3GUPA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gupA00
1EPYA 209LA 1L0JA 1G0KA 1CUPA 4ARJA 1L04A 131LA 1KY0A 2RBOA 2RH1A 1L12A 1L90A 1QSBA 2NTGA 3FI5A 1L37A 1LGXA 1CX7A 1T8AA 4I7QA 2RB2X 1L14A 165LA 216LA 1L96A 2RB1X 1L36A 1L50A 1L41A 1G0JA 217LA 1L26A 1L61A 201LA 177LA 1L22A 3C83A 111LA 1CV0A 2QARC 3HDFA 1D3NA 1L98A 2HUMA 144LA 1QS5A 156LA 1SSWA 3C8RA 1QSQA 123LA 4DJHA 1D3JA 1PQIA 1G0GA 1L79A 157LA 3FADA 1L91A 1P64A 1C65A 1L35A 126LA 3C81A 3HWLA 3DN8A 248LA 1CU2A 1L43A 3V2WA 3GUOA 3JR6A 3HTGA 1C6BA 206LA 4ARMB 1L63A 171LA 1L46A 2OEAX 3C8SA 4ARPA 1L59A 1ZURA 2LC9A 4I7PA 190LA 114LA 1CU0A 1P2LA 4ARQA 166LA 215LA 3K2RA 1CU6A 4EKQA 4DAJA 174LA 1CU5A 3DN0A 1LPYA 1L31A 3F9LA 128LA 1JQUA 3CDOA 219LA 1G06A 249LA 1L69A 158LA 147LA 1L03A 3GUJA 3FA0A 4EPFA 1C6NA 3HH3A 1LI2A 2LZMA 1C6GA 1L62A 3QAKA 175LA 1C6TA 4ARQB 3OE6A 1L85A 1LI3A 1K28A 1C6EA 1CTWA 3NYAA 4I7LA 3HH6A 1PQDA 3HDEA 3HU8A 2OU0X 1DYDA 4EJ4A 5I14A 3SBAA 3GUPA 1C62A 1SWYA 3PBLA 1C6PA 2OE4X 245LA 4W59A 1C63A 4I7JA 3SB7A 3G3WA 1D3MA 1L21A 2RAZX 1ZWNA 2OU8A 2F32A 1L87A 1L42A 4I7TA 169LA 1SX7A 4YXAC 3C7ZA 1L01A 1LYIA 1DYAA 1L93A 1DYCA 1PQKA 1LYGA 1I6SA 1G1WA 172LA 3HH5A 259LA 1L18A 1L83A 195LA 1D3FA 159LA 3HTDA 1OWYA 3HT7A 103LA 180LA 3RZEA 229LA 170LA 1L49A 213LA 1P56A 1L00A 1CV5A 3HUQA 191LA 196LA 1PQMA 1L19A 214LA 3DKEX 1L07A 1C6IA 1L25A 3GUMA 1CU3A 2L78A 4I7SA 246LA 1L13A 243LA 4ARMA 1LYDA 251LA 211LA 1TLAA 2B70A 4ZPUA 2RBNA 4LDEA 3EMLA 3GUIA 238LA 3SBBC 3OE0A 1T8FA 1QTVA 4PJZA 3SB5A 2F47A 2Q9DA 1G07A 1L95A 4LZMA 1L34A 4LDOA 1QT7A 3DN4A 181LA 1L94A 1PQJA 1QS9A 4GRVA 137LA 244LA 163LA 149LA 1L44A 1L65A 1L89A 1OVKA 1G0PA 253LA 4W57A 1L20A 1C68A 1SWZA 2LCBA 261LA 234LA 1L27A 1L58A 1L86A 1OV7A 3SB6A 1L32A 4W56A 4OO9A 2HULA 4S0WA 1LWGA 221LA 1L10A 176LA 187LA 129LA 1L76A 3CDVA 6LZMA 1L53A 3CDRA 1L52A 3DMXA 3NY8A 1KW5A 1C60A 254LA 2RBRA 2RBPA 2OE7X 4EPIA 2B6XA 1L09A 4EXMA 1CUQA 225LA 1L54A 1OWZA 3L64A 139LA 247LA 2B72A 1KS3A 2B7XA 1G0LA 1C67A 1T97A 1L23A 113LA 108LA 1QTZA 223LA 205LA 1D9WA 198LA 1QTBA 210LA 1L38A 1L75A 1L48A 2ANVA 1L60A 1L71A 1QTCA 1C6KA 3GUNA 3HU9A 3OE9A 197LA 1ZYTA 1CV6A 1C69A 3G3VA 1G1VA 2RBQA 3C7WA 1G0QA 3HTFA 4EKSA 109LA 1L56A 1L88A 2F2QA 1B6IA 2O4WA 151LA 1L06A 1L17A 3RUNA 1CX6A 3DMZA 1L64A 1SSYA 2B6WA 218LA 2ANXA 257LA 222LA 1OV5A 142LA 3SN6R 2CUUA 1QT5A 4YXCA 4AQNA 112LA 1KNIA 1L66A 4W53A 3C8QA 3UONA 4I7OA 1DYGA 1L39A 1LGWA 2QB0B 4EKRA 4LDLA 4I7KA 7LZMA 3F8VA 1L40A 1T8GA 1C6AA 1L97A 1L30A 4DKLA 2RBSA 186LA 4I7NA 2Z6BA 3SB9A 1QT8A 138LA 3C80A 4I7MA 1L51A 182LA 4W58A 200LA 240LA 120LA 167LA 178LA 220LA 262LA 1OVHA 235LA 3C7YA 226LA 237LA 4I7RA 4YX7C 1QT6A 1L70A 145LA 1C6MA 1D2YA 110LA 1L11A 3G3XA 1C6QA 3HH4A 3SB8A 1C6FA 161LA 1P46A 1XEPA 3GULA 125LA 3CDQA 1L68A 1LW9A 2OE9X 1L67A 1P2RA 3PDSA 1QUGA 1XJUA 1C6LA 2OTZX 143LA 2B6YA 1QUDA 1P37A 1P3NA 164LA 148LE 1CV4A 212LA 2B74A 3C82A 1C61A 1JTNA 228LA 107LA 3ODUA 3VW7A 1KY1A 130LA 255LA 2B6TA 1JTMA 3GUKA 1P6YA 1QUHA 3LZMA 4W55A 1L73A 1C6HA 3HUAA 2OU9A 118LA 4IAPA 1WTHA 260LA 1L28A 146LA 1L72A 1QUOA 2RAYX 140LA 119LA 3DN1A 3DN3A 1PQOA 231LA 4ARLA 192LA 1L92A 1T6HA 1DYBA 1LYEA 1G0MA 2O7AA 232LA 241LA 1L45A 1CVKA 2HUKA 1DYEA 3HT6A 168LA 2OTYX 1LLHA 2O79A 189LA 256LA 1OYUA 199LA 162LA 1P36A 155LA 1QT3A 2B75A 4W52A 1QT4A 150LA 185LA 3V2YA 2B6ZA 1CV3A 1L82A 1C66A 2IGCA 1L99A 4W54A 1L05A 3CDTA 3HUKA 2B73A 1KW7A 3DN6A 1D2WA 1LI6A 258LA 1L80A 3HT8A 127LA 1LYJA 236LA 1L29A 102LA 173LA 188LA 3HTBA 1P5CA 141LA 4PK0A 1C64A 1L24A 250LA 2RB0X 3HT9A 3L2XA 3DNAA 1NHBA 1SX2A 2A4TA 1L84A 1LWKA 1DYFA 1QTDA 1L16A 1LGUA 1LYHA 4W51A 1L57A 3DN2A 242LA 1L08A 4EKPA 1C6CA 3NY9A 5LZMA 1L47A 2Q9EA 1L55A 183LA 1L15A 1L0KA 1L33A 1LYFA 1OVJA 115LA 1C6JA 3OE8A 1L02A 1P7SA 239LA 1QTHA 230LA 152LA 4GBRB 1XJTA 122LA 104LA 1L81A 2NTHA 3D4SA 224LA 1L77A 4K5YA 1C6DA 1L74A 160LA 227LA 1CV1A 3DMVA 184LA 233LA 252LA 4E97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HP0A 2A7DA 2BQOA 1L0JA 1LMTA 3W3EA 4HTQA 1B7QA 4NGIA 2RBOA 2NTGA 1GB8A 4I7QA 1BB6A 2RB2X 1L14A 4YEOA 4DQJA 2MECA 3QNGA 1L41A 2NWDX 1L26A 1C7PA 201LA 1IP4A 5B59A 2BQIA 1D3NA 3A67Y 4DD1A 144LA 1QS5A 1SQ2L 1XEJA 5ILCA 1PQIA 1L79A 1LJFA 157LA 1WVVA 1L35A 5KXNA 3LYOA 4XADA 4BAFA 1L43A 3JR6A 3WUNA 3HBEX 1TDYA 1TCYA 171LA 2OEAX 4ARPA 3P65A 1L59A 4B4IA 4I7PA 4H8ZA 5I5QA 1CU0A 166LA 215LA 4WM4A 1GEZA 174LA 4NHIA 4NSGA 4WL6A 1G7JC 5A3EA 5KY1A 4GN4A 1UIBA 4EOFA 1JKAA 1L03A 4FDYA 4TUNA 1OUEA 5IDDA 1QQYA 1GWDA 3CT1A 4NSIA 1BB5A 3AGHA 4N5RA 208LA 1GFVA 1L85A 1LI3A 1YILA 2FYDA 1CTWA 252LA 4I7LA 5HQ1A 1G7LC 2OU0X 4LT1A 5FELA 2BQGA 5B1FA 3GUPA 1HSWA 1C62A 1SWYA 2B5ZA 4MR1A 245LA 1LSPA 4HTKA 1D3MA 1VEDA 1L42A 4I7TA 1LSFA 1SX7A 1L01A 1G1WA 4WO9A 1KXWA 3HH5A 195LA 1GFJA 4ML7A 1IO5A 3VWOA 3J6KA 1OWYA 3RZEA 1IWWA 1GFHA 1LMNA 1PQMA 1UC0A 3DKEX 1XEIA 1L25A 5KXRA 2BPUA 2L78A 1XGUC 1D6QA 246LA 1D0MA 1IC4Y 2LYZA 211LA 2Y8PA 4GLVA 3GUIA 3QE8A 3LN2A 2F47A 1O23A 4LZMA 3DN4A 1BWIA 3WUAA 137LA 5FDJA 163LA 1LZ4A 4B4EA 3WW6A 2YVBA 5E4PA 1L65A 1L89A 1OVKA 2LCBA 4DYGA 1HEPA 1LMQA 3SB6A 1OV7A 2HULA 4NEBA 1JKDA 4TWSA 1L76A 2HEEA 1GB2A 2D4JA 2D4IA 4AXTA 3NY8A 1LZSA 1VDSA 4LGKA 4R0FA 2RBRA 1LJ4A 3W6DA 5M1YA 2OE7X 4EPIA 1UA6Y 4LYCA 2ZYPA 1W08A 4H94A 1OUJA 4I8SA 2MEEA 1KS3A 1NHEA 3LZ2A 1C67A 1ZV5L 3FI7A 3TMWA 1T97A 4EMNA 1I20A 2BQBA 1L60A 1GE4A 1L71A 1C6KA 197LA 194LA 1CKDA 5LVGA 1C69A 3G3VA 1HEOA 2RBQA 1G0QA 3QY4A 5KXYA 109LA 2MEGA 4P2EA 2D6BA 4WMGA 3EO5A 1HNLA 1FLUA 1L64A 2B6WA 2DQGY 3TXIA 2VB1A 1FLWA 1CKFA 222LA 1IWVA 142LA 1KXYA 2CUUA 1QT5A 4AQNA 112LA 2CWIA 3AZ5A 4EKRA 7LZMA 2H9KA 3CT0A 4ZIXA 1L30A 4DKLA 186LA 1DPWA 2Z6BA 1QT8A 1B7LA 1JTTL 1L51A 240LA 4OW1A 1KXXA 2XBRA 6LYZA 4J1AA 1VDPA 1FLQA 4XJGA 4G4BA 1F6RA 226LA 4I7RA 4YX7C 145LA 3G3XA 3HH4A 4CFOA 1L68A 1B9OA 4B49A 5DL9A 4LFXA 1TEWA 1QUGA 5DN5A 5D5CA 3TXDA 1BVKC 4NHQA 4J1BA 4KL7A 4CGEA 1DPXA 148LE 2B74A 2CDSA 3C82A 3RNXA 1V7TA 1JTNA 2BQAA 1NF5A 4ANRA 4NG1A 1LJJA 4WM5A 130LA 255LA 1P6YA 1QUHA 1L73A 3F6ZA 260LA 1L28A 1L72A 2RAYX 4B0DA 140LA 1GFEA 2LYOA 1IOTA 1DYBA 2O7AA 232LA 3A90A 2OTYX 4D9ZA 162LA 155LA 1JPOA 4W52A 1CV3A 4GN5C 2H5ZA 3CDTA 3J4GA 5EBHA 1LI6A 5DM9A 3HT8A 4H8XA 4KT3A 4WOAA 1B5VA 3A6BY 173LA 1OUIA 3HTBA 4PK0A 1BWHA 1GE0A 4NGLA 2A4TA 1HEWA 1DYFA 1B0DA 1GE1A 1REMA 4W51A 1L57A 3BKHA 2W1YA 3DN2A 4WM2A 9LYZA 3EXDA 1L47A 4KPMA 5C6IA 183LA 1LYZA 4NGJA 2C8OA 5HNCA 2DQEY 4GBRB 3HFMY 1GB0A 1IOSA 104LA 1L81A 3WPKA 224LA 1G7MC 1LZDA 193LA 1L77A 4CJ2A 4K5YA 1V7SA 1GBOA 1CV1A 1LZ8A 3DMVA 1G0KA 4ARJA 1DQJC 1LJEA 1L04A 1LSCA 2F2NA 1XEKA 1L90A 1AZFA 3FI5A 4AGAA 1HFYA 4OWAA 1LGXA 2BQKA 4GLAA 1T8AA 1D0KA 3M3UA 216LA 4H9CA 1IWXA 1L96A 1L36A 1L50A 1G0JA 1L61A 1LPIA 177LA 1G7HC 111LA 2DQAA 3KAMA 1L98A 2FBDA 1J1PY 3P66A 3RT5X 1EQEA 3B72A 123LA 1DXJA 1B5WA 1G0GA 5APFA 1L91A 1P64A 4Z41A 1IX0A 248LA 3WYHA 1EL1A 4ARMB 206LA 3IWRA 1ZVHL 1IWUA 4G9SA 1XGPC 1YKXX 1D6PA 4H92A 190LA 4ETAA 3A6CY 4DAJA 4H9HA 5F9XA 3CB7A 5KXMA 1L31A 2MEDA 3F9LA 1H6MA 3CDOA 3K3TA 219LA 3A91A 1QUSA 4U3XB 1LZNA 249LA 1GHLA 158LA 147LA 1QDTA 2CJLA 1LHJA 5JENB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HP0 A;  2A7D A;  2BQO A;  1L0J A;  1LMT A;  3W3E A;  4HTQ A;  1B7Q A;  4NGI A;  2RBO A;  2NTG A;  1GB8 A;  4I7Q A;  1BB6 A;  2RB2 X;  1L14 A;  4YEO A;  4DQJ A;  2MEC A;  3QNG A;  1L41 A;  2NWD X;  1L26 A;  1C7P A;  201L A;  1IP4 A;  5B59 A;  2BQI A;  1D3N A;  3A67 Y;  4DD1 A;  144L A;  1QS5 A;  1SQ2 L;  1XEJ A;  5ILC A;  1PQI A;  1L79 A;  1LJF A;  157L A;  1WVV A;  1L35 A;  5KXN A;  3LYO A;  4XAD A;  4BAF A;  1L43 A;  3JR6 A;  3WUN A;  3HBE X;  1TDY A;  1TCY A;  171L A;  2OEA X;  4ARP A;  3P65 A;  1L59 A;  4B4I A;  4I7P A;  4H8Z A;  5I5Q A;  1CU0 A;  166L A;  215L A;  4WM4 A;  1GEZ A;  174L A;  4NHI A;  4NSG A;  4WL6 A;  1G7J C;  5A3E A;  5KY1 A;  4GN4 A;  1UIB A;  4EOF A;  1JKA A;  1L03 A;  4FDY A;  4TUN A;  1OUE A;  5IDD A;  1QQY A;  1GWD A;  3CT1 A;  4NSI A;  1BB5 A;  3AGH A;  4N5R A;  208L A;  1GFV A;  1L85 A;  1LI3 A;  1YIL A;  2FYD A;  1CTW A;  252L A;  4I7L A;  5HQ1 A;  1G7L C;  2OU0 X;  4LT1 A;  5FEL A;  2BQG A;  5B1F A;  3GUP A;  1HSW A;  1C62 A;  1SWY A;  2B5Z A;  4MR1 A;  245L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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