3G3AB

Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
127
structure length
126
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Variable lymphocyte receptor VLRB.2D
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Petromyzon marinus
total genus 46
structure length 126
sequence length 127
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3g3aB00
1GB2A 3AZ6A 4LT3A 4J0LA 1CJ6A 1LZGA 1GHLA 3AYQA 3M18B 4MR1A 4WG1A 5LINA 1LZEA 1BVXA 1IVMA 5L3HA 3AZ5A 1BWHA 1O23A 1UA6Y 3AZ7A 4KPMA 1G7IC 1DI4A 4NGVA 4XN6A 1J1XY 3WPKA 2MEHA 4DC4A 1JUGA 133LA 4B0DA 4QDNA 1LZ1A 1LSMA 1QQYA 1JWRA 1PS5A 2DQCY 3W6FA 1NDGC 2DKVA 1C43A 1HERA 4XJFA 1LSPA 1LZNA 4ZIXA 2W1XA 4AGAA 1LZRA 4WM1A 4NHSA 5IHGA 1GFAA 1LMAA 1WQQA 3IJVA 5LIOA 1GFHA 1GB5A 2EQLA 3HBHA 3B72A 5II3A 4H9CA 1LSFA 5HLLA 1B7OA 4UWNA 2BQEA 3AW6A 1AKIA 3ZEKA 3LYOA 3P65A 2RSCA 6LYZA 4WO9A 1DZBX 3W6AA 4HPIA 4WG7A 4OOOA 1RI8B 1YQVY 5I5QA 5KXPA 3TXKA 2HEAA 4TSCA 1WTMA 4WM2A 1KIPC 3LYZA 1LJHA 1LZYA 1CKCA 5I4XA 4PRQA 1UIEA 1HELA 5LAFA 1JJ3A 1GE3A 1TEWA 1JSFA 5HNLA 2ZIJA 4LYMA 2ZILA 154LA 2HEFA 2NWDX 4ETAA 1WVUA 4NSJA 3A96A 5IELA 1FN5A 2Q0MX 4ETDA 1LYYA 1LMPA 1LTMA 5APEA 1UACY 4OWBA 3A94A 5F14A 3N9EA 3K3TA 5KXSA 5KXMA 1LYSA 4H9IA 2DQJY 4HSFA 9LYZA 1IP1A 1XEIA 3LZ2A 4H93A 2Y8PA 2ZWBA 4DYGA 3TXIA 1AM7A 1IO5A 4OWCA 4TUNA 2DQDY 1F10A 1GBWA 1GEVA 3TMXA 1GB3A 4HTNA 1LSAA 4CFOA 1DQJC 4G4BA 4LT0A 4EOFA 3TMVA 1YAMA 1T6VL 2B5ZA 2LYOA 1GFTA 1YKYX 1LSCA 1BB3A 1JISA 1YAPA 1IR9A 1ZVYB 2DQFC 4C3WA 1OUCA 2Z2FA 5D5CA 1YAQA 1VAUA 4LYBA 2Z19A 4OOTA 4RW1A 1JKAA 4XJBA 5T3FA 1B9OA 4OWHA 5KXLA 1FBIX 5KXRA 5LYMA 1WQRA 2BQMA 1GB8A 2EKSC 4GLAA 1GWDA 2Z37A 1B7NA 2DQGY 1LZ8A 1IWWA 2HU1A 1LZDA 1B5XA 1GFRA 1YL1X 1UICA 2BQAA 1WVVA 2Z2EA 4II8A 4OWEA 1HENA 2Z12A 4NHIA 3IWRA 4YOPA 4ETCA 1LZAA 2ZYCA 2BQJA 2EPEA 1IWTA 2F4AA 1GBSA 1IOCA 2D4IA 4HTQA 2D4KA 1WQPA 2ZYPA 3B6LA 1QUSA 5APFA 1JJ0A 1JIYA 2MEAA 4GCEA 1IWZA 4HP0A 1LHLA 1GFUA 1D0KA 5DLAA 1BB4A 1MLCE 3WVYA 4XJIA 1IWXA 2BQBA 1DPWA 2D4JA 3T6UA 5I4WA 5FELA 1HFZA 2CWIA 2BQFA 1HSWA 2C8OA 1LOZA 1WQMA 1DPXA 2XTHA 2XBRA 1B5VA 4GCCA 3AZ4A 1GFEA 2FBBA 5KJ9A 3WPLA 1FKVA 4LYTA 1REXA 5LA8A 4H9EA 1LYZA 2A7FA 1DI3A 1OUIA 4NSHA 3WUAA 1GAYA 2YVBA 5DM9A 1LZBA 1GFVA 1HMLA 4XENA 4NY5A 4BAFA 1LSYA 1CJ9A 1B5UA 4NGIA 1IC5Y 1SLYA 4GN3A 1FKQA 1Z55A 1UIBA 1JHLA 4H90A 1IP2A 1IR8A 3TXHA 3RW8A 1VDPA 4H9HA 5E9RA 5KY1A 1REMA 4ET8A 1AT5A 4NSGA 3A8ZA 3CT5A 2HU3A 5KXOA 1HEQA 1RCMA 2CJLA 4HPEA 1LSNA 2FBDA 2VB1A 3ATOA 1B7LA 1ZMYL 1GAZA 1LJGA 1NQIA 2BAAA 1INUA 194LA 1IORA 1HSXA 2DQEY 4LT1A 4XJDA 2LYZA 1C08C 4GCDA 5FEKA 1CKGA 3BKVA 3CT0A 3WW5A 4B4IA 1IC4Y 1KXYA 5ILCA 1WQNA 1YANA 4WO6A 2W1YA 4QGZA 5HNCA 207LA 4N9RA 4PRUA 4LT2A 193LA 4WM3A 4NG8A 1NHEA 2N5ZA 1GE0A 1CKHA 3J4GA 4KL7A 1LMQA 4WLXA 3RU5A 5J7CA 1YILA 2MEFA 3WU9A 1TCYA 4IASA 5C6IA 4DD1A 1GE2A 1GEZA 1YL0X 1G7MC 2BLXA 4WM4A 2H5ZA 3GXRA 4NGKA 1HHLA 4HV1A 1HMKA 1LHKA 4ANRA 2YDGA 3WYHA 4G9SA 3B0IA 1B7SA 4WMGA 2BQLA 3P4ZA 1BB6A 5D5FA 4YM8A 4TWSA 4W96A 1GBZA 4DD3A 1GF7A 5A3ZA 1UUZC 4XADA 4I8SA 4J1AA 3AB6A 4WM5A 5FCPA 4KXIA 134LA 5LYTA 1C46A 1LJFA 2Z38A 5KXKA 2BQGA 4NWEA 5KKIA 4N1CC 1IP3A 4Z41A 1XGTC 1TAYA 1ALCA 4A7DA 1DKJA 1G7LC 3RNXA 3TXFA 1LJKA 3WUNA 1HEOA 1IY3A 1KXXA 1LKRA 2PC2A 4WL7A 3AJNA 1OUDA 1VDQA 3A3QA 3A34A 2MEDA 4LFPA 4WL6A 2BQNA 1V7SA 4GN5C 1OUBA 4N5RA 1NMMA 3EMSA 5LVGA 5EBHA 1T3PA 2CGIA 1OQMA 4W94A 5LAGA 3W6EA 2F2NA 1AT6A 1B7QA 1LMCA 1LYOA 3N9AA 1QTKA 1GB6A 2MEGA 4CJ2A 3QY4A 1GF0A 3CT1A 4HJVA 1B7RA 4R0FA 4H9AA 3WUMA 2DQHY 4NGLA 5F16A 5ILFA 1GE4A 2YBHA 1VATA 3BKHA 1GB9A 1GF3A 3D9AC 1CJ7A 1JKBA 3QNGA 1TDYA 3AGIA 5F81A 1IWUA 4AXTA 1JSEA 4B4EA 1OUEA 1CJ8A 1LPIA 1UBZA 1XGQC 1BQLY 1LCNA 2LZ2A 4H8XA 4J1BA 4DDAA 3D3DA 1GB7A 1LSDA 2F4GA 1OUFA 4ETEA 4CGEA 4YEOA 1D6PA 1REYA 4H8YA 5HMJA 1LMOA 4NHTA 4O34A 1IR7A 4GCFA 4L41A 5KXYA 5KXNA 2BQKA 5B05A 4C5FA 5K7OA 2BQCA 1D9UA 2H9JA 1XSFA 1SQ2L 1B0DA 2GV0A 3WULA 4NWHA 1IP4A 1NWGA 1OUAA 5HQ1A 1GXXA 1LZTA 3B0OA 1LJ4A 1LSGA 3B0KA 3GXKA 4PGJB 1KIQC 4QEQA 1JTOL 1LHHA 1W6ZA 4R6CA 3HBDA 4Z98A 5KXZA 4GLVA 1LSZA 5B59A 1LKSA 1G7JC 2BPUA 1J1PY 5DN5A 1RE2A 1LJNA 5LYZA 1IOSA 5LVIA 1W08A 1UIHA 2HEEA 2HEBA 1LHMA 4UWUA 3TMUA 3IJUA 3WW6A 1QIOA 4ZFPA 7LYZA 1VFBC 4CHXA 4N8ZA 3AW7A 1LSEA 1DKKA 2F30A 2YBLA 4DDBA 1HEPA 3SP3A 1P2CC 1LZ6A 3OJPA 1B7PA 1D6QA 4XJGA 3TXJA 4B49A 1VEDA 2HEDA 4NGZA 1OUHA 1A2YC 4LFXA 2Z18A 5JENB 2DQIY 4WLDA 5LVJA 3W6CA 1AZFA 5F9UA 4YEMA 1F6SA 4RLMA 1GFGA 1HEMA 3EO5A 2ZNWY 3J6KA 4DD7A 5I4YA 4LYOA 3AGGG 1JKDA 1JKCA 2I6ZA 4DWXA 2AUBA 4M4OA 1GE1A 1YAOA 1N4FA 1OP9B 2Z39A 3CSZA 3A90A 2D91A 2BQOA 4H9FA 1WTNA 3CB7A 1HNLA 5F9XA 4HTKA 3WVXA 1ZVHL 4BAPA 1LJ3A 1ZV5L 1BB5A 3HBEX 1UCOA 1F6RA 3ATNA 3CQLA 4XJHA 1C7PA 1EQ5A 2IFFY 1GDWA 3A91A 3ULRA 2A7DA 4I0CA 3KAMA 4HV2A 3W6BA 1HFYA 3MGWA 1NKHA 1XGPC 1H87A 5B06A 3WU7A 1G7HC 1LSBA 4H91A 2EIZC 4LYCA 1B5ZA 3A67Y 3CSQA 4NIJA 1QUTA 4ETBA 2HECA 2YSSC 1FLWA 2X0AA 3P64A 3TXGA 3FI7A 4Z46A 1LMTA 4ML7A 1QDRA 1HEWA 1I1ZA 4RLNA 4WLTA 5FSTA 1NF5A 1JTTL 5B1FA 1RJCB 1XEJA 2BQDA 4RDSA 1B7MA 3P66A 4PPOA 4NGOA 1TBYA 3G3AB 1QSWA 1BB7A 2MEIA 3WPJA 1YIKA 3A3RX 5APDA 4J7VA 1IOTA 1H6MA 1V7TA 4OW1A 1KIRC 1GD6A 2ZNXY 1NBYC 1IP7A 5LVHA 1FDLY 3A95A 3EXDA 4EMNA 5B1GA 2I26L 2LHMA 4PHIA 1VDTA 1GBOA 4KT3A 4BADA 1MELL 3WU8A 1REZA 1IIZA 4NGWA 3WXTA 1IWYA 4TX7A 1GBXA 1GF8A 2IHLA 1IWVA 1HC0A 4LZTA 3WH1A 1EQEA 1GF5A 2MECA 1NDMC 3G3BB 3TXBA 1BGIA 4ZEEA 2MEBA 2BLYA 3TXDA 1GXV2 135LA 1EQ4A 1OUGA 2LYMA 1UIFA 1D0LA 3A93A 4H94A 4XYYA 1XGUC 1I20A 3FE0A 4WOAA 1JITA 3RZ4A 4D9ZA 1IP5A 4DD2A 8LYZA 1EL1A 4FJRA 5FDJA 1C10A 4E3UA 4P2EA 1C45A 5KKJA 4HJZA 4NHPA 5E4PA 1FLUA 3WL2A 1JJ1A 2YBMA 3RT5X 1LHJA 4MCKA 1B2KA 1PZYA 2FYDA 2YBJA 4WM6A 1IX0A 1GF9A 1B5WA 2W1MA 4GN4A 4IJ4A 1RFPA 5KXTA 4LGKA 1J1OY 4HJYA 2I25L 208LA 2WARA 5HMVA 4NGJA 3E3DA 2C8PA 2FYCA 4QY9A 1LZ5A 1DXJA 2G4NA 1GFJA 3N9CA 1QTEA 4H9BA 1WQOA 1GBYA 1CKFA 1UIGA 4UWVA 1LJIA 4NFVA 4NEBA 5I53A 2DQAA 1UC0A 4Z3MA 1XEKA 1GPQC 3VWOA 1GFKA 1XFPL 1YKZX 2HTXA 3W3EA 3T36A 3ZVQA 1GB0A 3HFMY 3M3UA 3ZVQB 4DDCA 4H1PA 4H8ZA 3P68A 3A92A 5DN4A 5KXXA 4YENA 1QDTA 1YKXX 1BWJA 3TMWA 4DD9A 3LYTA 4WLYA 4M6DA 4YF2A 5I54A 1CNSA 1JTPL 3LHMA 2ZIKA 4GCBA 5IDDA 2CDSA 4LYZA 5LVKA 4G4CA 5C6JA 2ZQ4A 1E8LA 1XGRC 1JPOA 1CKDA 153LA 1KXWA 1LZ9A 1VDSA 4B1AA 3W6DA 4N0JA 2YBNA 2BQIA 4MSTA 1GF4A 1NBZC 1BHZA 3TXEA 1LMNA 1FLQA 2D6BA 3A6CY 2G4QA 6LYTA 1UIDA 4IATA 4NGYA 2ZQ3A 1YROA 2G4PA 3EBAB 5L3IA 3LN2A 2LZTA 4B4JA 1LAAA 4G49A 5A3EA 3A6BY 1I56A 1BVKC 1HFXA 1LZ4A 3CSRA 4TTDA 4FDYA 2XJWA 4U3XB 1D0MA 3LYMA 1HF4A 1UIAA 2HUBA 1LJJA 4TSBA 4BS7A 5FHWA 2W1LA 5KXWA 3WXUA 1GDXA 5LXWA 4NHQA 3WMKA 1LJEA 4RW2A 1JEFA 4PJ2C 4DD0A 2DBTA 4H92A 4ET9A 4X3BA 3F6ZA 3LZTA 4OWAA 4NG1A 5APCA 1LZCA 2H9KA 1F0WA 3AGHA 5B07A 1IOQA 1FLYA 3OK0A 5DL9A 4NSIA 1B5YA 5LA5A 132LA 4DT3A 2BQHA 1A4VA 1GF6A 1IC7Y 1IY4A 1DI5A 1IP6A 2MEEA 2YBIA 2XBSA 1IEEA 1QSAA 5C6LA 5L9JA 5M1YA 1LHIA 3QE8A 4N1EI 5AMYA 1LZSA 4CFPA 1BWIA 1OUJA 4G4HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ6A 3M18B 3AYQA 4MR1A 1CX7A 1LZEA 1BVXA 5L3HA 1BWHA 3GUIA 1LGUA 1DI4A 4NGVA 4XN6A 4DC4A 1JUGA 4QDNA 1PS5A 1C61A 1CVKA 1L26A 1LZNA 160LA 4AGAA 1L0KA 4WM1A 5IHGA 1GFAA 3IJVA 5LIOA 3HBHA 4OO9A 1B7OA 1AKIA 2LCBA 3TXKA 246LA 3DN2A 3LYZA 1L91A 1LZYA 2ZIJA 3GUJA 5IELA 1G0GA 1L14A 1XJUA 5I4XA 1L64A 1AM7A 2HUMA 1KY0A 1F10A 152LA 1T6VL 102LA 1GFTA 1YKYX 1BB3A 1PQKA 1JISA 2DQFC 244LA 1QUDA 4RW1A 4OOTA 4XJBA 1JKAA 6LZMA 4OWHA 5KXRA 2EKSC 1LGWA 1L02A 1LZDA 1GFRA 1WVVA 107LA 4ETCA 1LZAA 2ZYCA 2BQJA 1IWTA 4HTQA 2D4IA 1C6NA 1WQPA 2ZYPA 3B6LA 1JJ0A 189LA 1IWZA 4HP0A 1D0KA 5DLAA 2BQBA 1DPWA 2D4JA 3T6UA 5I4WA 2CWIA 2BQFA 1HSWA 1L50A 2B75A 2XBRA 3EMLA 1GFEA 1L81A 3WUAA 3SB5A 1GAYA 3FADA 5DM9A 1LZBA 1HMLA 168LA 4XENA 1PQJA 1LSYA 4GN3A 1FKQA 1JHLA 1PQIA 4ARLA 2HU3A 2CJLA 4HPEA 3RUNA 2FBDA 2QB0B 1QT8A 1D3NA 1B7LA 158LA 1GAZA 1LJGA 1NQIA 1IORA 2LYZA 1C08C 1CV0A 1P5CA 4B4IA 1WQNA 1YANA 126LA 2OU0X 4N9RA 4NG8A 3C8SA 2N5ZA 4WLXA 3J4GA 3WU9A 217LA 1L06A 1TCYA 1L95A 1YL0X 4NGKA 1L52A 1HMKA 201LA 4ANRA 4G9SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB2 A;  3AZ6 A;  4LT3 A;  4J0L A;  1CJ6 A;  1LZG A;  1GHL A;  3AYQ A;  3M18 B;  4MR1 A;  4WG1 A;  5LIN A;  1LZE A;  1BVX A;  1IVM A;  5L3H A;  3AZ5 A;  1BWH A;  1O23 A;  1UA6 Y;  3AZ7 A;  4KPM A;  1G7I C;  1DI4 A;  4NGV A;  4XN6 A;  1J1X Y;  3WPK A;  2MEH A;  4DC4 A;  1JUG A;  133L A;  4B0D A;  4QDN A;  1LZ1 A;  1LSM A;  1QQY A;  1JWR A;  1PS5 A;  2DQC Y;  3W6F A;  1NDG C;  2DKV A;  1C43 A;  1HER A;  4XJF A;  1LSP A;  1LZN A;  4ZIX A;  2W1X A;  4AGA A;  1LZR A;  4WM1 A;  4NHS A;  5IHG A;  1GFA A;  1LMA A;  1WQQ A;  3IJV A;  5LIO A;  1GFH A;  1GB5 A;  2EQL A;  3HBH A;  3B72 A;  5II3 A;  4H9C A;  1LSF A;  5HLL A;  1B7O A;  4UWN A;  2BQE A;  3AW6 A;  1AKI A;  3ZEK A;  3LYO A;  3P65 A;  2RSC A;  6LYZ A;  4WO9 A;  1DZB X;  3W6A A;  4HPI A;  4WG7 A;  4OOO A;  1RI8 B;  1YQV Y;  5I5Q A;  5KXP A;  3TXK A;  2HEA A;  4TSC A;  1WTM A;  4WM2 A;  1KIP C;  3LYZ A;  1LJH A;  1LZY A;  1CKC A;  5I4X A;  4PRQ A;  1UIE A;  1HEL A;  5LAF A;  1JJ3 A;  1GE3 A;  1TEW A;  1JSF A;  5HNL A;  2ZIJ A;  4LYM A;  2ZIL A; 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 3M3U A;  3ZVQ B;  4DDC A;  4H1P A;  4H8Z A;  3P68 A;  3A92 A;  5DN4 A;  5KXX A;  4YEN A;  1QDT A;  1YKX X;  1BWJ A;  3TMW A;  4DD9 A;  3LYT A;  4WLY A;  4M6D A;  4YF2 A;  5I54 A;  1CNS A;  1JTP L;  3LHM A;  2ZIK A;  4GCB A;  5IDD A;  2CDS A;  4LYZ A;  5LVK A;  4G4C A;  5C6J A;  2ZQ4 A;  1E8L A;  1XGR C;  1JPO A;  1CKD A;  153L A;  1KXW A;  1LZ9 A;  1VDS A;  4B1A A;  3W6D A;  4N0J A;  2YBN A;  2BQI A;  4MST A;  1GF4 A;  1NBZ C;  1BHZ A;  3TXE A;  1LMN A;  1FLQ A;  2D6B A;  3A6C Y;  2G4Q A;  6LYT A;  1UID A;  4IAT A;  4NGY A;  2ZQ3 A;  1YRO A;  2G4P A;  3EBA B;  5L3I A;  3LN2 A;  2LZT A;  4B4J A;  1LAA A;  4G49 A;  5A3E A;  3A6B Y;  1I56 A;  1BVK C;  1HFX A;  1LZ4 A;  3CSR A;  4TTD A;  4FDY A;  2XJW A;  4U3X B;  1D0M A;  3LYM A;  1HF4 A;  1UIA A;  2HUB A;  1LJJ A;  4TSB A;  4BS7 A;  5FHW A;  2W1L A;  5KXW A;  3WXU A;  1GDX A;  5LXW A;  4NHQ A;  3WMK A;  1LJE A;  4RW2 A;  1JEF A;  4PJ2 C;  4DD0 A;  2DBT A;  4H92 A;  4ET9 A;  4X3B A;  3F6Z A;  3LZT A;  4OWA A;  4NG1 A;  5APC A;  1LZC A;  2H9K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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