3GUJA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--benzene binding
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 161
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gujA00
1L67A 195LA 2HULA 1L58A 1L96A 3HT8A 3NY9A 1P37A 1LGXA 1L68A 1L84A 1L59A 3DN1A 4LZMA 164LA 1D3NA 104LA 3L2XA 1L65A 2F47A 3DMVA 3RZEA 3UONA 1LYGA 4I7PA 1L45A 2QB0B 4S0WA 1I6SA 3DMXA 4EKSA 2IGCA 216LA 1L51A 156LA 1C68A 191LA 1L13A 1QTCA 1LYDA 2O79A 180LA 222LA 1G06A 141LA 3C8QA 3OE0A 1L71A 3SB6A 108LA 1L10A 1SWZA 110LA 1B6IA 250LA 2F32A 3HH6A 1QSQA 1L72A 1L46A 3GUIA 1QS5A 223LA 168LA 1L39A 1G0GA 1LWGA 3ODUA 1L80A 244LA 242LA 1L95A 3CDOA 225LA 3V2WA 1P36A 1QT8A 3HT9A 1C6MA 259LA 260LA 4YX7C 2B6YA 2B7XA 1DYAA 4I7SA 1C61A 3K2RA 1LYJA 1PQDA 261LA 233LA 1L69A 1L00A 246LA 1L91A 1CX6A 2B73A 1L40A 3V2YA 2LC9A 232LA 129LA 1XEPA 2RBRA 2OU9A 3HH5A 4IAPA 1L98A 1C62A 1LWKA 3EMLA 107LA 1OWYA 2OE7X 1L06A 3C7YA 2CUUA 2RAYX 4LDOA 3C81A 1T8AA 4ARQA 1L47A 3GUMA 2NTGA 2ANXA 4W58A 3GULA 2RBSA 243LA 186LA 6LZMA 4EPFA 257LA 227LA 3DNAA 3JR6A 3SN6R 4ARMB 1L22A 1D3MA 1CU5A 4I7MA 3G3WA 256LA 4I7TA 228LA 2B6WA 1L55A 1T8FA 200LA 2Q9DA 1QUOA 1KY1A 2F2QA 262LA 3RUNA 3FADA 4GRVA 4W55A 1C6EA 214LA 237LA 1L04A 1L32A 3SB7A 2RBOA 1L03A 1L26A 1L73A 252LA 1G0PA 1G1WA 1L28A 1L16A 224LA 1G07A 3C83A 188LA 2RBPA 3NY8A 1C60A 1D2YA 1L97A 1DYDA 254LA 4LDEA 3GUPA 4EKPA 1QT6A 1WTHA 3C80A 3HTBA 4EKRA 1CU0A 163LA 235LA 1QS9A 1L18A 210LA 1P2LA 1D3JA 2LZMA 3HTFA 1PQOA 1DYCA 1OV5A 2RH1A 1QT7A 1QTZA 199LA 4AQNA 1L54A 3HWLA 1C67A 1L36A 4I7RA 1L0KA 4E97A 4EJ4A 1L15A 1LGUA 1L61A 130LA 1L35A 1L42A 178LA 1D3FA 143LA 1L77A 1L92A 161LA 1PQIA 1QT5A 1L79A 1LLHA 192LA 1C69A 127LA 1L20A 1ZWNA 1L17A 248LA 3OE6A 112LA 3SB8A 137LA 1KW7A 4I7JA 4DAJA 1CU6A 1P56A 3NYAA 1C6TA 3GUJA 4W52A 165LA 1L44A 1L52A 1L99A 1D9WA 1CTWA 2OEAX 1P64A 4EXMA 1QUHA 1QTDA 4EKQA 4PJZA 201LA 1P7SA 3F8VA 2QARC 3HU9A 2RB0X 4YXAC 4ARPA 1C66A 1L09A 160LA 1L50A 1QTVA 258LA 4EPIA 4I7KA 159LA 1G0JA 1C6AA 3SB5A 3HUKA 3G3XA 3LZMA 3CDTA 1C6DA 1CX7A 1KS3A 1LPYA 1C64A 1CV4A 2NTHA 115LA 3HT6A 1P6YA 1G0QA 1L48A 1OYUA 3C8SA 4W51A 1L37A 3SBBC 128LA 150LA 175LA 3DN4A 1T8GA 1L88A 1KW5A 119LA 1T6HA 183LA 1SSWA 187LA 162LA 211LA 4DJHA 3CDRA 176LA 1L12A 3VW7A 1DYGA 3SBAA 2OE9X 1JTMA 1L33A 1QSBA 1JQUA 172LA 1C6FA 2O7AA 4ZPUA 1L49A 3HT7A 145LA 158LA 2RB1X 189LA 230LA 140LA 3FA0A 239LA 1JTNA 238LA 4I7NA 1L38A 138LA 1C6BA 169LA 4I7QA 1LW9A 4DKLA 1QT4A 149LA 255LA 170LA 220LA 2A4TA 1LYIA 1L82A 171LA 118LA 3D4SA 1CUPA 1L14A 1SX2A 3GUKA 4YXCA 1L75A 1C6PA 2OU0X 3DN2A 4ARMA 221LA 1L19A 3CDQA 1C6JA 3HH4A 1OVJA 3G3VA 1G0MA 1L94A 1L41A 1SSYA 3CDVA 4I7LA 3FI5A 103LA 1CV6A 3HUAA 1P3NA 1L87A 190LA 1L23A 1KY0A 1G0KA 3OE8A 155LA 1CVKA 1PQKA 1C63A 1OWZA 2LCBA 1G0LA 4GBRB 4W54A 1L85A 1C65A 1LI3A 1L02A 206LA 1L11A 142LA 182LA 3HDEA 2RB2X 2L78A 1OV7A 4LDLA 1QT3A 2RBQA 3C7ZA 3DMZA 2ANVA 1C6IA 1P46A 3C8RA 1CU2A 3DN6A 102LA 196LA 148LE 4W56A 1NHBA 1C6QA 1PQMA 1L74A 177LA 1ZURA 4K5YA 1L70A 125LA 1CV0A 1C6KA 3DN8A 1P5CA 226LA 167LA 2B70A 1LYHA 1OVHA 3OE9A 7LZMA 166LA 1CV5A 2B72A 111LA 4OO9A 1L05A 1L31A 1C6GA 152LA 2OU8A 1L07A 1PQJA 4W59A 3HTGA 1KNIA 1P2RA 1L08A 198LA 120LA 5LZMA 1L27A 1QTBA 1SX7A 2OTZX 1LI2A 1C6HA 1DYFA 1L66A 1L43A 1L93A 1CUQA 2OTYX 4W57A 123LA 1L57A 1L60A 4ARQB 3DKEX 1L21A 3L64A 1DYEA 3GUOA 1D2WA 3HUQA 1LYEA 4ARLA 174LA 3HDFA 3HH3A 1L25A 2Q9EA 215LA 1EPYA 1SWYA 1G1VA 2HUMA 5I14A 3QAKA 241LA 1QUDA 185LA 1L90A 3DN3A 113LA 2RAZX 4PK0A 184LA 2B6XA 3PDSA 2B74A 1CV3A 253LA 147LA 173LA 2RBNA 3C7WA 2Z6BA 251LA 1L63A 122LA 1L01A 1L24A 1LYFA 3SB9A 3PBLA 181LA 1C6CA 1L0JA 205LA 157LA 1L30A 1TLAA 1XJTA 1C6NA 3F9LA 151LA 219LA 4I7OA 131LA 1L62A 236LA 3GUNA 1L29A 1L81A 1LGWA 2O4WA 1L64A 3C82A 249LA 197LA 2B75A 2HUKA 109LA 114LA 209LA 1XJUA 212LA 1L76A 1L89A 2B6ZA 126LA 144LA 231LA 234LA 146LA 1C6LA 1OVKA 1K28A 1L56A 1L83A 245LA 4ARJA 218LA 217LA 4W53A 3DN0A 1T97A 247LA 1QTHA 213LA 2B6TA 1L86A 3HU8A 1ZYTA 240LA 139LA 3HTDA 1L34A 1QUGA 1CU3A 229LA 2OE4X 1DYBA 1LI6A 1CV1A 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L67A 1L96A 3HT8A 1D3NA 1CJ6A 1B7RA 1OUHA 1L65A 3UONA 3W6AA 3RT5X 4EKSA 1RJCB 5APFA 1C68A 1L13A 1QTCA 3C8QA 1L71A 1SLYA 1LHJA 2BQAA 1GBYA 250LA 4P2EA 1QSQA 1L72A 1L46A 5AMYA 1LWGA 4HTQA 242LA 1GF4A 2CJLA 4W96A 1E8LA 1QT8A 2H9KA 4IASA 1LYSA 1G7JC 1A2YC 261LA 3A96A 1L00A 246LA 4GCEA 1L40A 3B6LA 3V2YA 4LGKA 232LA 3AGIA 1OUGA 3P68A 129LA 2F4AA 5II3A 1LYYA 3A90A 4TSCA 107LA 3C7YA 4ARQA 1FLUA 1L47A 4W58A 1UC0A 4WO9A 4RW1A 6LZMA 1IC5Y 4XJIA 227LA 4RW2A 2EPEA 1D3MA 1CU5A 132LA 4PRUA 200LA 1IOQA 1QUOA 1KY1A 3WW6A 262LA 5KXRA 4GRVA 1OUJA 1LKRA 1L03A 1SQ2L 2VB1A 6LYZA 1BQLY 1L73A 1GD6A 4YEOA 3ATNA 1L28A 4UWVA 4Z41A 3ULRA 1G07A 188LA 2RBPA 3NY8A 1C60A 1JIYA 1XGTC 1L97A 4YF2A 1GAYA 1GE1A 4CFPA 4XJDA 3HTBA 5DLAA 1J1XY 4GN4A 4L41A 3WH1A 210LA 1D3JA 2LZMA 2YBMA 1LZYA 4AQNA 3IWRA 4I7RA 4E97A 4BS7A 4EJ4A 1L42A 130LA 3OJPA 2BQHA 178LA 2EKSC 1L92A 3P66A 3TXGA 3OK0A 1BGIA 1LMTA 2Z18A 2NWDX 1V7TA 1L20A 4LT2A 1LHIA 1QUSA 1ZWNA 1L17A 1LMQA 3A6CY 1BVKC 2RSCA 1KW7A 1CU6A 2FYDA 5LYTA 1D9WA 5FSTA 1P64A 1KXYA 4R0FA 208LA 3AW7A 4EKQA 1DXJA 201LA 1GB8A 1JJ0A 3LYZA 4LT3A 1UIHA 1QTVA 1LMOA 5B59A 3AYQA 1LPYA 1CV4A 3CT5A 4U3XB 2BLYA 1WTMA 4W51A 1L37A 3GXRA 1LZSA 150LA 1L88A 119LA 211LA 4DQ5A 1IOCA 2FYCA 1RFPA 1DYGA 2ZYPA 3B72A 1IC7Y 4H1PA 1LMPA 1GBOA 1C6FA 4ETBA 1LJHA 4UWNA 5HNLA 3HT7A 158LA 140LA 4EOFA 239LA 1JTNA 1L38A 1YIKA 4DKLA 4I7QA 1HFXA 5FELA 1HFZA 1LZ4A 1HEOA 220LA 1LYIA 171LA 118LA 1SX2A 4N1EI 2BQBA 3CDQA 2XBRA 1WVVA 1G0MA 1L94A 3CDVA 2HECA 5DL9A 103LA 1LZ6A 2YBIA 1P3NA 1L87A 190LA 155LA 2YVBA 1CVKA 1D6QA 1OWZA 1IWVA 3RNXA 1GBZA 1G0LA 3A8ZA 1L85A 1L02A 4FDYA 4NGJA 2RB2X 4B4JA 1OV7A 3EXDA 1FKVA 1LSBA 3C8RA 1CU2A 2BQEA 1IR9A 1TBYA 1NHBA 1C6QA 4DD9A 1J1PY 4PPOA 1L74A 177LA 1B5YA 4K5YA 1C45A 1L70A 1P5CA 167LA 1GF0A 1BB3A 4KXIA 1PZYA 1LYHA 3OE9A 166LA 1CV5A 4OO9A 1DPWA 1C6GA 4YENA 4X3BA 2ZQ4A 4H9AA 4HP0A 1XGUC 3TXDA 3A34A 2LYMA 1L27A 1SX7A 1F6SA 3TMUA 1LHKA 1JWRA 1IP6A 1LJKA 4W57A 1YAQA 3TXHA 4ARQB 3A91A 3L64A 4XJFA 3GUOA 2IFFY 4DC4A 1CJ8A 3HUQA 3WUMA 4ARLA 1HSWA 2Q9EA 215LA 2YBHA 1LOZA 1B9OA 5KXZA 3QAKA 2HU3A 1QUDA 185LA 3DN3A 2BLXA 5I4XA 3PDSA 9LYZA 2B74A 1CV3A 1IC4Y 173LA 1TEWA 153LA 1KIRC 1L63A 4WM3A 4H9BA 4WM2A 3SB9A 4LFXA 2CGIA 3PBLA 1C6CA 134LA 1CJ7A 1YROA 1YANA 1B5XA 5ILFA 4WLXA 1DI3A 157LA 1TLAA 2MEDA 3F9LA 4G4BA 219LA 2O4WA 1L64A 4NGLA 249LA 197LA 2ZIKA 4HPIA 109LA 1CKDA 1LJEA 2BQIA 3P65A 1L76A 2B6ZA 126LA 4OWEA 4HPEA 234LA 2A7DA 1C6LA 4XADA 4ARJA 218LA 5L3HA 1T97A 2B6TA 4DT3A 1L86A 1BVXA 139LA 5KXLA 1HF4A 229LA 2OE4X 1DYBA 2MEGA 1IORA 1L58A 3NY9A 1CNSA 4C3WA 1IWUA 3EMSA 1GF7A 1L59A 1L84A 3DN1A 5J7CA 3WXTA 5K7OA 2F47A 3DMVA 1LYGA 1L45A 4S0WA 1JJ1A 3DMXA 3TMXA 1LYDA 2O79A 1LZ1A 1I20A 2DQFC 141LA 1VDPA 108LA 1L10A 1SWZA 110LA 1JJ3A 1LZBA 2F32A 2YBLA 4H9EA 3N9AA 4WLDA 1L39A 4OOTA 2DQIY 1L80A 244LA 1P36A 5KXTA 2ZWBA 3HT9A 1LZAA 1ZMYL 1CKHA 1C6MA 259LA 2B6YA 1YL0X 1C61A 3K2RA 2Z37A 1L69A 1L91A 2B73A 4M4OA 4AGAA 3BKHA 2DKVA 5B1FA 1LYZA 2W1LA 2OU9A 1GFUA 4DD0A 3RZ4A 3HFMY 2BQCA 4PGJB 2ZYCA 1T8AA 2HEAA 5I4YA 3GUMA 1DI4A 3CT0A 1YKZX 5T3FA 3T36A 1GFRA 1HMLA 4TWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L67 A;  1L96 A;  3HT8 A;  1D3N A;  1CJ6 A;  1B7R A;  1OUH A;  1L65 A;  3UON A;  3W6A A;  3RT5 X;  4EKS A;  1RJC B;  5APF A;  1C68 A;  1L13 A;  1QTC A;  3C8Q A;  1L71 A;  1SLY A;  1LHJ A;  2BQA A;  1GBY A;  250L A;  4P2E A;  1QSQ A;  1L72 A;  1L46 A;  5AMY A;  1LWG A;  4HTQ A;  242L A;  1GF4 A;  2CJL A;  4W96 A;  1E8L A;  1QT8 A;  2H9K A;  4IAS A;  1LYS A;  1G7J C;  1A2Y C;  261L A;  3A96 A;  1L00 A;  246L A;  4GCE A;  1L40 A;  3B6L A;  3V2Y A;  4LGK A;  232L A;  3AGI A;  1OUG A;  3P68 A;  129L A;  2F4A A;  5II3 A;  1LYY A;  3A90 A;  4TSC A;  107L A;  3C7Y A;  4ARQ A;  1FLU A;  1L47 A;  4W58 A;  1UC0 A;  4WO9 A;  4RW1 A;  6LZM A;  1IC5 Y;  4XJI A;  227L A;  4RW2 A;  2EPE A;  1D3M A;  1CU5 A;  132L A;  4PRU A;  200L A;  1IOQ A;  1QUO A;  1KY1 A;  3WW6 A;  262L A;  5KXR A;  4GRV A;  1OUJ A;  1LKR A;  1L03 A;  1SQ2 L;  2VB1 A;  6LYZ A;  1BQL Y;  1L73 A;  1GD6 A;  4YEO A;  3ATN A;  1L28 A;  4UWV A;  4Z41 A;  3ULR A;  1G07 A;  188L A;  2RBP A;  3NY8 A;  1C60 A;  1JIY A;  1XGT C;  1L97 A;  4YF2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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