3G3BB

Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor mutant in complex with a protein antigen
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Petromyzon marinus
publication title Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords variable lymphocyte receptor VLRB.2D
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3g3bB00
5KXYA 4NGVA 2CJLA 5B1GA 4ZFPA 1WTMA 2ZNXY 1C45A 3WXTA 4NGKA 4ET8A 1LJ4A 1BWJA 1HFZA 1OUGA 2A7FA 4J1BA 4NEBA 1D0MA 4H9IA 5LVJA 1IR9A 2DQJY 3W6FA 5I4YA 1OUIA 3A93A 5I53A 2BQAA 4TX7A 1HERA 3WW6A 9LYZA 2LZ2A 1GFJA 3N9EA 132LA 2MEHA 4ETDA 1LSAA 4NHTA 4XENA 4XJDA 4NGIA 3AB6A 5KXNA 1HEQA 1YIKA 1GPQC 1D0KA 3A6CY 1ZMYL 1D6PA 1CKFA 2BQIA 5DM9A 5J7CA 3P68A 3AGGG 2YDGA 1GBZA 1LMCA 2F30A 3LZ2A 1E8LA 1IVMA 3AZ5A 4H91A 2A7DA 4RDSA 1LHHA 1VFBC 4H9FA 4W96A 1BVKC 1HSWA 2HEDA 4XJGA 1GF3A 1IOQA 2ZIKA 3TXHA 1V7SA 4IJ4A 1HEWA 2C8PA 3D3DA 2YBMA 1ZVHL 4NSIA 1H87A 1LZCA 1REYA 1XGRC 1YQVY 4OWBA 1F0WA 4GN4A 3A92A 4LT3A 3LHMA 1HMKA 1MELL 2BLXA 3WUAA 5APEA 3RW8A 1LZ5A 4H92A 4XADA 1LZEA 5I54A 1IC7Y 1B5VA 4ET9A 1NHEA 1YAMA 6LYZA 1AM7A 5B1FA 2BQDA 2W1XA 3A95A 4ETBA 5JENB 1G7IC 3LYTA 4OOTA 5DN4A 1XEIA 4B0DA 4QDNA 2MEGA 3TXKA 2G4PA 5K7OA 1LYZA 3M3UA 4UWNA 5I4XA 5LYMA 4J1AA 1LJFA 1NDGC 1T6VL 1G7HC 1OUHA 1ALCA 1GF9A 3TXEA 1GB6A 4LFPA 5HNCA 4GCBA 3B0KA 4GLAA 3TXFA 3WU7A 1BWHA 5ILFA 1GFRA 193LA 1IY3A 1XFPL 4OW1A 4MR1A 4HTKA 4H93A 4WM2A 4YM8A 3RZ4A 3HBEX 1GBYA 2B5ZA 3FE0A 1JTPL 1KIPC 3ZEKA 1J1XY 1BB7A 1O23A 4NWEA 1LJEA 4WO9A 5D5CA 4Z98A 2H9JA 1QTKA 1TBYA 1SQ2L 5T3FA 3WU8A 5KJ9A 3WL2A 1FKVA 1G7LC 1GEZA 4N0JA 3P4ZA 2F4GA 2GV0A 4D9ZA 3EBAB 5KXRA 4FJRA 1LZ4A 3B0OA 1A2YC 1IWTA 4H1PA 3CB7A 1B9OA 4J7VA 5KXOA 5D5FA 1HEMA 4PRUA 5A3ZA 4B4JA 4PHIA 3A3QA 2LHMA 4LFXA 4ETEA 3BKVA 1P2CC 5APFA 2Z2FA 1B7RA 3OK0A 2BQEA 4TUNA 5HMVA 3EO5A 1UUZC 1NBZC 1GWDA 3P64A 2RSCA 1LHIA 1VAUA 4H90A 4LT0A 2IFFY 3HBDA 1WQRA 4YEMA 1LZAA 2BQNA 2MECA 4AXTA 5LA5A 4PGJB 1HMLA 1XGQC 3A96A 3K3TA 4NG8A 2D6BA 1IP6A 2EPEA 2BQMA 1UIBA 1HFYA 1CKDA 1OUFA 1LZDA 1W08A 5HNLA 4XYYA 3F6ZA 3A3RX 4ANRA 1LJGA 1TCYA 4GN3A 3ATOA 2DQEY 3IJUA 2DQGY 1OUEA 1GB7A 1REXA 3WPKA 4E3UA 3E3DA 1IP4A 1D9UA 1IOTA 4NSJA 2WARA 1QQYA 2ZIJA 1YAPA 1QSWA 5DL9A 1LSGA 1N4FA 3TMWA 2PC2A 4NIJA 1FLUA 5A3EA 2X0AA 1HEPA 4HJVA 1LOZA 4CGEA 3WH1A 4XJHA 1B5WA 4C5FA 1LZNA 1B7LA 1HNLA 3CT5A 1WQNA 1RI8B 5HMJA 5LVGA 3TMUA 1GFVA 1LJJA 1CKGA 1XSFA 1YAOA 2G4QA 4WM1A 2EIZC 154LA 4UWUA 4O34A 3G3AB 5KXPA 1IWYA 1RE2A 2MEBA 1B2KA 2XBSA 1C43A 1GAYA 1XGPC 1IP1A 5F9UA 5KXWA 1UACY 1GF4A 2N5ZA 5II3A 1DZBX 4WM6A 1JTOL 4WM3A 2DQCY 4H9CA 1IX0A 1B7PA 134LA 1I20A 5F14A 4G4HA 4H8ZA 4XJIA 4ZIXA 1NMMA 1DPXA 2MEDA 4ETAA 4DT3A 1UIAA 2BQHA 4GCFA 4HPIA 4OWAA 1VATA 2DQIY 1LSMA 2BQGA 4HPEA 5LIOA 1JKAA 1B7QA 1NKHA 1RJCB 1GB2A 4WO6A 4RLNA 2FBDA 2HTXA 4ZEEA 2CWIA 4DDCA 3CQLA 1IP5A 3CT0A 3RNXA 3W6BA 4B1AA 4NWHA 3W3EA 3W6DA 1GFKA 4NY5A 1HF4A 1IR7A 3AW6A 3M18B 4DD1A 2AUBA 1DQJC 3LYMA 3N9CA 3QE8A 5C6IA 4DYGA 2D4KA 1JJ0A 2YBJA 1UCOA 3CSZA 4NHIA 1LJHA 1AZFA 3AZ7A 3GXKA 4B49A 1DKJA 1LZ8A 1B7OA 3HFMY 5KXSA 1LZ6A 4TTDA 1BQLY 4OWEA 4NG1A 1IORA 1NF5A 4NHQA 2HEBA 5LVKA 4M6DA 2FBBA 4MCKA 1IOCA 4NSGA 1LZBA 2HEAA 1LAAA 5AMYA 3A6BY 1LHMA 4GLVA 2LYZA 1REZA 2FYCA 1LSNA 5KKJA 1C08C 2I6ZA 5L9JA 2EKSC 2YSSC 1J1OY 4NHSA 3TXJA 1GE3A 5DN5A 3LZTA 1GXXA 1LSFA 1IC4Y 1FN5A 1GD6A 1KIQC 1B7SA 1PZYA 2ZWBA 2BPUA 4H8XA 1LCNA 4AGAA 1WQQA 1GAZA 4DD9A 3ZVQA 194LA 1LZRA 3LYZA 4HSFA 4MSTA 3MGWA 3WU9A 4Z46A 4FDYA 4I8SA 3TXIA 4ML7A 3BKHA 4Z3MA 4EMNA 5KXKA 4H9EA 4TSCA 4WLYA 5B06A 4N5RA 2ZILA 2ZQ4A 1NQIA 4XJFA 3TMVA 4H9BA 1UC0A 1UIGA 4OOOA 4QGZA 4G9SA 5EBHA 1FBIX 2W1YA 1IR8A 1LZSA 4I0CA 4U3XB 2DBTA 3ZVQB 1AT6A 1CKCA 4EOFA 3CSQA 2CGIA 1HSXA 5DLAA 1GEVA 5ILCA 1GBOA 1QTEA 1IOSA 1IWXA 4LYZA 3W6AA 1LHKA 1BWIA 1IIZA 2W1LA 1DI5A 1JJ3A 2ZYCA 3N9AA 1GF8A 2W1MA 4C3WA 1FKQA 1GB9A 1JHLA 2XTHA 2Z19A 3LYOA 1WQMA 5I4WA 1BB5A 1JSFA 4TWSA 2EQLA 3IJVA 1F6SA 1QUSA 4Z41A 1BB6A 3WXUA 1C10A 4BAFA 2DQFC 3CT1A 1VDTA 3GXRA 1NBYC 4NSHA 1YKYX 3B0IA 4YEOA 1LMPA 1HELA 3P66A 1HFXA 2Z2EA 4LYMA 4WOAA 4G49A 1QDRA 1WVUA 1VDQA 1GB5A 4NGLA 1HHLA 4WLTA 1GE1A 1LMQA 1XGTC 1JUGA 1LJKA 2C8OA 1OUDA 3B6LA 4R0FA 4G4BA 2Q0MX 4A7DA 5LVIA 1KXWA 1IC5Y 4DD7A 1YL0X 4LYOA 2LZTA 5B07A 5APDA 5FSTA 5KXLA 4YENA 1VDPA 3WPJA 1BB3A 4CJ2A 1JEFA 2MEFA 2Z12A 3SP3A 1LYSA 2YBIA 1LSPA 3A94A 4XN6A 5KKIA 4HTQA 1FLQA 4DDAA 4OWHA 2HEFA 2Y8PA 133LA 1GBXA 1RFPA 1ZVYB 2F4AA 1JKBA 3A8ZA 1GF6A 2H9KA 4BAPA 1JJ1A 1LMNA 2BQJA 1D6QA 1KXXA 2IHLA 4RLMA 1IY4A 3EMSA 1DPWA 1LJNA 1CJ6A 2VB1A 1GE0A 4P2EA 2ZYPA 1GFAA 3AGIA 4G4CA 1IP3A 1JPOA 4IATA 1LSZA 4HV2A 5IDDA 1F10A 1J1PY 1A4VA 1BVXA 1OUCA 2BQCA 2D4IA 1LSCA 4II8A 4NFVA 2BQBA 5F16A 1DI4A 1REMA 4WG7A 1LKRA 1IWVA 1BB4A 1XEKA 1ZV5L 3VWOA 2YBNA 1RCMA 4ETCA 1HEOA 3TMXA 1HC0A 4N1EI 3KAMA 3G3BB 2DQAA 4X3BA 1IWUA 4IASA 4DWXA 1I1ZA 4H9HA 1TDYA 1BGIA 1QSAA 2G4NA 7LYZA 2DQHY 3WVYA 5KXTA 1LMOA 1JTTL 1XGUC 4DC4A 3TXGA 1LSYA 4XJBA 1G7MC 2I26L 1Z55A 1DXJA 5FHWA 1TAYA 3IWRA 1JIYA 2FYDA 2NWDX 5IHGA 4NGZA 4H9AA 1XEJA 4WL7A 6LYTA 1NDMC 3ULRA 4BADA 3W6EA 4N8ZA 2Z18A 3P65A 1GDXA 3A34A 4LYTA 5F9XA 5FEKA 5KY1A 1LZ9A 4GCEA 1TEWA 4YOPA 4WMGA 2BQFA 3A67Y 1LHLA 5L3HA 1DKKA 1IWWA 3EXDA 3QNGA 1LSBA 2BQLA 4OWCA 1LMTA 4M4OA 4PJ2C 1H6MA 1OQMA 1VEDA 5LYZA 1LMAA 2HUBA 4NGOA 3TXDA 3WUMA 4LT1A 1LZYA 2F2NA 4LZTA 4KT3A 3AGHA 1CJ9A 2LYOA 2XBRA 1GB0A 4DD2A 1OUJA 1JISA 1B5XA 1FDLY 1FLWA 4L41A 1LSEA 3J6KA 1GFTA 1UIFA 1LKSA 4HJZA 4CFOA 4KL7A 5IELA 1D0LA 3RT5X 1KIRC 1WVVA 207LA 4WM4A 2H5ZA 4WM5A 1JKCA 1LJIA 1G7JC 1YKXX 4B4EA 2ZQ3A 4LYCA 4TSBA 1LYOA 1GB8A 1MLCE 4QY9A 5L3IA 1LZGA 5LVHA 4DD0A 3J4GA 4N1CC 5FCPA 3AYQA 1EL1A 5M1YA 1IO5A 1T3PA 4H94A 5LAGA 2CDSA 1YL1X 4WG1A 3WUNA 1GFUA 1OP9B 4YF2A 1DI3A 1IWZA 2DQDY 2Z39A 3HBHA 1B7NA 2YBHA 3WMKA 5KXXA 5KXMA 1WQPA 5FDJA 4WL6A 1AKIA 1GF7A 1LJ3A 2Z38A 5B59A 4H8YA 1LYYA 1UICA 1YROA 4B4IA 4NGYA 1WQOA 2YBLA 1QDTA 4DD3A 2YVBA 4HP0A 2LYMA 5F81A 2MEIA 1IP2A 1NWGA 3W6CA 1LSDA 4GCDA 1GHLA 1I56A 4R6CA 1B5YA 3WPLA 1GE2A 135LA 1YANA 4CFPA 5LYTA 1W6ZA 4NGWA 3D9AC 4NHPA 4QEQA 1JKDA 3CSRA 3WULA 1EQEA 3TXBA 1LHJA 1QIOA 1UIHA 1EQ4A 1GF0A 1KXYA 5APCA 1GBSA 4W94A 1PS5A 5LA8A 5E4PA 1FLYA 4KPMA 1YKZX 3AZ4A 1WTNA 1LTMA 4DDBA 1OUBA 1F6RA 1B0DA 1B5ZA 1C46A 4WLXA 1GFHA 1IEEA 2BQOA 2MEEA 3B72A 3AZ6A 1GF5A 1UIDA 2D4JA 5I5QA 2ZNWY 3WYHA 1INUA 1QUTA 2BLYA 2HU1A 3QY4A 153LA 3AW7A 1JWRA 3WVXA 4PRQA 4HV1A 1UA6Y 5LINA 4N9RA 2BAAA 1LPIA 1JITA 5E9RA 4GCCA 1OUAA 4WLDA 1CJ8A 4BS7A 5LXWA 1B5UA 1GBWA 5FELA 1B7MA 1CJ7A 1YAQA 1IP7A 4GN5C 4CHXA 1UBZA 2XJWA 2MEAA 4J0LA 3WW5A 2BQKA 5C6LA 3AJNA 1CNSA 5LAFA 1CKHA 2DKVA 8LYZA 1GB3A 4KXIA 3RU5A 5C6JA 2Z37A 3T6UA 2HEEA 3LN2A 1VDSA 4HJYA 5KXZA 4LT2A 4RW1A 5HLLA 2D91A 3FI7A 1LZ1A 5B05A 1GDWA 1LZTA 3A90A 1GE4A 1UIEA 1AT5A 1SLYA 1EQ5A 2HECA 3ATNA 4RW2A 1BHZA 1V7TA 2HU3A 1GFGA 1HENA 4LYBA 208LA 4HTNA 4NGJA 4PPOA 5HQ1A 4LGKA 1GFEA 3OJPA 4UWVA 2I25L 1JSEA 3A91A 3T36A 1C7PA 1GXV2 1YILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 1HFZA 1OUGA 4J1BA 5LVJA 1D0MA 169LA 3HUQA 242LA 1GFJA 3N9EA 132LA 4ETDA 4NHTA 4XJDA 4NGIA 122LA 5KXNA 1HEQA 4I7SA 1GPQC 1D0KA 1DYFA 1G0PA 5J7CA 3AGGG 2F30A 3LZ2A 1IVMA 4H91A 255LA 4IJ4A 1C6QA 2YBMA 1G0MA 241LA 1QT6A 166LA 1H87A 1LZCA 4OWBA 3A92A 1MELL 2BLXA 2B6WA 1LZ5A 4H92A 4XADA 1LZEA 5I54A 1IC7Y 4ET9A 2B6XA 1NHEA 3A95A 1L89A 2MEGA 1L98A 3TXKA 2G4PA 1I6SA 1LJFA 1CTWA 1GF9A 5ILFA 3TXFA 3WU7A 4EJ4A 4OW1A 4YM8A 1JTPL 4WO9A 1SQ2L 5KJ9A 1G7LC 1GEZA 4D9ZA 4N0JA 2F4GA 1A2YC 1B9OA 1L24A 1L80A 4EKPA 4B4JA 4PHIA 1P2CC 138LA 1NBZC 1GWDA 2RSCA 4H90A 1WQRA 252LA 2BQNA 158LA 4PGJB 1HMLA 1XGQC 3A96A 2D6BA 1IP6A 2BQMA 1HFYA 1CKDA 5HNLA 3A3RX 4YXAC 4GBRB 3IJUA 1GB7A 4ARLA 4NSJA 1QQYA 5DL9A 1C6HA 2IGCA 1L04A 2PC2A 1T97A 1HEPA 1LOZA 4I7TA 3CT5A 5HMJA 1GFVA 1LJJA 1CKGA 3SBBC 1YAOA 1P2RA 2EIZC 4UWUA 1OV7A 237LA 3C7ZA 1C67A 2MEBA 1GAYA 1IP1A 1L77A 5II3A 4WM3A 2DQCY 1IX0A 134LA 1L22A 4G4HA 4XJIA 4ZIXA 1NMMA 1DPXA 1LYGA 248LA 1P36A 212LA 1VATA 247LA 2ANVA 2BQGA 1GB2A 4W54A 2HTXA 1C6LA 4NWHA 3W3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXY A;  4NGV A;  2CJL A;  5B1G A;  4ZFP A;  1WTM A;  2ZNX Y;  1C45 A;  3WXT A;  4NGK A;  4ET8 A;  1LJ4 A;  1BWJ A;  1HFZ A;  1OUG A;  2A7F A;  4J1B A;  4NEB A;  1D0M A;  4H9I A;  5LVJ A;  1IR9 A;  2DQJ Y;  3W6F A;  5I4Y A;  1OUI A;  3A93 A;  5I53 A;  2BQA A;  4TX7 A;  1HER A;  3WW6 A;  9LYZ A;  2LZ2 A;  1GFJ A;  3N9E A;  132L A;  2MEH A;  4ETD A;  1LSA A;  4NHT A;  4XEN A;  4XJD A;  4NGI A;  3AB6 A;  5KXN A;  1HEQ A;  1YIK A;  1GPQ C;  1D0K A;  3A6C Y;  1ZMY L;  1D6P A;  1CKF A;  2BQI A;  5DM9 A;  5J7C A;  3P68 A;  3AGG G;  2YDG A;  1GBZ A;  1LMC A;  2F30 A;  3LZ2 A;  1E8L A;  1IVM A;  3AZ5 A;  4H91 A;  2A7D A;  4RDS A;  1LHH A;  1VFB C;  4H9F A;  4W96 A;  1BVK C;  1HSW A;  2HED A;  4XJG A;  1GF3 A;  1IOQ A;  2ZIK A;  3TXH A;  1V7S A;  4IJ4 A;  1HEW A;  2C8P A;  3D3D A;  2YBM A;  1ZVH L;  4NSI A;  1H87 A;  1LZC A;  1REY A;  1XGR C;  1YQV Y;  4OWB A;  1F0W A;  4GN4 A;  3A92 A;  4LT3 A;  3LHM A;  1HMK A;  1MEL L;  2BLX A;  3WUA A;  5APE A;  3RW8 A;  1LZ5 A;  4H92 A;  4XAD A;  1LZE A;  5I54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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