3G3BB

Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor mutant in complex with a protein antigen
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Petromyzon marinus
molecule keywords variable lymphocyte receptor VLRB.2D
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3g3bB00
1F6SA 5FHWA 1P2CC 1LCNA 5B1FA 1CKGA 4WLDA 5LXWA 1QTKA 4N9RA 4YENA 1LMCA 4N0JA 3W6BA 4LYZA 1HMKA 1BGIA 4NGIA 5KXTA 2G4QA 1BHZA 3ATOA 3TXJA 1OUFA 1UIEA 4QDNA 4TSCA 3AB6A 1UIDA 4WG1A 4LYTA 1GE2A 4R6CA 1LPIA 3WU7A 4DWXA 1OUAA 5KKIA 1YKXX 1JTOL 4LFXA 3RZ4A 2Q0MX 1IX0A 4TTDA 1UACY 5C6IA 4HJYA 4BS7A 4WM2A 3OK0A 3ZVQB 3ZEKA 1TEWA 2PC2A 2BQNA 4HTNA 3RW8A 4NHPA 5L9JA 3IJUA 4DD0A 1JKCA 1ZV5L 1LSCA 4YM8A 1IR9A 1LZ4A 2BQIA 1GE3A 2DQHY 4GN4A 1JSEA 3N9EA 4NIJA 2D91A 208LA 2MEDA 4XJBA 1LZGA 4GN3A 5APCA 5KY1A 1WQOA 1CJ9A 1GF7A 4XJGA 2YSSC 1BWHA 4WLYA 1DKKA 1GBSA 3P68A 1UIGA 3WPLA 1C7PA 4H9CA 4ET9A 5LVJA 1DPWA 1EQ5A 1OUHA 4OWEA 1B7LA 1LZYA 2YBJA 1D6PA 2ZYPA 4L41A 1KIRC 1KXWA 5LAFA 1W08A 1LHKA 1DPXA 1LZNA 1VDPA 2YVBA 1FLYA 1IP5A 2HECA 1TCYA 3OJPA 3WPJA 1JISA 1HSXA 1LTMA 2EKSC 2H9JA 4TX7A 4B1AA 4NFVA 1WQNA 4P2EA 3W3EA 1WQRA 1GB7A 1XFPL 207LA 4NHQA 4DD2A 1MELL 5DLAA 1LZ1A 1JJ0A 1G7JC 4HTKA 4M4OA 4PGJB 4H9EA 1KXXA 1LJEA 9LYZA 3WUAA 1GF5A 2Z39A 1IVMA 3B72A 1ZVYB 1VATA 3LYMA 5EBHA 1N4FA 1REXA 2DQIY 4ET8A 5APFA 3WMKA 3N9AA 4WO9A 1BB3A 4G4BA 4LT1A 4B4JA 1J1PY 2F2NA 5KXXA 4XJHA 4H8YA 1GHLA 3K3TA 1J1OY 5KXOA 4DDAA 1LMQA 2D4JA 3CT0A 2BQLA 4NEBA 5APDA 5KXZA 1YAOA 1GFTA 2MEGA 1HHLA 3AGIA 3A95A 2BQGA 193LA 4WMGA 4RW1A 1GEZA 1LJ3A 4II8A 3SP3A 1IWVA 3MGWA 1GB9A 1LSEA 1UC0A 4N5RA 5ILCA 4YF2A 4XJIA 3J4GA 5KXKA 2HUBA 1YANA 4NSJA 3WL2A 3A90A 3J6KA 5FELA 1IP1A 3WU9A 1NDMC 3WXUA 1GXV2 4H93A 4XJFA 1B7OA 194LA 4U3XB 7LYZA 4WM5A 1IOCA 1LYZA 4X3BA 3WXTA 2ZIKA 5C6JA 4MCKA 2YBHA 8LYZA 3ATNA 1TAYA 3AGGG 4I8SA 4NHSA 3AZ6A 134LA 1B2KA 1HFZA 1IC7Y 1UBZA 1QTEA 2ZIJA 1JSFA 4XJDA 5B07A 4YEMA 1LJJA 1CJ8A 1CKHA 5F9XA 1NMMA 1LSAA 4H94A 5M1YA 1UIHA 2D6BA 5HMVA 3B0KA 1E8LA 1JWRA 2A7FA 3WYHA 5F9UA 4ETBA 4H91A 2EIZC 3TMUA 5LVGA 3IWRA 1JHLA 2BLYA 2BQCA 2CJLA 1XEIA 1B5ZA 1NQIA 5KXSA 1G7MC 1YILA 5KXPA 4AXTA 4H9IA 2HEEA 2VB1A 1D0MA 1LHIA 1GF6A 1IWWA 1LSPA 1EQ4A 2EQLA 1GWDA 3AJNA 1IP6A 1REZA 2BQHA 2DQAA 2RSCA 3P4ZA 4KPMA 1HEQA 5F16A 4GCEA 1GB6A 1OUDA 1QQYA 1BB5A 1IC5Y 3CT5A 4H8ZA 1LHLA 1HENA 2EPEA 4WLXA 3CT1A 1RFPA 1EQEA 1HC0A 1LJGA 4C5FA 3N9CA 5LA5A 4GLVA 1JKAA 1J1XY 5LIOA 4BADA 4DD1A 1LSYA 1RJCB 3GXRA 1B0DA 2HU3A 1C10A 4XADA 2DQFC 6LYZA 1WQMA 3F6ZA 1CNSA 5FCPA 3A34A 4RLNA 1AZFA 3AZ5A 1JUGA 2YBIA 1SLYA 1YL1X 1IP2A 2I6ZA 4WG7A 1C43A 5FSTA 1TBYA 1LHJA 3WUNA 4CGEA 3LYTA 1LHMA 2Z38A 2LYOA 5L3IA 2DQGY 4N1EI 4ZIXA 2BQBA 3G3BB 4G9SA 4OWAA 1LSMA 1D6QA 1HEPA 2I26L 1HELA 3LYOA 2BQMA 1JJ3A 5D5CA 5KXWA 1GFJA 5A3ZA 2FYCA 2F4GA 5KKJA 3W6FA 1GFKA 4H9BA 4MSTA 4DDCA 1BVXA 1YAMA 1FBIX 1GXXA 2YBLA 1JKBA 2MEAA 1F10A 2HEBA 2W1YA 4CJ2A 4LFPA 3A6CY 1REMA 1FDLY 1CKFA 1FLUA 1H87A 1RI8B 1VAUA 3P66A 1IR7A 4QGZA 5T3FA 5APEA 154LA 3B0OA 4XN6A 2LHMA 4HTQA 4OW1A 4WM6A 1T3PA 5LYMA 1NBYC 4DT3A 1AKIA 1GF4A 1IEEA 1VDTA 4NGZA 1HMLA 2ZYCA 4LT2A 1HERA 132LA 5LVKA 1LHHA 2Y8PA 4LT3A 3E3DA 4OWCA 5D5FA 1GE0A 4B0DA 3A92A 5I4WA 1NHEA 4NG1A 1TDYA 1B7NA 3WW6A 3TMWA 2N5ZA 4PJ2C 2FYDA 3WVYA 1HEOA 1OUEA 1LZ5A 3WVXA 1B5WA 2AUBA 4PHIA 1IWTA 1LMOA 1UIBA 2W1MA 2LZTA 1IWXA 1QUTA 1HNLA 2Z19A 1LYYA 1LJNA 3QE8A 3GXKA 3LHMA 4PRQA 3T36A 5KJ9A 1HEMA 4I0CA 1IP4A 1JEFA 1CKCA 4H9FA 4C3WA 1GB5A 4WM4A 1RCMA 2W1LA 1VFBC 4H1PA 4NGJA 4NGVA 5KXYA 2BQKA 3AW7A 4ETAA 1WVVA 3HBDA 5LAGA 4BAPA 1IOQA 4FJRA 1KIPC 1GE1A 1C45A 1IWUA 4N8ZA 4GCCA 1GFEA 1OUIA 3A3RX 4AGAA 1OUCA 1C46A 2MEBA 4LYOA 3AGHA 3W6AA 1LSGA 2LZ2A 4IATA 1JJ1A 3WU8A 2XJWA 1FLWA 1I1ZA 5HLLA 4HPEA 3A6BY 1GBZA 4A7DA 5ILFA 1YAQA 1JITA 4KXIA 1LZ9A 5HNCA 5DN5A 5KXRA 1BB7A 4H9AA 1LJFA 2Z18A 3RU5A 5F81A 4H92A 3CB7A 1VEDA 5LA8A 135LA 4KT3A 1LMTA 4HP0A 1GDWA 2ZNWY 1RE2A 1GFHA 2D4KA 3EO5A 1OQMA 1C08C 4B49A 2IHLA 5LVIA 3EMSA 4HJVA 5B05A 1FLQA 4WLTA 3KAMA 2C8OA 1NWGA 4NY5A 3M3UA 5LINA 153LA 2NWDX 2YBMA 3EXDA 5I4XA 2B5ZA 1OP9B 3HBEX 4HJZA 3A3QA 1IY4A 3B0IA 4WM3A 1IO5A 2ZQ4A 2CGIA 4NHTA 3CSZA 2DBTA 4GCFA 1LZEA 1IIZA 2BLXA 4LGKA 4KL7A 4NWHA 5I53A 1FKVA 1CJ6A 1HSWA 4DYGA 3AZ4A 1BWJA 2Z2FA 4G4HA 4H8XA 1IY3A 4WM1A 1QDTA 1V7SA 1VDQA 3TMVA 5I54A 4YEOA 1QSAA 3CSQA 3RT5X 2ZILA 1LZTA 4XENA 5LYTA 4HV2A 2DQDY 2F30A 1SQ2L 2LYZA 1BQLY 2ZWBA 3QNGA 2Z37A 3AZ7A 4WL7A 2BQOA 1LZ6A 1IORA 1YAPA 4B4IA 4DD9A 5A3EA 5IDDA 1LSDA 4ETCA 2HU1A 3B6LA 3TMXA 4BAFA 4W94A 3BKVA 5B06A 2MEIA 1GFAA 4UWVA 1XGUC 1DI4A 1LKSA 1GPQC 1UA6Y 5KXLA 3M18B 4NGWA 4HSFA 1LMAA 5IELA 4DD3A 1GFUA 4OWHA 5HQ1A 1HFYA 1LSBA 1D0KA 1G7HC 1HEWA 2Z12A 2BQJA 3LN2A 1GAYA 1FKQA 1UUZC 5AMYA 4B4EA 3WPKA 1KIQC 2XTHA 4G49A 4Z3MA 1IP7A 1O23A 4NGYA 3A91A 3TXDA 1T6VL 1INUA 1LMNA 5LVHA 4ETEA 4NGOA 1BB4A 1GB3A 2FBBA 4IJ4A 2XBRA 1MLCE 4NHIA 4EOFA 1LZ8A 3ZVQA 4CFOA 1OUGA 4OOOA 4GCDA 1DI3A 5DL9A 5K7OA 4J7VA 4NSIA 3TXFA 3A8ZA 1GF8A 1XGTC 1IP3A 5B59A 3HBHA 5HMJA 3TXBA 2LYMA 5F14A 1LZAA 2G4NA 4GCBA 4Z46A 1F0WA 4RW2A 1LAAA 3LZTA 1ALCA 5I5QA 1QSWA 5KXMA 5E4PA 3AYQA 4R0FA 4LYMA 4GLAA 4NSHA 1B5UA 4FDYA 2GV0A 133LA 4PRUA 1GEVA 2XBSA 4LZTA 2F4AA 3W6CA 4UWNA 1B9OA 1JTTL 5LYZA 1W6ZA 1XGRC 1ZMYL 5DM9A 4NGKA 1IR8A 4M6DA 4E3UA 1LKRA 3D9AC 1AT5A 4W96A 1I56A 1D0LA 1PZYA 2H9KA 1H6MA 1LJIA 3RNXA 1UICA 4G4CA 1LZSA 1UCOA 1GFVA 1WQPA 4N1CC 1GDXA 1IWZA 1BVKC 1VDSA 4NGLA 1D9UA 3T6UA 1WVUA 5E9RA 1HFXA 1XEJA 5C6LA 1LMPA 4UWUA 1GFRA 1GBOA 1XEKA 1XGQC 1NBZC 3EBAB 2FBDA 4DD7A 5B1GA 1LYSA 2X0AA 3A94A 3WULA 3A93A 1HF4A 1YL0X 3A67Y 3TXKA 1AT6A 4NG8A 4ZFPA 4NWEA 1DKJA 2BQFA 1B5VA 5DN4A 2MEHA 3TXEA 1WQQA 3WUMA 1B5YA 1BB6A 1LYOA 2CWIA 1LSZA 4LYBA 4WL6A 4HV1A 1LJ4A 1LZRA 4Z41A 3FE0A 1GBWA 2YBNA 3CQLA 4O34A 4Z98A 2DQJY 4DDBA 1GAZA 3VWOA 2BAAA 4RLMA 2Z2EA 5II3A 1A2YC 1QUSA 1YKYX 1IC4Y 1LOZA 1QDRA 3CSRA 1EL1A 1CKDA 1G7IC 1BWIA 1LJKA 2HTXA 4ML7A 1YQVY 4H90A 2HEAA 1AM7A 1OUJA 3HFMY 1IOSA 1CJ7A 3ULRA 1GB8A 1Z55A 1GF0A 1B7RA 1B7MA 1GFGA 3LYZA 1QIOA 1LSNA 1OUBA 1FN5A 2BPUA 1F6RA 1LJHA 1REYA 2ZNXY 3QY4A 5FEKA 2HEDA 1B7PA 1UIFA 1GBYA 1XSFA 1LZDA 4RDSA 5FDJA 6LYTA 1YIKA 1ZVHL 2BQDA 5KXNA 1B7SA 2D4IA 1V7TA 4J1AA 1A4VA 2ZQ3A 4QY9A 1JIYA 2DQEY 2MECA 4ZEEA 1WTNA 1IOTA 1NF5A 1DI5A 4J1BA 4TWSA 3TXHA 3W6EA 2WARA 4GN5C 1GF9A 1GB0A 1GF3A 2DQCY 3LZ2A 4LYCA 1DQJC 4OOTA 4WOAA 3W6DA 1GD6A 2MEEA 4DC4A 2G4PA 4CFPA 5HNLA 3FI7A 4QEQA 1LZBA 3A96A 3D3DA 4ANRA 1YKZX 4EMNA 1B7QA 2BQEA 4H9HA 1LZCA 4NSGA 3WW5A 4PPOA 1XGPC 3TXGA 4J0LA 4D9ZA 1IWYA 2IFFY 1PS5A 4OWBA 4WO6A 5IHGA 2MEFA 2H5ZA 3P64A 3TXIA 2HEFA 4TSBA 3BKHA 1LSFA 5J7CA 3AW6A 2YDGA 3WH1A 1UIAA 4HPIA 4LT0A 1NDGC 1NKHA 3P65A 4ETDA 4TUNA 5JENB 4XYYA 2C8PA 1JTPL 2CDSA 4IASA 1GBXA 1B5XA 4CHXA 5I4YA 1GE4A 1DXJA 1YROA 5L3HA 2BQAA 2W1XA 3G3AB 1DZBX 1JPOA 1KXYA 2I25L 4MR1A 3IJVA 1WTMA 1GB2A 2DKVA 1G7LC 2A7DA 1JKDA 4YOPA 1I20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7SA 5B1FA 1C60A 1CKGA 1QTKA 1HMKA 4NGIA 1G0PA 1BHZA 3TXJA 1UIEA 4TSCA 1UIDA 1L94A 4LYTA 1GE2A 4WG1A 3WU7A 4DWXA 1CU0A 1L47A 4BS7A 3ZEKA 3L2XA 2PC2A 3GULA 1QTCA 3IJUA 2BQIA 1GE3A 2D91A 3C83A 4GN3A 1CU6A 2YSSC 155LA 1BWHA 2RB1X 4WLYA 5LVJA 1C7PA 4H9CA 1L30A 1L03A 1L46A 4OWEA 1CV3A 2YBJA 1D6PA 1DPXA 1L02A 2HECA 4TX7A 4B1AA 1QT8A 1JJ0A 1OV5A 220LA 3B72A 5EBHA 3LYMA 1G07A 1N4FA 5APFA 4WO9A 1L41A 4LT1A 262LA 1J1OY 3CT0A 2OE9X 1HHLA 1L01A 1L67A 4RW1A 1GEZA 1OWZA 1LSEA 1DYBA 205LA 3WU9A 1GXV2 248LA 192LA 4WM5A 1L79A 173LA 4X3BA 8LYZA 3AGGG 1L39A 1B2KA 210LA 1LJJA 2D6BA 5HMVA 3B0KA 4H91A 2RBQA 2BQCA 4H9IA 2HEEA 1IWWA 1T8FA 1REZA 166LA 5F16A 1C6DA 2B6XA 1QQYA 1HENA 3CT1A 1RFPA 1PQOA 4C5FA 1L54A 2RH1A 5LA5A 1JKAA 1QTDA 1RJCB 3GXRA 1B0DA 1C10A 3G3VA 1WQMA 5FCPA 3A34A 4RLNA 1AZFA 3GUOA 3AZ5A 5FSTA 2I6ZA 1YL1X 1IP2A 1LHJA 3WUNA 1L61A 2Z38A 140LA 5L3IA 4N1EI 4OWAA 1LSMA 1HEPA 243LA 1L70A 1GFJA 4I7JA 1GFKA 1BVXA 3F8VA 158LA 4LFPA 186LA 1CKFA 4GBRB 178LA 4WM6A 4DT3A 1L25A 1IEEA 4NGZA 1L12A 146LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F6S A;  5FHW A;  1P2C C;  1LCN A;  5B1F A;  1CKG A;  4WLD A;  5LXW A;  1QTK A;  4N9R A;  4YEN A;  1LMC A;  4N0J A;  3W6B A;  4LYZ A;  1HMK A;  1BGI A;  4NGI A;  5KXT A;  2G4Q A;  1BHZ A;  3ATO A;  3TXJ A;  1OUF A;  1UIE A;  4QDN A;  4TSC A;  3AB6 A;  1UID A;  4WG1 A;  4LYT A;  1GE2 A;  4R6C A;  1LPI A;  3WU7 A;  4DWX A;  1OUA A;  5KKI A;  1YKX X;  1JTO L;  4LFX A;  3RZ4 A;  2Q0M X;  1IX0 A;  4TTD A;  1UAC Y;  5C6I A;  4HJY A;  4BS7 A;  4WM2 A;  3OK0 A;  3ZVQ B;  3ZEK A;  1TEW A;  2PC2 A;  2BQN A;  4HTN A;  3RW8 A;  4NHP A;  5L9J A;  3IJU A;  4DD0 A;  1JKC A;  1ZV5 L;  1LSC A;  4YM8 A;  1IR9 A;  1LZ4 A;  2BQI A;  1GE3 A;  2DQH Y;  4GN4 A;  1JSE A;  3N9E A;  4NIJ A;  2D91 A;  208L A;  2MED A;  4XJB A;  1LZG A;  4GN3 A;  5APC A;  5KY1 A;  1WQO A;  1CJ9 A;  1GF7 A;  4XJG A;  2YSS C;  1BWH A;  4WLY A;  1DKK A;  1GBS A;  3P68 A;  1UIG A;  3WPL A;  1C7P A;  4H9C A;  4ET9 A;  5LVJ A;  1DPW A;  1EQ5 A;  1OUH A;  4OWE A;  1B7L A;  1LZY A;  2YBJ A;  1D6P A;  2ZYP A;  4L41 A;  1KIR C;  1KXW A;  5LAF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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