3GULA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--ethylbenzene binding
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gulA00
183LA 1CV0A 1L55A 1P56A 1G07A 1C68A 3SB7A 1L52A 189LA 1L10A 3C7WA 3OE0A 219LA 3DKEX 172LA 1L28A 2B6YA 1L65A 2LCBA 1C6FA 1L16A 4EPIA 3SB6A 2B6WA 1QTBA 1L0KA 4EKSA 1L69A 198LA 170LA 1L47A 1PQOA 215LA 1L29A 3D4SA 1CX6A 1L46A 112LA 4GBRB 1OVHA 173LA 1L92A 4W53A 1L14A 1L98A 4I7LA 1LI2A 1L70A 224LA 3DN8A 211LA 115LA 1ZYTA 148LE 1L89A 144LA 162LA 237LA 1L04A 242LA 1PQMA 1L33A 3CDOA 1LYIA 229LA 3GUPA 4AQNA 222LA 3OE6A 113LA 4W52A 4ZPUA 3C8QA 2RBNA 178LA 1D3MA 122LA 185LA 1L85A 2B6XA 3ODUA 1KW5A 3G3VA 1KY1A 3GUMA 4YXCA 197LA 262LA 1CV3A 2B75A 161LA 4I7KA 4EKRA 238LA 1C6EA 257LA 3HTFA 1L17A 131LA 1KW7A 143LA 2B6TA 201LA 3HUAA 3HUQA 2NTGA 3DN1A 166LA 2HULA 2O79A 1D3NA 2O4WA 3HWLA 3VW7A 114LA 3HH6A 210LA 1L79A 239LA 103LA 1XJTA 1C64A 3HU9A 137LA 1L40A 4DAJA 3PDSA 3FI5A 2B6ZA 1L59A 1OV5A 1LYEA 1CV1A 2QARC 1JTNA 4ARJA 3F8VA 1L37A 3C8SA 1C6TA 1DYDA 1OWYA 4YX7C 3LZMA 1L67A 3GUKA 167LA 1G0MA 1L61A 1G1WA 4I7MA 107LA 1QUHA 223LA 1LLHA 2RAZX 1C6IA 174LA 4I7OA 3DNAA 1LGXA 1L64A 3C81A 240LA 1QTHA 1LWGA 3G3XA 1L01A 1L15A 2Z6BA 3SB5A 176LA 1L45A 214LA 171LA 1L21A 1ZURA 4YXAC 1DYAA 3SB9A 129LA 1PQIA 1QTZA 1C63A 1L00A 3NY8A 120LA 3C80A 1OVKA 1SWYA 231LA 186LA 3GULA 1QS9A 3UONA 1CU2A 3GUOA 1QUGA 3DMVA 218LA 2LC9A 127LA 3SB8A 3JR6A 1CX7A 1L74A 1L05A 4W58A 2ANXA 1C6MA 1P7SA 232LA 1L0JA 125LA 2OTZX 4ARQB 1CU5A 2A4TA 1L23A 1LYFA 1P37A 2F2QA 2OTYX 1C6KA 1CUPA 4IAPA 1L07A 3HU8A 3CDVA 1LGWA 1LI6A 2CUUA 123LA 1C67A 2RB1X 1C6HA 1C60A 1QT8A 1L39A 4LDLA 1G06A 3HH5A 3HT8A 256LA 1L02A 1L97A 1QUOA 1PQJA 1G1VA 1C6CA 158LA 1L30A 1C6LA 1CVKA 1SWZA 4EKQA 3V2YA 1L38A 1C6DA 2ANVA 4EPFA 2HUMA 1L54A 3V2WA 3HT7A 4ARQA 164LA 1LWKA 4GRVA 4K5YA 3HDFA 236LA 1CV5A 180LA 1L12A 1QT4A 177LA 254LA 2RB2X 1KNIA 3F9LA 2F32A 140LA 1I6SA 126LA 3C82A 3DN6A 2HUKA 1L63A 3SBAA 199LA 1L95A 1P3NA 1B6IA 1QUDA 160LA 1DYGA 1L18A 4DJHA 1LYHA 228LA 1T6HA 3C7ZA 1L43A 4EKPA 213LA 1L84A 258LA 1P36A 1L58A 1CTWA 1L51A 1LYGA 216LA 190LA 244LA 182LA 188LA 1L09A 3L2XA 1L24A 259LA 1KY0A 111LA 1D2YA 2RB0X 151LA 104LA 1JTMA 1KS3A 1T8FA 4W55A 251LA 1L48A 1L80A 3CDRA 1L94A 1L25A 1D2WA 1DYBA 2F47A 3C83A 4I7NA 1QSBA 1QT6A 4ARMA 1JQUA 2Q9DA 1QSQA 200LA 146LA 1L49A 3CDQA 1SSYA 1C6PA 248LA 149LA 3HTGA 2B7XA 1G0QA 1C61A 1CV6A 1P2RA 3GUIA 3HTBA 1DYEA 1L35A 4I7TA 4DKLA 1WTHA 4ARLA 2RBSA 1ZWNA 217LA 191LA 1C65A 1XJUA 152LA 4E97A 3NY9A 1G0KA 119LA 2RBPA 1QS5A 4OO9A 1L27A 3G3WA 159LA 4W51A 1L75A 1L99A 2OE7X 1T8GA 118LA 2OU9A 1C69A 3HT9A 7LZMA 3DN3A 4W54A 3FADA 181LA 1L86A 2Q9EA 1L11A 2RH1A 260LA 3HTDA 2OE4X 4I7QA 3HT6A 163LA 261LA 5I14A 1L53A 3DN2A 2OE9X 1LYJA 1C6GA 1L87A 220LA 3HH4A 249LA 1L41A 2B72A 2B70A 1P64A 255LA 252LA 1SX7A 221LA 3RZEA 3OE9A 1C6QA 1L72A 168LA 1L77A 1L50A 1L08A 1QTDA 175LA 1PQKA 156LA 4W59A 1L03A 1LW9A 1PQDA 2RBRA 1OWZA 4PK0A 247LA 1L93A 1L83A 3CDTA 1L66A 1OV7A 1G0LA 4I7SA 1L34A 1C6AA 150LA 1NHBA 157LA 1L82A 2B73A 3OE8A 1T8AA 1G0GA 2RBOA 3HDEA 1OVJA 110LA 155LA 2O7AA 192LA 3QAKA 1L60A 6LZMA 142LA 1CU6A 4EXMA 4ARMB 1P5CA 1DYFA 1C6NA 1L90A 3SN6R 1L96A 1QT3A 1L71A 2RBQA 145LA 209LA 1CV4A 1D9WA 1LI3A 196LA 138LA 165LA 1LPYA 1CUQA 205LA 1P2LA 1SX2A 3SBBC 4ARPA 3C7YA 1L56A 4LDOA 3RUNA 1C6BA 246LA 141LA 1EPYA 3GUNA 1L44A 1L68A 1T97A 4W56A 253LA 3HH3A 4I7PA 1C62A 1LGUA 1P6YA 226LA 1L26A 245LA 3K2RA 1L42A 1C66A 1L19A 250LA 2NTHA 3PBLA 1DYCA 1QT7A 2OU0X 187LA 1L20A 4EJ4A 1L36A 234LA 1QTVA 1L57A 1D3FA 1L31A 4I7RA 1L88A 1L32A 3FA0A 1XEPA 2OEAX 235LA 4PJZA 2LZMA 102LA 1L81A 233LA 227LA 212LA 1G0JA 109LA 3GUJA 1SSWA 243LA 4S0WA 139LA 241LA 3DMZA 1C6JA 2L78A 184LA 230LA 1L06A 2RAYX 4W57A 5LZMA 1G0PA 1K28A 3DN0A 3NYAA 3L64A 1LYDA 1CU3A 3C8RA 1TLAA 3DN4A 3EMLA 4LZMA 130LA 1L91A 147LA 3HUKA 1L13A 1L22A 206LA 195LA 1D3JA 108LA 1L62A 1QTCA 1L73A 225LA 1P46A 1L76A 2QB0B 1CU0A 2OU8A 128LA 169LA 1QT5A 2B74A 2IGCA 4LDEA 1OYUA 3DMXA 4I7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSNA 1G07A 5C6JA 3SB7A 189LA 3C7WA 4J0LA 3D9AC 1IY4A 5I53A 4LT3A 2B6YA 1REMA 2BQKA 1L65A 3SB6A 3A6BY 3WU8A 4W94A 4OWBA 3A3RX 1LJJA 1XGUC 5C6IA 1L69A 4PGJB 5T3FA 1L47A 215LA 4XJDA 1L29A 5LA8A 1HSWA 1LMAA 3AW6A 1BWIA 1GB9A 1HEWA 1L46A 3E3DA 4H9HA 1L98A 4H90A 1LJGA 3DN8A 1HFXA 1L89A 2HU1A 162LA 237LA 3TXFA 5L3HA 4HV1A 1GF7A 4AQNA 222LA 1ZVYB 1GE0A 1GHLA 185LA 1L85A 3G3VA 4YXCA 4DYGA 5LYZA 1CV3A 1LKSA 1AT6A 3SP3A 3RW8A 1GF0A 1L17A 143LA 4L41A 2LHMA 2O79A 1GPQC 4WM5A 210LA 103LA 3MGWA 3B0KA 1GBZA 2B6ZA 4RW2A 3ZVQA 4WL7A 1L59A 1JTNA 1B5WA 132LA 1YAPA 1OWYA 4BAFA 4NY5A 1TEWA 223LA 1QUHA 4NG8A 1LSCA 3HFMY 2F30A 2F2NA 1LZ9A 4I7OA 5IDDA 2YDGA 3G3XA 1LSDA 1CJ6A 1L15A 3SB5A 176LA 2CJLA 214LA 3WU9A 1L21A 1ZURA 4BAPA 5D5FA 4E3UA 1C63A 1B0DA 2BQDA 2LC9A 2ZYPA 5KXNA 1C6MA 1CKDA 1LTMA 232LA 1L0JA 4HPEA 4ARQB 1L23A 5I4YA 4IAPA 1NBZC 3CDVA 1LGWA 2HEFA 123LA 1B7PA 5KXPA 1LSYA 4DQ5A 3B72A 5F9UA 1NMMA 1QT8A 4LDLA 1L02A 1L97A 3A90A 2FBDA 2XBRA 4I0CA 4J1BA 1GF4A 1J1OY 1B5ZA 2FYDA 2EQLA 1L38A 1C6DA 1LYZA 1OUEA 3HT7A 1LWKA 4TX7A 3HDFA 180LA 1QT4A 177LA 4UWUA 1UUZC 1GF8A 1KNIA 3WUAA 4CFPA 1QIOA 4QEQA 1UIAA 5LINA 1YAOA 4NHQA 3DN6A 1T6VL 1W6ZA 2MECA 1L95A 1P3NA 1IR8A 3VWOA 3CQLA 3A95A 1L18A 4DJHA 1T6HA 1UIDA 6LYTA 1L43A 4EKPA 4A7DA 1V7SA 213LA 4C5FA 1L84A 1P36A 5DM9A 1CTWA 1L51A 3N9AA 4B0DA 1L09A 3L2XA 1L24A 259LA 2XQOA 2DQIY 4ZEEA 1GFGA 2VB1A 2HEDA 4NSGA 1T8FA 3CDRA 1L80A 4H92A 1L25A 1LHJA 4I7NA 1QSBA 2Y8PA 4MSTA 2F4GA 5A3ZA 1LZDA 1C6PA 1G0QA 4MCKA 3RU5A 1IORA 1P2RA 1CV6A 1L35A 3HBEX 1OUJA 1GB3A 1C65A 3W6BA 3FE0A 1OUIA 1L27A 7LYZA 3A94A 4GN5C 2CGIA 3M18B 4CJ2A 4BADA 3RT5X 5LYTA 3DN3A 4W54A 3FADA 181LA 1L86A 3WW5A 2HEAA 1G7IC 4N1EI 3HT6A 2D6BA 1XGPC 3DN2A 4XJHA 1SQ2L 1QDRA 1YANA 1LZYA 255LA 252LA 221LA 2HEEA 1H6MA 4AXTA 1L08A 1QTDA 4W59A 1PQDA 1LW9A 1D0LA 1GFAA 1XEKA 1L66A 1ZMYL 1L34A 1F6RA 1T8AA 2RBOA 3CB7A 134LA 3HBHA 110LA 5HMVA 4DC4A 192LA 1L60A 6LZMA 142LA 1CU6A 5KXRA 1DYFA 4XJBA 1L90A 4LFPA 1I20A 3RNXA 4H1PA 2RBQA 2H9JA 4N1CC 1NF5A 1G7MC 1KIRC 4DD1A 5LA5A 2X0AA 5B1GA 1LJHA 1L56A 1F0WA 1GE4A 1UBZA 4LYMA 1C6BA 4FJRA 3GUNA 1L68A 1IP6A 4NHIA 1YL0X 2DQGY 1LJ4A 2G4NA 1C62A 2LYZA 1GB6A 4HTQA 1UIGA 1C66A 250LA 2NTHA 1CNSA 1ALCA 1QT7A 187LA 1MLCE 5B05A 1D9UA 1G7LC 1L31A 1OUCA 4I7RA 1L88A 3FA0A 1XEPA 4RLMA 2LZMA 3LHMA 1FKQA 3LYTA 2H5ZA 2MEEA 1BVKC 1UIFA 230LA 2BQOA 1DI3A 1YKYX 9LYZA 4IJ4A 1LYDA 1TLAA 4WO6A 4O34A 1CKFA 4MR1A 5I4WA 5LIOA 5M1YA 4NGWA 195LA 1L73A 1P46A 4B4IA 2QB0B 2OU8A 1EQEA 1QT5A 1B5UA 5APFA 1IP1A 4I7JA 1CV0A 1L55A 1IWTA 1UIHA 1G7JC 1L10A 5KXXA 172LA 1L28A 4YOPA 4GCFA 5HQ1A 1L16A 1FLQA 2LZ2A 4ETAA 5LVGA 5LYMA 4PRQA 5F16A 1PQOA 1I1ZA 1AKIA 1JSEA 2LYMA 1LSZA 4W53A 3ATOA 4I7LA 1JJ0A 1TAYA 2I25L 1JKAA 4HJZA 211LA 115LA 1HHLA 1WQOA 1KIPC 5E4PA 3W6CA 4YEOA 4WM1A 1A2YC 1WVUA 3P68A 4UWVA 1UCOA 3OE6A 3C8QA 3A8ZA 1EQ5A 2BQAA 178LA 1D3MA 2B6XA 4Z46A 1GBOA 3GUMA 1WQMA 197LA 2YBLA 2B75A 5K7OA 1RFPA 2XBSA 2BQJA 1C6EA 257LA 1XEIA 4G49A 3A6CY 4ZIXA 5KXOA 2B6TA 3HUAA 201LA 1B7NA 3HUQA 4P2EA 5LVHA 166LA 3HWLA 3B6LA 1XJTA 3G3AB 3D3DA 1NDMC 137LA 3W6EA 1D6PA 1OUAA 1IO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSN A;  1G07 A;  5C6J A;  3SB7 A;  189L A;  3C7W A;  4J0L A;  3D9A C;  1IY4 A;  5I53 A;  4LT3 A;  2B6Y A;  1REM A;  2BQK A;  1L65 A;  3SB6 A;  3A6B Y;  3WU8 A;  4W94 A;  4OWB A;  3A3R X;  1LJJ A;  1XGU C;  5C6I A;  1L69 A;  4PGJ B;  5T3F A;  1L47 A;  215L A;  4XJD A;  1L29 A;  5LA8 A;  1HSW A;  1LMA A;  3AW6 A;  1BWI A;  1GB9 A;  1HEW A;  1L46 A;  3E3D A;  4H9H A;  1L98 A;  4H90 A;  1LJG A;  3DN8 A;  1HFX A;  1L89 A;  2HU1 A;  162L A;  237L A;  3TXF A;  5L3H A;  4HV1 A;  1GF7 A;  4AQN A;  222L A;  1ZVY B;  1GE0 A;  1GHL A;  185L A;  1L85 A;  3G3V A;  4YXC A;  4DYG A;  5LYZ A;  1CV3 A;  1LKS A;  1AT6 A;  3SP3 A;  3RW8 A;  1GF0 A;  1L17 A;  143L A;  4L41 A;  2LHM A;  2O79 A;  1GPQ C;  4WM5 A;  210L A;  103L A;  3MGW A;  3B0K A;  1GBZ A;  2B6Z A;  4RW2 A;  3ZVQ A;  4WL7 A;  1L59 A;  1JTN A;  1B5W A;  132L A;  1YAP A;  1OWY A;  4BAF A;  4NY5 A;  1TEW A;  223L A;  1QUH A;  4NG8 A;  1LSC A;  3HFM Y;  2F30 A;  2F2N A;  1LZ9 A;  4I7O A;  5IDD A;  2YDG A;  3G3X A;  1LSD A;  1CJ6 A;  1L15 A;  3SB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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