LSZA 3A3RX 3TXJA 1NQIA 3LN2A 5LA8A 1G7HC 4WG7A 3HBEX 1IY4A 1GE3A 5KY1A 4I8SA 3ULRA 1KIQC 1UIFA 4H9EA 3IJUA 4OWEA 3HFMY 3K3TA 5B05A 1LZAA 1JTTL 5LVGA 4NGOA 5APCA 1JEFA 2XJWA 2ZWBA 4OWHA 4XJGA 4M6DA 4H94A 7LYZA 1GF8A 4H8YA 4HPIA 1B7MA 3T6UA 1GB7A 1OUJA 2I25L 2XBSA 4NGJA 3TXHA 1JKAA 1IOSA 1EQ5A 4DWXA 2DQHY 5B1FA 1YAPA 1B5ZA 1D0KA 1WQQA 5A3EA 5J7CA 1VDSA 4HSFA 4II8A 4MSTA 3WH1A 1INUA 3E3DA 2BQAA 1F6SA 1LZ5A 2DQEY 1W6ZA 3AGIA 1WQPA 1P2CC 1XSFA 3B0IA 4NGYA 2LYZA 2A7FA 4ML7A 1LHKA 4G49A 4GCEA 1C45A 1CKHA 1G7LC 1LJ3A 1SLYA 2FBDA 3A94A 3LYZA 4GLVA 3WW5A 4TUNA 1GFHA 1IR7A 3WULA 4NG1A 2AUBA 1YAQA 4H9FA 2YBIA 1GEVA 4HJZA 5E9RA 2MEGA 3RW8A 1UC0A 5KKJA 1LMNA 5LA5A 1VFBC 2LHMA 3LZTA 2BQGA 4N8ZA 1IP7A 5II3A 1HENA 3QE8A 5D5FA 4HTNA 4LYCA 3EBAB 2ZQ4A 4XJDA 3RT5X 3CQLA 4H9AA 1QSWA 1HEMA 2BQEA 1TEWA 1QDTA 3TXEA 5DN4A 1LSPA 2CWIA 5LVHA 4B0DA 2BQJA 5C6IA 4W96A 1YAOA 3A92A 4H9HA 1B0DA 4OWAA 1JISA 2BQOA 5E4PA 4YEMA 1XEIA 5F14A 2HEFA 3TXBA 5B1GA 4ZIXA 1GAZA 4GCFA 3LYMA 5T3FA 194LA 1WTMA 2EKSC 5HMJA 2BQBA 4HP0A 5IDDA 1WQNA 3QNGA 1GPQC 2HECA 5KXWA 4H8XA 1IWVA 4WM4A 3W6DA 2DQAA 6LYTA 3AW7A 1B7RA 1JJ1A 1BB7A 1KXXA 1LYYA 4EMNA 1IIZA 1LJKA 3MGWA 1N4FA 1CKDA 1LZNA 4WLXA 1IWXA 1LMQA 3N9CA 4WM3A 5L3IA 1JJ0A 1BGIA 1CKCA 3B72A 4GN5C 4WO9A 4CFOA 4LYTA 4LT1A 2H9JA 1A2YC 1QUTA 1WTNA 1XGTC 5LVIA 3TMXA 4J1AA 4TTDA 1A4VA 5AMYA 1KXYA 4XADA 1GHLA 3AZ7A 3CSQA 1JWRA 1C46A 3M18B 134LA 4QGZA 3CSRA 3J6KA 3TMVA 4WLDA 4RLNA 4PPOA 5LXWA 3A34A 1C08C 1LZYA 3EO5A 1HHLA 3WW6A 3G3AB 1QTKA 1YKYX 1LSYA 1GDWA 1LZGA 4HV1A 4NWEA 5LVJA 1QQYA 4NSGA 3AYQA 1LJIA 4NGWA 3A6BY 4DDBA 1LJGA 1HEPA 4G4HA 1HSXA 133LA 1B5WA 1LSBA 4IJ4A 4HTKA 4IATA 4OWBA 1LZEA 1LHMA 3WUNA 2YDGA 1GDXA 1RE2A 2MEBA 5I4YA 3J4GA 1JKCA 1IP6A 1CJ7A 1XFPL 5EBHA 4NHTA 2F4AA 4LYBA 4XJHA 1LJFA 4NG8A 3EXDA 4M4OA 1C43A 2BQNA 1GB6A 5KJ9A 1LMPA 3CSZA 4HPEA 5LIOA 4NIJA 4NHQA 5LVKA 3WPJA 1IP3A 4HJYA 5HNCA 4H90A 3AZ5A 4ANRA 1CJ9A 3ZVQB 3M3UA 1UBZA 1CKGA 1DPXA 2ZNWY 4RW1A 1GFVA 1GFEA 1QUSA 1UIAA 4G4CA 1HMKA 1FLWA 2HU1A 2D4JA 1B7SA 1LHHA 4NGVA 4OOTA 3SP3A 1IWWA 1GFRA 4R0FA 2YBJA 1IWYA 1B7OA 2FYDA 1LHLA 4OOOA 4PRQA 3W6FA 4BADA 4KPMA 1HMLA 1BWJA 1LAAA 1UCOA 1KIPC 2Q0MX 1LZCA 2Z19A 3A90A 4TX7A 4WM1A 1AZFA 4DD3A 4DD2A 4TWSA 2C8PA 1NF5A 4CJ2A 1NDMC 1OUCA 4FJRA 2BQFA 1D0MA 4AGAA 1LSEA 1YQVY 4XENA 5JENB 2Y8PA 1B2KA 5I53A 1IP5A 1GEZA 4LZTA 5DM9A 4Z41A 4RDSA 4A7DA 4N5RA 1OUHA 2F2NA 4YF2A 1LKSA 3LZ2A 4X3BA 1FDLY 3KAMA 1I20A 1TAYA 3BKVA 3WU9A 2DBTA 1UIBA 4G9SA 3WXTA 1FKVA 1YILA 1HFXA 1TDYA 1EL1A 2DQCY 5LYTA 3TXKA 2Z2EA 1FBIX 4R6CA 154LA 1BB6A 1OUFA 2HU3A 2HEEA 4ET8A 2YSSC 5APDA 4CFPA 5KXLA 2Z2FA 4WG1A 3ATNA 1AM7A 5KXPA 3WU7A 1T6VL 1HERA 4OW1A 4NWHA 1UUZC 1OUBA 1YL0X 5I4XA 1IORA 4GN4A 2C8OA 5APEA 2G4NA 1GFAA 3ZEKA 1LHIA 2I26L 1IOQA 2FYCA 1JKDA 1IR9A 1G7MC 3TXDA 2W1XA 1GE0A 3D3DA 3FI7A 2ZYCA 3A96A 1REZA 1OUGA 2H9KA 1VDTA 3OJPA 4WO6A 3QY4A 5KXYA 1GF4A 3GXKA 4NHPA 3A95A 1WQMA 4PHIA 1GF9A 4N9RA 2YVBA 135LA 2Z38A 5C6JA 1LZ9A 5FEKA 4DDCA 5ILCA 4DDAA 1IWTA 1GB9A 3GXRA 4N1CC 2BQKA 2BPUA 2LYMA 4WM5A 1B7NA 1B7PA 3B0OA 1GE4A 1LTMA 4XJBA 1FLYA 1XGQC 4ETAA 4DC4A 6LYZA 1GB3A 2HUBA 2CJLA 1NDGC 3B6LA 1GFTA 1I1ZA 2H5ZA 2HEBA 2ZIKA 4PRUA 1XGUC 1OUAA 3W3EA 4B4IA 4FDYA 5HQ1A 4LYZA 5DL9A 1DXJA 1B5YA 3AW6A 1XGPC 1IP1A 2Z18A 4WL6A 1LYZA 5FHWA 1JJ3A 2A7DA 1IP2A 4U3XB 5IELA 2BAAA 3N9AA 1B5UA 1ZMYL 5LYZA 1WQRA 1DI3A 4WLYA 1GE1A 4H9BA 1LZTA 2DQGY 5I5QA 4KL7A 4GN3A 1KIRC 1NMMA 1UACY 4BS7A 1DPWA 4ETDA 4XN6A 4AXTA 5F81A 1LZBA 2ZILA 4J1BA 4TSBA 4H9CA 1LMAA 1BWIA 2MEAA 4MR1A 4EOFA 1CNSA 4TSCA 1BB5A 1ZVHL 1H87A 1HSWA 2MEDA 4DD7A 5ILFA 1J1PY 4G4BA 4NGLA 3W6EA 1WQOA 3TXIA 1IO5A 1GBWA 1IC4Y 5LINA 2XTHA 4XJIA 4YM8A 3AJNA 3LYOA 4WM2A 4RW2A 4L41A 1DKJA 3WXUA 2EPEA 4NFVA 4NEBA 3TXFA 1DZBX 132LA 1YROA 1GF5A 1T3PA 2ZQ3A 3A91A 2IHLA 1LSGA 1F6RA 4WMGA 1DKKA 1QIOA 3WVXA 1UIGA 9LYZA 3A93A 1EQEA 4DD1A 1NKHA 4QEQA 4J0LA 1ZV5L 1KXWA 4C3WA 3P64A 2I6ZA 2MECA 4B49A 2BLXA 2D4IA 3AZ6A 1B7QA 4C5FA 1MLCE 1IVMA 1JKBA 1MELL 1TBYA 1IC7Y 2F30A 2MEHA 1OUIA 2YBMA 4BAPA 5KXMA 1GD6A 2Z39A 4RLMA 1LJNA 5D5CA 2ZNXY 1UIDA 3CB7A 1HELA 1GFUA 2YBLA 3D9AC 2XBRA 1RJCB 3A6CY 1HF4A 3AZ4A 5L3HA 5I54A 1G7JC 4HJVA 2CDSA 1D9UA 2YBNA 4ZEEA 1LHJA 1F10A 4N0JA 1J1OY 2LZ2A 1CJ8A 1PS5A 1UIEA 1REYA 1V7TA 4UWUA 5KXZA 5HLLA 2G4QA 4XYYA 3WMKA 4OWCA 2B5ZA 2BQDA 3P66A 1LZ4A 3HBHA 4PGJB 5KKIA 3LYTA 2D4KA 1XEJA 3WUAA 1Z55A 1PZYA 2HEDA 5F9XA 4B4EA 4Z3MA 2HEAA 1B9OA 1ALCA 1OUEA 4WOAA 1OQMA 5FDJA 1IWUA 1W08A 3ATOA 4LYMA 1LZ6A 1GAYA 4NGKA 4NY5A 3AGHA 4LFXA 5KXOA 3N9EA 5A3ZA 5FSTA 4O34A 1HNLA 1LCNA 1IWZA 1BB4A 1JSFA 1LJJA 2PC2A 2DQDY 2YBHA 2MEIA 3TMWA 3WPLA 5LAFA 2W1YA 4CHXA 2DKVA 4UWVA 1JPOA 1UIHA 1B5XA 1DI4A 1GFKA 2FBBA 2X0AA 4NSJA 1YIKA 5DN5A 1YKZX 1D6PA 4GCCA 5B06A 1JUGA 1ZVYB 3F6ZA 2G4PA 3W6CA 1LZRA 3T36A 5B59A 1LYSA 4NSIA 4LFPA 1O23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RSCA 2OU8A 1NBYC 156LA 1JTPL 4LT2A 1XGRC 3TXGA 1C7PA 1NHEA 3C83A 1VATA 3L2XA 1GF0A 4KXIA 2BQMA 4EKQA 1L02A 1HEWA 1LZDA 1L55A 254LA 4IASA 4E3UA 3W6AA 5FCPA 1D3NA 1GBXA 1B7LA 4Z98A 3G3WA 3WL2A 1LZ1A 4W51A 1YL1X 4NHIA 2HUKA 3RNXA 8LYZA 1NWGA 4S0WA 1GWDA 1JTOL 153LA 4I0CA 3TMUA 4EXMA 3A67Y 5KXNA 221LA 4XJFA 1E8LA 1QDRA 1JHLA 1BVKC 4DT3A 1EQ4A 2WARA 1L50A 4HTQA 4PK0A 207LA 4H8ZA 3G3VA 1YKXX 1NBZC 1KY0A 4GCDA 4YOPA 1HFYA 236LA 1BB3A 216LA 150LA 1BHZA 1BVXA 4YEOA 1JITA 3A3QA 1G0JA 3HU8A 4NGZA 3SB8A 3CDTA 3RU5A 1HEOA 4ETBA 3WUMA 5KXRA 4H1PA 232LA 3HDFA 256LA 1CV1A 245LA 2CGIA 5LAGA 1JSEA 4ETCA 4I7OA 1JQUA 1LSDA 2DQJY 1YANA 1B6IA 1DI5A 1L08A 1OUDA 1IOTA 3P65A 1AT6A 3BKHA 220LA 3CT0A 1LJEA 4CGEA 4B1AA 1L09A 2GV0A 4H91A 4LT0A 126LA 1VEDA 223LA 1NQIA 3HT7A 5LA8A 1GE3A 198LA 4I8SA 1KIQC 1UIFA 3K3TA 1LZAA 1KS3A 7LYZA 4XJGA 1GF8A 1LYHA 1OUJA 4QY9A 180LA 1IOSA 1JKAA 5B1FA 1B5ZA 1INUA 3E3DA 1T8FA 3AGIA 1L41A 1XSFA 3B0IA 2LYZA 4GCEA 1LJ3A 2FBDA 1GFHA 177LA 107LA 2AUBA 1CV5A 2MEGA 1L63A 3F9LA 5KKJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQL A;  2RSC A;  5C6L A;  1BQL Y;  1NBY C;  5APF A;  2D6B A;  1JTP L;  1GBY A;  1IX0 A;  4LT2 A;  1B5V A;  5I4W A;  2BQH A;  1XGR C;  2BQC A;  3TXG A;  1C7P A;  2DQI Y;  1GF3 A;  1NHE A;  1VAT A;  1GF7 A;  1GF0 A;  4KXI A;  2BQM A;  4NSH A;  4W94 A;  1LSF A;  4LGK A;  1HEW A;  3IJV A;  5KXK A;  1LZD A;  4IAS A;  4E3U A;  5FCP A;  3W6A A;  1CKF A;  1SQ2 L;  1QTE A;  4DD9 A;  1GBX A;  1B7L A;  2W1L A;  3B0K A;  4KT3 A;  4Z98 A;  3AGG G;  4DYG A;  3WL2 A;  1LJH A;  1LZ1 A;  1LMO A;  4WM6 A;  3WPK A;  1RFP A;  2MEE A;  1YL1 X;  4NHI A;  3LHM A;  1LPI A;  4YEN A;  3AB6 A;  3RNX A;  1LKR A;  8LYZ A;  1NWG A;  3EMS A;  1GWD A;  1JTO L;  2Z37 A;  1UIC A;  1IY3 A;  5F16 A;  1J1X Y;  1REM A;  153L A;  1DQJ C;  4P2E A;  4I0C A;  1HC0 A;  1G7I C;  4WLT A;  1UA6 Y;  193L A;  3TMU A;  5KXS A;  3A67 Y;  5KXN A;  3WVY A;  4LYO A;  5KXX A;  4XJF A;  1XEK A;  1E8L A;  5M1Y A;  1QDR A;  1JHL A;  1BVK C;  4QDN A;  1EQ4 A;  1V7S A;  1WVU A;  2EQL A;  2WAR A;  1LZS A;  4PJ2 C;  4DT3 A;  4HTQ A;  1IOC A;  1LOZ A; 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 4PRU A;  1XGU C;  1OUA A;  3W3E A;  4B4I A;  4FDY A;  5HQ1 A;  4LYZ A;  5DL9 A;  1DXJ A;  1B5Y A;  3AW6 A;  1XGP C;  1IP1 A;  2Z18 A;  4WL6 A;  1LYZ A;  5FHW A;  1JJ3 A;  2A7D A;  1IP2 A;  4U3X B;  5IEL A;  2BAA A;  3N9A A;  1B5U A;  1ZMY L;  5LYZ A;  1WQR A;  1DI3 A;  4WLY A;  1GE1 A;  4H9B A;  1LZT A;  2DQG Y;  5I5Q A;  4KL7 A;  4GN3 A;  1KIR C;  1NMM A;  1UAC Y;  4BS7 A;  1DPW A;  4ETD A;  4XN6 A;  4AXT A;  5F81 A;  1LZB A;  2ZIL A;  4J1B A;  4TSB A;  4H9C A;  1LMA A;  1BWI A;  2MEA A;  4MR1 A;  4EOF A;  1CNS A;  4TSC A;  1BB5 A;  1ZVH L;  1H87 A;  1HSW A;  2MED A;  4DD7 A;  5ILF A;  1J1P Y;  4G4B A;  4NGL A;  3W6E A;  1WQO A;  3TXI A;  1IO5 A;  1GBW A;  1IC4 Y;  5LIN A;  2XTH A;  4XJI A;  4YM8 A;  3AJN A;  3LYO A;  4WM2 A;  4RW2 A;  4L41 A;  1DKJ A;  3WXU A;  2EPE A;  4NFV A;  4NEB A;  3TXF A;  1DZB X;  132L A;  1YRO A;  1GF5 A;  1T3P A;  2ZQ3 A;  3A91 A;  2IHL A;  1LSG A;  1F6R A;  4WMG A;  1DKK A;  1QIO A;  3WVX A;  1UIG A;  9LYZ A;  3A93 A;  1EQE A;  4DD1 A;  1NKH A;  4QEQ A;  4J0L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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