3F9LA

Evaulaution at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature sensitive t4 lysozyme mutant arg96-->his
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3f9lA00
1L11A 220LA 205LA 3PDSA 1CX6A 4LZMA 1DYBA 1CUPA 3GUJA 184LA 259LA 3GUMA 3OE0A 1L93A 1D2WA 1NHBA 3V2WA 3FA0A 173LA 1P2LA 2L78A 3PBLA 3HT7A 1P3NA 1L92A 1L13A 3GUIA 1KNIA 1OV5A 1L79A 1L30A 102LA 1L62A 3DKEX 250LA 162LA 2B6ZA 2B6XA 1L50A 1P7SA 256LA 4I7KA 4S0WA 1L06A 1SX7A 4W58A 2OE9X 1C6IA 1L08A 2LZMA 1LPYA 174LA 141LA 1L66A 4LDLA 4I7QA 3CDRA 1C69A 1C60A 4IAPA 139LA 3GUPA 131LA 3DN0A 4I7RA 1I6SA 1CV6A 1C6TA 2B74A 177LA 210LA 1D2YA 4W56A 188LA 172LA 2QB0B 255LA 1CU2A 107LA 1L25A 4EPIA 230LA 1L63A 138LA 1L73A 1L91A 1L53A 213LA 1D3NA 3GUKA 3HUKA 1CX7A 1P64A 1CVKA 1P46A 1L16A 161LA 1L33A 4ZPUA 1L28A 227LA 2LCBA 3HU8A 3HU9A 3K2RA 2B6WA 3DN2A 112LA 169LA 1SX2A 3V2YA 1L86A 1LWKA 3SB8A 1DYDA 1LYFA 1L65A 1L84A 1C6FA 3C7YA 1L82A 181LA 3DN8A 125LA 1L94A 1OYUA 1LGXA 223LA 2F47A 214LA 1L03A 232LA 2NTHA 1L59A 3DN6A 4PJZA 1L95A 1C6AA 1C6GA 228LA 3JR6A 1C6PA 1L0KA 1L17A 1OWZA 4DAJA 1L70A 2A4TA 1L52A 1TLAA 1QUHA 4ARQA 1SSYA 1C6MA 1L21A 1P2RA 1T8GA 1C65A 2B6YA 3EMLA 4AQNA 1L83A 1QT5A 209LA 1L22A 1L71A 2OEAX 1CU3A 104LA 1L58A 3L64A 183LA 1L69A 2RBNA 260LA 1EPYA 3GUOA 1L14A 3DMVA 119LA 1QSBA 3C8QA 1L38A 3RUNA 2Q9DA 4W59A 2B70A 3HH5A 1LLHA 1C63A 225LA 4I7JA 1L18A 185LA 4I7PA 1L00A 1C64A 2RH1A 3HT6A 1L61A 3SB7A 4ARQB 4I7SA 3CDTA 189LA 1QUOA 1C6LA 1L56A 2RBRA 3F9LA 186LA 3G3VA 3HTDA 4W53A 1L39A 3FADA 1L47A 137LA 1L46A 231LA 1LWGA 3L2XA 4EJ4A 127LA 217LA 1KY0A 3HT8A 3RZEA 1P36A 235LA 234LA 1OVHA 1C61A 165LA 257LA 219LA 6LZMA 3SB6A 1G0LA 1L27A 4W57A 237LA 3C8SA 248LA 2F32A 242LA 1LYGA 4I7OA 149LA 113LA 247LA 3HDFA 4DKLA 1P6YA 142LA 3G3WA 1LYHA 4I7NA 4ARPA 1G0PA 2Q9EA 190LA 1L07A 1L99A 110LA 109LA 1SWZA 221LA 191LA 2RB1X 3SB5A 4W52A 1L20A 1L54A 3DN4A 1D3MA 2B73A 1OVJA 243LA 1LYDA 1WTHA 1CTWA 236LA 252LA 1L24A 1LW9A 4GRVA 1LI3A 4EKQA 1XJUA 1L76A 1L10A 1JTNA 120LA 1PQJA 240LA 212LA 180LA 1CU0A 1G1WA 3NYAA 1L36A 1L87A 2RBOA 1L34A 1QTVA 3CDVA 4W51A 1PQKA 1LGUA 1T6HA 1LI2A 2ANVA 2IGCA 1KY1A 1L05A 3CDOA 1C6BA 1SWYA 1L15A 103LA 245LA 1B6IA 2RAYX 1CU6A 3HH4A 1QTHA 246LA 168LA 1L02A 3HWLA 1DYCA 1P5CA 1C6JA 1L26A 1T8FA 1L19A 196LA 1DYAA 226LA 2O7AA 128LA 1G06A 1C6EA 2B7XA 4I7TA 3F8VA 3CDQA 2ANXA 1L64A 262LA 3C7ZA 1T97A 118LA 2RBQA 143LA 195LA 1L04A 140LA 1L42A 3VW7A 148LE 4YXCA 1QS5A 1L89A 1L90A 1L48A 1QTDA 126LA 197LA 147LA 1L74A 1L51A 1L0JA 2RBPA 1L85A 1QT3A 1L31A 1QT4A 2HULA 1ZYTA 3C82A 2OE7X 1L09A 224LA 1L68A 206LA 1T8AA 1L35A 4DJHA 1ZWNA 2RB0X 7LZMA 1DYFA 1G0MA 5I14A 3DMZA 171LA 2LC9A 1G0GA 3SBBC 4YX7C 3QAKA 249LA 3HTFA 1LGWA 2OTYX 182LA 233LA 1QTBA 1L88A 3HT9A 201LA 218LA 2HUKA 1L23A 1L75A 4ARLA 4W55A 1D3JA 1CV4A 1L57A 2B75A 3HUQA 1L97A 3HH3A 1KW7A 1DYGA 1JQUA 261LA 1QUDA 222LA 251LA 3HH6A 1KS3A 175LA 150LA 1OV7A 2HUMA 4K5YA 115LA 1C6DA 211LA 3C83A 241LA 1L67A 1P37A 1C6HA 1LYJA 130LA 2OE4X 3GUNA 145LA 2OTZX 1LYIA 3OE9A 3OE8A 1D9WA 1CV0A 1QTCA 4W54A 1PQOA 4ARJA 1KW5A 159LA 3OE6A 254LA 1L98A 2OU9A 244LA 1QSQA 1CV1A 2RAZX 4YXAC 3G3XA 122LA 164LA 1D3FA 1L32A 1L81A 156LA 3SB9A 2QARC 1G0JA 4I7MA 1C6NA 1G1VA 1XEPA 1L60A 1QT6A 158LA 2O79A 146LA 4ARMA 2B6TA 1L44A 4EXMA 3ODUA 1K28A 1ZURA 4GBRB 4LDOA 1G0QA 1L96A 2B72A 152LA 4PK0A 1OVKA 1L80A 3HUAA 3C7WA 1C67A 1L43A 4EKRA 160LA 3DN1A 1C6CA 1L29A 1QS9A 1SSWA 187LA 200LA 157LA 1L40A 3D4SA 199LA 4LDEA 3DNAA 3C80A 229LA 3C8RA 2NTGA 1XJTA 258LA 1QT7A 1C68A 1QT8A 4EKSA 198LA 2OU8A 3C81A 3DN3A 1L12A 1CV3A 1QUGA 163LA 2O4WA 4ARMB 1DYEA 1C6QA 1L55A 192LA 3FI5A 1L77A 1C6KA 2RB2X 111LA 1L45A 178LA 108LA 114LA 3LZMA 1CU5A 167LA 3SBAA 1PQIA 3SN6R 4EPFA 215LA 1L01A 144LA 1LYEA 239LA 4EKPA 170LA 1C62A 1CV5A 1C66A 2RBSA 2Z6BA 151LA 3NY8A 3UONA 3GULA 216LA 4OO9A 4E97A 1L41A 1CUQA 2CUUA 129LA 1LI6A 1L72A 1QTZA 155LA 3HTBA 238LA 3NY9A 4I7LA 253LA 3HTGA 1PQMA 1L49A 123LA 2OU0X 1L37A 3HDEA 1P56A 5LZMA 1JTMA 1G07A 1OWYA 2F2QA 176LA 1G0KA 166LA 1PQDA 3DMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C8OA 3LYOA 4XENA 3EBAB 3F6ZA 5KXYA 3OE0A 4D9ZA 1GDXA 3CSQA 3HBEX 1GFAA 1BGIA 1DKKA 2L78A 1L13A 4NSGA 1PS5A 1OV5A 3LN2A 1L62A 1W6ZA 1GF6A 1JJ0A 1B5VA 5E9RA 256LA 1RI8B 2ZIJA 4W58A 1C6IA 1HFYA 2EPEA 4LDLA 1XEJA 2BQHA 1C69A 2XJWA 5FELA 1LMQA 4I7RA 4NHTA 1IOQA 1IP3A 1C6TA 2B74A 4PGJB 188LA 1NMMA 4HTQA 4BADA 5I4YA 1W08A 4EMNA 4CGEA 138LA 5D5CA 1L53A 4LT0A 4WM3A 1CX7A 5B59A 1GBSA 4GCDA 1CVKA 2IFFY 1L16A 1YQVY 1L33A 1BWHA 1FLWA 3K2RA 2B6WA 2HU1A 169LA 2DQDY 1LWKA 4YENA 2LZTA 4LYOA 1L84A 1L82A 125LA 1CJ9A 2F47A 4NIJA 1LYYA 3FE0A 1GAYA 3DN6A 4PJZA 1C6AA 1LYZA 2LHMA 5KXZA 4DAJA 4W96A 2A4TA 1TLAA 4ARQA 1GFGA 5I53A 1NQIA 4J1BA 5DN5A 3CT1A 3EMLA 1L83A 1QT5A 4HJYA 3W6EA 1EPYA 1B5WA 153LA 1DQJC 1UICA 1QSBA 5LYZA 2Y8PA 1LZTA 1B5YA 1HFZA 1L38A 1GFVA 2D4KA 4W59A 3AB6A 2GV0A 132LA 4GCBA 4WLDA 1C63A 1L18A 4I7PA 3SB7A 3HT6A 1C64A 4BAPA 4HSFA 1ZVHL 4HJZA 3HTDA 4TSCA 4G4BA 1C46A 4N5RA 231LA 3WMKA 1VATA 1WQPA 1IP5A 217LA 3A91A 1HMKA 3RZEA 235LA 3WVXA 219LA 1G0LA 1LYGA 149LA 2CJLA 4DKLA 4FDYA 1P6YA 4XJFA 1QQYA 5K7OA 2Q9EA 3AYQA 190LA 1L07A 1LZEA 2CDSA 109LA 1IP4A 1SWZA 221LA 1LSFA 4PHIA 1HFXA 4W52A 4ETBA 1J1OY 2Z12A 3DN4A 1D3MA 2B73A 252LA 1LW9A 3N9EA 4XN6A 4WM5A 212LA 1CU0A 1IX0A 1LJFA 3NYAA 1NBYC 1L36A 1ALCA 1L87A 1QTVA 2LYZA 3D9AC 2HEDA 4W51A 1SLYA 5LVHA 3LZTA 5EBHA 1HNLA 103LA 1LTMA 3WU8A 1UIBA 4RLNA 1CU6A 1UA6Y 1IVMA 1QTHA 5LVGA 168LA 3HWLA 1FKVA 1P5CA 1C6JA 1OUHA 4NGIA 2X0AA 1I56A 2ANXA 3C7ZA 143LA 195LA 4DQ7A 1IWXA 1L04A 1L42A 1JITA 2I6ZA 1UUZC 1LZRA 4YXCA 4NHSA 5F16A 147LA 4A7DA 1L85A 1QT3A 1QT4A 2HULA 206LA 2I25L 1KXYA 4H9IA 4G9SA 2LC9A 5C6LA 5KJ9A 1VEDA 3SBBC 1D0MA 1F6RA 5APCA 5A3ZA 2MEGA 182LA 5KXSA 1L88A 201LA 1CV4A 1L57A 1XSFA 2B75A 3HUQA 1LPIA 3HH3A 1KW7A 1DYGA 4NHPA 1LSEA 251LA 3HH6A 1O23A 1C6DA 1J1PY 1LZ9A 241LA 3FI7A 2Z2EA 1C6HA 1C7PA 3K3TA 2Q0MX 2OE4X 145LA 2C8PA 1LYIA 3OE9A 1D9WA 4W54A 4NGVA 4WLXA 4H9CA 2OU9A 4OWHA 4GCEA 244LA 5FDJA 4NSJA 5C6IA 2RAZX 1D9UA 3A3RX 1XGUC 1D3FA 5L9JA 156LA 2FBBA 1QT6A 1AM7A 2O79A 2BQIA 1NHEA 3EMSA 1LJ3A 3ODUA 1P2CC 2MEDA 2B72A 1L80A 3HUAA 4WM4A 1C67A 4NGZA 1EQ4A 200LA 157LA 1L40A 3C80A 1LSPA 3W3EA 1C68A 1QT8A 5KXOA 3BKVA 4EKSA 1YIKA 198LA 3C81A 3DN3A 2W1LA 1BB4A 2O4WA 1IC7Y 4ARMB 1FBIX 1L55A 4XJBA 4QGZA 5E4PA 1JTPL 1L45A 108LA 4H92A 4XJIA 114LA 8LYZA 3CT5A 5HNLA 1PQIA 2F4GA 3SN6R 4EPFA 1CNSA 4H9HA 4EKPA 1C62A 1C66A 4PPOA 1LMTA 2BLXA 5KY1A 4FJRA 1JPOA 1GBOA 3UONA 4LYTA 2ZWBA 4E97A 1H6MA 1LZNA 4WLYA 5I54A 5LINA 5LVJA 2CUUA 4IATA 4TX7A 2MEBA 1JKDA 4KL7A 1LJHA 253LA 1LMOA 1L49A 123LA 1IEEA 1VDPA 1LSNA 1BB3A 3N9AA 1OWYA 1PQDA 1OUAA 1L11A 205LA 3PDSA 1GF4A 1QDTA 4LZMA 2W1YA 2YBNA 2ZYCA 3GUJA 1OP9B 3GUMA 2BQNA 1D2WA 1UIEA 2HEFA 4B4JA 3PBLA 1IY4A 1L92A 3TMXA 3GUIA 1L79A 5B06A 2EIZC 5DM9A 250LA 3CSRA 2B6ZA 2B6XA 2XBSA 1G7MC 1P7SA 4I7KA 1JIYA 1LJIA 174LA 141LA 1L66A 4HP0A 2I26L 1C60A 3RU5A 139LA 3GUPA 4BAFA 4IASA 1I6SA 177LA 1B7SA 3AJNA 1GB9A 2BQDA 1CKGA 3W6AA 1L25A 4EPIA 1OUJA 3W6BA 230LA 1FKQA 1L63A 1LZ5A 1B7OA 213LA 1GXXA 1B2KA 4DD7A 1XEIA 4ZFPA 4LFXA 1P64A 1P46A 3A94A 4OWEA 4KXIA 4HV2A 227LA 193LA 4NSHA 3HU9A 112LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2C8O A;  3LYO A;  4XEN A;  3EBA B;  3F6Z A;  5KXY A;  3OE0 A;  4D9Z A;  1GDX A;  3CSQ A;  3HBE X;  1GFA A;  1BGI A;  1DKK A;  2L78 A;  1L13 A;  4NSG A;  1PS5 A;  1OV5 A;  3LN2 A;  1L62 A;  1W6Z A;  1GF6 A;  1JJ0 A;  1B5V A;  5E9R A;  256L A;  1RI8 B;  2ZIJ A;  4W58 A;  1C6I A;  1HFY A;  2EPE A;  4LDL A;  1XEJ A;  2BQH A;  1C69 A;  2XJW A;  5FEL A;  1LMQ A;  4I7R A;  4NHT A;  1IOQ A;  1IP3 A;  1C6T A;  2B74 A;  4PGJ B;  188L A;  1NMM A;  4HTQ A;  4BAD A;  5I4Y A;  1W08 A;  4EMN A;  4CGE A;  138L A;  5D5C A;  1L53 A;  4LT0 A;  4WM3 A;  1CX7 A;  5B59 A;  1GBS A;  4GCD A;  1CVK A;  2IFF Y;  1L16 A;  1YQV Y;  1L33 A;  1BWH A;  1FLW A;  3K2R A;  2B6W A;  2HU1 A;  169L A;  2DQD Y;  1LWK A;  4YEN A;  2LZT A;  4LYO A;  1L84 A;  1L82 A;  125L A;  1CJ9 A;  2F47 A;  4NIJ A;  1LYY A;  3FE0 A;  1GAY A;  3DN6 A;  4PJZ A;  1C6A A;  1LYZ A;  2LHM A;  5KXZ A;  4DAJ A;  4W96 A;  2A4T A;  1TLA A;  4ARQ A;  1GFG A;  5I53 A;  1NQI A;  4J1B A;  5DN5 A;  3CT1 A;  3EML A;  1L83 A;  1QT5 A;  4HJY A;  3W6E A;  1EPY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2C8O A;  3LYO A;  4XEN A;  3EBA B;  3F6Z A;  5KXY A;  3OE0 A;  4D9Z A;  1GDX A;  3CSQ A;  3HBE X;  1GFA A;  1BGI A;  1DKK A;  2L78 A;  1L13 A;  4NSG A;  1PS5 A;  1OV5 A;  3LN2 A;  1L62 A;  1W6Z A;  1GF6 A;  1JJ0 A;  1B5V A;  5E9R A;  256L A;  1RI8 B;  2ZIJ A;  4W58 A;  1C6I A;  1HFY A;  2EPE A;  4LDL A;  1XEJ A;  2BQH A;  1C69 A;  2XJW A;  5FEL A;  1LMQ A;  4I7R A;  4NHT A;  1IOQ A;  1IP3 A;  1C6T A;  2B74 A;  4PGJ B;  188L A;  1NMM A;  4HTQ A;  4BAD A;  5I4Y A;  1W08 A;  4EMN A;  4CGE A;  138L A;  5D5C A;  1L53 A;  4LT0 A;  4WM3 A;  1CX7 A;  5B59 A;  1GBS A;  4GCD A;  1CVK A;  2IFF Y;  1L16 A;  1YQV Y;  1L33 A;  1BWH A;  1FLW A;  3K2R A;  2B6W A;  2HU1 A;  169L A;  2DQD Y;  1LWK A;  4YEN A;  2LZT A;  4LYO A;  1L84 A;  1L82 A;  125L A;  1CJ9 A;  2F47 A;  4NIJ A;  1LYY A;  3FE0 A;  1GAY A;  3DN6 A;  4PJZ A;  1C6A A;  1LYZ A;  2LHM A;  5KXZ A;  4DAJ A;  4W96 A;  2A4T A;  1TLA A;  4ARQ A;  1GFG A;  5I53 A;  1NQI A;  4J1B A;  5DN5 A;  3CT1 A;  3EML A;  1L83 A;  1QT5 A;  4HJY A;  3W6E A;  1EPY A; 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