3GUPA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gupA00
2L78A 3LZMA 2B75A 1P3NA 169LA 3HUQA 2O4WA 242LA 3UONA 2OEAX 1C68A 3HDFA 1G07A 197LA 181LA 122LA 2NTHA 4ARMB 3HH3A 3C7WA 1L87A 4I7SA 3SB6A 3OE8A 1L52A 3DN4A 2B70A 3C82A 1DYFA 1CV5A 1L12A 1G0PA 2B73A 1P6YA 1L97A 1P64A 1L68A 1KY1A 205LA 255LA 108LA 1G0GA 236LA 1C6QA 1L49A 238LA 1G0MA 241LA 1QT6A 166LA 1SWYA 120LA 4S0WA 131LA 1L53A 186LA 4PK0A 2B6WA 1CX6A 3HUAA 1L25A 2O79A 257LA 1XJUA 1C6TA 1L72A 1L93A 3HTGA 240LA 3RUNA 2B6XA 1C6FA 159LA 3DN8A 3C81A 1L48A 1DYEA 1LYDA 262LA 220LA 1L89A 1L92A 1L98A 1LI2A 1I6SA 139LA 4I7KA 2HULA 4DJHA 3NY8A 1C6IA 140LA 1CTWA 250LA 192LA 1QUOA 3HTBA 4EJ4A 1L27A 1LWKA 173LA 4LDEA 2B74A 1C6EA 1L44A 1L84A 182LA 1L29A 2O7AA 3C8QA 168LA 1LYIA 1JTMA 1L24A 1L80A 2LCBA 144LA 3L2XA 3SB9A 245LA 3NY9A 4EKPA 1D3FA 2RB1X 3GUJA 3K2RA 3FADA 1DYAA 4LZMA 138LA 118LA 1OWZA 1CU3A 3HUKA 1T8FA 252LA 4W55A 158LA 1L18A 249LA 1LYFA 156LA 3GUOA 4YXAC 1L65A 4GBRB 128LA 3C8RA 2RAYX 3C83A 4ARLA 2ANXA 1G0JA 3CDTA 1L82A 1C6HA 3C80A 2IGCA 233LA 213LA 130LA 1L04A 2RBSA 3HH6A 1B6IA 1T97A 1LGWA 1OYUA 1LYHA 1XJTA 5LZMA 4I7TA 254LA 185LA 1P5CA 5I14A 3DN6A 3ODUA 3SBBC 1P2RA 2OE9X 107LA 3GUPA 1OV7A 4I7PA 237LA 3C7ZA 1C67A 2RBRA 4I7QA 4W59A 1G1VA 1L16A 3DMVA 1L77A 1LYEA 104LA 4YXCA 3NYAA 1L22A 1QTDA 177LA 4LDLA 1ZURA 1LYGA 248LA 1L71A 1P36A 160LA 110LA 212LA 247LA 2ANVA 1QSQA 1L46A 4W54A 102LA 4EPIA 223LA 1C6LA 178LA 113LA 3DN3A 2B6ZA 4LDOA 3DN1A 1L01A 1L45A 162LA 187LA 1G06A 1QT8A 3G3XA 1L55A 137LA 199LA 1KNIA 1L0KA 3GUKA 4ZPUA 1P2LA 2LC9A 1PQJA 210LA 1L75A 2RB2X 2RBPA 3DMZA 225LA 1QTZA 129LA 1T6HA 191LA 1C64A 3HU8A 1JQUA 1JTNA 2A4TA 2QB0B 3SBAA 3F9LA 1L91A 1L51A 1QT5A 2OE4X 161LA 4PJZA 147LA 1L02A 1L56A 3PDSA 258LA 148LE 195LA 1SX7A 1L09A 1L85A 1DYGA 1LI6A 1XEPA 1QUGA 1C65A 2OU0X 222LA 3D4SA 214LA 1DYCA 1CV0A 1CV1A 1L54A 3HWLA 1CV3A 149LA 2RH1A 3V2WA 3HTDA 232LA 157LA 1L67A 1L00A 1LPYA 1PQOA 3HT7A 231LA 261LA 1L14A 235LA 2F32A 1L79A 1QT3A 1KW5A 1QTCA 167LA 2RBQA 1QUDA 4I7RA 3HT6A 1L94A 217LA 243LA 4DKLA 4EKQA 1L40A 1QTHA 1CU6A 1L37A 1L33A 227LA 196LA 1LGXA 3VW7A 1G0KA 1QSBA 4EXMA 1LW9A 1L57A 218LA 1C6CA 1CV4A 259LA 1WTHA 109LA 1OVHA 4I7LA 1L05A 211LA 1L11A 1CU2A 1C6DA 1CX7A 1L34A 1SSYA 3QAKA 163LA 1L66A 1OV5A 3OE0A 176LA 1L32A 1L47A 1P46A 1TLAA 244LA 1SX2A 4ARJA 1K28A 1L73A 1KS3A 2F47A 1C6JA 1QT4A 1C6GA 1G0LA 2B6TA 1PQDA 1L74A 1CUPA 1PQIA 1L19A 1C63A 1L39A 200LA 1PQMA 219LA 1OVJA 3DN0A 1L88A 115LA 146LA 1L63A 4EKRA 234LA 1KW7A 3C7YA 1L21A 1LGUA 180LA 3JR6A 3L64A 123LA 2LZMA 2RAZX 4I7NA 1L30A 2Q9DA 2OE7X 1C6AA 164LA 1CU5A 228LA 4DAJA 1T8GA 2HUMA 1P56A 229LA 2HUKA 246LA 2OU9A 2RB0X 3HTFA 1C60A 1C62A 103LA 1QS9A 226LA 230LA 2QARC 3EMLA 1L03A 215LA 239LA 1C66A 1L83A 1L15A 1L86A 1C69A 1L60A 2NTGA 3PBLA 1C6KA 145LA 256LA 175LA 224LA 2B72A 1C6MA 253LA 209LA 6LZMA 4K5YA 1C6PA 1LLHA 4W51A 1L43A 3CDQA 3HU9A 4W57A 1CU0A 4AQNA 3SB8A 1QTBA 188LA 1DYBA 201LA 3CDRA 1QT7A 1C6NA 125LA 1C6BA 1L64A 198LA 1L13A 1LWGA 1L59A 1L62A 3HH4A 4EKSA 1SWZA 3F8VA 3GUNA 184LA 3SB7A 4I7OA 142LA 4I7MA 1D2WA 3GUIA 1L0JA 3FA0A 1L95A 2OU8A 1L08A 4ARQA 1L38A 1L61A 1L99A 2B6YA 4OO9A 260LA 3FI5A 155LA 1P37A 4ARPA 1PQKA 3HT9A 1CVKA 4W53A 1L90A 3G3VA 251LA 1L20A 143LA 2OTYX 221LA 3GULA 1L42A 1QUHA 1ZYTA 1L31A 1L17A 3DMXA 4ARQB 1G0QA 216LA 170LA 3SN6R 4IAPA 1ZWNA 2B7XA 119LA 4W58A 2Q9EA 4EPFA 114LA 1CUQA 1L28A 3V2YA 206LA 3CDOA 3OE6A 1QTVA 1NHBA 1OVKA 4GRVA 1D9WA 3CDVA 111LA 141LA 1L50A 3GUMA 1L10A 4YX7C 1L70A 1LI3A 1L41A 2RBNA 4E97A 165LA 2RBOA 2OTZX 172LA 189LA 1SSWA 1D3NA 190LA 3DN2A 1D3MA 1T8AA 1P7SA 1L23A 1D3JA 1OWYA 1L58A 112LA 4W52A 151LA 127LA 183LA 1D2YA 4I7JA 3G3WA 152LA 1L35A 3DKEX 3OE9A 150LA 1L69A 1L76A 1L96A 1L26A 1QS5A 1CV6A 1LYJA 2F2QA 1C61A 1EPYA 1DYDA 1L81A 1L06A 3RZEA 171LA 1KY0A 174LA 2CUUA 1L36A 126LA 3HDEA 1L07A 1G1WA 3HH5A 7LZMA 3DNAA 4W56A 3HT8A 2Z6BA 3SB5A 3C8SA 4ARMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 1HFZA 1OUGA 4J1BA 5LVJA 1D0MA 169LA 3HUQA 242LA 1GFJA 3N9EA 132LA 4ETDA 4NHTA 4XJDA 4NGIA 122LA 5KXNA 1HEQA 4I7SA 1GPQC 1D0KA 1DYFA 1G0PA 5J7CA 3AGGG 2F30A 3LZ2A 1IVMA 4H91A 255LA 4IJ4A 1C6QA 2YBMA 1G0MA 241LA 1QT6A 166LA 1H87A 1LZCA 4OWBA 3A92A 1MELL 2BLXA 2B6WA 1LZ5A 4H92A 4XADA 1LZEA 5I54A 1IC7Y 4ET9A 2B6XA 1NHEA 3A95A 1L89A 2MEGA 1L98A 3TXKA 2G4PA 1I6SA 1LJFA 1CTWA 1GF9A 5ILFA 3TXFA 3WU7A 4EJ4A 4OW1A 4YM8A 1JTPL 4WO9A 1SQ2L 5KJ9A 1G7LC 1GEZA 4D9ZA 4N0JA 2F4GA 1A2YC 1B9OA 1L24A 1L80A 4EKPA 4B4JA 4PHIA 1P2CC 138LA 1NBZC 1GWDA 2RSCA 4H90A 1WQRA 252LA 2BQNA 158LA 4PGJB 1HMLA 1XGQC 3A96A 2D6BA 1IP6A 2BQMA 1HFYA 1CKDA 5HNLA 3A3RX 4YXAC 4GBRB 3IJUA 1GB7A 4ARLA 4NSJA 1QQYA 5DL9A 1C6HA 2IGCA 1L04A 2PC2A 1T97A 1HEPA 1LOZA 4I7TA 3CT5A 5HMJA 1GFVA 1LJJA 1CKGA 3SBBC 1YAOA 1P2RA 2EIZC 4UWUA 1OV7A 237LA 3C7ZA 1C67A 2MEBA 1GAYA 1IP1A 1L77A 5II3A 4WM3A 2DQCY 1IX0A 134LA 1L22A 4G4HA 4XJIA 4ZIXA 1NMMA 1DPXA 1LYGA 248LA 1P36A 212LA 1VATA 247LA 2ANVA 2BQGA 1GB2A 4W54A 2HTXA 1C6LA 4NWHA 3W3EA 3DN1A 1G06A 1QT8A 3G3XA 4DYGA 4NHIA 1L0KA 1AZFA 4B49A 1DKJA 1B7OA 1LZ8A 3HFMY 1LZ6A 1PQJA 1NF5A 5LVKA 3DMZA 4MCKA 1IOCA 1LZBA 3A6BY 1LHMA 1LSNA 191LA 5KKJA 1C08C 5L9JA 1JQUA 1L91A 2OE4X 1FN5A 4H8XA 161LA 4HSFA 4MSTA 4Z3MA 148LE 1SX7A 4TSCA 2ZQ4A 4OOOA 4QGZA 1CV1A 1FBIX 1CV3A 1QTEA 3W6AA 1IIZA 157LA 2XTHA 1L00A 1PQOA 1WQMA 1BB5A 1L14A 4TWSA 235LA 2F32A 3IJVA 1F6SA 4Z41A 1VDTA 3GXRA 1L94A 1NBYC 243LA 4YEOA 1LMPA 4EKQA 1HFXA 1QDRA 1QTHA 1CU6A 1L33A 196LA 4WLTA 1QSBA 1JUGA 4DQ5A 1OUDA 1KXWA 218LA 2LZTA 4YENA 1JEFA 1LYSA 1LSPA 4XN6A 4HTQA 1FLQA 4DDAA 1SSYA 133LA 1JKBA 1P46A 1TLAA 1SX2A 1GE0A 3AGIA 1IP3A 4IATA 1A4VA 1LSCA 1L39A 219LA 1L88A 1ZV5L 3VWOA 4ETCA 1L63A 4N1EI 4IASA 3JR6A 7LYZA 123LA 5KXTA 1LMOA 4I7NA 1TAYA 1C6AA 4DAJA 228LA 4NGZA 4H9AA 1NDMC 4BADA 3P65A 1GDXA 2RB0X 1C60A 1C62A 5F9XA 5FEKA 1LZ9A 226LA 230LA 1TEWA 215LA 3A67Y 1LHLA 1L83A 1L15A 1L86A 5L3HA 3QNGA 1IWWA 3PBLA 1LMTA 256LA 2HUBA 1C6MA 209LA 2LYOA 1GB0A 1JISA 1LSEA 1GFTA 1DYBA 3CDRA 1QT7A 1KIRC 207LA 4WM4A 1L59A 4B4EA 4EKSA 1SWZA 3F8VA 4LYCA 4TSBA 3SB7A 4I7OA 1MLCE 5L3IA 1L95A 4N1CC 1L08A 1EL1A 4H94A 2CDSA 1L61A 2B6YA 1DI3A 2DQDY 4OO9A 4ARPA 1L90A 4WL6A 1LJ3A 5B59A 143LA 2OTYX 1QUHA 1QDTA 3DMXA 5F81A 1LSDA 4GCDA 170LA 1B5YA 135LA 119LA 1CUQA 4NHPA 3V2YA 3CSRA 3OE6A 1QIOA 1NHBA 1KXYA 5APCA 1GBSA 1PS5A 1L41A 3AZ4A 1WTNA 2RBOA 1LTMA 1B0DA 1C46A 2BQOA 3B72A 3AZ6A 3WYHA 3DN2A 1INUA 2HU1A 3QY4A 1JWRA 3WVXA 5LINA 1OWYA 151LA 183LA 3G3WA 1OUAA 4WLDA 1CJ8A 5LXWA 1B5UA 1GBWA 1B7MA 1IP7A 1L35A 2BQKA 3OE9A 1CNSA 1L96A 8LYZA 1L26A 1QS5A 3T6UA 4RW1A 1GDWA 1LZTA 1AT5A 1SLYA 2CUUA 1EQ5A 4RW2A 3HDEA 7LZMA 4W56A 3OJPA 2I25L 3T36A 1GXV2 4ARMA 4NGVA 3LZMA 2B75A 4ET8A 1LJ4A 1P3NA 2A7FA 4NEBA 3A93A 2BQAA 2OEAX 1C68A 4ARMB 3HH3A 3C7WA 3OE8A 3DN4A 3A6CY 1CKFA 1L12A 2BQIA 1E8LA 3AZ5A 4W96A 1HSWA 1GF3A 236LA 238LA 1ZVHL 1SWYA 120LA 1HMKA 4S0WA 5APEA 131LA 1L53A 186LA 4PK0A 3HUAA 1CX6A 2O79A 1XJUA 1C6TA 240LA 3DN8A 1AM7A 5B1FA 1DYEA 2W1XA 262LA 220LA 4OOTA 5DN4A 4QDNA 5K7OA 1LYZA 3M3UA 4I7KA 5I4XA 5LYMA 4DJHA 1C6IA 1G7HC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C45 A;  1HFZ A;  1OUG A;  4J1B A;  5LVJ A;  1D0M A;  169L A;  3HUQ A;  242L A;  1GFJ A;  3N9E A;  132L A;  4ETD A;  4NHT A;  4XJD A;  4NGI A;  122L A;  5KXN A;  1HEQ A;  4I7S A;  1GPQ C;  1D0K A;  1DYF A;  1G0P A;  5J7C A;  3AGG G;  2F30 A;  3LZ2 A;  1IVM A;  4H91 A;  255L A;  4IJ4 A;  1C6Q A;  2YBM A;  1G0M A;  241L A;  1QT6 A;  166L A;  1H87 A;  1LZC A;  4OWB A;  3A92 A;  1MEL L;  2BLX A;  2B6W A;  1LZ5 A;  4H92 A;  4XAD A;  1LZE A;  5I54 A;  1IC7 Y;  4ET9 A;  2B6X A;  1NHE A;  3A95 A;  1L89 A;  2MEG A;  1L98 A;  3TXK A;  2G4P A;  1I6S A;  1LJF A;  1CTW A;  1GF9 A;  5ILF A;  3TXF A;  3WU7 A;  4EJ4 A;  4OW1 A;  4YM8 A;  1JTP L;  4WO9 A;  1SQ2 L;  5KJ9 A;  1G7L C;  1GEZ A;  4D9Z A;  4N0J A;  2F4G A;  1A2Y C;  1B9O A;  1L24 A;  1L80 A;  4EKP A;  4B4J A;  4PHI A;  1P2C C;  138L A;  1NBZ C;  1GWD A;  2RSC A;  4H90 A;  1WQR A;  252L A;  2BQN A;  158L A;  4PGJ B;  1HML A;  1XGQ C;  3A96 A;  2D6B A;  1IP6 A;  2BQM A;  1HFY A;  1CKD A;  5HNL A;  3A3R X;  4YXA C;  4GBR B;  3IJU A;  1GB7 A;  4ARL A; 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