3GUNA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--aniline binding
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 51
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gunA00
3GUMA 104LA 1L82A 1L28A 1L42A 3C83A 3CDRA 1L81A 123LA 1C6LA 4I7PA 1QT5A 2LC9A 4ARMA 1P64A 1T97A 1XJUA 232LA 1CTWA 1CV0A 1QSBA 1KW5A 2QB0B 4PK0A 144LA 3L64A 142LA 1L32A 2B74A 4W55A 3CDOA 1C6IA 3PDSA 180LA 1L43A 238LA 183LA 1DYCA 257LA 1DYDA 3UONA 195LA 131LA 4W53A 4DKLA 3SB9A 4I7OA 2F2QA 103LA 1C67A 2ANXA 225LA 3FADA 3SB8A 246LA 4PJZA 4I7NA 2CUUA 1P7SA 231LA 2RBRA 254LA 4I7JA 2B75A 1DYGA 111LA 1LGUA 1QS9A 3DN0A 1K28A 2OU0X 2OE4X 108LA 2O7AA 4ARJA 4I7SA 150LA 1L00A 1L04A 3DN8A 1C62A 1L49A 3SB6A 248LA 4ARLA 1C6TA 176LA 113LA 236LA 1G06A 1LPYA 4GBRB 1TLAA 1L16A 1C68A 4ZPUA 140LA 1KY1A 1B6IA 1L64A 160LA 3C8QA 1L21A 1L70A 1C6JA 174LA 1KW7A 1CU3A 2Q9EA 1L94A 4W54A 3SBAA 1XEPA 3DN1A 1L76A 182LA 4EPIA 237LA 2F47A 156LA 1QT6A 2B6TA 213LA 4OO9A 2B6XA 1CV3A 1C60A 1L13A 1L68A 244LA 1QTCA 3CDVA 3OE8A 175LA 1D9WA 1OWZA 1LYHA 251LA 252LA 3DMXA 1PQMA 229LA 2F32A 158LA 6LZMA 1L90A 163LA 3DMZA 1L77A 1L11A 212LA 3C81A 1PQDA 1PQIA 1P6YA 102LA 2RB0X 1G0JA 1LGXA 178LA 143LA 120LA 145LA 3HUAA 1L35A 1L36A 2OTYX 185LA 1L34A 1P3NA 4YX7C 1C65A 3RUNA 1C6BA 1L44A 3C8RA 1G1WA 4K5YA 3OE0A 1L54A 4DJHA 1LYIA 1QUOA 1KY0A 1L71A 128LA 161LA 1L17A 1QTHA 1L25A 4YXCA 1QUDA 186LA 118LA 1OVKA 1L18A 1G1VA 1L47A 1G0QA 2L78A 122LA 126LA 3F9LA 3HT9A 3NYAA 262LA 4EKSA 2HUMA 1JTMA 1L01A 1PQKA 1P46A 2RAYX 169LA 3K2RA 1C6FA 1P37A 233LA 1L33A 3SBBC 4I7TA 1L41A 1L89A 3PBLA 1L15A 4I7QA 1C66A 1L67A 1CU2A 1L12A 1L56A 1D3FA 1SWYA 1CU6A 1L69A 1SX7A 1L63A 3GUJA 1G0GA 1L61A 168LA 3DKEX 1QTZA 219LA 206LA 227LA 3QAKA 3NY8A 4EKQA 2RAZX 3GUPA 7LZMA 2OU8A 3HTFA 1L08A 1ZWNA 2B70A 2RH1A 1G07A 3SB7A 1C6AA 1QT3A 2OE7X 1OV7A 1L66A 224LA 1L10A 4ARMB 3CDQA 1L05A 2HUKA 1L29A 1L62A 1L65A 218LA 2RBPA 165LA 1L09A 1L39A 214LA 1L48A 1C6CA 3LZMA 1G0LA 201LA 1ZURA 4W59A 3G3WA 1P36A 3DN2A 1LYDA 2B73A 1LYFA 1OV5A 1L79A 1CV5A 1LWGA 258LA 1L06A 112LA 1L38A 3C7WA 3RZEA 4EKPA 4IAPA 107LA 4W57A 2B72A 211LA 1OWYA 2O79A 1L59A 1CV4A 1C6PA 1L37A 1L58A 256LA 2LZMA 1LYGA 3CDTA 152LA 119LA 3HUKA 242LA 1LI2A 1T8AA 249LA 2QARC 1L03A 1L87A 1L30A 2Q9DA 3ODUA 2RBQA 1JQUA 172LA 4E97A 226LA 171LA 1C69A 250LA 1L27A 1L40A 1L75A 3HTGA 155LA 1JTNA 1L46A 1C63A 4YXAC 1L02A 157LA 1SSYA 1L07A 240LA 3GULA 4LDOA 2B7XA 3HDEA 1XJTA 109LA 173LA 2A4TA 139LA 1LWKA 3VW7A 1L50A 1P5CA 217LA 1L24A 2OU9A 2OTZX 2RBOA 1L95A 1L93A 167LA 4I7LA 177LA 3G3VA 234LA 4ARPA 1T6HA 209LA 1CU5A 2RB1X 192LA 255LA 1C6DA 1C6QA 1L85A 3HH4A 4W56A 2NTHA 3FA0A 2B6ZA 260LA 1OYUA 1DYEA 197LA 1NHBA 1L91A 1L26A 228LA 4EKRA 4DAJA 2B6YA 4EJ4A 4S0WA 130LA 4I7RA 1C64A 3HU9A 4GRVA 1L74A 3HU8A 3DN6A 5LZMA 1L99A 1L98A 245LA 3HWLA 215LA 1LI3A 1KS3A 2OE9X 3HH5A 4W52A 1LYEA 1L52A 247LA 261LA 125LA 141LA 188LA 1L55A 3V2YA 4I7MA 3DNAA 3HT6A 3HH6A 1L72A 220LA 2ANVA 170LA 4EPFA 114LA 3GUIA 3HT7A 1LYJA 1P2RA 146LA 2O4WA 1D3NA 2OEAX 3JR6A 3C82A 1L0JA 1CVKA 1QT4A 1WTHA 3L2XA 1SWZA 4W51A 127LA 1L19A 1P2LA 164LA 2IGCA 1SSWA 3GUNA 1CV6A 1PQOA 151LA 4ARQA 1ZYTA 1L73A 1G0MA 1KNIA 3SB5A 239LA 1L0KA 1L92A 1CUQA 1DYAA 1CX7A 1D2WA 210LA 2B6WA 166LA 149LA 1QSQA 1QTBA 1I6SA 1DYBA 3HTBA 243LA 253LA 1QT8A 3HDFA 1LLHA 181LA 1C6GA 230LA 3GUKA 3GUOA 3G3XA 259LA 137LA 3C8SA 4LDLA 147LA 216LA 1SX2A 3DN4A 1QUHA 3C7YA 3C7ZA 1C61A 1L86A 1T8GA 1C6EA 189LA 3SN6R 1DYFA 3DMVA 1QTVA 1C6NA 3NY9A 159LA 3D4SA 1CX6A 205LA 1L20A 2Z6BA 191LA 222LA 4AQNA 3EMLA 1CU0A 2NTGA 2RB2X 4W58A 1QS5A 1L80A 221LA 3C80A 3HH3A 3HUQA 1LW9A 2RBSA 1L23A 241LA 3DN3A 1L60A 1D2YA 1T8FA 1L31A 200LA 115LA 198LA 129LA 110LA 3FI5A 1P56A 1L83A 2LCBA 138LA 1G0PA 4ARQB 1EPYA 2HULA 1QUGA 223LA 1CUPA 148LE 1L45A 1L57A 1QT7A 190LA 187LA 3OE9A 1D3MA 1C6HA 1L14A 4I7KA 4EXMA 3F8VA 5I14A 1CV1A 1QTDA 162LA 199LA 196LA 1OVJA 1C6MA 235LA 3HTDA 1LI6A 1OVHA 3OE6A 4LDEA 1LGWA 2RBNA 1L84A 1PQJA 3V2WA 1L51A 1C6KA 3HT8A 1G0KA 1L22A 1L96A 184LA 4LZMA 1L53A 1D3JA 1L88A 1L97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXIA 1L82A 2DQGY 1L28A 1L42A 2D6BA 123LA 1QT5A 1TEWA 1B7QA 3KAMA 1P64A 1DI3A 1FLQA 2DQEY 1XEKA 1RFPA 5A3EA 4PK0A 144LA 4W55A 1C6IA 1ZV5L 5C6IA 238LA 1DYCA 1GF6A 1LYYA 4B4IA 4DKLA 4HJYA 5FSTA 1HERA 5L9JA 4N9RA 1GPQC 4HTKA 1FLWA 3LZTA 3FADA 3SB8A 2DKVA 2CUUA 4DDAA 1IORA 4LFXA 1K28A 2OE4X 1WQMA 4DQ5A 2O7AA 4C5FA 2FBDA 5KXSA 2FYCA 2EQLA 1LHIA 9LYZA 4NWHA 1OUAA 1T6VL 4NGWA 4G4BA 1L49A 4ARLA 1GFJA 3A8ZA 4GBRB 1C10A 1TLAA 4ZPUA 1BB4A 3OK0A 1LSAA 5A3ZA 1JTTL 1L94A 4W54A 1ZMYL 4NHQA 2HU3A 156LA 1QT6A 1O23A 2WARA 1L68A 1KIQC 3CDVA 4X3BA 1CJ7A 1PQMA 1UUZC 158LA 1L90A 1L11A 1OUHA 3C81A 1GF7A 4OWCA 1IOTA 3CB7A 1CJ8A 3P68A 4HV2A 2RB0X 1G0JA 1LGXA 1BWIA 143LA 1DKKA 2ZNWY 4YX7C 1L44A 4N1EI 1AT5A 1A2YC 2D91A 1LJGA 4DJHA 128LA 1LSCA 2DQJY 1IWZA 4YXCA 1QUDA 1IX0A 118LA 4N1CC 1L47A 1G0QA 1GFEA 3LYTA 3F9LA 3NYAA 262LA 4FJRA 1LMPA 1GF4A 2HUMA 3IJVA 1JTMA 1L01A 1TBYA 1LSNA 1FBIX 1LZ6A 1B5UA 4WM1A 3W6BA 2I25L 1C6FA 3SBBC 1LSBA 1L41A 1L89A 3PBLA 3AGIA 4I7QA 1D3FA 2EIZC 1W08A 1CU6A 5FCPA 1RE2A 5KXPA 3NY8A 2BQGA 1LJ4A 1LHLA 1ZWNA 3SB7A 2RH1A 1OQMA 2Q0MX 4NHPA 1D0LA 1OV7A 1OUEA 4LYTA 2DQHY 2RBPA 4PJ2C 5D5FA 1GEVA 4EMNA 4ETCA 1LYFA 4XJGA 258LA 3C7WA 107LA 1GE2A 4OOOA 1OWYA 5HNLA 3GXRA 1L37A 1ZVHL 1QDRA 1B0DA 4DD7A 152LA 119LA 4XADA 3ULRA 1LZ1A 4OWEA 1BWJA 3ODUA 4B1AA 5C6LA 5II3A 4H93A 4RW2A 226LA 3HBHA 1JEFA 2CJLA 5DL9A 1IC4Y 4H94A 2G4NA 4M6DA 2BQJA 3HDEA 109LA 1C45A 173LA 2YBMA 2BQDA 1L50A 1MELL 3A95A 1L24A 4G4CA 4I7LA 1CU5A 1IR9A 1C6DA 1PZYA 4AXTA 1C6QA 1L85A 3HH4A 3WU9A 4W56A 2H5ZA 3FA0A 1OYUA 4M4OA 4MCKA 2BPUA 1L26A 2Z19A 4DAJA 3RU5A 2F4GA 3AZ7A 4I7RA 5F9XA 1AM7A 4DQ7A 1C64A 3HU9A 4Z41A 3LHMA 1L74A 5LZMA 134LA 4GCCA 1LMCA 2OE9X 1KS3A 4W52A 247LA 3W3EA 125LA 141LA 5B1GA 3V2YA 4I8SA 5KXMA 4LGKA 114LA 3HT7A 2C8PA 1LSPA 1ZVYB 1LJ3A 1IY3A 4DYGA 1PQOA 4H8XA 207LA 1KNIA 1CJ9A 4YM8A 1L0KA 1DYAA 1CX7A 1GFAA 1GXXA 1LHMA 1IO5A 166LA 1DPXA 1QTBA 2HU1A 4UWNA 2D4IA 1QT8A 1GF5A 5KXLA 1GB6A 2DQFC 3GUKA 4WO9A 3GUOA 1EQ4A 3G3XA 3WPKA 1C61A 4GCDA 5HLLA 1T8GA 189LA 1UBZA 1QTVA 1C6NA 5LAFA 3HFMY 1LSFA 205LA 7LYZA 191LA 222LA 4AQNA 3WVYA 1D9UA 2H9JA 5HNCA 4W58A 5T3FA 4NHIA 1VAUA 1LW9A 3MGWA 2RBSA 1L23A 198LA 200LA 129LA 5I53A 1GE0A 1UA6Y 3A6BY 4XYYA 1HNLA 1L83A 2LCBA 3A94A 4FDYA 4U3XB 1EPYA 1F0WA 3WYHA 2G4PA 1HFZA 1C6HA 1LSEA 4GCBA 162LA 3TXGA 1GHLA 1REZA 5B05A 2HEAA 1FDLY 3TXJA 4DDCA 1L84A 1D3JA 2YBHA 1L97A 1B5ZA 4BADA 1GBYA 4TSBA 1C6LA 4I7PA 1LZ4A 2LC9A 4HTQA 4ARMA 1XJUA 1QSAA 1CTWA 1QSWA 4WM4A 3WXTA 3L64A 1L32A 2B74A 3CDOA 4NSJA 1GFTA 4WLXA 3PDSA 5FHWA 1QQYA 1BQLY 1IP7A 195LA 2LYMA 131LA 4DWXA 1J1OY 1GFVA 1HHLA 1GFRA 2F2QA 225LA 4NGVA 3AGHA 1P7SA 254LA 4MSTA 1BWHA 4DC4A 2BAAA 2B75A 4NGLA 1QS9A 1GBZA 108LA 1XEJA 4QEQA 3CSRA 1L00A 2HEBA 2IHLA 3DN8A 1IWVA 1OUJA 1GB9A 248LA 5C6JA 3TMWA 1L16A 1IY4A 1KY1A 2XBSA 160LA 3C8QA 5KJ9A 1L21A 2W1LA 1YKZX 1KW7A 5KXTA 1KXWA 2Q9EA 3SBAA 5HMVA 4DDBA 4LYBA 1YANA 237LA 1JKDA 2F47A 1C7PA 3J6KA 4OO9A 2B6XA 1CV3A 244LA 1QTCA 175LA 3HBDA 5J7CA 1OWZA 1HEOA 1LYHA 5FDJA 1WVUA 252LA 3DMXA 4Z46A 6LZMA 4XJBA 4ZEEA 5DLAA 1BGIA 4LT1A 4RDSA 4IASA 1PQDA 1VDQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TXI A;  1L82 A;  2DQG Y;  1L28 A;  1L42 A;  2D6B A;  123L A;  1QT5 A;  1TEW A;  1B7Q A;  3KAM A;  1P64 A;  1DI3 A;  1FLQ A;  2DQE Y;  1XEK A;  1RFP A;  5A3E A;  4PK0 A;  144L A;  4W55 A;  1C6I A;  1ZV5 L;  5C6I A;  238L A;  1DYC A;  1GF6 A;  1LYY A;  4B4I A;  4DKL A;  4HJY A;  5FST A;  1HER A;  5L9J A;  4N9R A;  1GPQ C;  4HTK A;  1FLW A;  3LZT A;  3FAD A;  3SB8 A;  2DKV A;  2CUU A;  4DDA A;  1IOR A;  4LFX A;  1K28 A;  2OE4 X;  1WQM A;  4DQ5 A;  2O7A A;  4C5F A;  2FBD A;  5KXS A;  2FYC A;  2EQL A;  1LHI A;  9LYZ A;  4NWH A;  1OUA A;  1T6V L;  4NGW A;  4G4B A;  1L49 A;  4ARL A;  1GFJ A;  3A8Z A;  4GBR B;  1C10 A;  1TLA A;  4ZPU A;  1BB4 A;  3OK0 A;  1LSA A;  5A3Z A;  1JTT L;  1L94 A;  4W54 A;  1ZMY L;  4NHQ A;  2HU3 A;  156L A;  1QT6 A;  1O23 A;  2WAR A;  1L68 A;  1KIQ C;  3CDV A;  4X3B A;  1CJ7 A;  1PQM A;  1UUZ C;  158L A;  1L90 A;  1L11 A;  1OUH A;  3C81 A;  1GF7 A;  4OWC A;  1IOT A;  3CB7 A;  1CJ8 A;  3P68 A;  4HV2 A;  2RB0 X;  1G0J A;  1LGX A;  1BWI A;  143L A;  1DKK A;  2ZNW Y;  4YX7 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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