3FI5A

Crystal structure of t4 lysozyme mutant r96w
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRWCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fi5A00
3OE8A 1L47A 4YXAC 4ARQA 2ANVA 217LA 146LA 4ZPUA 3HU9A 241LA 1C6CA 150LA 2RAZX 1L89A 1T97A 2CUUA 1G06A 239LA 242LA 1L46A 3HDFA 1C6JA 1KS3A 125LA 1G0GA 4EKSA 236LA 1L18A 1C6QA 161LA 1L62A 1L51A 3EMLA 261LA 3OE6A 1L41A 3HTBA 212LA 221LA 3HTDA 1CU2A 168LA 4ARLA 1QT6A 3C81A 1L50A 1CV4A 1L69A 1L95A 1LI2A 3C8RA 1CV5A 2RBNA 1QS5A 3HH5A 3DNAA 5I14A 2Q9EA 3FA0A 1CUQA 211LA 250LA 1L93A 1L54A 3GUJA 3F9LA 3NY8A 1G0JA 1XJUA 230LA 3VW7A 1L28A 1L66A 1C6TA 238LA 2OE9X 4LZMA 175LA 2RB0X 4DKLA 1P7SA 1QTHA 4EKRA 4I7LA 3NYAA 2RBPA 1C6BA 1L19A 137LA 1SSYA 1QTVA 1L35A 1C6LA 1L05A 1KY0A 4EPFA 128LA 1G0QA 231LA 4W53A 1PQMA 2LCBA 3HU8A 181LA 1QUDA 190LA 1CUPA 1L44A 1QS9A 253LA 1L72A 214LA 235LA 1L14A 2QARC 4K5YA 1JTNA 192LA 3SB5A 1L65A 4LDEA 1L04A 2L78A 209LA 1G0PA 1P64A 4W55A 1P3NA 1D2WA 3L2XA 1L29A 1PQKA 107LA 1K28A 1DYCA 3CDVA 4LDLA 3K2RA 1QT3A 3SB9A 1D2YA 1L26A 1L86A 1PQDA 2QB0B 3G3VA 1C6PA 1L12A 152LA 1L45A 3C8SA 1L90A 1L02A 1C6IA 1L57A 3SB6A 1L94A 1P6YA 1DYGA 2RBSA 142LA 2RBRA 3GUIA 3DN3A 129LA 141LA 1QTZA 1C6AA 1ZURA 2RH1A 1QUOA 2HULA 248LA 3GUOA 1LYHA 166LA 201LA 1L98A 1L23A 2LC9A 157LA 1C60A 1CU6A 1L68A 2F47A 3DN1A 2B6YA 1OVJA 1L08A 3G3XA 1L67A 115LA 156LA 167LA 1DYAA 1L87A 3C82A 3G3WA 4I7RA 148LE 199LA 1P46A 1QT7A 2O79A 1L64A 2Z6BA 1DYFA 1D3NA 3C7YA 2B73A 3QAKA 1L83A 189LA 1L48A 4W58A 1L53A 1OWZA 1P2LA 1L06A 1G07A 180LA 1OWYA 1C66A 4I7KA 108LA 4W56A 4I7JA 1L07A 1CU0A 1LYEA 1KY1A 3HWLA 2RB2X 1L77A 2O7AA 3DN4A 1KW7A 1LWGA 2B6ZA 1XJTA 1OVKA 1CV6A 3LZMA 4ARMA 1LGUA 4I7PA 4IAPA 1CU3A 1C67A 4I7QA 1L85A 1QT4A 237LA 174LA 1G1VA 1JTMA 1DYDA 229LA 3DKEX 4LDOA 3F8VA 4EKQA 1OV5A 1T8FA 1G0MA 1L39A 4EXMA 1L24A 1B6IA 4I7NA 170LA 1L17A 2ANXA 1NHBA 1C6DA 1QSQA 1LYJA 1L16A 1SWYA 3HH3A 177LA 1L97A 1D9WA 210LA 4YXCA 3CDQA 131LA 223LA 243LA 2LZMA 3DN8A 3GUNA 4W57A 1P56A 7LZMA 2RBOA 3D4SA 3RUNA 1L75A 1L59A 126LA 158LA 143LA 1SX2A 1ZWNA 200LA 3HUQA 258LA 1L0KA 218LA 3CDOA 3HT7A 2IGCA 1PQJA 1TLAA 1CX6A 184LA 183LA 1LPYA 4E97A 164LA 3V2WA 1G1WA 244LA 3PBLA 3SB8A 213LA 1OVHA 120LA 1L80A 3NY9A 185LA 3PDSA 3C83A 251LA 3GULA 1L15A 163LA 3HTGA 1LW9A 1CX7A 2Q9DA 197LA 1L31A 246LA 1I6SA 1QTBA 1L37A 3CDTA 3SB7A 103LA 1L76A 1L13A 162LA 2RBQA 3OE0A 195LA 4PJZA 112LA 144LA 1P36A 6LZMA 151LA 4DAJA 123LA 187LA 1L49A 2OE7X 256LA 1PQIA 111LA 1L30A 1LI3A 159LA 1L40A 130LA 173LA 206LA 3GUMA 4I7MA 262LA 172LA 149LA 1QT5A 1SSWA 3HUAA 1SWZA 4DJHA 198LA 110LA 1ZYTA 2B6TA 1EPYA 3HT9A 4YX7C 227LA 3HUKA 1L43A 3OE9A 1C69A 3JR6A 1C62A 3ODUA 2B75A 1L82A 2A4TA 1L32A 1L73A 2NTHA 2NTGA 1CTWA 1L34A 215LA 1C61A 1QUGA 1C6MA 1L74A 2B7XA 1P2RA 118LA 1LI6A 2RAYX 3L64A 240LA 114LA 1QTCA 1CVKA 1C63A 1L88A 1QT8A 260LA 1L92A 2B74A 1LYFA 3SBBC 2O4WA 186LA 160LA 182LA 259LA 1C68A 2OTYX 139LA 147LA 1XEPA 3C80A 1L58A 1D3MA 1L81A 4EKPA 1L22A 1LYDA 165LA 1KNIA 1L63A 1CV3A 1CV0A 1LGWA 226LA 169LA 4GRVA 252LA 1QTDA 2B70A 224LA 247LA 1L0JA 1L27A 4I7SA 1LLHA 233LA 4W51A 3C8QA 3SN6R 216LA 171LA 3DN6A 1L55A 191LA 2F2QA 3FADA 145LA 1DYEA 1G0LA 1L79A 1OV7A 228LA 249LA 1G0KA 2RB1X 3DMZA 2OE4X 1D3FA 1L70A 220LA 225LA 4EPIA 122LA 4PK0A 4ARJA 4W59A 255LA 3HH4A 1C6HA 127LA 1P5CA 178LA 1JQUA 1SX7A 1C6GA 1C64A 2OTZX 1T8GA 3V2YA 1L99A 4AQNA 113LA 1L20A 1T6HA 4W52A 4ARPA 4ARQB 3HH6A 1PQOA 1L01A 1C6NA 2OU8A 138LA 3RZEA 1L56A 1C65A 3UONA 1D3JA 257LA 3C7ZA 155LA 1C6FA 4OO9A 219LA 4S0WA 4EJ4A 140LA 109LA 2OU9A 4I7OA 3DN2A 1WTHA 1L09A 3HT6A 1LGXA 3FI5A 1L38A 5LZMA 1L71A 3DMXA 1L84A 1L21A 1C6KA 1QSBA 1L11A 3HDEA 2B72A 4GBRB 3GUKA 1CU5A 234LA 1L91A 3HT8A 3DMVA 1L52A 2OU0X 1L33A 1L61A 1KW5A 4ARMB 3DN0A 119LA 1LYIA 104LA 1DYBA 1L03A 188LA 3CDRA 1T8AA 205LA 2HUMA 196LA 3HTFA 1L25A 2OEAX 1L60A 1L96A 2B6WA 176LA 1QUHA 1L36A 1C6EA 3SBAA 232LA 254LA 2F32A 1L10A 1L00A 4I7TA 2B6XA 3GUPA 102LA 1P37A 1L42A 3C7WA 1LYGA 245LA 1CV1A 222LA 4W54A 1LWKA 2HUKA 1OYUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OE8A 1LJ4A 2Q0MX 2MEHA 1EL1A 3WYHA 4ARQA 2ANVA 4CFOA 2H9KA 146LA 1IVMA 1B7LA 1C6CA 2BAAA 1L89A 1QDRA 1ZMYL 1LMCA 4DQ5A 239LA 4WM3A 3HDFA 2BQFA 3A95A 1G0GA 236LA 1LZDA 161LA 4WL6A 5HMVA 3EMLA 2FYDA 2YBHA 4OOTA 5FSTA 4GLVA 1LPIA 3TMVA 3C81A 1VFBC 1LSDA 1JKDA 1B7PA 1HEMA 1L95A 2RBNA 1GFEA 3TXFA 3DNAA 1REMA 5L9JA 3BKVA 5APCA 3LYZA 2Z38A 1B5XA 3LYMA 1C6TA 3N9CA 2OE9X 2DQCY 4FDYA 4HTNA 4HJYA 1OUEA 2Z12A 4EKRA 4NSJA 1HFZA 2W1MA 2Z37A 2HU3A 1C43A 1KY0A 4MCKA 4EPFA 4I0CA 128LA 2ZQ4A 1G0QA 231LA 1XGTC 208LA 2GV0A 1JHLA 5KXRA 1PQMA 1LJFA 1CUPA 253LA 5M1YA 1L72A 235LA 3WPLA 1EQEA 1JTNA 4H9AA 3RZ4A 1BB3A 192LA 1NDMC 4PJ2C 1GF9A 2XQOA 4BAPA 1V7TA 4DYGA 2L78A 1D6PA 4J1BA 5B05A 1TDYA 3TMWA 1VEDA 1D2WA 1BB7A 1W6ZA 1L29A 4IJ4A 5IDDA 1ZVHL 3CDVA 4LDLA 3K2RA 1GE1A 1KXYA 4H8ZA 1IP2A 1D2YA 1PQDA 5KXTA 9LYZA 1HERA 3G3VA 1REZA 3TMXA 1L45A 4DT3A 1L90A 4N1CC 2D6BA 1QUTA 1L57A 5KKIA 3AW7A 2RBSA 1LHHA 4NY5A 4GN3A 4O34A 2HULA 1C7PA 3WUNA 4QY9A 201LA 6LYTA 3A3QA 1C60A 1OUFA 1VDTA 4LYMA 2B6YA 4X3BA 1OVJA 4J1AA 4R6CA 156LA 3C82A 3VWOA 148LE 1QT7A 4QGZA 1OUIA 2O79A 5LYMA 4HSFA 2RSCA 1D0MA 1CKCA 1L83A 4W58A 1L53A 180LA 1C66A 108LA 4R0FA 1LSZA 3G3BB 1L77A 2O7AA 1KW7A 1FLYA 1GFTA 1DI5A 5LVKA 1XEIA 1TAYA 3LZMA 4ARMA 2HEDA 1G1VA 3DKEX 3GXKA 3LYTA 1IWTA 1G0MA 4EXMA 1FLQA 1LSMA 1L24A 4LYOA 4YOPA 2ANXA 4H9HA 1C6DA 1D9WA 1OP9B 5KXPA 1GFGA 1YAQA 3DN8A 4RDSA 3GUNA 3D4SA 1GBXA 158LA 1RCMA 1DPWA 1L0KA 218LA 1HMLA 5HMJA 4P2EA 2LYMA 1LHJA 1BQLY 1TLAA 2DQIY 164LA 3V2WA 5E4PA 5IHGA 5LIOA 1LW9A 4LYZA 4N8ZA 3A91A 1I6SA 1L37A 3TXDA 1IP5A 4II8A 3OE0A 4PJZA 4NGLA 1QSWA 1LZAA 3QE8A 123LA 1L49A 2OE7X 256LA 1PQIA 4GCEA 3W6CA 4Z98A 1DKJA 4DDBA 2A7DA 1D9UA 206LA 2DKVA 1FBIX 1NBZC 4CJ2A 172LA 4DJHA 1YANA 5KKJA 198LA 1ZYTA 3HT9A 4YX7C 2CWIA 5LVIA 4PHIA 2Z39A 1T6VL 3JR6A 4B1AA 2A4TA 1L32A 1LMTA 1L73A 2VB1A 2NTGA 1KXXA 3HBDA 215LA 1P2RA 1REYA 118LA 1GWDA 1GF7A 1LCNA 1DI4A 4W96A 1CVKA 1L92A 3A67Y 1BHZA 4N5RA 4WLTA 2B74A 4DD9A 2O4WA 186LA 182LA 1H87A 3C80A 1F0WA 1UIHA 3A8ZA 1B7RA 5E9RA 1HF4A 3RNXA 1QTDA 4QDNA 1L27A 4PPOA 3A90A 4IASA 4M6DA 3SN6R 3P66A 171LA 1L55A 3CT0A 4LYCA 1G0KA 225LA 5LXWA 255LA 1C6HA 127LA 1P5CA 2FBBA 178LA 1JQUA 5KXNA 1GDXA 2YBNA 4NGYA 5EBHA 3V2YA 113LA 1IC4Y 4ARQB 1C6NA 1L56A 5A3EA 1IWUA 4OO9A 1C6FA 4S0WA 219LA 1LHMA 4EJ4A 1BWHA 2OU9A 5C6JA 4I7OA 1L09A 3P64A 3FI5A 132LA 3DMXA 5HNCA 2H9JA 1QSBA 5KXSA 3HFMY 2B72A 4GBRB 1OUBA 1CU5A 3DMVA 1GF8A 2OU0X 1I1ZA 1QTEA 1LZ9A 4KT3A 1IY3A 3DN0A 2B5ZA 119LA 1B7QA 1L03A 1T8AA 4TUNA 2D4JA 2B6WA 1HSXA 1C6EA 1A4VA 2BQBA 1IWZA 2ZNXY 232LA 254LA 1LZYA 2FBDA 3GUPA 1P37A 3WH1A 2I6ZA 4WM6A 4TSBA 2DQJY 2HUKA 1L47A 4EOFA 4L41A 3BKHA 4ZPUA 2MEBA 4H8XA 4GCFA 4WM4A 5I4WA 1LMNA 8LYZA 2HEEA 5DN4A 242LA 4NG8A 1L46A 1C6JA 1KS3A 125LA 1JKCA 4EKSA 1NHEA 5KXYA 1IY4A 1L51A 1GE3A 3OE6A 212LA 3HTDA 168LA 4I8SA 5KXOA 1GFAA 2ZYCA 3P68A 5KXWA 1QS5A 3OJPA 1BVKC 5I14A 4LT2A 2MEAA 4HPIA 1L54A 4LFXA 3GUJA 1NQIA 4ETAA 4NSGA 3F9LA 3F6ZA 1LZSA 1WQOA 230LA 1L28A 238LA 2RB0X 4DKLA 5F14A 1QTHA 3WXUA 1KIQC 2G4QA 2RBPA 4RW1A 1L19A 1YKYX 1NMMA 3J6KA 1C6LA 4ETDA 1G7HC 4B49A 1MLCE 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OE8 A;  1LJ4 A;  2Q0M X;  2MEH A;  1EL1 A;  3WYH A;  4ARQ A;  2ANV A;  4CFO A;  2H9K A;  146L A;  1IVM A;  1B7L A;  1C6C A;  2BAA A;  1L89 A;  1QDR A;  1ZMY L;  1LMC A;  4DQ5 A;  239L A;  4WM3 A;  3HDF A;  2BQF A;  3A95 A;  1G0G A;  236L A;  1LZD A;  161L A;  4WL6 A;  5HMV A;  3EML A;  2FYD A;  2YBH A;  4OOT A;  5FST A;  4GLV A;  1LPI A;  3TMV A;  3C81 A;  1VFB C;  1LSD A;  1JKD A;  1B7P A;  1HEM A;  1L95 A;  2RBN A;  1GFE A;  3TXF A;  3DNA A;  1REM A;  5L9J A;  3BKV A;  5APC A;  3LYZ A;  2Z38 A;  1B5X A;  3LYM A;  1C6T A;  3N9C A;  2OE9 X;  2DQC Y;  4FDY A;  4HTN A;  4HJY A;  1OUE A;  2Z12 A;  4EKR A;  4NSJ A;  1HFZ A;  2W1M A;  2Z37 A;  2HU3 A;  1C43 A;  1KY0 A;  4MCK A;  4EPF A;  4I0C A;  128L A;  2ZQ4 A;  1G0Q A;  231L A;  1XGT C;  208L A;  2GV0 A;  1JHL A;  5KXR A;  1PQM A;  1LJF A;  1CUP A;  253L A;  5M1Y A;  1L72 A;  235L A;  3WPL A;  1EQE A;  1JTN A;  4H9A A;  3RZ4 A;  1BB3 A;  192L A;  1NDM C;  4PJ2 C;  1GF9 A;  2XQO A;  4BAP A;  1V7T A;  4DYG A;  2L78 A;  1D6P A;  4J1B A;  5B05 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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