3GUJA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--benzene binding
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 161
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gujA00
4PK0A 165LA 1C6NA 1DYBA 1CV3A 217LA 1L08A 163LA 2O4WA 3C81A 1L11A 3HT6A 189LA 1C6GA 110LA 3CDTA 128LA 1SX2A 1T97A 176LA 4ARMA 103LA 162LA 151LA 262LA 4EPFA 2O79A 1DYCA 1D9WA 1SWYA 3F9LA 184LA 3DMVA 126LA 1L50A 4EJ4A 3DN6A 1ZWNA 156LA 3CDVA 4I7PA 245LA 1LGWA 108LA 1L97A 1SWZA 3QAKA 3GUIA 1OWZA 1C6TA 3C83A 3ODUA 1LPYA 1CV0A 3HTDA 148LE 1JTNA 1C6AA 145LA 1L80A 115LA 1L52A 157LA 1CV6A 3FADA 1OVJA 4YX7C 1LLHA 138LA 1LYDA 209LA 2RB2X 4EKQA 127LA 161LA 1L21A 1QTHA 4EXMA 1XJUA 144LA 3HH3A 4W57A 3OE8A 171LA 1L48A 123LA 1P56A 3DMXA 4ARJA 1L83A 1L18A 4DKLA 1PQMA 4ARLA 2Z6BA 191LA 1L64A 1L73A 1L69A 1L72A 252LA 2HUKA 2OEAX 146LA 215LA 2B74A 182LA 4I7NA 2RBPA 3VW7A 1L92A 221LA 1QT5A 205LA 4YXCA 1QTDA 219LA 1C6DA 4GRVA 1C6HA 1KS3A 3HH6A 6LZMA 231LA 192LA 1L0KA 1DYEA 1LI6A 3C8SA 174LA 1L49A 1CUPA 3FA0A 1C6CA 4W56A 1L01A 2OU9A 175LA 188LA 1QT6A 3OE9A 3HU9A 3SN6R 2HUMA 131LA 1L68A 1L43A 2RH1A 1OWYA 1G0GA 1P2RA 3HTBA 1L10A 1T8FA 4AQNA 1D3JA 167LA 250LA 4W54A 1L81A 2A4TA 1OVKA 2LCBA 1P37A 1L60A 4DJHA 3HDEA 4W52A 2B73A 1L39A 1L0JA 1PQJA 200LA 3JR6A 1L84A 1L36A 1NHBA 1EPYA 4EPIA 3HT7A 3OE0A 1L90A 1L24A 1T8AA 3UONA 1L87A 1L98A 2OTZX 1C62A 2LC9A 1C6IA 218LA 1DYFA 142LA 1L27A 3C7ZA 4I7LA 244LA 190LA 3HUQA 1G07A 1D3MA 150LA 237LA 224LA 1L53A 197LA 241LA 260LA 1L25A 206LA 1DYDA 4I7QA 1P64A 1L38A 3DKEX 3HH4A 247LA 1C69A 4I7MA 4LZMA 232LA 2NTHA 1G0LA 223LA 2F2QA 1SSWA 1P3NA 3D4SA 1C6EA 183LA 172LA 1D3NA 1L15A 1C60A 1D2WA 1L19A 3G3VA 2ANXA 3DNAA 2B7XA 3SB8A 1L70A 1L85A 257LA 2RBOA 3HWLA 168LA 240LA 4PJZA 1KW5A 1L54A 1QT7A 1L58A 1CVKA 1L46A 1TLAA 1C61A 1PQIA 1L42A 255LA 251LA 169LA 2Q9EA 243LA 2CUUA 3DN4A 4ZPUA 2B6YA 1D2YA 177LA 1L40A 3SB5A 2F32A 3C7WA 3EMLA 2OU0X 1G0KA 1C64A 3GUMA 1L62A 1L34A 238LA 254LA 1L23A 1L63A 1L89A 2Q9DA 1D3FA 3OE6A 3HTGA 1LGXA 4I7OA 137LA 4W58A 1L59A 220LA 152LA 225LA 4ARMB 3GUOA 2OE7X 1B6IA 1OV7A 1P46A 3C8RA 2ANVA 1L41A 3RUNA 261LA 2LZMA 2RAZX 2O7AA 3SBAA 1C66A 1P6YA 1LYGA 4GBRB 4I7KA 1L35A 112LA 1L76A 1QT3A 3C82A 1L17A 3RZEA 1G0PA 2HULA 4EKRA 1ZURA 4I7RA 253LA 2B70A 1CU0A 2RBQA 227LA 4LDEA 1LWKA 1L57A 1ZYTA 1OVHA 1L31A 147LA 230LA 1KNIA 1L86A 1KY0A 3V2YA 2RBNA 1QTCA 1G0MA 3HUAA 4ARQB 1L30A 3GULA 249LA 1CX7A 2B6WA 111LA 1LYJA 173LA 1P36A 3HUKA 259LA 1OYUA 1CU2A 1L88A 1JQUA 1DYAA 1L26A 7LZMA 3HT9A 4W53A 130LA 1QUOA 1QS5A 1CU3A 3C8QA 233LA 2OE4X 3SB7A 226LA 1C6PA 1L65A 1L29A 235LA 3HH5A 3GUNA 3CDRA 187LA 170LA 3NY8A 1XEPA 1CV1A 1L28A 1L77A 3SBBC 4EKSA 1PQOA 1L03A 1L82A 1P7SA 3HU8A 212LA 1CU6A 248LA 3NYAA 1G1VA 164LA 1CTWA 1QUDA 213LA 3DN3A 239LA 155LA 4IAPA 1CV4A 256LA 2B6XA 1SSYA 2OTYX 1KY1A 3CDOA 139LA 1QSQA 1L91A 1JTMA 1OV5A 1CUQA 228LA 120LA 2RBRA 1C68A 1L56A 3NY9A 1C6LA 1L71A 3F8VA 1P5CA 3G3XA 3HT8A 1K28A 4I7JA 1LYFA 3FI5A 166LA 1LYIA 1L44A 1L94A 1L06A 1C6JA 199LA 210LA 1L61A 1L04A 143LA 1C6KA 2F47A 1L95A 1PQDA 3LZMA 141LA 3GUJA 5I14A 4W59A 2B72A 158LA 1G0JA 159LA 4LDLA 1L02A 3PBLA 1L66A 2QB0B 3V2WA 229LA 236LA 3SB6A 1L13A 1QSBA 3DN2A 122LA 5LZMA 4ARQA 1CX6A 2B6ZA 3C80A 2OU8A 149LA 216LA 3HTFA 1L37A 4W55A 1L14A 1L09A 1QT4A 160LA 1I6SA 113LA 1LWGA 1PQKA 1QTZA 4YXAC 1L74A 3L64A 1T6HA 1G0QA 1L79A 1QUHA 181LA 3HDFA 2QARC 258LA 1LGUA 1C6FA 1L22A 107LA 211LA 4K5YA 1LI3A 1L96A 1LW9A 3G3WA 1C67A 246LA 2B6TA 2OE9X 129LA 1XJTA 3DN8A 2RB0X 1C65A 1L12A 4ARPA 3DMZA 3L2XA 222LA 1L47A 195LA 4LDOA 104LA 1LI2A 4S0WA 1L20A 3DN1A 1QTVA 1CV5A 1L51A 114LA 185LA 1DYGA 1LYEA 1QT8A 118LA 2RAYX 3SB9A 1C6BA 1L05A 3DN0A 3GUPA 1LYHA 178LA 242LA 198LA 4W51A 3K2RA 1L32A 4OO9A 4EKPA 1WTHA 1G1WA 1SX7A 186LA 1L33A 125LA 1L00A 3GUKA 140LA 196LA 1L16A 1L93A 3CDQA 201LA 4I7SA 180LA 4E97A 1L07A 2RB1X 102LA 2RBSA 1L55A 2L78A 2NTGA 3PDSA 1G06A 1L75A 4I7TA 234LA 1L45A 214LA 1QUGA 1CU5A 1C63A 2B75A 1KW7A 4DAJA 2IGCA 1QTBA 1C6MA 109LA 1C6QA 1P2LA 1L99A 1QS9A 1L67A 119LA 3C7YA 1T8GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
165LA 1C6NA 2C8PA 163LA 1D0MA 1L11A 4WM2A 1LMAA 3HT6A 1GFHA 3CDTA 1T97A 1VEDA 176LA 1GHLA 4N5RA 1V7SA 2LZTA 262LA 2XJWA 1F6RA 1D9WA 1SWYA 1XEJA 1GE4A 9LYZA 126LA 5E9RA 4EJ4A 108LA 1LZ8A 3AW7A 1LSFA 1MELL 1SWZA 1GB3A 3GUIA 1OWZA 3W6DA 4B1AA 3ODUA 1CV0A 3HTDA 4WO6A 1I20A 4M4OA 1L80A 1CV6A 7LYZA 1IWWA 138LA 4YOPA 4NSIA 3LZ2A 4N9RA 1LHLA 3A3RX 1L21A 1WQQA 5B59A 1UICA 4EXMA 1XJUA 1GDXA 144LA 4PJ2C 4W57A 1FN5A 2HU1A 5KXWA 2DQCY 1L48A 123LA 1J1OY 4ARJA 1L83A 3EBAB 3IJUA 4B0DA 1HEQA 3W6BA 4KT3A 4UWVA 4GN4A 3VW7A 4YXCA 2C8OA 3HH6A 231LA 3IWRA 3B0KA 3C8SA 5KXLA 174LA 5ILCA 1L49A 1GPQC 1LYOA 1GBSA 3W6AA 1L01A 1YKXX 3OE9A 1LPIA 3BKVA 3QY4A 1L68A 4FJRA 5B1GA 2RH1A 1UIGA 4OWHA 1C46A 1L10A 1T8FA 1LHIA 1D3JA 3FE0A 2A4TA 1OVKA 2LCBA 1GBZA 1CKCA 1P37A 5KXPA 5FSTA 4DJHA 4W52A 5I54A 5LVGA 1PQJA 4WLDA 1EL1A 5ILFA 1L36A 1NHBA 5APEA 2EPEA 4EPIA 4DQ5A 1T8AA 3UONA 3GXKA 3HBHA 1FBIX 1C62A 1GBYA 218LA 1DYFA 190LA 1DI3A 2D4IA 3ZVQB 197LA 4WG7A 4J1BA 3LYOA 1IOCA 3AZ6A 2PC2A 1DYDA 4I7QA 4LT1A 4FDYA 1IVMA 1LZDA 247LA 1I56A 1LZYA 4I7MA 1JEFA 1LSDA 2NTHA 2MEHA 1V7TA 2BLXA 3CSQA 5KXNA 2YDGA 2F2QA 1SSWA 5I53A 1A4VA 2N5ZA 2W1XA 4H8ZA 4DD3A 1LSEA 4J0LA 1RI8B 1LSNA 2B7XA 2GV0A 3SB8A 4N8ZA 1WQPA 2RBOA 1LHHA 2HU3A 1LJHA 3A34A 1LZ4A 2DQJY 4HSFA 1HENA 4WL7A 1L42A 1QDTA 169LA 1LHKA 4OWEA 3TMXA 4ZPUA 2B6YA 177LA 4G49A 5HNCA 3C7WA 3EMLA 4LYZA 2OU0X 1L34A 5FDJA 2H5ZA 2W1LA 3OJPA 2G4PA 4W58A 1CKDA 220LA 3GUOA 2OE7X 1OV7A 1P46A 1BWIA 3WUAA 2RAZX 3TXIA 4HTKA 2BQGA 3TXDA 2HULA 1BHZA 1LZ6A 2Z19A 1IR9A 1B5WA 4BS7A 2RBQA 1W6ZA 227LA 1LWKA 1HF4A 1L57A 1OVHA 1L31A 1QTCA 4ARQB 1CX7A 4M6DA 4QY9A 4CFOA 1EQ5A 4NGIA 1FLQA 1OYUA 3HBEX 2CDSA 3WULA 1GF8A 1GFEA 4W53A 3IJVA 1QUOA 3C8QA 4BADA 1LMCA 1LSGA 1C6PA 1OUAA 4CFPA 5LYZA 1L29A 4LFXA 187LA 3A90A 1XEPA 4OOOA 3SBBC 3AJNA 1QTEA 8LYZA 3F6ZA 4YENA 1P7SA 3HU8A 1RE2A 1GF3A 5LAFA 248LA 3CT0A 5A3EA 4YF2A 3N9EA 1LAAA 3A67Y 2ZYPA 213LA 3G3AB 239LA 5C6JA 4IAPA 4CHXA 1CV4A 1IWTA 2B6XA 5KY1A 139LA 1EQ4A 1B7QA 228LA 120LA 3EXDA 1C68A 3G3XA 3HT8A 3M18B 1REYA 1WQRA 4DDCA 3A6CY 2MEEA 4NHQA 1PQDA 3RT5X 4PPOA 4W59A 4U3XB 2B72A 1L02A 2A7DA 4IATA 3V2WA 229LA 3E3DA 3A3QA 4G4HA 1N4FA 1LHJA 2LZ2A 1L13A 1QSBA 122LA 5LZMA 5LINA 2OU8A 5LVKA 1QT4A 4LT0A 113LA 1PQKA 4YXAC 1L74A 1G0QA 2EKSC 3HDFA 1D9UA 1P2CC 2ZYCA 2B5ZA 4DD0A 1VDQA 222LA 1LMOA 4LDOA 104LA 194LA 3LHMA 1OUEA 1CV5A 4WM3A 2D6BA 1HSXA 1AKIA 2F30A 1JKBA 1JPOA 2Z38A 4GN5C 1LSAA 1JJ0A 1GXV2 4NHPA 2XBSA 1D0KA 178LA 242LA 1UBZA 1OUJA 2I6ZA 4WG1A 1LJJA 4HPIA 1ZV5L 1WTHA 1SX7A 1VFBC 3N9CA 125LA 5DLAA 3GUKA 3CDQA 1L16A 1L93A 4AXTA 180LA 2RB1X 102LA 2L78A 5IELA 1L75A 3AGGG 1LSBA 1BVKC 2B75A 1AT5A 1QTBA 4EOFA 2HEEA 109LA 1QS9A 1L67A 1T8GA 5B07A 4L41A 3WUMA 1GD6A 2HUBA 1GF5A 2O4WA 1MLCE 5I4XA 3C81A 1IO5A 3RZ4A 1C6GA 110LA 128LA 1DKJA 2BQAA 151LA 4EPFA 5IHGA 4QEQA 1ZVYB 3F9LA 4H9IA 2BQDA 3DN6A 4C3WA 1YKZX 4I7PA 245LA 5L3IA 4DC4A 4LT3A 3WW5A 4Z3MA 1YAOA 4H92A 2WARA 5KXXA 2BQLA 1YAQA 3QAKA 4DD2A 4NGZA 1C45A 1H87A 1LPYA 148LE 1JITA 2EIZC 2MECA 1IP5A 4YX7C 4NSHA 2RB2X 2ZQ4A 4EKQA 6LYZA 1C08C 1QTHA 1UIHA 4B49A 1GAYA 3HH3A 3OE8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 165L A;  1C6N A;  2C8P A;  163L A;  1D0M A;  1L11 A;  4WM2 A;  1LMA A;  3HT6 A;  1GFH A;  3CDT A;  1T97 A;  1VED A;  176L A;  1GHL A;  4N5R A;  1V7S A;  2LZT A;  262L A;  2XJW A;  1F6R A;  1D9W A;  1SWY A;  1XEJ A;  1GE4 A;  9LYZ A;  126L A;  5E9R A;  4EJ4 A;  108L A;  1LZ8 A;  3AW7 A;  1LSF A;  1MEL L;  1SWZ A;  1GB3 A;  3GUI A;  1OWZ A;  3W6D A;  4B1A A;  3ODU A;  1CV0 A;  3HTD A;  4WO6 A;  1I20 A;  4M4O A;  1L80 A;  1CV6 A;  7LYZ A;  1IWW A;  138L A;  4YOP A;  4NSI A;  3LZ2 A;  4N9R A;  1LHL A;  3A3R X;  1L21 A;  1WQQ A;  5B59 A;  1UIC A;  4EXM A;  1XJU A;  1GDX A;  144L A;  4PJ2 C;  4W57 A;  1FN5 A;  2HU1 A;  5KXW A;  2DQC Y;  1L48 A;  123L A;  1J1O Y;  4ARJ A;  1L83 A;  3EBA B;  3IJU A;  4B0D A;  1HEQ A;  3W6B A;  4KT3 A;  4UWV A;  4GN4 A;  3VW7 A;  4YXC A;  2C8O A;  3HH6 A;  231L A;  3IWR A;  3B0K A;  3C8S A;  5KXL A;  174L A;  5ILC A;  1L49 A;  1GPQ C;  1LYO A;  1GBS A;  3W6A A;  1L01 A;  1YKX X;  3OE9 A;  1LPI A;  3BKV A;  3QY4 A;  1L68 A;  4FJR A;  5B1G A;  2RH1 A;  1UIG A;  4OWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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