3GUPA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gupA00
182LA 247LA 4PK0A 227LA 199LA 5LZMA 165LA 3F8VA 4LDEA 123LA 1TLAA 178LA 1C6IA 1L13A 2Z6BA 195LA 4I7NA 216LA 1L43A 2RH1A 1L88A 1L28A 4GRVA 169LA 4W52A 1L32A 3C8QA 3C80A 2RBSA 1D3JA 3OE9A 4ZPUA 172LA 1OV5A 1L51A 3DN3A 1L68A 1XEPA 1K28A 4ARMA 129LA 3SB9A 1L58A 1P64A 1L25A 1QT6A 3CDOA 226LA 2HUKA 3SN6R 1LGXA 3HH4A 1L10A 3GULA 1G07A 4LZMA 1CV5A 1L41A 2OU8A 2Q9DA 4EKPA 119LA 126LA 1L98A 1L89A 2B73A 1C6PA 1L47A 177LA 1L07A 2HUMA 1L35A 1C6MA 3HU9A 246LA 1L57A 4I7RA 1L37A 1G0PA 1C67A 3HT8A 1L95A 1L61A 4I7TA 1LYDA 3HTGA 2HULA 2B70A 1CV0A 1L46A 4I7PA 239LA 2RB2X 1OWZA 3C81A 243LA 3HUQA 253LA 3CDQA 250LA 2B74A 3C7ZA 4W57A 1DYEA 220LA 4ARQA 2Q9EA 2B6ZA 1CU0A 2LCBA 1L05A 1L40A 130LA 127LA 1T6HA 1LYEA 215LA 2O7AA 4ARMB 3C83A 1PQMA 1C6DA 1C6TA 1L22A 3DN1A 2A4TA 156LA 1L85A 4EPFA 1L70A 167LA 3L64A 196LA 1DYAA 1EPYA 1QTCA 1C6HA 1L87A 4I7SA 1L27A 241LA 1QUDA 111LA 1JTMA 1P37A 1T8AA 1PQOA 1LPYA 3C7WA 146LA 192LA 248LA 213LA 222LA 1CX7A 1OVHA 3DNAA 3FADA 2RB0X 1JQUA 2OEAX 3LZMA 191LA 1QT8A 2RBQA 2F47A 4I7LA 2O4WA 4W53A 1C6EA 187LA 1D3FA 1CU3A 1QTZA 1ZURA 2RBNA 4W56A 4EXMA 2RBOA 162LA 180LA 1NHBA 2OU9A 1L56A 4ARPA 1L18A 139LA 120LA 3GUMA 1QSQA 4I7KA 1P2LA 1C61A 231LA 1L66A 3QAKA 1LLHA 1L17A 104LA 3DN4A 234LA 1D2YA 1L55A 1I6SA 1L53A 1L12A 5I14A 1LW9A 1C6QA 186LA 3UONA 1D2WA 4W54A 107LA 1P6YA 1L77A 3DN6A 137LA 1L48A 2QARC 1L79A 2OE4X 3D4SA 149LA 3HH3A 1L21A 1LWGA 1SX2A 115LA 1L04A 1D3MA 2QB0B 173LA 1CU6A 1L39A 1L80A 1CTWA 224LA 185LA 254LA 166LA 4EJ4A 1L08A 3ODUA 1L62A 1L20A 170LA 1T8GA 2OTZX 3DMZA 237LA 1CV3A 4W59A 1QTDA 1P5CA 1C66A 163LA 2B6YA 4I7OA 2ANXA 1L83A 1C62A 1L0KA 1L50A 3PBLA 2OTYX 4IAPA 4ARLA 1L42A 2LC9A 1LYGA 2ANVA 3DMXA 3GUPA 112LA 2B72A 3JR6A 1L94A 1L90A 3HH6A 229LA 4I7QA 3SB7A 1SSYA 3V2WA 2CUUA 3GUNA 1LYJA 4YXAC 4YX7C 3VW7A 1QTVA 1L00A 125LA 3OE8A 140LA 1QS9A 1PQDA 255LA 181LA 1L16A 1OVKA 1LYIA 214LA 2B75A 183LA 3HTDA 1L76A 3CDVA 3CDTA 1LGUA 4EPIA 3NY8A 152LA 3SBAA 4S0WA 1DYFA 1LI3A 3FA0A 1C6JA 4EKSA 1L72A 1DYGA 1KS3A 1L54A 1OWYA 3G3XA 1KNIA 159LA 201LA 1OYUA 1DYDA 244LA 1D9WA 2OU0X 128LA 251LA 1L81A 2OE9X 161LA 212LA 1P3NA 1L59A 4W58A 1DYBA 1C68A 1C65A 1L11A 240LA 1LWKA 2F2QA 4DJHA 1WTHA 1L02A 1KW7A 236LA 157LA 118LA 211LA 232LA 1G0JA 1CU5A 1QT5A 1QTHA 3OE6A 1C6AA 158LA 1L03A 262LA 4W51A 1G1VA 1L73A 205LA 1P7SA 1P46A 3NYAA 4ARQB 1L97A 3OE0A 1L96A 3FI5A 3G3VA 110LA 4I7MA 188LA 1G0QA 233LA 1PQIA 1G0LA 256LA 3GUJA 1L75A 1KY0A 1QT4A 260LA 2B7XA 1L63A 1KY1A 1L69A 200LA 1L19A 1CX6A 1QUOA 1L09A 103LA 108LA 1JTNA 1SWZA 1L14A 3DN2A 1LYFA 4GBRB 1L84A 1SSWA 1L86A 113LA 252LA 1C6LA 1QUGA 3SB5A 2B6WA 3NY9A 1KW5A 3HT7A 2LZMA 1LI6A 1QT7A 3HWLA 1L92A 3C82A 3HTFA 1P2RA 4DAJA 242LA 1P56A 1L34A 1C6KA 1LGWA 3GUIA 2RBRA 144LA 1L67A 1L44A 1XJUA 147LA 3HT6A 1CV4A 3SB6A 219LA 1C6GA 1CU2A 3DMVA 1G1WA 150LA 1C64A 6LZMA 209LA 1G0MA 1P36A 1L93A 1CV6A 1C63A 1C60A 2NTHA 2RAYX 3DKEX 1L52A 3F9LA 3HDEA 160LA 3K2RA 1L26A 3PDSA 142LA 1QTBA 225LA 1QSBA 3C8RA 122LA 174LA 2RBPA 1L71A 1T97A 4LDLA 2RAZX 4K5YA 1L30A 206LA 1L29A 4EKRA 3RZEA 148LE 4OO9A 4ARJA 1SX7A 221LA 3GUOA 1L0JA 245LA 3HDFA 4PJZA 1C6CA 184LA 1QT3A 1L74A 145LA 1QUHA 1ZWNA 175LA 1LYHA 1L24A 1L23A 3HT9A 1T8FA 1G06A 198LA 2OE7X 1L82A 1CVKA 2B6XA 1B6IA 3C8SA 1C6NA 1CUPA 1L01A 258LA 2IGCA 1D3NA 3G3WA 1QS5A 2RB1X 164LA 1L38A 3L2XA 171LA 1L99A 1OVJA 259LA 3DN0A 2B6TA 109LA 155LA 1G0KA 3SB8A 1C6BA 1L65A 1L36A 2NTGA 257LA 1L31A 3HH5A 3HU8A 1L49A 228LA 3C7YA 138LA 1L91A 3DN8A 1L15A 230LA 1CUQA 238LA 3EMLA 249LA 3RUNA 1OV7A 151LA 1C69A 1DYCA 1XJTA 2O79A 4W55A 3SBBC 190LA 114LA 2F32A 197LA 1ZYTA 1C6FA 1SWYA 3HUAA 1PQKA 143LA 176LA 1CV1A 3HUKA 1LI2A 4I7JA 4E97A 1G0GA 1L33A 4EKQA 2L78A 189LA 217LA 168LA 3CDRA 210LA 218LA 261LA 223LA 4YXCA 1L06A 102LA 4DKLA 4LDOA 1L45A 7LZMA 3HTBA 4AQNA 131LA 1PQJA 3GUKA 1L64A 235LA 141LA 3V2YA 1L60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMCA 3TXBA 3F8VA 4LT0A 1TLAA 3TMWA 1D6QA 4XJIA 1REXA 1L28A 1QQYA 3W6DA 1XGQC 4ETEA 3C80A 3ATOA 2RBSA 5ILFA 1D3JA 3OE9A 5I4WA 1LZ4A 1L51A 2DQJY 4MCKA 1XEPA 1GFVA 1L25A 1QT6A 1IIZA 3CT5A 4WLTA 1LHHA 1HENA 3GULA 1CV5A 2OU8A 2Q9DA 4LFXA 4EKPA 119LA 4YENA 3ULRA 4CGEA 5ILCA 2HULA 1H6MA 4HJYA 3ZVQB 1L46A 1FLYA 253LA 5I53A 3CDQA 4N0JA 3C7ZA 4AGAA 5LA8A 2FBDA 220LA 1LZTA 1L05A 1T6HA 1JITA 2I26L 1C6DA 3CT0A 5KXTA 3DN1A 2A4TA 4DD0A 167LA 1B0DA 3L64A 196LA 1QTCA 4MR1A 1XGUC 1P37A 3LN2A 1LPYA 1YKZX 146LA 2WARA 1CX7A 2RB0X 1BWHA 1IP4A 3LZMA 1QT8A 2RBQA 1B7SA 1IWYA 1WQQA 4J1BA 4WO6A 1JKBA 2YBNA 2RBOA 1LMOA 1DQJC 180LA 1QTKA 2MEDA 4WM3A 4NHTA 120LA 1KIRC 4I7KA 1P2LA 4I0CA 4KXIA 104LA 1XGTC 1L53A 1RI8B 1TBYA 1IWVA 1AT5A 1OUHA 4GN3A 1GB8A 1L77A 3DN6A 1L79A 1T6VL 153LA 1GXXA 1LSPA 1LWGA 1HFYA 1EL1A 2QB0B 4PHIA 1L80A 1CTWA 224LA 3WVXA 4EJ4A 2G4PA 1B7RA 1L62A 3B72A 1L20A 3LZ2A 2XQOA 4DD2A 3G3AB 3T36A 4OWBA 4CFOA 163LA 2B6YA 2ANXA 3TXKA 1IWTA 1C10A 1C62A 1L50A 4LYTA 1VATA 3ATNA 4LYCA 4N5RA 2ANVA 2Z39A 1BVKC 3DMXA 3GUPA 5F9XA 112LA 3BKHA 3JR6A 1L94A 5KXRA 1LSYA 3HH6A 3A95A 1SSYA 3WUMA 1OUGA 1YKYX 1INUA 1QTEA 3GUNA 4WLDA 5HMJA 3CSRA 4YX7C 1B7QA 1V7SA 4DDBA 2RSCA 4KL7A 4WM2A 2FYCA 1PQDA 1IR9A 1B2KA 1QSWA 181LA 1OVKA 1IOTA 4C3WA 214LA 4GN4A 4H8XA 1LGUA 152LA 3BKVA 4S0WA 4TSCA 1DYGA 1OWYA 4ZFPA 201LA 2OU0X 4PPOA 5LYTA 212LA 4HJVA 5EBHA 1GFTA 1OUBA 1OUCA 1BB6A 1C68A 3J4GA 1C45A 2G4NA 4DJHA 236LA 4NSIA 157LA 1CU5A 4WM4A 1QT5A 1TEWA 158LA 1GF8A 5E9RA 4M6DA 3A67Y 1P7SA 1P46A 4ARQB 1L96A 3TXEA 3FI5A 1G0QA 4XJGA 1RJCB 1LMTA 1REMA 4ZIXA 1L75A 3QE8A 1QT4A 1CX6A 194LA 1JTNA 1UIGA 4GBRB 1SSWA 1GFUA 113LA 2ZNWY 2LYMA 5APFA 1JTOL 3WULA 3WPKA 3NY9A 3W6FA 2LZMA 1JWRA 1HF4A 1P2RA 1LHIA 5KXSA 4DAJA 1B5XA 5K7OA 1TCYA 1XFPL 4N1EI 3GUIA 1GBYA 144LA 4PGJB 1IR7A 3W6EA 1YL1X 4OWCA 1CU2A 4B49A 1F10A 209LA 1G0MA 1L93A 1AZFA 3HDEA 4NY5A 2ZIJA 5F14A 1QSBA 3TMUA 3CSQA 3WU8A 2RBPA 4ETAA 3P65A 2RAZX 5FEKA 1UC0A 1JTTL 1HNLA 4OO9A 1L0JA 1XGPC 4J7VA 3HDFA 1JKCA 3AB6A 184LA 3LYZA 1XEIA 4XJHA 1JTPL 4FJRA 1JSFA 1IVMA 2ZQ4A 1JPOA 1G06A 1DKKA 4H8YA 1B7NA 2Z19A 3P4ZA 1CVKA 1B6IA 1JSEA 1UIFA 4GCCA 164LA 1VEDA 1OUAA 1REYA 3QY4A 2BLXA 155LA 1G0KA 3SB8A 1YAOA 2I25L 3HU8A 1NDMC 1LJIA 3MGWA 228LA 1REZA 138LA 4HTNA 1L15A 230LA 4OW1A 249LA 4NHPA 4W55A 3SBBC 1DXJA 5DLAA 143LA 176LA 5L9JA 2HU3A 1T3PA 1HSWA 2HTXA 4E97A 1IWZA 4EKQA 1EQEA 2LHMA 1QUSA 4DYGA 4N1CC 2DQAA 168LA 210LA 218LA 5DN5A 1L06A 4Z41A 3N9CA 2D4KA 3ZEKA 1L64A 235LA 141LA 1CKHA 2H9JA 199LA 4R0FA 2EKSC 165LA 5I5QA 1JJ0A 1RFPA 1C6IA 1L13A 4I7NA 1BB7A 1VDSA 3EXDA 1D9UA 1GB9A 216LA 4ET9A 1L43A 3W6BA 1WQRA 2BQOA 2D6BA 4GRVA 2DQIY 5HMVA 1IC4Y 1IO5A 1XGRC 3WW6A 2CJLA 1OV5A 1L68A 1K28A 5LIOA 4ARMA 3AZ7A 133LA 1P64A 1NF5A 2XJWA 3CDOA 1IY3A 1GF0A 1VDPA 3AZ5A 2C8PA 4QY9A 3HH4A 1L10A 1B5VA 3LZTA 1YILA 1GE1A 126LA 1L89A 1L98A 4ETCA 177LA 2HUMA 1L35A 4NGZA 2BQMA 246LA 1KXYA 2FYDA 4YF2A 1L57A 3IJVA 4XN6A 5LVKA 1C67A 1L95A 1L61A 1VFBC 1HFZA 3HTGA 5LXWA 1GFHA 5DN4A 1D6PA 4I7PA 239LA 2RB2X 4DQ5A 5KXPA 250LA 1LHKA 1JEFA 4ARQA 1TDYA 2Q9EA 1IOSA 2B6ZA 1CU0A 1L40A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMC A;  3TXB A;  3F8V A;  4LT0 A;  1TLA A;  3TMW A;  1D6Q A;  4XJI A;  1REX A;  1L28 A;  1QQY A;  3W6D A;  1XGQ C;  4ETE A;  3C80 A;  3ATO A;  2RBS A;  5ILF A;  1D3J A;  3OE9 A;  5I4W A;  1LZ4 A;  1L51 A;  2DQJ Y;  4MCK A;  1XEP A;  1GFV A;  1L25 A;  1QT6 A;  1IIZ A;  3CT5 A;  4WLT A;  1LHH A;  1HEN A;  3GUL A;  1CV5 A;  2OU8 A;  2Q9D A;  4LFX A;  4EKP A;  119L A;  4YEN A;  3ULR A;  4CGE A;  5ILC A;  2HUL A;  1H6M A;  4HJY A;  3ZVQ B;  1L46 A;  1FLY A;  253L A;  5I53 A;  3CDQ A;  4N0J A;  3C7Z A;  4AGA A;  5LA8 A;  2FBD A;  220L A;  1LZT A;  1L05 A;  1T6H A;  1JIT A;  2I26 L;  1C6D A;  3CT0 A;  5KXT A;  3DN1 A;  2A4T A;  4DD0 A;  167L A;  1B0D A;  3L64 A;  196L A;  1QTC A;  4MR1 A;  1XGU C;  1P37 A;  3LN2 A;  1LPY A;  1YKZ X;  146L A;  2WAR A;  1CX7 A;  2RB0 X;  1BWH A;  1IP4 A;  3LZM A;  1QT8 A;  2RBQ A;  1B7S A;  1IWY A;  1WQQ A;  4J1B A;  4WO6 A;  1JKB A;  2YBN A;  2RBO A;  1LMO A;  1DQJ C;  180L A;  1QTK A;  2MED A;  4WM3 A;  4NHT A;  120L A;  1KIR C;  4I7K A;  1P2L A;  4I0C A;  4KXI A; 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