3GUJA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--benzene binding
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 161
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gujA00
1L23A 1OYUA 4W51A 1LYIA 128LA 1QUHA 1L95A 3GULA 1L64A 3DN1A 250LA 3OE0A 240LA 1XJUA 4I7QA 3SN6R 3GUNA 165LA 3DN6A 1G0MA 1L44A 1D3NA 172LA 2ANXA 4DJHA 2OE9X 1D9WA 2L78A 174LA 127LA 1L30A 2LCBA 3HH4A 1L62A 173LA 1L94A 1LYFA 199LA 1C61A 1L83A 225LA 1CV1A 2F32A 2F2QA 1TLAA 1L37A 1PQDA 2B6WA 138LA 1L31A 1QSBA 3CDVA 2OTYX 1L13A 1L15A 3V2WA 3HDEA 2OE4X 1SWYA 1L54A 2B6TA 1T97A 3NY9A 223LA 1CU0A 2OU9A 241LA 146LA 4I7OA 1KW7A 1G06A 3CDRA 1QT7A 141LA 2RBNA 168LA 2RBSA 258LA 1L51A 4PK0A 1L25A 1PQOA 2B72A 1L80A 1L24A 1SSWA 192LA 4W55A 198LA 177LA 2B75A 1ZURA 3SB9A 3HU9A 3C8RA 236LA 1CV6A 1D3JA 2B73A 1T8FA 1QTBA 2A4TA 3CDQA 1P2LA 3C80A 237LA 1C6NA 164LA 3DMZA 3SB6A 259LA 1L66A 249LA 119LA 1ZWNA 1LW9A 1C6KA 1PQIA 2OU8A 214LA 4EPIA 1QT4A 2RB2X 180LA 232LA 2NTGA 2F47A 1QTZA 1KW5A 255LA 3C83A 1CUQA 1L02A 1OVKA 3DMVA 224LA 245LA 2RB1X 1L84A 3QAKA 1SSYA 1LGUA 246LA 1L03A 1QT3A 2RAYX 3HH3A 4LDEA 3HU8A 1P3NA 189LA 1XJTA 228LA 213LA 3VW7A 2RBRA 1G1WA 1CX7A 3DMXA 3HH5A 4DAJA 2RBOA 1L58A 4YX7C 1LGWA 170LA 4EPFA 3HH6A 220LA 1L05A 163LA 1C6QA 1L74A 102LA 1T6HA 2RBPA 109LA 1OV7A 231LA 3RZEA 111LA 3HT9A 1L55A 1C66A 1JQUA 2HUKA 2LC9A 3C7YA 3GUMA 4LDLA 118LA 5I14A 1SX7A 1L67A 1L36A 2B7XA 120LA 4EJ4A 2ANVA 107LA 1L17A 3OE8A 2B6YA 4W57A 1DYDA 1G1VA 1ZYTA 3OE6A 262LA 114LA 1OVJA 159LA 1L42A 1P7SA 2OE7X 144LA 3SB8A 4OO9A 1C6AA 3CDOA 1L99A 3PDSA 248LA 221LA 1L52A 1L41A 1L63A 1CU5A 1L34A 4W54A 2RBQA 1DYFA 4EKQA 1P46A 2Q9DA 1C6MA 2CUUA 1L76A 216LA 4W52A 3DKEX 3C8QA 1QUDA 1G0GA 123LA 2Q9EA 1G07A 1L50A 1L61A 1OWYA 1SX2A 4ARQB 4IAPA 2RB0X 185LA 1D2WA 2B70A 1L69A 3HWLA 1C6DA 1L85A 1I6SA 222LA 3K2RA 1L59A 143LA 1L81A 234LA 113LA 218LA 3HTBA 3CDTA 2OU0X 1L68A 1L29A 1L32A 5LZMA 200LA 1LI2A 1C6CA 181LA 247LA 4I7TA 2LZMA 1L27A 147LA 1C6IA 1QT6A 197LA 1EPYA 2RH1A 3HUAA 1P36A 1L92A 1QT5A 2Z6BA 3HTGA 256LA 1L49A 1C6LA 2QARC 3F9LA 1SWZA 1JTMA 251LA 175LA 1L35A 4AQNA 3SB7A 3ODUA 3GUKA 1LYDA 1NHBA 1CUPA 4ARPA 242LA 1L90A 1L57A 1C65A 4EKPA 1OWZA 212LA 3FA0A 1L47A 238LA 3V2YA 1XEPA 125LA 1PQMA 3DN8A 1CV4A 1L10A 1C6FA 1P56A 1DYBA 2HULA 3DN4A 4I7MA 1K28A 155LA 252LA 1LGXA 1KNIA 1L93A 145LA 4ARQA 3FI5A 1CU2A 4ARLA 3HT7A 1C62A 1CV5A 1C6HA 1L43A 108LA 1QS9A 1T8AA 226LA 1L82A 151LA 1L89A 4EXMA 1G0PA 209LA 239LA 6LZMA 3F8VA 1L56A 1LYGA 235LA 3HDFA 1CX6A 3UONA 166LA 215LA 3HUKA 4GRVA 4I7SA 1PQKA 1L60A 1C6TA 1L53A 1G0QA 1L18A 1T8GA 1L88A 4W53A 3PBLA 4YXCA 206LA 4I7JA 227LA 1C64A 1CVKA 1L46A 152LA 3C7WA 3C81A 191LA 1L86A 1LI3A 211LA 161LA 1L28A 2B6XA 3C82A 110LA 1DYAA 1D3FA 126LA 1C60A 2NTHA 3GUOA 2OEAX 229LA 2B6ZA 4I7PA 3NYAA 1KS3A 4EKRA 4ARJA 137LA 210LA 183LA 1L65A 1CV3A 1L75A 3HT6A 1QT8A 1QUOA 1L91A 3DN2A 1L39A 112LA 3RUNA 244LA 1C6JA 260LA 1B6IA 1L21A 4PJZA 3NY8A 254LA 4I7RA 1QTCA 1LLHA 103LA 150LA 171LA 1L08A 2O4WA 3HT8A 1L12A 1L40A 195LA 1L72A 1OVHA 169LA 3EMLA 1L77A 2RAZX 261LA 4YXAC 7LZMA 1DYEA 142LA 3DN3A 4GBRB 1L79A 1LWGA 122LA 3OE9A 4LDOA 1LYJA 3DN0A 2OTZX 4ARMB 1L45A 1C6GA 1JTNA 1KY1A 1QSQA 178LA 4EKSA 2HUMA 1L48A 3G3WA 129LA 1L01A 1L07A 3LZMA 3SB5A 104LA 2IGCA 4ZPUA 2QB0B 1L96A 253LA 187LA 115LA 4I7KA 3D4SA 4W56A 184LA 1G0JA 156LA 1P6YA 3C8SA 3G3XA 1L73A 1LYHA 160LA 1LWKA 1D2YA 1KY0A 3SBBC 196LA 1L20A 1C67A 1WTHA 1L70A 1L97A 2O79A 4DKLA 140LA 243LA 4W59A 1P2RA 4I7LA 1L06A 4E97A 1P64A 148LE 1D3MA 190LA 162LA 3FADA 176LA 1CTWA 1CU6A 1L11A 4I7NA 1LPYA 205LA 201LA 1CU3A 3SBAA 1L19A 1L14A 182LA 1P5CA 1QTVA 1LI6A 217LA 1C69A 3HTDA 130LA 149LA 1G0LA 1QTHA 1L26A 3JR6A 1L09A 230LA 157LA 167LA 1OV5A 1G0KA 186LA 1L33A 1L87A 257LA 3HTFA 1C68A 3C7ZA 1CV0A 1L0JA 139LA 3L2XA 3GUPA 233LA 1DYGA 1L0KA 2O7AA 4S0WA 1QTDA 158LA 131LA 1L00A 1C63A 3GUJA 1L98A 1L71A 4ARMA 3DNAA 3G3VA 1L22A 3L64A 2B74A 1C6EA 3HUQA 1L16A 4LZMA 219LA 1DYCA 1L38A 1LYEA 1L04A 1C6PA 188LA 1P37A 4W58A 1C6BA 1QUGA 4K5YA 1PQJA 1QS5A 3GUIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUHA 4WO6A 1GFEA 4LYZA 1JUGA 1C7PA 1GFJA 1G0MA 134LA 1IC7Y 1IWZA 2L78A 4XJHA 1GF4A 3M18B 173LA 2YBLA 4N8ZA 199LA 1C61A 5C6IA 1QIOA 2HU3A 1J1OY 1LZ9A 4EOFA 5LYTA 2F2QA 1QTKA 4B4JA 1CJ9A 1GDWA 138LA 1YKXX 3CDVA 2G4QA 2HEAA 1L15A 2OE4X 1SWYA 1L54A 2B6TA 3ULRA 1WQOA 241LA 1FN5A 4FDYA 1LSAA 3TMXA 3CDRA 1QT7A 1REXA 4WM5A 1JTTL 4WLDA 1GF7A 5KKJA 3WU7A 4GCDA 3LYOA 4PK0A 2PC2A 1L24A 1SSWA 3AW6A 2B75A 3HFMY 1EQ5A 3C8RA 236LA 1D3JA 3C80A 5B1FA 1GAYA 4H9HA 1C6NA 1LZAA 259LA 1CKCA 4DDAA 1TCYA 1IWYA 1GBXA 4ETAA 2MEGA 208LA 232LA 2NTGA 3AGGG 255LA 1JSFA 1LZ4A 1L84A 4DDBA 4RDSA 1NBYC 246LA 1B7QA 3CSZA 1TAYA 1P3NA 189LA 3VW7A 4DD1A 1G1WA 1CX7A 3HH5A 4TTDA 1CJ8A 4DAJA 2RBOA 1L58A 2DQDY 170LA 4EPFA 220LA 163LA 1L74A 1OUCA 102LA 2RBPA 109LA 4GN3A 1OV7A 3W6BA 111LA 4ML7A 3QNGA 2HUKA 2LC9A 3GUMA 1NWGA 118LA 1H6MA 5I14A 1A2YC 1JHLA 2LHMA 1XEKA 4YEOA 2B7XA 1C46A 2MEBA 3D9AC 4QDNA 4EJ4A 2ANVA 107LA 3OE8A 2CJLA 1GE1A 1IIZA 4W57A 1D0LA 5LYMA 4I0CA 3OE6A 4N9RA 4UWUA 3WPJA 1GEVA 1GB7A 2ZNXY 3SB8A 4R0FA 1FLUA 1G7HC 3CDOA 3PDSA 5A3ZA 1LJIA 3N9EA 1L34A 2FYDA 2DQAA 1IC5Y 4Z46A 4EKQA 1KXYA 2X0AA 2G4NA 4TX7A 216LA 4XJDA 1JJ3A 2Q9EA 1SX2A 1L50A 1JKAA 1JJ0A 1OWYA 4ARQB 2RB0X 2B70A 1L69A 4KT3A 3WVYA 1GHLA 2MEFA 1I6SA 1BWJA 234LA 113LA 3M3UA 218LA 3HTBA 1D6QA 1OP9B 1L29A 5LZMA 5HLLA 200LA 1DKJA 3A91A 1LI2A 4B1AA 2BLYA 4O34A 4LT2A 3TXHA 1XGQC 2BQLA 2LZMA 5KXXA 4G4CA 1LJGA 1C6IA 197LA 1EPYA 4G4HA 1B7NA 2RH1A 4LFPA 1P36A 1L92A 1LJ3A 1GAZA 4C3WA 4DT3A 1L49A 3F9LA 1MLCE 2LZ2A 3MGWA 3P68A 1L35A 3SB7A 3GUKA 1FLWA 5F81A 1BB5A 4NY5A 4H93A 1HMLA 1ZVYB 4EKPA 1OWZA 1HELA 1L47A 2I25L 1LZCA 1JPOA 3V2YA 1XEPA 4PGJB 4H9IA 1GFUA 4NFVA 1K28A 145LA 2DQCY 5KY1A 5B07A 2N5ZA 1C62A 5IHGA 3A3RX 226LA 151LA 3A3QA 4WM2A 5L9JA 215LA 1SQ2L 4HPIA 4XJFA 1LSNA 5FHWA 1PQKA 1JEFA 1GFHA 5APCA 3RT5X 4YOPA 1T8GA 1IO5A 1L88A 4W53A 3PBLA 1ZMYL 1C64A 1L46A 1GF8A 1G7MC 1T3PA 4H92A 2G4PA 3WW5A 1UC0A 4WLTA 1CKFA 2B6XA 110LA 1DYAA 1HEMA 1D3FA 4HP0A 126LA 6LYTA 4G4BA 2OEAX 1AZFA 229LA 3CSQA 1IOQA 1MELL 137LA 3BKVA 4HV1A 3AZ5A 1CV3A 1WVVA 1QUOA 3AZ6A 1C45A 1WQMA 5I54A 2HU1A 3RUNA 244LA 1UIBA 1L21A 1GBYA 3NY8A 4I7RA 4ETBA 1QTCA 150LA 3RNXA 4LT0A 3HT8A 1L12A 1QUTA 169LA 1B7SA 4YXAC 2ZQ3A 7LZMA 1HHLA 1UIAA 1LWGA 2W1MA 1J1XY 1LYJA 2OTZX 4WM6A 9LYZA 178LA 4H91A 2DBTA 2HUMA 1B5WA 1GF5A 5HQ1A 3G3WA 1IWXA 129LA 1L01A 2IGCA 1DPXA 3EO5A 1L96A 4NHIA 4I7KA 3D4SA 4NWEA 184LA 1G0JA 3G3XA 4YEMA 1VFBC 3WU9A 1IWUA 2D4KA 4XENA 2A7DA 1GWDA 1L20A 1UA6Y 3W6EA 2YBMA 5I5QA 140LA 5KJ9A 2Z37A 4I7LA 1GXXA 1DKKA 3TMUA 190LA 1HEOA 3CT1A 2Z2EA 162LA 1AT5A 3FADA 1CU6A 1LSYA 1L11A 1LSFA 1L14A 2D6BA 3N9CA 1QTVA 1OQMA 1BWHA 1LI6A 1LZGA 5LVJA 149LA 1G0LA 4J0LA 1OV5A 4LT1A 1G0KA 2XBSA 1L87A 1OUJA 1CV0A 2H5ZA 4ZEEA 139LA 1FLQA 233LA 1GF3A 4M4OA 4RW1A 1IWTA 4S0WA 1RJCB 1C63A 1B7LA 2F4GA 5M1YA 1IP4A 2RSCA 1SLYA 3G3VA 2C8PA 2LYOA 1KXWA 1DYCA 1B7RA 188LA 1C6BA 4I8SA 2BQOA 1PQJA 1QS5A 1LHIA 1LYIA 128LA 3ATOA 3TXKA 2BQHA 1L64A 1O23A 5LVKA 4ZIXA 3TXDA 1JTOL 1GB5A 1B7OA 3LZ2A 4I7QA 1DI4A 3DN6A 2XTHA 4H94A 1OUAA 1OUEA 1IEEA 5APDA 1LSEA 3P4ZA 4J1BA 2CGIA 4PHIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUH A;  4WO6 A;  1GFE A;  4LYZ A;  1JUG A;  1C7P A;  1GFJ A;  1G0M A;  134L A;  1IC7 Y;  1IWZ A;  2L78 A;  4XJH A;  1GF4 A;  3M18 B;  173L A;  2YBL A;  4N8Z A;  199L A;  1C61 A;  5C6I A;  1QIO A;  2HU3 A;  1J1O Y;  1LZ9 A;  4EOF A;  5LYT A;  2F2Q A;  1QTK A;  4B4J A;  1CJ9 A;  1GDW A;  138L A;  1YKX X;  3CDV A;  2G4Q A;  2HEA A;  1L15 A;  2OE4 X;  1SWY A;  1L54 A;  2B6T A;  3ULR A;  1WQO A;  241L A;  1FN5 A;  4FDY A;  1LSA A;  3TMX A;  3CDR A;  1QT7 A;  1REX A;  4WM5 A;  1JTT L;  4WLD A;  1GF7 A;  5KKJ A;  3WU7 A;  4GCD A;  3LYO A;  4PK0 A;  2PC2 A;  1L24 A;  1SSW A;  3AW6 A;  2B75 A;  3HFM Y;  1EQ5 A;  3C8R A;  236L A;  1D3J A;  3C80 A;  5B1F A;  1GAY A;  4H9H A;  1C6N A;  1LZA A;  259L A;  1CKC A;  4DDA A;  1TCY A;  1IWY A;  1GBX A;  4ETA A;  2MEG A;  208L A;  232L A;  2NTG A;  3AGG G;  255L A;  1JSF A;  1LZ4 A;  1L84 A;  4DDB A;  4RDS A;  1NBY C;  246L A;  1B7Q A;  3CSZ A;  1TAY A;  1P3N A;  189L A;  3VW7 A;  4DD1 A;  1G1W A;  1CX7 A;  3HH5 A;  4TTD A;  1CJ8 A;  4DAJ A;  2RBO A;  1L58 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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