3GUMA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--p-xylene binding
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gumA00
3RZEA 112LA 2O79A 103LA 1SX2A 3C8QA 2RB1X 1B6IA 237LA 130LA 1L41A 164LA 1L46A 4I7MA 143LA 1QUOA 4LDLA 1L51A 146LA 3NY9A 1CX6A 1LW9A 1KS3A 3FI5A 1SWYA 3G3WA 3NY8A 3C7ZA 1K28A 152LA 242LA 2QB0B 2A4TA 3UONA 4DKLA 1PQIA 3DN2A 2B70A 3CDOA 2QARC 3D4SA 173LA 139LA 1T8GA 2LCBA 2HUKA 4EKRA 1L54A 1LYHA 192LA 158LA 233LA 228LA 3C8RA 4LZMA 1D3MA 213LA 1KW7A 119LA 2IGCA 4S0WA 2L78A 1QT6A 4W59A 1OYUA 3L64A 1CV5A 3HT6A 127LA 3DN4A 1L06A 3HTGA 1LI6A 1PQDA 1L49A 1LYEA 1C6AA 1P2RA 1L68A 1QT3A 3GUNA 3GULA 2OE4X 2B75A 4I7TA 1ZYTA 3V2WA 3DN8A 206LA 1XEPA 2HUMA 1L14A 1L91A 248LA 3DMVA 2RBNA 1CUPA 4I7PA 109LA 235LA 7LZMA 3C8SA 1L53A 1C6BA 3HT8A 3HDFA 1C67A 3G3XA 262LA 1PQKA 1L11A 1NHBA 241LA 1G1WA 245LA 239LA 2B6WA 1OV7A 1L40A 1C6DA 1L79A 3QAKA 1EPYA 2OE9X 1L08A 4EXMA 3LZMA 223LA 1OWZA 1LGUA 3C80A 1P5CA 3C83A 1L50A 3G3VA 1LWGA 1QTZA 2RAZX 1JTNA 108LA 1C69A 1L96A 3HH3A 2Q9EA 3RUNA 122LA 201LA 1L85A 1G1VA 1L16A 260LA 4I7OA 209LA 1QT5A 144LA 1L58A 1L61A 1L72A 114LA 4I7NA 2OTYX 2ANVA 4EKSA 1G0PA 1L99A 3HH6A 199LA 4EJ4A 4I7JA 4GBRB 1XJTA 3HU8A 240LA 131LA 1L0KA 4OO9A 4I7RA 214LA 3NYAA 3HUKA 1L76A 1CU3A 168LA 1L22A 1L35A 1D3FA 1P7SA 1LI2A 3SB7A 3SN6R 1WTHA 1D2YA 250LA 125LA 1L05A 195LA 4I7LA 156LA 4YXAC 3DMZA 1L63A 3DN1A 1C66A 1LGWA 2HULA 1L34A 2O4WA 197LA 1L87A 3SB8A 3V2YA 246LA 1G07A 1L38A 1LI3A 1SSYA 170LA 1QT8A 238LA 1QUHA 1L37A 3CDQA 4ARJA 104LA 1L82A 3OE6A 186LA 4GRVA 4I7QA 1L30A 1L39A 1P64A 211LA 165LA 3HUAA 253LA 1L71A 2F32A 1D3JA 1LYIA 1PQOA 3HT7A 1QTCA 1L90A 4EKQA 3FA0A 1C65A 1SWZA 1L98A 4K5YA 129LA 1L12A 1QS9A 113LA 167LA 1LLHA 3DN0A 1CX7A 4IAPA 1L93A 150LA 2CUUA 4ZPUA 1L42A 155LA 3SBAA 1CUQA 1C64A 212LA 1DYGA 1L20A 3EMLA 1L89A 1C6LA 1CU5A 1L19A 3OE8A 1P2LA 2RAYX 187LA 1L62A 123LA 1OVJA 2RBPA 4DAJA 163LA 1L10A 1DYBA 3HUQA 1KNIA 1L75A 1C60A 1C6CA 3GUIA 1QSBA 1T8AA 1P3NA 1T8FA 3DN6A 1L64A 243LA 1L07A 252LA 2B7XA 1G06A 1L32A 1DYCA 4ARPA 166LA 1SSWA 1L17A 258LA 1QTHA 4W52A 3F8VA 185LA 1L81A 2B73A 3CDVA 128LA 3SB6A 4EPIA 1QUDA 255LA 3HT9A 3HTDA 2B6YA 180LA 1L67A 126LA 3L2XA 151LA 141LA 1DYFA 1P46A 1QTBA 1L27A 1L92A 159LA 110LA 1L00A 2OTZX 3C7YA 4W56A 1D2WA 1KY1A 3C7WA 4DJHA 1PQJA 259LA 1QUGA 3C81A 4I7SA 3DKEX 3GUOA 1LYDA 1L69A 220LA 1D9WA 1LYGA 1L01A 4W53A 215LA 1JQUA 2RBRA 1C6NA 1C6QA 1CV1A 1OV5A 2OE7X 2LZMA 2RBOA 1C6EA 221LA 1ZWNA 120LA 3K2RA 1LGXA 4ARLA 3DMXA 1P37A 2NTHA 2B74A 1L66A 219LA 2O7AA 189LA 3HH4A 4W58A 247LA 1L48A 1C6PA 1L65A 1C62A 3HU9A 1L28A 4W55A 4W57A 210LA 1L60A 226LA 6LZMA 1G0QA 1QTVA 1C6KA 1L44A 1QTDA 3PBLA 157LA 2RH1A 256LA 4PJZA 1C6TA 2B6ZA 2ANXA 1QT4A 1CV4A 1G0MA 1G0LA 1L83A 184LA 1L13A 196LA 175LA 1CV6A 1L24A 1L74A 182LA 1DYEA 1L55A 1LWKA 172LA 224LA 3JR6A 2OU0X 249LA 4EKPA 1ZURA 1C68A 3HTBA 171LA 3PDSA 261LA 1QSQA 1C6GA 1C6IA 2OU9A 1CV0A 244LA 142LA 3ODUA 3GUKA 177LA 198LA 216LA 115LA 251LA 1QS5A 254LA 1C6JA 191LA 3C82A 1LYFA 1L29A 174LA 2Z6BA 4ARMA 3F9LA 1LPYA 178LA 1C6HA 161LA 1G0JA 3HWLA 162LA 1C6FA 4W54A 2Q9DA 2RBSA 4I7KA 1L33A 3HH5A 1L36A 4ARQA 234LA 4YXCA 3VW7A 200LA 1D3NA 1L31A 1L88A 1L94A 4W51A 1CU2A 4PK0A 1L0JA 1L04A 2RB0X 3GUMA 3FADA 1CTWA 1JTMA 3GUPA 1L59A 1C63A 1L21A 231LA 3GUJA 102LA 1L70A 3OE0A 3SBBC 1L80A 148LE 222LA 1T97A 205LA 1L86A 147LA 2B6XA 1KW5A 4YX7C 1L26A 1P36A 183LA 4LDOA 1L77A 3DNAA 1G0KA 1OVKA 145LA 1L03A 4LDEA 1L25A 232LA 1PQMA 3CDRA 257LA 229LA 1QT7A 2RBQA 2F2QA 137LA 149LA 1T6HA 1L73A 1P6YA 227LA 2NTGA 2OU8A 2B6TA 3HTFA 2RB2X 1OWYA 5I14A 1L18A 176LA 1L43A 1C6MA 190LA 1G0GA 4ARMB 1KY0A 1L09A 217LA 181LA 1L56A 1L97A 5LZMA 3OE9A 236LA 1XJUA 4AQNA 1L23A 218LA 1L02A 188LA 1L47A 1DYAA 1L15A 3CDTA 1LYJA 1L52A 2F47A 111LA 4ARQB 107LA 230LA 1OVHA 138LA 140LA 118LA 1I6SA 3SB9A 3DN3A 160LA 1L57A 4EPFA 1C61A 1SX7A 1DYDA 1L45A 169LA 1L84A 1CVKA 1CU6A 2B72A 1TLAA 1P56A 1L95A 2OEAX 1CV3A 1CU0A 4E97A 3SB5A 3HDEA 2LC9A 225LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EMNA 1LZGA 112LA 4LYCA 1UACY 130LA 4D9ZA 1L41A 164LA 1HF4A 143LA 4WG1A 4G49A 1V7SA 3CT0A 2MEBA 4G4HA 3RZ4A 1LMNA 1GXXA 4AXTA 2B70A 1DKJA 2QARC 3D4SA 173LA 233LA 1UA6Y 6LYZA 3WL2A 1LYSA 119LA 1B7QA 1LZBA 1QT6A 1REXA 1T3PA 1IWYA 193LA 5B1GA 127LA 1PQDA 3GUNA 2DQCY 3GXRA 2OE4X 4M4OA 3TXJA 206LA 1RCMA 2YBJA 1LZ9A 4WM1A 4NGZA 1L14A 1L91A 3DMVA 2RBNA 4XJFA 4I7PA 2D91A 2W1YA 7LZMA 3EMSA 1JUGA 1WQRA 4NHQA 245LA 3WUAA 1GXV2 1OV7A 3BKHA 4ETDA 4EXMA 1AM7A 1LHIA 4GN3A 1OUIA 4WO9A 1IP1A 1W6ZA 1QTZA 1QDTA 1L96A 5L3IA 3RUNA 1LZ1A 2Z12A 3P68A 2BQLA 4KPMA 114LA 5LVGA 2Z2FA 1UC0A 1B5VA 1IVMA 1OUFA 2BQHA 2EQLA 3N9CA 4OO9A 4I7RA 214LA 1EQEA 1PZYA 168LA 1OP9B 3GXKA 1L35A 1D3FA 1LI2A 1FLYA 2CWIA 1D2YA 1FLUA 250LA 1LZCA 195LA 4I7LA 3DMZA 1GF5A 3A92A 1IC7Y 4QY9A 1HEMA 1LZAA 1B0DA 1G07A 4BS7A 1LI3A 4ET9A 4B4IA 3A94A 1L82A 2DQGY 1IC4Y 1P64A 4L41A 165LA 5LYZA 4E3UA 2F2NA 4TX7A 1UIDA 4YOPA 1GF4A 1GFTA 4H90A 2DQHY 1SWZA 5HQ1A 2BQOA 4Z46A 1D0MA 4KL7A 1QS9A 2WARA 113LA 1LLHA 1WTNA 1WVVA 4GN4A 4IAPA 150LA 2CUUA 1LYYA 2DQIY 212LA 1DYGA 3TXFA 1C6LA 1GBWA 5DL9A 1JSEA 4LYZA 187LA 1L62A 2BQEA 1B5XA 2RBPA 5I53A 6LYTA 4XYYA 1DYBA 3HUQA 1LJ3A 1KNIA 1L75A 1C60A 5FCPA 1GFAA 2D4KA 2B7XA 3LYOA 1G06A 1L32A 2Z37A 1LMCA 166LA 3BKVA 1SSWA 5A3ZA 1QTHA 3F8VA 1L81A 2LYMA 1IP4A 3SB6A 1QUDA 255LA 1J1PY 5KJ9A 1LJKA 126LA 1GBYA 1QTBA 2H9KA 4LZTA 1UBZA 5I4XA 4NSJA 2ZYCA 4W56A 1UIFA 1KY1A 1UIAA 4TSBA 3WVXA 1VAUA 3DKEX 1Z55A 1NMMA 4J0LA 1BWHA 220LA 1LZRA 1LZEA 1LSGA 215LA 1JQUA 2RBRA 1C6NA 1C6QA 1OV5A 2LZMA 1C6EA 4WL6A 2FBDA 2W1XA 1LGXA 1BQLY 1P37A 2NTHA 1IEEA 3LN2A 189LA 4DWXA 7LYZA 1JJ3A 5HNLA 4YEOA 2RSCA 4W57A 210LA 2EIZC 3W6EA 226LA 1CJ8A 1B7NA 1QTDA 4MCKA 5HMJA 2Z19A 3T6UA 4H9AA 1IORA 4DD7A 1G0MA 1G0LA 1LYZA 3WUMA 1L13A 2MEAA 1L24A 1GFEA 1LSDA 1IX0A 4EKPA 1NBYC 1IP2A 1GPQC 1GWDA 4J1AA 1NF5A 142LA 1UIBA 3GUKA 4J1BA 198LA 251LA 4BADA 3A3RX 1YROA 1L29A 1GE4A 5HNCA 1GEVA 1BB6A 5F16A 1QUTA 178LA 134LA 2PC2A 1IP7A 1C6HA 4DD0A 3HWLA 162LA 4H9BA 1YAQA 1XGPC 2G4NA 4OOOA 9LYZA 1D0LA 4YXCA 4H9IA 1LSPA 1EL1A 2RB0X 2XTHA 1UIEA 1CTWA 3J4GA 4HV2A 1GFVA 1C63A 2HTXA 1JJ1A 3GUJA 1L70A 3OE0A 3AGIA 1L80A 5KY1A 222LA 1IWZA 4YENA 2YBHA 1L86A 1BB4A 3AGGG 3CT1A 2Z18A 5DN4A 5KKJA 3B0IA 4XJGA 1GB5A 1P36A 1ZMYL 5B1FA 3DNAA 4DQJA 1G0KA 4LT3A 1L25A 1MELL 2BQAA 4N0JA 1FKVA 4ETAA 1BVXA 2RBQA 5KXNA 1P6YA 227LA 1GF7A 2B6TA 2RB2X 1OWYA 1L18A 190LA 3WU7A 1HENA 4ARMB 1C46A 4NY5A 1L09A 1G7IC 181LA 1XJUA 1L23A 1L47A 1DYAA 1YAMA 1YQVY 3CDTA 4II8A 2D4IA 4AGAA 1HNLA 1E8LA 1XGTC 2HUBA 1GHLA 1LYOA 140LA 3G3BB 1C61A 1DYDA 1VDPA 1GE2A 1CU6A 3TXDA 1TLAA 1LKSA 1P56A 1L95A 1CU0A 1KXXA 5II3A 1BWIA 3RZEA 4H93A 5A3EA 1NHEA 1B5UA 4NWEA 1IWTA 1QUOA 4LDLA 1L51A 1SQ2L 1GE1A 1QQYA 3B0OA 1LJ4A 1SWYA 3CT5A 4H8XA 1K28A 4LYOA 2QB0B 1HHLA 2A4TA 4DKLA 3FE0A 5KXRA 3DN2A 5KXPA 2LCBA 1T8GA 4EKRA 1L54A 1LYHA 192LA 3WPJA 1IP6A 228LA 4LZMA 3WXTA 2IGCA 3A6CY 1OYUA 1KXYA 5B05A 1C6AA 1QT3A 1L68A 4NGVA 3J6KA 3GULA 2B75A 3V2WA 3DN8A 3LZTA 2MEHA 1XEPA 2C8OA 1LSFA 248LA 2GV0A 3F6ZA 4G9SA 4G4CA 1IWVA 235LA 1L53A 1INUA 3HDFA 1HMLA 3WMKA 3G3XA 1CJ7A 1PQKA 4H9FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EMN A;  1LZG A;  112L A;  4LYC A;  1UAC Y;  130L A;  4D9Z A;  1L41 A;  164L A;  1HF4 A;  143L A;  4WG1 A;  4G49 A;  1V7S A;  3CT0 A;  2MEB A;  4G4H A;  3RZ4 A;  1LMN A;  1GXX A;  4AXT A;  2B70 A;  1DKJ A;  2QAR C;  3D4S A;  173L A;  233L A;  1UA6 Y;  6LYZ A;  3WL2 A;  1LYS A;  119L A;  1B7Q A;  1LZB A;  1QT6 A;  1REX A;  1T3P A;  1IWY A;  193L A;  5B1G A;  127L A;  1PQD A;  3GUN A;  2DQC Y;  3GXR A;  2OE4 X;  4M4O A;  3TXJ A;  206L A;  1RCM A;  2YBJ A;  1LZ9 A;  4WM1 A;  4NGZ A;  1L14 A;  1L91 A;  3DMV A;  2RBN A;  4XJF A;  4I7P A;  2D91 A;  2W1Y A;  7LZM A;  3EMS A;  1JUG A;  1WQR A;  4NHQ A;  245L A;  3WUA A;  1GXV 2;  1OV7 A;  3BKH A;  4ETD A;  4EXM A;  1AM7 A;  1LHI A;  4GN3 A;  1OUI A;  4WO9 A;  1IP1 A;  1W6Z A;  1QTZ A;  1QDT A;  1L96 A;  5L3I A;  3RUN A;  1LZ1 A;  2Z12 A;  3P68 A;  2BQL A;  4KPM A;  114L A;  5LVG A;  2Z2F A;  1UC0 A;  1B5V A;  1IVM A;  1OUF A;  2BQH A;  2EQL A;  3N9C A;  4OO9 A;  4I7R A;  214L A;  1EQE A;  1PZY A;  168L A;  1OP9 B;  3GXK A;  1L35 A;  1D3F A;  1LI2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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