3GUIA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--apo structure
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
160
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 160
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guiA00
3CDTA 1I6SA 1CUPA 3HH5A 3G3XA 175LA 1L63A 2LCBA 1L71A 3EMLA 3F8VA 2B7XA 250LA 1P6YA 1C6AA 251LA 3GUOA 3FA0A 1KW5A 1L17A 1C6BA 3PDSA 174LA 1LI2A 1LYIA 1QS5A 1D3MA 4W56A 186LA 2NTHA 3SB8A 198LA 3OE8A 159LA 2O79A 1L92A 1G0MA 199LA 1LYFA 220LA 228LA 3DN8A 3C7WA 4AQNA 1CVKA 3HDEA 4YXCA 1L23A 213LA 122LA 3F9LA 1PQKA 1L0KA 3D4SA 1L31A 3HDFA 3VW7A 4EPIA 4ARMA 1L70A 1L68A 1D3NA 3SB6A 2ANVA 4E97A 247LA 3GUKA 1L84A 229LA 2Z6BA 1LPYA 1QT7A 1OVHA 1JQUA 1C6NA 2B75A 176LA 1T8AA 1L12A 2OTYX 1G06A 148LE 1L82A 1L65A 241LA 147LA 1G0QA 2HULA 4EPFA 1T97A 3CDOA 2B6YA 1C6IA 4W55A 3GUJA 1L06A 1G0PA 1LYHA 1QT3A 1WTHA 4S0WA 1XJTA 4EKRA 1PQIA 1OVKA 3C83A 1LYDA 1DYEA 181LA 1PQMA 236LA 1OWYA 2RBSA 1DYGA 3C7ZA 1C69A 246LA 187LA 1KW7A 1L61A 1DYCA 2F32A 261LA 260LA 138LA 1C6JA 2RBNA 1L09A 1QT5A 3C8RA 1CV5A 4EJ4A 211LA 1L20A 1OV7A 2QARC 1SSWA 125LA 1L07A 3CDQA 3HTDA 1L83A 183LA 149LA 1L97A 1P36A 1OWZA 3G3WA 1C68A 1L15A 4W59A 1D2WA 3HUKA 2IGCA 102LA 1SX2A 1SX7A 3UONA 139LA 2LC9A 1G1WA 217LA 3HH3A 4LDEA 4EXMA 1L73A 1KS3A 5LZMA 1L46A 2OU8A 242LA 3DKEX 1L21A 1QTDA 4W51A 206LA 1DYDA 2L78A 1LGXA 4LZMA 233LA 1QTZA 172LA 4EKSA 245LA 4I7NA 126LA 1L99A 3C8SA 1G0KA 219LA 205LA 140LA 240LA 1C60A 160LA 1L85A 4ARJA 1CU5A 180LA 1L08A 1CX7A 3GULA 4GRVA 1OYUA 1L94A 3DN1A 1B6IA 3DN0A 1L38A 1CV6A 1D3JA 168LA 1C65A 2OE4X 4ARLA 1T8GA 185LA 1D3FA 1NHBA 103LA 7LZMA 1EPYA 4I7SA 1C61A 1L72A 3HUQA 192LA 142LA 1C6TA 215LA 145LA 244LA 1SSYA 1L50A 2B6ZA 1L13A 170LA 1L51A 156LA 3C7YA 1KY0A 1DYFA 262LA 3DMZA 3C82A 1QUOA 3FI5A 3DN6A 3HT9A 1CU0A 4EKPA 1L16A 257LA 1C63A 3OE9A 144LA 3C8QA 158LA 1CU3A 4ZPUA 209LA 118LA 4I7PA 224LA 2RB2X 4I7MA 4DKLA 1QTHA 3NY8A 1L02A 252LA 1C62A 1JTNA 237LA 2RBPA 1C6MA 1C66A 1L30A 3DNAA 4EKQA 2RAZX 1L11A 188LA 1XEPA 1L45A 196LA 146LA 1L18A 227LA 171LA 4ARMB 1QT8A 2F2QA 4ARPA 232LA 1C6LA 1DYAA 3V2WA 1KY1A 112LA 222LA 238LA 1QTCA 4YX7C 123LA 2CUUA 1CV0A 1D9WA 1L26A 104LA 1LGWA 1ZYTA 3GUPA 1L56A 131LA 3CDVA 3RZEA 3DMXA 115LA 1L44A 2QB0B 1L86A 2B70A 1C6QA 1LYJA 1L59A 1LWKA 1LYGA 2OE9X 1L64A 1QS9A 1G0LA 4W57A 2B74A 2B72A 1DYBA 201LA 253LA 166LA 1L54A 2B6XA 4W54A 1L00A 2RBRA 1L95A 1L66A 3PBLA 1L14A 1C6FA 1CV1A 3DMVA 137LA 1L04A 4ARQA 1L28A 3GUNA 1CX6A 1P64A 1P37A 113LA 3JR6A 3QAKA 1OV5A 2OU0X 6LZMA 4W58A 1C6GA 177LA 3GUMA 1C6KA 239LA 1P2RA 3OE6A 3SBAA 3L64A 1L35A 3C81A 1G1VA 2RBOA 4DJHA 1L90A 1XJUA 235LA 152LA 1L22A 3ODUA 4ARQB 3HH4A 128LA 1PQDA 157LA 1L76A 108LA 3CDRA 2Q9DA 4W53A 110LA 214LA 1QT4A 1C6HA 1G0JA 1L03A 150LA 3HT7A 1G07A 1QSQA 1SWZA 3HTFA 3LZMA 221LA 3SN6R 2NTGA 107LA 4LDLA 3DN4A 184LA 3V2YA 1L75A 1QT6A 1L89A 210LA 2B6WA 234LA 3K2RA 141LA 2OTZX 3OE0A 2LZMA 3HU9A 1L0JA 178LA 1QSBA 3HTBA 4K5YA 1L69A 114LA 3HH6A 1CUQA 1L87A 1L19A 259LA 2A4TA 1L47A 230LA 2OU9A 2RAYX 200LA 129LA 2ANXA 1C64A 258LA 189LA 1L36A 1L55A 2B73A 4GBRB 3HWLA 1L34A 4I7RA 1QUDA 1L53A 1C6DA 169LA 1QTBA 216LA 127LA 195LA 1C67A 1CU6A 167LA 243LA 1CTWA 2OE7X 1SWYA 1ZWNA 3HU8A 2B6TA 223LA 1L88A 1LW9A 1L10A 182LA 151LA 255LA 231LA 4I7KA 119LA 3DN3A 254LA 4I7JA 109LA 1G0GA 1PQOA 173LA 2RH1A 4PJZA 143LA 256LA 1T6HA 4LDOA 1L96A 4OO9A 1TLAA 1L25A 1CV4A 1L24A 1QTVA 165LA 1L91A 1C6CA 1L29A 1C6PA 2RBQA 3RUNA 1KNIA 226LA 1LYEA 1QUGA 1L43A 3G3VA 1T8FA 3SB7A 190LA 1L52A 249LA 1P56A 4PK0A 1L98A 1L79A 1L67A 2O7AA 4I7TA 1L33A 1CV3A 191LA 1CU2A 1P3NA 2HUMA 1JTMA 2HUKA 3DN2A 3HT6A 218LA 3NY9A 4DAJA 5I14A 1L40A 1LI3A 3HT8A 212LA 2RB0X 2OEAX 1P46A 1L58A 4W52A 1QUHA 3SB9A 163LA 2O4WA 3NYAA 1C6EA 161LA 1L27A 1ZURA 1LGUA 1L93A 1L49A 1L32A 1L60A 3C80A 3SBBC 1L39A 1L41A 1L01A 1P5CA 1L77A 2F47A 2RB1X 162LA 3GUIA 1LI6A 1L48A 1L81A 1K28A 1PQJA 4I7LA 1P7SA 3L2XA 1OVJA 4I7QA 4YXAC 2Q9EA 1L37A 4IAPA 1L05A 3HTGA 3HUAA 1L74A 225LA 1D2YA 1L42A 1L57A 130LA 1L62A 4I7OA 1LWGA 3SB5A 1LLHA 164LA 111LA 248LA 3FADA 197LA 1P2LA 155LA 1L80A 120LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGYA 1EQ4A 4H91A 3F8VA 2B7XA 3J6KA 4DQJA 4ETBA 251LA 3GUOA 1GFEA 1DQJC 1L17A 3PDSA 3TXGA 5FCPA 2XJWA 5LYMA 2BQBA 1GB8A 1HERA 2DQGY 2O79A 2W1LA 3IJVA 1LYFA 3C7WA 4AGAA 4NGWA 1XGPC 4EPIA 3TXBA 4NWEA 1L68A 4OW1A 4XENA 3SB6A 4E97A 1DI3A 1HMKA 3GUKA 229LA 4MSTA 2Z39A 1QT7A 1IX0A 1XGQC 4M6DA 2B75A 1L12A 3WUNA 5LXWA 2HULA 1T97A 2B6YA 5JENB 1G7IC 3HFMY 2HTXA 3TMWA 4W55A 1LJGA 2EIZC 4DWXA 4ZFPA 1HEWA 1SLYA 3CT0A 1PQMA 1REXA 236LA 1OUDA 3C7ZA 2FYDA 1LZSA 187LA 1DYCA 1B7NA 132LA 1C6JA 3C8RA 1ZVYB 1OV7A 2D6BA 5L3IA 3M18B 5D5CA 1SSWA 1L07A 2YBMA 1UC0A 183LA 1GE2A 4TTDA 1L97A 1GFTA 3AGGG 1OWZA 2D4KA 1A2YC 1VDSA 3G3WA 3TXKA 1V7TA 1YKYX 2IGCA 3RT5X 4R6CA 4LYBA 1JKBA 1G1WA 4LDEA 1L73A 4W51A 1L21A 1JJ0A 2L78A 1LHKA 1LGXA 4LZMA 1CNSA 1QTZA 4EKSA 1LHMA 133LA 4OWAA 2FBBA 1G0KA 219LA 4PRQA 140LA 3A92A 1C60A 1G7JC 2XBSA 4B4IA 1CX7A 3GULA 3WPLA 2X0AA 4Z98A 1D3JA 168LA 1CKDA 1LYYA 185LA 1HNLA 5T3FA 1NHBA 1UIEA 1EPYA 5I5QA 5KXYA 3HUQA 4KT3A 2Z19A 2FYCA 1C45A 1OQMA 1XEIA 1L50A 2BQJA 2B6ZA 170LA 1QSWA 4IJ4A 1GE1A 1L51A 1LMCA 1V7SA 3TXIA 3BKVA 3LZ2A 1L16A 1EL1A 144LA 1PS5A 5I54A 118LA 1LSCA 1GF5A 237LA 4NSHA 1L30A 1C10A 4J0LA 4GN5C 1LZ8A 3A90A 1G7LC 4O34A 1WQMA 4YEMA 1GDWA 227LA 1QT8A 4ET9A 2F2QA 3ZVQA 1CJ9A 1DYAA 1BWHA 1QTCA 1VDTA 5HLLA 3CDVA 4LYOA 1C6QA 1LYJA 1MLCE 4J1BA 2OE9X 1WQRA 1LSMA 5LVJA 4W57A 2LYMA 201LA 1LJJA 1L00A 1L95A 3W6EA 1L14A 5EBHA 3P65A 3CB7A 5B1GA 3B0OA 3QAKA 4XJHA 1OV5A 4ML7A 1C6GA 4H9FA 1CKHA 4H1PA 2ZIJA 1JKDA 2BQCA 1FKVA 3HH4A 3G3AB 4NHQA 1PQDA 3WUMA 1L76A 2IHLA 108LA 4D9ZA 2Q9DA 1LZDA 1IIZA 3B0IA 1YKZX 1HMLA 1QSQA 1SWZA 5KXRA 1GB0A 2G4NA 5KJ9A 221LA 1GF6A 2NTGA 1L75A 210LA 1E8LA 3WPKA 4WM5A 2LZMA 178LA 1UIGA 114LA 4LYMA 1LHHA 1RCMA 5LVIA 189LA 1L36A 1LSAA 6LYTA 2BQGA 1GFUA 1WQNA 4GCCA 127LA 1C67A 1LSDA 2BQOA 1WTNA 4B49A 1AKIA 223LA 4LYCA 2ZYCA 1LW9A 4H9HA 151LA 1IWWA 231LA 4I7KA 1F10A 3N9CA 3W3EA 1G0GA 4OOTA 1NMMA 4PJZA 4LDOA 1L96A 4AXTA 1LJHA 3AZ6A 1TLAA 2D91A 1OUGA 2RBQA 2GV0A 4KXIA 134LA 3T6UA 4WL6A 3QY4A 1L98A 2O7AA 1LZCA 4I7TA 5LYZA 2F4AA 1UUZC 1L33A 1JTMA 1NBYC 3A6CY 1LKSA 1L40A 1GFVA 1LI3A 2HEAA 5LAGA 3SB9A 3CT5A 5KXTA 1JTPL 3AW7A 1D0LA 1NKHA 4NG8A 4H9CA 2C8PA 1B0DA 1L32A 1LYOA 5J7CA 1L01A 1GPQC 5B59A 5HNLA 2W1YA 3AZ7A 1TEWA 3L2XA 4H8XA 4I7QA 5APFA 1B7MA 3HUAA 225LA 1HSWA 1GE3A 1L57A 5M1YA 1L62A 1UIHA 1LWGA 3SB5A 1LJKA 4HPIA 5C6LA 2F2NA 1LHLA 197LA 120LA 4GN3A 3GXKA 1WQQA 4YM8A 4N0JA 1DKKA 1T6VL 1I6SA 3G3XA 4WLTA 2LCBA 3FE0A 1L71A 5KXWA 250LA 4XJDA 5DLAA 4RW1A 3FA0A 1C6BA 174LA 4NSJA 3A94A 1LI2A 4NGIA 5E4PA 2ZQ3A 3W6FA 186LA 2BQNA 3A6BY 1IORA 4GCBA 1LJFA 1NDMC 220LA 1GXV2 1BB5A 1VEDA 1CVKA 3BKHA 1L23A 1UCOA 1PQKA 4DC4A 1LSFA 3D4SA 1L31A 5KXNA 1FN5A 1IC4Y 2YDGA 3HBEX 1D3NA 1YROA 1YAQA 2C8OA 4NGJA 1LPYA 2ZNWY 1JQUA 4GN4A 1G06A 4OWEA 1BQLY 1L65A 2D4JA 4NGZA 1LZ9A 147LA 1QQYA 1B5YA 1L06A 5LYTA 1LYHA 1WTHA 2DQIY 1NF5A 4PHIA 4ZEEA 1OVKA 3C83A 1OUBA 4GLVA 2ZIKA 4DD0A 4WG1A 1GF4A 1OWYA 5LA5A 1DYGA 1JJ3A 1L61A 260LA 4RLMA 4WLDA 1WTMA 1GFGA 1KXWA 2RBNA 1GAZA 1I20A 3WW5A 4EJ4A 2QARC 3F6ZA 1D6PA 125LA 4B4JA 1WQPA 1GB7A 4XJGA 2Q0MX 4II8A 4W59A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NGY A;  1EQ4 A;  4H91 A;  3F8V A;  2B7X A;  3J6K A;  4DQJ A;  4ETB A;  251L A;  3GUO A;  1GFE A;  1DQJ C;  1L17 A;  3PDS A;  3TXG A;  5FCP A;  2XJW A;  5LYM A;  2BQB A;  1GB8 A;  1HER A;  2DQG Y;  2O79 A;  2W1L A;  3IJV A;  1LYF A;  3C7W A;  4AGA A;  4NGW A;  1XGP C;  4EPI A;  3TXB A;  4NWE A;  1L68 A;  4OW1 A;  4XEN A;  3SB6 A;  4E97 A;  1DI3 A;  1HMK A;  3GUK A;  229L A;  4MST A;  2Z39 A;  1QT7 A;  1IX0 A;  1XGQ C;  4M6D A;  2B75 A;  1L12 A;  3WUN A;  5LXW A;  2HUL A;  1T97 A;  2B6Y A;  5JEN B;  1G7I C;  3HFM Y;  2HTX A;  3TMW A;  4W55 A;  1LJG A;  2EIZ C;  4DWX A;  4ZFP A;  1HEW A;  1SLY A;  3CT0 A;  1PQM A;  1REX A;  236L A;  1OUD A;  3C7Z A;  2FYD A;  1LZS A;  187L A;  1DYC A;  1B7N A;  132L A;  1C6J A;  3C8R A;  1ZVY B;  1OV7 A;  2D6B A;  5L3I A;  3M18 B;  5D5C A;  1SSW A;  1L07 A;  2YBM A;  1UC0 A;  183L A;  1GE2 A;  4TTD A;  1L97 A;  1GFT A;  3AGG G;  1OWZ A;  2D4K A;  1A2Y C;  1VDS A;  3G3W A;  3TXK A;  1V7T A;  1YKY X;  2IGC A;  3RT5 X;  4R6C A;  4LYB A;  1JKB A;  1G1W A;  4LDE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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