3GUOA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--phenol binding
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 52
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3guoA00
1K28A 119LA 1CU0A 1L86A 3EMLA 178LA 1QT3A 1C6EA 1QT6A 4EJ4A 209LA 229LA 1L95A 1L12A 3SB9A 1WTHA 4S0WA 1OV5A 1D3FA 1KNIA 1L16A 1L29A 3LZMA 4I7LA 2RB2X 3SB8A 1QTCA 4I7PA 1L69A 1C6DA 1LPYA 248LA 1CVKA 2F32A 261LA 3DN3A 1G0MA 2QARC 4LDEA 156LA 3C81A 4EKPA 123LA 245LA 236LA 3QAKA 1L71A 1QUHA 174LA 1SSWA 1C61A 2O7AA 192LA 1QUDA 4DJHA 187LA 1C6TA 3G3WA 3PBLA 4W55A 2LCBA 3PDSA 1G1VA 130LA 1DYGA 4I7TA 3HT8A 1OVKA 128LA 2B6TA 1QS9A 214LA 1L73A 3HTFA 1L05A 3C7ZA 1L65A 215LA 131LA 3RZEA 3CDOA 206LA 4ARMA 1L96A 238LA 3HTDA 1L18A 3HUQA 2RB1X 1DYBA 1L88A 3DMXA 1LWKA 2Q9EA 157LA 216LA 4W56A 1D2WA 1L19A 108LA 1L31A 2F47A 3FA0A 3GULA 1PQMA 2LC9A 161LA 1QTDA 4LZMA 1L61A 4I7RA 6LZMA 114LA 3GUKA 4EKRA 1ZURA 240LA 3JR6A 4PK0A 2B6ZA 1QTZA 111LA 143LA 145LA 2OEAX 3OE6A 1L60A 1P6YA 2QB0B 1LGWA 230LA 1P56A 1QUGA 1C60A 1L68A 196LA 1L04A 1OWYA 1OVJA 4ARQA 1L67A 3D4SA 1L20A 1LYFA 4YX7C 232LA 1LYGA 2Q9DA 1G0QA 1D3NA 122LA 1C6AA 251LA 1L54A 3C82A 4EKQA 3HH5A 1SSYA 4ARLA 4W51A 4ARMB 1L33A 3GUOA 1L51A 2O79A 3DKEX 3HU9A 1G0JA 3FI5A 1L21A 3UONA 1C6LA 4E97A 1L07A 2RAYX 1L57A 1L42A 4EPIA 1T6HA 1C6NA 4ARPA 1G0KA 1L28A 2B70A 258LA 2L78A 1L03A 1L25A 139LA 1LGXA 3SB5A 1L62A 262LA 1L36A 1CU3A 4K5YA 188LA 2B72A 4W59A 3CDTA 231LA 244LA 3DN8A 1L84A 1L53A 182LA 219LA 1LYDA 220LA 253LA 3GUMA 1G0PA 1L45A 1NHBA 4I7OA 1C66A 1CV0A 175LA 1L47A 257LA 1P37A 1C6PA 4I7MA 1L34A 221LA 3HWLA 4I7JA 1PQIA 1D3MA 259LA 1XJTA 1P7SA 1C6HA 1P46A 146LA 1C6IA 1L55A 1L13A 1L89A 1C6KA 197LA 126LA 125LA 183LA 4PJZA 239LA 2OU0X 151LA 1L09A 1C64A 195LA 2RAZX 1L43A 1C6QA 3CDQA 1L0JA 118LA 2B73A 4YXCA 1KY0A 4EKSA 201LA 1L02A 3CDVA 4W58A 1D3JA 2NTHA 3ODUA 3HU8A 255LA 3OE8A 149LA 1L15A 205LA 3SB7A 1LI6A 1C69A 1C6CA 1L41A 2RBOA 160LA 1I6SA 185LA 1C6JA 1QTVA 1CU6A 3SBAA 1QS5A 223LA 227LA 2OE4X 1SWYA 200LA 2RBNA 4GBRB 1LI2A 3HH4A 3HH6A 147LA 115LA 1DYFA 1C6FA 243LA 1L14A 3F8VA 3NY9A 1L94A 1DYAA 109LA 3DN4A 1JTNA 241LA 104LA 142LA 1CV3A 1L30A 3HH3A 3NYAA 1SX2A 4ZPUA 217LA 242LA 1OV7A 4W53A 3FADA 224LA 163LA 3L2XA 2HULA 1CUPA 2F2QA 1PQJA 198LA 1JQUA 138LA 1C6GA 1JTMA 3DNAA 110LA 1QTHA 237LA 177LA 1DYEA 103LA 4IAPA 1L38A 3V2YA 1L99A 144LA 1OWZA 172LA 1L39A 4EPFA 1D2YA 167LA 189LA 5I14A 1C67A 3C8RA 129LA 1CV6A 3HUKA 1KW5A 1P36A 1L87A 1CV1A 4DAJA 4DKLA 190LA 2OE9X 4AQNA 1L37A 173LA 1L66A 222LA 226LA 235LA 2O4WA 2A4TA 1T8FA 166LA 5LZMA 252LA 1QT7A 3CDRA 4W52A 1L74A 148LE 2B75A 1TLAA 1L58A 2B74A 4ARQB 1L46A 2RBRA 3HT7A 1CX7A 1L82A 2RBPA 1C65A 2IGCA 2RB0X 1OVHA 184LA 2B6XA 3DN1A 1L52A 1P64A 1CV5A 1QSQA 1G1WA 1L24A 191LA 3C80A 158LA 211LA 3C7YA 2OU9A 2B7XA 4GRVA 4OO9A 1L56A 1LYJA 1OYUA 3DN6A 1C6BA 1L23A 113LA 1L06A 4EXMA 1L92A 3DMZA 1L63A 1T97A 1XJUA 1CU5A 1G06A 1L01A 3C7WA 1C63A 3HUAA 1L48A 1QT4A 169LA 127LA 3HT9A 1QUOA 3HTBA 4I7QA 250LA 4LDLA 1P2LA 1C62A 180LA 1L35A 2Z6BA 3GUPA 141LA 1L79A 1LYHA 1L08A 3OE0A 1LYIA 2ANXA 1L17A 1QT8A 2RH1A 1P3NA 1CTWA 3SB6A 1PQDA 2OTYX 1L98A 1L85A 186LA 1L49A 1L10A 1KY1A 213LA 2RBSA 1QTBA 2B6YA 3L64A 233LA 246LA 3OE9A 1L32A 1L72A 4ARJA 152LA 234LA 1LLHA 1L77A 1L97A 3VW7A 256LA 1PQOA 1L27A 3DMVA 1CUQA 1T8GA 4I7KA 140LA 1C68A 210LA 3F9LA 247LA 1LGUA 1G07A 2OU8A 165LA 2NTGA 1LYEA 4I7SA 1L0KA 1CV4A 1SX7A 3V2WA 1L59A 2HUKA 199LA 2LZMA 1T8AA 3HDEA 107LA 1KW7A 120LA 1P5CA 1L75A 1L81A 1ZWNA 1L64A 212LA 1L22A 1KS3A 1QSBA 4LDOA 3GUJA 1L44A 164LA 1L76A 181LA 1DYDA 1L50A 1L26A 1L83A 1EPYA 254LA 2ANVA 1SWZA 1LI3A 2OE7X 7LZMA 171LA 1L80A 1XEPA 3K2RA 1L93A 3G3VA 1L91A 218LA 3C83A 2RBQA 102LA 162LA 155LA 249LA 1LWGA 1PQKA 3HT6A 3RUNA 3C8QA 4YXAC 170LA 4W57A 3DN0A 3DN2A 3SN6R 137LA 4W54A 1L90A 1B6IA 1L11A 1D9WA 1P2RA 112LA 3C8SA 3G3XA 4I7NA 1L40A 168LA 3NY8A 1G0LA 1CU2A 3GUNA 1L70A 1L00A 3HDFA 3HTGA 176LA 3GUIA 1ZYTA 228LA 2CUUA 3SBBC 150LA 1CX6A 2HUMA 1DYCA 260LA 225LA 2B6WA 1C6MA 2OTZX 159LA 1QT5A 1LW9A 1G0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HFZA 2H9KA 119LA 1JKDA 1B5YA 3CT5A 2G4NA 1LZCA 3SB9A 3A34A 2BQGA 1ZV5L 4I7LA 1J1XY 1L69A 2Z12A 4LDEA 4WM2A 3C81A 3P65A 1GWDA 4LGKA 1WVUA 4OWHA 1GB7A 1LHHA 1C61A 1DZBX 1LSFA 187LA 1C6TA 4M4OA 3G3WA 2LCBA 1W08A 4J1BA 5KXKA 4NGZA 1OVKA 2I26L 1QS9A 1GDXA 3LHMA 1L05A 1HEWA 2ZNXY 238LA 1JJ1A 1L88A 3DMXA 1HHLA 1GF4A 1L19A 5FDJA 4RW2A 3GULA 1HMKA 2YVBA 1L61A 4I7RA 1A2YC 1LHKA 1GF6A 4EKRA 2BQFA 1LMOA 111LA 4TUNA 3OE6A 4ML7A 3WMKA 4H9BA 1QUGA 5C6JA 1C60A 1L68A 4ZEEA 1LJ4A 1I20A 1L67A 4B49A 1L20A 1DXJA 3QNGA 1D3NA 1BB7A 1OP9B 2FBBA 2YBHA 5HLLA 1RE2A 3DKEX 5L9JA 3HU9A 5LVIA 1L21A 3MGWA 2DKVA 4E97A 1L07A 1LAAA 1T6HA 5IHGA 1G0KA 1T6VL 1YKYX 4IJ4A 4WM4A 5I4XA 5II3A 1Z55A 139LA 3SB5A 2B72A 4W59A 3CDTA 4XENA 231LA 1NF5A 1YAOA 3FI7A 220LA 3GUMA 4I7OA 1C66A 175LA 1LOZA 1P37A 5IELA 3P68A 1PQIA 259LA 132LA 1C6IA 1LJ3A 1L89A 2I6ZA 3W6FA 1C6KA 5A3ZA 1LZ6A 1TEWA 1LJJA 1NWGA 2X0AA 1BB4A 3RW8A 3TXGA 1HFYA 4WM1A 1C6QA 6LYTA 3CDQA 2LYZA 4J1AA 3G3AB 1UIHA 1W6ZA 2YDGA 4NHQA 4EKSA 1IORA 3HU8A 3RZ4A 2YBJA 5KJ9A 2BAAA 4NIJA 149LA 3HFMY 2LZTA 3SB7A 1LI6A 1LZYA 4H9IA 4TSCA 3TXBA 1ZVHL 160LA 185LA 1D6QA 3HBHA 2OE4X 1G7IC 2RBNA 5FELA 3HH4A 1DYFA 2XJWA 2F4AA 3F8VA 3NY9A 1GF0A 1DYAA 1HFXA 241LA 142LA 1CV3A 1QSAA 4H94A 1UACY 1VATA 1VAUA 3EBAB 4NSJA 4ZPUA 2LZ2A 3IJUA 2ZYPA 3L2XA 207LA 3E3DA 1HEPA 138LA 4N1EI 3DNAA 110LA 3N9EA 3WVXA 1QTHA 3EMSA 237LA 1DYEA 103LA 1QDRA 1L38A 3V2YA 1L99A 1LSPA 4NWHA 1GB9A 4CJ2A 4H9FA 2HUBA 4LYBA 5I14A 3C8RA 1CV6A 4R0FA 1E8LA 1TCYA 1OUJA 1P36A 4DKLA 3WH1A 1KIPC 1SQ2L 1C08C 235LA 2A4TA 3AZ5A 1LZAA 1RCMA 1QT7A 3CDRA 4ETCA 148LE 4NGOA 4RDSA 1UIAA 1YAPA 3WULA 3HT7A 4P2EA 1LMNA 1C65A 1B0DA 184LA 3AB6A 1VEDA 2B6XA 2LYOA 3FE0A 1EQEA 1LSNA 1OUBA 1H6MA 3LN2A 1IOCA 4GCDA 3C80A 3A94A 4OO9A 1F10A 1XGPC 2BQJA 3DN6A 1L23A 1L92A 3DMZA 1L63A 1BWJA 1XJUA 4WG1A 3C7WA 4N9RA 1L48A 5A3EA 3AGGG 1QUOA 250LA 4LDLA 1C62A 5IDDA 1CKDA 141LA 1HEMA 1DKJA 4WL7A 2HTXA 2YBIA 1OQMA 3B0IA 4LYCA 1FN5A 3SB6A 1LMCA 2FBDA 1L85A 1GF7A 1GBSA 5LYMA 4TX7A 1QTBA 2B6YA 3L64A 246LA 3AGIA 1L72A 1NBZC 1DPWA 3WW6A 1LLHA 4OW1A 1UIDA 5LAFA 4I8SA 1IEEA 2YSSC 256LA 1PQOA 3B72A 1CUQA 4I7KA 210LA 247LA 2DQGY 2NTGA 1JKCA 1L0KA 5B1FA 2LZMA 5HMVA 3B6LA 3A3RX 4H8ZA 107LA 1LJHA 1AT5A 2MEEA 1B7SA 1P5CA 1L75A 1IOTA 1ZWNA 1L64A 1LSZA 4BAPA 4LDOA 2IFFY 1L44A 2DQFC 1DYDA 4G4BA 254LA 1LI3A 1GFEA 1OUIA 1REXA 2Q0MX 4DC4A 3D3DA 4LYMA 1KXXA 3C83A 155LA 1HELA 249LA 7LYZA 1PQKA 1CNSA 3RUNA 4YXAC 4W57A 1FBIX 3SN6R 137LA 1YAMA 1SLYA 1HSWA 4MR1A 1CU2A 5HNCA 1L00A 5LXWA 3GUIA 260LA 4M6DA 3WU9A 1LZ5A 1LW9A 2H5ZA 1K28A 2GV0A 1B7NA 1XEJA 1QT6A 4XJDA 1L12A 4S0WA 4XJGA 1QUSA 2W1MA 1GF9A 1OV5A 1KNIA 5LVKA 3J6KA 2ZQ4A 1L16A 1L29A 2MEDA 4DD7A 5T3FA 2D6BA 2I25L 2F32A 261LA 4XJFA 1DI3A 156LA 4W94A 4CHXA 174LA 1A4VA 3A67Y 2O7AA 1GFGA 5J7CA 1QUDA 1DI4A 3CQLA 4HPIA 1IY3A 208LA 2Z2FA 130LA 4I7TA 2DBTA 5B06A 1XSFA 1LTMA 5JENB 1L73A 3C7ZA 4DD2A 1BQLY 4B0DA 3CDOA 3HBEX 5HNLA 1GF8A 5LYZA 1DYBA 1XEKA 2Z2EA 2Q9EA 4W56A 216LA 108LA 1L31A 3ZVQA 1DKKA 4NG8A 3FA0A 2HEAA 4G4HA 2LC9A 4DT3A 4H91A 240LA 2B6ZA 1QTZA 145LA 2OEAX 4NGLA 1B7OA 3GXRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HFZ A;  2H9K A;  119L A;  1JKD A;  1B5Y A;  3CT5 A;  2G4N A;  1LZC A;  3SB9 A;  3A34 A;  2BQG A;  1ZV5 L;  4I7L A;  1J1X Y;  1L69 A;  2Z12 A;  4LDE A;  4WM2 A;  3C81 A;  3P65 A;  1GWD A;  4LGK A;  1WVU A;  4OWH A;  1GB7 A;  1LHH A;  1C61 A;  1DZB X;  1LSF A;  187L A;  1C6T A;  4M4O A;  3G3W A;  2LCB A;  1W08 A;  4J1B A;  5KXK A;  4NGZ A;  1OVK A;  2I26 L;  1QS9 A;  1GDX A;  3LHM A;  1L05 A;  1HEW A;  2ZNX Y;  238L A;  1JJ1 A;  1L88 A;  3DMX A;  1HHL A;  1GF4 A;  1L19 A;  5FDJ A;  4RW2 A;  3GUL A;  1HMK A;  2YVB A;  1L61 A;  4I7R A;  1A2Y C;  1LHK A;  1GF6 A;  4EKR A;  2BQF A;  1LMO A;  111L A;  4TUN A;  3OE6 A;  4ML7 A;  3WMK A;  4H9B A;  1QUG A;  5C6J A;  1C60 A;  1L68 A;  4ZEE A;  1LJ4 A;  1I20 A;  1L67 A;  4B49 A;  1L20 A;  1DXJ A;  3QNG A;  1D3N A;  1BB7 A;  1OP9 B;  2FBB A;  2YBH A;  5HLL A;  1RE2 A;  3DKE X;  5L9J A;  3HU9 A;  5LVI A;  1L21 A;  3MGW A;  2DKV A;  4E97 A;  1L07 A;  1LAA A;  1T6H A;  5IHG A;  1G0K A;  1T6V L;  1YKY X;  4IJ4 A;  4WM4 A;  5I4X A;  5II3 A;  1Z55 A;  139L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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