3GUJA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--benzene binding
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 161
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gujA00
1TLAA 4ARJA 3C81A 1T6HA 249LA 1T8GA 1C61A 4I7OA 4LDLA 2RB0X 2OEAX 1DYCA 1L77A 3PDSA 3OE8A 4LDOA 158LA 181LA 1C6DA 3G3WA 233LA 172LA 1LI2A 3RUNA 2RBSA 1L48A 1L44A 1NHBA 1PQMA 4W51A 4EXMA 180LA 4IAPA 1C64A 1QTCA 191LA 1SSYA 163LA 3SBBC 3CDTA 175LA 1CU5A 1QT5A 2O79A 3CDRA 1C6HA 2B7XA 4EKSA 4W57A 195LA 2NTHA 3F8VA 104LA 1C69A 1LYEA 1G1WA 160LA 1DYGA 1L28A 1L82A 1L50A 1C6CA 4W56A 2RAZX 145LA 1L45A 1G0KA 3DN1A 5I14A 166LA 1PQIA 148LE 2LC9A 1L27A 1C67A 226LA 1KY1A 3CDQA 1P6YA 1C6MA 2RAYX 209LA 1L86A 108LA 1QTDA 3C7ZA 1CVKA 168LA 1K28A 141LA 1LI3A 3EMLA 1CX7A 1L88A 3HDFA 2OE7X 1LYGA 1C68A 211LA 2OU0X 4I7KA 140LA 4EJ4A 221LA 1QTZA 247LA 113LA 112LA 219LA 234LA 1L87A 2LZMA 1PQDA 1LYJA 1QUGA 3SB5A 1CUPA 1L83A 2RBQA 1L99A 156LA 3LZMA 1L95A 111LA 3FADA 182LA 1C6IA 3OE6A 3SB6A 127LA 3HTDA 1L16A 1QT6A 1L34A 3DNAA 3F9LA 4ARQA 3L64A 139LA 1L66A 1L57A 3L2XA 1C65A 1L01A 1L49A 1L21A 1L79A 159LA 1EPYA 1L97A 1OVKA 1DYDA 1QS5A 146LA 3HH6A 1CV4A 3G3XA 216LA 1DYBA 1LYHA 1P64A 3K2RA 161LA 1L76A 198LA 2QB0B 231LA 1C6TA 1LGUA 2RBPA 3NY8A 2OU9A 3C7YA 1LI6A 3GUNA 1LGXA 165LA 178LA 1L43A 4EPFA 2B6TA 5LZMA 1CV5A 1L08A 1L36A 3V2YA 1L02A 2HUMA 1L30A 3SB7A 186LA 1L18A 1L15A 1L69A 4W53A 4YXAC 1L60A 151LA 3FA0A 1C66A 3SBAA 184LA 1OVJA 2B70A 3C8QA 3VW7A 4GBRB 220LA 3HU9A 1JQUA 102LA 118LA 229LA 4OO9A 1L52A 4S0WA 1D2YA 143LA 3V2WA 1L81A 1XEPA 1G06A 4W54A 1L70A 150LA 1P2RA 1G0GA 3QAKA 1L37A 1L42A 225LA 1KW7A 1L26A 1G07A 109LA 254LA 176LA 1KNIA 1LYFA 2RBOA 1L61A 1DYAA 155LA 2A4TA 235LA 1L72A 114LA 1LW9A 255LA 2CUUA 4LZMA 1I6SA 1LWGA 137LA 119LA 4W55A 2OU8A 1WTHA 3HH4A 1QT7A 4I7JA 1QT8A 167LA 183LA 2ANXA 2O7AA 232LA 4I7NA 1QT4A 1CX6A 1L29A 1L22A 1JTMA 262LA 4I7TA 3HTBA 1P7SA 3C7WA 3GUKA 2L78A 2OE9X 3SN6R 1CV1A 2F2QA 4ARMA 256LA 1C6GA 122LA 1T8FA 170LA 258LA 1L0KA 1XJUA 252LA 1P2LA 1OWYA 1SWYA 103LA 171LA 152LA 4K5YA 173LA 120LA 236LA 4I7QA 1L25A 1C6FA 1G0JA 1G0MA 1LYDA 253LA 1CU6A 1L17A 1L19A 2RBNA 1D3NA 2OE4X 192LA 4EPIA 1KS3A 1B6IA 4I7LA 4EKQA 245LA 3JR6A 1JTNA 1L07A 230LA 200LA 1P37A 3DMZA 4ARLA 1L63A 3FI5A 213LA 1L75A 4EKRA 4W59A 3SB8A 1C6BA 3DN0A 2O4WA 1G0LA 1L73A 3RZEA 3C83A 4AQNA 1L65A 1L0JA 3ODUA 1D3FA 1L46A 129LA 189LA 2B6WA 3CDOA 188LA 1L51A 2OTYX 142LA 1L38A 187LA 1CV6A 3HUKA 3HT8A 2HUKA 3HH3A 251LA 4DKLA 212LA 1L71A 1CU3A 1L13A 1CU2A 3CDVA 130LA 1C6NA 1L96A 246LA 1KW5A 1C6KA 238LA 201LA 3HUQA 1LWKA 1L39A 1C6AA 3NY9A 131LA 1L12A 138LA 1L84A 1L90A 3DKEX 3GUOA 1L93A 1QSQA 1SX2A 2F47A 1ZWNA 1LLHA 3GULA 164LA 2LCBA 4ARQB 1L92A 3C82A 126LA 162LA 1OV5A 4EKPA 1C6EA 1G0PA 1PQJA 1L94A 224LA 1L09A 2RB1X 107LA 1CUQA 257LA 3GUIA 1OWZA 1CU0A 144LA 243LA 1L85A 2QARC 128LA 3DN8A 1QUOA 1L58A 3OE0A 3UONA 1QUHA 217LA 1L41A 2B6ZA 1XJTA 3HH5A 1QSBA 2NTGA 3PBLA 110LA 1T97A 4ZPUA 2OTZX 1L53A 223LA 1D3MA 157LA 2ANVA 2RH1A 1LGWA 3C8SA 199LA 1L67A 1L11A 214LA 1L06A 4I7MA 3HUAA 227LA 1L23A 237LA 1PQKA 125LA 115LA 260LA 2HULA 4DAJA 1C63A 3DN3A 1G0QA 259LA 4DJHA 3C80A 2B75A 1CTWA 4W52A 3GUPA 1QT3A 1L89A 3HWLA 1SSWA 4I7SA 240LA 2Q9DA 1P46A 1OVHA 2B73A 1DYFA 244LA 1LYIA 3HDEA 1L47A 1L20A 1LPYA 4LDEA 4YX7C 1L31A 1L33A 1L64A 6LZMA 1C6PA 1L74A 1L91A 1QUDA 1C6JA 1L40A 1PQOA 3G3VA 1L35A 1C6LA 1QTVA 1CV3A 3DMXA 2B72A 149LA 1P3NA 1QS9A 3GUJA 1L10A 1P56A 261LA 196LA 3GUMA 1G1VA 3DMVA 2B6XA 4I7PA 147LA 1D9WA 3DN6A 1C6QA 4W58A 4PK0A 3OE9A 174LA 210LA 3HT9A 1QTHA 2B74A 1L56A 185LA 1ZURA 197LA 1P36A 3C8RA 206LA 4ARMB 3DN2A 2RB2X 2F32A 190LA 1L14A 241LA 4GRVA 3HTFA 1L55A 4YXCA 1CV0A 250LA 3NYAA 7LZMA 1OYUA 4E97A 1L54A 1L68A 2IGCA 1C60A 228LA 2RBRA 1L05A 1KY0A 1DYEA 1QTBA 1L62A 1OV7A 2B6YA 205LA 3HTGA 4I7RA 3SB9A 1L98A 1D2WA 1SX7A 1L32A 2Q9EA 1L24A 1L59A 248LA 215LA 3HT7A 4PJZA 3D4SA 1D3JA 177LA 1C62A 1T8AA 3HT6A 4ARPA 1L00A 1L03A 218LA 239LA 123LA 3DN4A 1SWZA 169LA 1L04A 1P5CA 3HU8A 222LA 2Z6BA 1L80A 1ZYTA 242LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJJA 2X0AA 3WUNA 1C61A 4I7OA 1HERA 2ZIJA 1XEIA 2RB0X 3TXEA 1GFEA 4LYMA 1C6DA 3G3WA 233LA 4NY5A 1L48A 4XJHA 1GFVA 4EXMA 4IAPA 1FN5A 191LA 4XJIA 4OWCA 1QT5A 1EQEA 4WG1A 4G4HA 1C6HA 4W57A 1C69A 1LYEA 1G1WA 1L82A 1C6CA 2RAZX 1XGQC 1HENA 3WU7A 1G0KA 4LYTA 1RE2A 1PQIA 2Z2FA 1LKRA 1L27A 2LYMA 3D3DA 1C6MA 2CGIA 209LA 1FKVA 1LSMA 2DQJY 2Z37A 1FLUA 2CWIA 168LA 3TMVA 2BQOA 1LI3A 4H9AA 1LOZA 2B5ZA 3HFMY 4EJ4A 5FHWA 1GFUA 247LA 112LA 1YAPA 4WM3A 1IR9A 1NBZC 1G7JC 2I26L 1LZDA 1CUPA 1L83A 2RBQA 1YILA 2EKSC 1OUJA 1A4VA 4RLMA 182LA 3SB6A 1HELA 2Z18A 3A6CY 1QT6A 1VDSA 3DNAA 5F9XA 1CJ8A 1LZ9A 1UCOA 1L49A 1GF7A 3VWOA 1LSGA 1LAAA 1L97A 1GBYA 1B7LA 1OVKA 3HH6A 3BKVA 2H5ZA 1DYBA 1P64A 1GF8A 1YAQA 4XN6A 2IHLA 1L76A 2BQEA 198LA 2DQCY 1IC4Y 2G4PA 5K7OA 1LI6A 4XYYA 3WMKA 165LA 178LA 1DI4A 3IWRA 1DKKA 1L30A 3SB7A 4DDBA 1L15A 1GDWA 151LA 1MELL 1O23A 2BQCA 2ZQ4A 3VW7A 1BB4A 220LA 3HU9A 1JQUA 1F10A 2AUBA 118LA 1VATA 229LA 2D91A 1IOTA 4XJDA 4NGKA 2HEAA 4R6CA 3WVXA 4NGLA 2ZWBA 1LZ1A 150LA 1G0GA 2Z38A 1AKIA 1FKQA 4H94A 1GBZA 1YQVY 4CJ2A 2A4TA 1L72A 114LA 255LA 4H9CA 4NHQA 1LJNA 1QT7A 4I7JA 1ZVHL 2MEDA 5ILFA 4GN5C 4NG8A 1CX6A 1NQIA 4XJBA 1LYYA 3OK0A 2L78A 3P68A 2OE9X 256LA 1C6GA 1L0KA 1IWZA 4WOAA 103LA 171LA 5APFA 4K5YA 1VDQA 1LMTA 120LA 4ETDA 1W6ZA 236LA 4I7QA 1C6FA 2F2NA 1LYDA 2RBNA 1GEVA 1IEEA 1QDRA 230LA 3CSQA 1GFKA 3FI5A 4MSTA 5B05A 1LHMA 3LYMA 3W6BA 2YBIA 1C6BA 3DN0A 2O4WA 1IO5A 1G0LA 4UWUA 1L73A 4H9IA 2C8OA 1L65A 4DYGA 129LA 189LA 3CDOA 188LA 1CV6A 3HT8A 193LA 2W1MA 4NFVA 2BPUA 251LA 212LA 1L71A 1CU3A 3J6KA 4EMNA 1L13A 4L41A 1UIFA 4ML7A 4XENA 246LA 5DLAA 1KW5A 3EMSA 1C6KA 201LA 3LN2A 3HUQA 1L39A 131LA 138LA 1ALCA 1IP5A 1IORA 5J7CA 1XEJA 1OUDA 1ZWNA 4CHXA 1GHLA 1IC7Y 1XEKA 1OV5A 4OOOA 3RW8A 3A96A 5A3EA 1L94A 224LA 2RB1X 3B0IA 4H90A 2QARC 3A34A 1IWWA 4LYBA 4TSCA 4RW2A 3OE0A 3W6EA 2DQFC 1QUHA 1GB9A 217LA 4H9FA 4W94A 1IY4A 2BQKA 1B7RA 1OUHA 4GLAA 223LA 2FBBA 5I4YA 1TEWA 1D3MA 4UWVA 2ANVA 3C8SA 199LA 1L67A 3WW5A 1IP7A 1H6MA 214LA 227LA 1GFHA 1GF3A 237LA 125LA 5KJ9A 1DPXA 1B5UA 4W52A 4EOFA 2MECA 5L3IA 2XBRA 1UUZC 244LA 5LVGA 4Z98A 1GFJA 3HBEX 1L74A 1RFPA 5HNCA 1QUDA 1L40A 1GE4A 3AZ5A 1N4FA 2D4KA 2IFFY 196LA 4M6DA 1GFRA 4GCEA 4W58A 2HECA 4PK0A 1GBWA 3AB6A 4MR1A 4QEQA 1L56A 4ETAA 2HUBA 206LA 2F32A 4GRVA 4DQJA 1ZMYL 4WL7A 4GCBA 3TXHA 1OUGA 1CV0A 135LA 1EL1A 208LA 1L54A 3GXRA 1KY0A 1QTBA 1L62A 205LA 1UIBA 4I7RA 1L98A 2BLYA 4R0FA 3ULRA 1L24A 4PJZA 1C62A 1IIZA 1HSXA 4H92A 1JWRA 1L03A 123LA 1P5CA 5APDA 5KXOA 2Z6BA 5KY1A 1LZCA 1C08C 5DN4A 4HTNA 1HNLA 1DYCA 1DPWA 1L77A 4B49A 4PGJB 9LYZA 181LA 2CDSA 3RNXA 1DI5A 2RBSA 1H87A 5B07A 1L44A 4W96A 1KXYA 180LA 1UBZA 1C7PA 1QTCA 1SSYA 163LA 3SBBC 1NWGA 3CQLA 1LZ5A 4LT3A 4DDAA 2MEAA 195LA 104LA 1C46A 1DYGA 5L3HA 3K3TA 5EBHA 5LVIA 145LA 3DN1A 2EQLA 2LC9A 4RLNA 1C67A 5KXTA 4GLVA 4DD1A 3CDQA 1P6YA 4NHTA 4NG1A 4ET8A 1L86A 3C7ZA 3W6FA 1K28A 141LA 1EQ5A 4GCFA 1CX7A 3TMXA 1VDTA 5FELA 2OU0X 4I7KA 3WXTA 1HF4A 113LA 3ZVQA 1IOQA 1OUCA 6LYZA 3A6BY 4NEBA 5ILCA 1LYOA 1LHLA 1L99A 1BWJA 2LYOA 4LFPA 3OE6A 4B1AA 2BQIA 1B7OA 1G7MC 3F9LA 3CSRA 3L64A 4LGKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1PQD A;  1LYJ A;  1QUG A;  3SB5 A;  1CUP A;  1L83 A;  2RBQ A;  1L99 A;  156L A;  3LZM A;  1L95 A;  111L A;  3FAD A;  182L A;  1C6I A;  3OE6 A;  3SB6 A;  127L A;  3HTD A;  1L16 A;  1QT6 A;  1L34 A;  3DNA A;  3F9L A;  4ARQ A;  3L64 A;  139L A;  1L66 A;  1L57 A;  3L2X A;  1C65 A;  1L01 A;  1L49 A;  1L21 A;  1L79 A;  159L A;  1EPY A;  1L97 A;  1OVK A;  1DYD A;  1QS5 A;  146L A;  3HH6 A;  1CV4 A;  3G3X A;  216L A;  1DYB A;  1LYH A;  1P64 A;  3K2R A;  161L A;  1L76 A;  198L A;  2QB0 B;  231L A;  1C6T A;  1LGU A;  2RBP A;  3NY8 A;  2OU9 A;  3C7Y A;  1LI6 A;  3GUN A;  1LGX A;  165L A;  178L A;  1L43 A;  4EPF A;  2B6T A;  5LZM A;  1CV5 A;  1L08 A;  1L36 A;  3V2Y A;  1L02 A;  2HUM A;  1L30 A;  3SB7 A;  186L A;  1L18 A;  1L15 A;  1L69 A;  4W53 A;  4YXA C;  1L60 A;  151L A;  3FA0 A;  1C66 A;  3SBA A;  184L A;  1OVJ A;  2B70 A;  3C8Q A;  3VW7 A;  4GBR B;  220L A;  3HU9 A;  1JQU A;  102L A;  118L A;  229L A;  4OO9 A;  1L52 A;  4S0W A;  1D2Y A;  143L A;  3V2W A;  1L81 A;  1XEP A;  1G06 A;  4W54 A;  1L70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJJ A;  2X0A A;  3WUN A;  1C61 A;  4I7O A;  1HER A;  2ZIJ A;  1XEI A;  2RB0 X;  3TXE A;  1GFE A;  4LYM A;  1C6D A;  3G3W A;  233L A;  4NY5 A;  1L48 A;  4XJH A;  1GFV A;  4EXM A;  4IAP A;  1FN5 A;  191L A;  4XJI A;  4OWC A;  1QT5 A;  1EQE A;  4WG1 A;  4G4H A;  1C6H A;  4W57 A;  1C69 A;  1LYE A;  1G1W A;  1L82 A;  1C6C A;  2RAZ X;  1XGQ C;  1HEN A;  3WU7 A;  1G0K A;  4LYT A;  1RE2 A;  1PQI A;  2Z2F A;  1LKR A;  1L27 A;  2LYM A;  3D3D A;  1C6M A;  2CGI A;  209L A;  1FKV A;  1LSM A;  2DQJ Y;  2Z37 A;  1FLU A;  2CWI A;  168L A;  3TMV A;  2BQO A;  1LI3 A;  4H9A A;  1LOZ A;  2B5Z A;  3HFM Y;  4EJ4 A;  5FHW A;  1GFU A;  247L A;  112L A;  1YAP A;  4WM3 A;  1IR9 A;  1NBZ C;  1G7J C;  2I26 L;  1LZD A;  1CUP A;  1L83 A;  2RBQ A;  1YIL A;  2EKS C;  1OUJ A;  1A4V A;  4RLM A;  182L A;  3SB6 A;  1HEL A;  2Z18 A;  3A6C Y;  1QT6 A;  1VDS A;  3DNA A;  5F9X A;  1CJ8 A;  1LZ9 A;  1UCO A;  1L49 A;  1GF7 A;  3VWO A;  1LSG A;  1LAA A;  1L97 A;  1GBY A;  1B7L A;  1OVK A;  3HH6 A;  3BKV A;  2H5Z A;  1DYB A;  1P64 A; 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